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玉米纯度高通量InDel快速检测体系的建立
1
作者 胡丽萍 彭飞飞 +5 位作者 许理文 田红丽 张茗起 葛建镕 王蕊 王凤格 《玉米科学》 北大核心 2025年第4期42-48,共7页
为实现玉米品种纯度高效准确鉴定,通过建立快速DNA提取方案常温研磨法及适配的多重扩增体系,构建玉米纯度高通量InDel快速检测方案。结果表明,与对照碱煮法相比,常温研磨法提取的DNA在琼脂糖凝胶电泳中显示清晰条带,玉米纯度InDel引物... 为实现玉米品种纯度高效准确鉴定,通过建立快速DNA提取方案常温研磨法及适配的多重扩增体系,构建玉米纯度高通量InDel快速检测方案。结果表明,与对照碱煮法相比,常温研磨法提取的DNA在琼脂糖凝胶电泳中显示清晰条带,玉米纯度InDel引物单重和多重扩增效果稳定。经人工掺混样品验证,本体系的纯度检测结果与国家标准方法所得结果一致。 展开更多
关键词 玉米 INDEL标记 高通量 快速 纯度
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基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发 被引量：1
2
作者 贺涵 刘传和 +7 位作者 喻梦凡 袁梦萍 魏岳荣 杨敏 邝瑞彬 周陈平 吴夏明 徐泽 《生物技术通报》 北大核心 2025年第2期65-76,共12页
【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物... 【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物,选择扩增条带清晰、分离效果好的引物用于菠萝种质遗传多样性分析。【结果】在4份菠萝种质中鉴定到插入/缺失长度大于30 bp、测序深度大于10×的InDel位点1559个。基于InDel位点的上下游序列信息,在全基因组范围内设计候选InDel标记引物372对,其中264对引物表现出稳定的多态性,多态性比例为70.97%。采用50对多态性高的核心标记引物分析58份菠萝种质的遗传多样性。共检测到等位位点103个;各标记的平均有效等位位点数(Ne)为1.8164个;Shannon's多样性指数(I)的变异范围为0.2728-0.7464,平均值为0.6346;多态性信息含量(PIC)为0.1329-0.4251,平均值为0.3422;Nei’s基因多样性指数(H)变异范围为0.1431-0.5143,平均值为0.4412。通过聚类分析在遗传距离0.75处将58份菠萝种质分为4个类群,其中第Ⅳ类群可进一步分为2个亚群。采用群体结构分析将58份种质划分为2个稳定群体,其中POP-1群体与聚类分析获得的第Ⅳ-2亚群重合,主要由纯种卡因类种质组成。【结论】研发的50个菠萝核心InDel标记能精准区分不同菠萝品种,对于深化菠萝遗传多样性分析、完善遗传图谱构建和加速分子标记辅助育种进程具有重要意义。 展开更多
关键词 菠萝 重测序 INDEL标记 遗传多样性分析
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杨梅种质资源InDel标记开发及与熟期的关联分析 被引量：1
3
作者 焦云 高中山 +3 位作者 汪国云 陈方永 姚小映 周超超 《植物遗传资源学报》 北大核心 2025年第3期575-588,共14页
InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的... InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的InDel变异频率介于1/11297~1/8903;其中,CM025856.1染色体上发生InDel变异频率最高。通过注释分析发现有1312个InDel分布在基因外显子区域,另有21055和6659个InDel分别分布在基因间区和内含子区域。经GO注释,上述InDel生物过程主要涉及细胞过程(Cellular process)和代谢过程(Metabolic process);分子功能主要包括结合(Binding)和催化活性(Catalyticactivity)。经KEGG通路分析发现,InDel所在的基因区域的功能主要为次生代谢、碳代谢和核质运输等。通过全基因组关联分析,获得20个与杨梅果实成熟期性状显著关联的InDel,其功能注释主要涉及线粒体、质体结构基因,三磷酸核苷水解酶和细胞分裂素信号蛋白等。进一步验证显示InDelEP-18标记对杨梅果实成熟期性状鉴定准确率较高,达89.25%;通过基因预测结果发现该位点注释为早期结瘤素家族(Early nodulin)基因。本研究筛选获得的InDel EP-18标记将为杨梅分子辅助育种提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 杨梅 INDEL 重测序 关联分析 成熟期
