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龟鹿二仙胶对膝骨关节炎大鼠肠道菌群的影响:机器学习与16S rDNA分析 被引量：1
1
作者 顾富城 杨美鑫 +6 位作者 吴伟欣 蔡玮俊 钦洋溢 孙铭一 孙健 耿秋东 李楠 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第4期1058-1072,共15页
背景:龟鹿二仙胶由龟甲胶、鹿角胶、枸杞子和人参组成。在早期的临床观察中,发现使用龟鹿二仙胶治疗肝肾不足型膝骨关节炎患者能有效缓解膝关节疼痛、增加运动范围、提高行走能力。然而,口服龟鹿二仙胶能够对膝关节产生局部治疗作用的... 背景:龟鹿二仙胶由龟甲胶、鹿角胶、枸杞子和人参组成。在早期的临床观察中,发现使用龟鹿二仙胶治疗肝肾不足型膝骨关节炎患者能有效缓解膝关节疼痛、增加运动范围、提高行走能力。然而,口服龟鹿二仙胶能够对膝关节产生局部治疗作用的确切机制尚不清楚。目的:研究龟鹿二仙胶对膝骨关节炎大鼠肠道菌群的影响,并利用16SrDNA测序和机器学习分析评估其作用机制。方法:将18只雄性SD大鼠随机分为3组:空白组、模型组、龟鹿二仙胶组,每组6只。模型组和龟鹿二仙胶组采用内侧半月板失稳手术制备膝骨关节炎模型。造模成功后,龟鹿二仙胶组灌胃龟鹿二仙胶水煎剂,空白组和模型组则给予等量的蒸馏水。持续干预28 d后,使用高效液相色谱技术检测龟鹿二仙胶有效成分;MRI成像观察大鼠膝关节软骨情况采集各组大鼠粪便样本,使用试剂盒提取DNA,通过PCR扩增及纯化,构建Illumina测序文库,利用Illumina MiSeq平台进行高通量测序,生成原始序列数据。得到原始数据后,使用QIIME2软件对数据进行处理,使用线性判别分析效应值和随机森林算法对微生物数据进行差异性物种筛选,使用KEGG和MetaCyc功能通路分析探索关键菌群与实验组间的关联,使用线性判别分析效应值和随机森林算法筛选差异性物种,使用关联网络分析微生物群落间的相互作用,结合机器学习方法分析肠道菌群组成和变化。结果与结论:①龟鹿二仙胶中药复方进行LC-MS成分鉴定,共指出7种有效成分。②MRI成像显示,龟鹿二仙胶组大鼠高密度影的滑膜炎症范围减少,且股骨头内侧髁软骨较模型组退化较少。③16SrDNA测序显示模型组大鼠表现出明显的菌群失衡,在门水平上厚壁菌门和拟杆菌门的丰度显著降低,而变形菌门的比例显著增加(P<0.05)。龟鹿二仙胶组大鼠的肠道菌群结构有了显著改善,其厚壁菌门和拟杆菌门的比例回升,恢复了更为多样的菌群组成,接近空白组(P<0.05)。④KEGG和MetaCyc功能通路分析显示,龟鹿二仙胶组显著激活了多条代谢通路,包括氨基酸代谢、脂质代谢和生物素合成通路(P<0.05)。⑤上述结果提示,龟鹿二仙胶含有7种有效成分,并利用16SrDNA测序分析膝骨关节炎大鼠肠道菌群变化;龟鹿二仙胶能显著改善肠道菌群失衡,恢复有益菌丰度,对肠道菌群组成有显著影响,为龟鹿二仙胶的药效及机制提供了科学依据。 展开更多
关键词 龟鹿二仙胶 膝骨关节炎 肠道菌群 16Srdna测序 机器学习 Α多样性 Β多样性 差异通路
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基于16S rDNA测序及LC-MS技术探讨四妙勇安汤对糖尿病溃疡小鼠的促愈机制
2
作者 赵亚男 魏建梁 +1 位作者 李秋 刘明 《中华中医药杂志》 北大核心 2025年第2期893-900,共8页
目的:观察四妙勇安汤对糖尿病溃疡小鼠肠道菌群及创面代谢组学的影响。方法:雄性C57/BL6小鼠采用高脂高糖饲料联合链脲佐菌素液腹腔注射法制备糖尿病模型,分别取正常对照组与糖尿病组制作溃疡模型,并分为对照组、模型组、四妙勇安汤组... 目的:观察四妙勇安汤对糖尿病溃疡小鼠肠道菌群及创面代谢组学的影响。方法:雄性C57/BL6小鼠采用高脂高糖饲料联合链脲佐菌素液腹腔注射法制备糖尿病模型,分别取正常对照组与糖尿病组制作溃疡模型,并分为对照组、模型组、四妙勇安汤组。四妙勇安汤组给予四妙勇安汤水煎液灌胃,余给予0.9%氯化钠溶液灌胃。于造模后第7天采用16S rDNA测序技术检测小鼠肠道菌群的变化,采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)技术检测创面代谢组学的变化。结果:对照组在造模后第3、7天创面愈合率显著高于同期模型组和四妙勇安汤组(P<0.05),四妙勇安汤组创面愈合率显著高于同期模型组(P<0.05)。3组小鼠肠道菌群结构明显不同,对照组丰度最高的为乳杆菌属、乳杆菌科、乳杆菌目;模型组丰度最高的为梭菌目、梭菌纲;四妙勇安汤组丰度最高的为p_75_a5属、梭菌属、鞘脂杆菌纲等。3组创面代谢组学有明显差异,集中在脂质代谢、氨基酸代谢、核苷酸代谢等方面。差异代谢产物主要涉及Hedgehog通路、嘧啶代谢等代谢通路。结论:糖尿病溃疡小鼠肠道菌群结构及创面代谢组学较非糖尿病溃疡小鼠发生了明显变化,四妙勇安汤干预后改变了小鼠肠道菌群结构及创面代谢产物,并达到了促进创面愈合的目的。 展开更多
关键词 糖尿病溃疡 四妙勇安汤 肠道菌群 代谢组学 促愈机制 16S rdna测序 液相色谱-质谱联用
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基于16S rDNA扩增子分析柑橘黄龙病植株叶片中脉内生细菌菌群
3
