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基于SSR分子标记分析葡萄‘M10’分子遗传特性及QR码构建
1
作者 高雯雯 钟海霞 +7 位作者 纪佳慧 伍新宇 张付春 周晓明 王建成 潘明启 曾斌 师玮 《分子植物育种》 北大核心 2026年第1期95-101,共7页
为了研究新疆乡土葡萄白木纳格、莫莉莎无核及其杂交种‘M10’的遗传关系,为新疆本土种质资源的收集、保护和创新利用提供参考依据。本研究采用SSR分子标记技术,对3个品种的葡萄进行遗传多样性分析,通过GenAlex软件计算各个遗传多样性参... 为了研究新疆乡土葡萄白木纳格、莫莉莎无核及其杂交种‘M10’的遗传关系,为新疆本土种质资源的收集、保护和创新利用提供参考依据。本研究采用SSR分子标记技术,对3个品种的葡萄进行遗传多样性分析,通过GenAlex软件计算各个遗传多样性参数,并采用NTSYS pc-2.1软件进行种质间的遗传相似性系数分析,再将种质名称、种质信息以及引物信息汇总构建种质信息二维码。结果表明,利用40对引物共扩增出120个条带,平均每个引物扩增出3个位点,遗传多样性系数在0.429~0.933之间,平均为0.641。每对引物对3个品种扩增的等位位点数量范围在1~5之间,表明有较高多态性。此外,3个品种间的遗传相似性系数在0.6757~0.8125之间,‘M10’与莫莉莎无核之间的遗传相似性系数为0.8125,与白木纳格的遗传相似性系数为0.7143,说明‘M10’与莫莉莎无核较白木纳格葡萄的亲缘关系较近。以SSR标记为基础设计3个品种的分子身份证,并给出包含种质名称、种质信息以及引物信息的二维码。本研究采用SSR标记技术对‘M10’及其亲本进行种质资源鉴定及分析,为新种质的保护、利用和推广提供遗传基础。 展开更多
关键词 M10 ssr分子标记 种质资源鉴定 亲缘关系
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基于转录组数据的玉米小斑病菌EST-SSR分子标记开发及多态性分析
2
作者 徐超 李迪 +5 位作者 杨艳艳 马旭阳 马庆周 郭雅双 施艳 张猛 《福建农林大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期33-44,共12页
【目的】基于玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)转录组数据鉴定简单重复序列(SSR)位点,开发可用于该植物病原真菌种内遗传变异分析的全新DNA分子标记。【方法】使用MISA软件对玉米小斑病菌去冗余的unigenes进行SSR标记检索与分析,采用Prim... 【目的】基于玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)转录组数据鉴定简单重复序列(SSR)位点,开发可用于该植物病原真菌种内遗传变异分析的全新DNA分子标记。【方法】使用MISA软件对玉米小斑病菌去冗余的unigenes进行SSR标记检索与分析,采用Primer 3.0设计SSR引物,通过本地BLASTN比对以及原始测序数据的mapping筛选具有潜在扩增多态性的SSR引物,并通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证所筛选引物的有效性、多态性和通用性。【结果】在14549条玉米小斑病菌unigenes序列中共检索到5767个SSR位点,发生频率和分布频率分别为23.52%和39.64%,平均分布距离为4.94 kb。其中,单核苷酸重复类型最丰富,占总SSR位点总数的40.70%,二核苷酸(28.18%)和三核苷酸重复类型(26.69%)次之。A/T、AC/GT、C/G和AG/CT是其优势重复基序,共占SSR位点总数的67.05%。SSR基序的重复次数主要在5~14次之间,以10次重复最多(占25.92%),其中,绝大部分为单核苷酸。SSR序列长度的分布范围为10~84 bp,以长度为10 bp的SSR位点数量最多,占SSR位点总数的23.32%,序列长度≥20 bp(高多态性)的SSR共有1309条,占总数的22.70%。进一步通过生物信息学手段和PCR产物电泳检测从100对随机抽选的引物中筛选得到29对扩增性好且多态性较高的SSR引物。【结论】玉米小斑病菌转录组含丰富的SSR位点,具有开发多态性引物的潜力;本次筛选得到的SSR引物可用于后续玉米小斑病菌的种群变异及遗传图谱等研究。 展开更多
关键词 玉米小斑病 玉蜀黍平脐蠕孢 转录组 EST-ssr 多态性
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五味子EST-SSR反应体系建立及多态性引物筛选
3
作者 朱滨红 石广丽 +3 位作者 孙丹 王振兴 于淼 艾军 《分子植物育种》 北大核心 2026年第1期215-221,共7页
