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成年大熊猫肠道菌群多样性的16S rDNA-RFLP分析 被引量:10
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作者 何廷美 崔婷婷 +10 位作者 钟志军 王承东 何永果 王燚 张和民 李德生 李才武 张婷婷 罗永久 程安春 彭广能 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1121-1127,共7页
为探究秋季(9~11月)成年大熊猫肠道菌群的多样性,以细菌16SrDNA通用引物扩增粪样总细菌16SrDNA基因并构建文库,然后采用16SrDNA基因限制性片段长度多态性(restriction fragmentlength polymorphism,RFLP)技术对成年大熊猫秋季肠道菌群... 为探究秋季(9~11月)成年大熊猫肠道菌群的多样性,以细菌16SrDNA通用引物扩增粪样总细菌16SrDNA基因并构建文库,然后采用16SrDNA基因限制性片段长度多态性(restriction fragmentlength polymorphism,RFLP)技术对成年大熊猫秋季肠道菌群多样性进行分析。结果显示,大肠杆菌、假单胞菌、链球菌和鞘氨醇杆菌为大熊猫秋季肠道内的优势菌群,肠道内细菌多样性9月较高,11月较低。结果表明,16SrDNA-RFLP技术能用于成年大熊猫肠道菌群多样性的研究。 展开更多
关键词 大熊猫 肠道菌群 多样性 16s RDNA 限制性片段长度多态性
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16S rDNA-RFLP分析六氯苯好氧降解菌群的结构及其多样性 被引量:10
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作者 刘婷 陈朱蕾 +2 位作者 曹丽 孙蔚旻 沈韫芬 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期758-762,共5页
从某化工厂排水沟底泥中取样,经2个月的富集驯化得到六氯苯好氧降解菌群。通过测定该微生物菌群在降解六氯苯过程中累积耗氧量、微生物生长曲线及Cl-浓度的变化,证明在好氧条件下该微生物菌群能够以六氯苯为唯一碳源和能源生长。当培养... 从某化工厂排水沟底泥中取样,经2个月的富集驯化得到六氯苯好氧降解菌群。通过测定该微生物菌群在降解六氯苯过程中累积耗氧量、微生物生长曲线及Cl-浓度的变化,证明在好氧条件下该微生物菌群能够以六氯苯为唯一碳源和能源生长。当培养温度为30℃,pH为7.0时,该菌群能在18d内将无机盐培养基中浓度为4.5mg/L的六氯苯降解55%以上,降解速率达到137.5μg/(L.d)。对降解菌群提取总DNA,选择性扩增细菌16S rDNA片段,建立克隆文库。通过限制性内切酶(限制性内切酶HaeⅢ和RsaⅠ)分析,得到9种不同的谱型,其中3种谱型是主要谱型。对主要谱型的克隆子测序,结果表明,它们分别与Alcaligenes和Azospirillum菌属相似性最高。该菌群在去除环境中难降解的有机氯污染物方面具有应用前景。 展开更多
关键词 六氯苯 好氧降解 菌群 16s RDNA RFLP
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人参内生可培养细菌16S rDNA-RFLP分析 被引量:10
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作者 姜云 尹望 +1 位作者 陈长卿 倪瑞卿 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期34-39,共6页
以我国吉林省5个不同地区来源的健康人参植株为实验材料,分别从根茎叶不同器官分离获得了152株内生细菌,利用HhaⅠ、HinfⅠ和HaeⅢ3种限制性内切酶对所有供试菌株的16 S rDNA片段进行了RFLP分析。聚类分析结果表明,供试菌株在相似性为83... 以我国吉林省5个不同地区来源的健康人参植株为实验材料,分别从根茎叶不同器官分离获得了152株内生细菌,利用HhaⅠ、HinfⅠ和HaeⅢ3种限制性内切酶对所有供试菌株的16 S rDNA片段进行了RFLP分析。聚类分析结果表明,供试菌株在相似性为83%水平上可分为18个类群,不同地区内生细菌的遗传多样性存在差异,其中抚松县和吉林农业大学的菌株多样性较高;不同器官蕴含的菌株数目也存在差异,茎部和根部蕴含菌株较为丰富。研究结果期望为了解人参内生细菌的种群结构,明确菌株种类奠定基础。 展开更多
关键词 人参 内生细菌 16 s rDNA—RFLP 多样性
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应用16S rDNA-RFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性 被引量:17
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作者 张建萍 董乃源 +4 位作者 余浩滨 周勇军 陆永良 耿锐梅 余柳青 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期586-592,共7页
