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基于SSR标记的甘蔗指纹图谱构建及遗传多样性分析 被引量:1
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作者 张慧 刘严明 +7 位作者 林萍萍 黄潮华 黄国强 徐良年 邓祖湖 张木清 王勤南 赵新旺 《分子植物育种》 北大核心 2026年第4期1137-1145,共9页
为从分子水平研究中国甘蔗材料的遗传多样性差异并建立甘蔗品种(系)的DNA指纹图谱,本研究利用21对SSR引物,对中国育成、引进和本地野生资源等229份材料构成的甘蔗群体进行遗传多样性分析,并对群体材料进行指纹图谱构建。结果表明中国甘... 为从分子水平研究中国甘蔗材料的遗传多样性差异并建立甘蔗品种(系)的DNA指纹图谱,本研究利用21对SSR引物,对中国育成、引进和本地野生资源等229份材料构成的甘蔗群体进行遗传多样性分析,并对群体材料进行指纹图谱构建。结果表明中国甘蔗群体遗传多样性较好,群体间遗传变异占比低,野生资源利用率低。同时,构建了229份甘蔗品种、种质资源的DNA指纹图谱数据库,开发了相对应的二维码。研究结果对中国甘蔗新品种选育与推广、品种信息查询和鉴别及种质资源的开发利用提供理论支持。 展开更多
关键词 甘蔗 ssr标记 遗传多样性 指纹图谱
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余甘子转录组与SSR信息分析及分子标记开发
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作者 王建超 张小艳 +2 位作者 谢丽雪 张立杰 李韬 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第3期35-45,共11页
【目的】明确余甘子转录组SSR位点的分布特征,开发余甘子SSR分子标记技术,为余甘子的亲缘关系鉴定、遗传育种和创新利用提供理论依据。【方法】以6份表型差异较大的余甘子叶片为材料,通过高通量测序技术获得余甘子叶非参转录组数据,分... 【目的】明确余甘子转录组SSR位点的分布特征,开发余甘子SSR分子标记技术,为余甘子的亲缘关系鉴定、遗传育种和创新利用提供理论依据。【方法】以6份表型差异较大的余甘子叶片为材料,通过高通量测序技术获得余甘子叶非参转录组数据,分析其转录组和SSR位点分布特征,设计SSR引物并进行有效性和多态性筛选,最终开发余甘子SSR分子标记技术。【结果】余甘子叶转录组测序共获得65074条基因,平均长度为1064 bp,71.77%的基因成功获得功能注释;所有基因中共获得18245个SSR位点,发生频率为21.68%,含有192种重复基元,其中A/T重复基元数目最多;多态性SSR位点共2714个,占比为14.88%,表明SSR位点可用于遗传多样性分析的潜力较大。对18245个含有SSR位点的基因进行SSR引物设计,共设计出12488对SSR引物,成功率为73.88%,其中7602对引物的重复基元为单核苷酸,占比为60.87%。随机挑选154对引物进行SSR位点有效性和多态性分析,筛选出10对扩增条带清晰且多态性较好的SSR引物,这10对SSR引物重复基元分别为二核苷酸7个,三核苷酸1个和五核苷酸2个,扩增产物大小为127~270 bp,平均为220.5 bp。【结论】多态性SSR位点用于余甘子遗传多样性分析的潜力较大,筛选出10对扩增条带清晰且多态性较好的SSR引物。 展开更多
关键词 余甘子 转录组 ssr 引物筛选 分子标记
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花生野生种Arachis duranensis特异SSR标记开发与种间杂交外源染色体系鉴定
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作者 杜培 李晨玉 +6 位作者 王思雨 付留洋 韩锁义 苗利娟 刘华 董文召 张新友 《中国油料作物学报》 北大核心 2026年第1期133-142,共10页
A.duranensis是花生栽培种的祖先野生种之一,具有栽培种不具备的很多优良基因。然而,由于其与栽培种很近的亲缘关系,缺乏有效的染色体鉴定手段,导致对导入的野生种外源染色体信息获取困难。为了解决A.duranensis外源染色体系的创制和鉴... A.duranensis是花生栽培种的祖先野生种之一,具有栽培种不具备的很多优良基因。然而,由于其与栽培种很近的亲缘关系,缺乏有效的染色体鉴定手段,导致对导入的野生种外源染色体信息获取困难。为了解决A.duranensis外源染色体系的创制和鉴定问题,本研究首先利用栽培种Tifrunner和二倍体野生种A.duranensis参考基因组序列,通过生物信息学分析从A.duranensis和Tifrunner基因组中分别鉴定出135529和512900个SSR位点。基于SSR侧翼序列,设计出37027对A.duranensis的SSR引物。利用电子PCR对SSR引物在Tifrunner和A.duranensis基因组上进行扩增分析,获得了3815个在A.duranensis基因组上产生特异扩增位点的标记。然后从A01、A02、A03、A05、A07和A08号染色体上分别挑选出120个特异性SSR标记,对六倍体花生Am1210及其亲本四粒红和A.duranensis基因组DNA进行引物扩增和电泳,筛选到29个A.duranensis特异性SSR标记。最后将这些标记应用于四粒红和A.duranensis的BC_(2)F_(4)后代外源染色体系鉴定,并利用顺序FISH/GISH验证鉴定材料的准确性,最终筛选到了两个5A^(du)和7A^(du)的单染色体附加系,显示了新开发的SSR标记在栽培种与A.duranensis外源染色体材料鉴定中的应用潜力。 展开更多
