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花生YABBY基因家族的鉴定与表达分析 被引量:1
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作者 张万年 牛海龙 +3 位作者 王伟 刘红欣 李伟堂 李玉发 《花生学报》 北大核心 2025年第1期1-9,35,共10页
YABBY基因家族是一类植物特异性转录因子,在植物形态建成、生殖器官的形成和发育、植物对激素信号的反应、光周期反应等生理过程中起着关键作用。本研究对花生YABBY基因家族进行挖掘和鉴定,分析其理化性质、保守结构、系统进化树和组织... YABBY基因家族是一类植物特异性转录因子,在植物形态建成、生殖器官的形成和发育、植物对激素信号的反应、光周期反应等生理过程中起着关键作用。本研究对花生YABBY基因家族进行挖掘和鉴定,分析其理化性质、保守结构、系统进化树和组织表达模式。研究发现花生的17个YABBY基因家族成员分布在10条花生染色体上,亚细胞定位预测其大部分基因定位于细胞核。系统进化树分析结果表明,花生YABBY基因家族成员与拟南芥、大豆相同,分为5个亚族,且每个亚族均包含与拟南芥、大豆的同源基因。花生YABBY基因的表达分析结果表明,YABBY家族参与花生不同生长阶段的生长发育,表明了每个YABBY基因普遍参与组织发育。通过对花生YABBY基因家族启动子顺式作用元件分析,发现花生YABBY基因家族启动子中含有多个顺式作用元件,表明花生YABBY基因家族参与花生的生长发育和多种逆境响应过程。以上结果为花生YABBY基因的后续功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 花生 yabby基因家族 生物信息学 序列分析 表达模式
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Genome-wide analysis of the CaYABBY family in pepper and functional identification of CaYABBY5 in the regulation of floral determinacy and fruit morphogenesis
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作者 Ke Fang Yi Liu +4 位作者 Zhiquan Wang Xiang Zhang Xuexiao Zou Feng Liu Zhongyi Wang 《Journal of Integrative Agriculture》 2025年第8期3024-3039,共16页
Pepper fruit is highly favored for its spicy taste,diverse flavors,and significant nutritional benefits.The proper development of flowers and fruits directly determines the quality of pepper fruit.The YABBY gene famil... Pepper fruit is highly favored for its spicy taste,diverse flavors,and significant nutritional benefits.The proper development of flowers and fruits directly determines the quality of pepper fruit.The YABBY gene family exhibits diverse functions in growth and development,which is crucial to the identity of flower organs.However,the specific functions of these genes in pepper remain unclear.In this study,nine CaYABBY genes were identified and characterized in pepper.Most CaYABBY genes were highly expressed in reproductive organs,albeit with varying expression patterns.The CaYABBY5 gene,uniquely expressed in petals and carpels,has been demonstrated to modulate floral organ determinacy and fruit shape through gene silencing in pepper and ectopic expression