为建立并优化五味子SSR-PCR反应体系,进一步筛选具有多态性的EST-SSR引物。本研究以19份五味子种质资源为试验材料,利用L_(16)(45)正交试验设计,对反应体系中的模板DNA、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及Mg^(2+)5个因素进行优化。利用优化... 为建立并优化五味子SSR-PCR反应体系,进一步筛选具有多态性的EST-SSR引物。本研究以19份五味子种质资源为试验材料,利用L_(16)(45)正交试验设计,对反应体系中的模板DNA、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及Mg^(2+)5个因素进行优化。利用优化后的体系对自主挖掘的EST-SSR多态性引物进行PCR反应并筛选最适退火温度。结果表明,五味子SSR最佳反应体系为16uL,包括DNA20ng,SSR正反向引物各0.2mol/L,dNTP0.3mmol/L,TaqDNA聚合酶2U,Mg^(2+)4mmol/L。该体系在100对引物中成功扩增出72对,扩增效率为72%,其中41对具有多态性,多态性比率为41%。试验所获得的优化体系及多态性引物为五味子种质资源鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等奠定了重要基础。 展开更多
关键词 五味子 ssr-PCR反应体系 正交试验设计 体系优化 引物筛选
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常绿杜鹃种质遗传多样性分析及SSR指纹图谱构建 被引量：3
4
作者 张露 张平萍 +5 位作者 解玮佳 许凤 彭绿春 宋杰 杜光辉 李世峰 《园艺学报》 北大核心 2025年第2期380-394,共15页
利用马缨杜鹃(Rhododendron delavayi Franch.)基因组测序数据进行genomic-SSR的分布特征分析和多态性SSR引物开发,并对61份常绿杜鹃种质进行亲缘关系分析和指纹图谱构建,以实现种质间亲缘关系聚类及其亲本来源推测。开发出了15对多态... 利用马缨杜鹃(Rhododendron delavayi Franch.)基因组测序数据进行genomic-SSR的分布特征分析和多态性SSR引物开发,并对61份常绿杜鹃种质进行亲缘关系分析和指纹图谱构建,以实现种质间亲缘关系聚类及其亲本来源推测。开发出了15对多态性高、稳定性好、亚属间通用性强的SSR引物,在61份种质中共检测到等位基因位点126个,每对引物的平均等位基因数(N_(a))为8.400,平均有效等位基因数(N_(e))为3.4681,平均观测杂合度(H_(o))和期望杂合度(H_(e))分别为0.3421和0.5347,平均多态信息含量(PIC)为0.6338。群体遗传结构分析结果将61份常绿杜鹃种质分成3个亚类群,与亲缘关系聚类结果基本一致,结合已知谱系资料推测所引进日本品种的祖先亲本来源于两个不同的分布地,且包括自育品种在内的所有品种均是以常绿杜鹃亚属(subgen.Hymenanthes)常绿杜鹃组(sect.Ponticum)内物种为亲本的杂交种。利用5个SSR标记成功构建出61份常绿杜鹃种质的指纹图谱。 展开更多
关键词 常绿杜鹃 基因组ssr标记 遗传多样性 指纹图谱
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基于表型性状及SSR标记的扁豆种质资源遗传多样性分析 被引量：3
5
作者 姚陆铭 袁娟 +1 位作者 马晓红 王彪 《作物杂志》 北大核心 2025年第1期35-45,共11页
利用17个表型性状及31对多态性SSR标记对收集自国内不同地区及印度、美国等国家的115份扁豆种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,9个质量性状存在25种变异类型,多样性指数范围为0.23~1.19,平均多样性指数0.72;8个数量性状变异系数范围... 利用17个表型性状及31对多态性SSR标记对收集自国内不同地区及印度、美国等国家的115份扁豆种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,9个质量性状存在25种变异类型,多样性指数范围为0.23~1.19,平均多样性指数0.72;8个数量性状变异系数范围为8.97%~36.23%,大部分性状呈现出丰富的遗传多样性。主成分分析发现,9个主成分因子累计贡献率为77.39%,可反映扁豆资源的大部分遗传信息。31对SSR标记在115份扁豆材料中共检测到106个多态性位点,平均有效等位基因数目为1.96个,引物的多态性信息含量在0.05~0.69,群体多样性指数范围为0.05~0.74,平均为0.45。聚类分析发现,在欧式距离为3.8时可将扁豆资源分为6个类群,主成分分析发现不同类群相对独立,类群内个体分布则相对集中。群体遗传结构分析将扁豆资源分为2个类群。群体遗传分析方法均显示扁豆资源类群分类与其地理来源存在不一致性。结果表明扁豆种质资源具有较高的遗传多样性,研究结果为扁豆种质资源的利用及新品种的开发提够了重要参考。 展开更多
