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高活性脐带间充质干细胞对衰老树鼩胸腺结构和功能的影响
1
作者 叶倩倩 潘杭 +5 位作者 田川 朱向情 叶丽 赵晓娟 舒莉萍 潘兴华 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第7期1720-1729,共10页
背景:胸腺作为免疫系统核心器官,是T淋巴细胞分化、发育、成熟的场所。在青春期时,胸腺就开始发生萎缩退化,是人类最早出现衰老的器官。目前干预胸腺衰老的研究仍较少,高活性脐带间充质干细胞改善树鼩胸腺衰老研究国内尚未见报道。目的... 背景:胸腺作为免疫系统核心器官,是T淋巴细胞分化、发育、成熟的场所。在青春期时,胸腺就开始发生萎缩退化,是人类最早出现衰老的器官。目前干预胸腺衰老的研究仍较少,高活性脐带间充质干细胞改善树鼩胸腺衰老研究国内尚未见报道。目的:探讨高活性脐带间充质干细胞对衰老树鼩胸腺结构和功能的影响。方法:通过剖腹产获取新生树鼩脐带组织,使用组织贴壁法分离培养获得高活性脐带间充质干细胞,使用吉凯基因绿色荧光蛋白以感染复数值140共培养72 h为转染条件,转染第4代高活性脐带间充质干细胞。20只平均年龄在7周岁的雌性树鼩,随机分为老年模型组与老年治疗组,每组10只;10只年龄在3周岁的雌性树鼩设为青年对照组。老年治疗组通过尾静脉输注第4代高活性脐带间充质干细胞,剂量为1×10^(7)个/kg,1次/d,连续3次;青年对照组与老年模型组不做任何特殊处理。常规饲养4个月取胸腺组织,苏木精-伊红染色观察胸腺组织结构;Masson染色观察胸腺组织纤维化程度;免疫组织化学染色检测衰老标志分子p21、p53表达;免疫荧光染色检测增殖蛋白Ki67、增殖细胞核抗原表达;活性氧荧光染色检测胸腺组织的活性氧含量;免疫组织化学染色检测胸腺组织CD3^(+)总T淋巴细胞数量;酶联免疫吸附实验检测树鼩血清中胸腺素β4水平;DAPI复染胸腺组织细胞核观察高活性脐带间充质干细胞在胸腺组织的分布情况。结果与结论:①老年治疗组树鼩胸腺中观察到吉凯基因绿色荧光蛋白转染的高活性脐带间充质干细胞;②与老年模型组相比,老年治疗组树鼩胸腺紊乱结构得到明显改善,胸腺实质组织增加(P<0.05),脂肪减少,皮髓质界限清晰,胶原纤维占比降低,具有向年轻状态变化趋势;③与老年模型组相比,老年治疗组衰老标志分子p21、p53表达下调(P<0.01,P<0.05);④与老年模型组相比,老年治疗组增殖与凋亡分子Ki67表达呈增加趋势,但差异无显著性意义(P>0.05),增殖细胞核抗原表达增加(P<0.05),活性氧水平表达显著下降(P<0.01);⑤与老年模型组相比,老年治疗组CD3^(+)T淋巴细胞比例呈增加趋势,但差异无显著性意义(P>0.05);⑥与老年模型组相比,老年治疗组血清胸腺素β4水平增加(P<0.01);⑦研究结果表明,高活性脐带间充质干细胞能够改善衰老树鼩胸腺组织结构,降低衰老标志分子表达水平,提高胸腺细胞的增殖活性和胸腺功能。 展开更多
关键词 干细胞 脐带间充质干细胞 树鼩 胸腺 衰老 衰老标志分子 增殖基因 免疫
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1株山羊源D型多杀性巴氏杆菌的全基因组测序及生物学特性分析
2
作者 张振兴 陈珍 +5 位作者 陈巧玲 程逸文 陈思 满初日嘎 杜丽 王凤阳 《中国动物传染病学报》 北大核心 2025年第3期167-176,共10页
多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种常见致病菌,可以引起多种禽类、家畜、野生动物,甚至人类的感染。本实验室先前从患病海南黑山羊组织中分离出1株D型Pm。为进一步了解该菌株的基因组特征,明确其毒力相关基因和遗传进化... 多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm)是一种常见致病菌,可以引起多种禽类、家畜、野生动物,甚至人类的感染。本实验室先前从患病海南黑山羊组织中分离出1株D型Pm。为进一步了解该菌株的基因组特征,明确其毒力相关基因和遗传进化关系。为Pm感染疾病的预防和临床治疗提供参考。将该菌株命名为“Pm HN01”株,使用SMRT技术和Illumina测序技术相结合的方法进行全基因组测序。使用生物信息学、PCR鉴定和系统进化树等方法对Pm HN01株的基因组特征、毒力相关基因和遗传进化关系进行分析。将测序后的基因组信息提交至NCBI,获得登录号CP037861。Pm HN01株与其他巴氏杆菌具有相似的基因组谱,大小为2349898 bp,GC含量为40.25%,预测到2401个编码基因。在GO、KEGG和COG分析中分别有1651、2227和1912个基因注释。在PHI、VFDB和T3SS分析中,分别有121、43和84个基因注释。此外,选取23个毒力基因引物对其进行PCR鉴定,结果发现Pm HN01株含有exbB、exbD、tbpA、toxA、fimA等12个毒力基因,同北京和新疆等国内菌株的进化关系最近,同美国、瑞士、丹麦等国外菌株的进化关系最远。本研究首次获得了山羊源D型Pm HN01株的完整基因组信息,为Pm的基因组数据库增添了材料,丰富了Pm的宿主类型。进一步完善了Pm HN01株的毒力基因和系统进化信息,为后续Pm的流行区域和致病性研究提供了理论参考。 展开更多