in tomato.Protein interaction analysis revealed an interacting protein SEPALLATA3-like protein(SEP3),exhibiting a similar expression profile to CaYABBY5.These findings suggest that CaYABBY5 may modulate the morphogenesis of floral organs and fruits by interacting with CaSEP3.This study provided valuable insights into the classification and function of CaYABBY genes in pepper. 展开更多
关键词 yabby transcription factor PEPPER expression pattern Cayabby5 CaSEP3 flower organs development
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栀子YABBY基因家族鉴定及功能分析 被引量:1
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作者 林宇清 朱渊铭 +3 位作者 陈丝雨 陈德星 张琼艺 邹双全 《北方园艺》 北大核心 2025年第5期1-8,共8页
以栀子YABBY基因家族为研究对象,利用TBtools、MEGA、ITOL等软件对栀子YABBY基因家族成员进行鉴定与生物信息学分析,包括栀子YABBY成员鉴定、理化性质、染色体定位、蛋白保守基序、系统进化树、顺式作用元件、共线性和栀子花不同时期表... 以栀子YABBY基因家族为研究对象,利用TBtools、MEGA、ITOL等软件对栀子YABBY基因家族成员进行鉴定与生物信息学分析,包括栀子YABBY成员鉴定、理化性质、染色体定位、蛋白保守基序、系统进化树、顺式作用元件、共线性和栀子花不同时期表达量进行分析,以期为栀子YABBY基因鉴定及分子功能提供参考依据。结果表明:栀子YABBY基因家族共有5个成员,分布在Chr2、Chr5、Chr9和Chr11染色体上,其结构域保守,均为低亲水性蛋白;顺式元件分析表明,栀子YABBY基因家族含有光响应、非生物胁迫和激素类响应元件;表达模式分析表明,栀子GjYABBY1~GjYABBY3在花不同时期不同部位都有表达,GjYABBY3在雄蕊中持续高表达,有特异性表达;GjYABBY4在萼片发育的Ⅰ和Ⅲ期有高表达,而在不同时期花瓣、花管、雄蕊、雌蕊上均不表达。综上所述,YABBY基因在栀子花和果实生长过程中起重要调控作用。 展开更多
关键词 yabby基因 栀子 生物信息学
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山新杨PdaYABBY1基因克隆及表达分析
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作者 陈彤 董心仪 +2 位作者 高向博 朱祯煜 王超 《植物生理学报》 北大核心 2025年第3期337-347,共11页
植物特异性转录因子家族YABBY具有典型的N端C2C2型锌指结构域和C端YABBY保守结构域,在植物生长发育和形态发生中起着重要的作用。尽管YABBY的功能已在多种物种中已有广泛研究,但其在杨树中的研究仍然相对缺乏。本研究克隆得到山新杨的YA... 植物特异性转录因子家族YABBY具有典型的N端C2C2型锌指结构域和C端YABBY保守结构域,在植物生长发育和形态发生中起着重要的作用。尽管YABBY的功能已在多种物种中已有广泛研究,但其在杨树中的研究仍然相对缺乏。本研究克隆得到山新杨的YABBY基因PdaYABBY1,其ORF全长633 bp,编码210个氨基酸。PdaYABBY1具有典型的YABBY蛋白结构特征,含有2个保守基序,由α螺旋和β折叠形成蛋白三级结构,定位于细胞核中。系统进化树分析表明,PdaYABBY1与毛果杨(Populus trichocarpa)和葡萄(Vitis vinifera)的YABBY蛋白亲缘关系较近。实时荧光定量PCR结果表明,PdaYABBY1基因在叶片中表达量较高,而在根部表达量较低。此外,PdaYABBY1响应盐胁迫与干旱胁迫,干旱胁迫下,其在根部的表达量显著增加,而在盐胁迫下,其在叶片中的表达量显著增加。这些结果表明PdaYABBY1可能在山新杨的抗旱和耐盐过程中起着重要作用。 展开更多
关键词 yabby 山新杨 基因表达 非生物胁迫
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金花茶YABBY基因家族鉴定及功能分析
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作者 张梓扬 陈德星 +3 位作者 李文卉 林宇清 孙维红 邹双全 《北方园艺》 北大核心 2025年第17期1-9,共9页
