摘要
以SARS病毒基因组序列为基础 ,采用Garnier Robson方法、Chou Fasman方法和Karplus Schulz方法预测蛋白质的二级结构 ;按Kyte Doolittle方案、Emini方案和Jameson Wolf方案预测SARS病毒M蛋白的B细胞表位。预测结果表明 ,在SARS病毒M蛋白N 端第 1 1～ 2 0、2 7～ 36区段和第 1 33～ 1 41区段可能是α 螺旋中心 ;M蛋白分子N 端第 2 0～ 2 7、34～ 37,44～ 5 6,61～ 64,70～ 76,79～ 97,1 1 7～ 1 32 ,1 42～ 1 47,1 65～ 1 76区段和第 2 1 6～ 2 2 1区段可能是β 折叠中心。在M蛋白N 端第 5～ 6、40～ 44、1 0 5～ 1 0 7、1 1 2～ 1 1 6、1 89～ 1 90、2 0 2～ 2 0 3区段和第 2 1 0～ 2 1 5区段具有较柔软的结构 ,有可能进行一定幅度的摆动或折叠而形成较复杂的三级结构。SARS病毒M蛋白N 端第 1～ 1 5、37～ 47、99～ 1 2 0、1 81～ 1 92区段和第 1 96～ 2 1 5区段内或附近很可能是B细胞表位优势区域。以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段 ,用抗原指数 ,亲水性参数和可及性参数预测SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位 。
The secondary structure of M protein was predicted by the methods of Garnier Robson,Chou Fasman and Karplus Schulz based on SARS coronavirus genome.And Hydrophilicity plot,Surface probability plot and Antigenic index for M protein were obtained by the methods of Kyte Doolittle,Emini and Jameson Wolf,respectively.Combined the results according to these methods,the B cell epitopes for M protein of SARS coronavirus were predicted. The results demonstrated that there are some centers of α helix in the M protein's N terminal No.11～20、27～36 and No.133～141.And there are some centers of β sheet in the M protein's N terminal No.20～27、34～37,44～56,61～64,70～76,79～97,117～132,142～147 and No.216～221.Furthermore,the N terminal No.5～6、40～44、105～107、112～116、189～190、202～203 and No.210～215 may be the flexible regions of M protein.Moreover the B cell epitopes possibly localized in or nearby the M protein's N terminal No.1～15、37～47、99～120、181～192 and No.196～215.These results are helpful for identification of B cell epitopes for M protein using experimental methods.
出处
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
2003年第6期41-45,共5页
China Biotechnology
