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香椿R2R3-MYB转录因子基因TsMYB1克隆、表达与功能分析 被引量:1
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作者 唐彩群 雷秀锦 +3 位作者 赵艳 吴嫦琴 杨安妮 徐启江 《北方园艺》 北大核心 2025年第13期8-17,共10页
以‘红香椿’嫩叶为试材,采用RT-PCR技术克隆了R2R3-MYB转录因子基因TsMYB1,利用生物信息学方法分析该基因的序列结构、保守结构域、进化关系和蛋白质三维结构、理化性质,采用RT-qPCR技术分析该基因组织特异性表达模式,构建过表达载体,... 以‘红香椿’嫩叶为试材,采用RT-PCR技术克隆了R2R3-MYB转录因子基因TsMYB1,利用生物信息学方法分析该基因的序列结构、保守结构域、进化关系和蛋白质三维结构、理化性质,采用RT-qPCR技术分析该基因组织特异性表达模式,构建过表达载体,利用农杆菌介导的浸花法转化拟南芥,验证功能,以期为深入解析该基因在香椿花青素合成中的功能提供参考依据。结果表明:TsMYB1基因开放阅读框为831 bp,编码1个由276个氨基酸组成、相对分子量为31.427 kDa、理论等电点为8.24的稳定亲水碱性蛋白。TsMYB1蛋白含有R2R3-MYB蛋白家族保守的R2和R3结构域。二级结构预测其α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规则卷曲所占比例分别为28.99%、5.43%、9.42%和56.16%。该基因编码的氨基酸序列与MaMYB序列相似度达69.93%,进化关系较为密切。TsMYB1在香椿各组织中有特异性表达,在叶中表达量最高,其次是茎,在根中表达量最低。过表达TsMYB1的拟南芥植株叶片花青素积累增加,叶色由绿变紫。TsMYB1基因编码1个R2R3-MYB转录因子,其表达具有组织特异性,具有促进植物花青素合成功能。 展开更多
关键词 香椿 r2r3-MYB转录因子 花青素
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绿豆R2R3-MYB转录因子家族鉴定及其类黄酮合成调控基因的筛选 被引量:2
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作者 郭飞翔 李春霞 +3 位作者 周爽 郭彬彬 张均 马超 《作物学报》 CAS 北大核心 2025年第1期117-133,共17页
R2R3-MYB转录因子家族在植物次生代谢物合成、胁迫应答和生长发育等生命过程起着重要的调控作用。本研究基于生物信息学鉴定了绿豆(Vigna radiata L.)全基因组水平的R2R3-MYB转录因子,并对其理化性质、系统进化、染色体定位、启动子顺... R2R3-MYB转录因子家族在植物次生代谢物合成、胁迫应答和生长发育等生命过程起着重要的调控作用。本研究基于生物信息学鉴定了绿豆(Vigna radiata L.)全基因组水平的R2R3-MYB转录因子,并对其理化性质、系统进化、染色体定位、启动子顺式作用元件及基因结构做了预测分析;此外,转录组数据和实时荧光定量PCR(QuantitativeReal-timePCR,RT-PCR)分析该转录因子在不同组织、逆境胁迫下的表达模式;并基于相关分析及蛋白互作网络,筛选到可能参与调控绿豆类黄酮生物合成的R2R3-MYB成员。结果表明,共鉴定到168个R2R3-MYB成员,其中145个分布于11条染色体, 23个成员染色体信息未知;大多数R2R3-MYB含有3个外显子,编码99~1645个氨基酸,均为亲水性蛋白;系统进化将绿豆R2R3-MYB基因家族分为30个亚组(V1~V30),不同亚组成员的基因结构存在差异;共线性分析表明,片段复制事件均进行了纯化选择;启动子顺式作用元件分析表明,绿豆R2R3-MYB基因启动子区含有大量激素响应、胁迫响应及少量的类黄酮合成响应等元件;基因表达分析表明,在叶片、叶柄、下胚轴和籽粒种皮中表达量较高的成员分别占15.5%、16.1%、16.1%和10.7%。RT-PCR分析发现,几乎所有的R2R3-MYB家族成员在低温胁迫下的相对表达量显著下调,不同成员对逆境胁迫有不同的响应模式。蛋白互作与相关性分析可知,VrMYB6、VrMYB77、VrMYB93这3个基因可能参与了绿豆类黄酮生物合成的调控。 展开更多
关键词 绿豆 r2r3-MYB转录因子 转录因子家族分析 类黄酮合成调控基因
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芋花青素合成相关R2R3-MYB基因家族鉴定与表达分析
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作者 陈玥雯 曾程红 +7 位作者 程琦 邓婵 曾鹏程 唐雨菲 李慧英 周庆红 黄英金 朱强龙 《南方农业学报》 北大核心 2025年第8期2421-2438,共18页
【目的】鉴定并分析芋R2R3-MYB基因家族成员,为揭示R2R3-MYB基因家族在芋球茎花青素生物合成途径中的分子作用机制,选育高花青素芋品种提供参考依据。【方法】以赣芋2号白肉芋和赣芋3号红肉芋为试验材料,通过p H示差法测定2种芋3个球茎... 【目的】鉴定并分析芋R2R3-MYB基因家族成员,为揭示R2R3-MYB基因家族在芋球茎花青素生物合成途径中的分子作用机制,选育高花青素芋品种提供参考依据。【方法】以赣芋2号白肉芋和赣芋3号红肉芋为试验材料,通过p H示差法测定2种芋3个球茎发育期(膨大前期、膨大中期和膨大后期)芋肉和皮层组织中的总花青苷含量。利用生物信息学方法从芋全基因组数据库中鉴定芋R2R3-MYB基因家族成员,并分析预测其蛋白理化性质、保守结构域、染色体定位、基因结构特征,使用MEGA 7.0构建R2R3-MYB家族成员系统发育树,结合芋球茎膨大后期芋R2R3-MYB家族基因的表达量筛选与花青素生物合成相关的基因,通过相关分析和实时荧光定量PCR检测进一步鉴定出重要芋花青素合成基因。【结果】在3个芋球茎发育期,同一组织赣芋3号红肉芋中总花青苷含量均显著高于赣芋2号白肉芋(P<0.05,下同)。