水稻是宁夏地区主要粮食作物,水稻种植也具有维持生态系统平衡,防止土地荒漠化等重要的生态功能。而稻田土壤细菌是维持土壤生态功能的基础。但长期以来缺乏对干旱地区稻田土壤细菌多样性的认识。本研究采用非培养技术提取稻田土壤样品... 水稻是宁夏地区主要粮食作物,水稻种植也具有维持生态系统平衡,防止土地荒漠化等重要的生态功能。而稻田土壤细菌是维持土壤生态功能的基础。但长期以来缺乏对干旱地区稻田土壤细菌多样性的认识。本研究采用非培养技术提取稻田土壤样品总DNA,构建其16S rDNA克隆文库,用PCR-RFLP分析进一步测序后聚类分析细菌群落的多样性。从稻田土样中分离获得了大于23kb的DNA片段。PCR-RFLP共得到74种酶切带型,序列分析发现77.3%的克隆序列与环境中未培养细菌的16S rDNA序列有较高的相似性,仅有22.7%的克隆序列与数据库中可培养细菌有较高的相似性,表明宁夏稻区土壤中的多数细菌尚未培养。系统发育研究发现74个序列分属于12个类群,其中变形细菌所占比例最大(37.8%),依次为酸杆菌(16.2%)、放线菌(12.2%)、拟杆菌(10.8%)、绿屈挠菌(10.8%)、浮游霉菌(8.1%),另外有少量厚壁菌门、芽单胞菌门和疣微菌门细菌克隆。在变形细菌的序列中包括α、β、γ和δ4个类型,比例分别为13.5%、5.4%、12.2%和6.8%。表明宁夏稻区土壤中优势细菌类群为变形杆菌和酸杆菌,且土壤细菌类群具有丰富的多样性。 展开更多
关键词 水稻田 土壤细菌多样性 16s rDNA克隆文库 RFLP分析
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16S rDNA-RFLP技术鉴定西藏地区乳制品中的乳杆菌 被引量:16
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作者 于洁 孙志宏 +5 位作者 张家超 艾日登才次克 张彦斌 杨梅 孙天松 张和平 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期804-810,共7页
将16S rDNA PCR技术和RFLP技术相结合,对分离自乳制品中的乳杆菌进行分类和鉴定。从我国西藏地区传统发酵乳中分离出51株乳杆菌,采用通用引物扩增16S rDNA,利用限制性内切酶AluI,HaeⅢ和HinfⅠ将16S rDNA扩增产物进行酶切后,经聚丙烯酰... 将16S rDNA PCR技术和RFLP技术相结合,对分离自乳制品中的乳杆菌进行分类和鉴定。从我国西藏地区传统发酵乳中分离出51株乳杆菌,采用通用引物扩增16S rDNA,利用限制性内切酶AluI,HaeⅢ和HinfⅠ将16S rDNA扩增产物进行酶切后,经聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱将菌种鉴定到种的水平。根据16S rDNA-RFLP的结果从中选出8株有代表性的菌株进行生理生化实验和16S rDNA序列的测定,实验结果与RFLP鉴定结果相吻合,表明此方法是一种快速、准确的可用于大量乳杆菌分类和鉴定的方法。 展开更多
关键词 乳杆菌 鉴定 限制性片段长度多态性(RFLP) 16s RDNA序列
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16S rDNA-RFLP法快速鉴定蒙古国传统乳制品中的乳酸菌 被引量:7
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作者 艾日登才次克 于洁 +4 位作者 杜晓华 李莉 王炜宏 孙天松 张和平 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 2009年第2期63-68,共6页
以17株标准菌株为参照,采用限制性片段长度多态性(RFLP)分析和16S rDNA序列分析相结合的技术,对分离自蒙古国5个地区传统乳制品中的55株乳酸菌进行了快速鉴定。结果表明,通过限制性内切酶AluⅠ、HaeⅢ、BsmaⅠ、TspRⅠ和HinfⅠ的指纹图... 以17株标准菌株为参照,采用限制性片段长度多态性(RFLP)分析和16S rDNA序列分析相结合的技术,对分离自蒙古国5个地区传统乳制品中的55株乳酸菌进行了快速鉴定。结果表明,通过限制性内切酶AluⅠ、HaeⅢ、BsmaⅠ、TspRⅠ和HinfⅠ的指纹图谱分析,将49株乳杆菌和2株片球菌准确鉴定到种,其他4株肠球菌鉴定到属。采用16S rDNA-RFLP方法鉴定乳酸菌具有准确性,可靠性和高效性。 展开更多
关键词 乳酸菌 快速鉴定 限制性片段长度多态性(RFLP) 16s RDNA序列分析
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福矛高温大曲中芽孢杆菌16S rDNA-RFLP及系统发育分析 被引量:5
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作者 颜林春 张守财 +3 位作者 马校卫 汤二将 黄祖新 陈由强 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期53-58,共6页