关键词 D型多杀性巴氏杆菌 基因组测序 毒力相关基因 系统进化树分析
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腹腔多发性细粒棘球蚴病1例及其病原分子生物学鉴定
3
作者 陈亿雄 王梓琪 +5 位作者 刘金凤 王超 张晟 任萌 陈清凉 高世同 《中国热带医学》 北大核心 2025年第2期217-221,共5页
目的 了解广东省深圳市1例腹腔多发性细粒棘球蚴病病例的临床特点,并进行病原分子生物学鉴定,为棘球蚴病防治提供依据。方法 收集2024年1月深圳市1例棘球蚴病病例的临床和流行病学资料;对病例手术摘除的包囊组织进行病理切片,染色后镜检... 目的 了解广东省深圳市1例腹腔多发性细粒棘球蚴病病例的临床特点,并进行病原分子生物学鉴定,为棘球蚴病防治提供依据。方法 收集2024年1月深圳市1例棘球蚴病病例的临床和流行病学资料;对病例手术摘除的包囊组织进行病理切片,染色后镜检;提取囊组织样品核酸,采用聚合酶链反应(PCR)扩增线粒体NADH脱氢酶亚基1基因(NADH dehydrogenase subunit 1, ND1)、线粒体细胞色素C氧化酶1基因(mitochondria cytochrome C oxidase subunit 1, Cox1)基因序列并进行测序,使用Mega X、BLAST等软件进行序列比对及系统进化树分析。结果 患者男,29岁,西藏自治区那曲市居民,有家犬接触史及“肝棘球蚴病”病史。影像学提示腹腔多发性占位,考虑棘球蚴病复发;手术摘除腹腔不同部位囊性病变组织12块,囊组织病理切片可见棘球蚴的角质层、生发层和原头蚴。细粒棘球蚴特异性基因ND1和Cox1 PCR扩增阳性,扩增片段大小分别约为510 bp与285 bp。序列比对及系统进化树分析结果显示本研究序列与GenBank数据库中细粒棘球蚴G1型ND1基因(青海JX217890.1株),Cox1基因(西藏MH050610.1株)的同源性为99%,在系统进化树中与西藏、青海及新疆等地区细粒棘球蚴流行株亲缘关系接近,处于同一进化分支(G1型)。结论 患者为1例腹腔多发性细粒棘球蚴病输入病例,基因分型为G1型,感染来源于西藏可能性大。非流行区应提升对本病的监测和管理水平,加强对流行区输入的牲畜、农副产品的检验检疫,防止棘球蚴病疫情扩散。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴病 基因型 系统进化树分析 Cox1基因 ND1基因
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2024年中国林木遗传育种研究进展
4
作者 王军辉 丁昌俊 +8 位作者 李伟 罗克明 王君 张伟溪 钮世辉 张苗苗 赵曦阳 薛良交 殷恒福 《林业科学》 北大核心 2025年第7期35-51,共17页
2024年,面向国家“双碳”战略与森林质量提升需求,我国林木遗传育种取得系列标志性进展,推动育种体系向精准化、智能化加速转型。在基因组学方面,完成杨树、二球悬铃木、橡胶树等11种代表性树种的高质量单倍型或端粒到端粒的基因组组装... 2024年,面向国家“双碳”战略与森林质量提升需求,我国林木遗传育种取得系列标志性进展,推动育种体系向精准化、智能化加速转型。在基因组学方面,完成杨树、二球悬铃木、橡胶树等11种代表性树种的高质量单倍型或端粒到端粒的基因组组装,构建了涵盖多个代表性类群的超泛基因组,推进比较、群体与泛基因组研究,解析物种地理分化机制与染色体演化路径,实现了种质资源与性状基因的深度整合。围绕木材形成、抗逆响应与产量积累等关键性状,借助多组学联合解析,构建了调控细胞增殖分化、激素信号、环境适应等过程的分子网络。基因编辑技术实现无外源遗传物质的精准改造,建立了适用于多种树种的高效编辑体系,加速了功能基因验证与优异突变体的创制。全基因组选择结合全基因组关联分析先验信息,实现林木复杂性状预测准确率的显著提升,增强了选育效率。在育种技术方面,远缘杂交与染色体加倍相结合的多倍体育种,打破生殖障碍,拓展了速生、抗逆种质的创新路径。全年审定23个突破性良种,覆盖经济林树种与用材树种等主要类型,适宜区域覆盖全国50%以上可造林地。我国林木遗传育种正逐步构建以‘组学资源积累—功能基因挖掘—精准预测模型—分子设计育种—优异种质创制’为主线的育种技术路径体系,并同步推进多树种、多组学、多尺度集成的数据平台与共享系统建设,持续增强支撑复杂性状解析与高效育种的基础能力,为森林碳汇提升、林地提质和国家生态安全提供了坚实科技支撑。 展开更多
关键词 林木遗传育种 基因组学 性状调控 基因编辑 全基因组选择 品种选育
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2019—2022年福建省登革热流行病学及本地流行病毒株分子特征分析
5
作者 俞婷婷 阚乃鹏 +1 位作者 林琦 王金章 《中国人兽共患病学报》 北大核心 2025年第4期427-433,共7页