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河南省地方长豇豆种质资源的遗传多样性分析
4
作者 薄晓培 李武 +8 位作者 王晓青 吕淑平 李晶晶 肖亚川 黄聪聪 徐铭月 聂利红 赵付安 杨晓杰 《河南农业科学》 北大核心 2025年第11期134-143,共10页
为探究河南省地方长豇豆种质资源的遗传背景和遗传多样性丰富程度,使用55对分子标记对58份长豇豆种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,使用55对分子标记共扩增出319个位点,多态性位点310个,多态性比率达97.2%;观测等位基因数(Na)均值... 为探究河南省地方长豇豆种质资源的遗传背景和遗传多样性丰富程度,使用55对分子标记对58份长豇豆种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,使用55对分子标记共扩增出319个位点,多态性位点310个,多态性比率达97.2%;观测等位基因数(Na)均值为2.0182;有效等位基因数(Ne)均值为1.7638;Nei’s基因多样性指数(H)均值为0.4181;香农指数(I)均值为0.6081;多态信息含量(PIC)均值为0.3278。说明所选引物具有较好的多态性,河南省地方长豇豆种质资源的遗传多样性较丰富。聚类分析将58份河南省地方长豇豆种质资源分为类群1和类群2,类群1的种质资源全部来自河南省西部高海拔地区;类群2的种质资源主要分布于南阳盆地和华北平原等低海拔地区。使用分子标记可将58份种质资源全部分开,但是各地区之间的遗传分化并不明显,说明河南省地方品种与来源地关系不大,材料的遗传变异受地方环境影响较小。 展开更多
关键词 长豇豆 SSR INDEL 遗传多样性 聚类分析
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兼容双平台的玉米糯质基因InDel功能标记开发与应用
5
作者 朱维佳 王蕊 +11 位作者 薛英杰 田红丽 范亚明 王璐 李松 徐丽 卢柏山 史亚兴 易红梅 陆大雷 杨扬 王凤格 《作物学报》 北大核心 2025年第9期2330-2340,共11页
为了实现糯玉米中糯质基因变异类型的快速鉴定、了解其在现代糯玉米育种中的应用情况,本研究针对wx-D7、wx-D10、wx-124、wx-hAT等4种常见的糯质基因InDel变异开发功能标记,以普通玉米、糯玉米、甜玉米和甜糯玉米为研究对象,通过多种分... 为了实现糯玉米中糯质基因变异类型的快速鉴定、了解其在现代糯玉米育种中的应用情况,本研究针对wx-D7、wx-D10、wx-124、wx-hAT等4种常见的糯质基因InDel变异开发功能标记,以普通玉米、糯玉米、甜玉米和甜糯玉米为研究对象,通过多种分子检测平台验证糯质功能标记的特异性和有效性。结果显示,4种Waxy功能标记在KASP平台和荧光毛细管电泳平台均能够实现特异性基因分型,且能够有效区分普通玉米与糯质玉米,并确定糯玉米中Waxy基因的变异类型。针对玉米自交系,当检出特异性糯质功能标记时,可依据4种糯质变异类型确定待测样品的糯质基因单倍型并判断其糯质表型,对于未检测到4种糯质变异的玉米种质则为非糯性或糯质稀有突变。当待测样本为玉米杂交种时,可能存在隐性纯合基因型、隐性等位糯性杂合基因型、糯/非糯杂合基因型及显性纯合基因型等4种情况,依据糯质单倍型结果判定。在检测出的糯玉米中85%以上为wx-D7变异类型,表明wx-D7为我国当前糯玉米育种中主要的应用类型。同时,在糯玉米杂交种中发现有D7/D10两种糯质变异类型同时存在的现象,但糯质自交系中仅存在单一的糯质变异类型,意味着在糯玉米杂交育种中可通过聚合不同类型的糯质变异实现遗传改良。本研究为糯质基因设计了一套适用于多种分子检测平台的功能标记组合,为鉴定、筛选玉米糯质性状提供了有效的方案。 展开更多
关键词 糯玉米 糯质基因 功能标记 INDEL KASP 荧光毛细管电泳
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基于转录组测序数据的蚕豆InDel标记开发和应用
6
作者 周瑶 周恩强 +10 位作者 姚梦楠 赵娜 李宗迪 朱宇翔 王永强 李波 王学军 缪亚梅 汪凯华 顾春燕 魏利斌 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第8期35-41,共7页