以金花茶为试材,采用生物信息学方法,研究了YABBY基因家族的全基因组鉴定及功能分析,以期为金花茶资源开发及花器官发育分子机制研究提供参考依据。结果表明:在金花茶基因组中共鉴定出9个YABBY基因(CnYABBY1~CnYABBY9),可分为4个亚家族... 以金花茶为试材,采用生物信息学方法,研究了YABBY基因家族的全基因组鉴定及功能分析,以期为金花茶资源开发及花器官发育分子机制研究提供参考依据。结果表明:在金花茶基因组中共鉴定出9个YABBY基因(CnYABBY1~CnYABBY9),可分为4个亚家族,分布于7条染色体上,成员间序列保守,且均预测定位于细胞核。启动子顺式作用元件分析显示,光响应元件最为丰富,暗示其可能参与调控光合作用;此外还富含脱落酸、厌氧及茉莉酸甲酯等响应元件。不同花期表达量表明,除CnYABBY3和CnYABBY5外,其他成员均在花发育不同时期的花器官中表达。其中,CnYABBY1在雌蕊发育中持续高表达,并在萼片发育早期(Ⅰ、Ⅱ期)显著高表达,提示其可能是调控雌蕊发育及萼片形态建成的关键基因。综上所述,金花茶YABBY基因家族在光合作用及花器官(尤其雌蕊与萼片)发育中发挥重要作用,CnYABBY1是其中的关键调控因子。 展开更多
关键词 yabby基因家族 金花茶 生物信息学 花器官
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菠菜YABBY基因家族鉴定与表达分析
6
作者 方瑜 刘梓涵 +2 位作者 袁满 陈星林 蔡晓锋 《上海师范大学学报(自然科学版中英文)》 2025年第3期335-348,共14页
YABBY基因家族在植物叶片发育中起着关键作用.本研究通过生物信息学方法鉴定出4个菠菜(Spinacia oleracea L.)YABBY基因家族成员,依次命名为SoYAB1~4.亚细胞定位结果表明,其中3个基因定位在细胞核,1个定位在细胞壁.保守性分析结果表明,... YABBY基因家族在植物叶片发育中起着关键作用.本研究通过生物信息学方法鉴定出4个菠菜(Spinacia oleracea L.)YABBY基因家族成员,依次命名为SoYAB1~4.亚细胞定位结果表明,其中3个基因定位在细胞核,1个定位在细胞壁.保守性分析结果表明,菠菜YABBY基因家族由C2C2锌指结构域与YABBY结构域组成,成员之间相对保守.根据系统发育关系分析结果,将4个序列分成4个亚族.启动子和表达分析结果表明,菠菜YABBY基因主要在叶片中表达,尤其在功能性叶片中表达最为显著.菠菜YABBY基因家族成员的表达受低温、盐胁迫和多种激素胁迫的影响.这些研究结果为后期进行YABBY基因的克隆与功能分析提供理论基础,为理解菠菜叶片发育的分子机制提供了理论支撑. 展开更多
关键词 菠菜(Spinacia oleracea L.) yabby基因家族 生物信息学 表达分析
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毛白杨PtoYABBY2和PtoYABBY12的克隆及功能分析
7
作者 张超超 韩开元 +1 位作者 王彤 陈仲 《生物技术通报》 北大核心 2025年第9期256-264,共9页
【目的】探究毛白杨PtoYABBY2和PtoYABBY12在开花和叶片发育过程中的作用,为毛白杨分子设计育种提供有价值的参考基因。【方法】利用同源克隆法克隆毛白杨PtoYABBY2和PtoYABBY12,并对其进行生物信息学、系统发育、表达模式、亚细胞定位... 【目的】探究毛白杨PtoYABBY2和PtoYABBY12在开花和叶片发育过程中的作用,为毛白杨分子设计育种提供有价值的参考基因。【方法】利用同源克隆法克隆毛白杨PtoYABBY2和PtoYABBY12,并对其进行生物信息学、系统发育、表达模式、亚细胞定位分析,通过拟南芥异源转化探究这2个基因的功能。【结果】毛白杨PtoYABBY2和PtoYABBY12具有完整的YABBY结构域和C2C2结构域,二者属于YABBY基因家族YAB2亚类的基因成员,蛋白均定位于细胞核中。PtoYABBY2和PtoYABBY12在毛白杨雌雄花芽发育过程中呈现不同的表达规律;在毛白杨根、茎、幼叶和成熟叶片中均有表达,且在成熟叶片中表达量最高。与野生型拟南芥相比,PtoYABBY2和PtoYABBY12的过表达植株均表现出明显的早花表型,但叶片形态、花序结构和花器官形态未发生显著变化。过表达转基因株系中,促进开花基因AtFT、AtSOC1、AtFUL和AtLFY相对表达量高于野生型拟南芥,抑制开花基因At FLC相对表达量显著低于野生型拟南芥。【结论】毛白杨PtoYABBY2和PtoYABBY12在开花过程中发挥关键作用,可正向促进植物提前开花。 展开更多
关键词 毛白杨 yabby 开花时间 表达模式 功能研究
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牡丹YABBY基因家族的全基因组鉴定、表征及表达分析
