摘要
为有效解决大尺度基因组序列的比对分析,提出了一种基于遗传算法的序列比对方法。该算法通过对序列比对问题进行编码,将其转换成了搜索空间中的一个优化问题。实验结果表明,这种新的比对算法是有效的,它在占用少量内存的情况下可以获得近似于Need lem an-W unsch算法结果的最优解。
In order to solve the large-scaled genome sequences alignment efficiently, this paper proposes a new sequence alignment method based on genetic algorithm. It converts the sequences alignment to an optimization problem in a search space by encoding. The experiment results demonstrate that the new approach is efficient and it can find a result close to Needleman-Wunsch algorithm with less memory.
出处
《吉林大学学报（信息科学版）》
CAS
2006年第4期423-429,共7页
Journal of Jilin University（Information Science Edition）
基金
国家自然科学基金资助项目(60374027)
关键词
生物信息学
序列比对
遗传算法
算子
bioinformatics
sequence alignment
genetic algorithm
operator
