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基于GBS技术的北方地区拉氏大吻鱥群体遗传多样性分析
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作者 白晓慧 刘克明 +5 位作者 何晓旭 尤宏争 骆小年 汪笑宇 薄其康 张韦 《水生生物学报》 北大核心 2025年第11期18-27,共10页
为探究北方地区拉氏大吻鱥(Rhynchocypris lagowskii)群体的遗传多样性,研究利用基因分型技术(Genotyping-by-sequencing,GBS),对天津宁河、天津蓟州、天津泃河和辽宁太子河4个拉氏大吻鱥群体共109尾个体进行全基因组水平的单核苷酸多态... 为探究北方地区拉氏大吻鱥(Rhynchocypris lagowskii)群体的遗传多样性,研究利用基因分型技术(Genotyping-by-sequencing,GBS),对天津宁河、天津蓟州、天津泃河和辽宁太子河4个拉氏大吻鱥群体共109尾个体进行全基因组水平的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发和遗传特征分析。通过测序共获得SNP标签3723530个,经过滤后共得到高质量SNP位点133536个用于遗传多样性分析。4个群体的期望杂合度(H_(e))为0.0397—0.0884,观测杂合度(H_(o))为0.0394—0.0818,核苷酸多样性(P_(i))为0.0406—0.0908,多态信息含量(PIC)值为0.0327—0.0717,群体间的遗传分化系数(F_(ST))为0.0039—0.8148,群体内近交系数(F_(is))为0.0567—0.5480。遗传结构分析表明4个群体聚为3个明显的类群,天津宁河群体和天津蓟州群体的个体聚为一支,辽宁太子河群体和天津泃河群体的个体分别聚为一支。4个群体均发现了群体特异性SNP标记,可以作为拉氏大吻鱥群体鉴定、群体遗传、性状关联分析和进化分析的候选分子标记。种群历史动态研究表明,4个群体在第四纪冰川期均经历了有效群体大小(N_(e))急剧下降过程。 展开更多
关键词 GBS 遗传多样性 SNP标记 遗传结构 种群动态 拉氏大吻鱥
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基于线粒体COI基因序列的中国蚬属遗传多样性和结构分析 被引量:1
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作者 胡锦硕 邓亚菲 +4 位作者 周春花 王维开 刘雄军 欧阳珊 吴小平 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第4期256-265,共10页
分析中国蚬属不同地理种群的遗传多样性,为蚬属资源保护和可持续开发利用提供参考,也为蚬属分类及地理分布研究提供理论依据。利用线粒体COI基因为分子标记,对2019年采自我国4大流域的13个蚬属地理种群(共计362个样本)进行遗传多样性和... 分析中国蚬属不同地理种群的遗传多样性,为蚬属资源保护和可持续开发利用提供参考,也为蚬属分类及地理分布研究提供理论依据。利用线粒体COI基因为分子标记,对2019年采自我国4大流域的13个蚬属地理种群(共计362个样本)进行遗传多样性和遗传结构研究,构建单倍型系统发育树,并进行种群历史动态分析。结果显示:线粒体COI片段长度为550bp,碱基AT含量明显大于GC含量,碱基组成具有偏好性;362个蚬属样本共检测到40个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.812和0.02908,军山湖(JS)具有低Hd和低π,13个种群中9个种群具有高的遗传多样性水平;系统发育树和网络图均支持中国蚬属分为淡水支和河口支,淡水支包括谱系Ⅰ和谱系Ⅱ,河口支为谱系Ⅲ;长江流域和珠江流域的种群全归于淡水支,淮河流域的种群在2支中均有分布,而东南沿海诸河流域的种群多分布在河口支,蚬属的3个谱系在不同流域中的分布呈现出明显的区域性;13个岘属种群间遗传分化系数FST为0.003~0.089,其中甬江(YJ)种群与其他种群之间的FST最大(0.063~0.089)。遗传分化和基因流分析表明蚬属种群基因交流普遍。种群动态分析除巢湖种群在末次间冰期经历种群扩张外,其他种群均稳定。 展开更多
关键词 蚬属 COI基因 谱系组成 遗传多样性
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我国4个不同河口刀鲚群体形态的比较研究 被引量:1
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作者 艾龙威 俞正森 +7 位作者 郑春芳 秦松 范青松 叶深 冯广朋 孙述好 邱文致 刘伟成 《海洋渔业》 北大核心 2025年第1期64-73,共10页
为摸清不同河口刀鲚(Coilia nasus)的形态差异,采集瓯江口、长江口、黄河口、鸭绿江口4个刀鲚群体共115个个体进行形态学比较研究。运用单因素方差分析、主成分分析、聚类分析和判别分析等多元统计分析方法对10项可量性状以及14项框架... 为摸清不同河口刀鲚(Coilia nasus)的形态差异,采集瓯江口、长江口、黄河口、鸭绿江口4个刀鲚群体共115个个体进行形态学比较研究。运用单因素方差分析、主成分分析、聚类分析和判别分析等多元统计分析方法对10项可量性状以及14项框架参数进行形态差异分析。单因素方差分析显示:仅胸鳍起点至腹鳍起点/体长(C6/SL)、背鳍起点至臀鳍起点/体长(C9/SL)和腹鳍起点至臀鳍起点/体长(C10/SL)指标在各群体间无显著性差异(P>0.05),其余指标在各群体间均存在显著差异(P<0.05)。聚类分析显示:瓯江口与长江口刀鲚群体的形态最为接近,与黄河口、鸭绿江口刀鲚群体差异较大。主成分分析显示:前7个主成分对总变异方差的贡献率分别为20.95%、16.24%、11.00%、7.49%、5.64%、4.67%、4.63%,累计贡献率为70.62%。判别分析显示:群体内综合判别率为97.4%。研究表明,4个刀鲚群体间存在显著的形态差异,主要表现在躯干部和头部性状上,差异形成可能与摄食习性和栖息地环境差异有关。研究结果可以为刀鲚的种群鉴别、资源保护和利用提供科学依据。 展开更多