目的了解2019—2022年福建省登革热(DF)流行病学特征及本地流行登革病毒(DENV)的病原学特征,为DF的科学防控提供依据。方法对2019—2022年福建省DF输入病例和本地病例的流行病学特征进行统计分析;对各地区本地流行及部分输入的DENV毒株... 目的了解2019—2022年福建省登革热(DF)流行病学特征及本地流行登革病毒(DENV)的病原学特征,为DF的科学防控提供依据。方法对2019—2022年福建省DF输入病例和本地病例的流行病学特征进行统计分析;对各地区本地流行及部分输入的DENV毒株进行E基因扩增及测序,应用MEGA 6.0软件进行同源性和系统进化分析。结果2019—2022年福建省共报告DF病例1661例,其中输入病例699例,本地病例962例;输入病例主要集中在6—10月,本地病例发病高峰在8—10月;全省10个地市均有输入病例,除龙岩市外各地均有本地病例报告,输入病例中男女性别比(4.07∶1)高于本地病例(0.95∶1),输入病例年龄中位数(43岁)小于本地病例年龄中位数(46岁);输入病例主要来自柬埔寨(474例,67.81%)。本地流行毒株主要为DENV1和DENV4,DENV1 E基因进化树显示各地DENV1型本地流行株均为基因Ⅰ型,可能来源于柬埔寨等东南亚国家或境内其他省份;莆田首次出现DENV4型本地流行,DENV4 E基因进化树显示2株莆田DENV4型本地流行株为基因Ⅱ型,可能来源于新加坡。结论福建省面临DF输入引发本地暴发流行的风险较高,且本地流行区域呈一定程度扩散趋势。需要加强多部门合作,进一步完善监测系统,以及时发现病例并溯源,为DF的科学防控提供依据。 展开更多
关键词 登革热 登革病毒 流行病学特征 E基因 基因进化树
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甘肃临洮地区绵羊捻转血矛线虫病流行情况及系统发育分析 被引量：1
6
作者 李永光 盖文燕 +3 位作者 郑小红 吴耀辉 雒和静 王筠茹 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第3期106-112,共7页
本研究旨在探究甘肃临洮地区绵羊捻转血矛线虫病的流行及其遗传变异情况。通过饱和食盐水漂浮法,收集临洮县18个乡镇的绵羊粪便样品虫卵416份;利用PCR方法扩增捻转血矛线虫ITS-2基因并进行测序分析。通过生物信息学软件DNAStar7.1分析IT... 本研究旨在探究甘肃临洮地区绵羊捻转血矛线虫病的流行及其遗传变异情况。通过饱和食盐水漂浮法,收集临洮县18个乡镇的绵羊粪便样品虫卵416份;利用PCR方法扩增捻转血矛线虫ITS-2基因并进行测序分析。通过生物信息学软件DNAStar7.1分析ITS-2序列的碱基含量。同时,选择21条GenBank数据库公开的不同国家和地区的捻转血矛线虫ITS-2序列,利用MEGA-X软件构建ITS-2系统进化树,分析临洮县绵羊捻转血矛线虫的遗传变异情况。结果表明,416份样品中126份为捻转血矛线虫阳性,阳性率为30.29%;夏秋季节和冬春季节的感染率分别为36.05%和25.24%,差异极显著(P<0.01);幼龄羊(0~8月龄)和成年羊(9月龄以上)的感染率分别为31.95%和29.63%,差异显著(P<0.05)。序列分析结果显示,本研究获得的126条绵羊捻转血矛线虫的ITS-2序列长度均为232 bp,其一致性为100%,将其命名为Dingxi株。与不同国家和地区的捻转血矛线虫ITS-2序列的一致性为95.0%~100%。系统进化树结果显示,Dingxi株的ITS-2序列与来自印度(GenBank No.OM334845.1)、中国广东(GenBank No.KM586652.1)和爱尔兰(GenBank No.JF680983.1)的序列聚在一个分支上,其亲缘关系较近。 展开更多
关键词 绵羊 捻转血矛线虫 ITS-2基因 系统进化分析
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瓯柑花芽露白期回缩花枝对果实发育和树势的影响
7
作者 黄贝 石国基 +3 位作者 刘烽 金龙飞 温明霞 王鹏 《中国南方果树》 北大核心 2025年第5期55-58,共4页
为了给瓯柑省力化疏花措施的开展提供理论支撑和技术指导,2023年在浙江省温州市三垟湿地6年以上的瓯柑果园,研究了春季花芽露白期回缩花枝对果实膨大和挂果率以及树势的影响,并采用qPCR法检测了膨大中期果实果肉中生长激素和赤霉素相关... 为了给瓯柑省力化疏花措施的开展提供理论支撑和技术指导,2023年在浙江省温州市三垟湿地6年以上的瓯柑果园,研究了春季花芽露白期回缩花枝对果实膨大和挂果率以及树势的影响,并采用qPCR法检测了膨大中期果实果肉中生长激素和赤霉素相关基因的相对表达量。结果表明,与常规疏果相比,花芽露白期回缩花枝有利于春梢发育,增强树势;提高挂果率和促进果实膨大;促进果实转色,提高果实固酸比;果实膨大中期生长激素和赤霉素合成相关基因表达变化不明显。瓯柑花芽露白期回缩花枝技术简单,可有效促进果实发育,提高大型果比例,有较大的推广价值。 展开更多
