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Revisiting multi-region 16S sequencing in gastric cancer
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作者 Liu Luo Gang Huang +1 位作者 Hua Yang Hao Chi 《World Journal of Gastrointestinal Oncology》 2026年第1期15-19,共5页
Wu et al recently applied multi-region 16S rRNA sequencing to characterize the gastric cancer microbiome,demonstrating improved taxonomic resolution and detection sensitivity over conventional single-region approaches... Wu et al recently applied multi-region 16S rRNA sequencing to characterize the gastric cancer microbiome,demonstrating improved taxonomic resolution and detection sensitivity over conventional single-region approaches.While the study represents a valuable methodological step forward,it remains limited by singlecenter design,lack of quantitative calibration,and insufficient control for contamination and inter-laboratory variability.This editorial critically appraises these methodological gaps and emphasizes that future efforts must focus on harmonized,consensus-driven workflows to ensure reproducibility and clinical reliability.The translational potential of multi-region 16S lies in moving from descriptive microbial profiling to actionable clinical integration,particularly for recurrence prediction,treatment-response monitoring,and perioperative complication risk assessment.By addressing these methodological,economic,and ethical challenges,the field can advance toward evidence-based and clinically deployable microbiome-guided precision oncology. 展开更多
关键词 Gastric cancer MICROBIOME Multi-region 16s rRNA sequencing METAGENOMICs Biomarkers Prognosis Immune microenvironment Precision oncology
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基于16S rRNA高通量测序的驻岛人员肠道菌群分析
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作者 吴浩 谢沛 +4 位作者 张菂 黄文 李兆申 薛芊 鞠金涛 《海军军医大学学报》 北大核心 2025年第3期400-405,共6页
目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道... 目的分析驻岛人员肠道菌群特征,为维护驻岛人员的肠道微生态平衡及提供精准的医疗保障奠定基础。方法采用随机抽样的方法纳入驻岛人员若干,同时纳入沿海地区人员若干作为对照,对人员粪便标本进行16S rRNA高通量测序。比较两组人员肠道菌群多样性及菌群组成差异。结果肠道菌群alpha多样性分析显示驻岛人员肠道菌群丰度较沿海地区人员升高,beta多样性分析提示驻岛人员肠道微生物群落构成与沿海地区人员相比差异有统计学意义(P=0.001)。驻岛人员肠道内拟杆菌门丰度低于沿海地区人员(30.8%vs 48.3%,P<0.001),而肠道内变形菌门丰度高于沿海地区人员(28.3%vs 10.2%,P<0.001)。经多重假设检验校正后发现,驻岛人员肠道内拟杆菌属、罗斯氏菌属、另枝菌属、副拟杆菌属丰度显著下降,普雷沃氏菌属、大肠埃希菌-志贺菌属、柠檬酸杆菌属、产粪甾醇真杆菌属丰度显著提升。结论海岛特殊环境影响驻岛人员肠道菌群特征,肠道微生态健康亟需精准保障。 展开更多
关键词 驻岛人员 海岛 肠道菌群 16s rRNA 高通量测序
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基于16S rRNA测序的上海市某三甲医院集中空调通风系统细菌群落的分布特征
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作者 倪骏 张海云 +5 位作者 陈健 张莉君 刘永萍 李晓静 郑毅鸣 张莉萍 《环境与职业医学》 北大核心 2025年第6期732-739,共8页