作者 张利平 刘顺民 +2 位作者 蒲占湑 朱莉 吕佳 《浙江农业科学》 2025年第2期440-444,共5页
文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组... 文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组有54种OTU,HLB组只有38种OTU,其中HC组注释到属水平的有38个属,HLB组有30个属,在HLB组中,黄龙病菌(Candidatus Liberibacter)是优势菌群,平均占比达到81.35%,而在HC组中并未发现黄龙病菌。通过t-test分析发现,发病组和健康组中的Cadidatus Liberibacter和Roseburia2个微生物的占比在属水平上具有显著差异;根据Spearman秩相关性分析发现黄龙病菌与拟杆菌属(Bacteroides)、梭形杆菌属(Fusobacterium)及罗氏菌属(Roseburia)3个属呈正相关,与鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、放线菌属(Amnibacterium)、甲基杆菌属(Methylobacterium)及Beijerinckiaceae 1174-901-12这4个属呈负相关。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 16S rdna 内生细菌
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基于16S rDNA基因测序分析原发性高血压患者眼表菌群特征 被引量：1
4
作者 张婷 杨杨 +2 位作者 李爽乐 向圣锦 曹文斋 《中华高血压杂志(中英文)》 北大核心 2025年第8期749-757,共9页
目的基于16S rDNA高通量测序分析原发性高血压患者眼表菌群的构成及特征,为高血压相关眼病的预防及治疗提供新思路。方法选择2022年7月至12月自贡市第一人民医院门诊就诊的60例原发性高血压患者为高血压组,选择同期30名健康志愿者为对... 目的基于16S rDNA高通量测序分析原发性高血压患者眼表菌群的构成及特征,为高血压相关眼病的预防及治疗提供新思路。方法选择2022年7月至12月自贡市第一人民医院门诊就诊的60例原发性高血压患者为高血压组,选择同期30名健康志愿者为对照组。通过高通量测序技术对眼表细菌16S rDNA基因的V3~V4可变区进行检测,比较两组眼表菌群的差异。结果测序共得到6544987条有效序列,3748个操作分类单元(OTUs),其中高血压组特有OTUs为1296个,对照组特有OTUs为476个。多样性分析显示,高血压组菌群α多样性的基于丰度的覆盖估计值(ACE)指数[494.03(356.68,888.36)比385.86(333.99,502.88),Z=-2.019,P=0.043]及Chao1指数[387.50(260.00,558.10)比343.15(256.45,413.55),Z=-2.009,P=0.045]高于对照组,β多样性分析显示两组间群落结构存在差异(P<0.05)。菌群相对丰度分析显示,高血压组放线菌门丰度[0.203(0.123,0.319)比0.117(0.058,0.181),Z=-2.441,P=0.015]、棒状杆菌属丰度[0.123(0.051,0.230)比0.034(0.017,0.100),Z=-2.822,P=0.004]高于对照组。特征性细菌线性判别分析显示,与对照组相比,高血压组放线菌门及放线菌纲,棒状杆菌目及棒状杆菌科、棒状杆菌属丰度增高。功能分析发现高血压组在烟酸和烟酰胺代谢、花生四烯酸代谢、核黄素代谢等14条通路上富集。结论高血压患者较健康人群的眼表菌群在多样性、相对丰度及特征性菌类方面发生了显著变化。 展开更多
关键词 眼表菌群 眼表微生物 高血压 16S rdna
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基于16S rDNA高通量测序技术探究三味阿拉坦其其格散对功能性消化不良大鼠肠道菌群的影响 被引量：1
5
作者 彭斯格热希 兴安 +2 位作者 吉日木巴图 齐和日玛 萨仁高娃 《中华中医药杂志》 北大核心 2025年第7期3393-3398,共6页
目的:研究三味阿拉坦其其格散对功能性消化不良(FD)大鼠肠道菌群的影响。方法:将SD大鼠32只随机分成正常组、模型组、多潘立酮组、三味阿拉坦其其格散组,采用不规则喂养加夹尾刺激法建立FD大鼠模型,造模同时药物干预15 d,观察各组大鼠... 目的:研究三味阿拉坦其其格散对功能性消化不良(FD)大鼠肠道菌群的影响。方法:将SD大鼠32只随机分成正常组、模型组、多潘立酮组、三味阿拉坦其其格散组,采用不规则喂养加夹尾刺激法建立FD大鼠模型,造模同时药物干预15 d,观察各组大鼠一般状态,测定胃内残留率及小肠推进率,用16S rDNA高通量测序技术分析三味阿拉坦其其格散对FD大鼠肠道菌群的影响。结果:与正常组比较,模型组大鼠胃内残留率显著上升(P<0.05),小肠推进率显著降低(P<0.05)。与模型组比较,给药组大鼠胃内残留率显著降低(P<0.05),小肠推进率显著上升(P<0.05)。FD大鼠用三味阿拉坦其其格散干预后,大鼠肠道菌群结构有明显变化,与模型组比较,三味阿拉坦其其格散组显著提高了肠道菌群的丰富性和多样性(P<0.01,P<0.05)。与模型组比较,三味阿拉坦其其格散组厚壁菌门与拟杆菌门的比值明显提高,乳酸杆菌属的相对丰度明显增加。三味阿拉坦其其格散干预FD大鼠后改变了肠道菌群优势菌种相对丰度。结论:三味阿拉坦其其格散能够改善FD大鼠的症状,调节其肠道菌群结构,上调有益菌相对丰度,提高肠道菌群丰富性和多样性,从而成为防治FD的重要途径之一。 展开更多