我国是全球最大的蚕豆生产国,然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G),蚕豆基础研究进展缓慢。目前,受限于有限的蚕豆专用分子标记,我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型,充分有效评价和利用蚕豆种... 我国是全球最大的蚕豆生产国,然而由于蚕豆基因组巨大(约为13.0 G),蚕豆基础研究进展缓慢。目前,受限于有限的蚕豆专用分子标记,我国蚕豆种质资源的评价和利用研究开展的不够深入。为了丰富蚕豆分子标记类型,充分有效评价和利用蚕豆种质资源,拟开展7份蚕豆材料的转录组测序,并对测序数据间存在的插入/缺失(InDel)位点进行特征分析。结果表明,成功挖掘出2666个InDel位点,其中插入、缺失位点分别有841、1825个,且单碱基的插入/缺失位点类型占比最大。此外,根据InDel位点信息,从插入/缺失碱基长度大于5 bp的序列中随机挑选25条序列进行InDel标记开发。利用开发的标记对国内141份蚕豆资源进行扩增,共筛选到有效InDel标记20对,多态性信息含量均值为0.32,平均每对标记中检测到2.85个等位基因,香农指数均值为0.62。聚类分析结果表明,江苏、浙江、湖北等省份的资源呈交叉分布,可能因为近年来各省份的蚕豆资源相互借鉴、利用,从而打破了地域限制,增加了彼此间的联系。基于转录组测序数据首次开发蚕豆InDel标记并成功将其应用于蚕豆种质资源的遗传多样性分析,不仅丰富了目前蚕豆的分子标记类型,而且对于今后蚕豆的基础研究和育种研究具有一定意义。 展开更多
关键词 蚕豆 转录组 INDEL 分子标记 遗传多样性
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海岛棉纤维强度QTL紧密连锁InDel分子标记开发及效应评价
7
作者 吕涛 孙国清 +5 位作者 郭栋材 陈全家 蔡永生 樊标星 曲延英 郑凯 《中国农业科学》 北大核心 2025年第9期1684-1701,I0001-I0012,共30页
【目的】海岛棉具有优异的纤维品质,纤维断裂比强度是棉花纤维品质的一个重要指标。开发In Del分子标记,通过RIL群体和资源材料进行验证,并分析其有效性,为选育优异纤维品质海岛棉新品种提供一定的理论依据。【方法】以前期构建的213份P... 【目的】海岛棉具有优异的纤维品质,纤维断裂比强度是棉花纤维品质的一个重要指标。开发In Del分子标记,通过RIL群体和资源材料进行验证,并分析其有效性,为选育优异纤维品质海岛棉新品种提供一定的理论依据。【方法】以前期构建的213份Pima S-7和5917 F_(5:6)重组自交系(RIL)群体为材料,进行QTL定位,获得调控海岛棉纤维强度数量性状基因座位点q FS-chr17-1,根据亲本全基因组测序(WGS)数据开发设计In Del标记,并在亲本间筛选多态性标记。根据表型数据选取40份极端家系材料初步验证所开发的多态性标记。在213份RIL群体和213份海岛棉资源材料中进行基因分型,并结合多年纤维品质数据验证标记的有效性。【结果】利用开发的2个In Del标记在RIL群体与海岛棉资源材料进行基因分型检测,结果表明,2个标记能够与纤维强度表型数据紧密连锁,所区分材料间纤维强度性状具有显著差异。通过组合2个标记基因型检测结果,发现4种组合类型的纤维强度呈现上升趋势,且携带Hap3(B/A)与Hap4(B/B)基因型的材料纤维强度显著强于Hap1(A/A)与Hap2(A/B)。In Del-3L2标记与纤维长度、纤维整齐度和纺纱一致性指数等纤维品质性状显著相关,所区分材料表型趋势与相关性分析结果一致。根据多年环境下两试验点的纤维品质数据分析,发现不同环境间的纤维品质有差异,结合气温数据,发现所开发的分子标记受环境影响小。通过对213份海岛棉资源材料纤维品质数据进行聚类分析,并结合分子标记分型结果,共筛选出8份优异纤维品质材料。【结论】针对海岛棉纤维强度QTL位点(q FS-chr17-1)开发出2个与纤维强度紧密连锁的In Del分子标记,将两标记分型结果组合后仍具有有效性。In Del-3L2可以与纤维长度、纤维整齐度和纺纱一致性指数连锁。开发的In Del标记可以高效准确地检测海岛棉纤维高强度资源材料,可以用于海岛棉纤维品质改良育种。还筛选出8份优异纤维品质材料。 展开更多
关键词 海岛棉 纤维强度 INDEL标记 种质资源 组合分子标记
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承德无角山羊SNP和InDel位点的变异分析
8
作者 丁虹 孙洪新 +4 位作者 刘月 赵志强 董玉玲 杨威 袁立新 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第4期148-154,共7页