球茎膨大后期赣芋3号红肉芋皮层组织中总花青苷含量在所有样品中最高,达6.23 mg/100 g。芋全基因组中共筛选出97个芋R2R3-MYB基因家族成员,均定位于细胞核,不均等地分布在芋13条染色体及9个重叠群上。大多数的蛋白编码200~400个氨基酸残基,蛋白呈酸性,稳定性较差。MYB结构域的R2和R3重复序列虽然表现出不同的特征氨基酸模式,但在芋和拟南芥间高度保守。芋的96个R2R3-MYB家族基因均包含Motif 1、Motif 2和Motif 3以及1~5个内含子。不同作物R2R3-MYB家族成员系统发育分析结果显示,芋R2R3-MYB蛋白划分为29个亚家族,其中有8个芋R2R3-MYB家族蛋白与参与花青素合成相关的拟南芥蛋白亲缘关系较近。转录组测序及相关分析结果表明,基因CeMYB63、CeMYB85和CeMYB89在赣芋3号红肉芋球茎膨大后期表达量较高,而在赣芋2号白肉芋球茎中表达量较低;上述3个基因与总花青苷含量呈显著或极显著(P<0.01)正相关。芋花青苷合成相关基因CeMYB63、CeMYB85和CeMYB89的相对表达量与转录组测序结果基本一致。【结论】在芋中共鉴定出97个R2R3-MYB基因家族成员,该家族基因在进化过程中具有一定保守性和多样性。筛选到3个与红肉芋花青素生物合成相关的重要调控基因,分别是CeMYB63、CeMYB85和CeMYB89。 展开更多
关键词 r2r3-MYB基因家族 花青素生物合成 基因表达
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蓝莓R2R3-MYB基因鉴定及类黄酮调控基因表达分析
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作者 刘佳丽 宋经荣 +4 位作者 赵文宇 张馨元 赵子洋 曹一博 张凌云 《生物技术通报》 北大核心 2025年第9期124-138,共15页
【目的】解析蓝莓R2R3-MYB转录因子家族在类黄酮调控中的表达模式,为探究蓝莓参与类黄酮合成调控机制提供理论基础。【方法】运用生物信息学手段,对蓝莓R2R3-MYB基因的理化性质、亚细胞定位等进行分析;通过RT-qPCR检测VcMYBs基因在不同... 【目的】解析蓝莓R2R3-MYB转录因子家族在类黄酮调控中的表达模式,为探究蓝莓参与类黄酮合成调控机制提供理论基础。【方法】运用生物信息学手段,对蓝莓R2R3-MYB基因的理化性质、亚细胞定位等进行分析;通过RT-qPCR检测VcMYBs基因在不同组织和果实发育期的表达。【结果】在蓝莓中鉴定出278个R2R3-MYB基因,其氨基酸序列长度为160-970 aa;多数成员亚细胞定位在细胞核,进化树分析将VcMYBs分为23个亚家族,同亚家族基因结构特性相似;顺式作用元件分析表明,VcMYBs可能参与生物和非生物胁迫、激素响应、植物生长发育以及光响应;从可能参与类黄酮合成调控的基因(SG4、SG5、SG6和SG7)中随机选择14个,RT-q PCR分析显示,多数VcMYBs基因在果实中表达水平较高,其中,VcMYB91(SG6)和VcMYB56(SG5)等基因在绿果期低表达,成熟期高表达,可能参与果实着色;然而VcMYB88(SG4)和VcMYB96(SG4)等基因在绿果期高表达,成熟期低表达,可能抑制果实着色;VcMYB236(SG7)和VcMYB44(SG7)基因可能参与黄酮醇合成。【结论】全基因组分析鉴定出278个蓝莓R2R3-MYB基因,解析发现SG5/6亚组4个基因(VcMYB56、VcMYB91等)调控花青素合成,SG4/5亚组6个基因(VcMYB88、VcMYB96等)参与原花青素合成,SG7亚组2个基因(VcMYB236、VcMYB44)可能调控黄酮醇代谢。 展开更多
关键词 蓝莓 r2r3-MYB 生物信息学 组织表达模式 不同果实发育期 类黄酮合成
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基于T2T基因组鉴定大豆R2R3-MYB基因家族及干旱和盐胁迫下的表达分析
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作者 李志强 罗正乾 +4 位作者 徐琳黎 周国慧 屈丝雨 刘恩良 顼东婷 《生物技术通报》 北大核心 2025年第5期141-152,共12页
【目的】R2R3-MYB转录因子在植物响应逆境胁迫过程中发挥着重要作用,旨在对大豆R2R3-MYB转录因子进行完整鉴定以及研究大豆R2R3-MYB基因在逆境胁迫中的作用。【方法】利用大豆无gap端粒到端粒(T2T)基因组对大豆R2R3-MYB家族基因进行系... 【目的】R2R3-MYB转录因子在植物响应逆境胁迫过程中发挥着重要作用,旨在对大豆R2R3-MYB转录因子进行完整鉴定以及研究大豆R2R3-MYB基因在逆境胁迫中的作用。【方法】利用大豆无gap端粒到端粒(T2T)基因组对大豆R2R3-MYB家族基因进行系统鉴定和进化分析,并使用RT-qPCR对该家族的基因在干旱和盐胁迫下进行表达分析。【结果】大豆基因组中包含324个R2R3-MYB基因,新鉴定到77个,分布在20条染色体上。进化分析结果显示大豆R2R3-MYB家族基因可分为4个亚组,共线性基因对在进化树的分支上距离更近。通过启动子分析发现,与ABA和抗旱相关的顺式作用元件最多。通过表达分析,推测10个基因参与了大豆耐盐过程,其中GmMYB19和GmMYB76已被报道,GmMYB89和GmMYB214是首次鉴定并发现可能与大豆抗旱耐盐性有关。【结论】在大豆中鉴定到321个R2R3-MYB家族基因,通过干旱和盐胁迫诱导的表达模式分析确定了10个抗旱耐盐的候选基因。 展开更多
关键词 大豆 r2r3-MYB基因家族 生物信息学分析 干旱和盐胁迫 表达分析 T2T
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紫薇R2R3-MYB基因家族鉴定及其外源激素响应表达分析
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作者 刘子依 王景芸 +1 位作者 续言 蔡明 《江西农业大学学报》 北大核心 2025年第4期947-960,共14页
