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基于16S rRNA测序的上海市某三甲医院集中空调通风系统细菌群落的分布特征
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作者 倪骏 张海云 +5 位作者 陈健 张莉君 刘永萍 李晓静 郑毅鸣 张莉萍 《环境与职业医学》 北大核心 2025年第6期732-739,共8页
[背景]医院是各类患者与易感人群聚集的场所,呼吸道传染病的病原微生物是造成医疗机构呼吸道传染病交叉感染的重要原因。集中空调通风系统在改善室内环境的同时,更加剧了呼吸道传染病的传播风险。[目的]了解医院集中空调通风系统(后称... [背景]医院是各类患者与易感人群聚集的场所,呼吸道传染病的病原微生物是造成医疗机构呼吸道传染病交叉感染的重要原因。集中空调通风系统在改善室内环境的同时,更加剧了呼吸道传染病的传播风险。[目的]了解医院集中空调通风系统(后称“集中空调”)微生物分布特征,为医院集中空调卫生标准中微生物指标的选择和医院的风险预警提供科学依据。[方法]2023年10月,选取上海市某三甲医院2套集中空调通风系统,其中一套集中空调为全空气空调系统,服务于一层候诊区,另一套集中空调为风机盘管加新风系统,服务于三层门诊区。对通风系统中风口、过滤网、表冷器和冷凝水盘4个不同部位的样本进行细菌群落的16S rRNA测序,采用α多样性分析和β多样性分析,了解医院集中空调通风系统微生物群落组成及多样性特征。通过功能分析,了解集中空调通风系统细菌功能相对丰度。[结果]共检测到操作分类单元(OTUs)528个,涵盖了20个细菌门、37个纲、79个目、123个科和240个属。分析结果显示,细菌群落的组成以变形菌门、芽单胞菌门、拟杆菌门和放线菌门为主要优势门。多样性分析结果显示,冷凝水盘中的细菌群落丰富度和多样性最高,而风口、过滤网和表冷器3组样本之间的细菌群落组成差异无统计学意义(P>0.05)。功能分析结果显示,空调通风系统中的细菌群落主要表现出化能异养型、需氧化能异养型和尿解型等功能特征。[结论]变形菌门的优势地位表明该门类细菌在空调系统中的适应性较强,可能与其能够在不同环境条件下存活和繁殖有关。多样性分析结果表明冷凝水盘是空调系统中细菌繁殖的一个关键区域。风口、过滤网、表冷器这些部位的环境条件相似,导致细菌群落结构的相似性。功能分析结果表明细菌群落具有较强的能量转化和物质代谢能力,可能在空调系统中参与有机物的分解及氮循环等过程。 展开更多
关键词 16S rrna测序 医院 集中空调 微生物分布 风险预警
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基于16S rRNA测序和粪菌移植法探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响 被引量:3
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作者 高澳 王晓菲 +5 位作者 卢意 卢柠霞 王天雨 卢芳 于栋华 刘树民 《中成药》 北大核心 2025年第2期634-641,共8页
目的基于16S rRNA测序和粪菌移植法(FMT)探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响。方法大鼠随机分为空白组、模型组、穿山龙总皂苷组及别嘌醇组,除空白组外,其他3组灌胃给予5%氧嗪酸钾混悬液,连续5周,并给予10%酵母饲料;第3周... 目的基于16S rRNA测序和粪菌移植法(FMT)探讨穿山龙总皂苷对高尿酸血症小鼠肠道菌群的影响。方法大鼠随机分为空白组、模型组、穿山龙总皂苷组及别嘌醇组,除空白组外,其他3组灌胃给予5%氧嗪酸钾混悬液,连续5周,并给予10%酵母饲料;第3周,穿山龙总皂苷组及别嘌醇组分别灌胃给予480 mg/kg穿山龙总皂苷及25 mg/kg别嘌醇,第5周采用全自动生化分析仪检测血清尿酸、尿素氮水平。建立伪无菌小鼠模型,分为空白对照组、正常粪便移植组、模型粪便移植组、穿山龙总皂苷粪便移植组,后三者分别灌胃给予空白组、模型组、穿山龙总皂苷组大鼠粪菌悬液,连续5周,对新鲜粪便进行16S rRNA测序,全自动生化分析仪检测血清尿酸、尿素氮水平。结果经过粪菌移植给药穿山龙总皂苷后,与模型粪便移植组比较,穿山龙总皂苷粪便移植组尿酸水平及拟杆菌属、毛螺菌属丰度降低(P<0.05),弯曲菌门、螺杆菌属、梭菌属丰度升高(P<0.05)。结论穿山龙总皂苷可通过调控高尿酸血症小鼠的肠道菌群动态平衡,影响其组成与功能,从而降低血尿酸。 展开更多
关键词 穿山龙总皂苷 高尿酸血症 粪菌移植 16S rrna测序 肠道菌群
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16s rRNA测序技术检测复方地黄颗粒作用下肺炎链球菌诱导肺炎模型大鼠肠道菌群的变化及其意义
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作者 张雨涵 孔令娟 +1 位作者 柳金英 郭建恩 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第6期1551-1560,共10页