关键词 瓯柑 花芽露白期 回缩花枝 果实发育 树势 基因表达
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DAM-like基因在蔷薇科落叶果树芽休眠调控中的研究进展 被引量：1
8
作者 赵亚林 王力荣 《果树学报》 北大核心 2025年第4期890-899,共10页
休眠是植物在长期演化过程中获得的一种适应季节性变化的生物学特性。研究休眠机制对确保果树安全越冬和探索设施果树栽培新模式具有重要意义。在全球气候急剧变化的大背景下,对多年生落叶果树芽休眠进行研究,有利于进一步加深对休眠过... 休眠是植物在长期演化过程中获得的一种适应季节性变化的生物学特性。研究休眠机制对确保果树安全越冬和探索设施果树栽培新模式具有重要意义。在全球气候急剧变化的大背景下,对多年生落叶果树芽休眠进行研究,有利于进一步加深对休眠过程调控机制的理解。对当前在调控芽休眠进程中起关键作用的DAM-like基因鉴定及其功能、DAM基因与激素的关系、表观遗传调控对DAM-like基因的影响进行梳理和综述,以期为解析果树芽休眠调控机制及休眠相关分子育种奠定基础。 展开更多
关键词 落叶果树 芽休眠 DAM-like基因 植物激素 表观遗传
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谷子LEA基因家族全基因组鉴定及表达分析
9
作者 宋梦瑶 李娜 +4 位作者 秦家范 郭冰 李春霞 李君霞 马小倩 《山西农业科学》 2025年第3期16-26,共11页
为探究谷子LEA基因家族的特征和功能,基于已发表的拟南芥LEA蛋白序列,通过生物信息学方法对谷子LEA家族成员进行全基因组鉴定,分析SiLEAs编码蛋白的理化性质、保守基序、系统发育树、顺式调控元件、共线性和组织表达模式等。结果表明,谷... 为探究谷子LEA基因家族的特征和功能,基于已发表的拟南芥LEA蛋白序列,通过生物信息学方法对谷子LEA家族成员进行全基因组鉴定,分析SiLEAs编码蛋白的理化性质、保守基序、系统发育树、顺式调控元件、共线性和组织表达模式等。结果表明,谷子LEA家族成员中共鉴定出33个SiLEAs成员,SiLEAs不均匀地分布在9条染色体上;亚细胞预测结果发现,SiLEAs在细胞核、细胞质、叶绿体和线粒体中均有存在。通过系统发育树分析发现,不同亚家族均分为3组,同一亚家族的SiLEAs成员大多表现出相似的基因结构和保守基序成分特征;顺式调控元件分析表明,在SiLEAs的启动子区存在许多与植物激素和逆境胁迫相关的反应元件;物种间共线性分析发现,谷子与单子叶植物共线基因对远大于双子叶植物的共线基因对;通过对SiLEAs基因表达模式分析发现,SiLEA3-6、SiLEA3-7、SiDHN-4、SiDHN-1和SiLEA3-8在根、茎、叶、开花前和开花后7 d中高表达,并且这5个基因也均含有与生长发育相关的元件,暗示SiLEA3-6、SiLEA3-7、SiDHN-4、SiDHN-1和SiLEA3-8可能是谷子LEAs基因家族响应生长发育的关键基因。 展开更多
关键词 谷子 LEA基因家族 生物信息学 系统发育树 顺式调控元件 共线性
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外源植物激素对橡胶树超氧化物歧化酶活性及基因表达的影响
10
作者 余文才 孔广红 +1 位作者 亚华金 和丽岗 《热带农业科技》 2025年第3期62-68,共7页
为探究外源植物激素对橡胶树超氧化物歧化酶(SOD)活性及其基因表达的影响,以橡胶树优良品种GT1芽接无性系幼苗为试验材料,分析外源脱落酸(ABA)和茉莉酸甲酯(MeJA)处理下SOD活性的变化规律及其基因的表达模式。结果表明:在外源ABA处理下,... 为探究外源植物激素对橡胶树超氧化物歧化酶(SOD)活性及其基因表达的影响,以橡胶树优良品种GT1芽接无性系幼苗为试验材料,分析外源脱落酸(ABA)和茉莉酸甲酯(MeJA)处理下SOD活性的变化规律及其基因的表达模式。结果表明:在外源ABA处理下,SOD活性呈“下降—上升—下降”的变化趋势,大多数HbSOD基因家族成员显著上调表达,少数成员显著下调表达;在外源MeJA处理下,SOD活性在处理前期(0~3 h)无显著变化,后期(6~48 h)显著下降,大多数HbSOD基因家族成员显著下调表达或无显著变化,只有少数成员(HbCSD5和HbMSD2)显著上调表达。相关性分析显示,在外源激素ABA和MeJA处理下,SOD酶活性与HbFSD1基因表达量均呈显著正相关。推测ABA和MeJA可能通过调控HbSODs基因表达的信号调控网络进而调节SOD酶活性。 展开更多
关键词 橡胶树 超氧化物歧化酶 基因表达 脱落酸 茉莉酸甲酯
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红带稻沫蝉线粒体基因组特征及系统发育分析
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作者 胡凯 刘童童 +2 位作者 张念念 苏云宁 杨再华 《中国森林病虫》 北大核心 2025年第6期20-29,共10页