【目的】旨在探究紫薇R2R3-LiMYB基因家族的特征及其在外源激素响应中的作用,为紫薇芳香品种的分子育种提供理论基础。【方法】以三年生紫薇‘Whit III’盆栽苗为试验材料,基于紫薇基因组,采用生物信息学方法对R2R3-LiMYB家族进行全基... 【目的】旨在探究紫薇R2R3-LiMYB基因家族的特征及其在外源激素响应中的作用,为紫薇芳香品种的分子育种提供理论基础。【方法】以三年生紫薇‘Whit III’盆栽苗为试验材料,基于紫薇基因组,采用生物信息学方法对R2R3-LiMYB家族进行全基因组鉴定,并通过qPCR技术检测分析17个在开花期表达的R2R3-LiMYBs基因在茉莉酸甲酯(0.25%)和水杨酸(0.4,0.7,1.5 g/L)处理下的表达模式。【结果】(1)在紫薇基因组中共鉴定出207个R2R3-LiMYBs基因,其不均匀分布于24条染色体上,主要定位于细胞核、线粒体和叶绿体。系统进化分析将紫薇与拟南芥的R2R3-MYBs分为21个亚组,其中3个进化枝仅包含R2R3-AtMYBs基因。(2)顺式作用元件分析表明,R2R3-LiMYBs基因的启动子区域含有大量光响应、非生物胁迫响应及激素响应元件,且不同成员具有不同的元件组合。(3)表达模式分析显示,多数R2R3-LiMYBs基因在紫薇初开期和盛开期高表达;qPCR结果表明12个R2R3-LiMYBs经过0.25%MeJA处理后下调表达,但其表达量有差异;只有Lin_chr3_1451和Lin_chr10_0902在3个质量浓度的SA处理下表达量均下调,其余R2R3-LiMYBs经过SA处理后上调表达,但不同基因对不同质量浓度的SA的响应模式各异,其中6个基因在0.7 g/L处理下表达量最高。【结论】R2R3-LiMYBs基因在花发育过程中呈现阶段特异性表达,并对植物激素信号(如茉莉酸甲酯和水杨酸)表现出动态响应,其表达水平受激素质量浓度调控。R2R3-LiMYBs基因可能参与紫薇对MeJA和SA的复杂响应机制。 展开更多
关键词 紫薇 r2r3-MYB基因家族 生物信息学 外源激素响应 表达模式
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长白落叶松R2R3-MYB基因家族鉴定及表达分析
7
作者 赵佳丽 刘刚 +3 位作者 韩勇 张旭 赵冷冰 樊巍 《吉林林业科技》 2025年第5期1-6,共6页
MYB基因家族广泛参与植物生长发育、次生代谢及生物和非生物胁迫等生理活动。本研究利用生物信息学对长白落叶松R2R3-MYB家族基因进行筛选与鉴定,并对其蛋白理化性质与系统发育树进行分析。长白落叶松转录组测序结果共鉴定到12个R2R3-MY... MYB基因家族广泛参与植物生长发育、次生代谢及生物和非生物胁迫等生理活动。本研究利用生物信息学对长白落叶松R2R3-MYB家族基因进行筛选与鉴定,并对其蛋白理化性质与系统发育树进行分析。长白落叶松转录组测序结果共鉴定到12个R2R3-MYB基因;大部分为酸性不稳定亲水蛋白;亚细胞定位预测均位于细胞核;系统发育树显示12个蛋白被分为8个亚族;干旱胁迫条件下,R2R3-MYB基因均受到诱导表达并具有不同的响应模式。本研究可为深入研究长白落叶松MYB基因响应干旱胁迫应答机制提供理论基础。 展开更多
关键词 长白落叶松 r2r3-MYB基因家族 生物信息学 干旱胁迫
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PbrMYB4,a R2R3-MYB protein,regulates pear stone cell lignification through activation of lignin biosynthesis genes 被引量:1
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作者 Dongliang Liu Yongsong Xue +5 位作者 Runze Wang Bobo Song Cheng Xue Yanfei Shan Zhaolong Xue Jun Wu 《Horticultural Plant Journal》 2025年第1期105-122,共18页
Pear(Pyrus bretschneideri)fruit stone cells are primarily composed of lignin and have strongly lignified cell walls.The presence of stone cells has a negative influence on fruit texture and taste,and thus the reductio... Pear(Pyrus bretschneideri)fruit stone cells are primarily composed of lignin and have strongly lignified cell walls.The presence of stone cells has a negative influence on fruit texture and taste,and thus the reduction of stone cell content in pear fruit is a key goal of breeding efforts.However,research into the key transcription factors and regulatory networks associated with pear fruit stone cell formation have been limited.We here used a combination of co-expression network and expression quantitative trait locus(eQTL)analyses in 206 pear cultivars with different stone cell contents to identify relevant