承德无角山羊作为优良地方种质资源,具有适应性强、抗病力强等特性。本研究基于全基因组重测序解析承德无角山羊的遗传特征,挖掘和分析承德无角山羊的SNP和InDel突变位点。结果显示,基因间隔区SNP和InDel变异最多,其次位于内含子区,而在... 承德无角山羊作为优良地方种质资源,具有适应性强、抗病力强等特性。本研究基于全基因组重测序解析承德无角山羊的遗传特征,挖掘和分析承德无角山羊的SNP和InDel突变位点。结果显示,基因间隔区SNP和InDel变异最多,其次位于内含子区,而在CDS区的变异位点较少。共鉴定出134068个非同义突变SNP和4051个编码区InDel位点;进一步分析发现,非同义突变SNP所在基因主要富集在嗅觉转导、单纯疱疹病毒1感染、补体和凝血级联、ECM与受体的相互作用和造血细胞系等途径;CDS区的InDel位点主要富集在蛋白偶联受体信号、嗅觉感知、质膜和自然杀伤细胞介导的细胞毒性等通路。本研究为承德无角山羊重要经济性状候选基因预测及遗传进化分析提供了理论基础,有利于进一步保护和利用该种质资源。 展开更多
关键词 承德无角山羊 SNP INDEL
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美洲南瓜全基因组InDel标记的开发与应用
9
作者 董佳美 杨永照 +7 位作者 孙柳清 卢秋晨 陈宛露 武喆 段颖 雷逢进 王长林 薄凯亮 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第12期9-22,共14页
美洲南瓜(Cucurbita pepo L.)遗传多样性丰富、用途广泛,是具有较高经济价值的重要蔬菜作物之一。为系统开发其全基因组InDel标记,对属于不同亚种的2份美洲南瓜种质Jin-GL(C.pepo ssp.texana)和HM-S2(C.pepo ssp.pepo)进行了Denovo测序... 美洲南瓜(Cucurbita pepo L.)遗传多样性丰富、用途广泛,是具有较高经济价值的重要蔬菜作物之一。为系统开发其全基因组InDel标记,对属于不同亚种的2份美洲南瓜种质Jin-GL(C.pepo ssp.texana)和HM-S2(C.pepo ssp.pepo)进行了Denovo测序,在每条染色体上筛选并成功验证了5个多态性InDel位点,共计开发了100个标记。利用81份南瓜材料对上述标记进行多态性检测,结果显示,供试种质遗传背景较为广泛(香农遗传多样性指数平均为1.00),标记多态性较高(多态性信息含量平均为0.56)。利用非加权组平均法(UPGMA)将81份材料在遗传相似系数为0.65时分为4个类群,第Ⅰ类包含45份材料,主要为ssp.texana的蔓生观赏类型美洲南瓜种质;第Ⅱ类包含34份材料,为ssp.pepo的栽培类型美洲南瓜种质;第Ⅲ类为1份野生南瓜种质;第Ⅳ类为1份印度南瓜种质。从100个多态性InDel标记中选取10个多态性最高的标记构建了指纹图谱。最后利用100对引物对237份美洲南瓜商品种(组合)进行了聚类分析,结果表明,在遗传距离为0.08时,籽用类型呈现出独立成群的趋势;此外,无论是肉用类型还是籽用类型品种(组合),大部分均呈现出遗传背景较为狭窄的趋势。本研究结果为美洲南瓜种质资源的遗传多样性分析以及新品种选育提供了理论依据。 展开更多
关键词 美洲南瓜 INDEL标记 遗传多样性 指纹图谱
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基于重测序紫花苜蓿高蛋白、高产关联InDel分子标记开发
10
作者 冯雅琪 陈嘉慧 +5 位作者 张静妮 隋超 陈基伟 刘志鹏 周强 刘文献 《草业学报》 北大核心 2025年第4期137-149,共13页
随着高通量测序技术的迅猛发展,测序成本大幅降低,测序速度和数据质量均得到了显著提升,极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究,进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失(insertion/deletion,InDel)... 随着高通量测序技术的迅猛发展,测序成本大幅降低,测序速度和数据质量均得到了显著提升,极大地推动了紫花苜蓿基因组的深入研究,进而也为紫花苜蓿不同性状关联的分子标记开发提供了重要基础信息。插入/缺失(insertion/deletion,InDel)多态性标记因其分布广泛、密度高、遗传稳定以及重复性强等优点而受到关注,然而目前其在紫花苜蓿中的研究及应用仍十分有限。本研究基于国内外80份紫花苜蓿材料的基因组重测序数据,通过与紫花苜蓿“中苜1号”参考基因组序列比对挖掘InDel变异位点,开发与高蛋白和高产性状相关的InDel标记。结果表明,在全基因组范围内设计的40个标记中,经聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)验证后,成功开发出29个多态性标记,多态性比率达到72.5%。其中,已开发的InDel_25和InDel_39标记可分别用于高产和优质紫花苜蓿材料的鉴定。本研究开发的InDel标记可结合传统育种方法,有望加速高产、优质紫花苜蓿新品种的培育。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 InDel分子标记 产量 品质