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作者 刘仲阳 杨斌 +4 位作者 张中起 王连祥 时晶晶 吕令华 苑红霞 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第16期33-40,共8页
对牡丹YABBY基因家族进行全基因组鉴定和表征,分析其在牡丹种子不同发育时期以及响应高温胁迫中的表达模式,以期为明确牡丹YABBY基因家族功能提供理论基础。通过生物信息学的方法分析牡丹YABBY基因的染色体定位、理化性质、基因结构、... 对牡丹YABBY基因家族进行全基因组鉴定和表征,分析其在牡丹种子不同发育时期以及响应高温胁迫中的表达模式,以期为明确牡丹YABBY基因家族功能提供理论基础。通过生物信息学的方法分析牡丹YABBY基因的染色体定位、理化性质、基因结构、蛋白基序、启动子元件、基因复制、系统进化关系和表达模式等。结果表明,牡丹基因组有8个YABBY基因,其编码蛋白多为亲水性蛋白。牡丹YABBY基因家族存在1对由片段复制产生的旁系同源基因PosYABBY1~PosYABBY8。牡丹YABBY基因的启动子区域具有与生长发育、干旱胁迫、高温胁迫和激素响应相关的顺式调控作用元件。PosYABBY1、PosYABBY4和PosYABBY5在种子发育过程中优势表达,可能参与牡丹种子发育的调控过程。PosYABBY4、PosYABBY5和PosYABBY7受高温胁迫上调表达,而PosYABBY1、PosYABBY6和PosYABBY8受高温胁迫下调表达,它们可能参与到牡丹响应高温胁迫的调控过程。牡丹YABBY蛋白主要与植物形态建成、生长素调控和致病过程等的相关蛋白互作。研究结果可为牡丹YABBY基因功能的进一步验证和遗传利用提供数据参考。 展开更多
关键词 牡丹 yabby 鉴定 表达特征 蛋白互作
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草莓YABBY基因家族的鉴定及表达分析 被引量:4
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作者 余婷婷 沈淑容 +4 位作者 许以灵 王欣雨 余瑶 马伯军 陈析丰 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期104-121,共18页
YABBY蛋白是一类调控植物形态建成与器官发育的重要转录因子。为了研究草莓YABBY,通过生物信息学技术鉴定了森林草莓(二倍体)与栽培草莓(八倍体)的YABBY基因家族成员及其序列特征,构建了各成员与植物YABBY的系统发育树与共线性关系图,... YABBY蛋白是一类调控植物形态建成与器官发育的重要转录因子。为了研究草莓YABBY,通过生物信息学技术鉴定了森林草莓(二倍体)与栽培草莓(八倍体)的YABBY基因家族成员及其序列特征,构建了各成员与植物YABBY的系统发育树与共线性关系图,并利用RNA-seq数据与定量逆转录聚合酶链反应(quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)技术分析其表达模式,构建绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)融合表达载体,在烟草叶细胞中瞬时表达观察其亚细胞定位。研究结果表明,森林草莓有6个FvYABBY基因,栽培草莓有26个FxaYABBY基因;FvYABBY基因家族成员可归为5个不同的进化分支,与拟南芥AtYABBY基因家族存在5对直系同源。在森林草莓中,所有Fv YABBY在根和花托中基本不表达,FvYABBY1、FvYABBY2、FvYABBY5和FvYABBY6在叶、茎、花和瘦果中高表达;在栽培草莓中,FxaYABBY1、FxaYABBY2、FxaYABBY5和FxaYABBY6在瘦果中表达,所有FxaYABBY在花托中为低表达或不表达。此外,在低温、高盐和干旱等非生物胁迫下,FvYABBY1、FvYABBY3、FvYABBY4和FvYABBY6下调表达,FvYABBY5上调表达,FvYABBY2则先上调后下调表达。在烟草叶细胞中,所有FvYABBY蛋白均定位在细胞核。以上结果为草莓YABBY基因的后续功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 草莓 yabby基因家族 序列分析 表达模式 亚细胞定位
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向日葵YABBY基因家族鉴定及表达分析 被引量:3
10
作者 王茜 周家燕 +5 位作者 王倩 邓玉萍 张敏慧 陈静 杨军 邹建 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期199-211,共13页