关键词 三味阿拉坦其其格散 功能性消化不良 16S rdna高通量测序技术 肠道菌群
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基于16S rDNA扩增子测序研究球虫感染牦牛的肠道菌群多样性及其组成结构变化
6
作者 毕峻铭 李燕 +3 位作者 唐智慧 黄逸馨 曹随忠 王保宁 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第6期1625-1631,共7页
【目的】探讨球虫感染对牦牛肠道菌群的影响。【方法】从西藏拉萨市林周县采集36份7—12月龄牦牛粪便样品,根据粪便中球虫虫卵计数分为对照组(OPG=0,n=11)和感染组(100≤OPG≤4400,n=25)进行16S rDNA全长测序和功能基因预测分析。【结... 【目的】探讨球虫感染对牦牛肠道菌群的影响。【方法】从西藏拉萨市林周县采集36份7—12月龄牦牛粪便样品,根据粪便中球虫虫卵计数分为对照组(OPG=0,n=11)和感染组(100≤OPG≤4400,n=25)进行16S rDNA全长测序和功能基因预测分析。【结果】①感染组的蓝藻菌门相对丰度显著减少(P<0.001);丁酸弧菌属、Gastranaerophilales、解纤维素菌属、粪杆菌属和德库菌属的相对丰度显著降低(P<0.05),而埃希氏-志贺氏菌属的相对丰度显著增加(P<0.05)。②在种水平上,感染组中第三梭菌、嗜糖密螺旋体和未定德库菌的相对丰度显著降低(P<0.05),而大肠杆菌(Escherichia-coli)的相对丰度显著增加(P<0.05)。③KEGG功能预测分析表明,感染组中与志贺氏菌病、致病性大肠杆菌感染和细菌对上皮细胞的侵袭相关的通路显著上调(P<0.05),而碳水化合物代谢和脂质代谢通路显著下调(P<0.05)。【结论】揭示了球虫感染后牦牛肠道菌群多样性和组成结构的显著变化,以及对宿主代谢的影响,可为牦牛球虫病的防控提供科学依据。 展开更多
关键词 牦牛 球虫 16S rdna扩增子测序 肠道菌群 大肠杆菌
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基于28S rDNA序列的鲤科鱼类寄生指环虫属分子系统发育及协同进化分析
7
作者 田瀚吉 徐俊东 +3 位作者 贾婷 徐伟江 范丽仙 孟飞燕 《四川动物》 北大核心 2025年第6期624-634,共11页
单殖吸虫Monogenea具有极高的物种多样性及宿主特异性,是研究寄生虫-宿主协同进化的理想模型。本研究基于28S rDNA基因序列对指环虫科Dactylogyridae的53种物种进行系统发育分析,并结合云南地区宿主-寄生虫数据进行协同进化重建。结果显... 单殖吸虫Monogenea具有极高的物种多样性及宿主特异性,是研究寄生虫-宿主协同进化的理想模型。本研究基于28S rDNA基因序列对指环虫科Dactylogyridae的53种物种进行系统发育分析,并结合云南地区宿主-寄生虫数据进行协同进化重建。结果显示:(1)指环虫属Dactylogyrus为非单系群,中国与国外的鲤科Cyprinidae寄生类群分别形成独立分支;(2)贝叶斯系统发育树表明,寄生于鲤亚科Cyprininae的指环虫属单殖吸虫起源最早,其分化同时存在宿主内成种和宿主转移2种模式;(3)协同进化分析显示,宿主转移的发生频率显著高于宿主内成种,提示其可能是物种形成的主要驱动力。研究表明,云南地区鲤科鱼类寄生指环虫属物种形成的主要方式是宿主转移,且其进化模式受宿主亲缘关系、地理分布及寄生虫适应性共同影响,这为理解单殖吸虫-宿主协同进化机制提供了新证据。 展开更多
关键词 指环虫属 28S rdna序列 系统发育 协同进化
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基于16S rDNA测序的硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征分析
8
作者 杨思思 唐小翠 +2 位作者 赵晓航 王娜 姚武 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期158-161,共4页
目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、... 目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、α-SMA、COL1A1和TGF-βmRNA的表达,采用Western blot法检测肺组织中α-SMA蛋白的表达;收集肺泡灌洗液和粪便样本,采用16S rDNA测序方法检测肺部和肠道菌群的丰度和α多样性。结果:与对照组相比,SiO_(2)组小鼠肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、COL1A1、TGF-β、α-SMA mRNA表达水平和α-SMA蛋白表达水平均升高(P<0.05)。两组小鼠肺部和肠道菌群存在共同的差异菌群且变化相反,α多样性指标比较差异无统计学意义(P>0.05)。SiO_(2)组小鼠疣微菌门、阿克曼菌属和阿克曼菌等在肠道减少而在肺部增加(P<0.05)。结论:硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群发生变化并影响硅沉着病的发生发展。 展开更多