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不同白粉病抗性的甜瓜转录组SNP/InDel位点的挖掘及其功能注释
11
作者 曹燕燕 刁倩楠 +2 位作者 姚东伟 陆世钧 张永平 《分子植物育种》 北大核心 2025年第14期4599-4611,共13页
为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转... 为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转录组数据共鉴定到32980个SNP和2431个InDel位点,在所有变异类型中,以C/T和A/G发生频率最高;分别有2956、4073和2997条SNP/InDel-unigenes序列的功能在GO、KOG和KEGG数据库得到注释,注释到“代谢途径”的SNP/InDel-unigenes最多,其次依次为“次级代谢产物的生物合成”、“核糖体”、“氨基酸的生物合成”和“碳代谢”;KEGG注释分析显示共246条SNP/InDel-unigenes注释到“植物激素信号转导”通路、“植物-病原菌互作”通路、“植物MAPK信号”通路以及“苯丙烷类生物合成”通路。本研究为发掘甜瓜白粉病抗病相关SNP/InDel位点及抗病相关基因提供了新的数据来源。 展开更多
关键词 甜瓜 白粉病 转录组 SNP/InDel 功能注释
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玉米氮吸收性状相关NPF家族基因挖掘及InDel分子标记开发
12
作者 罗春梅 赵晨旭 +2 位作者 余海兵 赵涵 周玲 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第3期445-456,共12页
玉米作为中国的第一大粮食作物,在保障中国粮食安全方面的作用重大。在玉米生长发育过程中氮肥是重要的肥力因素,然而近些年氮肥的大量投入也造成了一系列环境问题。对于这些问题,利用分子标记辅助育种,充分发挥氮素的利用效率是一种环... 玉米作为中国的第一大粮食作物,在保障中国粮食安全方面的作用重大。在玉米生长发育过程中氮肥是重要的肥力因素,然而近些年氮肥的大量投入也造成了一系列环境问题。对于这些问题,利用分子标记辅助育种,充分发挥氮素的利用效率是一种环保高效的解决方法。本研究对硝态氮吸收转运相关的NPF家族进行分析,通过全基因组关联分析挖掘出与玉米氮吸收性状紧密关联的15个候选基因,根据已报道的功能位点设计插入缺失(InDel)分子标记,以期设计出与玉米硝酸盐含量积累性状显著关联的功能标记。共设计了69对InDel分子标记,经过亲本多态性检验,发现特异性良好的有32对标记。在609份玉米自交系组成的自然群体中对这些InDel分子标记进行功能验证,结果表明,在玉米ZmNPF6.2、ZmNPF6.4、ZmNPF6.8、ZmNPF8.12、ZmNPF8.14基因附近的7对InDel分子标记与氮素吸收性状紧密关联。本研究开发的氮高效吸收相关InDel分子标记可为分子标记辅助育种提供理论基础,为培育氮高效利用的玉米新品种指引了方向。 展开更多
关键词 玉米 氮高效吸收 功能标记 InDel分子标记
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长豇豆种质资源遗传多样性分析与核心种质构建
13
作者 王晓青 李武 +3 位作者 薄晓培 张跃军 赵付安 杨晓杰 《种子》 北大核心 2025年第11期188-196,共9页
为全面鉴定我国长豇豆种质资源,利用InDel分子标记对从全国各地收集的306份长豇豆种质资源进行遗传多样性分析,并采用模拟退火法基于遗传多样性最大化(SAGD)筛选长豇豆核心种质。结果表明,筛选出37个覆盖长豇豆全基因组染色体且多态性... 为全面鉴定我国长豇豆种质资源,利用InDel分子标记对从全国各地收集的306份长豇豆种质资源进行遗传多样性分析,并采用模拟退火法基于遗传多样性最大化(SAGD)筛选长豇豆核心种质。结果表明,筛选出37个覆盖长豇豆全基因组染色体且多态性良好的InDel分子标记,以此完成长豇豆种质资源的分子鉴定和遗传多样性分析,平均有效等位基因数均值为1.686 4,Nei's基因多样性指数、Shannon's多样性指数和多态性信息量指数的均值分别为0.387 9、0.564 2和0.306 0,表明长豇豆种质资源具有较为丰富的遗传多样性。群体遗传结构和聚类分析显示,306份长豇豆种质材料可以分为2个主类群以及4个亚类群,并且存在一些聚类相同的重复材料,经去重后保留了175份代表性种质材料。利用SAGD方法筛选出53份长豇豆核心种质,占原有种质的30%,平均有效等位基因数、Nei's基因多样性指数、多态性信息量指数和Shannon's多样性指数的保留率分别为98.15%、96.79%、97.50%和97.64%,并且t检验和主成分分析表明,这些长豇豆核心种质具有良好的代表性。 展开更多