【目的】鉴定向日葵中花发育相关的HaYABBY基因,有助于探究其在向日葵花发育过程中的生物学功能和调控机制,为向日葵品种选育提供重要的分子线索。【方法】基于向日葵基因组和转录组数据,使用生物信息学方法,分析向日葵YABBY基因家族成... 【目的】鉴定向日葵中花发育相关的HaYABBY基因,有助于探究其在向日葵花发育过程中的生物学功能和调控机制,为向日葵品种选育提供重要的分子线索。【方法】基于向日葵基因组和转录组数据,使用生物信息学方法,分析向日葵YABBY基因家族成员的染色体定位、系统进化关系、基因结构、保守基序、蛋白结构及理化性质、启动子顺式作用元件和组织表达模式等,并通过RT-qPCR分析HaYABBY基因在WT向日葵和花分生组织决定和花器官分化缺陷突变体cb1中st2-st8时期的表达差异。【结果】在向日葵基因组中鉴定到12个YABBY基因家族成员,分属于4个亚家族,分布在8条染色体上,并且同一亚家族中成员在基因结构和保守基序组成上高度相似。其中8个基因HaYABBY1a、HaYABBY1c、HaYABBY3、HaYABBY4b、HaYABBY5a、HaYABBY5b、HaCRABS CLAWa、HaCRABS CLAWb在向日葵花发育时期特异性高表达。在这8个基因中,HaYABBY3、HaYABBY5a和HaYABBY5d在突变体cb1花发育后期表达上调,且与WT花发育早期水平相当;而HaYABBY4b和HaCRABS CLAWa在cb1中的表达被强烈抑制。顺式作用元件分析显示,HaYABBY均含有多个启动子顺式作用元件,部分元件仅存在于特定基因中。其中,胚乳表达元件存在于HaCRABS CLAWa和HaYABBY4a中;生长素响应元件存在于HaCRABS CLAWa、HaCRABS CLAWb、HaYABBY4a、HaYABBY4b和HaYABBY5c中;分生组织表达元件存在于HaYABBY1a、HaYABBY1c、HaYABBY4b、HaYABBY5a和HaYABBY5d中;赤霉素响应元件存在于HaCRABS CLAWa、HaYABBY5b、HaYABBY5c和HaYABBY5d中;种子特异性调控元件存在于HaYABBY5a、HaYABBY5c和HaYABBY5d中。【结论】HaYABBY3、HaYABBY4b、HaYABBY5a、HaYABBY5d和HaCRABS CLAWa等5个HaYABBY基因在花分生组织的转变和花器官发生过程中可能发挥重要作用,它们在花分生组织转变和花器官发生调控中可能受到生长素响应因子ARF、赤霉素响应因子MYB以及MADS-box等关键因子调节。 展开更多
关键词 向日葵 yabby基因家族 花发育 花分生组织转变 花器官发生 基因表达
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黑果枸杞YABBY转录因子家族鉴定与生物信息学分析 被引量:2
11
作者 刘筠 李效雄 +5 位作者 贾西贝 马瑞 柳迪 杜雨 胡晓桐 马彦军 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1729-1741,共13页
为探究黑果枸杞(Lycium ruthenicum)YABBY基因家族在盐胁迫下的耐盐分子机制,本文采用生物信息学方法,对黑果枸杞转录组数据库中YABBY家族成员的理化性质、保守结构域、进化树及表达模式进行分析。结果表明,黑果枸杞转录组数据中共筛选... 为探究黑果枸杞(Lycium ruthenicum)YABBY基因家族在盐胁迫下的耐盐分子机制,本文采用生物信息学方法,对黑果枸杞转录组数据库中YABBY家族成员的理化性质、保守结构域、进化树及表达模式进行分析。结果表明,黑果枸杞转录组数据中共筛选出10个YABBY家族成员,分布在YAB1/YAB3,YAB2和YAB5亚家族中。蛋白质亚细胞定位预测结果表明,其家族成员主要定位于细胞核。黑果枸杞YABBY家族蛋白分子量介于11 676.16~23 751.85 D;等电点介于6.47~9.62;总原子数介于1 584~3 294;氨基酸个数介于106~213 aa;脂溶指数介于55.06~81.04;不稳定系数介于26.38~70.05;蛋白成员均为亲水蛋白。LrYABBY家族的蛋白质C端具有YABBY保守结构域,无规则卷曲和α-螺旋占比较大。表达分析证明,NaCl胁迫株的不同器官中LrYABBYs具有不同的表达趋势,LrYABBY10在根中高表达,LrYABBY8在叶中高表达,表明其可能在黑果枸杞盐胁迫响应中发挥重要作用。该结果为黑果枸杞YABBY家族及其盐胁迫响应方面的进一步研究提供参考。 展开更多
关键词 黑果枸杞 NACL胁迫 yabby转录因子 生物信息学分析
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番茄转录因子SlYABBY5的克隆与表达分析 被引量:5
12
作者 王苏苏 陈国平 +5 位作者 张彦杰 殷文成 朱明库 张建苓 唐区林 胡宗利 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期240-249,共10页