关键词 硅沉着病 肺纤维化 肺部菌群 肠道菌群 16S rdna测序 小鼠
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基于16S rDNA测序探讨滋肾通关方对慢性非细菌性前列腺炎大鼠“肠-前列腺”轴的影响 被引量：2
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作者 李晰然 陈梦娇 +4 位作者 邹恺平 赵晨光 代兴斌 张晓清 刘顺 《中国实验方剂学杂志》 北大核心 2025年第7期63-71,共9页
目的:基于“肠-前列腺”轴理论,通过检测炎症因子表达水平和慢性非细菌性前列腺炎(CNP)大鼠肠道菌群的组成结构,探究滋肾通关方及方中肉桂治疗CNP大鼠的作用与机制。方法:42只SD大鼠随机挑选8只作为正常组,其余动物采用注射角叉菜胶的... 目的:基于“肠-前列腺”轴理论,通过检测炎症因子表达水平和慢性非细菌性前列腺炎(CNP)大鼠肠道菌群的组成结构,探究滋肾通关方及方中肉桂治疗CNP大鼠的作用与机制。方法:42只SD大鼠随机挑选8只作为正常组,其余动物采用注射角叉菜胶的方法制备CNP模型,造模成功后将其中32大鼠随机分为模型组、宁泌泰胶囊组(0.50 g·kg^(-1))、滋肾通关方组(2.00 g·kg^(-1))、黄柏-知母药对组(2.00 g·kg^(-1)),每组8只,给药组分别给予相应药液灌胃,正常组和模型组给予等量生理盐水灌胃,1次/d,连续给药14 d。收集大鼠前列腺组织并进行苏木素-伊红(HE)染色和马松(Masson)染色,观察各组大鼠前列腺组织病理变化。利用酶联免疫吸附测定法(ELISA)检测大鼠血清中白细胞介素-8(IL-8)、超敏C-反应蛋白(hs-CRP)、免疫球蛋白M(IgM)、分泌型IgA(sIgA)、诱导型一氧化氮合酶(iNOS)、转化生长因子-β(1 TGF-β_(1))水平。利用16S rDNA测序分析给药前后肠道菌群变化。结果:各给药组均可缓解CNP大鼠的炎症症状,提高抗炎因子的表达水平,降低促炎因子的表达水平,以滋肾通关方组最明显。与正常组比较,模型组大鼠IL-8、hs-CRP、sIgA、IgM、iNOS表达水平均显著增加(P<0.01);与模型组比较,各个给药组上述炎症因子表达水平均显著降低(P<0.01);与黄柏-知母药对组比较,滋肾通关方组TGF-β_(1)表达水平明显降低(P<0.05),IgM表达水平显著增加(P<0.01)。肠道菌群结果显示,与黄柏-知母药对组比较,在目水平上,滋肾通关方组可以显著降低条件致病菌拟杆菌目(Bacteroidales)、Acidaminococcales、红螺菌目(Rhodospirillales)、梭菌目(Clostridiales)、迷踪菌目(Elusimicrobiales)菌群的相对丰度(P<0.01);在属水平上,显著降低致病菌毛螺菌属和拟杆菌属菌群的相对丰度(P<0.01),显著增加有益菌瘤胃球菌属和乳酸杆菌属等菌群的相对丰度(P<0.01)。结论:滋肾通关方可降低肠道有害菌水平、提升肠道有益菌水平,并下调血清炎症因子表达,方中配伍的少量肉桂可能对滋肾通关方治疗CNP起到关键作用。 展开更多
关键词 慢性非细菌性前列腺炎 肠道菌群 炎症因子 滋肾通关方 “肠-前列腺”轴 16S rdna测序
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基于18S rDNA的3种投喂模式与食性分析下中华绒螯蟹扣蟹对池塘饵料生物利用的差异比较
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作者 徐广伟 鹿珍珍 +1 位作者 孙云飞 成永旭 《上海海洋大学学报》 北大核心 2025年第6期1240-1250,共11页
为研究不同投喂模式对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)扣蟹对池塘中饵料生物的利用,在不同养殖池塘中分别投喂传统饵料(小麦、麸皮和豆粕)、配合饲料和混合饵料(传统饵料和配合饲料1∶1混合),于8月中旬采集不同投喂模式下扣蟹的胃内含物... 为研究不同投喂模式对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)扣蟹对池塘中饵料生物的利用,在不同养殖池塘中分别投喂传统饵料(小麦、麸皮和豆粕)、配合饲料和混合饵料(传统饵料和配合饲料1∶1混合),于8月中旬采集不同投喂模式下扣蟹的胃内含物,通过18S rDNA高通量测序技术测定主要潜在食物成分。结果显示:(1)传统饵料模式下扣蟹胃内含物食物组成的Chao指数显著高于混合饵料模式,Simpson指数则相反。(2)传统投喂模式下扣蟹胃内含物中相对丰度最高的门类依次是以绿藻纲和共球藻纲为主的轮藻门、以纤毛虫纲为主的纤毛亚门和以眼点藻纲和金藻纲为主的褐藻门;配合饲料投喂模式为轮藻门、以软甲纲为主的节肢动物门和褐藻门;混合投喂模式为轮藻门、节肢动物门和以鱼纲为主的脊椎动物亚门。(3)3种投喂模式下雌性和雄性扣蟹的胃内含物食物组成没有显著差异。(4)3种投喂模式扣蟹胃内含物食物组成中在纲水平上共有的种类有207种。配合饲料模式下的扣蟹胃内含物的主要成分完全涵盖了混合饵料模式和传统饵料模式中的主要成分。综上,不同投喂模式下扣蟹胃内含物中食物组成的多样性和丰度不同,扣蟹胃内含物主要是以绿藻纲和共球藻纲为主的轮藻门饵料,3种投喂模式下雌性和雄性扣蟹的胃内含物食物组成无显著差异。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹扣蟹 投喂模式 胃内含物 18S rdna 食物组成