关键词 花生 Arachis duranensis ssr标记 种间杂交 外源染色体系
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云南边境地区稻种资源的SSR标记遗传多样性及其主要农艺性状关联性分析
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作者 汤翠凤 阿新祥 +5 位作者 董超 张斐斐 杨雅云 杨红梅 戴陆园 苏振喜 《作物杂志》 北大核心 2026年第1期33-46,I0004-I0007,共18页
为分析我国云南边境地区稻种资源的遗传多样性,并发掘与主要农艺性状密切相关的SSR标记,以新收集自我国云南及毗邻的缅甸、老挝的376份稻种资源为材料,分为3个分析单元,观测11个表型性状,采用27对SSR标记进行遗传多样性及与表型性状的... 为分析我国云南边境地区稻种资源的遗传多样性,并发掘与主要农艺性状密切相关的SSR标记,以新收集自我国云南及毗邻的缅甸、老挝的376份稻种资源为材料,分为3个分析单元,观测11个表型性状,采用27对SSR标记进行遗传多样性及与表型性状的关联性分析。结果显示,共检测到142个等位变异位点,其中100个为稀有等位变异位点,9个为特有等位变异位点;基于6个遗传多样性参数的综合评估,3个分析单元稻种资源的得分排序为中国云南分析单元>缅甸分析单元>老挝分析单元;在27对SSR标记中,RM214、RM1086、RM5481、RM6089、RM1509和RM7479与表型性状的关联性较密切,可解释穗长、穗抽出度、穗实粒数、穗秕粒数、穗粒数和千粒重等性状10.0%以上的变化。表型性状的主成分分析提取出4个主成分,累计贡献率为77.218%;筛选出综合得分>1.000的优异资源36份,其中得分>2.000的为花壳、纳列5和毫糯浪,分别具有作为多穗大穗型、大穗型和糯性亲本的潜力。 展开更多
关键词 云南边境地区 稻种资源 遗传多样性 ssr标记 关联性分析
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基于SSR标记的4种榧树属植物遗传多样性及遗传结构研究
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作者 马长乐 张金丽 +3 位作者 杨建欣 李靖 岳亮亮 周炳江 《山东农业科学》 北大核心 2026年第1期36-46,共11页
为揭示榧树属植物的遗传多样性水平和遗传结构状况,为种质资源评价、保护和利用提供理论依据,本试验以4个榧树属物种累计295个样本为研究对象,用筛选出的15对引物对所有样本进行SSR-PCR扩增,并将扩增产物进行毛细管电泳检测,探究其遗传... 为揭示榧树属植物的遗传多样性水平和遗传结构状况,为种质资源评价、保护和利用提供理论依据,本试验以4个榧树属物种累计295个样本为研究对象,用筛选出的15对引物对所有样本进行SSR-PCR扩增,并将扩增产物进行毛细管电泳检测,探究其遗传多样性和遗传结构并进行聚类分析。结果表明:(1)以有效等位基因为标准,遗传多样性从高到低依次为巴山榧(多态位点百分率P=87.50%,期望杂合度H_(e)=0.396,Shannon’s信息指数I=0.740)、佛罗里达榧(P=86.67%,H_(e)=0.342,I=0.596)、四川榧(P=73.33%,H_(e)=0.285,I=0.480)、云南榧(P=57.57%,H_(e)=0.194,I=0.332)。(2)榧树属21个居群的居群内近交系数(F_(is))平均值为0.174,居群间遗传系数(F_(st))平均值为0.490,居群间基因流(Nm)为0.260,说明基因交流不频繁。榧树居群的居群总近交系数(F_(it))值均大于F_(is)值,说明居群间的杂合水平要大于居群内。(3)分子方差分析结果表明,榧属植物的遗传变异主要来源于居群间,变异系数为58%。21个居群间的Nei’s标准遗传距离在0.018~2.453之间,平均值为0.609。总体而言遗传距离与地理距离呈正相关关系(r=0.759,P<0.05),而云南榧和巴山榧的遗传距离与地理距离之间没有显著的相关性。(4)21个居群的遗传相似系数在0.403~0.983之间。当相似系数为0.12时,可将4种榧树属物种21个居群分为2个大类,佛罗里达榧的1个居群为一大类,其余3个物种的20个居群为另一大类;当相似系数为0.58时,可将其分为4个大类。 展开更多
关键词 榧树属 ssr标记 遗传多样性 遗传结构
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厚壳贻贝转录组SSR位点分析与开发应用
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作者 邵艳卿 方军 +2 位作者 刘一江 金涵誉 李腾腾 《浙江农业科学》 2026年第2期470-476,共7页