YABBY家族是植物中特有的一个小基因家族,具有典型N端C2C2型锌指结构域和C端螺旋环螺旋YABBY结构域。经同源序列比对分析,从番茄(Solanum Lycopersicon)中克隆了YABBY家族的一个转录因子,将其命名为SlYABBY5(Gen Bank登录号为AK246138)... YABBY家族是植物中特有的一个小基因家族,具有典型N端C2C2型锌指结构域和C端螺旋环螺旋YABBY结构域。经同源序列比对分析,从番茄(Solanum Lycopersicon)中克隆了YABBY家族的一个转录因子,将其命名为SlYABBY5(Gen Bank登录号为AK246138)。生物信息学分析表明,SlYABBY5基因ORF长为549 bp,编码182个氨基酸残基,相对分子量为20.58 k D,等电点为8.78。实时荧光定量PCR表达模式分析表明,SlYABBY5基因可能参与果实和叶片的发育;SlYABBY5在IAA、ABA、GA3、ASA和低温胁迫下表达量下调,在高盐和叶伤胁迫下表达量上调。研究结果初步证实SlYABBY5参与番茄的生长发育以及响应非生物逆境胁迫,为SlYABBY5基因参与逆境信号途径及番茄生长发育的研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 yabby家族 Slyabby5 表达模式分析 非生物逆境胁迫
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苹果YABBY基因家族的鉴定、进化及表达分析 被引量:17
13
作者 邵红霞 陈鸿飞 +3 位作者 张东 吴海芹 赵彩平 韩明玉 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第7期1129-1138,共10页
从苹果全基因组范围内共鉴定出13个YABBY基因,通过聚类分析将其分为YAB1/YAB3、YAB2、INO、YAB5和CRC 5个亚家族。Md YABBY基因分布在苹果的9条染色体上,在第16条染色体上分布最多。Md YABBY蛋白长度介于60~538个氨基酸,等电点为4.84~9.... 从苹果全基因组范围内共鉴定出13个YABBY基因,通过聚类分析将其分为YAB1/YAB3、YAB2、INO、YAB5和CRC 5个亚家族。Md YABBY基因分布在苹果的9条染色体上,在第16条染色体上分布最多。Md YABBY蛋白长度介于60~538个氨基酸,等电点为4.84~9.81,所有Md YABBY蛋白都包含有锌指结构和YABBY两个保守结构域,同一个亚家族内的成员表现出相似的基因结构和蛋白保守基序分布;基因顺式作用元件分析发现,Md YABBY基因包含许多与抗逆和激素响应有关的作用元件。基因表达分析发现,Md YABBY基因在花、果和叶中的表达量较高,5个Md YABBY基因在果实发育的3个时期均明显地上调表达。 展开更多
关键词 苹果 yabby基因 聚类分析 进化 基因表达
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玉米YABBY基因家族的全基因组鉴定与分析 被引量:13
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作者 葛敏 吕远大 +3 位作者 张体付 李坦 张晓林 赵涵 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期1267-1272,共6页
YABBY基因家族作为植物特有的转录因子家族,在调控植物侧生器官发育中发挥重要作用。本研究利用玉米全基因组数据分析玉米YABBY基因家族,阐明该基因家族成员结构、系统进化发育关系以及基因家族成员在玉米不同组织及不同发育时期的表达... YABBY基因家族作为植物特有的转录因子家族,在调控植物侧生器官发育中发挥重要作用。本研究利用玉米全基因组数据分析玉米YABBY基因家族,阐明该基因家族成员结构、系统进化发育关系以及基因家族成员在玉米不同组织及不同发育时期的表达谱。结果显示,玉米参考基因组中存在13个YABBY基因,命名为Zm YABBY1~Zm YABBY13,根据系统发育关系和序列相似性将该基因家族分为4亚类S1~S4。RNAseq数据显示玉米YABBY基因在籽粒、茎和茎端分生组织(Shoot apical meristem,SAM)、幼胚及叶片中有较高表达,预示玉米YABBY基因可能在上述器官发育中发挥调控作用。本研究结果为进一步解析该基因家族的功能奠定了研究基础。 展开更多
关键词 玉米 yabby 转录因子 表达谱
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棉花YABBY基因家族的全基因组分析 被引量:16
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作者 徐珍珍 倪万潮 +3 位作者 张香桂 郭琪 徐鹏 沈新莲 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期146-152,共7页
