摘要
本研究通过加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)筛选奶山羊(Capra hircus)不同生理阶段乳腺发育的关键基因。采用GEO数据库中的GSE185981和GSE97089数据集,包括妊娠晚期(LG)、泌乳高峰期(PL)、泌乳后期(LL)和干奶期(DP)等阶段的转录组数据。利用R语言中的WGCNA包构建共表达网络,并关联模块与生理阶段,筛选出目标模块。选择连接度最高的前30个枢纽基因进行功能富集分析,并通过String网站构建蛋白质互作网络(Protein-protein Interaction Neiwork,PPI Network),使用Cytoscape软件分析出前20个核心基因。比较枢纽基因与核心基因的交集,得出乳腺发育的关键基因:妊娠晚期为KIF20A、CDC6、CDK1等;泌乳高峰期为PTPRZ1、SLC6A11;泌乳后期为MRPS34、MRPS2;干奶期包括TIMP2、ANGPTL2等。本研究结果为奶山羊乳腺发育的分子机制揭示提供了基础。
出处
《中国畜牧杂志》
北大核心
2025年第10期96-106,共11页
Chinese Journal of Animal Science
基金
陕西省自然基金重点项目(2022JZ-10)。
