目的 探究16S rDNA不同区间对药品生产环境常见细菌的种水平鉴定能力。方法 计算德国细菌古菌分类学数据库(List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature,LPSN)收录的所有模式菌株序列以及洁净室中常见分离细菌对应的模式...目的 探究16S rDNA不同区间对药品生产环境常见细菌的种水平鉴定能力。方法 计算德国细菌古菌分类学数据库(List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature,LPSN)收录的所有模式菌株序列以及洁净室中常见分离细菌对应的模式菌株在16S rDNA不同区间香农熵,分析16S rDNA不同区间的物种水平鉴定能力;对所有LPSN收录的模式菌株进行相似度差值的比较,同时收集403个具有代表性的药品生产环境分离菌株样品,进行16S rDNA测序后完成相似度差值的比较,基于相似度差值探究16S rDNA不同区间的鉴定结果区分度;考虑到不同区间对不同种属可能存在区分能力的差异,对各区间测序区分度不显著的物种进行了相关性分析。结果 16S rDNA的27F~533R区间相比其他区间(533F~1100R区间、1100F~1492R区间)具有最高的种间分辨率,同时该区间的鉴定结果中,第一顺位与第二顺位的序列相似度差值最大,扩展比对区间对提升物种间的区分度没有显著效果。结论 优先应用16S rDNA的27F~533R区间开展细菌的种水平鉴定是高效、可靠的做法。展开更多