genes;these analyses uncovered the gene PbrMYB4,a R2R3 MYB transcription factor gene.There was a strong positive correlation between relative PbrMYB4 expression levels in the fruit flesh and stone cell/lignin contents.Overexpression of PbrMYB4 significantly increased the lignin contents,whereas silencing of PbrMYB4 had the opposite effect,decreasing the contents of lignin.PbrMYB4 overexpression in pear calli significantly promoted lignin biosynthesis.In Arabidopsis thaliana,PbrMYB4 overexpression resulted in increasing lignin deposition,cell wall thickness of vessels and xylary fiber,and accelerating expression level of lignin biosynthetic genes.PbrMYB4 was found to activate 4-Coumarate:Coenzyme A Ligase(Pbr4CL1)by binding to AC-I elements in the promoter regions,as demonstrated with dual-luciferase reporter assays and a yeast one-hybrid assay.These results demonstrated that PbrMYB4 positively regulated lignin biosynthesis in pear fruit stone cells by activating lignin biosynthesis genes.This study improves our understanding of the gene regulatory networks associated with stone cell formation in pear fruit,providing guidance for molecular breeding of pear varieties with low stone cell content. 展开更多
关键词 PEAR Stone cell r2r3-MYBs LIGNIN
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干旱胁迫下外源ABA对香樟R2R3-MYB亚家族转录因子表达的影响
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作者 关信 郑洋群 +2 位作者 张亚东 王毅 郑元 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第2期51-63,共13页
R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模... R2R3-MYB亚家族转录因子与植物生长发育和抗逆性相关,其通过与下游靶基因特异性结合增强植物的抗逆能力。本研究基于香樟全基因组数据,鉴定了90个R2R3-MYB亚家族成员(CcMYB1~CcMYB90),并对其生物信息学及外源ABA调控干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明,R2R3-MYB亚家族基因结构相似,功能多样,大多数基因与抗旱通路和植物激素反应相关;基于转录组数据基因表达谱分析,在干旱胁迫下CcMYB2、CcMYB9、CcMYB21、CcMYB46、CcMYB63、CcMYB84等通过正调控参与香樟抗旱物质的合成;结合顺式作用元件中参与涉及干旱诱导性的MYB结合位点,CcMYB16、CcMYB51、CcMYB52可能通过ABA信号通路中的去磷酸化过程,参与干旱胁迫调控,CcMYB2、CcMYB21、CcMYB22、CcMYB61、CcMYB63可能与干旱胁迫下ABA介导的气孔运动相关。 展开更多
关键词 香樟 外源ABA 干旱胁迫 r2r3-MYB亚家族 转录因子 基因表达
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太子参R2R3-MYB转录因子鉴定及表达分析
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作者 黄以书 何华 +5 位作者 周涛 潘琪 刘红霞 徐娇 欧小宏 江维克 《广西植物》 北大核心 2025年第5期931-942,共12页
R2R3-MYB转录因子在植物的生长发育、逆境响应及次生代谢等过程具有重要的调控作用。为了探究太子参中R2R3-MYB转录因子的时空表达模式并筛选参与调控环肽B生物合成的R2R3-MYB转录因子,该研究基于太子参的全长转录组数据库,从太子参中... R2R3-MYB转录因子在植物的生长发育、逆境响应及次生代谢等过程具有重要的调控作用。为了探究太子参中R2R3-MYB转录因子的时空表达模式并筛选参与调控环肽B生物合成的R2R3-MYB转录因子,该研究基于太子参的全长转录组数据库,从太子参中鉴定到15个R2R3-MYB转录因子,利用生物信息学方法对其理化性质、保守基序和系统进化关系进行分析,并运用qRT-PCR对其组织表达和激素脱落酸(abscisic acid,ABA)诱导的表达模式进行研究。结果表明:(1)15个PhR2R3-MYB蛋白亚细胞定位于细胞核,大部分PhR2R3-MYB蛋白为亲水性不稳定蛋白。与拟南芥R2R3-MYB蛋白一同构建系统进化树,可将PhR2R3-MYB蛋白分为8个亚组,其中6个亚组能分别与拟南芥R2R3-MYB转录因子聚类。