[背景]医院是各类患者与易感人群聚集的场所,呼吸道传染病的病原微生物是造成医疗机构呼吸道传染病交叉感染的重要原因。集中空调通风系统在改善室内环境的同时,更加剧了呼吸道传染病的传播风险。[目的]了解医院集中空调通风系统(后称... [背景]医院是各类患者与易感人群聚集的场所,呼吸道传染病的病原微生物是造成医疗机构呼吸道传染病交叉感染的重要原因。集中空调通风系统在改善室内环境的同时,更加剧了呼吸道传染病的传播风险。[目的]了解医院集中空调通风系统(后称“集中空调”)微生物分布特征,为医院集中空调卫生标准中微生物指标的选择和医院的风险预警提供科学依据。[方法]2023年10月,选取上海市某三甲医院2套集中空调通风系统,其中一套集中空调为全空气空调系统,服务于一层候诊区,另一套集中空调为风机盘管加新风系统,服务于三层门诊区。对通风系统中风口、过滤网、表冷器和冷凝水盘4个不同部位的样本进行细菌群落的16S rRNA测序,采用α多样性分析和β多样性分析,了解医院集中空调通风系统微生物群落组成及多样性特征。通过功能分析,了解集中空调通风系统细菌功能相对丰度。[结果]共检测到操作分类单元(OTUs)528个,涵盖了20个细菌门、37个纲、79个目、123个科和240个属。分析结果显示,细菌群落的组成以变形菌门、芽单胞菌门、拟杆菌门和放线菌门为主要优势门。多样性分析结果显示,冷凝水盘中的细菌群落丰富度和多样性最高,而风口、过滤网和表冷器3组样本之间的细菌群落组成差异无统计学意义(P>0.05)。功能分析结果显示,空调通风系统中的细菌群落主要表现出化能异养型、需氧化能异养型和尿解型等功能特征。[结论]变形菌门的优势地位表明该门类细菌在空调系统中的适应性较强,可能与其能够在不同环境条件下存活和繁殖有关。多样性分析结果表明冷凝水盘是空调系统中细菌繁殖的一个关键区域。风口、过滤网、表冷器这些部位的环境条件相似,导致细菌群落结构的相似性。功能分析结果表明细菌群落具有较强的能量转化和物质代谢能力,可能在空调系统中参与有机物的分解及氮循环等过程。 展开更多
关键词 16s rRNA测序 医院 集中空调 微生物分布 风险预警
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基于16S rRNA高通量测序的腹吸鳅科鱼类消化道微生物群落
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作者 杨柳 陈敬琛 唐文乔 《上海海洋大学学报》 北大核心 2025年第6期1226-1239,共14页
腹吸鳅科(Gastromyzontidae)鱼类主要栖息于亚洲东南部山区溪流,该科鱼类体型扁平,偶鳍宽大,部分种类偶鳍特化为吸盘状。为了解腹吸鳅科鱼类肠道微生物群落的多样性和结构,本文对保亭近腹吸鳅(Plesiomyzon baotingensis)、秉氏爬岩鳅(Be... 腹吸鳅科(Gastromyzontidae)鱼类主要栖息于亚洲东南部山区溪流,该科鱼类体型扁平,偶鳍宽大,部分种类偶鳍特化为吸盘状。为了解腹吸鳅科鱼类肠道微生物群落的多样性和结构,本文对保亭近腹吸鳅(Plesiomyzon baotingensis)、秉氏爬岩鳅(Beaufortia pingi)、贵州爬岩鳅(Beaufortia kweichowensis)、拟平鳅(Liniparhomaloptera disparis)、中华近原吸鳅(Erromyzon sinensis)、似原吸鳅(Paraprotomyzon multifasciatus)、方氏品唇鳅(Labidogastromyzon fangi)、长汀品唇鳅(Labidogastromyzon changtingensis)、平舟原缨口鳅(Vanmanenia pingchowensis)、原缨口鳅(Vanmanenia stenosoma)、扁头原缨口鳅(Vanmanenia homalocephala)、斑纹缨口鳅(Formosania stigmata)等8个属12个物种的肠道样本进行了MiSeq 16S rRNA高通量测序,分析了操作分类单元(OTU)数量、微生物群落组成、Alpha多样性以及功能预测。共鉴定出1029个OTU,涵盖31门75纲173目278科465属689种,每种平均OTU数175个,共有OTU数3个。在群落组成上,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteriota)、放线菌门(Actinobacteriota)和疣微菌门(Verrucomicrobiota),优势菌属为无色杆菌属(Achromobacter)、鲸杆菌属(Cetobacterium)、邻单胞菌属(Plesiomonas)和分枝杆菌属(Mycobacterium)等。共有菌属为红球菌属(Rhodococcus)、分枝杆菌属(Mycobacterium)和赖氏菌属(Leifsonia)。Alpha多样性分析表明,不同物种的微生物群落在物种丰富度和多样性方面存在显著差异。秉氏爬岩鳅的多样性最高,而原缨口鳅的多样性最低。利用KEGG通路分析发现,肠道微生物编码的大多数基因与代谢过程相关,其中与氨基酸转运和代谢相关的功能通路相对丰度最高,为11.40%。从OTU数和OTU水平的PCoA分析角度看,很难预测其与系统发育之间的关联性。相比生活在平原和河湖系统的鱼类,腹吸鳅科鱼类的优势群属中包含诸如分枝杆菌属(Mycobacterium)的专性需氧菌(占9.47%),以及一些偏好有氧环境的兼性厌氧菌,如无色杆菌属(Achromobacter)(占比24.91%)等。 展开更多
关键词 16s rRNA 肠道微生物 优势菌群 物种多样性
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基于16S rDNA测序及LC-MS技术探讨四妙勇安汤对糖尿病溃疡小鼠的促愈机制
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作者 赵亚男 魏建梁 +1 位作者 李秋 刘明 《中华中医药杂志》 北大核心 2025年第2期893-900,共8页
目的:观察四妙勇安汤对糖尿病溃疡小鼠肠道菌群及创面代谢组学的影响。方法:雄性C57/BL6小鼠采用高脂高糖饲料联合链脲佐菌素液腹腔注射法制备糖尿病模型,分别取正常对照组与糖尿病组制作溃疡模型,并分为对照组、模型组、四妙勇安汤组... 目的:观察四妙勇安汤对糖尿病溃疡小鼠肠道菌群及创面代谢组学的影响。方法:雄性C57/BL6小鼠采用高脂高糖饲料联合链脲佐菌素液腹腔注射法制备糖尿病模型,分别取正常对照组与糖尿病组制作溃疡模型,并分为对照组、模型组、四妙勇安汤组。四妙勇安汤组给予四妙勇安汤水煎液灌胃,余给予0.9%氯化钠溶液灌胃。于造模后第7天采用16S rDNA测序技术检测小鼠肠道菌群的变化,采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)技术检测创面代谢组学的变化。结果:对照组在造模后第3、7天创面愈合率显著高于同期模型组和四妙勇安汤组(P<0.05),四妙勇安汤组创面愈合率显著高于同期模型组(P<0.05)。3组小鼠肠道菌群结构明显不同,对照组丰度最高的为乳杆菌属、乳杆菌科、乳杆菌目;模型组丰度最高的为梭菌目、梭菌纲;四妙勇安汤组丰度最高的为p_75_a5属、梭菌属、鞘脂杆菌纲等。3组创面代谢组学有明显差异,集中在脂质代谢、氨基酸代谢、核苷酸代谢等方面。差异代谢产物主要涉及Hedgehog通路、嘧啶代谢等代谢通路。结论:糖尿病溃疡小鼠肠道菌群结构及创面代谢组学较非糖尿病溃疡小鼠发生了明显变化,四妙勇安汤干预后改变了小鼠肠道菌群结构及创面代谢产物,并达到了促进创面愈合的目的。 展开更多