关键词 刀鲚 河口 框架结构 形态差异 多元统计分析
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基于全基因组重测序的南海点带石斑鱼养殖群体遗传分析 被引量:2
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作者 张智超 陈永坤 +4 位作者 罗子皓 罗植森 林弘都 何雄波 颜云榕 《广东海洋大学学报》 北大核心 2025年第2期35-42,共8页
【目的】分析我国7个点带石斑鱼(Epinephelus coioides)养殖群体的遗传多样性及遗传结构,为全面了解我国点带石斑鱼养殖群体的遗传现状,选育石斑鱼优良品种提供科学依据。【方法】采集海南陵水、儋州,广东惠阳、阳西(阳江)、江城(阳江)... 【目的】分析我国7个点带石斑鱼(Epinephelus coioides)养殖群体的遗传多样性及遗传结构,为全面了解我国点带石斑鱼养殖群体的遗传现状,选育石斑鱼优良品种提供科学依据。【方法】采集海南陵水、儋州,广东惠阳、阳西(阳江)、江城(阳江),福建东山等6地区点带石斑鱼7群体的鳍条或肌肉样品,采用全基因组重测序技术,筛选出高质量单核苷酸多态性(SNPs),对7群体105尾个体进行遗传多样性及群体结构评估。【结果与结论】测序共产生1206.82 Gb碱基数据,经质控筛选过滤后获得8327608个高质量SNPs。各群体期望杂合度(H_(e))为0.3497~0.3519,核苷酸多样性(π)为0.0023~0.0025,多态信息含量(PIC)为0.2639~0.2759,表明各群体遗传多样性均处于中等水平,各养殖群体的遗传多样性水平整体差异较小;所有群体的连锁不平衡衰减较快,表明群体的驯化程度低;遗传分化指数(F_(st))平均值仅为0.0114,说明遗传分化程度极低。遗传结构分析表明,所有群体划分为2个祖先群,各群体在进化树和主成分分析上无明显的群体聚类,表明群体间结构组成相似;群体间有2次基因流动,说明存在共同遗传混合事件。研究结果可为我国点带石斑鱼种质资源保护、亲本选育及科学养殖等提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 点带石斑鱼 全基因组重测序 单核苷酸多态性 遗传多样性 群体结构
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长江江豚和东亚江豚染色体水平基因组微卫星分布特征分析
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作者 李寒姝 杨连东 +4 位作者 孟明辉 许攀 范飞 王丁 郑劲松 《水生生物学报》 北大核心 2025年第5期86-94,共9页
研究采用生物信息学方法,首次对长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis)和东亚江豚(N.a.sunameri)的染色体水平基因组(大小分别为2.62和2.50 Gb)的微卫星分布特征进行了分析和比较。结果表明,在长江江豚和东亚江豚基因... 研究采用生物信息学方法,首次对长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis)和东亚江豚(N.a.sunameri)的染色体水平基因组(大小分别为2.62和2.50 Gb)的微卫星分布特征进行了分析和比较。结果表明,在长江江豚和东亚江豚基因组中分别发现888424和867792个完美型微卫星,总长度分别为15340771和14724482 bp,均占基因组序列总长度的0.59%。在长江江豚和东亚江豚基因组中,六种重复类型微卫星的数量分布模式基本一致:单碱基微卫星最为丰富,其次是二碱基、六碱基、四碱基、三碱基和五碱基重复微卫星;数目最多的6种微卫星重复单元分别是A、AC、AT、CCCTAA、AGGGTT和C。研究还着重分析了长江江豚和东亚江豚Y染色体微卫星分布特征,分别在两个亚种Y染色体基因序列中发现6195和5024个完美型微卫星。在Y染色体6种重复类型微卫星中,单碱基是最丰富的碱基重复类型,然后依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基和六碱基重复。在Y染色体不同类别的完美型微卫星中,以A、AC、AAT等为重复单元的微卫星最为丰富。研究分析了长江江豚和东亚江豚染色体水平基因组微卫星分布特征和差异,为后续微卫星遗传标记的开发与利用奠定了重要基础。 展开更多
关键词 长江江豚 东亚江豚 基因组 Y染色体 微卫星
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汉阳地区四个湖泊短颌鲚群体的遗传结构
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作者 王东 何天琪 +4 位作者 任静 陈元元 翟东东 刘红艳 熊飞 《江汉大学学报(自然科学版)》 2025年第5期23-33,共11页