YABBY基因家族属于锌指蛋白超家族(Zinc finger super-family)的亚家族,在调控植物叶和花器官发育过程中起着重要的作用。从陆地棉标准系TM-1(Gossypium hirsutum L.acc.TM-1)基因组中鉴定到23个YABBY基因家族成员,具有不同的亚细胞定位... YABBY基因家族属于锌指蛋白超家族(Zinc finger super-family)的亚家族,在调控植物叶和花器官发育过程中起着重要的作用。从陆地棉标准系TM-1(Gossypium hirsutum L.acc.TM-1)基因组中鉴定到23个YABBY基因家族成员,具有不同的亚细胞定位;这些基因分布在16条染色体和1条Scaffold上,且有9对共线性基因;棉花的YABBY基因家族分为4个亚组,每个亚组都有与拟南芥同源的基因,且每个亚组成员间具有相似的基序类型和排列顺序;组织表达分析表明,TM-1全基因组中的23个YABBY基因家族成员具有较为广泛的组织表达类型。所有YABBY基因家族成员在花、蕾和茎端分生组织中表达。 展开更多
关键词 yabby基因家族 陆地棉 基因组
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辣椒YABBY基因家族的全基因组分析 被引量:5
16
作者 李菲 龚记熠 +2 位作者 张习敏 张宇斌 乙引 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期3847-3853,共7页
YABBY基因家族成员在叶和子叶,花器官和胚珠珠被的发育中起关键作用。拟南芥中,YABBY基因家族已经有较透彻的研究。本研究以拟南芥YABBY基因为检索序列,挖掘辣椒‘遵辣一号’和其野生祖先‘Chiltepin’基因组中的YABBY基因序列,并进行... YABBY基因家族成员在叶和子叶,花器官和胚珠珠被的发育中起关键作用。拟南芥中,YABBY基因家族已经有较透彻的研究。本研究以拟南芥YABBY基因为检索序列,挖掘辣椒‘遵辣一号’和其野生祖先‘Chiltepin’基因组中的YABBY基因序列,并进行染色体定位、系统进化及可能的功能等分析。分析结果表明,辣椒基因组中含有7~8个YABBY基因,和墨西哥野生祖先‘Chiltepin’相比,栽培品种‘遵辣一号’YABBY基因大体保持了一致,但也有重要的区别。‘Chiltepin’九号染色体上的基因Capang09g000047,与‘遵辣一号’中一号染色体上的Capana01g003578序列相近,位于同一分支。可能是由于‘Chiltepin’九号染色体上的基因Capang09g000047发生了移位产生。此外,‘遵辣一号’中十一号染色体上的Capana11g002002,在‘Chiltepin’中没有对应基因。这一基因与‘遵辣一号’和‘Chiltepin’一号染色体上的同源基因序列非常相似。对YABBY基因家族在‘遵辣一号’开花期植株的幼叶、成熟叶片、花芽和成熟花中的表达分析,发现YABBY基因家族成员在叶和花中广泛表达,不同成员间表达量具有较大差异。本研究为辣椒基因组中YABBY基因家族的功能研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 辣椒(Capsicum annuum L.) 发育 系统进化 驯化 yabby基因家族
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人参中YABBY基因家族鉴定与表达分析 被引量:6
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作者 刘秀波 王思嘉 +4 位作者 孙嘉莹 任伟超 刘美琦 于欣欣 马伟 《中药材》 CAS 北大核心 2021年第12期2970-2975,共6页
目的:通过分析人参YABBY基因家族鉴定与表达分析,为人参功能基因开发利用提供理论依据。方法:运用PlantTFDB数据库、ExPASy网站、MEME网站、MEGA软件和TBtools进行PgYABBY表达分析。结果:人参中含有16个YABBY基因家族成员,其中13个定位... 目的:通过分析人参YABBY基因家族鉴定与表达分析,为人参功能基因开发利用提供理论依据。方法:运用PlantTFDB数据库、ExPASy网站、MEME网站、MEGA软件和TBtools进行PgYABBY表达分析。结果:人参中含有16个YABBY基因家族成员,其中13个定位在细胞核,其余3个分别定位在过氧物酶体、细胞质和细胞外基质,相对分子质量在7914.07~33704.77 ku之间,等电点在7.67~10.93之间,氨基酸数目在70~306 aa之间,均为亲水蛋白。结论:PgYABBY3、PgYABBY4、PgYABBY5、PgYABBY6可能参与花青素的累积;根据AaYABBY5合成萜类化合物青蒿素,并与PgYABBY8为同源基因,推测PgYABBY8可能参与人参皂苷的合成,在低温胁迫下,PgYABBY3也可参与其积累。 展开更多
关键词 人参 yabby 生物信息学 基因家族 低温胁迫