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基于16S rDNA和代谢组学技术的笑气中毒小鼠肠道微生物研究
11
作者 刘聪颖 张枫林 +4 位作者 李耀光 章雯 贠克明 严江伟 贾娟 《中国法医学杂志》 2025年第4期438-443,449,共7页
目的利用16S rDNA和代谢组学技术分析笑气中毒小鼠肠道菌群结构及其代谢物的变化,并分析肠道菌群和代谢物之间的相关性,进而探讨肠道微生物与笑气中毒机制的关联性。方法C57BL/6小鼠被随机分成对照组和笑气中毒组(n=6),将小鼠放置于染... 目的利用16S rDNA和代谢组学技术分析笑气中毒小鼠肠道菌群结构及其代谢物的变化,并分析肠道菌群和代谢物之间的相关性,进而探讨肠道微生物与笑气中毒机制的关联性。方法C57BL/6小鼠被随机分成对照组和笑气中毒组(n=6),将小鼠放置于染毒装置中,中毒组每次给予90000 ppm笑气,染毒28天,2次/天,每次1 h;对照组给予空气。末次染毒结束24 h后收集小鼠粪便,利用16S rDNA测序技术分析微生物菌群结构差异,筛选显著差异菌群;利用代谢组学技术检测粪便样本中代谢物的变化,寻找差异代谢物,并对得到的肠道差异菌群和差异代谢物进行相关性分析。结果16S rDNA结果显示,笑气中毒组较对照组肠道菌群的丰富度升高而物种多样性无显著变化,两组之间肠道菌群结构也存在显著差异。代谢组学结果显示共筛选出112种与笑气中毒相关的显著差异代谢物,主要涉及cAMP信号通路和鞘脂代谢2条代谢通路。Spearman相关性分析发现肠道差异菌群与差异代谢物之间存在密切的关联性。结论笑气中毒后会引起机体肠道菌群结构和代谢物谱改变,且肠道菌群丰度的变化影响多条代谢通路,这可能与笑气中毒会损伤神经系统和血液系统有关,为笑气中毒机制的进一步研究和临床治疗提供依据。 展开更多
关键词 笑气中毒 16S rdna 代谢组学 差异菌群 差异代谢物
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基于16S rDNA研究腹膜透析相关腹膜炎患者肠道菌群状况
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作者 向剑锋 王宇晖 +2 位作者 童孟立 翁宁 陈钏霞 《中国中西医结合肾病杂志》 2025年第5期417-419,I0006,I0007,共5页
目的:探讨腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis associated peritonitis,PDAP)患者肠道菌群分布特点及临床特点。方法:收集2021年6月—2021年10月在杭州市中医院的85例持续性非卧床腹膜透析(continuous ambulatory peritoneal dialy... 目的:探讨腹膜透析相关腹膜炎(peritoneal dialysis associated peritonitis,PDAP)患者肠道菌群分布特点及临床特点。方法:收集2021年6月—2021年10月在杭州市中医院的85例持续性非卧床腹膜透析(continuous ambulatory peritoneal dialysis,CAPD)患者的临床资料和粪便样本,根据国际腹膜透析协会(international society for peritoneal dialysis,ISPD)诊断标准分为PDAP组(28例)和非PDAP组(57例)。采用16S rDNA基因高通量测序技术分析两组患者肠道菌群的组成和多样性。结果:(1)PDAP组患者的透析龄、心衰病史、谷丙转氨酶、血β2微球蛋白明显高于非PDAP组(P<0.05),而血红蛋白(hemoglobin,Hb)和残余肾功能(residual renal function,RRF)明显低于非PDAP组(P<0.05)。(2)粪便16S rDNA检测显示:①PDAP和非PDAP组,门水平上肠道菌群优势菌种前五种均为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia),而PDAP组拟杆菌属明显低于非PDAP组。②在属水平上,与非PDAP组相比,PDAP组罗斯氏菌属(Roseburia)、泰泽菌属4(Tyzzerella4)丰度增多,而布劳特氏菌属(Blautia)、瘤胃球菌属2(Ruminococcus2)、阿克曼菌属(Akkermansia)、毛梭菌属(Lachnoclostridium)、毛螺菌属(Lachnospira)丰度减少(P<0.05)。③在种水平上,与非PDAP组相比,PDAP组未分类活泼瘤胃球菌属(Ruminococcus-gnavus-group-unclassified)丰度增多,而未分类普雷沃氏菌属-9(Prevotella-9-unclassified)、未分类瘤胃球菌2(Ruminococcus-2-unclassified)、未分类瘤胃球菌1(Ruminococcus-1-unclassified)及单形拟杆菌(Bacteroides-uniformis)丰度减少(P<0.05)。④与非PDAP组相比,PDAP组肠道菌群的α多样性显著降低(P<0.05),β多样性分析也显示出组间差异。⑤在LEfSe分析中,PDAP组中的有影响的特征性菌种较非PDAP组减少。结论:(1)PDAP的发生会使PD患者肠道菌群丰富度减少。(2)PDAP组与非PDAP组之间存在肠道菌群差异。(3)在PDAP患者中,产生丁酸盐的普雷沃氏菌和阿克曼菌的数量明显减少,这可能是因为这些菌类产生的大量丁酸盐与患者体内产生的炎症因子结合,从而导致细菌数量的急剧下降。 展开更多