为了解汉阳地区湖泊优势鱼类短颌鲚群体的遗传多样性,使用线粒体Cyt b基因和D-loop基因序列作为分子标记,分析了汉阳地区三角湖、南太子湖、龙阳湖和后官湖4个湖泊中短颌鲚群体的遗传多样性、群体间遗传分化和种群历史动态。研究结果显... 为了解汉阳地区湖泊优势鱼类短颌鲚群体的遗传多样性,使用线粒体Cyt b基因和D-loop基因序列作为分子标记,分析了汉阳地区三角湖、南太子湖、龙阳湖和后官湖4个湖泊中短颌鲚群体的遗传多样性、群体间遗传分化和种群历史动态。研究结果显示短颌鲚群体的遗传多样性较高,单倍型多样性为0.613~0.868(Cyt b)和0.842~0.929(D-loop),核苷酸多样性为0.00223~0.00263(Cyt b)和0.00490~0.00751(D-loop),均处于较高水平。成对遗传分化指数FST值表明龙阳湖短颌鲚群体和其他湖泊短颌鲚群体间存在一定的遗传分化现象,PCA和单倍型网络图表明汉阳地区湖泊短颌鲚存在一定的系统地理格局。中性检验和错配分析表明汉阳地区湖泊短颌鲚群体在历史上可能没有发生过种群扩张现象。 展开更多
关键词 短颌鲚 遗传多样性 遗传结构 汉阳地区湖泊
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印太交汇区八种鱼类群体遗传结构和连通性分析
7
作者 黄红伟 张志新 +3 位作者 仲嘉 林强 郭宝英 严小军 《热带海洋学报》 北大核心 2025年第1期9-23,共15页
印太交汇区是海洋生物多样性起源的中心,具有极高的生物多样性。随着全球气候的持续变化和人类活动影响的日益加剧,生态系统逐渐呈现破碎化,此背景下,海洋鱼类在连通破碎化的生态系统和维持生物多样性中发挥重要的生态功能。探究印太交... 印太交汇区是海洋生物多样性起源的中心,具有极高的生物多样性。随着全球气候的持续变化和人类活动影响的日益加剧,生态系统逐渐呈现破碎化,此背景下,海洋鱼类在连通破碎化的生态系统和维持生物多样性中发挥重要的生态功能。探究印太交汇区代表鱼类的遗传结构和连通性将有助于明确不同种群间的遗传多样性格局和扩散路径,从而为生物多样性保护提供科学支撑。本研究在印太交汇区5个代表区域(中沙群岛、南沙群岛、西沙群岛、海南岛和菲律宾)收集了八种珊瑚礁栖鱼类(日本刺尾鱼Acanthurus japonicus、波纹钩鳞鲀Balistapus undulatus、尾纹九棘鲈Cephalopholis urodeta、栉齿刺尾鲷Ctenochaetus striatus、金带齿颌鲷Gnathodentex aureolineatus、四带笛鲷Lutjanus kasmira,、黑边角鳞鲀Melichthys vidua和多带副绯鲤Parupeneusmultifasciatus)共309个样本,最终获得515条线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome C oxidase subunit I,COI)基因和16S rDNA序列;为使研究覆盖范围更加广泛,同时在GenBank下载了以上八种鱼类在中国台湾岛、南沙群岛、菲律宾、印度尼西亚海域的线粒体COI基因序列,共86条。基于此,研究分析了以上7个代表区域不同群体间的遗传多样性和遗传分化,结果显示八种鱼类在研究区域整体具有较高水平的遗传多样性和较低的遗传分化,其中多带副绯鲤和波纹钩鳞鲀最为明显;印度尼西亚、中国台湾岛和南海诸岛群体同样具有较高的遗传多样性。研究进一步利用物种分布模型和最小成本路径模型探究了不同种群间的连通性,在此基础上,我们共收集了八种鱼类133047条分布信息,使用最大熵算法(maximum entropy model,MaxEnt)预测当前气候下物种适宜分布的区域,并利用ArcGis 10.2软件SDMtoolbox v2.5工具计算不同种群间的连通性。种群连通性揭示了菲律宾东岸—苏拉威西岛是以上八种鱼类在印太交汇区的重要扩散路径,南海诸岛(南沙、中沙和西沙群岛)连接了中国台湾岛、菲律宾和印度尼西亚的不同群体,起到了物种扩散的连通枢纽作用。综上所述,菲律宾、印度尼西亚、中国台湾岛和南海诸岛应成为维持遗传多样性和保护连通性的优先保护区。本研究强调在生物多样性保护中应综合考虑种群连通性和遗传多样性的重要性,通过结合宏观和微观层面的研究结果,以期实现更为有效的生物多样性保护。 展开更多
关键词 印太交汇区 遗传多样性 扩散 种群连通性 生物多样性保护
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基于微卫星标记的中国近海龙头鱼群体遗传结构分析 被引量:1
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作者 黄新芯 刘玉萍 +1 位作者 宁子君 杨天燕 《水生态学杂志》 北大核心 2025年第1期90-98,共9页
开展中国近海龙头鱼群体遗传结构研究,为我国龙头鱼资源的开发利用和渔业管理单元的划分提供遗传学背景资料。基于6个微卫星标记对2018—2020年采自连云港(LYG)、南通(NT)、三门(SM)、泉州(QZ)、湛江(ZJ)、北海(BH)和三亚(SY)的7个龙头... 开展中国近海龙头鱼群体遗传结构研究,为我国龙头鱼资源的开发利用和渔业管理单元的划分提供遗传学背景资料。基于6个微卫星标记对2018—2020年采自连云港(LYG)、南通(NT)、三门(SM)、泉州(QZ)、湛江(ZJ)、北海(BH)和三亚(SY)的7个龙头鱼群体的遗传结构和遗传分化进行评估和分析,共检测到111个等位基因,7个群体平均等位基因丰富度(R_(s))为7.944~10.087,平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.721~0.807和0.621~0.785,平均多态信息含量(PIC)为0.673~0.768,呈现较高的遗传多样性水平。SY和BH群体间的遗传距离最小(0.3022),BH和LYG群体间的遗传距离最大(0.5019)。两两群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0054~0.0737,东海和南海群体(SM、QZ、ZJ、BH、SY)与黄海群体(LYG、NT)之间存在显著的遗传分化,基于群体间Nei氏标准遗传距离构建的UPGMA聚类树也显示LYG和NT群体独立于其他群体。将所有群体分为1个基因池或是2个基因池进行分子方差分析,均表明绝大部分遗传变异来源于群体内个体间。三维因子对应分析和Structure分析提示龙头鱼群体可划分为2个自由交配组群,在渔业管理上应视作不同的捕捞单元进行区别管理。 展开更多