为探索红带稻沫蝉Callitettix coomani线粒体基因组特征和沫蝉科Cercopidae内部系统发育关系,利用第二代高通量测序技术完成红带稻沫蝉线粒体全基因组测序,经组装和注释后,采用最大似然法和贝叶斯法重建沫蝉科内部的系统发育关系。结果... 为探索红带稻沫蝉Callitettix coomani线粒体基因组特征和沫蝉科Cercopidae内部系统发育关系,利用第二代高通量测序技术完成红带稻沫蝉线粒体全基因组测序,经组装和注释后,采用最大似然法和贝叶斯法重建沫蝉科内部的系统发育关系。结果表明:红带稻沫蝉线粒体基因组全长15 295 bp,包含37个典型的昆虫线粒体基因和1个较大的非编码控制区,有明显的AT偏好性,AT含量为76.8%;所有22个转运RNA基因(tRNAs)均能被折叠成典型的三叶草结构;在沫蝉科昆虫线粒体基因组的13个蛋白编码基因(PCGs)中,atp8的核苷酸多样性最高,cox1的核苷酸多样性最低;系统发育树强烈支持沫蝉科和疣胸沫蝉属Phymatostetha为单系群,疣胸沫蝉属与Paphnutius属姊妹群关系也被恢复并获得强烈支持。研究结果可丰富沫蝉科害虫物种识别的分子数据库,也为更好理解沫蝉科内部系统发育关系提供依据。 展开更多
关键词 红带稻沫蝉 沫蝉总科 线粒体基因组 蛋白质编码基因 系统发育树
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16S rRNA结合tuf和rapC基因测序及进化树构建对一株食源性致病菌的鉴定及生理生化特性分析
12
作者 郭艳荣 李丽 陈磊 《现代生物医学进展》 2025年第20期3211-3219,共9页
目的:本研究利用16S小亚基单位核糖体核糖核酸(16S ribosomal ribonucleic acid, 16S rRNA)结合TU翻译延长因子(TU translation elongation factor, tuf)和别藻蓝蛋白(recombinantal1 ophycocyanin, rapC)基因测序及进化树构建对一株食... 目的:本研究利用16S小亚基单位核糖体核糖核酸(16S ribosomal ribonucleic acid, 16S rRNA)结合TU翻译延长因子(TU translation elongation factor, tuf)和别藻蓝蛋白(recombinantal1 ophycocyanin, rapC)基因测序及进化树构建对一株食源性致病菌的鉴定,并分析其生理生化特性。方法:采样自上海交通大学医学院附属瑞金医院收治的1例呕吐与腹泻成人患者的肛拭子样本,分离并培养单菌落作为供试菌株,观察其形态学变化并分析其生理生化特性。采用16S rRNA、tuf及rapC基因测序,并构建进化树。使用MADLI-TOF-MS质谱仪对菌株进行鉴定。结果:从症状为呕吐与腹泻的成人肛拭中分离出一株革兰阳性杆菌。形态学观察结果显示,革兰阳性杆菌在血平板上有氧环境下生长较好,厌氧环境下缓慢生长。生理生化特性分析结果显示,菌株SH1为一株兼性厌氧,在需氧条件生长更好地产生芽孢杆菌,其耐盐耐热,能够氧化发酵多种糖类产酸,具有利用柠檬酸盐等特性。构建SH1 16S序列与相关近缘菌株的系统发育进化树结果显示,该进化树可判定SH1归属于芽孢杆菌属,但无法确定其具体所属种。构建SH1 tuf序列与相关近缘菌株的系统发育进化树结果显示,确定其与Bacillus halotolerans strain F41-3亲缘关系最近,其次是Bacillus halotolerans strain KKD1和Bacillus halotolerans strain XH-1。构建SH1 rapC序列与相关近缘菌株的系统发育进化树结果显示,确定其与Bacillus halotolerans strain KKD1亲缘关系最近,其次是Bacillus halotolerans strain XH-1。质谱鉴定结果显示,鉴定的菌种为:Bacillus subtilis、解淀粉芽孢杆菌或死亡谷芽孢杆菌。结论:本研究采用16S rRNA基因结合tuf和rapC基因序列并构建进化树快速鉴定一株致病菌为Bacillus halotolerans,为后续其毒性及致病性研究打下基础。 展开更多
关键词 芽孢杆菌 16S小亚基单位核糖体核糖核酸 进化树 基因测序 菌株鉴定 生理生化特性
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芍药三种蔗糖代谢关键基因家族鉴定及生物信息学分析
13
作者 沈琦 张春楠 +2 位作者 丁美云 白雪 王洪刚 《北方园艺》 北大核心 2025年第19期8-14,共7页
以芍药为试材,基于其转录组测序数据,采用生物信息学手段筛选和鉴定3种蔗糖代谢关键基因家族,对其基因家族成员的数量、进化关系、基因结构、跨膜结构和表达模式进行分析,以期为深入研究芍药SPS、SUS和INV基因功能奠定基础,也为芍药药... 以芍药为试材,基于其转录组测序数据,采用生物信息学手段筛选和鉴定3种蔗糖代谢关键基因家族,对其基因家族成员的数量、进化关系、基因结构、跨膜结构和表达模式进行分析,以期为深入研究芍药SPS、SUS和INV基因功能奠定基础,也为芍药药用品质形成机制研究提供参考依据。结果表明:芍药3类蔗糖代谢关键酶基因家族共有15个成员,SUS包含4个成员,SPS包括2个成员,INV包括9个成员,其编码蛋白均为亲水性蛋白,具有典型的保守结构域,家族成员间特征Motif数量和种类大致相同,蛋白结构高度保守。基因表达分析显示,PlSPS2和PlCINV1在芍药根部表达上调,可能与芍药根部多糖的合成密切相关。 展开更多