目的:通过16s rRNA测序技术探讨复方地黄颗粒对肺炎链球菌(Spn)诱导肺炎模型大鼠肠道菌群的影响,并阐明其潜在机制。方法:将30只大鼠随机分为对照组(正常大鼠)、模型组(Spn诱导肺炎大鼠模型)、低剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃1.7... 目的:通过16s rRNA测序技术探讨复方地黄颗粒对肺炎链球菌(Spn)诱导肺炎模型大鼠肠道菌群的影响,并阐明其潜在机制。方法:将30只大鼠随机分为对照组(正常大鼠)、模型组(Spn诱导肺炎大鼠模型)、低剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃1.75 g·kg^(-1)复方地黄颗粒)、中剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃3.50 g·kg^(-1)复方地黄颗粒)和高剂量复方地黄颗粒组(肺炎大鼠模型灌胃7.00 g·kg^(-1)复方地黄颗粒),每组6只。测定大鼠肺组织湿/干重(W/D)比值并分析血气指标,HE染色观察各组大鼠肺组织病理形态表现并评估肺组织损伤程度,试剂盒检测各组大鼠肺泡灌洗液(BALF)中细菌负荷水平和白细胞介素(IL)-6、IL-8及IL-10水平,进行16s rRNA肠道菌群测序分析。结果:与对照组比较,模型组大鼠动脉血二氧化碳分压(PaCO_(2))明显升高(P<0.05),动脉血氧分压(PaO_(2))和血氧饱和度(SaO_(2))明显降低(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠PaCO_(2)明显降低(P<0.05),PaO_(2)和SaO_(2)明显升高(P<0.05),并呈剂量依赖性。HE染色,对照组大鼠肺组织未见明显损伤;模型组大鼠肺组织细胞排列紊乱,大量炎性细胞浸润,肺泡壁毛细血管明显扩张;与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠肺组织形态损伤均有所改善。与对照组比较,模型组大鼠肺组织W/D比值和病理评分明显升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠肺组织W/D比值和病理评分明显降低(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠BALF中细菌负荷水平明显升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠BALF中细菌负荷水平明显降低(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠BALF中IL-6和IL-8水平明显升高(P<0.05),IL-10水平明显降低(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠BALF中IL-6和IL-8水平明显降低(P<0.05),IL-10水平明显升高(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠菌群丰度指标(Chao1)、菌群多样性和均匀性指标(Shannon)、菌群优势度指标(Simpson)及实际检测物种数指标(Observed_species)均明显降低(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Chao1、Shannon、Simpson和Observed_species均明显升高(P<0.05),并呈剂量依赖性。与对照组比较,模型组大鼠拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度降低,厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度升高,Firmicutes/Bacteroidetes比值明显升高(P<0.05);与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Bacteroidetes相对丰度升高,Firmicutes相对丰度降低,Firmicutes/Bacteroidetes比值明显降低(P<0.05),并呈剂量依赖性。在科水平上,与对照组比较,模型组大鼠棒状杆菌科(Corynebacteriaceae)、葡萄球菌科(Staphylococcaceae)和莫拉氏菌科(Moraxellaceae)相对丰度明显升高,而乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)和嗜黏蛋白阿克曼菌科(Akkermansiaceae)相对丰度明显降低;与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Corynebacteriaceae、Staphylococcaceae和Moraxellaceae相对丰度明显降低,Lactobacillaceae、Lachnospiraceae和Akkermansiaceae相对丰度明显升高。在属水平上,与对照组比较,模型组大鼠脱硫弧菌属(Desulfovibrio)和费克蓝姆氏菌属(Facklamia)相对丰度明显升高,双歧杆菌(Bifidobacterium)和瘤胃球菌属(Ruminococcaceae)相对丰度明显降低;与模型组比较,低、中和高剂量复方地黄颗粒组大鼠Desulfovibrio和Facklamia相对丰度明显降低,Bifidobacterium和Ruminococcaceae相对丰度明显升高。结论:复方地黄颗粒可以改善Spn诱导的肺炎大鼠的炎症和肺损伤,这可能与肠道菌群丰度和多样性的增加有关。 展开更多
关键词 肺炎 16s rrna测序技术 复方地黄颗粒 肺炎链球菌 肠道菌群
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基于16S rRNA测序技术分析粪便微生物移植对三穗鸭回肠微生物组成的影响
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作者 岳雍 何志强 +3 位作者 祝永才 姚炳浓 廖富友 杨胜林 《中国饲料》 北大核心 2025年第17期46-52,共7页