目的:从福建建瓯黄华山酿酒有限公司高温大曲中分离出89株芽孢杆菌,通过初步筛选鉴定并进行微生物多样性研究。方法:对其16S rDNA进行PCR-RFLP分析和系统发育研究。结果:初步筛选得到的18株芽孢杆菌被HhaⅠ和MspⅠ酶切聚类分为四大组。... 目的:从福建建瓯黄华山酿酒有限公司高温大曲中分离出89株芽孢杆菌,通过初步筛选鉴定并进行微生物多样性研究。方法:对其16S rDNA进行PCR-RFLP分析和系统发育研究。结果:初步筛选得到的18株芽孢杆菌被HhaⅠ和MspⅠ酶切聚类分为四大组。通过系统发育分析样品中有6株Bacillus subtilis,4株Bacillus cereus,2株Bacillus sonorensis,2株Bacillus licheni-formis,以及Bacillus pumilus、Bacillus oleronius、Bacillus coagulans和Bacillus thuringiensis各1株。结论:研究显示该高温大曲中可培养芽孢杆菌具有微生物多样性。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 酱香型白酒 高温大曲 16s rDNAPCR-RFLP 系统进化分析
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16S rDNA-RFLP分析不同产地人参内生菌的多态性 被引量:6
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作者 万红娇 谢燕飞 +2 位作者 谢斌 朱金华 马广强 《江西中医药大学学报》 2015年第5期51-54,共4页
目的:采用16S r DNA—RFLP方法分析比较不同产地、品种人参内生菌的差异,为探讨人参内生菌对其药材的影响奠定基础。方法:收集不同产地、不同品种人参,用细菌基因提取试剂盒提取人参内生菌基因组,扩增内生菌16S r DNA片段后,用RFLP(限... 目的:采用16S r DNA—RFLP方法分析比较不同产地、品种人参内生菌的差异,为探讨人参内生菌对其药材的影响奠定基础。方法:收集不同产地、不同品种人参,用细菌基因提取试剂盒提取人参内生菌基因组,扩增内生菌16S r DNA片段后,用RFLP(限制性酶切片段分析)方法分析不同产地、不同品种人参内生菌的多态性。结果:不同产地、不同品种人参均含有内生细菌,且内生细菌菌种组成有明显差异。结论:不同产地的人参有不同的人参内生菌,通过鉴定内生菌可鉴定人参的产地。 展开更多
关键词 人参 16s RDNA RFLP 内生菌
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16S rDNA-RFLP分析新疆快生大豆根瘤菌的分类地位 被引量:8
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作者 彭桂香 陈文新 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期237-241,共5页
采用16S rDNA-RFLP技术,对自新疆土壤中捕捉的34株快生大豆根瘤菌及相关己知种的模式菌株进行了比较分析。从酶切图谱类型和聚类结果表明,所有新分离的菌株与S.xinjiangensis的图谱类型基本一致,而与S... 采用16S rDNA-RFLP技术,对自新疆土壤中捕捉的34株快生大豆根瘤菌及相关己知种的模式菌株进行了比较分析。从酶切图谱类型和聚类结果表明,所有新分离的菌株与S.xinjiangensis的图谱类型基本一致,而与S .fredii的图谱类型有明显差异,与S. meliloti; S. saheli, S. medicae, S. teranga也不相同。 34株新分离的菌株全部与S.xingjiangensis菌株在90%的相似性水平上聚在一起。再一次肯定了S. fredii与S. xinjiangensis快生大豆根瘤菌属于两个不同的类群,为两个独立的种。我们还将用更多的分析方法进一步证实他们的分类地位。 展开更多
关键词 16s rdna-rflp 新疆 快生大豆根瘤菌
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黄华属根瘤菌的16S rDNA-RFLP分析 被引量:1
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作者 赵美玲 鞠文庭 +2 位作者 郭军康 冯春生 韦革宏 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期680-685,共6页
采用16S rDNA-RFLP及序列分析方法,对分离自黄华属的披针叶黄华、喀什黄华和光叶黄华根瘤菌进行分析研究.结果表明,分离得到的33株根瘤菌在种水平上具有丰富的遗传多样性,它们分别归属于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、中华根瘤菌属(Si... 采用16S rDNA-RFLP及序列分析方法,对分离自黄华属的披针叶黄华、喀什黄华和光叶黄华根瘤菌进行分析研究.结果表明,分离得到的33株根瘤菌在种水平上具有丰富的遗传多样性,它们分别归属于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobacterium).其中,以CCNWGS0011和CCNWGS0010-1为代表的5株根瘤菌构成独立的分支,可能为潜在的新种. 展开更多