为进一步开发适合厚壳贻贝的EST-SSR分子标记,利用转录组序列信息获得了大量SSR位点,并分析了位点信息及群体遗传多样性。结果表明,转录组测序获得134331条UniGene序列,共检测出15988个SSR位点,出现频率为11.900%,平均每4.16 kb出现1个... 为进一步开发适合厚壳贻贝的EST-SSR分子标记,利用转录组序列信息获得了大量SSR位点,并分析了位点信息及群体遗传多样性。结果表明,转录组测序获得134331条UniGene序列,共检测出15988个SSR位点,出现频率为11.900%,平均每4.16 kb出现1个SSR位点。完整型SSR位点中共有172种重复基序,其中单核苷酸重复和二核苷酸重复为主要类型,分别占总SSR位点的83.00%和11.22%,以A/T基序(80.91%)和AT/AT基序(7.70%)为主。共设计出31125对SSR引物,在随机选取的60对引物中有11对表现出多态性,占比18.33%。利用多态性引物分析了厚壳贻贝群体遗传多样性,共检测到39个等位基因,各位点的等位基因数(Na)为3~5个,平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.33、0.56和0.48,其中有8个位点极显著(p<0.01)偏离了哈代-温伯格平衡。这些EST-SSR分子标记的开发可为厚壳贻贝的种群遗传研究、亲缘关系、基因连锁、遗传多样性评价等提供有效支撑。 展开更多
关键词 厚壳贻贝 简单序列重复 转录组
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应用SSR分子标记技术对山茶属杂交品种F_(1)代的初步鉴定
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作者 韦晓娟 杨德任 +2 位作者 张幸 刘凯 蓝金宣 《中国农学通报》 2026年第3期57-64,共8页
开展人工杂交授粉以培育高价值山茶新品种,为珍稀山茶在引种、园林景观及茶饮等方面的开发利用提供参考。以宛田红花油茶等6种山茶为亲本,设计8个杂交组合开展人工授粉,统计杂交结实及F_(1)代幼苗情况,对F_(1)代幼苗开展形态学鉴定,并结... 开展人工杂交授粉以培育高价值山茶新品种,为珍稀山茶在引种、园林景观及茶饮等方面的开发利用提供参考。以宛田红花油茶等6种山茶为亲本,设计8个杂交组合开展人工授粉,统计杂交结实及F_(1)代幼苗情况,对F_(1)代幼苗开展形态学鉴定,并结合SSR技术进行分子鉴定。结果显示,(1)8个杂交组合均获杂交苗,其中“宛田红花油茶♀×广宁红花油茶♂”出苗数最多(41株);(2)F_(1)代幼苗叶形、叶脉、锯齿等特征与母本更接近,叶型及大小、锯齿、叶片光泽等呈中性,叶片整体形态则更趋向父本;(3)SSR分子鉴定显示,14株F_(1)代幼苗则鉴定为真实杂交种,2株幼苗(2-3、14-1)为自交种,5株(1-1、1-2、1-4、1-5、9-4)出现杂新带,鉴定为外来血缘。杂交授粉的山茶F_(1)代幼苗形态特征与父本更接近,SSR技术鉴定出14株F_(1)代幼苗为真实杂交种。未来可扩大引物数量与杂交组合范围,持续跟踪真实杂交种的优良性状遗传稳定性,为山茶定向育种提供更全面支撑。 展开更多
关键词 山茶属 杂交授粉 杂交苗培育 形态学鉴定 ssr分子标记 杂交F_(1)代鉴定
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适用于大豆品种及F_(1)真实性快速鉴定的SSR标记
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作者 关荣霞 张家铭 +2 位作者 洪慧龙 常汝镇 邱丽娟 《中国种业》 2026年第3期80-86,共7页
大豆品种鉴别及杂交F_(1)真杂种快速鉴定技术,是保障品种权保护、规范种业市场及提升杂交育种效率的关键支撑。本研究基于大豆真实性鉴定标准推荐的38个SSR标记,对40个不同生态区来源的大豆审定品种进行遗传多样性分析,筛选获得了10个... 大豆品种鉴别及杂交F_(1)真杂种快速鉴定技术,是保障品种权保护、规范种业市场及提升杂交育种效率的关键支撑。本研究基于大豆真实性鉴定标准推荐的38个SSR标记,对40个不同生态区来源的大豆审定品种进行遗传多样性分析,筛选获得了10个多态性高的标记。以现行国家大豆品种审定标准中“成对品种差异位点≥4个”为鉴别指标,该标记组合可实现40个供试大豆品种的两两精准区分。利用这10个标记检测2个小粒大豆株系与7个审定品种的遗传差异,发现小粒株系与品种间的多态性标记有7~10个;进一步对二者正反交构建的137个F_(1)单株进行真实性鉴定,共检测到128株真杂种。研究表明,筛选获得的10个SSR标记组合兼具品种鉴别与杂交种真实性鉴定的双重功能,结合荧光毛细管电泳技术可显著提升检测效率、降低检测成本,为大豆品种管理及杂交育种实践提供了高效、规范的技术支撑。 展开更多
关键词 大豆 品种检测 ssr标记 遗传多样性 真实性鉴定
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基于SSR分子标记分析葡萄‘M10’分子遗传特性及QR码构建
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作者 高雯雯 钟海霞 +7 位作者 纪佳慧 伍新宇 张付春 周晓明 王建成 潘明启 曾斌 师玮 《分子植物育种》 北大核心 2026年第1期95-101,共7页