粪便微生物群移植(FMT)作为一项新兴技术,已被证实能够有效重塑家禽肠道微生物组成。本试验旨在探究FMT早期干预对雏鸭回肠微生物组成的影响。试验选择120只1日龄的健康三穗鸭,随机分为2个组,移植组(FMT)和对照组(CON),每组6个重复,每... 粪便微生物群移植(FMT)作为一项新兴技术,已被证实能够有效重塑家禽肠道微生物组成。本试验旨在探究FMT早期干预对雏鸭回肠微生物组成的影响。试验选择120只1日龄的健康三穗鸭,随机分为2个组,移植组(FMT)和对照组(CON),每组6个重复,每个重复10只,试验前3 d,CON组饲喂基础日粮,FMT组灌喂500μL粪菌液,试验期42 d,通过16S rRNA基因V3~V4区测序,分析三穗鸭回肠Alpha和Beta多样性及细菌组成的变化。结果表明:在门水平上,移植组的厚壁菌门、梭杆菌门丰度较对照组分别提高了27.45(P>0.05)和10.53个百分点(P<0.01);变形菌门、放线菌门丰度分别降低了30.81(P>0.05)和6.35个百分点(P>0.05)。在属水平上,移植组乳酸杆菌的丰度较对照组提高了6.72个百分点(P>0.05);幽门螺杆菌、肠球菌和葡萄球菌的丰度分别降低了27.21(P<0.05)、1.95(P>0.05)和3.19个百分点(P>0.05)。此外,FMT显著提高了回肠细菌的Alpha多样性。综上表明,FMT能够重塑供体特异性的微生物群落,可能是改善家禽肠道健康的潜在策略。 展开更多
关键词 粪便微生物移植 三穗鸭 16S rrna测序 回肠微生物
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基于16S rRNA测序探讨木犀草素致骨折大鼠肠道菌群变化
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作者 郑丽 王慧 +5 位作者 丁一桁 郑书深 席少华 郑龙 郝艳娜 薛军霞 《中南药学》 2025年第12期3551-3556,共6页
目的 探究木犀草素对骨折大鼠肠道菌群的调节作用。方法 建立大鼠胫骨骨折模型,通过影像学评估骨折愈合情况,采用16S rRNA测序分析肠道菌群组成。结果 Garrett评分结果显示,与对照组相比,模型组骨折愈合评分显著降低(P<0.05);而与模... 目的 探究木犀草素对骨折大鼠肠道菌群的调节作用。方法 建立大鼠胫骨骨折模型,通过影像学评估骨折愈合情况,采用16S rRNA测序分析肠道菌群组成。结果 Garrett评分结果显示,与对照组相比,模型组骨折愈合评分显著降低(P<0.05);而与模型组相比,木犀草素组评分显著提高(P<0.05)。线性判别分析效应量(LEfSe)结果显示,对照组和木犀草素组粪球菌属(Coprococcus)明显富集,模型组无显著富集。METASTATS分析显示:粪球菌属及其分类单元(毛螺菌科、梭菌纲、厚壁菌门)分布趋势一致;与对照组相比,模型组中放线菌门相对丰度有增多趋势,红蝽菌目、微球菌科、阿德勒克吕兹菌属及罗氏菌属相对丰度明显升高(P<0.01),木犀草素干预后上述菌属相对丰度显著降低(P<0.05)。结论 木犀草素可能通过调节肠道菌群促进骨折愈合。 展开更多
关键词 木犀草素 16S rrna测序 骨折 肠道菌群
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基于16S rRNA测序和代谢组学探讨新金汁对热秘型便秘大鼠肠道菌群的调控机制
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作者 郭智月 谢懿煊 +4 位作者 刘双 谭书法 黄灵 李玉玮 许晨 《中国中西医结合外科杂志》 2025年第5期650-656,共7页
目的:基于16S rRNA测序及非靶向代谢组学技术,分析肠道菌群的变化及肠道代谢物的富集通路,探讨新金汁(粪菌移植)对热秘型便秘大鼠的治疗机制。方法:将32只雌性Wistar大鼠适应性喂养1周后,随机均分为模型组、粪菌移植组、乳果糖组和空白... 目的:基于16S rRNA测序及非靶向代谢组学技术,分析肠道菌群的变化及肠道代谢物的富集通路,探讨新金汁(粪菌移植)对热秘型便秘大鼠的治疗机制。方法:将32只雌性Wistar大鼠适应性喂养1周后,随机均分为模型组、粪菌移植组、乳果糖组和空白组,粪菌移植组先通过抗生素鸡尾酒法(杆菌肽、新霉素和链霉素混合)处理为假无菌大鼠,之后粪菌移植组、乳果糖组与模型组同时给予热性中药(黑附片、干姜、吴茱萸、肉桂、胡椒,生药剂量为20 g/kg)联合盐酸洛哌丁胺(2 mg/kg,)连续给药2周,建立热秘型便秘大鼠模型后进行干预,乳果糖组作为阳性对照组,灌胃10 mL/kg乳果糖,粪菌移植组灌胃10 mL/kg粪菌液,均干预2周。计算并比较四组大鼠的粪便含水率和肠道炭末推进率,采用16S rRNA测序检测模型组、粪菌移植组和空白组粪便标本肠道菌群特征及肠道代谢物的富集通路分析。结果:与空白组相比,模型组大鼠的粪便含水率和肠道炭末推进率降低;与模型组相比,粪菌移植组和乳果糖组粪便含水率和肠道炭末推进率明显升高,差异有统计学意义。与空白组相比,模型组的拟杆菌门(Bacteroidota)丰度降低,条件致病菌变形菌目(Proteobacteria)异常增殖。粪菌移植干预后菌群均匀度指数与厚壁菌门/拟杆菌门(Firmicutes/Bacteroidota)比例趋近空白组水平。线性判别分析(LEfSe)显示粪菌移植组优势菌群主要是普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)和理肯氏菌科(Rikenellaceae)。代谢组学揭示粪菌移植能显著富集脂质代谢、能量代谢、氨基酸代谢等核心代谢通路。结论:新金汁通过重塑肠道菌群多样性,平衡肠道菌群结构,激活菌群代谢功能,重构肠道微生物稳态,从而有效缓解热秘型便秘。 展开更多
关键词 热秘型便秘 新金汁 粪菌移植 16S rrna测序 非靶向代谢组学 肠道微生态
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基于16S rRNA测序的2型糖尿病db/db小鼠模型口腔菌群差异分析
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作者 潘钱家 葛峻沂 +2 位作者 胡楠 华飞 顾敏 《实验动物与比较医学》 2025年第2期147-157,共11页