关键词 龙头鱼 微卫星标记 遗传结构
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Differentiation of genetic diversity and byssal phenotype among wild populations of Mytilus coruscus located at different latitudes
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作者 LIN Yuetong WANG Yuqing +2 位作者 NI Jiyue LI Yifeng LU Xia 《水产学报》 北大核心 2025年第8期109-120,共12页
The mussel is one of the main cultivated species in the world.A significant challenge faced by suspension-cultured mussels is the high incidence of mussel fall-off from cultivation ropes,adversely impacting harvest yi... The mussel is one of the main cultivated species in the world.A significant challenge faced by suspension-cultured mussels is the high incidence of mussel fall-off from cultivation ropes,adversely impacting harvest yields,which have been documented at commercial mussel farms in the United Kingdom,the United States of America,Canada,Spain,New Zealand and China.Byssus is an important attachment structure for marine mussels,and weakness in byssal thread attachment is a major factor leading to mussel detachment from ropes.To investigate the relationship between genetic variability and byssal thread phenotypic characteristics in the hard-shelled mussel(Mytilus coruscus),we collected three wild populations of M.coruscus from different latitudes in the East China Sea,including the Shengsi(SS),Jiaojiang(JJ),and Fuding(FD)populations.The genetic diversity and structure of these populations were investigated using 10 microsatellite loci.The mean observed heterozygosity(Ho)in the SS population was 0.44,higher than the mean Ho values of the JJ(0.40)and FD(0.39)populations.The mean inbreeding coefficients(F_(is))in the SS population was 0.20,lower than the mean F_(is)values of the JJ(0.33)and FD populations(0.40).These results revealed that the SS population exhibited higher genetic diversity compared to the other two populations.The different numbers of private alleles(P_(a))in the three populations,ranging from 10 to 17,suggest that these populations have experienced selective pressures from various environments.Moreover,genetic differentiation was observed in the genetic distance between the SS population and the other two populations.We also examined the phenotypic characteristics of their byssal threads.There were significant differences in byssus attachment strength among the three populations,with the SS population located at the highest latitude secreting more byssal threads and exhibiting greater byssal breaking force and plaque