关键词 黄华属 根瘤菌 RFLP 16s RDNA序列分析 遗传多样性
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基于16S rRNA测序和代谢组学探究子宫菌群移植对患有子宫内膜炎母牛子宫环境的影响
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作者 姜程越 李志强 +4 位作者 赵文龙 马馨 魏大为 房义 吕文发 《中国畜牧杂志》 北大核心 2026年第2期152-163,共12页
子宫内膜炎是一种常见的母牛繁殖疾病,为探究子宫菌群移植对患有子宫内膜炎母牛子宫环境的影响,本研究选择8头健康母牛,在产后30 d收集子宫灌洗液,将其灌注到8头患有子宫内膜炎的母牛子宫中进行治疗。与未接受菌群移植的8头患病牛相比,... 子宫内膜炎是一种常见的母牛繁殖疾病,为探究子宫菌群移植对患有子宫内膜炎母牛子宫环境的影响,本研究选择8头健康母牛,在产后30 d收集子宫灌洗液,将其灌注到8头患有子宫内膜炎的母牛子宫中进行治疗。与未接受菌群移植的8头患病牛相比,子宫菌群移植治疗提高了母牛的妊娠率。将健康(8头)、患病(8头)与移植组(8头)牛子宫液开展16S rRNA测序与代谢组学检测,结果显示:Proteobacteria是健康母牛子宫中的主要菌门,Enterococcus_H、Phocaeicola_A、Faecousia和Klebsiella是具有潜在治疗作用的关键菌。同时,筛选出Lauramine oxide(月桂基二甲基氧化胺)、Triptophenolide(雷酚内酯)、Gentisic acid(龙胆酸)和Phloroglucinaldehyde(间苯三酚甲醛)等具有潜在治疗作用的关键代谢物;通过Spearman相关性分析发现Thauera_A、Metamycoplasma、Salinarimonas、Clostridium_T、Enterococcus_H、Turicibacter、Faecousia、Staphylococcus与关键代谢物呈正相关,Fusobacterium_C、Porphyromonas_A、Bacteroides_H与关键代谢物呈负相关。由以上可知,子宫菌群移植治疗母牛子宫内膜炎具有一定效果,并改变了子宫菌群结构与代谢环境。 展开更多
关键词 子宫菌群移植 子宫内膜炎 16s rRNA 代谢组学
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基于16S rRNA测序与非靶向代谢组解析饲喂亚麻籽与裂殖壶藻对牦牛瘤胃微生物群及脂肪酸代谢的影响
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作者 漆政君 王国文 +3 位作者 付长其 舒适 沈秀英 张君 《畜牧兽医学报》 北大核心 2026年第3期1435-1457,共23页
旨在通过对牦牛饲喂亚麻籽(Linum usitatissimum)与裂殖壶藻(Schizochytrium),分析其对瘤胃微生物和肉质脂肪酸的影响。本研究选用21头12月龄的雄性健康牦牛,体重在(95.00±5.20)kg,按照试验要求分为3组,每组重复7只,补饲组(S)作为... 旨在通过对牦牛饲喂亚麻籽(Linum usitatissimum)与裂殖壶藻(Schizochytrium),分析其对瘤胃微生物和肉质脂肪酸的影响。本研究选用21头12月龄的雄性健康牦牛,体重在(95.00±5.20)kg,按照试验要求分为3组,每组重复7只,补饲组(S)作为对照组,2组试验组分别饲喂亚麻籽(Y)和裂殖壶藻(L),试验时间为210 d,结合16S rRNA测序和非靶向代谢组,解析其对舍饲牦牛瘤胃微生物群落结构以及差异代谢物的影响。结果显示,饲喂亚麻籽和裂殖壶藻显著影响牦牛生长性能、肌肉脂肪酸组成及瘤胃微生物。两处理组干物质采食量显著降低(P<0.05),但料重比显著下降(P<0.05)。裂殖壶藻组肌肉二十二碳六烯酸(DHA)含量显著提高(0.35%vs补饲组0.04%,P<0.05),n-6/n-3比值降低(5.42 vs补饲组36.28);亚麻籽组总脂肪酸含量显著增加(1.44 g vs补饲组0.85 g,P<0.05)。瘤胃微生物分析显示,亚麻籽组厚壁菌门丰度显著升高(69%vs补饲组57%,P<0.05),拟杆菌门显著降低(21%vs补饲组27%,P<0.05),裂殖壶藻组普雷沃菌属显著增加(7.5%vs补饲组3.9%,P<0.05)。α多样性显示处理组菌群多样性低于补饲组,β多样性3组之间差异显著。肌肉代谢组分析表明,两处理组下调磷脂类和酰基肉碱代谢(P<0.05),上调脂肪酸衍生物。相关性分析显示瘤胃菌群与肌肉代谢显著关联(如候选菌门与丁二酸代谢正相关,P<0.05)。亚麻籽和裂殖壶藻通过影响瘤胃微生物及肌肉代谢促进牦牛脂质沉积。本研究为高寒地区牦牛舍饲方法提供了理论与技术支撑。 展开更多
关键词 牦牛 瘤胃微生物 亚麻籽 裂殖壶藻 16s rRNA测序 非靶向代谢组学
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探究16S rDNA不同区间对药品生产环境常见细菌的种水平鉴定能力 被引量:1