关键词 扁豆 种质资源 表型性状 ssr标记 遗传多样性
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基于SLAF-Seq技术的辣椒抗炭疽病QTL定位分析及SSR分子标记开发 被引量：1
6
作者 李怡斐 段敏杰 +3 位作者 黄任中 黄启中 王春萍 张世才 《南方农业学报》 北大核心 2025年第2期633-642,共10页
【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SL... 【目的】利用SLAF-Seq技术对辣椒抗炭疽病QTL进行定位分析,开发与炭疽病抗性QTL紧密连锁的分子标记,为辣椒抗炭疽病分子标记辅助选择育种提供理论参考。【方法】以抗病材料PPTC26-3-1-1-1-1-1和感病材料1287为亲本构建F2代群体,并采用SLAF-Seq技术进行分子标记开发,构建高密图遗传连锁图谱。结合表型数据,利用复合区间作图法(CIM)对辣椒果实转色期的炭疽病抗性进行QTL分析。利用Microsatellite(MISA)在定位区间识别SSR位点。【结果】从亲本和子代样品共获得423351627条Reads,其中,来自PPTC26-3-1-1-1-1-1和1287分别为8130516和6621396条,F2代群体120个子代样品的平均Reads数量为34049987个。构建包含4671个SNP分子标记、分布于12个连锁群、总图距为1567.53 cM、平均图距为0.34 cM的辣椒高密度遗传图谱,检测到1个炭疽病抗性相关的QTL(CaR10.1),位于10号连锁群上187930592~189766111 bp物理区间内。共有23个基因定位在关联区域内,根据基因功能注释,其中1个基因编码假定晚疫病抗性蛋白同源物R1B-23异构体X2,1个基因编码PPR蛋白,可能与辣椒果实转色期炭疽病抗性相关。在关联到的QTL区间内开发出SSR分子标记T482,在F2代群体中的验证结果显示,T482引物在F2代群体单株中扩增结果与表型鉴定结果一致。F2代群体抗病和中抗单株中有53株具有抗病亲本的条带,有25株同时具有抗病亲本和感病亲本的条带;F2代群体感病单株中,有42株具有感病亲本的条带。【结论】构建高密度遗传连锁图谱,将辣椒果实转色期炭疽病抗性定位于10号连锁群,在关联区间开发出SSR分子标记T482,可初步鉴别辣椒果实转色期炭疽病抗性,同时结合针刺接种法鉴定,可提高鉴定的准确率。 展开更多
关键词 辣椒 SLAF-Seq 遗传图谱 炭疽病 QTL ssr分子标记
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基于SSR标记的葡萄种质指纹图谱构建和遗传多样性分析 被引量：1
7
作者 牛锐敏 黄小晶 +3 位作者 沈甜 徐美隆 许泽华 陈卫平 《种子》 北大核心 2025年第4期106-114,共9页
以119份酿酒葡萄和砧木种质资源为试验材料,采用SSR分子标记技术进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,9对引物共扩增出165个等位基因,各引物扩增出的等位基因数为15~21个,多态性信息含量变化范围为0.81~0.90,平均为0.86。每... 以119份酿酒葡萄和砧木种质资源为试验材料,采用SSR分子标记技术进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,9对引物共扩增出165个等位基因,各引物扩增出的等位基因数为15~21个,多态性信息含量变化范围为0.81~0.90,平均为0.86。每对引物可以区分14~35个品种,除了同一品种的不同品系用9对引物也无法进行区分外,其余种质用VVMD28+VVMD7+VVMD27等3对引物可以完全区分,最终采用3对SSR引物构建了119份葡萄种质的指纹图谱。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.827处,119份种质可分为三大类:第Ⅰ大类包含欧亚种、欧美杂种、毛葡萄、山葡萄及其衍生酿酒品种共99份葡萄种质;第Ⅱ大类包含河岸葡萄、以河岸葡萄为母本的砧木以及山葡萄为母本、父本含有河岸葡萄的砧木共12份葡萄种质;第Ⅲ大类包含8份以冬葡萄为母本的砧木。聚类结果基本反映了种质间的遗传关系,其中亲缘关系较远的不同类别间及亚类间的种质资源可作为杂交育种的亲本。 展开更多
关键词 葡萄 ssr标记 指纹图谱 遗传多样性
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基于SSR标记的67个苜蓿品种遗传多样性及群体结构分析 被引量：2
8
作者 赵凌平 刘佳皓 +1 位作者 杨智博 孙平 《中国草地学报》 北大核心 2025年第3期74-81,共8页