目的研究db/db小鼠口腔菌群的改变,为探寻2型糖尿病与口腔微生态的联系提供实验基础。方法选取8只10周龄雄性db/db小鼠为糖尿病实验组,8只10周龄雄性db/m小鼠为正常对照组。适应性喂养5 d后,在相同饲料饲养的第6天和第37天行尾静脉采血... 目的研究db/db小鼠口腔菌群的改变,为探寻2型糖尿病与口腔微生态的联系提供实验基础。方法选取8只10周龄雄性db/db小鼠为糖尿病实验组,8只10周龄雄性db/m小鼠为正常对照组。适应性喂养5 d后,在相同饲料饲养的第6天和第37天行尾静脉采血,测定两组小鼠的空腹血糖(fasting blood glucose,FBG)水平和口服葡萄糖耐量(oral glucose tolerance test,OGTT),以验证糖尿病模型的可靠性。在相同饲料饲养的第15天采集两组小鼠两侧颊黏膜、舌背与舌腹、口底黏膜、上腭硬区黏膜、上下颌牙龈的龈上区域的口腔菌群样本,提取口腔微生物的基因组DNA后,使用GeneAmp 9700热循环仪对其中16S核糖体RNA(16S ribosomal RNA,16S rRNA)基因的V3~V4区进行扩增,然后在Illumina MiSeq平台上通过双标引扩增和测序对口腔菌群结构进行评估,然后应用QIIME(version 1.6.0)软件进行生物信息学分析。结果实验开始后第6天和第37天的FBG水平和OGTT检测结果均显示db/db小鼠比db/m小鼠表现出明显的2型糖尿病症状。α多样性分析显示两组小鼠的口腔菌群在多样性上无显著差异(P>0.05),而在丰富度上差异显著(P<0.05)。主坐标分析显示db/db小鼠的口腔菌群结构与db/m小鼠存在显著差异(P<0.05),物种组成分析以及LEfSe分析显示db/db小鼠口腔菌群在门水平以变形菌门(p_Proteobacteria)为主的相对丰度显著上升(P<0.05),而在属水平上变形杆菌属(g_Proteus)和肠球菌属(g_Enterococcus)的相对丰度极显著上升(P<0.001)。结论2型糖尿病db/db小鼠的口腔菌群结构和丰富度均较血糖正常的对照小鼠出现了显著变化。 展开更多
关键词 2型糖尿病 DB/DB小鼠 口腔菌群 16S rrna测序
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基于16S rRNA测序探讨通脑饮对急性缺血性脑卒中患者肠道菌群的影响
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作者 付虹 戎有和 +1 位作者 蒋辉 李姗珊 《实用药物与临床》 2025年第11期809-814,共6页
目的探讨通脑饮对急性缺血性脑卒中患者肠道菌群的影响。方法选择2024年1—10月在南京中医药大学附属医院神经内科住院的急性缺血性脑卒中患者,根据患者是否服用通脑饮分为观察组和对照组,观察组25例,对照组21例,另选20例健康人作为健... 目的探讨通脑饮对急性缺血性脑卒中患者肠道菌群的影响。方法选择2024年1—10月在南京中医药大学附属医院神经内科住院的急性缺血性脑卒中患者,根据患者是否服用通脑饮分为观察组和对照组,观察组25例,对照组21例,另选20例健康人作为健康组。比较观察组、对照组患者美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分、改良RANKIN量表(mRS)评级,采用16S rRNA测序方法分析观察组、对照组患者与健康组人群的肠道菌群的α多样性和β多样性,并对观察组和对照组患者的菌群差异进行分析。结果急性缺血性脑卒中患者与健康人群肠道菌群存在差异。治疗前,观察组与对照组患者的性别、年龄、NIHSS评分、mRS评级差异均无统计学意义(P>0.05)。治疗后,观察组患者NIHSS评分和mRS评级均较治疗前显著降低(P<0.05),且观察组和对照组比较,差异有统计学意义(P<0.05)。观察组患者的肠道菌群的α多样性指数和β多样性指数均较对照组患者有增加趋势(P<0.05)。治疗后,观察组和对照组患者的优势菌群占比存在差异(P<0.05),观察组有益菌群占比增加;观察组与对照组相比,共筛选出12个差异物种(P<0.05)。结论通脑饮对急性缺血性脑卒中患者的神经功能缺损症状有明显改善作用,此作用可能与调节患者肠道菌群组成和分布、改善肠道微生态环境有关。 展开更多
关键词 急性缺血性脑卒中 通脑饮 肠道菌群 16S rrna测序
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16S rRNA测序分析中药熏蒸联合穴位贴敷对产妇产褥期阴道微生态的影响
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作者 卢佳萍 全莉梅 徐恒 《中国计划生育学杂志》 2025年第11期2464-2468,共5页
目的:采用16S rRNA测序技术探究中药熏蒸联合穴位贴敷对产妇产褥期阴道微生态的影响。方法:随机将2023年1月—2024年1月于本院分娩的40例产妇分为熏蒸组(20例,产后中药熏蒸)及联合组(20例,产后中药熏蒸联合穴位贴敷)。产后42天时,对产... 目的:采用16S rRNA测序技术探究中药熏蒸联合穴位贴敷对产妇产褥期阴道微生态的影响。方法:随机将2023年1月—2024年1月于本院分娩的40例产妇分为熏蒸组(20例,产后中药熏蒸)及联合组(20例,产后中药熏蒸联合穴位贴敷)。产后42天时,对产妇阴道灌洗液内白细胞介素8(IL-8)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、CD3^(+)、CD4^(+)/CD8^(+)及NK细胞水平进行检测,同时采用16S rRNA测序技术对阴道分泌物进行测序,分析阴道微生态菌群分布情况。结果:治疗后,联合组IL-8、TNF-α水平均低于熏蒸组,CD3^(+)、CD4^(+)/CD8^(+)、NK细胞水平均高于熏蒸组;测序共得到987个OTUs(联合组671个、熏蒸组634个),共有OTUs 452个(联合组独有219个、熏蒸组独有182个),前者高于后者;联合组厚壁菌门、乳杆菌属、惰性乳杆菌、卷曲乳杆菌丰度高于熏蒸组,变形菌门、拟杆菌门、梭杆菌门、纤毛菌属、微单胞菌属、棒状杆菌属、普雷沃氏菌属及二路普雷沃氏菌丰度均低于熏蒸组(均P<0.05)。结论:产妇产褥期炎症因子及免疫反应水平失衡,可能会导致其阴道微生态被破坏,采用中药熏蒸机穴位贴敷治疗后,可有效促进阴道菌群丰度恢复,促进阴道微生态平衡。 展开更多