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作者 郗俊杰 孙玲莉 +5 位作者 娄永锋 陈周伟 刘程智 沈泓 李珏 陈欢 《中国现代应用药学》 北大核心 2026年第1期94-101,共8页
目的 探究16S rDNA不同区间对药品生产环境常见细菌的种水平鉴定能力。方法 计算德国细菌古菌分类学数据库(List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature,LPSN)收录的所有模式菌株序列以及洁净室中常见分离细菌对应的模式... 目的 探究16S rDNA不同区间对药品生产环境常见细菌的种水平鉴定能力。方法 计算德国细菌古菌分类学数据库(List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature,LPSN)收录的所有模式菌株序列以及洁净室中常见分离细菌对应的模式菌株在16S rDNA不同区间香农熵,分析16S rDNA不同区间的物种水平鉴定能力;对所有LPSN收录的模式菌株进行相似度差值的比较,同时收集403个具有代表性的药品生产环境分离菌株样品,进行16S rDNA测序后完成相似度差值的比较,基于相似度差值探究16S rDNA不同区间的鉴定结果区分度;考虑到不同区间对不同种属可能存在区分能力的差异,对各区间测序区分度不显著的物种进行了相关性分析。结果 16S rDNA的27F~533R区间相比其他区间(533F~1100R区间、1100F~1492R区间)具有最高的种间分辨率,同时该区间的鉴定结果中,第一顺位与第二顺位的序列相似度差值最大,扩展比对区间对提升物种间的区分度没有显著效果。结论 优先应用16S rDNA的27F~533R区间开展细菌的种水平鉴定是高效、可靠的做法。 展开更多
关键词 16s rDNA测序 细菌 药品 种水平 鉴定
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基于16S rRNA测序的抗生素治疗对反复种植失败合并慢性子宫内膜炎患者妊娠结局的影响
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作者 许美含 何陈佳 +1 位作者 吴娴 徐步芳 《上海交通大学学报(医学版)》 北大核心 2026年第2期172-180,共9页
目的·比较宫腔镜检查后给予广谱抗生素与16S rRNA基因测序并针对性给予抗生素联合补充乳杆菌对于反复种植失败(recurrent implantation failure,RIF)合并慢性子宫内膜炎(chronic endometritis,CE)患者妊娠结局的影响。方法·... 目的·比较宫腔镜检查后给予广谱抗生素与16S rRNA基因测序并针对性给予抗生素联合补充乳杆菌对于反复种植失败(recurrent implantation failure,RIF)合并慢性子宫内膜炎(chronic endometritis,CE)患者妊娠结局的影响。方法·回顾性分析2023年1月至2025年5月在上海交通大学医学院附属瑞金医院妇产科生殖医学中心就诊的676名排除已知因素(未行胚胎植入前非整倍体遗传学检测)的RIF患者(接受分泌中期16S rRNA测序或增殖期宫腔镜检查)的妊娠结局。27名患者16S rRNA检查结果提示乳杆菌占比<90%且单一病原体占比≥10%,纳入16S rRNA诊断CE组(16S rRNA组);根据致病菌给予针对性抗生素治疗7~10 d后阴道给药补充乳杆菌10 d。65名患者经宫腔镜检查及CD138免疫组织化学染色确诊CE,纳入宫腔镜诊断CE组(宫腔镜组);接受左氧氟沙星联合甲硝唑治疗14 d。所有患者于治疗后下一个月经周期开始接受冻融胚胎移植(frozen embryo transfer,FET)。使用13项影响妊娠结局的协变量将2组FET周期进行1∶4倾向性评分匹配。主要研究终点为活产率,次要研究终点包括临床妊娠率、人绒毛膜促性腺激素(human chorionic gonadotropin,HCG)阳性率、流产率、妊娠并发症及新生儿不良结局发生率。进行多因素Logistic回归分析评估与活产相关的潜在风险因素。结果·宫腔镜组65名患者共接受127个FET周期,16S rRNA组27名患者共接受33个FET周期;宫腔镜组47名患者(74个FET周期)与16S rRNA组22名患者(26个FET周期)完成匹配。匹配后,16S rRNA组活产率(61.5%vs 23.0%,P=0.001)、临床妊娠率(65.4%vs 33.8%,P=0.011)、HCG阳性率(73.1%vs 46.7%,P=0.038)均显著高于宫腔镜组;2组流产率、异位妊娠率、妊娠并发症及新生儿不良结局发生率差异均无统计学意义(均P>0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,宫腔镜组与更低的活产率相关(OR=0.230,95%CI 0.087~0.607,P=0.003)。此外,女方高龄、体质量指数(body mass index,BMI)增加、仅移植1个胚胎以及移植卵裂胚均与更低的活产率相关(均P<0.05)。结论·与宫腔镜诊断联合广谱抗生素治疗相比,基于16S rRNA测序的菌群检测及针对性抗生素治疗联合补充乳杆菌可更有效改善RIF合并CE患者的妊娠结局,并且未发现对于母胎安全的不良影响。 展开更多