(2)PhR2R3-MYB基因在太子参植物中具有组织表达特异性,其中2个基因——PhMYB 4和PhMYB 8在块根韧皮部中特异性高表达。相关性分析显示,PhMYB 4和PhMYB 8基因表达量与太子参中环肽B含量及prePhHB基因表达量均呈显著正相关,推测PhMYB4和PhMYB8可能参与了太子参中环肽B的生物合成调控。(3)ABA处理后,PhMYB 4基因呈现出先降低后升高再降低的表达趋势,而PhMYB 8基因的表达受到了抑制,表明PhMYB 4和PhMYB 8基因均响应ABA信号。该研究结果为后续探究PhR2R3-MYB基因的功能奠定了基础,为研究PhR2R3-MYB转录因子调控环肽B生物合成的分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 太子参 r2r3-MYB转录因子 环肽B 生物信息学分析 表达分析
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海岛棉R2R3-MYB基因家族的鉴定及其在黄萎病胁迫下的表达分析
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作者 胡欣贵 赵杰银 +2 位作者 陆佳欣 陈全家 曲延英 《山东农业科学》 北大核心 2025年第6期1-14,共14页
R2R3-MYB转录因子在植物响应胁迫过程中发挥着重要作用。本研究基于海岛棉基因组数据,系统鉴定了海岛棉R2R3-MYB基因家族成员,利用生物信息学方法对海岛棉R2R3-MYB家族基因进行了系统进化、结构、理化性质和启动子顺式作用元件分析,利... R2R3-MYB转录因子在植物响应胁迫过程中发挥着重要作用。本研究基于海岛棉基因组数据,系统鉴定了海岛棉R2R3-MYB基因家族成员,利用生物信息学方法对海岛棉R2R3-MYB家族基因进行了系统进化、结构、理化性质和启动子顺式作用元件分析,利用转录组表达谱筛选出5个抗黄萎病候选基因,并通过实时荧光定量PCR对各候选基因在黄萎病、水杨酸(SA)和茉莉酸甲酯(MeJA)诱导下的表达规律进行分析。结果显示,海岛棉基因组中包含98个R2R3-MYB基因,分布于25条染色体上;进化树结果表明,在海岛棉中R2R3-MYB基因家族成员可分成3个亚组,在进化上相对保守;启动子分析发现多个响应植物激素和胁迫相关的顺式作用元件;黄萎病胁迫后的表达模式分析发现,海岛棉R2R3-MYB基因在黄萎病胁迫后均存在不同程度的差异表达,筛选得到5个海岛棉抗黄萎病候选基因(GbMYB-21、GbMYB-34、GbMYB-39、GbMYB-76和GbMYB-83),它们均受到黄萎病胁迫以及SA和MeJA诱导表达。总之,本研究表明海岛棉R2R3-MYB基因家族在棉花抗病方面具有重要作用,该结论可为进一步研究海岛棉R2R3-MYB基因功能和棉花抗黄萎病的分子机制提供理论依据。 展开更多
关键词 海岛棉 r2r3-MYB基因家族 生物信息学分析 黄萎病胁迫 表达分析
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板栗R2R3-MYB基因家族的鉴定及表达分析
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作者 刘亚明 杨涌 +3 位作者 康肖肖 王萌 王东升 张海娥 《中国农业科技导报(中英文)》 北大核心 2025年第8期47-59,共13页
R2R3-MYB转录因子是植物中最大的MYB亚家族,广泛参与调节植物生长发育和胁迫响应。对板栗R2R3-MYB基因家族进行全基因组鉴定,分析其在染色体上分布、亚细胞定位、系统进化关系、蛋白基序、基因结构、保守结构域,最后通过转录组和RT-qPC... R2R3-MYB转录因子是植物中最大的MYB亚家族,广泛参与调节植物生长发育和胁迫响应。对板栗R2R3-MYB基因家族进行全基因组鉴定,分析其在染色体上分布、亚细胞定位、系统进化关系、蛋白基序、基因结构、保守结构域,最后通过转录组和RT-qPCR分析CmR2R3-MYB基因在干旱胁迫下的表达。结果表明,共鉴定出141个CmR2R3-MYB基因,不均等地分布于12条染色体与1条contig片段。系统进化树将其分为6个亚家族。有7个CmR2R3-MYB基因在干旱胁迫下差异表达,其中CmMYB89表达量上调,CmMYB32、CmMYB95、CmMYB91、CmMYB119、CmMYB131及CmMYB104表达量下调,表明这些基因可能与板栗抗旱性密切相关。以上研究结果为进一步探究R2R3-MYB基因家族在板栗响应干旱胁迫方面的作用奠定了理论基础。 展开更多
关键词 板栗 干旱 r2r3-MYB基因家族
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红花R2R3-MYB转录因子家族鉴定及组织表达分析
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作者 吴瑶 李丹丹 +2 位作者 龙添添 李开杰 余浪 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第9期15-24,共10页
筛选红花(Carthamus tinctorius)在各组织中优势表达的候选MYB基因,以红花基因组测序数据为基础,鉴定红花中MYB转录因子,并分析其理化性质、系统发育、保守基序、二级结构及分析MYB基因在红花5个不同组织部位表达模式。共鉴定到108个红... 筛选红花(Carthamus tinctorius)在各组织中优势表达的候选MYB基因,以红花基因组测序数据为基础,鉴定红花中MYB转录因子,并分析其理化性质、系统发育、保守基序、二级结构及分析MYB基因在红花5个不同组织部位表达模式。共鉴定到108个红花R2R3-MYB基因,蛋白氨基酸数目为163~996个,理论等电点在4.52~9.55之间,不稳定指数为35.51~76.26,亲水系数为-1.131~-0.448,蛋白相对分子质量为6 092.20~110 047.15 u,所有蛋白均为亲水性蛋白;蛋白二级结构分析发现红花R2R3-MYB蛋白主要由α-螺旋和无规则卷曲构成;通过将其与拟南芥MYB构建系统进化树,发现有91个红花R2R3-MYB转录因子聚类于22个拟南芥R2R3-MYB亚组中,17个红花R2R3-MYB转录因子聚类于2个C亚组中。基于转录组数据的组织表达模式分析筛选在根、茎、叶、花及种子不同组织中优势高表达的MYB基因,发现在根、花及种子中优势表达的MYB基因数目较多,花中特异高表达的R2R3-MYB基因有13个,其中CtMYB6和CtMYB19分别与拟南芥具有调节花青素合成功能的位于S6和S7亚组的基因聚为一类,预测其为参与红花花中有效成分红花黄色素累积的重要候选基因。本研究对红花R2R3-MYB转录因子家族进行了系统鉴定及组织表达谱分析,为后续红花MYB转录因子调节次生代谢成分累积等功能研究奠定基础。 展开更多