关键词 产褥期 阴道微生态 中药熏蒸 穴位贴敷 16S rrna测序技术 炎症因子 免疫反应
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抗无乳链球菌罗非鱼及其杂交后代的鳃和尾鳍组织细菌16S rRNA测序分析
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作者 刘奕 吴昊天 +3 位作者 陈丽婷 严欣 肖俊 陆颖 《南方农业学报》 北大核心 2025年第6期1813-1822,共10页
【目的】探究抗无乳链球菌良种壮罗1号罗非鱼抗病机制与细菌群落的关系及其在杂交后代中的遗传效应,为通过杂交育种选育兼具快速生长和抗病性状的罗非鱼提供理论依据。【方法】以吉富罗非鱼和壮罗1号罗非鱼为亲本进行自交和杂交,获得吉... 【目的】探究抗无乳链球菌良种壮罗1号罗非鱼抗病机制与细菌群落的关系及其在杂交后代中的遗传效应,为通过杂交育种选育兼具快速生长和抗病性状的罗非鱼提供理论依据。【方法】以吉富罗非鱼和壮罗1号罗非鱼为亲本进行自交和杂交,获得吉富自交F_(1)代、壮罗1号自交F_(1)代、吉富×壮罗1号杂交F_(1)代、壮罗1号×吉富杂交F_(1)代。采集4组罗非鱼的鳃和尾鳍组织,对16S rRNA的V3~V4区进行测序,分析不同样本细菌群落结构,采用基于线性判别分析的效应大小分析(LEfSe)筛选不同样本细菌群落间具有显著差异的生物标志物。【结果】Alpha多样性分析结果表明,壮罗1号自交F_(1)代鳃和尾鳍细菌群落的Shannon指数、Shannon even指数和Simpson指数均明显小于吉富自交F_(1)代。壮罗1号×吉富杂交F_(1)代和吉富×壮罗1号杂交F_(1)代的细菌群落多样性也整体较吉富自交F_(1)代明显下降。Beta多样性分析结果表明,壮罗1号×吉富杂交F_(1)代、吉富×壮罗1号杂交F_(1)代的鳃和尾鳍细菌群落组成较接近壮罗1号自交F_(1)代,说明壮罗1号的细菌群落结构具有较好的遗传可继承性。壮罗1号自交F_(1)代、壮罗1号×吉富杂交F_(1)代、吉富×壮罗1号杂交F_(1)代鳃和尾鳍细菌群落中,好氧或兼性厌氧菌栖水菌属(Enhydrobacter)的相对丰度明显高于吉富自交F_(1)代。壮罗1号自交F_(1)代鳃细菌群落中筛选到的生物标志物包含嗜酸菌2013Ark19i。【结论】壮罗1号罗非鱼鳃细菌群落中存在相对丰度较高的需氧菌和嗜酸菌,表明鳃黏液形成了酸性环境,不利于无乳链球菌生长,而需氧菌能通过竞争性耗氧抑制无乳链球菌生长,推测壮罗1号罗非鱼的抗病机制与其细菌群落密切相关,且其细菌群落结构具有可遗传性,使杂交后代具有接近壮罗1号罗非鱼的抗病能力。 展开更多
关键词 罗非鱼 无乳链球菌 细菌群落 抗病 16S rrna测序
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基于16S rRNA测序探讨障眼明片对干眼小鼠肠道菌群的调节作用
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作者 胡佳佳 王凯圣 +3 位作者 陈明瀚 谭艳丹 瞿佳 陈蔚 《温州医科大学学报》 2025年第11期870-878,886,共10页
目的:探讨障眼明片(ZYMT)对苯扎氯铵(BAC)诱导的干眼小鼠肠道菌群的调节作用,评估肠-眼轴在ZYMT发挥抗干眼作用中的潜在影响。方法:选取6~8周龄雌性C57BL/6J小鼠,采用0.2%BAC滴眼建立小鼠干眼模型,造模成功后随机分为模型组(BAC组)、障... 目的:探讨障眼明片(ZYMT)对苯扎氯铵(BAC)诱导的干眼小鼠肠道菌群的调节作用,评估肠-眼轴在ZYMT发挥抗干眼作用中的潜在影响。方法:选取6~8周龄雌性C57BL/6J小鼠,采用0.2%BAC滴眼建立小鼠干眼模型,造模成功后随机分为模型组(BAC组)、障眼明片干预组[BAC+ZYMT组,ZYMT 1.2 g/(kg·d)灌胃,14 d]和对照组(NC组)给予0.9%NaCl溶液滴眼。评估角膜荧光染色(CFS)评分、泪液分泌量及结膜杯状细胞数量。通过16S rRNA测序分析肠道菌群组成和结构,结合京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析功能预测代谢功能变化。结果:BAC+ZYMT组的CFS评分显著低于BAC组,泪液分泌量和结膜杯状细胞数量显著高于BAC组(均P<0.05)。Beta多样性分析表明三组小鼠的肠道菌群结构和组成差异有统计学意义(P=0.001),ZYMT可改善BAC诱导的干眼小鼠肠道菌群的Beta多样性改变。门水平上,BAC+ZYMT组小鼠的厚壁菌门/拟杆菌门(F/B)比例显著高于BAC组(P<0.05);科水平上,BAC+ZYMT组小鼠的乳杆菌科和瘤胃球菌科相对丰度显著高于BAC组(均P<0.05)。差异菌属KEGG通路预测显示,与NC组小鼠相比,BAC组的糖类代谢、氨基酸代谢、脂质代谢、膜运输等功能受损,而BAC+ZYMT组的以上功能均显著改善(P<0.05)。结论:ZYMT可能通过调节肠道菌群结构和多样性,影响小鼠代谢及膜运输等生物过程,进而通过肠-眼轴发挥抗干眼作用。 展开更多
关键词 干眼病 肠道菌群 16s rrna测序 障眼明片 苯扎氯铵
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基于16S rRNA测序的制药生产环境微生物菌种分布特征研究
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作者 姚瑛 宣泽 +2 位作者 王霞 张光华 江志杰 《中国医药工业杂志》 2025年第8期1077-1085,共9页