关键词 慢性子宫内膜炎 体外受精-胚胎移植 反复种植失败 16s rRNA测序 宫腔镜 乳杆菌补充治疗
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基于16S rRNA测序对小鼠坐骨神经损伤后的肠道菌群分析
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作者 顾希 顾丹丹 +3 位作者 夏一鸣 蒋陶然 姚登兵 蒋茂荣 《中国实验动物学报》 北大核心 2026年第1期23-33,共11页
目的通过构建小鼠坐骨神经横断模型,利用16S rRNA测序研究坐骨神经损伤对肠道菌群的影响。方法将18只C57BL/6小鼠随机分组,分别为假手术组、实验组(D1组、D4组、D7组、D14组、D28组)。造模时,假手术组仅开皮暴露神经取肠道内容物,其余... 目的通过构建小鼠坐骨神经横断模型,利用16S rRNA测序研究坐骨神经损伤对肠道菌群的影响。方法将18只C57BL/6小鼠随机分组,分别为假手术组、实验组(D1组、D4组、D7组、D14组、D28组)。造模时,假手术组仅开皮暴露神经取肠道内容物,其余在造模后第1、4、7、14、28天收集小鼠结肠内容物进行16S rRNA测序,分析肠道菌群的物种丰度变化和菌群基因功能预测。结果术后第4天开始,肠道内微生物群落的物种丰富度及多样性明显下降,第7天时物种水平开始回升。厚壁菌门(Firmicutes)、疣微菌门(Verrucomicrobiota)、变形菌门(Proteobacteria)的变化趋势明显,其中且以阿克曼氏菌属(Akkermansia)、库特氏菌属(Kurthia)、杜博西氏菌属(Dubosiella)等细菌表现最为显著。与假手术组相比,实验组Akkermansia水平逐渐下降;Kurthia、Dubosiella等水平于第4天开始上升,且第7天达到峰值。另外,根据菌群基因功能预测结果推断:多种代谢通路(如脂质代谢、氨基酸代谢等)在小鼠神经横断后可能受影响。结论坐骨神经横断引发小鼠肠道微生物菌群发生显著变化且通过基因功能预测观察到代谢相关通路的变化,提示微生物潜在功能可能受到影响。该结果需通过代谢组学进行验证,以期将来为探索肠道菌群在周围神经损伤修复中的潜在作用提供研究线索。 展开更多
关键词 坐骨神经横断 肠道菌群 16s rRNA测序 小鼠
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基于16S rRNA测序与随机森林模型的上海市公共浴池水细菌群落特征及其与嗜肺军团菌污染的关联
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作者 石丽莎 陈健 +2 位作者 李晓静 郑毅鸣 张莉君 《环境与职业医学》 北大核心 2026年第1期82-88,107,共8页
[背景]公共浴池嗜肺军团菌污染问题是近年来受关注的公共卫生问题之一,其与水样细菌群落特征的关联性研究有限,16S rRNA测序技术与随机森林模型为解析该关联性及公共浴池水细菌群落特征提供了新途径。[目的]掌握上海市公共浴池水细菌群... [背景]公共浴池嗜肺军团菌污染问题是近年来受关注的公共卫生问题之一,其与水样细菌群落特征的关联性研究有限,16S rRNA测序技术与随机森林模型为解析该关联性及公共浴池水细菌群落特征提供了新途径。[目的]掌握上海市公共浴池水细菌群落结构及多样性,探究嗜肺军团菌污染与细菌群落特征的关联性,并筛选关联性关键菌属,为制定公共浴池水卫生管理规范提供科学依据。[方法]于2023年2—3月期间,依据公共沐浴场所经营规模、区域分布、不同功能情况,选取上海市10家公共浴池水为研究对象,检测其水质卫生状况。根据嗜肺军团菌检测结果,将样本分为军团菌检出组和未检出组,采用16S rRNA测序分析水样的细菌群落结构、α-多样性和β-多样性,利用冗余分析(RDA)探究理化指标与细菌群落多样性的关联性,并通过随机森林模型筛选区分两组的关键菌属,以平均精度下降值(MDA)评估菌属重要性。[结果]军团菌检出组耗氧量小于军团菌未检出组(均值分别为1.85 mg·L^(-1)vs.6.81 mg·L^(-1),P<0.05),其余理化指标两组无明显差异。测序分析结果表明,共检测到27个细菌门和454个细菌属,其中变形菌门(平均相对丰度为63.00%)为公共浴池水主要优势菌门,泥单胞菌属(8.50%)、食酸菌属(8.13%)、分枝杆菌属(7.93%)和不动杆菌属(6.59%)为优势菌属。α-多样性分析发现军团菌检出组水样中的细菌群落丰富度(Chao1和ACE指数)高于未检出组(P<0.01),β-多样性分析发现两组细菌群落结构相似(P>0.05)。RDA分析表明,细菌群落多样性与水质pH呈正相关,与耗氧量和游离性余氯呈负相关,其中RDA1和RDA2对细菌群落多样性的解释率分别为23.92%和21.30%。利用随机森林模型筛选出对军团菌检出组和未检出组水样中微生物群落分布差异有较大影响的有慢生根瘤菌科未分类属(MDA=2.42)、亚栖热菌属(MDA=2.37)、黄杆菌属(MDA=2.26)等20种关键菌属。[结论]公共浴池水细菌群落多样性受到pH值、耗氧量和游离性余氯影响,嗜肺军团菌污染水样细菌群落更丰富,且存在引起群落差异的特征性关键细菌属,机器学习随机森林技术有助于探索特征性关键细菌属,研究结果为开展该类场所风险预警提供了依据。 展开更多