为了研究新疆乡土葡萄白木纳格、莫莉莎无核及其杂交种‘M10’的遗传关系,为新疆本土种质资源的收集、保护和创新利用提供参考依据。本研究采用SSR分子标记技术,对3个品种的葡萄进行遗传多样性分析,通过GenAlex软件计算各个遗传多样性参... 为了研究新疆乡土葡萄白木纳格、莫莉莎无核及其杂交种‘M10’的遗传关系,为新疆本土种质资源的收集、保护和创新利用提供参考依据。本研究采用SSR分子标记技术,对3个品种的葡萄进行遗传多样性分析,通过GenAlex软件计算各个遗传多样性参数,并采用NTSYS pc-2.1软件进行种质间的遗传相似性系数分析,再将种质名称、种质信息以及引物信息汇总构建种质信息二维码。结果表明,利用40对引物共扩增出120个条带,平均每个引物扩增出3个位点,遗传多样性系数在0.429~0.933之间,平均为0.641。每对引物对3个品种扩增的等位位点数量范围在1~5之间,表明有较高多态性。此外,3个品种间的遗传相似性系数在0.6757~0.8125之间,‘M10’与莫莉莎无核之间的遗传相似性系数为0.8125,与白木纳格的遗传相似性系数为0.7143,说明‘M10’与莫莉莎无核较白木纳格葡萄的亲缘关系较近。以SSR标记为基础设计3个品种的分子身份证,并给出包含种质名称、种质信息以及引物信息的二维码。本研究采用SSR标记技术对‘M10’及其亲本进行种质资源鉴定及分析,为新种质的保护、利用和推广提供遗传基础。 展开更多
关键词 M10 ssr分子标记 种质资源鉴定 亲缘关系
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基于荧光SSR的甘蔗创新种质遗传多样性分析及育种潜力评估
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作者 田春艳 陆鑫 +4 位作者 吴才文 徐超华 刘家勇 边芯 桃联安 《作物学报》 北大核心 2026年第4期1057-1072,共16页
为明确云瑞甘蔗创新种质与目前常用亲本资源间的遗传差异并筛选优异新种质提供育种利用。本研究以61份由国内外品种(系)组成的甘蔗常用亲本和54份云瑞创新种质2种类型的资源为材料,利用荧光SSR标记进行遗传多样性、亲缘关系和群体结构分... 为明确云瑞甘蔗创新种质与目前常用亲本资源间的遗传差异并筛选优异新种质提供育种利用。本研究以61份由国内外品种(系)组成的甘蔗常用亲本和54份云瑞创新种质2种类型的资源为材料,利用荧光SSR标记进行遗传多样性、亲缘关系和群体结构分析,同时对云瑞创新种质进行新植和宿根农艺性状调查,并利用DTOPSIS法进行综合评价。结果表明, 66对SSR标记在甘蔗常用亲本资源和云瑞创新种质中分别检测到368个和355个位点,基因多样性指数分别为0.6746和0.6773,多态性信息含量(PIC)均值分别为0.6179和0.6201,表明甘蔗常用亲本和云瑞创新种质均具有丰富的遗传多样性。基于UPGMA聚类的亲缘关系分析将115份参试材料划分为5个类群,其中,云瑞创新种质与常用亲本资源被划分在不同类群,与群体结构和主坐标分析结果基本一致,表明云瑞创新种质与目前常用亲本资源在遗传组成上具有异质性。DTOPSIS分析鉴定出23份综合性状优良的云瑞创新种质,其在产量和糖分相关性状上表现良好,可作为高产、高糖亲本利用。本研究利用SSR标记揭示了云瑞创新种质与目前常用亲本资源的遗传差异,同时用DTOPSIS法评估了其育种利用潜力和价值,为甘蔗育种提供了新亲本,丰富了甘蔗遗传基础。 展开更多
关键词 甘蔗 荧光ssr 遗传多样性 亲缘关系 DTOPSIS法 育种潜力
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青藏高原地区老芒麦种质SSR标记
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作者 刘敏洁 杨伟 +4 位作者 刘文辉 周青平 李军乔 刘凯强 魏小星 《分子植物育种》 北大核心 2026年第6期1867-1878,共12页
青藏高原地区野生老芒麦种质自然分布广泛、资源丰富。为了探究不同老芒麦种质资源遗传多样性及群体的亲缘关系,本研究以采自青藏高原不同海拔的53份老芒麦种质资源为材料,采用SSR分子标记结合毛细管电泳检测技术,通过优选的7对引物对... 青藏高原地区野生老芒麦种质自然分布广泛、资源丰富。为了探究不同老芒麦种质资源遗传多样性及群体的亲缘关系,本研究以采自青藏高原不同海拔的53份老芒麦种质资源为材料,采用SSR分子标记结合毛细管电泳检测技术,通过优选的7对引物对供试老芒麦进行基因组水平上的多态性检测。结果表明53份老芒麦种质资源遗传多样性较丰富,7对引物共检测到等位基因数(N_(a))68个,有效等位基因数(N_(e))变化范围为1.059~7.849个,平均3.441个,多态性信息含量(PIC)变异范围为0.055~0.862,平均值为0.566;Shannon's信息指数(I)平均为1.348,观测杂合度变异(H_(o))范围为0.019~0.956,期望杂合度(H_(e))介于0.055~0.873之间;群体遗传距离介于0.029~0.479之间,Nei's遗传一致性介于0.796~0.972之间。群体固定系数(Fst)平均值为0.288,平均基因流(Nm)为1.085。群体间和群体内变异占比分别为1.575%和98.425%。海拔梯度不同的53份老芒麦变异主要发生在群体内,其中海拔介于2400~2800 m和2800~3150 m的2个群体亲缘关系相对更近。研究结果可为青藏高原老芒麦优异种质开发挖掘和品种选育提供理论参考。 展开更多
关键词 老芒麦 ssr标记 遗传变异 聚类分析
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基于SSR标记的‘天山菜茶’遗传多样性和亲缘关系分析