adhesion strength,while the Fuding(FD)population located at the lowest latitude had the weakest byssal attachment.The observed differentiation in private alleles and byssus phenotypes might suggest that the three wild populations have experienced different environmental selective pressures.This study provides insight for future genetic enhancement programs aimed at improving byssus attachment in M.coruscus. 展开更多
关键词 Mytilus coruscus MICROSATELLITE genetic diversity genetic structure byssal phenotype
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基于线粒体COⅠ和Cytb基因探讨北鲍南养对皱纹盘鲍群体遗传结构的影响 被引量:3
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作者 吴宙 周丽青 +6 位作者 迟长凤 吴彪 孙秀俊 刘志鸿 赵丹 于涛 郑言鑫 《水产学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期110-120,共11页
为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响,利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b(Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南隍... 为探讨近三十年来我国皱纹盘鲍养殖模式对群体遗传结构产生的影响,利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基(COⅠ)基因和细胞色素b(Cytb)基因分析了定殖漳州的群体、大连培育蓬莱越冬群体、荣成培育福建越冬群体及长山列岛(砣矶岛、大钦岛、南隍城岛)皱纹盘鲍群体的遗传多样性与群体遗传结构。结果显示,在259个个体730 bp的COⅠ序列片段中检测到48个变异位点和30个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.586~0.897,核苷酸多样性为0.0056~0.0081。259个个体730 bp的Cytb序列片段中检测到59个变异位点和32个单倍型,6个群体的单倍型多样性为0.605~0.909,核苷酸多样性为0.0077~0.0120。基于COⅠ和Cytb基因的群体间Fst值以及AMOVA结果表明,绝大部分群体之间存在显著的遗传分化,并且遗传变异主要来源于群体内。现行的皱纹盘鲍北鲍南养模式加强了不同群体之间的基因交流,使不同遗传背景的种群二次接触,导致皱纹盘鲍6个群体均具有较高的单倍型多样性和核苷酸多样性;而各养殖群体中的不同选育条件则可能是造成显著遗传分化的重要原因。本研究对分属南北沿海的6个皱纹盘鲍群体的遗传评估将为我国皱纹盘鲍资源的合理利用以及养殖模式对遗传结构的影响提供科学依据。 展开更多
关键词 皱纹盘鲍 细胞色素C氧化酶亚基基因 细胞色素B基因 遗传多样性 遗传结构
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长江中下游地区凤眼蓝的克隆多样性和遗传结构研究
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作者 符丽妹 樊香绒 +3 位作者 朱红艳 王武超 徐艳琴 陈媛媛 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期766-773,共8页
水流在水生入侵植物的传播过程中具有重要作用。凤眼蓝(Eichhornia crassipes(Mart.)Solms)是我国危害极大的水生入侵植物。本研究基于AFLP标记,对长江中下游14个凤眼蓝种群(共399个植株)进行了克隆多样性和遗传结构分析,以探究水流对... 水流在水生入侵植物的传播过程中具有重要作用。凤眼蓝(Eichhornia crassipes(Mart.)Solms)是我国危害极大的水生入侵植物。本研究基于AFLP标记,对长江中下游14个凤眼蓝种群(共399个植株)进行了克隆多样性和遗传结构分析,以探究水流对凤眼蓝扩散的影响。结果显示,利用4对AFLP引物,共检测到186个位点,其中56个为多态性位点(占30.11%)。该区域凤眼蓝种群的克隆多样性(D=0.273)和遗传多样性(I=0.011,HE=0.017)均很低,是由于优势的克隆生长而导致。种群间遗传分化很小(GST=0.019);同时AMOVA分析结果表明,1.84%的遗传变异来自于种群间,98.16%来自于种群内部,且14个种群间存在1个共有基因型,说明水流是长江流域凤眼蓝传播的主要媒介。因而,控制水流将极大促进该物种的有效治理。 展开更多
关键词 凤眼蓝 克隆多样性 克隆结构 遗传多样性 长江中下游
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5个乌鳢群体的SLAF测序及群体遗传结构和遗传多样性分析
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作者 张晋 刘海洋 +5 位作者 崔同心 欧密 罗青 费树站 陈昆慈 赵建 《大连海洋大学学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期968-976,共9页