关键词 糖尿病溃疡 四妙勇安汤 肠道菌群 代谢组学 促愈机制 16s rDNA测序 液相色谱-质谱联用
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应用16S rRNA基因测序技术比较不同品系2型糖尿病大鼠肠道菌群的异同
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作者 刘军 齐晏永 +2 位作者 郭超 高伟 牛苗苗 《实验动物科学》 2025年第2期44-51,共8页
目的比较SD和GK两个品系大鼠建立的2型糖尿病(T2DM)模型肠道菌群组成和多样性的异同,为探索两模型在T2DM相关肠道菌群研究中的进一步应用提供背景数据。方法采用8周龄SPF级雄性SD和GK大鼠各20只,SD组大鼠高脂饲料饲喂6周后,单次腹腔注射... 目的比较SD和GK两个品系大鼠建立的2型糖尿病(T2DM)模型肠道菌群组成和多样性的异同,为探索两模型在T2DM相关肠道菌群研究中的进一步应用提供背景数据。方法采用8周龄SPF级雄性SD和GK大鼠各20只,SD组大鼠高脂饲料饲喂6周后,单次腹腔注射30 mg/kg的链脲佐菌素(STZ),GK组大鼠高脂饲料诱导4周后出现糖尿病症状,两组大鼠空腹血糖≥11.1 mmol/L为T2DM建模成功,分别收集每组10只大鼠建模成功6周后的洁净粪便各10份,进行16S rRNA基因V3-V4区测序,分析粪便中肠道菌群的Alpha多样性、Beta多样性、优势菌属及肠道菌群相关的功能通路。结果SD组与GK组大鼠肠道菌群的Alpha多样性和丰富度没有显著差异,两组大鼠肠道菌群Beta多样性指数显著不同(均P<0.05)。GK组T2DM大鼠肠道的优势菌属为乳酸杆菌属、未分类梭菌属_UCG_014、未分类鼠杆菌科、阿克曼菌和瘤胃球菌属;SD组T2DM大鼠的优势菌属为异杆菌属、乳酸杆菌属、毛螺菌科_NK4A136组、链球菌属、瘤胃球菌属、UCG-005和联合乳酸杆菌属;两组的优势菌属在组成和比例上差异很大。两组T2DM大鼠肠道菌群的功能通路主要集中在氨基酸代谢、糖代谢、核苷酸代谢和脂代谢为主的代谢途径中。结论两组T2DM大鼠肠道菌群Alpha多样性无差异,但肠道菌群的组成及比例差异较大,优势菌群在不同T2DM模型中的组成比例发生了改变。 展开更多
关键词 大鼠 2型糖尿病 肠道菌群 16s rRNA基因测序
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基于16S rDNA扩增子分析柑橘黄龙病植株叶片中脉内生细菌菌群
7
作者 张利平 刘顺民 +2 位作者 蒲占湑 朱莉 吕佳 《浙江农业科学》 2025年第2期440-444,共5页
文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组... 文章以黄龙病菌亚洲种为样本分析柑橘黄龙病植株叶片中脉的内生细菌种群,通过对发病样本(HLB)总共24个,空白样本(HC)12个,进行16S rDNA V3-V4区扩增子测序,通过生物信息学分析得到60种有注释的微生物OTU(可认为是60种微生物),发现HC组有54种OTU,HLB组只有38种OTU,其中HC组注释到属水平的有38个属,HLB组有30个属,在HLB组中,黄龙病菌(Candidatus Liberibacter)是优势菌群,平均占比达到81.35%,而在HC组中并未发现黄龙病菌。通过t-test分析发现,发病组和健康组中的Cadidatus Liberibacter和Roseburia2个微生物的占比在属水平上具有显著差异;根据Spearman秩相关性分析发现黄龙病菌与拟杆菌属(Bacteroides)、梭形杆菌属(Fusobacterium)及罗氏菌属(Roseburia)3个属呈正相关,与鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、放线菌属(Amnibacterium)、甲基杆菌属(Methylobacterium)及Beijerinckiaceae 1174-901-12这4个属呈负相关。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 16s rDNA 内生细菌
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基于16S rRNA基因测序的脓毒症患者肠道菌群特征及其与预后的关联性研究
8
作者 罗建宇 吕光宇 刘美琼 《内科》 2025年第4期350-357,共8页
目的基于16S rRNA基因测序技术,探讨脓毒症患者肠道菌群的结构与多样性特征,并初步探索其与患者院内预后的关联性。方法采用前瞻性研究方法,收集50例脓毒症患者(脓毒症组)入院2 d内的粪便样本及10例健康志愿者(健康组)的粪便样本。对粪... 目的基于16S rRNA基因测序技术,探讨脓毒症患者肠道菌群的结构与多样性特征,并初步探索其与患者院内预后的关联性。方法采用前瞻性研究方法,收集50例脓毒症患者(脓毒症组)入院2 d内的粪便样本及10例健康志愿者(健康组)的粪便样本。对粪便菌群16S rRNA基因V3~V4区进行测序,进行生物信息学分析(包括操作分类单元、α多样性、β多样性及物种组成分析)。根据院内预后将脓毒症患者分为生存组(n=40)与死亡组(n=10),比较两组间菌属占比的差异,并采用受试者操作特征(ROC)曲线分析菌属占比与预后的关联。结果α多样性分析显示,脓毒症组Shannon、Simpson多样性指数均显著低于健康组(均P<0.05)。β多样性分析表明两组菌群结构存在差异。物种组成上,脓毒症组厚壁菌门相对丰度低于健康组,而变形菌门丰度升高。在属水平,脓毒症组肠球菌属、拟杆菌属、乳杆菌属为主要菌属。预后分析显示,死亡组肠杆菌属占比高于生存组(P<0.05),其占比与死亡结局关联的ROC曲线下面积为0.744。结论脓毒症患者肠道菌群发生紊乱,表现为多样性下降、益生菌减少及机会致病菌增多。本研究初步发现肠杆菌属相对丰度与患者死亡结局存在关联,但其作为独立预后标志物的价值仍需在前瞻性大样本研究中控制关键临床混杂因素后进一步验证。 展开更多