关键词 芍药 糖代谢 进化树 基因家族鉴定
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茶树ARR-B基因家族的鉴定和表达模式分析
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作者 章文益 张宝会 +1 位作者 姚新转 吕立堂 《分子植物育种》 北大核心 2025年第17期5687-5698,共12页
ARR-B基因作为细胞分裂素信号转导的正向调节因子,在植物发育及抗逆过程中发挥着重要作用。本研究基于茶树基因组数据库,利用生物信息学软件成功鉴定出37个茶树ARR-B基因,并对其基因结构、进化关系、保守结构域、染色体定位、启动子顺... ARR-B基因作为细胞分裂素信号转导的正向调节因子,在植物发育及抗逆过程中发挥着重要作用。本研究基于茶树基因组数据库,利用生物信息学软件成功鉴定出37个茶树ARR-B基因,并对其基因结构、进化关系、保守结构域、染色体定位、启动子顺式作用元件以及八大组织和四种胁迫中的转录组数据等进行分析,并基于以上数据对福鼎大白茶树进行盐胁迫处理后利用荧光定量PCR技术验证表达水平。结果表明:茶树ARR-B基因家族有37个成员且在不同染色体上分布不均;根据系统进化树将茶树ARR-B基因分为6类且与拟南芥和猕猴桃ARR-B基因同源性很高;茶树ARR-B基因相同亚家族的基因结构和保守结构域基本一致;茶树ARR-B基因在茎和根组织中具有较高的表达及在干旱、低温、盐和茉莉酸甲酯胁迫处理下存在差异表达;实时荧光定量PCR结果可知经盐胁迫处理后,8个茶树ARR-B基因表达水平与转录组数据存在差异。本研究初步分析了茶树ARR-B基因家族的功能和抗逆作用,为进一步研究茶树的生长发育提供参考和依据。 展开更多
关键词 茶树 ARR-B基因家族 生物信息学分析 基因组鉴定
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茶树GASA基因家族的生物信息学分析
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作者 王艳 叶凡 +4 位作者 王坤 聂嘉玲 吴媛媛 刘国峰 刘慧娟 《信阳师范大学学报(自然科学版)》 2025年第1期24-33,共10页
GASA(Gibberellic acid-stimulated in arabidopsis)是植物特有的转录因子家族,与植物的生长、发育、抗逆密切相关。采用生物信息学方法,基于茶树的全基因组序列,共鉴定到了29个GASA基因,根据染色体排列,编号为CsGASA 1—CsGASA 29。系... GASA(Gibberellic acid-stimulated in arabidopsis)是植物特有的转录因子家族,与植物的生长、发育、抗逆密切相关。采用生物信息学方法,基于茶树的全基因组序列,共鉴定到了29个GASA基因,根据染色体排列,编号为CsGASA 1—CsGASA 29。系统发育分析、保守基序分析、共线性分析、启动子元件分析及表达分析显示:CsGASA分为3个亚家族,编码64~218个氨基酸;共鉴定到6个保守基序;有4个CsGASA来源于片段重复事件,5个CsGASA来源于串联重复事件;有53%的启动子元件与环境响应有关;有部分CsGASA基因受到干旱、低温和盐胁迫调控;CsGASA 3基因只在根处具有较高的表达量。 展开更多
关键词 茶树 GASA基因 进化分析 生物信息学分析
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基于叶色表型和花青苷积累特征的牡丹红色叶性状解析 被引量：1
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作者 魏晨曦 董山榕 +1 位作者 王小满 罗建让 《中国农业科学》 北大核心 2025年第23期5046-5056,共11页