关键词 16S rdna 肠道微生物群 腹膜透析 腹膜透析相关腹膜炎
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基于16SrDNA测序技术研究利胆消石合剂对胆石症豚鼠模型肠道菌群的影响
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作者 吕福琪 卞昊宇 +1 位作者 魏骄阳 张立平 《北京中医药》 2025年第10期1275-1284,共10页
目的使用16S rDNA测序技术分析利胆消石合剂对胆石症豚鼠肠道菌群的影响。方法用随机数字表法将豚鼠分为对照组(CG)10只,模型组(MG)、胆宁片(DN)组、中药低剂量(ZD)组、中药中剂量(ZZ)组、中药高剂量(ZG)组各15只。除CG组外,其他各组采... 目的使用16S rDNA测序技术分析利胆消石合剂对胆石症豚鼠肠道菌群的影响。方法用随机数字表法将豚鼠分为对照组(CG)10只,模型组(MG)、胆宁片(DN)组、中药低剂量(ZD)组、中药中剂量(ZZ)组、中药高剂量(ZG)组各15只。除CG组外,其他各组采用胆道插管、注射复发型胆总管结石患者胆道细菌培养液的方式制备胆道结石复发模型。造模结束后次日,DN组给予0.05 g/(100 g·d)胆宁片灌胃,ZD、ZZ、ZG组分别给予0.16、0.32、0.64 g/(100 g·d)利胆消石合剂颗粒灌胃,CG、MG给予等体积蒸馏水灌胃,均持续7 d。采用16S rDNA技术检测各组豚鼠肠道菌群的组成,分析肠道菌群的组成结构及丰度变化。结果造模方式显著改变了肠道菌群的组成结构,MG与其他各组的肠道菌群物种组成差异有统计学意义(P<0.05);利胆消石合剂各干预组改变了造模导致的物种组成结构。并且在属水平6组间共有12种菌属在群落丰度上差异有统计学意义(P<0.05)。结论利胆消石合剂可能通过调节肠道菌群的结构组成,影响“胆汁酸-肠道菌群”平衡及胆汁酸的“肠肝循环”,从而影响胆总管结石的复发。 展开更多
关键词 胆总管结石 利胆消石合剂 16S rdna测序 肠道菌群 豚鼠模型
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基于16s rDNA测序技术探讨加味孔圣枕中丹对卒中后抑郁大鼠肠道菌群影响
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作者 欧春雪 宋爱珍 +3 位作者 吴俏兰 高祖 高琳 于华芸 《辽宁中医药大学学报》 2025年第6期19-25,共7页
目的研究加味孔圣枕中丹对卒中后抑郁(post-stroke depression,PSD)大鼠肠道菌群的影响。方法采用线栓法大脑中动脉闭塞结合孤养与慢性不可预知温和应激法制备PSD大鼠模型。造模成功的24只大鼠按随机数字表法分为模型组(model组)、加味... 目的研究加味孔圣枕中丹对卒中后抑郁(post-stroke depression,PSD)大鼠肠道菌群的影响。方法采用线栓法大脑中动脉闭塞结合孤养与慢性不可预知温和应激法制备PSD大鼠模型。造模成功的24只大鼠按随机数字表法分为模型组(model组)、加味孔圣枕中丹组(JWKSZZ组),另设空白组(control组),每组12只。JWKSZZ组给予11.34 g/kg中药水煎液灌胃,control组和model组给予等量0.9%氯化钠溶液灌胃,1次/d,干预4周。利用蔗糖偏好实验、强迫游泳实验进行行为学评价;HE染色观察海马CA1区神经元形态变化;16s rDNA扩增子测序技术进行肠道菌群检测。结果与control组相比,model组大鼠体质量显著下降,糖水偏好率降低明显,游泳不动时间显著延长(P<0.01),大鼠海马CA1区神经元形态受损,放线菌门和变形菌门相对丰度升高,拟杆菌门和厚壁菌门相对丰度降低;与model组比较,JWKSZZ组能明显增加PSD大鼠体质量,提高其糖水偏好率,缩短游泳不动时间(P<0.01),改善海马CA1区锥体神经元形态,改变PSD大鼠肠道菌群组成结构,降低放线菌门和变形菌门相对丰度,升高拟杆菌门和厚壁菌门相对丰度,改变普雷沃菌科、普雷沃氏菌属、紫单胞菌科、颤螺旋菌属等群落相对丰度。结论加味孔圣枕中丹改善PSD模型大鼠抑郁样行为可能与影响大鼠肠道微生物群落的结构和相对丰度,改善肠道微生物紊乱相关。 展开更多
关键词 加味孔圣枕中丹 卒中后抑郁 肠道菌群 16s rdna
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基于16S rDNA测序探讨补阳还五汤辅助治疗缺血性脑卒中患者肠道菌群的影响
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作者 官玥玥 张晓宇 +4 位作者 黄小容 秦荣 杨杏 巫可曼 舒建中 《中医学》 2025年第10期4510-4522,共13页