关键词 16s rRNA基因 脓毒症 肠道菌群 预后 关联分析
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基于16S rRNA测序和粪菌移植法探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响 被引量:3
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作者 高澳 王晓菲 +5 位作者 卢意 卢柠霞 王天雨 卢芳 于栋华 刘树民 《中成药》 北大核心 2025年第2期634-641,共8页
目的基于16S rRNA测序和粪菌移植法(FMT)探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响。方法大鼠随机分为空白组、模型组、穿山龙总皂苷组及别嘌醇组,除空白组外,其他3组灌胃给予5%氧嗪酸钾混悬液,连续5周,并给予10%酵母饲料;第3周... 目的基于16S rRNA测序和粪菌移植法(FMT)探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响。方法大鼠随机分为空白组、模型组、穿山龙总皂苷组及别嘌醇组,除空白组外,其他3组灌胃给予5%氧嗪酸钾混悬液,连续5周,并给予10%酵母饲料;第3周,穿山龙总皂苷组及别嘌醇组分别灌胃给予480 mg/kg穿山龙总皂苷及25 mg/kg别嘌醇,第5周采用全自动生化分析仪检测血清尿酸、尿素氮水平。建立伪无菌小鼠模型,分为空白对照组、正常粪便移植组、模型粪便移植组、穿山龙总皂苷粪便移植组,后三者分别灌胃给予空白组、模型组、穿山龙总皂苷组大鼠粪菌悬液,连续5周,对新鲜粪便进行16S rRNA测序,全自动生化分析仪检测血清尿酸、尿素氮水平。结果经过粪菌移植给药穿山龙总皂苷后,与模型粪便移植组比较,穿山龙总皂苷粪便移植组尿酸水平及拟杆菌属、毛螺菌属丰度降低(P<0.05),弯曲菌门、螺杆菌属、梭菌属丰度升高(P<0.05)。结论穿山龙总皂苷可通过调控高尿酸血症小鼠的肠道菌群动态平衡,影响其组成与功能,从而降低血尿酸。 展开更多
关键词 穿山龙总皂苷 高尿酸血症 粪菌移植 16s rRNA测序 肠道菌群
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基于16S rDNA基因测序分析原发性高血压患者眼表菌群特征 被引量:1
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作者 张婷 杨杨 +2 位作者 李爽乐 向圣锦 曹文斋 《中华高血压杂志(中英文)》 北大核心 2025年第8期749-757,共9页
目的基于16S rDNA高通量测序分析原发性高血压患者眼表菌群的构成及特征,为高血压相关眼病的预防及治疗提供新思路。方法选择2022年7月至12月自贡市第一人民医院门诊就诊的60例原发性高血压患者为高血压组,选择同期30名健康志愿者为对... 目的基于16S rDNA高通量测序分析原发性高血压患者眼表菌群的构成及特征,为高血压相关眼病的预防及治疗提供新思路。方法选择2022年7月至12月自贡市第一人民医院门诊就诊的60例原发性高血压患者为高血压组,选择同期30名健康志愿者为对照组。通过高通量测序技术对眼表细菌16S rDNA基因的V3~V4可变区进行检测,比较两组眼表菌群的差异。结果测序共得到6544987条有效序列,3748个操作分类单元(OTUs),其中高血压组特有OTUs为1296个,对照组特有OTUs为476个。多样性分析显示,高血压组菌群α多样性的基于丰度的覆盖估计值(ACE)指数[494.03(356.68,888.36)比385.86(333.99,502.88),Z=-2.019,P=0.043]及Chao1指数[387.50(260.00,558.10)比343.15(256.45,413.55),Z=-2.009,P=0.045]高于对照组,β多样性分析显示两组间群落结构存在差异(P<0.05)。菌群相对丰度分析显示,高血压组放线菌门丰度[0.203(0.123,0.319)比0.117(0.058,0.181),Z=-2.441,P=0.015]、棒状杆菌属丰度[0.123(0.051,0.230)比0.034(0.017,0.100),Z=-2.822,P=0.004]高于对照组。特征性细菌线性判别分析显示,与对照组相比,高血压组放线菌门及放线菌纲,棒状杆菌目及棒状杆菌科、棒状杆菌属丰度增高。功能分析发现高血压组在烟酸和烟酰胺代谢、花生四烯酸代谢、核黄素代谢等14条通路上富集。结论高血压患者较健康人群的眼表菌群在多样性、相对丰度及特征性菌类方面发生了显著变化。 展开更多
关键词 眼表菌群 眼表微生物 高血压 16s rDNA
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基于16S rDNA高通量测序技术探究三味阿拉坦其其格散对功能性消化不良大鼠肠道菌群的影响 被引量:1
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作者 彭斯格热希 兴安 +2 位作者 吉日木巴图 齐和日玛 萨仁高娃 《中华中医药杂志》 北大核心 2025年第7期3393-3398,共6页
目的:研究三味阿拉坦其其格散对功能性消化不良(FD)大鼠肠道菌群的影响。方法:将SD大鼠32只随机分成正常组、模型组、多潘立酮组、三味阿拉坦其其格散组,采用不规则喂养加夹尾刺激法建立FD大鼠模型,造模同时药物干预15 d,观察各组大鼠... 目的:研究三味阿拉坦其其格散对功能性消化不良(FD)大鼠肠道菌群的影响。方法:将SD大鼠32只随机分成正常组、模型组、多潘立酮组、三味阿拉坦其其格散组,采用不规则喂养加夹尾刺激法建立FD大鼠模型,造模同时药物干预15 d,观察各组大鼠一般状态,测定胃内残留率及小肠推进率,用16S rDNA高通量测序技术分析三味阿拉坦其其格散对FD大鼠肠道菌群的影响。结果:与正常组比较,模型组大鼠胃内残留率显著上升(P<0.05),小肠推进率显著降低(P<0.05)。与模型组比较,给药组大鼠胃内残留率显著降低(P<0.05),小肠推进率显著上升(P<0.05)。FD大鼠用三味阿拉坦其其格散干预后,大鼠肠道菌群结构有明显变化,与模型组比较,三味阿拉坦其其格散组显著提高了肠道菌群的丰富性和多样性(P<0.01,P<0.05)。与模型组比较,三味阿拉坦其其格散组厚壁菌门与拟杆菌门的比值明显提高,乳酸杆菌属的相对丰度明显增加。三味阿拉坦其其格散干预FD大鼠后改变了肠道菌群优势菌种相对丰度。结论:三味阿拉坦其其格散能够改善FD大鼠的症状,调节其肠道菌群结构,上调有益菌相对丰度,提高肠道菌群丰富性和多样性,从而成为防治FD的重要途径之一。 展开更多