关键词 长豇豆 InDel分子标记 遗传多样性 聚类分析 核心种质
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190份大白菜自交系的遗传多样性分析及育种应用
14
作者 张文静 冯健起 +6 位作者 苏贺楠 王培云 马骥 丁聪 魏小春 张晓伟 原玉香 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第8期26-36,共11页
为分析来源于26份亲本的190份大白菜高代自交系后代的主要表型性状与遗传多样性及其在育种上的应用潜力,对供试大白菜材料的27个主要表型性状进行变异分析、相关性分析,基于27对InDel标记进行遗传背景多样性分析。结果显示,27份大白菜... 为分析来源于26份亲本的190份大白菜高代自交系后代的主要表型性状与遗传多样性及其在育种上的应用潜力,对供试大白菜材料的27个主要表型性状进行变异分析、相关性分析,基于27对InDel标记进行遗传背景多样性分析。结果显示,27份大白菜主要性状的变异系数在10.10%~90.36%,变异丰富且多个表型性状具有高度相关性;选用的27对InDel标记的多态性信息含量变幅在0.01~0.37,经过分析190份大白菜高代自交系遗传相似系数在0.57~1.00,平均值为0.65,遗传变幅较大,基于InDel标记和群体结构均能将供试大白菜材料分为3个亚群,其中来源于16东郊引B和开蔬七号的后代分离较大。综上所述,选用的190份大白菜自交系表型性状变异范围大、遗传多样性丰富,可为配置不同性状优异材料提供材料基础,为配置性状优异材料提供研究基础。 展开更多
关键词 大白菜 表型性状 遗传多样性 INDEL标记
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利用InDel分子标记鉴定新乡小包23大白菜种子纯度
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作者 徐世静 王晓玲 +3 位作者 肖艳 原让花 杨晨 姬可盈 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第7期49-53,共5页
为快速检测新乡小包23越冬制种基地受冻害地块杂交种纯度,确保流入市场的种子质量达标,维护消费者权益,同时提高杂交种筛选效率,从12对大白菜InDel引物中筛选能够区分大白菜杂交种新乡小包23及其父母本的特异性引物并进行种子纯度鉴定... 为快速检测新乡小包23越冬制种基地受冻害地块杂交种纯度,确保流入市场的种子质量达标,维护消费者权益,同时提高杂交种筛选效率,从12对大白菜InDel引物中筛选能够区分大白菜杂交种新乡小包23及其父母本的特异性引物并进行种子纯度鉴定。结果表明,有3对引物表现出共显性,其中1对引物能够将新乡小包23与另外3个相似品种有效区分开。将该引物在108个杂交后代中进行验证,纯度鉴定结果为93.5%,与田间鉴定结果基本一致。综上,研究筛选的InDel标记BrID90105可用于新乡小包23种子纯度的快速鉴定,促进种业良性发展。 展开更多
关键词 大白菜 新乡小包23 InDel分子标记 种子纯度鉴定
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基于重测序的番木瓜基因组InDel标记开发与应用
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作者 杨敏 贺涵 +5 位作者 周陈平 邝瑞彬 刘传和 吴夏明 徐泽 魏岳荣 《园艺学报》 北大核心 2025年第10期2597-2612,共16页