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作者 赵翊暄 俞滢 +5 位作者 梁子钧 陈强 陈言概 雷荣杰 张磊 杨如兴 《热带亚热带植物学报》 北大核心 2026年第1期53-62,共10页
为探究茶树‘天山菜茶’(Camellia sinensis‘Tianshancaicha’)种质资源的遗传多样性,以宁德市其他产区的地方茶树种质资源为参照,采用SSR分子标记技术对143份种质资源进行分子标记,分析‘天山菜茶’种质资源的遗传背景及其与参照茶树... 为探究茶树‘天山菜茶’(Camellia sinensis‘Tianshancaicha’)种质资源的遗传多样性,以宁德市其他产区的地方茶树种质资源为参照,采用SSR分子标记技术对143份种质资源进行分子标记,分析‘天山菜茶’种质资源的遗传背景及其与参照茶树种质资源的亲缘关系。结果表明,6对引物共扩增出55个等位基因,平均9.166个;观测杂合度平均值为0.649;期望杂合度平均值为0.779;Shannon指数平均值为1.870;PIC平均值为0.742;遗传聚类分析将不同产区的143份种质资源分为5个类群,其中112份‘天山菜茶’种质资源(含蕉城野生苦茶树)分散在各个类群中,说明其可能同属‘闽东菜茶’的遗传背景;不同产区间基因流为2.225,表明‘闽东菜茶’之间的基因交流性较强。‘天山菜茶’种质资源间存在交叉遗传现象,遗传差异较大,遗传多样性较丰富,可辅助核心和优异资源筛选。 展开更多
关键词 茶树 ssr分子标记 遗传多样性 天山菜茶 聚类分析
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青花菜线粒体基因组SSR标记开发及应用
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作者 昂海燕 裴徐梨 +6 位作者 倪敏杰 莫丽玲 唐征 荆赞革 康家香 赵玉霞 陆明钒 《中国蔬菜》 北大核心 2026年第2期83-88,共6页
为探究青花菜的遗传多样性和亲缘关系,利用线粒体SSR分子标记对24份青花菜高代自交系进行亲缘相似度和遗传多样性分析。结果表明,20对引物共扩增出66条条带,其中多态性条带39条。遗传相似系数在0.6212~0.9848之间,平均值为0.8430,其中Q... 为探究青花菜的遗传多样性和亲缘关系,利用线粒体SSR分子标记对24份青花菜高代自交系进行亲缘相似度和遗传多样性分析。结果表明,20对引物共扩增出66条条带,其中多态性条带39条。遗传相似系数在0.6212~0.9848之间,平均值为0.8430,其中QD06和QD05、QD18和QD16、QD22和QD21的亲缘关系最近,遗传相似系数均为0.9848;QD01和QD23的亲缘关系最远,遗传相似系数为0.6212。聚类分析亦表明,QD05和QD06、QD16和QD18、QD21和QD22的亲缘关系最近;而QD14、QD23均单独聚为一类,与其他材料亲缘关系较远。研究结果可为后续青花菜杂交亲本选配提供参考。 展开更多
关键词 青花菜 线粒体基因组 ssr标记 遗传多样性
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基于SSR标记的刺葡萄遗传多样性及果皮颜色单倍型分析
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作者 朱恒亮 李志祺 +5 位作者 张颖 魏灵珠 郑婷 白描 杨国顺 罗飞雄 《湖南农业科学》 2026年第2期92-96,共5页
为评估刺葡萄遗传多样性并解析其果皮颜色的遗传机制,以64份刺葡萄种质为材料,利用9个SSR标记进行遗传多样性分析,并基于3个浆果颜色位点相关的SSR标记进行单倍型分析。结果表明:9个SSR标记共检测到105个等位基因,平均等位基因数为11.6... 为评估刺葡萄遗传多样性并解析其果皮颜色的遗传机制,以64份刺葡萄种质为材料,利用9个SSR标记进行遗传多样性分析,并基于3个浆果颜色位点相关的SSR标记进行单倍型分析。结果表明:9个SSR标记共检测到105个等位基因,平均等位基因数为11.667,平均有效等位基因数为3.447,平均香农指数为1.592,平均观测杂合度为0.613,平均多态信息含量为0.664,9个标记均具有较高多态性(PIC>0.5),且组合匹配概率为5.9×10^(-9),表明刺葡萄种质具有丰富的遗传多样性,且该标记组具有极强的个体鉴别能力。UPGMA聚类分析将刺葡萄聚为5个类群,其遗传聚类关系与地理来源呈现一定相关性。在浆果颜色位点上共鉴定出27种单倍型,并组合成了26种基因型,其中HapA、HapB、HapE和HapH为主要单倍型。 展开更多
关键词 刺葡萄 ssr标记 遗传多样性 单倍型
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18种石竹属材料叶绿体DNA和线粒体DNA的SSR分析及其与花表型的关联性初探
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作者 姜慧慧 王艺涵 贺学勤 《内蒙古农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第2期8-15,共8页