关键词 三味阿拉坦其其格散 功能性消化不良 16s rDNA高通量测序技术 肠道菌群
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不同16S rRNA引物在溺死组织气单胞菌检测中的性能评估 被引量:1
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作者 宁浩冉 代昌海 +6 位作者 种法国 王建鑫 王雅萱 胡洋洋 王业全 张磊磊 张国安 《济宁医学院学报》 2025年第1期8-11,共4页
目的 分析16S rRNA V3区引物、V4区引物和V3-V4区引物检测溺死组织中气单胞菌的差异。方法 采用PCR-扩增子测序方法,评估3种16S rRNA引物在5例溺死者的11个脏器中检测细菌DNA的能力,特别是气单胞菌DNA的检测效果。结果 相比于其他2个引... 目的 分析16S rRNA V3区引物、V4区引物和V3-V4区引物检测溺死组织中气单胞菌的差异。方法 采用PCR-扩增子测序方法,评估3种16S rRNA引物在5例溺死者的11个脏器中检测细菌DNA的能力,特别是气单胞菌DNA的检测效果。结果 相比于其他2个引物,V3引物在检测细菌分类操作单元(Operational Taxonomic Unit, OTU)方面更具优势,检测到的细菌OTU数量更多。测序结果分析表明,V3引物能够检测更丰富的细菌门(Phylum)和科(Family),以及更多的气单胞菌。结论 16S rRNA V3引物在检测溺死脏器中的气单胞菌可能更具优势,对溺死诊断具有潜在应用价值。 展开更多
关键词 溺死 16s rRNA测序 气单胞菌
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基于16S rRNA测序分析淫羊藿苷对衰老雌性与雄性小鼠肠道菌群调节作用的研究 被引量:1
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作者 李晓盎 段丽萍 《中国药学杂志》 北大核心 2025年第9期915-922,共8页
目的探讨淫羊藿苷对老年雌性与雄性小鼠肠道菌群的调节作用,评估其对菌群多样性、结构及代谢功能的影响,并分析性别差异在干预效果中的作用。方法选取年轻(2月龄)与老年(24月龄)雌雄C57BL/6J小鼠,分别灌胃淫羊藿苷(100 mg·kg·... 目的探讨淫羊藿苷对老年雌性与雄性小鼠肠道菌群的调节作用,评估其对菌群多样性、结构及代谢功能的影响,并分析性别差异在干预效果中的作用。方法选取年轻(2月龄)与老年(24月龄)雌雄C57BL/6J小鼠,分别灌胃淫羊藿苷(100 mg·kg·d^(-1))或生理盐水,持续14 d。采用16S rRNA基因测序分析肠道菌群多样性及物种组成,结合京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析功能预测评估代谢通路变化。结果淫羊藿苷显著提高老年雌雄小鼠肠道菌群的α多样性(Chao1指数提升25%,P<0.05),并重塑菌群结构(β多样性PCoA分析显示老年组向年轻组趋近)。门水平上,老年小鼠拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度降低,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高(F/B比值回调至年轻水平);科水平上,阿克曼氏菌科(Akkermansiaceae)在雌性老年小鼠中显著富集(4.1倍)。KEGG预测显示,淫羊藿苷改善老年小鼠糖代谢与鞘脂代谢(雌性组鞘脂通路活性上调3.2倍)。结论淫羊藿苷通过调节肠道菌群多样性及代谢功能延缓衰老,且作用具有性别二态性,为中药抗衰老的性别差异化干预提供了理论依据。 展开更多
关键词 淫羊藿苷 性别差异 衰老 肠道菌群 16s rRNA高通量测序
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鸭源大肠杆菌中16S rRNA甲基化酶rmtB基因的分布、耐药性及传播特性分析
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作者 孙凡 苏宇航 +8 位作者 董洪燕 吴植 谢军 周庆康 郭长明 封琦 王琦 朱善元 于圣青 《畜牧与兽医》 北大核心 2025年第10期76-83,共8页
通过对江苏省养殖场鸭源大肠杆菌氨基糖苷类抗生素的耐药基因携带以及耐药谱现状进行研究,旨在为鸭大肠杆菌病的防治、耐药菌株的快速监测和合理用药提供指导。选取2020—2024年分离自江苏部分地区水禽养殖场的60株鸭源大肠杆菌,PCR检... 通过对江苏省养殖场鸭源大肠杆菌氨基糖苷类抗生素的耐药基因携带以及耐药谱现状进行研究,旨在为鸭大肠杆菌病的防治、耐药菌株的快速监测和合理用药提供指导。选取2020—2024年分离自江苏部分地区水禽养殖场的60株鸭源大肠杆菌,PCR检测革兰阴性菌中介导高水平氨基糖苷类抗生素耐药的16S rRNA甲基化酶基因的流行情况,并进行药物敏感性试验;对16S rRNA甲基化酶阳性基因菌株进行接合试验和稳定性试验,研究其是否具有水平传播的能力。PCR鉴定结果显示,从泰州鸭的肝脏中分离的大肠杆菌TZ23YGE60携带rmtB基因(1/60,1.67%),其他16S rRNA甲基化酶基因未检测到;药物敏感性试验结果表明,分离菌株TZ23YGE60呈现严重的多重耐药性,耐药谱为氨苄西林-阿莫西林-甲氧苄氨嘧啶-头孢拉定-头孢噻吩-头孢曲松-庆大霉素-阿米卡星-链霉素-卡那霉素-四环素-磺胺异噁唑-复方新诺明-环丙沙星-诺氟沙星-利福平-洛美沙星-红霉素-克林霉素-新霉素-氯霉素-氟苯尼考;接合试验结果表明,受体菌接合频率为2.34×10^(-5)~1.58×10^(-1),37℃时接合效率最高;稳定性试验结果显示质粒稳定存在。综上,鸭源大肠杆菌TZ23YGE60具有水平传播的能力;16S rRNA甲基化酶耐药菌株的出现,严重影响了氨基糖苷类药物作为治疗革兰阴性菌的常用药物抗感染治疗的效果,限制了临床细菌感染治疗的药物选择,且江苏地区鸭场耐药现象严重,临床需要合理使用抗菌药物。 展开更多