利用5份番木瓜种质的重测序数据挖掘InDel(插入/缺失)位点,并基于位点设计高效且具有应用价值的分子标记。经严格筛选后,成功鉴定3635个易于凝胶电泳检测、长度大于30 bp且呈现高度多态性的InDel位点。挑选360个在基因组上均匀分布的位... 利用5份番木瓜种质的重测序数据挖掘InDel(插入/缺失)位点,并基于位点设计高效且具有应用价值的分子标记。经严格筛选后,成功鉴定3635个易于凝胶电泳检测、长度大于30 bp且呈现高度多态性的InDel位点。挑选360个在基因组上均匀分布的位点设计引物,用6份番木瓜材料初筛后发现355对引物能成功扩增出目标产物,其中271对表现出显著的多态性,占候选引物总数的75.3%。从中选取72对高多态性标记对47份番木瓜种质进行基因分型和遗传多样性分析,共检测到145个等位位点;标记的多态性信息含量(PIC)分布于0.0408~0.4523,平均值为0.3041;基因多样性指数的变异范围为0.1030~0.8735,平均值为0.5660。通过聚类分析,将47份番木瓜划分为4个类群。此外,基于20对高多态性核心InDel标记的扩增结果,结合花色、单果质量、果形和果肉颜色4种关键农艺性状,构建番木瓜种质的分子身份证。同时,选取能反映亲本间差异的两个InDel标记,鉴定24份番木瓜F_(1)(GT1-5ב黄金钟’)杂交后代的真实性,成功确认11个真实杂交种。 展开更多
关键词 番木瓜 INDEL标记 遗传多样性 F_(1)代真实性鉴定 分子身份证
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陕北细毛羊BMPR1B基因多态性与产羔数的关联分析
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作者 宋晓越 刘伟 +10 位作者 谢宇杰 姬凯 李慧敏 朱海鲸 郝嘉旭 杜晓敏 张鑫 张磊 王振有 冯继英 屈雷 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第9期144-148,共5页
绵羊产羔性状的遗传力较低,利用分子遗传标记,筛选绵羊产羔性状相关的基因突变,是提高繁殖性能的重要方法之一。陕北细毛羊是陕西省特色品种,毛细度优势突出,但产羔性能较低,严重制约了陕北细毛羊大规模发展。国内外研究表明,骨形态发... 绵羊产羔性状的遗传力较低,利用分子遗传标记,筛选绵羊产羔性状相关的基因突变,是提高繁殖性能的重要方法之一。陕北细毛羊是陕西省特色品种,毛细度优势突出,但产羔性能较低,严重制约了陕北细毛羊大规模发展。国内外研究表明,骨形态发生蛋白受体1B(Bone Morphogenetic Protein Receptor 1B,BMPR1B)基因能提升多个绵羊品种的产羔性能,本研究通过筛选BMPR1B基因在陕北细毛羊中的FecB突变和InDel突变,并分析其与产羔数之间的相关性,旨在探寻该基因对产羔性能的影响。结果显示,陕北细毛羊BMPR1B基因存在FecB突变和InDel突变,其中,InDel P3-23bp位点DD基因型个体的产羔率大于其他基因型个体。本研究首次研究了陕北细毛羊BMPR1B基因的多态性,为培育多羔型陕北细毛羊提供了参考。 展开更多
关键词 陕北细毛羊 BMPR1B基因 产羔数 FECB INDEL
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‘玉环柚’与‘早玉文旦’果实转录组测序SSR、SNP和Indel标记分析
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作者 王罗云 孙立方 +4 位作者 徐建国 聂振朋 黄秀 崔长江 柯甫志 《西北农业学报》 北大核心 2025年第4期667-675,共9页
为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育... 为分析‘玉环柚’和‘早玉文旦’转录组中SSR、SNP和Indel位点的分布特征和差异,以期开发出更多鉴定‘玉环柚’和‘早玉文旦’遗传差异的分子标记,丰富柚类植物的特异DNA分子标记库。本研究以‘玉环柚’和‘早玉文旦’为材料,在果实发育的6个不同时期进行取样,获取RNA,进一步测序建库,并利用MI-SA和Samtools软件对两个品种果实转录组数据进行SSR、SNP和Indel位点特征分析。结果表明,基于转录组数据共发现了12697个SSR位点分布于9401个基因序列,发生频率为29.61%;重复基元以单碱基重复数量最多,其次为三碱基重复,五碱基重复最少。出现频率最高的基元为A/T(6859个,占比54.02%)。共检测到742606个SNP位点和77132个Indel位点,两个品种果实在不同发育时期的SNP和Indel位点个数均有不同。分别对SNP和Indel位点出现频率最高的基因进行分析发现,均包含独属于‘玉环柚’或‘早玉文旦’的SNP和Indel位点,基因功能多与抗病性、细胞核结构或者细胞质组成相关。综上认为,柚类转录组中SSR、SNP和Indel位点丰富,‘玉环柚’和‘早玉文旦’的SNP和Indel位点存在差异。 展开更多
关键词 ‘玉环柚’ ‘早玉文旦’ 转录组 SSR SNP INDEL
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小分子药物对CRISPR/Cas12i介导的两种绵羊原代细胞基因敲入效率的影响