本研究旨在探讨补阳还五汤对缺血性脑卒中患者肠道菌群的影响,并基于16S rDNA测序技术揭示其潜在改善机制。研究纳入52例符合标准的缺血性脑卒中患者,随机分为西医治疗组(33例)和补阳还五汤辅助治疗组(19例),另选取21名健康志愿者作为... 本研究旨在探讨补阳还五汤对缺血性脑卒中患者肠道菌群的影响,并基于16S rDNA测序技术揭示其潜在改善机制。研究纳入52例符合标准的缺血性脑卒中患者,随机分为西医治疗组(33例)和补阳还五汤辅助治疗组(19例),另选取21名健康志愿者作为正常对照组。西医治疗组接受脑梗死常规治疗(含抗血小板聚集、调脂稳斑等),补阳还五汤辅助治疗组在上述治疗基础上加用补阳还五汤。本研究将上述三组人群的16S rDNA测序数据,与公开数据库中中国地区健康中老年人群、长寿老人及百岁老人的同类数据进行标准化处理后合并,开展肠道菌群对比分析。结果显示,与健康对照组相比,缺血性脑卒中患者肠道菌群结构存在显著差异,表现为α多样性(如Chao1指数)升高,部分被报道与炎症相关的菌属(如Actinomyces、Ileibacterium、Corynebacterium和Desulfovibrio等)丰度呈升高趋势;而长寿老人肠道菌群中,部分产短链脂肪酸(SCFA)相关菌属(如Coprococcus、Alistipes、Blautia、Lachnospira和Eubacterium等)丰度较高,与SCFA的益生作用特征相符。补阳还五汤为治疗中风相关病症的经典中药方剂,本研究发现其辅助治疗可改变脑卒中患者的肠道菌群结构,其中部分被认为具有潜在益生功能的菌属(如Lactobacillus)丰度升高,且能改善肠道炎症状态,这种菌群结构的调整可能为患者神经功能恢复创造有利条件。 展开更多
关键词 补阳还五汤 缺血性脑卒中 肠道菌群 16S rdna测序 短链脂肪酸
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贵州省黄精和多花黄精45S rDNA位点的分析
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作者 程靖雯 丁龙雨 +8 位作者 李沛铌 余珺 赵丹 张密密 王顺林 王文斌 王娟 武海燕 李鹏飞 《植物科学学报》 北大核心 2025年第4期494-501,共8页
本研究利用常规压片法和荧光原位杂交技术,分析黄精(Polygonatum sibiricum Red.)和多花黄精(P.cyrtonema Hua)的染色体核型及其45S rDNA的物理定位。结果显示:(1)黄精的核型公式为2n=2x=24=2m+8sm+14st(2SAT),核型属于3B型,具有2对45S ... 本研究利用常规压片法和荧光原位杂交技术,分析黄精(Polygonatum sibiricum Red.)和多花黄精(P.cyrtonema Hua)的染色体核型及其45S rDNA的物理定位。结果显示:(1)黄精的核型公式为2n=2x=24=2m+8sm+14st(2SAT),核型属于3B型,具有2对45S rDNA位点,分别位于3号染色体长臂和6号染色体短臂上。(2)多花黄精核型公式为2n=2x=22=6m+12sm(2SAT)+4st(2SAT),核型属于3B型,具有3对45S rDNA位点,分别位于1、5、10号染色体长臂上。本研究为黄精、多花黄精染色体核型和45S rDNA位点的数目、分布位置提供了新信息,有利于黄精属物种的遗传进化研究。 展开更多
关键词 黄精 多花黄精 染色体核型 荧光原位杂交 rdna
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基于荧光原位杂交技术的川续断(Dipsacus asper)45S和5S rDNA的染色体定位分析
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作者 李鹏飞 杨教童 +2 位作者 杨惠尹 肖承鸿 周涛 《分子植物育种》 北大核心 2025年第19期6581-6585,共5页
本研究以45S和5S rDNA重复序列为探针,利用双色荧光原位杂交技术对川续断有丝分裂中期染色体上的rDNA位点进行物理定位,研究川续断的FISH核型特征。结果表明:(1)川续断核型公式为:2n=2x=18=12m(2SAT)+4sm+2st(2SAT),1号和2号染色体具有... 本研究以45S和5S rDNA重复序列为探针,利用双色荧光原位杂交技术对川续断有丝分裂中期染色体上的rDNA位点进行物理定位,研究川续断的FISH核型特征。结果表明:(1)川续断核型公式为:2n=2x=18=12m(2SAT)+4sm+2st(2SAT),1号和2号染色体具有随体,染色体相对长度范围为8.67%~14.56%,核型属于2A型。(2)川续断具有2对45S rDNA位点、2对5S r DNA位点,45S rDNA位点分别位于1号染色体长臂随体和2号染色体长臂随体处,5S rDNA位点分别位于6号染色体短臂中部和8号染色体短臂端部。本研究对川续断染色体rDNA位点的定位,将为该物种的遗传多样性分析和基因组结构解析提供新的信息。 展开更多
关键词 川续断 荧光原位杂交 rdna 核型
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25S rDNA和5S rDNA在大白菜中期染色体上的FISH定位 被引量：17