关键词 鸭源 大肠杆菌 16s rRNA甲基化酶基因 耐药性
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基于16S rDNA扩增子测序研究球虫感染牦牛的肠道菌群多样性及其组成结构变化
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作者 毕峻铭 李燕 +3 位作者 唐智慧 黄逸馨 曹随忠 王保宁 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第6期1625-1631,共7页
【目的】探讨球虫感染对牦牛肠道菌群的影响。【方法】从西藏拉萨市林周县采集36份7—12月龄牦牛粪便样品,根据粪便中球虫虫卵计数分为对照组(OPG=0,n=11)和感染组(100≤OPG≤4400,n=25)进行16S rDNA全长测序和功能基因预测分析。【结... 【目的】探讨球虫感染对牦牛肠道菌群的影响。【方法】从西藏拉萨市林周县采集36份7—12月龄牦牛粪便样品,根据粪便中球虫虫卵计数分为对照组(OPG=0,n=11)和感染组(100≤OPG≤4400,n=25)进行16S rDNA全长测序和功能基因预测分析。【结果】①感染组的蓝藻菌门相对丰度显著减少(P<0.001);丁酸弧菌属、Gastranaerophilales、解纤维素菌属、粪杆菌属和德库菌属的相对丰度显著降低(P<0.05),而埃希氏-志贺氏菌属的相对丰度显著增加(P<0.05)。②在种水平上,感染组中第三梭菌、嗜糖密螺旋体和未定德库菌的相对丰度显著降低(P<0.05),而大肠杆菌(Escherichia-coli)的相对丰度显著增加(P<0.05)。③KEGG功能预测分析表明,感染组中与志贺氏菌病、致病性大肠杆菌感染和细菌对上皮细胞的侵袭相关的通路显著上调(P<0.05),而碳水化合物代谢和脂质代谢通路显著下调(P<0.05)。【结论】揭示了球虫感染后牦牛肠道菌群多样性和组成结构的显著变化,以及对宿主代谢的影响,可为牦牛球虫病的防控提供科学依据。 展开更多
关键词 牦牛 球虫 16s rDNA扩增子测序 肠道菌群 大肠杆菌
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基于PacBio平台的16S全长测序技术对不同年龄羚牛肠道菌群结构及功能的研究
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作者 贾康胜 索丽娟 +4 位作者 罗晓斌 李斐然 雷颖虎 高更更 唐婕 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第6期9-19,共11页
动物肠道微生物组作为宿主-微生物互作形成的动态平衡共生体系,其群落结构与功能对宿主的能量代谢、免疫调控、生态适应及健康评估具有重要的生物学作用。本研究以我国易危物种秦岭羚牛(Budorcas taxicolor bedfordi)为研究对象,基于Pac... 动物肠道微生物组作为宿主-微生物互作形成的动态平衡共生体系,其群落结构与功能对宿主的能量代谢、免疫调控、生态适应及健康评估具有重要的生物学作用。本研究以我国易危物种秦岭羚牛(Budorcas taxicolor bedfordi)为研究对象,基于PacBio平台的16S rRNA全长测序技术,对陕西省珍稀野生动物救护基地14头圈养个体(幼年4头,成年5头,老年5头)的肠道微生物进行高通量测序。结果显示,不同年龄组羚牛的肠道微生物Alpha多样性指数间无显著差异(P>0.05)。但基于weighted_unifrac距离的NMDS分析结果显示,肠道群落结构组间存在显著差异(P=0.01)。在饲粮组成均质化条件下,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门构成圈养羚牛的核心菌门,它们的相对丰度因年龄而异。成年组的厚壁菌门(Firmicutes)丰度显著高于老年组和幼年组(P<0.05);幼年组的拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度最高,老年组的变形菌门(Proteobacteria)丰度最高。属水平上,拟杆菌属(Bacteroides)在幼年组显著富集,老年组的比伯斯坦杆菌属(Bibersteinia)丰度最高。LEfSe分析确定了不同年龄组特征的菌属标记物,其中成年组最多,为14个,幼年组为12个,老年组最少,为6个。PICRUSt功能预测表明,羚牛肠道微生物参与全局和概述图谱(Global and overview maps)、碳水化合物代谢(Carbohydrate metabolism)、氨基酸代谢(Amino acid metabolism)、膜转运(Membrane transport)及翻译(Translation)等通路。在Level 2水平上,老年组和幼年组有5条代谢通路具有显著性差异(P<0.001)。本研究对不同年龄羚牛肠道微生物的组成和潜在功能进行了初步探讨,为制定羚牛的保护和管理策略提供了重要参考。 展开更多
关键词 肠道微生物 秦岭羚牛 16s rRNA全长测序 功能预测
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基于16S rRNA技术分析桔梗超微粉对小鼠肠道菌群多样性的影响
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作者 李芷珊 周照月 +2 位作者 刘天龙 王帅玉 江海洋 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第7期3372-3385,共14页