植物叶绿体基因组和线粒体基因组均具备母系遗传的特点,可用于明确植物遗传多样性及亲缘关系。中国石竹(Dianthus chinesis)栽培种花瓣花色丰富,本研究采用前期试验中挑选出的100对SSR引物对12种中国石竹栽培种和6种石竹属其他花卉材料... 植物叶绿体基因组和线粒体基因组均具备母系遗传的特点,可用于明确植物遗传多样性及亲缘关系。中国石竹(Dianthus chinesis)栽培种花瓣花色丰富,本研究采用前期试验中挑选出的100对SSR引物对12种中国石竹栽培种和6种石竹属其他花卉材料的叶绿体DNA和线粒体DNA进行分析。在叶绿体DNA分析中,有30对SSR引物可扩增出多态性条带,在遗传相似系数为0.50时可聚为2个大群:第Ⅰ大群包括DCPS的1~3、Dca、Dsu、Dba-Sooty、Dba-Red和Dkn,花瓣中均不含有白色部分;第Ⅱ大群包括SCBS的1~3、Dch-UW、Dch和BCBS的1~5,除Dch外,花瓣均含有白色部分。在线粒体DNA分析中,有28对SSR分析可扩增出多态性条带,在遗传相似系数为0.50时可聚为2个大群:第Ⅰ大群包括DCPS的1~3、Dca、Dsu、Dch、BCBS的1~5、SCBS的1~3和Dch-UW,均属于大花类;第Ⅱ大群中Dkn、Dba-Sooty和Dba-Red均为小花类。基于叶绿体DNA和线粒体DNA的SSR分析,中国石竹栽培种间及其与石竹属其他花卉的遗传相似系数分别在0.46~0.73和0.45~0.68。 展开更多
关键词 石竹属 叶绿体 线粒体 ssr 聚类分析
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甘肃鲜食新品种‘开口酥’枣亲缘关系的SSR分析
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作者 胡秉芬 李广宇 +3 位作者 孟亚雄 刘荟 张正振 马玮 《分子植物育种》 北大核心 2026年第3期887-901,共15页
为探究甘肃鲜食新品种‘开口酥’枣的遗传背景,利用26对SSR引物分析了‘开口酥’枣等80份枣材料的亲缘关系,利用94对SSR引物分析了‘开口酥’枣及其疑似亲本、‘小口枣’古树及其后代树、‘赞皇大枣’和2份野酸枣的亲缘关系。结果表明,... 为探究甘肃鲜食新品种‘开口酥’枣的遗传背景,利用26对SSR引物分析了‘开口酥’枣等80份枣材料的亲缘关系,利用94对SSR引物分析了‘开口酥’枣及其疑似亲本、‘小口枣’古树及其后代树、‘赞皇大枣’和2份野酸枣的亲缘关系。结果表明,每对SSR引物在‘开口酥’枣、靖远‘小口枣’等44份枣试材中,只检测到一个等位位点,遗传相似系数均为1.00,说明它们来源相同,均属‘小口枣’,‘开口酥’枣与其疑似亲本、‘小口枣’古树及其后代树的亲缘关系近。26对SSR引物在‘开口酥’枣与其余36份试材中检测到159个等位位点,它们的遗传距离(GS)在0.0073~0.8370之间;94对SSR引物在‘开口酥’枣与‘赞皇大枣’、2份野酸枣中检测到293个等位位点,它们的遗传距离(GS)在0.7400~0.9000之间,说明‘开口酥’枣与这些试材的亲缘关系较远。研究表明,‘开口酥’枣来源于‘小口枣’,‘小口枣’几百年以来遗传性状保持相对稳定与其繁殖方式直接相关。本研究将为该新品种的鉴定、推广利用及深入研究提供理论依据。 展开更多
关键词 开口酥 ssr 亲缘关系
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山桐子转录组SSR特征分析及其分子标记开发与应用
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作者 顾云映 刘星 +1 位作者 邱祥婷 刘杰 《南方农业学报》 北大核心 2026年第1期256-266,共11页
【目的】基于转录组测序数据从山桐子叶片中挖掘SSR位点并进行分析,评估SSR标记的可用性和多态性,为山桐子种质资源收集与保存及分子标记开发提供理论参考。【方法】以山桐子叶片为材料,利用MISA对转录组测序数据进行SSR位点检索并分析... 【目的】基于转录组测序数据从山桐子叶片中挖掘SSR位点并进行分析,评估SSR标记的可用性和多态性,为山桐子种质资源收集与保存及分子标记开发提供理论参考。【方法】以山桐子叶片为材料,利用MISA对转录组测序数据进行SSR位点检索并分析其特征,使用Primer 5.0设计SSR引物,通过SSR-PCR验证开发其多态性引物。【结果】利用MISA筛选获得的18300条Unigenes共有8182条含SSR位点,占序列总数的44.71%;共有11767个SSR位点,平均分布距离为1.74 kb。完全型SSR位点数量为10721个,占总SSR位点的91.11%。SSR重复类型中以单核苷酸重复数量最多,共6384个,占总SSR位点的54.25%;二核苷酸次之,共2223个,占总SSR位点的18.89%;五核苷酸重复数量最少,仅36个,占总SSR位点的0.31%。共发现257种重复基元,在单核苷酸重复基元中,A/T数量最多,共6222个,占总SSR位点的52.88%;二核苷酸重复基元中,CT/AG数量最多,共701个,占总SSR位点的5.96%,其次为TC/GA,共664个,占总SSR位点的5.64%。在基元重复次数中,重复次数为10的SSR位点数量最多,共2434个,占总SSR位点的20.68%,且以单核苷酸重复数量最多,为2263个,占比为92.97%。10721个SSR位点长度为10~84 bp,平均长度为14.99 bp,位点长度主要集中在10~42 bp,该区间内共有10697个SSR位点,占总SSR位点的90.91%;具有高多态性(SSR长度≥20 bp)的SSR位点共1941个,占总SSR位点的16.50%。基于16份山桐子种质资源对随机选取的70对SSR引物进行验证,共有65对引物可扩增出目标条带,有效扩增率为92.86%,其中16对引物可扩增出多态性条带。利用6对多态性引物对16份山桐子样品进行聚类分析,在遗传相似系数0.78处,16份样品可分为2类。【结论】山桐子叶片转录组中SSR位点类型丰富,共获得16对多态性引物,具有开发出高多态性SSR分子标记的潜力,可用于山桐子遗传多样性分析、分子标记育种和资源保护。 展开更多