本研究基于SSR分子标记对67个国内外紫花苜蓿品种进行遗传多样性和群体遗传结构分析,探究苜蓿种质资源的亲缘关系,以期为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。结果表明,15对引物共扩增出180条多态性条带,多态位点百分率为96.33%,多... 本研究基于SSR分子标记对67个国内外紫花苜蓿品种进行遗传多样性和群体遗传结构分析,探究苜蓿种质资源的亲缘关系,以期为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。结果表明,15对引物共扩增出180条多态性条带,多态位点百分率为96.33%,多态性信息含量、Shannon′s遗传多样性信息指数和Nei′s基因多样性指数平均值为0.73、0.38和0.24,表明所选引物的多态性较高。UPGMA聚类分析将67个品种分为四大类,聚类结果与品种的地理来源无明显相关性。基于Structure软件的群体遗传结构分析将67个品种分为2个亚群和1个混合型群体,与67个苜蓿品种的主坐标分析(PCoA)结果一致,其中大多数品种(85.07%)显示出单一的遗传背景,而混合型群体表现出基因渗透现象,具有较为复杂的遗传背景。 展开更多
关键词 苜蓿 遗传多样性 群体遗传结构 ssr标记
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基于SSR标记的54个大蒜种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建 被引量：1
9
作者 帅正彬 孙悦 +4 位作者 郭江洪 张怡 黄志 孙勃 柴丹 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第2期267-277,285,共12页
【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13... 【目的】为解析不同大蒜材料种质遗传多样性并构建DNA指纹图谱。【方法】以54份大蒜种质为材料,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SSR标记技术对其进行遗传关系分析。【结果】筛选出的16对SSR引物共扩增出42个位点,平均等位基因数(N_(a))为5.13个,平均有效等位基因数(Ne)为1.4791;Shannon信息指数(I)在0.1453~0.6903之间,平均值为0.4359;基因多样性指数(H)变幅在0.0640~0.4971之间,平均值为0.2853,表明供试材料具有较为丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类分析结果表明,54份大蒜在遗传相似系数0.63处被分为3个类群,第一类群包含7份种质;第二亚类仅包含3份种质;第三亚类包含44份种质,在遗传相似系数0.828分成了10个亚类。聚类结果与PCoA分析结果基本一致。此外,利用筛选的SSR引物构建了54份大蒜种质的指纹图谱二维码。【结论】结果为大蒜种质资源的鉴定、保护与利用提供了有力支撑,为分子标记辅助育种提供了理论依据。 展开更多
关键词 大蒜 ssr标记 遗传多样性 聚类分析 指纹图谱
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基于SSR标记的皱皮木瓜遗传多样性分析及品种分子身份证构建 被引量：1
10
作者 李慧 侯立娜 +3 位作者 王天琪 毕宁宁 李圣波 刘忠华 《南京林业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期59-68,I0001,I0002,共12页
【目的】皱皮木瓜(Chaenomeles speciosa)具有较高的观赏价值食用价值与药用价值,我国是皱皮木瓜的起源分布中心,研究皱皮木瓜种质资源遗传多样性,并构建品种分子身份证,以解决近年来因缺乏品种间统一的分类标准,同名异种、同种异名和... 【目的】皱皮木瓜(Chaenomeles speciosa)具有较高的观赏价值食用价值与药用价值,我国是皱皮木瓜的起源分布中心,研究皱皮木瓜种质资源遗传多样性,并构建品种分子身份证,以解决近年来因缺乏品种间统一的分类标准,同名异种、同种异名和品种间来源及演化不清等问题。【方法】以收集的168份皱皮木瓜种质资源为材料,利用SSR标记结合毛细管电泳法对木瓜遗传多样性和群体内遗传分化程度进行分析,根据观测等位基因数(N_(a))、Shannon's信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)的筛选能区分全部种质的引物组合,并基于字符串编码构建DNA分子身份证。【结果】26对引物在168个皱皮木瓜品种中共扩增出304个等位基因,平均每个位点扩增出11.577个;期望杂合度(H_(e))、I和PIC的平均值分别为0.748、1.731和0.607。根据聚类分析的结果可将该群体分为2大类,进一步分为6个类群;种群结构分析将供试材料分为2个亚类。从26对引物中筛选出11对核心引物构建了168份皱皮木瓜种质资源的条形码和二维码身份证。【结论】所选扩增位点的变异程度高、鉴别力度大,在进行遗传多样性分析、核心引物筛选,以及指纹图谱构建中可优先选用。该研究为皱皮木瓜的良种鉴定、遗传资源管理及种质资源数据库的构建等提供了参考。 展开更多