【目的】牡丹不仅具有良好的观花价值,其新生叶片常常呈现紫红色,是园林中的春色叶植物之一。解析牡丹红色叶性状形成的生理机制和关键基因,可为牡丹观叶品种的选育提供理论依据。【方法】采集长红叶期的卵叶牡丹(Paeonia qiui)和短红... 【目的】牡丹不仅具有良好的观花价值,其新生叶片常常呈现紫红色,是园林中的春色叶植物之一。解析牡丹红色叶性状形成的生理机制和关键基因,可为牡丹观叶品种的选育提供理论依据。【方法】采集长红叶期的卵叶牡丹(Paeonia qiui)和短红叶期的‘洛阳红’(P. Luoyang Hong)叶片6个发育时期样品,通过色差仪测定叶色参数,使用酶标法测定花青苷和叶绿素含量,并采用高效液相色谱(HPLC)分析花青苷组分,最后通过qPCR检测花青苷合成相关基因的表达。【结果】表型观察与色差分析表明,卵叶牡丹叶片红度较高,红叶持续期长,可维持到开花前;而‘洛阳红’虽早期新叶呈现红色,但展叶后很快转绿。HPLC分析表明,2种牡丹的叶片均以芍药素-3,5-二葡萄糖苷(Pn3G5G)为主要花青苷成分,卵叶牡丹的总花青苷含量显著高于‘洛阳红’,尤其在S4时期差异明显。qPCR结果显示,卵叶牡丹叶片中花青苷合成相关结构基因CHS、DFR和ANS的表达水平与花青苷含量变化趋势一致,相关性分析表明,DFR表达水平与花青苷含量呈极显著正相关,ANS表达水平与花青苷含量呈显著正相关;二者作为关键结构基因影响花青苷的合成。‘洛阳红’叶片中CHS、F3H、DFR和ANS的表达水平与花青苷含量趋势基本一致,相关性分析显示,DFR与ANS表达水平均与花青苷含量呈显著正相关。【结论】卵叶牡丹和‘洛阳红’叶片呈现红色的主要色素均为芍药素-3,5-二葡萄糖苷,DFR和ANS是牡丹叶片花青苷生物合成途径中的关键结构基因,其表达水平与花青苷积累密切相关,进而影响牡丹红色叶片的形成。 展开更多
关键词 牡丹 卵叶牡丹 叶色 花青苷 结构基因
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木里柠檬叶绿体基因组特征与系统进化研究
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作者 王小柯 杨雯 +3 位作者 周嘉 罗怿 杜致辉 李文云 《贵州农业科学》 2025年第10期72-82,共11页
【目的】探明木里柠檬[Citrus liilion(L.)Burm.f.]叶绿体基因组特征及遗传差异,为进一步研究柑橘种质资源的遗传进化理论和开发利用提供参考。【方法】通过高通量测序技术获取木里柠檬叶绿体基因组完整序列,并进行结构注释,同时开展重... 【目的】探明木里柠檬[Citrus liilion(L.)Burm.f.]叶绿体基因组特征及遗传差异,为进一步研究柑橘种质资源的遗传进化理论和开发利用提供参考。【方法】通过高通量测序技术获取木里柠檬叶绿体基因组完整序列,并进行结构注释,同时开展重复序列分析、变异检测及系统进化分析。【结果】木里柠檬叶绿体基因组全长160122 bp,GC含量为38.48%,SSC区(小单拷贝区)、LSC区(大单拷贝区)和IRs区(反向重复区)长度分别为18393 bp、87733 bp和26998 bp,共注释到133个功能基因,含88个蛋白质编码基因、8个核糖体RNA基因和37个tRNA基因。密码子偏好性分析显示,木里柠檬叶绿体基因密码子第3位碱基偏好A和U。SSR分析共检测到493个SSR位点,大部分碱基组成偏向A/T和AA/TT。检测到963个SNP位点,其中,发生碱基转换(A↔G、T↔C)的概率为66.56%,发生碱基颠换(A↔C、A↔T、T↔G、C↔G)的概率为33.44%。全长序列核苷酸变异分析显示,与甜橙(Citrus sinensis)、柚(Citrus maxima)、柠檬(Citrus limon)、酸橙(Citrus aurantium)相比,木里柠檬叶绿体基因序列相似度较高,共检测到15个高突变区域,大部分位于基因间隔区,SC区变异程度高于IR区。聚类结果表明,木里柠檬与甜橙、柚、柠檬、酸橙遗传距离较近。【结论】研究获得木里柠檬叶绿体基因组完整序列,筛选出493个SSR位点和963个SNP标记位点,可用于后续分子标记的开发应用。木里柠檬与甜橙、柚、柠檬、酸橙有一定亲缘关系。 展开更多
关键词 木里柠檬 叶绿体基因组 基因注释 偏好性 亲缘关系 碱基 密码子 系统进化树
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‘凤丹’牡丹PoSnRK基因家族鉴定及其在花衰老中的表达分析
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作者 王心茹 白帅帅 +6 位作者 孙雨乐 武欣宇 曾凤 刘春英 张玉喜 盖树鹏 袁延超 《园艺学报》 北大核心 2025年第9期2363-2376,共14页
为了解牡丹(Paeonia suffruticosa)中蔗糖非发酵(SNF)1–相关蛋白激酶(sucrose non-fermenting-1-related protein kinase,SnRK)基因家族成员及其特征,利用生物信息的方法对该家族成员进行了鉴定,共鉴定出22个PoSnRK基因,包括3个SnRK1、... 为了解牡丹(Paeonia suffruticosa)中蔗糖非发酵(SNF)1–相关蛋白激酶(sucrose non-fermenting-1-related protein kinase,SnRK)基因家族成员及其特征,利用生物信息的方法对该家族成员进行了鉴定,共鉴定出22个PoSnRK基因,包括3个SnRK1、6个SnRK2和13个SnRK3(CIPK)基因;保守结构域分析显示,所有PoSnRK1蛋白具有Pkinase、UBA和KA1结构域,PoSnRK2具有Pkinase结构域,PoCIPK具有Pkinase和NAF结构域;保守基序分析显示,Motif 15、Motif 17和Motif 18是SnRK1亚家族的特征基序,Motif 16和Motif 19是SnRK2的特征基序,Motif 7、Motif 10和Motif 14是CIPK的特征基序;共线性分析表明,PoSnRK基因间仅有1对共线性基因对Po04_CIPK10和Po01_CIPK14;顺势作用元件分析发现大部分PoSnRK启动子区域具有响应激素以及转录因子结合的顺式作用元件;转录表达谱及qRT-PCR结果显示,Po02_SnRK2.8、Po01_SnRK1.1、Po01_CIPK6和Po04_CIPK10的表达与牡丹花衰老过程相符,推测这四个基因在牡丹花衰老过程中发挥作用。 展开更多