关键词 山桐子 转录组 ssr特征分析 分子标记
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防城金花茶SSR遗传多样性分析
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作者 李双双 高慧 +6 位作者 苏梦雪 陈锦媚 谢蕾卉 黄永光 林兴 邓家刚 谢阳姣 《湖北农业科学》 2026年第1期97-104,143,共9页
为探究防城金花茶(Camellia nitidissima var.phaeopubisperma)种质资源的遗传多样性,以同一产地但具有表型性状差异的111份防城金花茶为材料,采用SSR分子标记技术开展研究。结果表明,32对引物在111个样本中共检测到224个等位基因(Na),... 为探究防城金花茶(Camellia nitidissima var.phaeopubisperma)种质资源的遗传多样性,以同一产地但具有表型性状差异的111份防城金花茶为材料,采用SSR分子标记技术开展研究。结果表明,32对引物在111个样本中共检测到224个等位基因(Na),平均每个位点等位基因数目约为7。有效等位基因(Ne)总数为95.22,平均有效等位基因数为2.976,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农指数(I)的平均值分别为0.475、0.562、1.194,多态性信息含量(PIC)平均值为0.528。分子方差分析(AMOVA)结果表明,总遗传变异中9%来源于群体间,91%来源于群体内(其中个体间占20%,个体内占71%)。基于非加权组平均法(UPGMA)、主坐标分析(PCoA)及STRUCTURE的聚类结果基本一致,均将111份样本划分为2个遗传类群,其表型特征与前期研究相符,进一步说明防城金花茶叶片表型性状的多样性与遗传背景密切相关。 展开更多
关键词 防城金花茶(Camellia nitidissima var.phaeopubisperma) 遗传多样性 ssr 遗传结构
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菘蓝基因组SSR位点分析及分子标记开发
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作者 孙天琦 周蕾 +3 位作者 徐林贵 孙晓波 陈勇 隋春 《中国农学通报》 2026年第2期50-56,共7页
针对菘蓝种质鉴别缺乏有效分子标记,现有方法难以区分种内栽培类型的问题,为开发适用于菘蓝种质鉴别及遗传多样性分析的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记。基于菘蓝全基因组数据,利用MISA软件筛选SSR位点,通过Primer3.... 针对菘蓝种质鉴别缺乏有效分子标记,现有方法难以区分种内栽培类型的问题,为开发适用于菘蓝种质鉴别及遗传多样性分析的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记。基于菘蓝全基因组数据,利用MISA软件筛选SSR位点,通过Primer3.0设计引物,以3份栽培类型菘蓝(18个单株)为材料,验证引物的扩增稳定性、多态性、有效性及品种鉴别能力,计算遗传多样性参数。结果显示:(1)菘蓝基因组共检测到139,852个SSR位点,数目最多的单核苷酸SSR位点约占总数的72.51%,最多的SSR基序A/T,也是总核苷酸SSR基序总重复次数最高的序列,其数目为100,205次,占总重复基序的71.65%;(2)筛选出8对能够稳定扩增出基因且多态性丰富的引物,其中引物SSRSL02可用于本次供试菘蓝种质的鉴别;(3)8对引物的平均期望杂合度(He)为0.65,Shannon’s信息指数(I)为1.34,多态性信息含量(PIC)的平均值为0.614,表明菘蓝样本具有较高的遗传多样性。综上,本研究开发的8对SSR分子标记可用于菘蓝种质资源的鉴定、遗传多样性分析和品种选育,未来可扩大菘蓝种质样本量,结合表型与有效成分含量,构建指纹图谱,为菘蓝种质资源精准评价提供更全面的技术支撑。 展开更多
关键词 菘蓝 ssr 分子标记 多态性 遗传多样性 种质资源
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Genetic diversity and population genetic structure of Paeonia suffruticosa by chloroplast DNA simple sequence repeats(cpSSRs) 被引量:2
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作者 Qi Guo Xian Xue +5 位作者 Duoduo Wang Lixia Zhang Wei Liu Erqiang Wang Xiaoqiang Cui Xiaogai Hou 《Horticultural Plant Journal》 2025年第1期367-376,共10页