关键词 红花 r2r3-MYB转录因子 生物信息分析 组织表达
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Function of R2R3-Type Myeloblastosis Transcription Factors in Plants
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作者 CHEN Su MA Feilong +4 位作者 CHEN Jiaoyang QI Man WEI Qianshu TAO Zhihuan SUN Bo 《Rice science》 2025年第3期307-321,共15页
Myeloblastosis(MYB)transcription factors,particularly those in the R2R3 MYB subclass,are pivotal in plant growth,development,and environmental stress responses.As one of the largest transcription factor families in pl... Myeloblastosis(MYB)transcription factors,particularly those in the R2R3 MYB subclass,are pivotal in plant growth,development,and environmental stress responses.As one of the largest transcription factor families in plants,the MYB family significantly regulates plant secondary metabolism,including the biosynthetic pathways for phenylpropanoids,which are crucial for stress resistance.This review presents a comprehensive overview of MYB transcription factor classification and their regulatory mechanisms in plant metabolism and stress responses.We discuss the roles of MYB transcription factors in biotic stress resistance,such as defense against pathogens and pests,and in abiotic stress tolerance,including responses to drought and salinity.Special attention is given to the interactions of R2R3 MYB with other transcription factors and co-repressors,focusing on how these synergistic or antagonistic relationships modulate physiological processes.The multifunctional role of R2R3 MYBs in stress responses positions them as promising targets for enhancing crop resilience through genetic breeding.Furthermore,this review highlights potential applications of MYB transcription factors in developing stress-resistant crops and their utility in plant resistant breeding programs. 展开更多
关键词 RICE r2r3 myeloblastosis biotic stress abiotic stress plant resistant breeding
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园艺植物R2R3-MYB转录因子研究现状 被引量:8
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作者 张群华 方玉占 +5 位作者 杜建科 陈跃 刘涛 赵婉秋 王筠竹 孙崇波 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第1期85-96,共12页