关键词 皱皮木瓜 遗传多样性 ssr 分子身份证
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基于SSR分子标记的紫椴遗传多样性分析和指纹图谱构建 被引量：2
11
作者 高磊 刘丹 《北京林业大学学报》 北大核心 2025年第3期28-37,共10页
【目的】紫椴是重要的经济树种和国家重点保护的濒危树种,基于SSR分子标记,分析不同种源紫椴遗传多样性,构建指纹图谱,旨在为紫椴居群的保护、全国紫椴种质资源的收集保存以及资源库建设提供参照。【方法】从国内5个省11个市采集16个种... 【目的】紫椴是重要的经济树种和国家重点保护的濒危树种,基于SSR分子标记,分析不同种源紫椴遗传多样性,构建指纹图谱,旨在为紫椴居群的保护、全国紫椴种质资源的收集保存以及资源库建设提供参照。【方法】从国内5个省11个市采集16个种源的173份紫椴样品,采用SSR分子标记进行PCR扩增,分析紫椴的遗传多样性;利用分子方差分析和种群聚类分析探究居群间的遗传分化;根据筛选的引物构建紫椴的指纹图谱。【结果】(1)从12组引物中筛选出了8组表现出高度多态性和良好重复性的引物,这些引物总共识别出101个等位基因,平均每个多态性位点上分布有12.6个等位基因。多态信息含量在不同位点间的变动区间为0.506~0.897,平均值达到0.739。(2)仅需4对引物(C110、C840、D150、TC5)即可有效区分所有紫椴个体,并构建紫椴指纹图谱。(3)紫椴种源的遗传多样性较为丰富,有效等位基因数为4.937,Shannon’s信息指数达到1.777,Nei’s基因多样性则为0.771。(4)分子方差分析结果表明,91%的遗传变异来源于紫椴群体内。(5)根据遗传距离构建进化树,将16个种源划分为5个亚类,多数地理距离较近的种源聚到一起,表现出较相近的遗传关系。【结论】紫椴群体总体遗传多样性水平较高,遗传分化处于中等水平,群体内遗传变异占主导地位。16个居群中,吉林省汪清种源(JWQ3)、黑龙江种源(HDN7、HDN8、HDN9)和河北承德市种源(HCD15)遗传多样性水平低,应进行原地保护,重点持续关注;种群JWQ2、JWQ4、JHL5、HNA10、LDD12和LFX13等的遗传多样性水平较高,可重点收集资源和保存培育。研究结果为深入研究中国紫椴的居群分布、进化和保护提供科学依据。 展开更多
关键词 紫椴 ssr标记 遗传多样性 遗传分化 DNA指纹图谱 聚类分析
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基于SSR标记“藏乌梨”品种真实性鉴定
12
作者 张靖国 陈启亮 +3 位作者 杨晓平 范净 杜威 胡红菊 《中国南方果树》 北大核心 2025年第4期198-200,共3页
近期梨果市场有种黑色果皮、号称产自西藏的“藏乌梨”受到热捧,但其品种真实性不详。本研究以市售“藏乌梨”为试材,通过基于SSR标记的分子指纹图谱构建及与国家砂梨种质资源圃(武汉)数据库进行比对,并结合果实形态学特征分析表明,所... 近期梨果市场有种黑色果皮、号称产自西藏的“藏乌梨”受到热捧,但其品种真实性不详。本研究以市售“藏乌梨”为试材,通过基于SSR标记的分子指纹图谱构建及与国家砂梨种质资源圃(武汉)数据库进行比对,并结合果实形态学特征分析表明,所谓“藏乌梨”是“玉露香”,而非西藏的“乌梨”;其黑皮疑似由于在果实成熟采收后经某种热处理而成。 展开更多
关键词 藏乌梨 ssr 指纹图谱 玉露香梨
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柠檬转录组SSR标记开发及遗传多样性分析
13
作者 余智城 何雪娇 +1 位作者 陈振东 林秀香 《福建农业学报》 北大核心 2025年第4期333-340,共8页
【目的】以柠檬转录组数据为基础开发EST-SSR标记并进行遗传多样性分析。【方法】利用MISA软件对柠檬转录组进行SSR位点搜索,用Primer 3.0设计和筛选引物,并绘制49份柠檬的聚类图。【结果】共鉴定到40 193个SSR位点,SSR分布频率为35.67%... 【目的】以柠檬转录组数据为基础开发EST-SSR标记并进行遗传多样性分析。【方法】利用MISA软件对柠檬转录组进行SSR位点搜索,用Primer 3.0设计和筛选引物,并绘制49份柠檬的聚类图。【结果】共鉴定到40 193个SSR位点,SSR分布频率为35.67%,平均分布距离为1.39 kb;柠檬转录组中SSR序列以单、三、二核苷酸重复类型为主,分别占80.91%、9.20%和8.67%,其优势基元分别为A/T、AG/CT和AAG/CTT;共设计出4 561对引物,选取其中24对进行有效性验证,筛选到13对多态性引物;扩增得到47个等位基因,有效等位基因均值为3.615;观察杂合度、期望杂合度和引物多态信息含量的均值为0.637、0.516和0.528;在遗传距离0.40时可将供试材料划分为五大类,聚类结果与传统的形态学分类结果大体一致。【结论】本研究开发的13对EST-SSR引物能将供试材料进行有效区分,与传统分类学相吻合,并揭示了供试材料间具有丰富的遗传多样性,为柠檬种质资源后续开发及利用提供参考依据。 展开更多