Paeonia suffruticosa Andr.is an endemic shrub flower in China with 2n=10.This study used 228 cultivars from four populations,i.e.,Jiangnan,Japan,Northwest,and Zhongyuan,as materials to explore the genetic diversity le... Paeonia suffruticosa Andr.is an endemic shrub flower in China with 2n=10.This study used 228 cultivars from four populations,i.e.,Jiangnan,Japan,Northwest,and Zhongyuan,as materials to explore the genetic diversity levels among different populations of tree peony varieties.The results showed that 34 bands were amplified using five pairs of cp SSR primers,with an average of 6.8 bands per primer pair.The average number of different alleles(N_(a)),effective alleles(N_(e)),Shannon's information index(I),diversity(H),and polymorphic information content(PIC)were 3.600,2.053,0.708,0.433,and 0.388,respectively.The PIC value was between 0.250 and 0.500,indicating a moderate level of polymorphism for the five cp SSR primer pairs.The genetic diversity levels of peony cultivars varied among different populations,with the Northwest population showing relatively lower levels(I=0.590,H=0.289,and PIC=0.263).A total of 52 haplotypes were identified in the four examined populations,and the number of haplotypes per population ranged from 11 to 22.Forty-four private haplotypes were detected across populations,and the Northwest population exhibiting the highest count of private haplotypes with 17.The mean number of effective number of haplotypes(N_(eh)),haplotypic richness(R_(h)),and diversity(H)were 8.351,6.824,and 0.893,respectively.Analysis of molecular variance indicated that genetic variation within tree peony germplasm was greater than that between germplasm resources,and the main variation was found within individuals of peony germplasm.Cluster analysis,principal coordinate analysis,and genetic structure analysis classified tree peonies from different origins into two groups,indicating a certain degree of genetic differentiation among these four tree peony cultivation groups.This study provides a theoretical basis for the exploration,utilization,and conservation of peony germplasm resources,as well as for research on the breeding of excellent varieties. 展开更多
关键词 Paeonia suffruticosa Chloroplast microsatellites(cp ssr) Genetic diversity Haplotypes Germplasm resources
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