【目的】观察桔梗超微粉对小鼠肠道菌群多样性的影响,为桔梗超微粉的临床应用及其安全性提供依据。【方法】将24只雄性昆明小鼠随机分为对照组、桔梗超微粉高(3.0 g/kg)、中(1.5 g/kg)、低(0.3 g/kg)剂量组,每组6只。桔梗超微粉各剂量... 【目的】观察桔梗超微粉对小鼠肠道菌群多样性的影响,为桔梗超微粉的临床应用及其安全性提供依据。【方法】将24只雄性昆明小鼠随机分为对照组、桔梗超微粉高(3.0 g/kg)、中(1.5 g/kg)、低(0.3 g/kg)剂量组,每组6只。桔梗超微粉各剂量组小鼠灌胃相应剂量溶于水后的桔梗超微粉,对照组灌胃等体积纯化水,连续给药14 d,每日记录体重和耗料量。在试验第15天处死各组小鼠进行剖检及组织病理学观察,同时无菌取小鼠粪便,扩增粪便菌群16S rRNA基因的V3-V4区,采用高通量测序分析菌群Alpha和Beta多样性及门和属水平的物种组成并进行微生物功能预测分析。【结果】(1)桔梗超微粉中、高剂量组小鼠平均体增重均显著降低于对照组(P<0.05),桔梗超微粉中剂量组小鼠平均耗料量明显低于对照组。(2)与对照组相比,桔梗超微粉各剂量组小鼠胃、十二指肠、空肠和回肠组织均未见病理学异常。(3)桔梗超微粉各剂量组小鼠肠道菌群Alpha多样性指数均高于对照组(P>0.05),且随着桔梗超微粉使用剂量增多呈上升趋势。肠道菌群Beta多样性分析结果显示,与对照组相比,低、高剂量桔梗超微粉对小鼠肠道菌群结构影响不显著(P>0.05),中剂量桔梗超微粉可显著改变小鼠肠道菌群结构(P<0.05)。(4)与对照组相比,在门水平上,桔梗超微粉中剂量组小鼠肠道内厚壁菌门和蓝藻门丰度显著增加(P<0.05),拟杆菌门、变形菌门和浮霉菌门丰度显著下降(P<0.05);在属水平上,中剂量组小鼠肠道内普雷沃菌属、副拟杆菌属和rc4_4丰度显著增加(P<0.05),Kaistobacter属和假单胞菌属等丰度显著下降(P<0.05)。(5)微生物功能预测分析发现,桔梗超微粉中剂量组小鼠肠道微生物基因组功能均主要富集在氨基酸生物合成及辅因子、假体基团、电子载体与维生素生物合成和核苷酸生物合成等方面。与对照组相比,桔梗超微粉中剂量组存在11条显著下调的差异代谢通路,主要涉及有氟苯甲酸酯降解、多环芳烃降解和酵母减数分裂等。【结论】桔梗超微粉可增加小鼠肠道菌群多样性,其中1.5 g/kg桔梗超微粉可显著改变肠道菌群结构。本试验结果为桔梗超微粉临床使用的科学用量及安全性提供数据支持,同时为今后桔梗超微粉与肠道菌群相关的药效学研究提供了数据支持。 展开更多
关键词 桔梗超微粉 16s rRNA 小鼠 肠道菌群 微生物多样性
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16s rRNA测序技术检测复方地黄颗粒作用下肺炎链球菌诱导肺炎模型大鼠肠道菌群的变化及其意义
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作者 张雨涵 孔令娟 +1 位作者 柳金英 郭建恩 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第6期1551-1560,共10页
目的:通过16s rRNA测序技术探讨复方地黄颗粒对肺炎链球菌(Spn)诱导肺炎模型大鼠肠道菌群的影响,并阐明其潜在机制。方法:将30只大鼠随机分为对照组(正常大鼠)、模型组(Spn诱导肺炎大鼠模型)、低剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃1.7... 目的:通过16s rRNA测序技术探讨复方地黄颗粒对肺炎链球菌(Spn)诱导肺炎模型大鼠肠道菌群的影响,并阐明其潜在机制。方法:将30只大鼠随机分为对照组(正常大鼠)、模型组(Spn诱导肺炎大鼠模型)、低剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃1.75 g·kg^(-1)复方地黄颗粒)、中剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃3.50 g·kg^(-1)复方地黄颗粒)和高剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃7.00 g·kg^(-1)复方地黄颗粒),每组6只。测定大鼠肺组织湿/干重(W/D)比值并分析血气指标,HE染色观察各组大鼠肺组织病理形态表现并评估肺组织损伤程度,试剂盒检测各组大鼠肺泡灌洗液(BALF)中细菌负荷水平和白细胞介素(IL)-6、IL-8及IL-10水平,进行16s rRNA肠道菌群测序分析。结果:与对照组比较,模型组大鼠动脉血二氧化碳分压(PaCO_(2))明显升高(P<0.05),动脉血氧分压(PaO_(2))和血氧饱和度(SaO_(2))明显降低(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠PaCO_(2)明显降低(P<0.05),PaO_(2)和SaO_(2)明显升高(P<0.05),并呈剂量依赖性。HE染色,对照组大鼠肺组织未见明显损伤;模型组大鼠肺组织细胞排列紊乱,大量炎性细胞浸润,肺泡壁毛细血管明显扩张;与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠肺组织形态损伤均有所改善。与对照组比较,模型组大鼠肺组织W/D比值和病理评分明显升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠肺组织W/D比值和病理评分明显降低(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠BALF中细菌负荷水平明显升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠BALF中细菌负荷水平明显降低(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠BALF中IL-6和IL-8水平明显升高(P<0.05),IL-10水平明显降低(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠BALF中IL-6和IL-8水平明显降低(P<0.05),IL-10水平明显升高(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠菌群丰度指标(Chao1)、菌群多样性和均匀性指标(Shannon)、菌群优势度指标(Simpson)及实际检测物种数指标(Observed_species)均明显降低(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Chao1、Shannon、Simpson和Observed_species均明显升高(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度降低,厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度升高,Firmicutes/Bacteroidetes比值明显升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Bacteroidetes相对丰度升高,Firmicutes相对丰度降低,Firmicutes/Bacteroidetes比值明显降低(P<0.05),并呈剂量依赖性。