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作者 苏大崴 陈秋崇 +4 位作者 苗洱钰 张骐镜 陈哲 王小龙 徐坤 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第12期6104-6115,共12页
旨在以绵羊原代细胞为材料,验证CRISPR/Cas12i系统介导的以ssODN为供体进行HDR精准修复的基因编辑效率,以及5种小分子药物对Indels效率和敲入效率的影响。本研究以两种绵羊原代细胞为试验对象,验证CRISPR/Cas12i系统在25个靶基因位点的... 旨在以绵羊原代细胞为材料,验证CRISPR/Cas12i系统介导的以ssODN为供体进行HDR精准修复的基因编辑效率,以及5种小分子药物对Indels效率和敲入效率的影响。本研究以两种绵羊原代细胞为试验对象,验证CRISPR/Cas12i系统在25个靶基因位点的基因编辑效率;然后选取绵羊胎儿成纤维细胞的3个靶点(SOCS2-gRNA1、SOCS2-gRNA3和TBXT-gRNA5),绵羊后腿肌细胞的5个靶点(MSTN-gRNA2、MSTN-gRNA5、Myf6-gRNA4、Myf6-gRNA5和MyoG-gRNA4)检测5种小分子药物(SCR7、Nocodazole、RS-1、Vorinostat及Entinostat)对各靶点Indels效率的影响,最后在MSTN-gRNA2靶点检测5种小分子药物对CRISPR/Cas12i系统介导的以ssODN为供体进行HDR精准修复的基因敲入效率的影响。本研究验证了CRISPR/Cas12i系统在两种绵羊原代细胞的25个不同靶点均具有高基因编辑活性,添加小分子药物处理后,SCR7会降低绵羊原代细胞各靶点Indels效率,而RS-1、Entinostat和Vorinostat处理后对各位点Indels效率均有提升效果,Nocodazole对两种细胞作用效果不一致。在添加5种小分子药物处理后,MSTN-gRNA2位点敲入效率均有不同程度提高,其中2μmol·L-1Vorinostat和4μmol·L-1Entinostat处理组提升效果最高,敲入效率分别为7.67%和7.73%。该试验为CRISPR/Cas12i基因编辑系统的应用与推广提供了借鉴,为创制具有优良性状的基因编辑绵羊提供了新思路,为加速精准分子育种工作提供了技术支撑。 展开更多
关键词 CPRISPR/Cas12i 同源重组 绵羊 INDELS 基因敲入
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西葫芦种子无壳性状遗传分析及无壳基因Cphl初步定位
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作者 董晨晨 刘泽慧 +3 位作者 曹嫒婉 许小勇 雷逢进 刘庆华 《华北农学报》 北大核心 2025年第2期40-48,共9页
西葫芦的裸仁种子在籽用西葫芦的加工中具有很大的天然优势。为探究西葫芦种子无壳性状的遗传机制,以西葫芦高代自交系种子有壳17pu10(P_(1))和种子无壳17pu08(P_(2))为亲本,构建F1(P_(1)×P_(2))、F_(2)和BC_(1)群体,对后代群体的... 西葫芦的裸仁种子在籽用西葫芦的加工中具有很大的天然优势。为探究西葫芦种子无壳性状的遗传机制,以西葫芦高代自交系种子有壳17pu10(P_(1))和种子无壳17pu08(P_(2))为亲本,构建F1(P_(1)×P_(2))、F_(2)和BC_(1)群体,对后代群体的西葫芦种子性状进行鉴定。结果发现,后代群体的西葫芦有壳种子与无壳种子的数目比例符合3∶1分离比,表明西葫芦种子无壳性状受到单基因调控,且种子无壳基因表现为隐性。利用籽用西葫芦BC_(1)群体对无壳基因进行初步定位,结果表明,籽用西葫芦无壳基因定位于标记InDel3157329和InDel3724121之间,遗传距离分别为1.4,2.6 cM,该区间物理距离为0.6 Mb。对该区间内的24个基因进行注释和功能分析发现,有4个基因直接或间接参与细胞壁、纤维素和木质素的生物合成;进一步分析这4个基因表达量的差异,发现只有Cp4.1LG12g04350、Cp4.1LG12g04370在种子发育时期表达量存在显著差异。由此推测,Cp4.1LG12g04350或Cp4.1LG12g04370为控制无壳性状的候选基因。此外,还开发出与无壳基因连锁的InDel标记,可作为西葫芦无壳性状鉴定的标记,以加快优质西葫芦种子无壳品种的选育。 展开更多
关键词 西葫芦 无壳基因 遗传分析 基因定位 基因连锁 INDEL标记
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