关键词 牡丹 蔗糖非发酵(SNF)1–相关蛋白激酶 基因家族 花 衰老
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树鼩骨骼肌卫星细胞系的建立及生物学特性研究
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作者 罗丽莹 柯盛辉 +2 位作者 覃万钊 班晓羽 何光耀 《医学理论与实践》 2025年第20期3421-3426,3437,共7页
目的:通过慢病毒转染猿猴病毒40的大T抗原(SV40-LT)基因建立稳定表达SV40-LT的树鼩原代骨骼肌卫星细胞(SMSCs)模型,为永生化细胞建系研究奠定基础。方法:实验利用慢病毒转染SV40-LT基因成功建立永生化SMSCs模型,通过多项实验对细胞进行... 目的:通过慢病毒转染猿猴病毒40的大T抗原(SV40-LT)基因建立稳定表达SV40-LT的树鼩原代骨骼肌卫星细胞(SMSCs)模型,为永生化细胞建系研究奠定基础。方法:实验利用慢病毒转染SV40-LT基因成功建立永生化SMSCs模型,通过多项实验对细胞进行鉴定并验证其生物功能特性。转染后的细胞在形态上与原代细胞基本一致,且具有较高的SMSCs细胞纯度和稳定SV40-LT蛋白表达。结果:永生化SMSCs具有更快的增殖能力和细胞活力,且无明显的细胞衰老表现。血清依赖性分析、软琼脂分析结果及染色体核型分析均表明永生化SMSCs未发生恶性转化。然而,在诱导分化模型中,转染后的SMSCs未能形成明显的肌管结构,与原代细胞有所不同。结论:本研究成功构建了慢病毒转染SV40-LT基因,成功建立稳定表达SV40-LT的树鼩原代SMSCs模型,不仅探究了建立成熟永生化实验体系的过程,而且提高了树鼩原代SMSCs的增殖能力和细胞活力,为永生化细胞建系研究提供了技术依据。 展开更多
关键词 树鼩 骨骼肌卫星细胞 SV40-LT基因
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江南牡丹‘羽红’响应高温胁迫转录因子鉴定与分析
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作者 韩香 戴思婕 马进 《植物生理学报》 北大核心 2025年第11期1559-1567,共9页
牡丹(Paeonia suffruticosa)通常喜温凉气候,耐热品种缺乏是影响其在江南地区园林应用的主要限制因子。挖掘牡丹耐热基因,对选育耐热品种、扩大牡丹栽培范围具有重要意义。植物转录因子在响应高温胁迫过程中扮演着关键角色。以江南牡丹... 牡丹(Paeonia suffruticosa)通常喜温凉气候,耐热品种缺乏是影响其在江南地区园林应用的主要限制因子。挖掘牡丹耐热基因,对选育耐热品种、扩大牡丹栽培范围具有重要意义。植物转录因子在响应高温胁迫过程中扮演着关键角色。以江南牡丹品种‘羽红’为材料,对高温(40°C)和对照(25°C)处理后的叶片进行RNA-seq测序,并对响应高温胁迫后差异表达转录因子基因进行鉴定和分析,同时利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达转录因子。高温胁迫后隶属于41个转录因子家族的216个成员显著差异表达,其中上调84个、下调132个。在显著差异表达转录因子基因中,log2FC>4者有37个,log2FC<-4者有43个。AP2-EREBP、bHLH、C2H2、MYB、FAR1、HD-ZIP、HSF、NAC和WRKY等转录因子家族均有大量转录因子能被高温胁迫诱导,FAR1、bZIP、GRFs和G2-like等转录因子家族成员全部上调,而TCP、SRS、C2C2-Dof、C3H、GRAS、NY-YB和MADS-box等家族成员全部下调。挖掘出PsHsfA-2C、PsbZIP18、PsNAC35、PsDREB2A、PsWRKY24、PsbHLH87、PsARF6和PsHDZ2等牡丹响应高温胁迫重要转录因子候选基因。qRT-PCR验证结果表明,6个差异表达转录因子基因的变化趋势与测序结果一致,证明了测序结果的有效性。本研究表明牡丹响应高温胁迫是大量转录因子参与调控的复杂过程,研究结果不但加深了对牡丹响应高温胁迫转录调控机制的认识,而且为今后开展牡丹耐热分子调控机制研究提供了大量候选基因信息。 展开更多
关键词 江南牡丹 高温胁迫 转录因子 鉴定 候选基因
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