R2R3-MYB(2R-MYB)是最大的MYB亚家族,在植物的生长发育及调控特有的生理进程中发挥重要作用,其成员广泛参与了园艺植物的生长发育、初生和次生代谢物质的合成、逆境响应以及激素信号传导。目前,已有70余种植物进行了全基因组水平的R2R3-... R2R3-MYB(2R-MYB)是最大的MYB亚家族,在植物的生长发育及调控特有的生理进程中发挥重要作用,其成员广泛参与了园艺植物的生长发育、初生和次生代谢物质的合成、逆境响应以及激素信号传导。目前,已有70余种植物进行了全基因组水平的R2R3-MYB基因家族鉴定分析。基于此,本研究总结了R2R3-MYB转录因子家族成员的基因结构特点,并探讨了其在园艺植物品种创新和品质提升过程中发挥的功能作用,重点总结了R2R3-MYB成员在30余种园艺植物次生代谢物质合成方面的调控作用。预期结果将有助于阐述R2R3-MYB基因家族的进化和功能多样性机制,同时为解析其在调控植物特殊代谢物合成的分子机制方面提供重要参考。 展开更多
关键词 r2r3-MYB 园艺植物 基因调控 次生代谢 逆境响应
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艾草R2R3-MYB转录因子家族成员的鉴定及表达分析 被引量:3
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作者 崔占虎 李淑娇 +6 位作者 满永宏 李明杰 古力 张重义 李孟芝 黄显章 王宇卿 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第16期4407-4419,共13页
MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)家族转录因子是高等植物转录因子中数目最多的一类基因家族成员,可分为4个亚家族,其中R2R3-MYB是最常见的亚家族类型。R2R3-MYB类转录因子广泛参与植物的器官发育和次生代谢产... MYB(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog)家族转录因子是高等植物转录因子中数目最多的一类基因家族成员,可分为4个亚家族,其中R2R3-MYB是最常见的亚家族类型。R2R3-MYB类转录因子广泛参与植物的器官发育和次生代谢产物生物合成的调控。为研究R2R3-MYB家族转录因子在艾叶黄酮合成和腺毛发育中发挥的作用,该研究基于艾的全基因组数据筛选、鉴定出92个R2R3-MYB转录因子,并利用生物信息学预测其潜在功能。结果表明,92个转录因子的氨基酸长度为168~547 aa,相对分子质量为19.6~60.5 kDa,均为亲水性蛋白。亚细胞定位分析表明,89个AaMYB蛋白定位结果为细胞核,3个蛋白同时定位于细胞核和细胞质中。依据拟南芥R2R3-MYB家族分类,92个艾R2R3-MYB蛋白分为26个亚家族,同一亚族基因结构基本类似。顺式作用元件预测结果表明光响应元件、茉莉酸甲酯元件和脱落酸元件在R2R3-MYB基因启动子区域分布广泛。转录组表达分析结果显示,AaMYB60、AaMYB63和AaMYB86在叶片中的表达均高于茎和根中的表达,说明这3个转录因子主要在叶片中发挥作用。此外,利用系统进化分析筛选出5个参与艾叶黄酮生物合成或腺毛发育的候选R2R3-MYB转录因子。该研究可为后期艾的优良品种选育和种质创新等提供重要的基因资源。 展开更多
关键词 r2r3-MYB转录因子 基因组 生物信息学 系统进化
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百香果(Passiflora edulis)R2R3-MYB基因家族的结构和功能分析 被引量:2
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作者 张丹 郑平 +8 位作者 邓彪 柴改凤 安昌 邓考 张文斌 陆宇明 卢翔宇 王小媚 秦源 《果树学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期12-29,共18页
【目的】探究R2R3-MYB转录因子在代谢、发育等多种生物学过程中发挥的调控作用。对百香果R2R3-MYB基因家族进行表达分析并探究其在花果发育过程中的调控机制,对深入研究R2R3-MYB转录因子在百香果中的生物学作用中具有重要意义。【方法... 【目的】探究R2R3-MYB转录因子在代谢、发育等多种生物学过程中发挥的调控作用。对百香果R2R3-MYB基因家族进行表达分析并探究其在花果发育过程中的调控机制,对深入研究R2R3-MYB转录因子在百香果中的生物学作用中具有重要意义。【方法】基于百香果全基因组数据,通过HMM搜索对R2R3-MYB家族成员进行筛选鉴定,并利用实时荧光定量PCR分析其在百香果花不同组织中的表达模式。【结果】从百香果基因组中鉴定出99个R2R3-MYB基因,根据系统进化分析将其分为36个亚组。99个R2R3-PeMYB基因随机分布在9条百香果染色体上。基序和基因结构分析表明,R2R3-PeMYB在同一亚组中具有相对保守的结构特征。共线性分析表明,片段复制事件促进了百香果R2R3-MYB家族的扩张。基于转录组数据和qRT-PCR分析,发现R2R3-PeMYB基因在百香果花的不同组织的不同发育阶段中表现出差异的表达模式,说明R2R3-PeMYB基因在花不同组织和果实的发育过程中发挥重要作用,尤其是PeMYB62和PeMYB63在百香果果皮转色期的高表达,说明其可能参与百香果花青素的合成。同时8个R2R3-PeMYB基因在非生物胁迫(冷、热、盐和渗透压)下也表现出不同的反应,说明R2R3-PeMYB基因还受到非生物胁迫的诱导。【结论】鉴定了99个R2R3-PeMYB基因家族成员,发现其在百香果花果发育和胁迫诱导方面发挥重要作用,为今后研究百香果R2R3-MYB基因在花果发育中的功能和进化提供了有价值的线索。 展开更多
关键词 百香果 r2r3-MYB转录因子 系统发育分析 花果发育
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铁十字秋海棠R2R3-MYB基因家族的鉴定及表达分析 被引量:2
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作者 刘雅芝 邓惠敏 +2 位作者 彭嘉慧 余义勋 刘娟旭 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2665-2678,共14页