药品生产环境微生物污染控制是保障药品质量安全的关键。该研究利用16S rRNA测序技术,分析来源于制药企业空调系统(42株)、设备表面(11株)、人员工作服(25株)和水系统(20株)的共98株微生物样本的群落分布特征。结果显示,不同来源的微生... 药品生产环境微生物污染控制是保障药品质量安全的关键。该研究利用16S rRNA测序技术,分析来源于制药企业空调系统(42株)、设备表面(11株)、人员工作服(25株)和水系统(20株)的共98株微生物样本的群落分布特征。结果显示,不同来源的微生物群落结构差异显著:空调系统以放线菌纲、芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲为主;人员和设备样本中芽孢杆菌纲和放线菌纲占优;水系统以α-、β-和γ-变形菌纲为主,且与其他环境无交叉分布。跨环境同源菌株分析结果显示,空调、设备和人员环境中存在共有菌株,提示空气流动、人员接触及设备表面是此类菌株的潜在传播途径。建议制药企业建立环境菌种库,结合动态监测结果和系统进化分析,以实现环境微生物风险的精准防控。 展开更多
关键词 环境微生物学 污染控制 16S rrna测序 系统发育树 微生物溯源
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基于16S rRNA测序分析淫羊藿苷对衰老雌性与雄性小鼠肠道菌群调节作用的研究 被引量:1
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作者 李晓盎 段丽萍 《中国药学杂志》 北大核心 2025年第9期915-922,共8页
目的探讨淫羊藿苷对老年雌性与雄性小鼠肠道菌群的调节作用,评估其对菌群多样性、结构及代谢功能的影响,并分析性别差异在干预效果中的作用。方法选取年轻(2月龄)与老年(24月龄)雌雄C57BL/6J小鼠,分别灌胃淫羊藿苷(100 mg·kg·... 目的探讨淫羊藿苷对老年雌性与雄性小鼠肠道菌群的调节作用,评估其对菌群多样性、结构及代谢功能的影响,并分析性别差异在干预效果中的作用。方法选取年轻(2月龄)与老年(24月龄)雌雄C57BL/6J小鼠,分别灌胃淫羊藿苷(100 mg·kg·d^(-1))或生理盐水,持续14 d。采用16S rRNA基因测序分析肠道菌群多样性及物种组成,结合京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析功能预测评估代谢通路变化。结果淫羊藿苷显著提高老年雌雄小鼠肠道菌群的α多样性(Chao1指数提升25%,P<0.05),并重塑菌群结构(β多样性PCoA分析显示老年组向年轻组趋近)。门水平上,老年小鼠拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度降低,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高(F/B比值回调至年轻水平);科水平上,阿克曼氏菌科(Akkermansiaceae)在雌性老年小鼠中显著富集(4.1倍)。KEGG预测显示,淫羊藿苷改善老年小鼠糖代谢与鞘脂代谢(雌性组鞘脂通路活性上调3.2倍)。结论淫羊藿苷通过调节肠道菌群多样性及代谢功能延缓衰老,且作用具有性别二态性,为中药抗衰老的性别差异化干预提供了理论依据。 展开更多
关键词 淫羊藿苷 性别差异 衰老 肠道菌群 16s rrna高通量
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基于16S rRNA测序对2型糖尿病患者肠道菌群特征的分析 被引量:5
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作者 何倩 杨建 +3 位作者 陈冰婷 谭惠文 伊丽则热·艾拜杜拉 马晓丽 《新疆医科大学学报》 CAS 2022年第11期1262-1268,共7页
目的分析比较2型糖尿病患者(T2D)与正常人群肠道菌群结构、丰度及多样性的差异。方法收集30例临床粪便样本(健康样本15例为研究组,2型糖尿病病例样本15例为对照组),应用Illumina MiSeq高通量测序技术进行Alpha、Beta多样性分析,比较研... 目的分析比较2型糖尿病患者(T2D)与正常人群肠道菌群结构、丰度及多样性的差异。方法收集30例临床粪便样本(健康样本15例为研究组,2型糖尿病病例样本15例为对照组),应用Illumina MiSeq高通量测序技术进行Alpha、Beta多样性分析,比较研究组和对照组肠道菌群丰富度和多样性以及两组间的肠道菌群差异。采用Tax4Fun软件进行差异菌群功能预测。结果研究组和对照组OTU共有1565个,其中两组共有OTU为767个。与对照组比较,研究组肠道菌群α多样性下降;Unweighted Unifrac距离显著降低,差异有统计学意义(P<0.05),β多样性存在差异。在门水平上,研究组中厚壁菌门(Fimicutes)、变形杆菌门(Proteobacteria)的相对丰度明显高于对照组,而拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线杆菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobiota)相对丰度低于对照组。在属水平上,研究组克雷伯氏菌(Klebsiella)、普拉梭菌(Faecalibacterium)的相对丰度明显高于对照组,狄氏副拟杆菌(Parabacteroides)、普雷沃菌(Prevotella)、艾克曼菌(Akkermansia)、双歧杆菌(Bifidobacterium)的相对丰度明显低于对照组。线性判别效应(LEfSe)分析发现糖尿病可选择克雷伯菌属作为关键的生物标志物,对照组可选择双歧杆菌属、艾克曼菌属、普雷沃氏菌属、狄氏副拟杆菌属作为关键的生物标志物。通过差异菌群进行KEGG代谢通路分析发现组间25条KEGG代谢通路存在显著差异,研究组的能量代谢和糖代谢等代谢途径均有上调。结论研究组和对照组肠道菌群丰度上具有显著差异,可作为2型糖尿病诊断和治疗靶标的候选标志菌群。 展开更多