关键词 柠檬 转录组 ssr重复类型 聚类分析
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利用SSR分子标记对13份玉米自交系的遗传多样性分析
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作者 仲义 吕庆雪 +5 位作者 丁增伟 吴凤新 蔡鑫茹 夏远峰 焦仁海 刘俊 《分子植物育种》 北大核心 2025年第16期5350-5356,共7页
为了提高玉米种质资源的利用效率,分析其遗传多样性,明确其遗传距离和划分杂种优势类群,利用SSR分子标记技术选用12对SSR引物对来源不详的13份玉米自交系进行了分析,结果显示,12对SSR标记共检测出49个等位基因变异,平均为4.08个,多态性... 为了提高玉米种质资源的利用效率,分析其遗传多样性,明确其遗传距离和划分杂种优势类群,利用SSR分子标记技术选用12对SSR引物对来源不详的13份玉米自交系进行了分析,结果显示,12对SSR标记共检测出49个等位基因变异,平均为4.08个,多态性信息量PIC值变化范围在0.383(umc1196a)~0.842(umc1963)之间。通过聚类分析将13份玉米自交系划分为5个类群,通过分析产量平均杂种优势、小区产量与遗传距离的关系可知:遗传距离越大,杂种优势越强,杂交种产量越高;反之越弱。田间试验结果与聚类分析结论相吻合,充分验证了聚类分析结果是真实可靠的。 展开更多
关键词 ssr分子标记 玉米 自交系 遗传多样性
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掌叶覆盆子转录组SSR挖掘和分析
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作者 江景勇 金亮 +3 位作者 汪利梅 陈珍 孙健 李小白 《分子植物育种》 北大核心 2025年第19期6451-6458,共8页
掌叶覆盆子是一种药食同源植物,具有很高的经济价值。本研究通过转录本进行SSR标记资源的分析。利用覆盆子转录组数据开发SSR,并且对能潜在扩增的SSR所在序列进行了功能基因注释。总共取得了664637576个测序片段(99.72 Gb),最后获得4420... 掌叶覆盆子是一种药食同源植物,具有很高的经济价值。本研究通过转录本进行SSR标记资源的分析。利用覆盆子转录组数据开发SSR,并且对能潜在扩增的SSR所在序列进行了功能基因注释。总共取得了664637576个测序片段(99.72 Gb),最后获得44209条拼接片段,所有片段长度达到了58887703 bp。在这些SSR中有10113个单核苷酸重复,6791个二核苷酸重复,2638个三核苷酸SSR,164个四核苷酸SSR,30个五核苷酸SSR和77个六核苷酸SSR。除了单核苷酸SSR外,其中二核苷酸SSR是最为丰富的(34.27%),其次是三核苷酸SSR(13.31%)。本研究参考了拟南芥的序列进行注释,SSR所在序列中3676条序列在KEGG中得到了注释,其中注释多的为次生代谢产物的生物合成中的1641个基因,其次为植物激素信号途径中的867个基因。这些标记信息将丰富掌叶覆盆子及至整个悬钩子属的分子标记库,为后续的遗传多样性研究、基因定位以及分子育种提供有效工具。 展开更多
关键词 掌叶覆盆子 转录组 ssr
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基于荧光SSR标记的接骨木种质资源遗传多样性分析
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作者 姚俊修 任飞 +4 位作者 王因花 李庆华 燕丽萍 郑岩 吴德军 《南京林业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期75-82,共8页
【目的】以收集的245份接骨木属(Sambucus)种质资源和60份接骨木杂交种质为材料,基于SSR分子标记对不同种源接骨木的遗传多样性及亲缘关系进行分析,为接骨木种质资源的合理保护、评价与利用提供科学依据。【方法】以11个种源的305个体... 【目的】以收集的245份接骨木属(Sambucus)种质资源和60份接骨木杂交种质为材料,基于SSR分子标记对不同种源接骨木的遗传多样性及亲缘关系进行分析,为接骨木种质资源的合理保护、评价与利用提供科学依据。【方法】以11个种源的305个体为研究对象,根据转录组测序结果,开发100对SSR引物,对8个不同种接骨木个体进行扩增筛选,获得13对多态性较好的SSR引物,使用Popgene、Genemarker、GeneALeX和NTSYSpc等软件,对接骨木种质资源及杂交子代的遗传多样性、遗传距离、不同种源主坐标、UPGMA关系及进化树等进行分析。