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拟南芥和大白菜YABBY蛋白家族的生物信息学分析 被引量:15
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作者 李晓波 杨翠翠 邱念伟 《山东农业科学》 2012年第12期1-6,共6页
YABBY基因家族是一类含有C2C2锌指结构域和YABBY结构域的转录因子,在植物叶器官发育过程中起到重要的调控作用。本研究利用生物信息学的方法对拟南芥和大白菜YABBY基因家族的结构、系统进化、序列保守性以及顺式反应元件进行了分析。主... YABBY基因家族是一类含有C2C2锌指结构域和YABBY结构域的转录因子,在植物叶器官发育过程中起到重要的调控作用。本研究利用生物信息学的方法对拟南芥和大白菜YABBY基因家族的结构、系统进化、序列保守性以及顺式反应元件进行了分析。主要结果如下:YABBY基因在拟南芥和大白菜染色体上呈不均匀分布;基因的结构以含有6个内含子为主要形式;所有拟南芥和大白菜YABBY基因都具有保守的C2C2锌指结构域和YABBY结构域;YABBY蛋白家族在进化上可分为4个不同的亚组;YABBY基因的启动子序列中存在多个能够响应不同激素和逆境信号的顺式反应元件。本文为进一步研究YABBY基因在大白菜叶球发育中的调控作用和逆境响应中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 拟南芥 大白菜 yabby基因 生物信息学分析
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小麦YABBY基因的生物信息学分析 被引量:8
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作者 赵伟 宿红艳 王磊 《现代农业科技》 2009年第7期139-141,共3页
[目的]对小麦YABBY基因家族成员TaYAB1与TaCRC基因进行生物信息学分析。[方法]利用相应的计算机软件及数据库,对这2个基因的理化性质、结构与功能进行分析预测,同时构建其同源基因的系统进化树。[结果]TaYAB1与TaCRC蛋白为不稳定亲水性... [目的]对小麦YABBY基因家族成员TaYAB1与TaCRC基因进行生物信息学分析。[方法]利用相应的计算机软件及数据库,对这2个基因的理化性质、结构与功能进行分析预测,同时构建其同源基因的系统进化树。[结果]TaYAB1与TaCRC蛋白为不稳定亲水性蛋白,其蛋白结构中无跨膜区,属于非分泌性蛋白。TaYAB1与TaCRC蛋白亚细胞定位于细胞核,有多种二级结构形式。功能分析预测这2个蛋白具有转录与转录调控功能。[结论]在小麦背腹极性建立中,小麦TaYAB1与TaCRC基因可能在转录调控过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 小麦 yabby基因家族 TaYAB1基因 TaCRC基因 生物信息学
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水稻OsYABBY6基因参与叶片发育的初步研究 被引量:7
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作者 夏妙林 唐冬英 +5 位作者 杨远柱 李懿星 王文文 吕恒 刘选明 林建中 《生命科学研究》 CAS CSCD 2017年第1期23-30,共8页
水稻YABBY基因家族在植物侧生器官发育过程中起着重要调控作用。在研究中,采用合成型转录因子的方法将转录抑制结构域EAR融合于OsYABBY6的C-端,获得转基因株系CE-OsYABBY6。表型分析发现,转基因株系CE-OsYABBY6-16和CE-OsYABBY6-19成熟... 水稻YABBY基因家族在植物侧生器官发育过程中起着重要调控作用。在研究中,采用合成型转录因子的方法将转录抑制结构域EAR融合于OsYABBY6的C-端,获得转基因株系CE-OsYABBY6。表型分析发现,转基因株系CE-OsYABBY6-16和CE-OsYABBY6-19成熟期的剑叶均明显表现出朝近轴面卷曲,其卷曲指数相比于野生型均显著提高(P<0.05),说明OsYABBY6参与了水稻叶的发育调控。进一步的细胞组织学分析发现,与野生型相比,CE-OsYABBY6-16叶片横切面中的泡状细胞束的总数、非正常泡状细胞束的数量和比率均显著增加,说明OsYABBY6蛋白与泡状细胞的发育相关。同时,转基因株系CE-OsYABBY6中细胞周期及细胞伸长相关基因的转录水平显著升高,说明OsYABBY6对细胞分裂及生长产生了影响,最终导致了叶片发育的异常。总之,水稻转录因子OsYABBY6参与了叶的近-远轴发育调控,尤其是叶片近轴面的发育调控,而且是泡状细胞发育和叶片伸展所必需的。 展开更多
关键词 水稻 转录因子 OS yabby6 叶片发育 泡状细胞
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