关键词 肠道菌群 2型糖尿病 16S rrna测序 特征分析
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应用16S rRNA测序技术分析冷暖季节放牧牦牛瘤胃细菌区系特征的研究 被引量:2
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作者 崔占鸿 杨得玉 焦洋 《饲料研究》 CAS 北大核心 2023年第3期1-6,共6页
试验旨在探究高海拔地区冷暖放牧季节的生长牦牛与成年牦牛瘤胃细菌区系组成及季节变化特征。采用随机区组设计,选取健康、体重相近的1.5岁公牦牛和3.5岁公牦牛各5头,根据牦牛年龄和采样时间不同分为4组,分别为BO组(暖季采集的1.5岁公... 试验旨在探究高海拔地区冷暖放牧季节的生长牦牛与成年牦牛瘤胃细菌区系组成及季节变化特征。采用随机区组设计,选取健康、体重相近的1.5岁公牦牛和3.5岁公牦牛各5头,根据牦牛年龄和采样时间不同分为4组,分别为BO组(暖季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液)、BT组(冷季采集的1.5岁公牦牛瘤胃液)、DO组(暖季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液)和DT组(冷季采集的3.5岁公牦牛瘤胃液)。结果表明,在门水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中拟杆菌门、软壁菌门丰度在冷季明显高于暖季,而厚壁菌门和互养菌门的丰度在暖季明显高于冷季。在属水平上,1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃中产酸糖酵菌属、Papillibacter的菌属丰度在冷季明显高于暖季,而未分类-普雷沃氏菌属和欧氏菌属丰度明显降低。功能预测中显示,在冷季时期1.5岁和3.5岁公牦牛瘤胃微生物区系中的聚糖生物合成与代谢功能、酶家族和脂质代谢和运输和分解代谢功能等相关基因的表达量明显高于暖季,而翻译功能相关的基因表达量明显低于暖季。研究表明,暖季放牧牦牛瘤胃水解产物降解菌群在种类、数量、能量代谢等方面均高于冷季,表明暖季放牧更有利于牦牛瘤胃细菌区系的生长发育。 展开更多
关键词 放牧牦牛 冷暖季节 瘤胃细菌 16S rrna测序
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基于16S rRNA测序的观赏桃根系微生物多样性研究 被引量:1
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作者 徐曼 王燕 +1 位作者 杨明 吴超广 《农业与技术》 2024年第16期36-40,共5页
观赏桃作为重要的园艺植物,其根际微生物群落对其生长和健康具有重要影响。本研究通过16S rRNA测序技术,分析了不同观赏桃品种根际微生物群落的多样性和结构特征,旨在揭示其微生物群落的差异性和互作关系。研究发现,不同观赏桃品种的Sha... 观赏桃作为重要的园艺植物,其根际微生物群落对其生长和健康具有重要影响。本研究通过16S rRNA测序技术,分析了不同观赏桃品种根际微生物群落的多样性和结构特征,旨在揭示其微生物群落的差异性和互作关系。研究发现,不同观赏桃品种的Shannon多样性指数存在显著差异,“紫叶垂枝”(ZYCZ)显示出最高的多样性,而“中二乔”(ZEQ)和“烟云”(YY)等品种的多样性较低。此外,“紫叶垂枝”(ZYCZ)在特定分类群中的相对丰度较高,表现出明显的优势地位。研究还揭示了根际微生物群落之间的显著互作关系,如变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)之间的正相关关系,以及有益微生物与病原菌之间的负相关关系。本研究为观赏桃根际微生物群落的多样性和互作关系提供了新的见解,有助于优化观赏桃的种植和管理策略。未来将进一步研究微生物群落在根际环境中的具体功能、微生物-植物互作机制、环境因素的影响以及群落的长期动态变化,旨在提升观赏植物的健康生长和农业生产的可持续性。 展开更多
关键词 观赏桃 根际微生物群落 多样性指数 互作关系 16S rrna测序
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基于16S rRNA测序分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化
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作者 张涛 林月月 +7 位作者 陈灿 陈兰 丁浩 张跟喜 谢恺舟 王金玉 戴国俊 潘志明 《中国家禽》 北大核心 2021年第12期50-55,共6页
为分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化,筛选冰鲜鸡腐败相关菌群,研究利用16 S rRNA测序技术分析了保存1、3、5和7 d冰鲜鸡样本微生物组成和多样性,利用正交偏最小二乘法回归和逐步多元回归分析筛选与冰鲜鸡腐败相关的菌属。结果显示:冰鲜... 为分析冰鲜鸡腐败过程中微生物变化,筛选冰鲜鸡腐败相关菌群,研究利用16 S rRNA测序技术分析了保存1、3、5和7 d冰鲜鸡样本微生物组成和多样性,利用正交偏最小二乘法回归和逐步多元回归分析筛选与冰鲜鸡腐败相关的菌属。结果显示:冰鲜鸡腐败过程中微生物丰富度和均匀度均显著下降,保存5 d和7 d样本与保存1 d和3 d样本微生物组成存在显著差异,4 d可能为冰鲜鸡腐败变质的临界点;筛选到27个冰鲜鸡腐败相关的候选菌属,其中肉食杆菌属、沙雷氏菌属和发光杆菌属可能为引起冰鲜鸡腐败变质的优势菌属。研究结果有助于加深对冰鲜鸡腐败变质机理的理解。 展开更多
关键词 冰鲜鸡 腐败菌 16 S rrna测序 多样性 物种组成