关键词 公共浴池水 16s rRNA测序 随机森林模型 群落结构 多样性 嗜肺军团菌
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基于16S rDNA基因测序探究痛泻要方对肝郁脾虚型IBS-D患者肠道菌群的影响
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作者 周坤城 姚承佼 +8 位作者 李奕霖 罗利红 谢凤娇 熊钦 杨洋 唐俊玲 周世文 程相熊 冯培民 《时珍国医国药》 北大核心 2026年第4期781-789,共9页
目的探讨中国西南部人群中健康对照组与肝郁脾虚型IBS-D患者之间的肠道菌群及代谢物差异,初步评估痛泻要方对肝郁脾虚型IBS-D患者肠道菌群的影响。方法课题纳入了60例健康对照组与120例肝郁脾虚型IBS-D患者,并将IBS-D患者随机分为空白... 目的探讨中国西南部人群中健康对照组与肝郁脾虚型IBS-D患者之间的肠道菌群及代谢物差异,初步评估痛泻要方对肝郁脾虚型IBS-D患者肠道菌群的影响。方法课题纳入了60例健康对照组与120例肝郁脾虚型IBS-D患者,并将IBS-D患者随机分为空白对照组、痛泻要方治疗组(n=60)。收集患者就诊前及就诊14天后的粪便样本以及健康志愿者体检当日的粪便样本,并通过16S rDNA基因测序技术检测健康对照组、痛泻要方治疗前后患者肠道菌群的变化。结果IBSD和健康对照组的拟杆菌门/厚壁菌门(F/B)比率差异明显。经过痛泻要方治疗后,IBS-D的罗氏菌属(Roseburia)、罗姆布茨菌属(Roseburia spp.,Romboutsia timonensis)以及唾液链球菌(Streptococcus_salivarius)的丰度增高。KEGG富集结果显示:在IBS-D患者中,MAPK信号通路、自噬和T细胞受体信号通路的活性显著增强。结论健康对照组,肝郁脾虚型IBS-D患者和痛泻要方治疗后的IBS-D患者肠道菌群结构与功能均存在显著差异。痛泻要方可能通过增加罗氏菌属、罗姆布茨菌属、唾液链球菌等菌属的丰度,调节肠道菌群并对肝郁脾虚型IBS-D患者产生疗效。 展开更多
关键词 腹泻型肠易激综合征 肝郁脾虚型 痛泻要方 肠道菌群 16s rRNA基因测序
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基于16S rRNA的实验室污染菌TaqMan qPCR和LAMP检测方法的建立
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作者 杨婧如 张旭妍 +2 位作者 汪洋 胡翰 刘滨磊 《生物技术》 2026年第1期37-43,共7页
[目的]建立并验证基于16S rRNA的用于检测实验室污染菌的TaqMan qPCR和LAMP检测方法,作为细胞治疗产品无菌检测快速放行的新方法。[方法]在非GMP分子生物学和细胞生物学实验室多个方位分离纯化污染菌,针对分离到的细菌16S rRNA基因保守... [目的]建立并验证基于16S rRNA的用于检测实验室污染菌的TaqMan qPCR和LAMP检测方法,作为细胞治疗产品无菌检测快速放行的新方法。[方法]在非GMP分子生物学和细胞生物学实验室多个方位分离纯化污染菌,针对分离到的细菌16S rRNA基因保守序列设计引物。对TaqMan qPCR及LAMP两种检测方法进行兼并性、灵敏度检测,并在GMP实验室生产的细胞治疗产品上进行验证,并与细菌培养法进行比较。[结果]建立的TaqMan qPCR和LAMP检测方法兼并性强,对蜡样芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌、微球菌、玫瑰考克氏菌、大肠杆菌、嗜根考克氏菌多种污染菌均有扩增;TaqMan qPCR标准曲线在5.7×10^(6)copies/μL~1.14×10^(2)copies/μL范围内具有良好的线性关系,R^(2)>0.99,检测限(LOD)为5.7×10^(1)copies/μL,定量下限(LLOQ)为1.14×10^(2)copies/μL;在针对模拟样本检测中,TaqMan qPCR灵敏度是LAMP的1000倍;在临床样本检测中,TaqMan qPCR、LAMP检测结果与培养法检测结果一致。[结论]建立并验证了针对实验室污染菌的的TaqMan qPCR和LAMP检测方法,为细胞治疗产品无菌检测的快速放行提供了新方法。 展开更多
关键词 实验室污染菌 无菌检测 细菌基因组DNA 16s rRNA TAQMAN探针 TaqMan qPCR 标准曲线 LAMP
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基于16S核糖体RNA测序技术探讨隐匿性胰胆反流对胆囊结石患者胆汁菌群的影响
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作者 侯念宗 张诚 +8 位作者 达选博 项雨凯 张红雷 邱晨 邵文涛 刘兆娜 胡海 蒋兆彦 杨玉龙 《上海医学》 2026年第1期49-58,共10页
