以不侵染黑斑病菌长喙壳菌(Ceratocystis fimbriata Ellis et Halsted)的抗病甘薯品种南京92和感病品种徐薯18的薯块为对照组,以侵染时间1、3、7 d时的薯块为处理组进行转录组测序。测序结果表明:在抗病品种中找到36127个差异表达基因(d...以不侵染黑斑病菌长喙壳菌(Ceratocystis fimbriata Ellis et Halsted)的抗病甘薯品种南京92和感病品种徐薯18的薯块为对照组,以侵染时间1、3、7 d时的薯块为处理组进行转录组测序。测序结果表明:在抗病品种中找到36127个差异表达基因(differential expressed genes,DEGs),其中上调、下调表达的基因分别有17387、18740个;在感病品种中找到44663个DEGs,其中上调、下调表达的基因分别有22928、21735个;在相同时间点抗、感品种间的R_(1) vs S_(1)、R_(2) vs S_(2)、R_(3) vs S_(3)和R_(4) vs S_(4)这4个对比组中有1057个共有DEGs。GO富集分析结果表明:甘薯长喙壳菌侵染3 d时抗、感品种中富集到的前20的GO条目均主要为细胞成分,其次为生物过程和分子调控;隶属于生物过程的单一生物代谢过程、隶属于分子功能的氧化还原酶活性和四吡咯结合,以及隶属于细胞组分的质体和细胞外围等条目在抗、感品种中均被富集到。KEGG通路富集分析结果表明:在富集的前20的KEGG信号通路中,抗、感品种中的差异基因主要被富集到代谢途径、次级代谢产物的生物合成、碳代谢、苯丙烷生物合成、柠檬酸循环/三羧酸循环以及光合作用等通路上。此外,对长喙壳菌侵染甘薯块根的抗性相关基因进行了分析,共鉴定出221个抗性相关基因,其中激酶类(kinase,KIN)基因最多,有117个,占比为52.9%。展开更多
文摘以不侵染黑斑病菌长喙壳菌(Ceratocystis fimbriata Ellis et Halsted)的抗病甘薯品种南京92和感病品种徐薯18的薯块为对照组,以侵染时间1、3、7 d时的薯块为处理组进行转录组测序。测序结果表明:在抗病品种中找到36127个差异表达基因(differential expressed genes,DEGs),其中上调、下调表达的基因分别有17387、18740个;在感病品种中找到44663个DEGs,其中上调、下调表达的基因分别有22928、21735个;在相同时间点抗、感品种间的R_(1) vs S_(1)、R_(2) vs S_(2)、R_(3) vs S_(3)和R_(4) vs S_(4)这4个对比组中有1057个共有DEGs。GO富集分析结果表明:甘薯长喙壳菌侵染3 d时抗、感品种中富集到的前20的GO条目均主要为细胞成分,其次为生物过程和分子调控;隶属于生物过程的单一生物代谢过程、隶属于分子功能的氧化还原酶活性和四吡咯结合,以及隶属于细胞组分的质体和细胞外围等条目在抗、感品种中均被富集到。KEGG通路富集分析结果表明:在富集的前20的KEGG信号通路中,抗、感品种中的差异基因主要被富集到代谢途径、次级代谢产物的生物合成、碳代谢、苯丙烷生物合成、柠檬酸循环/三羧酸循环以及光合作用等通路上。此外,对长喙壳菌侵染甘薯块根的抗性相关基因进行了分析,共鉴定出221个抗性相关基因,其中激酶类(kinase,KIN)基因最多,有117个,占比为52.9%。