在科水平上,与对照组比较,模型组大鼠棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)和莫拉氏菌科(Moraxellaceae)相对丰度明显升高,而乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)和嗜黏蛋白阿克曼菌科(Akkermansiaceae)相对丰度明显降低;与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Corynebacteriaceae、Staphylococcaceae和Moraxellaceae相对丰度明显降低,Lactobacillaceae、Lachnospiraceae和Akkermansiaceae相对丰度明显升高。在属水平上,与对照组比较,模型组大鼠脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和费克蓝姆氏菌属(Facklamia)相对丰度明显升高,双歧杆菌(Bifidobacterium)和瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)相对丰度明显降低;与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Desulfovibrio和Facklamia相对丰度明显降低,Bifidobacterium和Ruminococcaceae相对丰度明显升高。结论:复方地黄颗粒可以改善Spn诱导的肺炎大鼠的炎症和肺损伤,这可能与肠道菌群丰度和多样性的增加有关。 展开更多
关键词 肺炎 16s rRNA测序技术 复方地黄颗粒 肺炎链球菌 肠道菌群
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基于16S rDNA测序的硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征分析
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作者 杨思思 唐小翠 +2 位作者 赵晓航 王娜 姚武 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第2期158-161,共4页
目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、... 目的:探讨硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群特征。方法:将20只雄性C57BL/6N小鼠随机分为对照组和SiO_(2)组,每组10只,SiO_(2)组采用吸入式气管滴注SiO_(2)悬液法构建硅沉着病模型。于第56天处死小鼠,采用实时荧光定量PCR法检测肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、α-SMA、COL1A1和TGF-βmRNA的表达,采用Western blot法检测肺组织中α-SMA蛋白的表达;收集肺泡灌洗液和粪便样本,采用16S rDNA测序方法检测肺部和肠道菌群的丰度和α多样性。结果:与对照组相比,SiO_(2)组小鼠肺组织中IL-6、IL-1β、TNF-α、COL1A1、TGF-β、α-SMA mRNA表达水平和α-SMA蛋白表达水平均升高(P<0.05)。两组小鼠肺部和肠道菌群存在共同的差异菌群且变化相反,α多样性指标比较差异无统计学意义(P>0.05)。SiO_(2)组小鼠疣微菌门、阿克曼菌属和阿克曼菌等在肠道减少而在肺部增加(P<0.05)。结论:硅沉着病小鼠肺部和肠道菌群发生变化并影响硅沉着病的发生发展。 展开更多
关键词 硅沉着病 肺纤维化 肺部菌群 肠道菌群 16s rDNA测序 小鼠
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基于16S rRNA基因测序和Source Tracker模型分析生驼乳安全风险关键点
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作者 薛宇飞 冀承昊 +1 位作者 何静 吉日木图 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第23期235-243,共9页
驼乳是人类各类营养元素摄入的良好来源之一,富含的营养价值更易被吸收利用,对人体健康、疾病预防及治疗具有重要作用。但由于驼乳受到不卫生的环境条件、生产过程不规范或处理方法不当等影响,极易遭受微生物的污染,这不仅威胁到驼乳产... 驼乳是人类各类营养元素摄入的良好来源之一,富含的营养价值更易被吸收利用,对人体健康、疾病预防及治疗具有重要作用。但由于驼乳受到不卫生的环境条件、生产过程不规范或处理方法不当等影响,极易遭受微生物的污染,这不仅威胁到驼乳产品的品质与安全,也成为了制约驼乳产业持续健康发展的关键因素之一。因此,该研究通过16S rRNA扩增子测序技术对挤奶瓶、乳头夹、储奶罐、乳头、饮用水、饲料、粪便和驼舍空气样品中微生物多样性比较分析。采用Source Tracker分析模型对3个牧场中的微生物风险关键点分析。研究表明,A驼场生乳中乳球菌和金黄杆菌在属水平上的相对丰度较高,占比分别为52.37%和15.76%;而在B驼场生乳在属水平上主要优势菌属为罗思氏菌,相对丰度占比高达83.64%;C驼场生乳微生物属占比较高的为罗思氏菌和不动杆菌,分别为64.85%和17.58%。利用Source Tracker模型对A、B和C三个驼场的挤奶瓶、乳头夹、储奶罐、乳头、饮用水、饲料、粪便和驼舍空气样品8个风险关键点进行分析,确定造成原料乳微生物污染的风险关键点为乳头、乳头夹、挤奶瓶和储奶罐。该研究结果可为生驼乳安全性的提高提供参考依据。 展开更多
关键词 生驼乳 微生物风险分析 关键点控制 16s rRNA测序 source Tracker模型
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