为探究地方乌鳢(Channa argus)群体的遗传结构和遗传多样性,基于SLAF-seq测序技术开发的SNP分子标记对5个乌鳢群体的群体遗传结构及遗传多样性进行了分析。结果表明:共检出1987293个群体SNP标记,平均测序深度为16.33 x,平均Q20含量和平... 为探究地方乌鳢(Channa argus)群体的遗传结构和遗传多样性,基于SLAF-seq测序技术开发的SNP分子标记对5个乌鳢群体的群体遗传结构及遗传多样性进行了分析。结果表明:共检出1987293个群体SNP标记,平均测序深度为16.33 x,平均Q20含量和平均GC含量分别为99.17%和41.19%;5个群体的遗传多样性结果显示,观测杂合度(H o)为0.078~0.134,期望杂合度(H e)为0.094~0.183,多态信息含量(PIC)为0.156~0.250,近交系数(F IS)为0.288~0.579,核苷酸多态性(π)为2.96×10^(-6)~5.73×10^(-6);遗传分化及遗传结构分析结果表明,各群体之间基因流(N m)为0.503~0.856,均小于1;各群体之间的群体遗传分化系数(F st)为0.042~0.247;系统发育树中黑龙江抚远、山东省微山湖和浙江湖州群体各聚成一支,而四川内江的普通乌鳢和白乌鳢则聚成一支;5个乌鳢群体可分为4个亚群,除浙江湖州群体外,其他地区群体中存在来自祖先亚群基因交流;试验结果表明,通过SLAF-seq技术可以以较低的成本实现对乌鳢群体遗传多样性的鉴定与基因分型;乌鳢各群体的H o均低于H e,群体存在一定程度的近亲繁殖;5个乌鳢群体的杂合度、多态信息含量和核苷酸多态性均较低,表明遗传多样性水平较低;群体间核苷酸多态性差异较小;5个乌鳢群体遗传分化水平不一,四川内江群体之间处于低度遗传分化水平,其余群体之间处于中、高度遗传分化水平,形成了较为明显的遗传分化。该研究为乌鳢遗传资源保护及新品种开发提供了科学参考。 展开更多
关键词 乌鳢 SLAF测序 群体遗传结构 遗传多样性 SNP标记
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全球野生猫科动物遗传多样性比较及其空间分布格局
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作者 吕泽龙 李可欣 胡义波 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期795-803,共9页
猫科动物对生态系统平衡起着重要作用,但由于人类活动、栖息地破碎化等因素影响,野生猫科动物的种群数量显著下降,其遗传多样性也随之下降。为了评估和比较不同野生猫科物种的遗传演化潜力,本研究收集了基于线粒体D-loop、CYTB以及核微... 猫科动物对生态系统平衡起着重要作用,但由于人类活动、栖息地破碎化等因素影响,野生猫科动物的种群数量显著下降,其遗传多样性也随之下降。为了评估和比较不同野生猫科物种的遗传演化潜力,本研究收集了基于线粒体D-loop、CYTB以及核微卫星3种常用分子标记的野生猫科物种种群遗传多样性数据,并结合野生猫科物种分布数据,绘制相应的遗传多样性分布格局图。结果显示,在40种野生猫科动物中,仅有19种开展了种群水平的遗传多样性相关研究,其中使用D-loop、CYTB和微卫星标记评估的分别有3种、10种和17种。伊比利亚猞猁(Lynx pardinus)基于CYTB和微卫星的种群遗传多样性最低,南美草原猫(Leopardus pajeros)和豹(Panthera pardus)基于CYTB和微卫星的种群遗传多样性最高。空间分布格局显示,南美洲中南部、非洲东南部、印度半岛等地的野生猫科动物具有较高遗传多样性;北美洲北部以及中国西北地区的猫科动物遗传多样性较低。此外,研究显示基于CYTB和微卫星的种群遗传多样性与物种多样性呈正相关关系。本研究系统评估了全球野生猫科动物遗传多样性水平及其空间分布格局,为野生猫科动物的遗传多样性保护提供了重要的科学依据。 展开更多
关键词 遗传多样性 CYTB D-LOOP 微卫星 空间分布格局 猫科 荟萃分析
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达里湖高原鳅不同地理群体遗传多样性与遗传分化 被引量:1
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作者 巩政 王梓璇 +2 位作者 张艺弛 赵耿楠 潘保柱 《水生态学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第4期92-98,共7页
了解达里湖高原鳅(Triplophysa dalaica)不同群体遗传变异现状,为制定适宜的物种保护及水域生态系统管理策略提供基础。选择线粒体Cyt b基因作为分子标记,分析了2021年4月和7-8月采集于黄河流域的红碱淖、大黑河和查干诺尔湖流域的辉腾... 了解达里湖高原鳅(Triplophysa dalaica)不同群体遗传变异现状,为制定适宜的物种保护及水域生态系统管理策略提供基础。选择线粒体Cyt b基因作为分子标记,分析了2021年4月和7-8月采集于黄河流域的红碱淖、大黑河和查干诺尔湖流域的辉腾河等3个地理群体,以及文献记载海河流域的漳河群体的遗传多样性、遗传分化及种群历史动态。结果表明,70尾个体中共检测到16个变异位点和13个单倍型;不同群体的单倍型多样性范围为0.233~0.791,核苷酸多样性范围为0.00020~0.00209。其中,辉腾河群体遗传多样性水平最高;红碱淖与大黑河群体单倍型多样性水平较高,核苷酸多样性水平较低;漳河群体单倍型多样性与核苷酸多样性均较低。单倍型系统发育树和进化网络图显示,13个单倍型未聚类形成明显的谱系结构,多数单倍型为单一群体独有;除漳河群体外,其余群体的单倍型混杂连接,未遵循各自的地理分布格局。遗传分化分析结果显示,群体间遗传分化指数为0.233~0.867,多为高度分化;分子方差分析表明遗传变异主要来源于群体间(64.86%)。种群历史动态分析未检测到达里湖高原鳅各地理群体及总体在近期经历过种群扩张。鉴于达里湖高原鳅已成为雅鲁藏布江外来鱼类,建议将达里湖高原鳅自然分布区内的各群体划定为不同保护单元并跟踪监测栖息地质量,同时加强对物种交易与放生活动的管控。 展开更多