【结果】利用13对荧光引物对305个体进行扩增,检测到等位基因总数为162,不同位点等位基因变异幅度为4~34个,平均为12.5个;有效等位基因总数(Ne)为50.408个,变异幅度为1.0661~11.0702个,平均为3.878;平均观察杂合度(H_(o))为0.3315,平均期望杂合度(H_(e))为0.5215,平均Nei's遗传距离为0.5204,平均多态性信息含量为0.4964,表明遗传多样性较高;42号位点H_(o)/H_(e)大于1,表明该位点杂合度高,种群内遗传变异程度较大。不同种源参试样本中H_(o)为0.208(杂交组合1)~0.486(长白县),平均H_(o)为0.372。H_(e)为0.242(杂交组合1)~0.552(大庆),平均H_(e)为0.434,其中,长白县、朝鲜种源及杂交组合2的H_(o)/H_(e)均大于1,表明这3个种源/杂交组合内群体杂合度较高,种群内遗传变异程度也较大。主坐标分析表明:遗传变异主要存在于个体间,占80%,而种源间遗传变异仅占20%,可能由于不同地区的栽培种源来源于相同省域,造成不同种源间变异较小;Nei's遗传距离和聚类结果表明,种源/杂交组合间的遗传距离变化范围为0.023~0.637,山东青州仰天山天然群体和吉林长白县的遗传分化差异最大;内蒙赤峰和新疆阿勒泰的遗传分化差异最小;聚类可分为3大类群,同一种源个体并未完全聚到相同分支,可能原因是遗传变异或相互引种造成的。【结论】接骨木种质资源具有较高的遗传多样性,在进行接骨木遗传改良时,应首先进行种源内选择育种及单株改良的育种方法,其次可考虑种源间研究。研究结论为接骨木种质资源精准鉴定、核心种质构建及新品种创制等奠定基础。 展开更多
关键词 荧光ssr标记 接骨木 种质资源 遗传多样性
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高粱3 bp以上重复SSR标记开发及遗传多样性分析
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作者 李金红 张世睿 +3 位作者 董爽 朱振兴 张丽霞 陆晓春 《分子植物育种》 北大核心 2025年第9期2982-2991,共10页
为实现高粱杂交种和优良种质资源的快速精准鉴定,对高粱不同品种和种质资源开展了分子育种工作。本研究利用26份高粱材料的重测序结果,经过生物信息学分析,筛选了单拷贝基因中不同位置的3 bp以上重复SSR标记4245对,随机选取均匀分布在1... 为实现高粱杂交种和优良种质资源的快速精准鉴定,对高粱不同品种和种质资源开展了分子育种工作。本研究利用26份高粱材料的重测序结果,经过生物信息学分析,筛选了单拷贝基因中不同位置的3 bp以上重复SSR标记4245对,随机选取均匀分布在10条染色体的标记1200对;经过初筛和复筛得到稳定性好、多态性高的SSR标记40对,同时利用这40对标记在43份高粱种质资源共扩增237个等位基因数,平均每个标记产生6.1个等位基因,开发的标记多态性信息(PIC)变异幅度为0.44~0.88,平均值为0.68;其基因的多样性指数为0.49~0.89,平均值0.72;最后再利用这些标记对94份高粱杂交种进行遗传聚类分析,结果表明,其遗传相似系数变化范围在0.75~0.98之间,当遗传相似系数为0.98时仍不能区分H46L和H47L,该结果表明二者亲本的遗传背景十分接近,而H41L与其他93个杂交种均未聚类在一起,则表明H41L与其他杂交种的亲缘关系较远。本研究不仅为高粱种质资源遗传多样性分析提供理论依据同时也为杂交种种子纯度鉴定提供实用性分子标记。 展开更多
关键词 高粱 ssr标记 遗传多样性
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基于SSR分子标记分析农家保护与种质库保存对云南地方稻种等位变异的影响
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作者 董超 汤翠凤 +5 位作者 阿新祥 甘树仙 张斐斐 杨雅云 冒嘉伟 戴陆园 《南方农业学报》 北大核心 2025年第5期1390-1402,共13页
【目的】基于SSR分子标记分析农家保护与种质库保存下云南地方稻种等位变异,以期分析农家保护与种质库保存方式对水稻种质资源多样性的影响,为地方稻种遗传多样性的有效保护及其保护途径选择提供理论依据。【方法】以种质库保存的12份... 【目的】基于SSR分子标记分析农家保护与种质库保存下云南地方稻种等位变异,以期分析农家保护与种质库保存方式对水稻种质资源多样性的影响,为地方稻种遗传多样性的有效保护及其保护途径选择提供理论依据。【方法】以种质库保存的12份地方稻种(命名为品种名-1)与其对应农家保护的地方稻种(命名为品种名-2)为试验材料,利用72个SSR分子标记对这24份地方稻种材料(共12组)进行遗传多样性及等位变异分析。