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16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎手术时机选择的研究 被引量:2
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作者 翟刚 《中国医药科学》 2024年第11期130-133,共4页
目的探讨16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)手术时机选择。方法前瞻性选择2021年1月至2022年6月百色市人民医院需要手术治疗的NEC患儿30例为观察组,选择同期内科保守治疗的Ⅰ期15例和Ⅱa期15例... 目的探讨16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)手术时机选择。方法前瞻性选择2021年1月至2022年6月百色市人民医院需要手术治疗的NEC患儿30例为观察组,选择同期内科保守治疗的Ⅰ期15例和Ⅱa期15例患者为对照组。采用HiSeq测序平台,借助双端测序模式进行高通量二代测序,比较两组多样性指数、优势均属丰度及不同优势菌比值等;绘制受试者操作特征(ROC)曲线,分析16S-rRNA测序技术的指导价值。结果60例患者60份样本中共获得细菌84个,且两组样品均为副杆状菌属最高,其次为Ruminococcus、Blautia、Aeromonas和Fusobacterium;两组肠道菌群上述菌门丰度存在差异(P<0.05);从粪便标本中共获得有效序列7347481条,人均130857条,测序平均覆盖度为(92.15±5.61)%;观察组手术治疗的NEC患儿中香农-维纳(Shannon)及辛普森多样性(Simpson)指数低于对照组内科保守治疗患儿,差异有统计学意义(P<0.05);ROC曲线结果表明,16S-rRNA测序技术在NEC患儿手术时机选择中的指导AUC为0.846,指导灵敏度为87.51%,特异度为83.16%。结论NEC患儿常伴有肠道细菌基因组改变,且菌群结构的变化与患儿病情严重程度有关,通过16S-rRNA测序技术能指导NEC患儿手术治疗时机。 展开更多
关键词 新生儿坏死性小肠结肠炎 16S rrna测序技术 肠道细菌基因 手术时机
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AVMCD:基于16S rRNA测序的微生物群落多样性分析与可视化平台
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作者 艾海新 黄良超 +5 位作者 张力 齐梦园 尹子墨 吴雪巍 陈稳 刘宏生 《辽宁大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第2期156-161,共6页
传统的技术手段已逐渐难以适应现代生物技术的发展,随着以16S rRNA为代表的第二代高通量测序技术飞速发展,微生物群落多样性研究已进入分子时代,但要分析庞大的测序数据并从中找寻存在的关联还是给生物学家带来诸多现实困难.为帮助研究... 传统的技术手段已逐渐难以适应现代生物技术的发展,随着以16S rRNA为代表的第二代高通量测序技术飞速发展,微生物群落多样性研究已进入分子时代,但要分析庞大的测序数据并从中找寻存在的关联还是给生物学家带来诸多现实困难.为帮助研究者更快更好地掌握微生物群落多样性的信息,开发了AVMCD(analysis and visualization of microbial community datasets)生物信息平台,提供基于16S rRNA测序的专业在线分析及可视化服务.AVMCD坚持友好快捷的交互方式,注册用户只需上传待分析的数据,根据提示简单设置参数,即可由平台自动展开专业的序列分析,并将结果以丰富的可视化形式呈现给用户. 展开更多
关键词 16S rrna测序 微生物群落 多样性分析 数据可视化
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基于16S rRNA测序分析正常与腹泻牦牛犊牛粪便细菌区系组成 被引量:18
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作者 张玉莹 刘书杰 +2 位作者 冯宇哲 张晓卫 崔占鸿 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2021年第9期3293-3302,共10页
试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份... 试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份并提取DNA,利用16S rRNA测序技术研究两组牦牛犊牛肠道微生物区系的OTUs聚类、门水平和属水平相对丰度差异性、Alpha多样性、Beta多样性、功能预测水平信息。结果显示,在门水平上,正常组和腹泻组的优势菌门有拟杆菌门和厚壁菌门,且腹泻组的梭杆菌门显著高于正常组(P<0.05);在属水平上,正常组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、拟普雷沃菌属和未分类的瘤胃菌属;腹泻组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、梭杆菌属、未分类的肠杆菌属和未分类的瘤胃菌属,且腹泻组的梭杆菌属显著高于正常组(P<0.05);在功能预测水平上,腹泻组的聚糖生物合成与代谢、运输和分解代谢、老化、分类和降解、脂代谢显著高于正常组(P<0.05),正常组的氨基酸代谢、信号转导、细胞运动、遗传信息显著高于腹泻组(P<0.05)。通过分析放牧牦牛犊牛正常组和腹泻组之间的优势菌群差异表明,犊牛腹泻是由梭杆菌属引起的。 展开更多
关键词 牦牛犊牛 腹泻 粪便 细菌区系 16S rrna测序
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