关键词 达里湖高原鳅 遗传多样性 遗传分化 种群历史动态
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用微卫星多态性和RAPD分析广东地方鸡种的群体遗传变异 被引量:67
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作者 张细权 吕雪梅 +3 位作者 杨玉华 刘敬顺 杨关福 吴显华 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1998年第2期112-119,共8页
用5个座位的微卫星标记和70个10碱基引物得出的RAPD,研究分析了惠阳胡须鸡、杏花鸡和清远麻鸡3个广东地方鸡种和培育品种粤黄鸡的群体遗传变异及相互间的关系,并讨论了微卫星多态性和RAPD这两种标记在应用于群体遗传变... 用5个座位的微卫星标记和70个10碱基引物得出的RAPD,研究分析了惠阳胡须鸡、杏花鸡和清远麻鸡3个广东地方鸡种和培育品种粤黄鸡的群体遗传变异及相互间的关系,并讨论了微卫星多态性和RAPD这两种标记在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面分析的意义。微卫星多态性分析结果说明,样本采自保种群的惠阳胡须鸡和杏花鸡以及经长期封闭选育的粤黄鸡的杂合度均较低,而在起源地采样的清远麻鸡杂合度较高,但总的说来这几个鸡种的杂合度仍然是较低的。RAPD分析结果说明,4个鸡种群体间变异较小,但在惠阳胡须鸡发现具有品种特异性的RAPD图带。微卫星多态性和RAPD分析都说明4个鸡种的亲缘关系较近。由于微卫星标记多态性程度高且等显性遗传,因而通过它计算杂合度可以较好地反映群体内的变异;RAPD则在反映群体间的区别甚至某一群体的特征时可提供明确而直接的信息。 展开更多
关键词 微卫星多态性 RAPD 地方鸡种 群体遗传变异
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牙鲆野生群体与养殖群体的遗传多样性分析 被引量:56
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作者 张全启 徐晓斐 +2 位作者 齐洁 王兴莲 包振民 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期816-820,共5页
利用AFLP技术对荣成野生群体和养殖群体牙鲆进行遗传多样性分析和比较。实验采用 7对引物组合在 2个群体中共扩增出 797个位点 ,其中多态位点数为 43 3个 ,占总位点数的 5 4.2 7%。各引物组合在 2个群体中的扩增位点数目和多态位点比例... 利用AFLP技术对荣成野生群体和养殖群体牙鲆进行遗传多样性分析和比较。实验采用 7对引物组合在 2个群体中共扩增出 797个位点 ,其中多态位点数为 43 3个 ,占总位点数的 5 4.2 7%。各引物组合在 2个群体中的扩增位点数目和多态位点比例有较大不同 ,但养殖群体的总扩增位点数和多态位点比例均低于野生群体 ,野生群体和养殖群体的平均多态位点率分别为 46.18%和 40 .0 7% ,其中 ,E3 8M 5 0引物组合在两群体中扩增的多态位点比例差异显著 (P <0 .0 5 )。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加。群体遗传结构分析表明 ,两群体间的遗传距离比较小 ,群体遗传结构相似 ,说明养殖群体尚没有形成自己独立的遗传结构。 展开更多
关键词 牙鲆 野生群体 养殖群体 遗传多样性
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最大信息熵原理与群体遗传平衡 被引量:49
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作者 汪小龙 袁志发 +3 位作者 郭满才 宋世德 张全启 包振民 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第6期562-564,共3页
建立了用最大信息熵原理推导群体遗传平衡定律的统一数学模型 ,并给出了模型的统一解 ,此解正是Hardy Weinberg定律所给出的平衡群体的基因型频率 ,说明当群体信息熵达到最大时 ,群体基因型频率不再变化 ,即达到“平衡”。这证明了最大... 建立了用最大信息熵原理推导群体遗传平衡定律的统一数学模型 ,并给出了模型的统一解 ,此解正是Hardy Weinberg定律所给出的平衡群体的基因型频率 ,说明当群体信息熵达到最大时 ,群体基因型频率不再变化 ,即达到“平衡”。这证明了最大熵分布就是Hardy Weinberg平衡分布。Hardy Weinberg平衡定律与最大信息熵原理的内在一致性说明 ,杂交和随机交配是一个不可逆过程 ,使群体基因型信息熵增大 ,无序性增加 ,而选择和近亲交配使群体的信息熵降低 ,有序性增加 ,育种过程实际就是调节群体信息熵的过程。信息熵的含义是表示一个概率分布的不确定性 ,最大熵原理意味着在一定的约束条件下 ,选择具有最大不确定性的分布 ,从而其分布是最为随机的。最大熵原理在信息、工程、天文、地理、图像处理、模式识别等自然科学和社会科学领域都有广泛的成功应用 ,本文从群体遗传学角度证明了这一原理具有普遍适用性。熵是描述系统状态的函数 ,而最大熵原理则表明了系统发展变化的趋势 ,系统的最终状态必然是熵增加至最大值的状态 ,对于任何系统都是如此。因此 ,群体遗传系统的平衡定律可以统一用最大熵原理进行判定和描述 :任意群体的基因型信息熵在随机交配世代传递时有不断增加的趋势 ;在一定约束条件下基因型信息熵达到? 展开更多