【结果】供试24份地方稻材料共检测出等位基因数490个,变幅4~12个,平均6.8个,Nei’s基因多样性指数0.337~0.910,平均为0.769。农家保护的地方稻种较种质库保存的地方稻种等位基因数量、特有等位基因数量、有效等位基因数量均略低,但Nei’s基因多样性指数略高,表明农家保护的地方稻种遗传多样性略有降低。农家保护的小白糯-2和烂地谷-2分别在标记RM333和RM213上未检测出等位变异位点,小白糯-2、老粳糯-2和老鼠牙-2分别在标记RM349、RM18和RM333上检测出纯合等位变异位点,表明农家保护下部分等位位点流失。12组地方稻种材料间的遗传相似性系数为0.222~0.917,其中香谷的遗传相似性系数最高,小白糯的最低,在遗传相似系数为0.205处可将供试地方稻种材料聚类为籼、粳两大类,每组对应地方稻种材料均对应聚在一小类,表明供试对应地方稻种具有较高的遗传相似性且对应程度较高。24份地方稻种材料共检测出等位变异位点数260个,变幅6~57个,其中28个位点与抗逆相关,25个与育性相关,33个与抗病虫相关,26个与产量及营养相关,且农家保护下理论产量提高,表明农家保护下产生遗传变异可能是向着提高适应性来增加产量的方向发展。【结论】在农家保护下地方稻种的部分等位基因纯合与流失是其遗传多样性降低的内在原因,而其在育性、抗病虫、抗逆、产量及营养高效等功能连锁标记上产生大量的遗传变异,并呈株高降低、产量增加的变化趋势,增强了地方稻种应对自然生态环境和社会环境压力变化的能力,说明农家保护是地方稻种资源多样性保护的有效途径之一。 展开更多
关键词 地方稻种 ssr标记 等位变异 农家保护 遗传多样性
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利用SSR标记鉴定常规稻纯度
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作者 吴爽 许学 +4 位作者 刘文博 潘伟芹 鲍翔宇 马卉 汪秀峰 《分子植物育种》 北大核心 2025年第22期7454-7459,共6页
高纯度种子是生产优质稻谷的重要物质基础,为快速鉴定常规稻的纯度,本研究运用SSR标记技术对常规稻0183的纯度鉴定进行了探讨。取2份50粒的0183种子混样作为试验材料,利用48对SSR标记比较原种和0183混样的电泳带型差异,从中筛选到2对多... 高纯度种子是生产优质稻谷的重要物质基础,为快速鉴定常规稻的纯度,本研究运用SSR标记技术对常规稻0183的纯度鉴定进行了探讨。取2份50粒的0183种子混样作为试验材料,利用48对SSR标记比较原种和0183混样的电泳带型差异,从中筛选到2对多态性标记,RM583和RM232。用这2对标记获得0183的192个单株基因型,检出3个杂株,估算出种子纯度为98.4%,检测结果与田间种植结果基本一致。同时,人为设置4种不同杂株率的常规稻样本,分别为5.0%、2.0%、1.0%和0.5%,利用分子标记确定了常规稻杂株率的检测下限为1%,从而初步建立起常规稻种子纯度的快速检测的技术体系,为保障种业安全提供技术支撑。 展开更多
关键词 常规稻 纯度 鉴定 ssr标记
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利用SSR标记快速鉴定热带玉米种质灰斑病抗性
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作者 孟令聪 毛泓权 +5 位作者 孙志超 李穆 卢实 郑淑波 苏桂华 苏义臣 《玉米科学》 北大核心 2025年第12期36-44,共9页
以100份CIMMYT引进的优良热带玉米种质为材料,齐319(抗病)和Ye478(感病)为对照,于2024-2025年在云南省灰斑病重发区进行田间抗性表型鉴定。从28个分布于已知抗病QTL区的候选SSR标记中筛选多态性标记,并对51份抗性稳定的种质进行聚类分... 以100份CIMMYT引进的优良热带玉米种质为材料,齐319(抗病)和Ye478(感病)为对照,于2024-2025年在云南省灰斑病重发区进行田间抗性表型鉴定。从28个分布于已知抗病QTL区的候选SSR标记中筛选多态性标记,并对51份抗性稳定的种质进行聚类分析。田间鉴定筛选出1份高抗(CML172)、10份抗病和24份中抗的稳定种质。最终从候选标记中筛选出8个SSR标记(umc1194、umc1784、bnlg1523、M13、umc2354、umc1515、umc2560、umc1042)构成核心标记集,其中M13、umc2560和umc1515为高多态性标记。基于此标记集的聚类分析将53份材料分为5个类群,抗病种质(CML172、齐319)与感病种质被有效分离。一致性分析显示,SSR标记聚类与表型抗性分类高度一致(Kappa=0.772,P<0.0001)。该核心标记集能快速、准确鉴别热带玉米种质对灰斑病的抗性。 展开更多
关键词 玉米 玉米灰斑病 热带种质 ssr分子标记 聚类分析 抗性评价
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