【目的】对铁十字秋海棠(Begonia masoniana)R2R3-MYB基因家族进行鉴定分析,并检测R2R3-MYB基因家族成员在铁十字秋海棠叶片不同生长发育时期中叶斑区和非叶斑区的表达模式,为铁十字秋海棠叶斑分子调控机制和叶色改良及新品种培育提供... 【目的】对铁十字秋海棠(Begonia masoniana)R2R3-MYB基因家族进行鉴定分析,并检测R2R3-MYB基因家族成员在铁十字秋海棠叶片不同生长发育时期中叶斑区和非叶斑区的表达模式,为铁十字秋海棠叶斑分子调控机制和叶色改良及新品种培育提供理论参考。【方法】以铁十字秋海棠3个关键生长发育时期的叶片为试验材料,参考拟南芥R2R3-MYB家族蛋白序列,利用生物信息学方法从铁十字秋海棠基因组数据库中鉴定出R2R3-MYB基因家族成员,并对其理化性质、染色体定位、系统发育、基因结构、保守基序及启动子顺式作用元件等进行预测分析,并通过实时荧光定量PCR检测7个BmaMYBs基因在铁十字秋海棠3个生长发育期中叶斑区和非叶斑区的表达模式。【结果】从铁十字秋海棠基因组中鉴定出110个R2R3-MYB基因家族成员,该基因家族成员的氨基酸数量为128~870个,分子量为14660.85~97435.93 Da,理论等电点(pI)为4.92~10.10,成员之间差异较大,大部分为不稳定的疏水性蛋白,均定位在细胞核。110个R2R3-MYB家族基因在15条染色体上均有分布,部分基因在同一染色体上集中分布,形成基因簇;BmaMYBs含有0~10个内含子;约94%的成员含有Motif1、Motif2和Motif3基序;R2R3-MYB基因家族成员启动子均含有大量光响应元件;BmaMYB10、BmaMYB18、BmaMYB38、BmaMYB53、BmaMYB97、BmaMYB99和BmaMYB109基因在叶片发育过程中叶斑区与非叶斑区均有表达,叶斑区BmaMYB53基因的相对表达量较非叶斑区高达19.41~131.99倍。【结论】在铁十字秋海棠基因组中鉴定出110个R2R3-MYB基因家族成员,叶斑区与非叶斑区BmaMYB53基因的相对表达量差异最大,推测该基因是调控铁十字秋海棠叶斑形成的关键基因。 展开更多
关键词 铁十字秋海棠 r2r3-MYB基因家族 花青苷 叶斑
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黄瓜R2R3-MYB亚家族鉴定及生物信息学分析 被引量:3
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作者 郭玉婷 杜长霞 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期286-296,共11页
【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组,鉴定R2R3-MYB亚家族成员,对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质... 【目的】深入研究黄瓜Cucumis sativus R2R3-MYB亚家族成员的相关功能。【方法】利用生物信息学手段分析黄瓜全基因组,鉴定R2R3-MYB亚家族成员,对其系统进化关系、蛋白理化性质、染色体定位、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白质互作进行分析。【结果】黄瓜全基因组中含99个具有典型结构域的R2R3-MYB转录因子,蛋白序列含195~552个氨基酸,有保守基序及氨基酸位点;基因在染色体上分布不均匀;大部分亚家族成员蛋白质的不稳定指数大于40,属于不稳定蛋白。顺式作用调控元件分析发现:大部分基因启动子区所含元件与激素调节、MYB结合位点、胁迫密切相关。【结论】通过黄瓜全基因组鉴定,获得黄瓜基因组99个R2R3-MYB家族成员,分为30个亚组,映射于7条染色体上,该家族成员的上游启动子区含逆境相关作用元件。 展开更多
关键词 黄瓜 r2r3-MYB 转录因子 全基因组鉴定
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远志R2R3-MYB基因家族的鉴定和分析
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作者 任大棒 李娟 +4 位作者 张建琴 秦雪梅 李彦青 卫罡 张福生 《中药材》 北大核心 2024年第8期1915-1920,共6页
目的:挖掘影响远志次生代谢物生物合成的转录因子。方法:以远志根和茎叶为材料,利用生物信息学软件构建远志2+3代转录组数据库,鉴定含编码区(CDS)的全长远志R2R3-MYB转录因子,筛选远志次生代谢物相关的R2R3-MYB转录因子,并利用实时荧光... 目的:挖掘影响远志次生代谢物生物合成的转录因子。方法:以远志根和茎叶为材料,利用生物信息学软件构建远志2+3代转录组数据库,鉴定含编码区(CDS)的全长远志R2R3-MYB转录因子,筛选远志次生代谢物相关的R2R3-MYB转录因子,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行表达模式分析。结果:远志3代全长转录组获得了20 Gb的Clean data和225681个非冗余Unigenes,平均长度为2592 bp;2代比较转录组获得了17901个与远志根、茎叶中化学成分差异相关的基因,包括5337个上调基因,12564个下调基因。基于上述转录组,共鉴定出18个含CDS全长的R2R3-MYB转录因子,并发现其分布于S1、S3、S4、S6、S7、S11、S18、S20等8个亚族中。经qRT-PCR分析表明,远志R2R3-MYB基因在根和茎叶中的表达具有显著性差异。结论:远志R2R3-MYB中的PtMYB12和PtMYB14正向调节黄酮类,PtMYB7、PtMYB15和PtMYB17正向调节角质层。该研究为后续深入研究远志R2R3-MYB基因家族的调控机制以及远志优良品种的选育提供了理论参考。 展开更多
关键词 远志 转录因子 r2r3-MYB 生物信息学 基因表达
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