关键词 最大信息熵原理 遗传平衡 Hardy-Weinberg平衡定律 生物群体
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应用30个常染色体STR位点研究中国6个民族群体的遗传关系 被引量:21
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作者 俞建昆 褚嘉祐 +9 位作者 钱亚屏 孙浩 史磊 史荔 初正韬 杨昭庆 林克勤 陶玉芬 黄薇 金力 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第8期699-706,共8页
利用30个荧光标记的人类常染色体STR位点的引物,对中国白族、纳西族、土族、撒拉族、山东汉族、畲族6个民族进行了多重PCR扩增,产物在ANI 377测序仪上进行变性聚丙烯酸胺凝胶电泳和基因扫描及分型,然后用Shriv... 利用30个荧光标记的人类常染色体STR位点的引物,对中国白族、纳西族、土族、撒拉族、山东汉族、畲族6个民族进行了多重PCR扩增,产物在ANI 377测序仪上进行变性聚丙烯酸胺凝胶电泳和基因扫描及分型,然后用Shriver的Dew法计算遗传距离,用Weighbor-Joining法和UPGMA法构建了系统发生树,结合有关资料分析了它们之间的遗传关系。结果揭示:撒拉族与土族的遗传距离较接近,为0.033,但与其余4个民族的距离则较远,均大于0.12;土族 与纳西族和山东汉族的距离较近,分别为0.038、0.063;白族与山东汉族的距离最近,仅为0.007,而与纳西族相近却有0.075的距离,与土族的距离也较远,为0.112;纳西族和山东汉族 之间存在着0.100的遗传距离;畲族与其他5个民族群体的距离均超过了0.12,关系较远。在 构建的系统发生树中,纳西族、撒拉族和土族聚成一簇,汉族、白族聚成一簇,畲族单独为一 枝。这一结果与它们的地理分布和民族历史基本上是一致的,并可为结合历史和考古资料综 合分析这6个民族的起源、迁移、形成和发展提供遗传学依据。 展开更多
关键词 STR 民族群体 基因扫描 基因分型 遗传距离 中国
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青海湖裸鲤繁殖群体遗传多样性的RAPD分析 被引量:28
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作者 张春霖 陈大庆 +2 位作者 史建全 祁洪芳 鲁成 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期307-312,共6页
采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态... 采用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法对青海湖裸鲤的3个洄游繁殖群体-黑马河(HM)、布哈河(BH)及沙柳河(SL)群体各30个个体的DNA多态性进行了分析。用13个引物在三个群体中共检测出85个位点,其中多态性位点68个。青海湖裸鲤群体总的DNA多态位点百分率为80.0%。数据分析结果显示:青海湖裸鲤3个群体总的Nei基因多样性为0.3395,Shannon遗传多样性信息指数为0.4861,存在着较为丰富的遗传多样性。青海湖裸鲤3个群体间平均遗传距离为0.0788,基因分化系数Gst为0.1070,表明3个繁殖群体间产生了一定程度的遗传分化,通过UPGMA方法进行聚类分析显示,HM群体和BH群体优先聚类,表示它们之间的基因交流程度要高于它们分别与SL群体之间的交流。 展开更多
关键词 青海湖裸鲤 DNA多态性 遗传多样性 遗传分化 基因交流
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中国对虾快速生长新品种“黄海1号”的人工选育 被引量:71
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作者 李健 刘萍 +3 位作者 何玉英 宋全山 牟乃海 王清印 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期1-5,共5页
中国对虾经过连续6代的群体选育,表现出生长快、抗逆性强等优良的经济性状。选育群体的体长比对照平均增长8.40%,体重增长26.86%。抗逆性强,发病率不足10%,而未经选育的对照池发病率在40%以上。对不同世代进行了遗传结构分析,(1)同工酶:... 中国对虾经过连续6代的群体选育,表现出生长快、抗逆性强等优良的经济性状。选育群体的体长比对照平均增长8.40%,体重增长26.86%。抗逆性强,发病率不足10%,而未经选育的对照池发病率在40%以上。对不同世代进行了遗传结构分析,(1)同工酶:在13个基因位点中,MDH 2、GPI、MPI、PGM 2和PGM 3五个位点呈多态。PGM 3位点上的变异程度最高,其等位基因频率呈递减趋势,选育群体在MPI位点上发现c基因,其等位基因频率呈递增趋势,其平均观察杂合度呈依次递减趋势。(2)RAPD:对5个世代进行了RAPD分析,各世代间多态性比例呈下降趋势,F6代保持了F5水平。遗传分化指数Gst除F3与F4之间遗传分化弱之外,其他世代间已发生了中等程度的分化。(3)SSR:对5个世代进行了8个基因位点分析,共产生108个等位基因,群体间的杂合度呈下降趋势,F6保持了F5水平。遗传分化指数Gst值均小于0.05,说明中国对虾人工选育群体之间存在一定程度的分化,但分化较弱。 展开更多
关键词 中国对虾 群体选育 快速生长群体 遗传结构
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