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作者 轩淑欣 申书兴 +3 位作者 赵建军 张成合 陈雪平 郄丽娟 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期782-787,共6页
【目的】确定rDNA在中国大白菜基因组中的位点数目和分布位置,并建立识别大白菜不同染色体的特异标记。【方法】用荧光原位杂交技术对25S rDNA和5S rDNA在大白菜有丝分裂中期染色体进行了定位研究。【结果】在大白菜中期染色体上,分别... 【目的】确定rDNA在中国大白菜基因组中的位点数目和分布位置,并建立识别大白菜不同染色体的特异标记。【方法】用荧光原位杂交技术对25S rDNA和5S rDNA在大白菜有丝分裂中期染色体进行了定位研究。【结果】在大白菜中期染色体上,分别检出了5对25S rDNA杂交信号和3对5S rDNA杂交信号。对应于大白菜中期染色体形态图,确定5对25S rDNA信号分别分布在大白菜1号染色体长臂(1L)的近末端,2号染色体长臂(2L)的近中部,3号和4号染色体长臂(3L、4L)的近着丝点处和10号染色体的随体上,信号强度为10号>2号>3号和4号>1号;而5S rDNA的3对信号分别位于2号染色体的长臂(2L)和9号、10号染色体的短臂(9S、10S)。【结论】在分子水平上为大白菜部分染色体提供了识别标记。 展开更多
关键词 大白菜 25Srdna 5S rdna 荧光原位杂交
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基于部分18S rDNA,28S rDNA和COI基因序列的索科线虫亲缘关系 被引量：12
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作者 汪江一 徐芬 +1 位作者 刘绪生 王国秀 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第5期835-844,共10页
通过PCR扩增获得我国常见昆虫病原索科线虫6属10种18S rDNA、28S rDNA(D3区)和COI基因序列,结合来自GenBank中6属10种索科线虫的18S rDNA同源序列,用邻接法和最大简约法构建系统进化树。结果显示:12属索科线虫分为三大类群,第一大类群... 通过PCR扩增获得我国常见昆虫病原索科线虫6属10种18S rDNA、28S rDNA(D3区)和COI基因序列,结合来自GenBank中6属10种索科线虫的18S rDNA同源序列,用邻接法和最大简约法构建系统进化树。结果显示:12属索科线虫分为三大类群,第一大类群是三种罗索属线虫(Romanomermis)先聚在一起,再与两索属(Amphimermis)和蛛索属(Aranimermis)线虫聚为一支;在第二大类群中,六索属(Hexamermis)、卵索属线虫(Ovomermis)和多索属(Agamermis)亲缘关系最近,先聚在一起,再与八腱索属(Octomyomermis)和Thaumamermis线虫聚为一支。第三大类群由索属(Mermis)和异索属(Allomermis)线虫以显著水平的置信度先聚在一起,再与蠓索属(Heleidomermis)和施特克尔霍夫索属(Strelkovimermis)线虫聚为一支。从遗传距离看,基于3个基因的数据集均显示索科线虫属内种间差异明显小于属间差异,武昌罗索线虫(R.wuchangensis)和食蚊罗索线虫(R.culicivorax)同属蚊幼寄生罗索属线虫,其种间的遗传距离最小。 展开更多
关键词 昆虫病原索科线虫 系统演化 18S rdna 28S rdna COI基因
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基于线粒体Cyt b,16S rDNA和核28S rDNA的中国斑腿蝗科(直翅目,蝗总科)九亚科间的系统发育关系研究 被引量：5
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作者 芦荣胜 黄原 周志军 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期782-789,共8页
基于线粒体Cytb、16S rDNA和核28S rDNA的部分序列的联合数据集,重建了中国斑腿蝗科9亚科26种蝗虫和癞蝗科笨蝗(外群)间的系统发育关系。结果显示:1)除黑蝗亚科、秃蝗亚科和切翅蝗亚科外,其余6亚科的单系性都得到支持;2)黑蝗亚科似乎应... 基于线粒体Cytb、16S rDNA和核28S rDNA的部分序列的联合数据集,重建了中国斑腿蝗科9亚科26种蝗虫和癞蝗科笨蝗(外群)间的系统发育关系。结果显示:1)除黑蝗亚科、秃蝗亚科和切翅蝗亚科外,其余6亚科的单系性都得到支持;2)黑蝗亚科似乎应当与秃蝗亚科合并为一个亚科,且与其他几个亚科亲缘关系相对较远;3)凸额蝗属应该由切翅蝗亚科中独立出来;4)卵翅蝗亚科和稻蝗亚科是姐妹群;5)星翅蝗亚科、黑背蝗亚科、斑腿蝗亚科、刺胸蝗亚科及切翅蝗亚科中的凸额蝗属间的关系较近。 展开更多
关键词 斑腿蝗科 CYTB 16Srdna 28S rdna 联合数据集 系统发育
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