目的通过16S核糖体RNA(16S rRNA)测序技术探究隐匿性胰胆反流(OPBR)对胆囊结石患者胆汁菌群结构和功能的影响。方法选取2024年7月1-12日于同济大学附属东方医院胆石中心就诊,拟行腹腔镜胆囊切除术或保胆手术的胆囊结石患者37例,其中男2... 目的通过16S核糖体RNA(16S rRNA)测序技术探究隐匿性胰胆反流(OPBR)对胆囊结石患者胆汁菌群结构和功能的影响。方法选取2024年7月1-12日于同济大学附属东方医院胆石中心就诊,拟行腹腔镜胆囊切除术或保胆手术的胆囊结石患者37例,其中男21例、女16例;根据患者是否合并OPBR,将患者分为对照组和OPBR组。采集患者的胆囊胆汁,测定胆汁淀粉酶水平,胆汁淀粉酶≤110 U/L的患者为未合并OPBR纳入对照组,>110 U/L的患者为合并OPBR纳入OPBR组。对胆汁样本进行16S核糖体RNA(16S rRNA)测序,并行胆汁菌群生物信息学分析:胆汁菌群测序质量评估(稀释曲线和丰度等级曲线),胆汁菌群测序物种组成分析[花瓣图分析扩增子序列变异(ASV)数量,Circos图呈现样本与物种之间的丰度],胆汁菌群α多样性分析(指标包括Shannon指数、Simpson指数、Chao1指数、ACE指数及Observed species指数)和β多样性分析[主成分分析(PCA)及非度量多维尺度(NMDS)分析],胆汁菌群差异物种线性判别分析(LEfSe)、胆汁菌群差异物种随机森林分析,以及胆汁菌群差异物种代谢KEGG通路预测分析。结果本研究最终纳入20例患者的有效胆汁样本,对照组、OPBR组各10例。测序质量评估显示,物种稀释曲线与丰度等级曲线表明数据质量可靠;所有样本测序深度及Q30碱基识别准确率均满足后续分析要求。对照组、OPBR组分别有2005、1834个ASV,两组共同存在3个ASV,对照组、OPBR组分别有2002、1831个独有的ASV。Circos图分析结果显示,两组胆汁菌群的微生物组成主要有5个核心菌门,分别为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和脱硫杆菌门,变形菌门相对丰度在两组中均占据绝对优势地位,厚壁菌门次之。α多样性分析结果显示,在物种多样性方面,OPBR组的Shannon指数显著低于对照组(P<0.05),Simpson指数显著高于对照组(P<0.05);在物种数量方面,OPBR组的Chao1指数、ACE指数和Observed species指数均显著低于对照组(P值均<0.05)。PCA与NMDS分析结果显示,PCA第一主成分(PC1)解释65.21%的变异,能够清晰分离两组样本(组间距离>组内离散度);NMDS应力值为0.038(<0.05),进一步验证组间菌群结构差异显著。LEfSe分析结果显示,OPBR组瘤胃球菌属显著富集,对照组芽单胞菌门、鞘氨醇单胞菌目、双歧杆菌目、水杆菌属、普雷沃菌科NK3B31组、粪杆菌属等显著富集。随机森林模型显示,粪杆菌属为鉴别两组的关键生物标志物,其次为瘤胃球菌属。KEGG通路功能预测分析结果显示,OPBR组菌群的脂类、糖类、氨基酸的代谢功能降低,微生物的活性和毒性增加。结论合并OPBR的胆囊结石患者胆汁菌群结构紊乱(粪杆菌属丰度下降而瘤胃球菌属丰度上升)及功能异常(代谢减弱、毒性增强),可能是OPBR诱发胆囊病变的微生物学机制,为防治OPBR提供了潜在靶点。 展开更多
关键词 隐匿性胰胆反流 胆囊结石 胆汁菌群 16s核糖体RNA测序
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基于16S rDNA全长比对的集中空调通风系统中嗜肺军团菌的鉴定
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作者 王磊 赵兴超 +3 位作者 吴丽瑜 李东妮 张勇 刘婉 《环境与健康杂志》 2026年第2期107-110,共4页
目的探讨一种更高效准确的集中空调通风系统中嗜肺军团菌鉴定方法,克服传统国家标准方法的缺陷。方法以深圳市集中空调通风系统的冷却水和冷凝水为样本,分别采用《公共场所卫生检验方法第5部分:集中空调通风系统》(GB/T 18204.5—2013)... 目的探讨一种更高效准确的集中空调通风系统中嗜肺军团菌鉴定方法,克服传统国家标准方法的缺陷。方法以深圳市集中空调通风系统的冷却水和冷凝水为样本,分别采用《公共场所卫生检验方法第5部分:集中空调通风系统》(GB/T 18204.5—2013)和16S rDNA全长比对法对培养出的不同表型菌落进行全面鉴定。结果2024年4—11月在深圳市共采集43批次样品,其中14批有菌落生长。16S rDNA比对法和国标法的最终鉴定结果在13批样品上保持一致。但是,16S rDNA比对法鉴定时长为6 d,短于国标法(阴性样本8 d,阳性样本9~11 d)。同时,16S rDNA比对法共鉴定出575株细菌,包括嗜肺军团菌株和非嗜肺军团菌株,涉及48个属、81个种,并发现6株疑似新种。结论相较于国标法,基于16S rDNA全长比对的鉴定方法操作流程简化、检测周期缩短、人力与资源消耗降低,能有效避免人为操作导致的误差,提升检测结果准确性与阳性检出率,同时可对非嗜肺军团菌进行种属鉴定,发现潜在新菌种,在实际检测工作中具有较高的应用价值。 展开更多
关键词 16s rDNA全长比对 嗜肺军团菌 集中空调 通风系统
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