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新疆野苹果WRKY基因家族鉴定及低温沙藏过程中的表达模式分析
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作者 李静 房震 +1 位作者 李美芸 叶春秀 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期9-23,共15页
【目的】对新疆野苹果[Malus sieversii(Ledeb.)Roem.]的WRKY转录因子(transcription factor,TF)家族在全基因组进行鉴定,筛选其种子在低温沙藏层积过程中差异表达的转录因子,为新疆野苹果WRKY基因的功能研究提供理论基础。【方法】使用... 【目的】对新疆野苹果[Malus sieversii(Ledeb.)Roem.]的WRKY转录因子(transcription factor,TF)家族在全基因组进行鉴定,筛选其种子在低温沙藏层积过程中差异表达的转录因子,为新疆野苹果WRKY基因的功能研究提供理论基础。【方法】使用TBtools、Pfam数据库并利用HMM-search搜索,初步获取新疆野苹果WRKY家族候选成员;利用ExPASy-ProtParam分析新疆野苹果WRKY家族蛋白的理化性质;用MEGA软件对新疆野苹果和拟南芥的WRKY保守结构域序列进行多重比对分析并构建系统进化树;利用MEME在线网站和NCBI-CDD分析保守基序和结构域;使用PlantCARE软件预测WRKY转录因子基因上游2000 bp的顺式作用元件,MCScanX绘制共线性图,使用TBtools将结果可视化。基于转录组数据,采用RT-qPCR分析WRKY转录因子在新疆野苹果种子低温沙藏不同时间的表达模式。【结果】在新疆野苹果中共鉴定获得121个WRKY基因,其编码蛋白的氨基酸数目为122~733,分子质量17.0331~80.0551 ku,等电点4.75~10.06。系统进化树分析表明,新疆野苹果WRKY基因家族的121个成员被分为3个组和7个亚组,其中Ⅰ组和Ⅲ组分别包含21和19个成员;Ⅱ组成员数量多达82个,分别包含5个Ⅱa成员、14个Ⅱb成员、30个Ⅱc成员、19个Ⅱd成员和14个Ⅱe成员。每个亚组内新疆野苹果WRKY家族蛋白的基序比较一致,而亚组间则存在一定的差异性。顺式作用调控元件分析发现,上游启动子区含有与光响应、非生物胁迫、低温胁迫相关的作用元件,且MsWRKY基因具有丰富的激素响应相关元件。基因染色体定位分析表明,17条染色体上均分布有WRKY基因成员。基因种内共线性分析表明,该家族成员存在144对片段重复;基因种间共线性分析结果显示,103个MsWRKY基因与99个MdWRKY(栽培苹果WRKY)基因之间共存在359对共线性关系。RT-qPCR分析表明,随低温沙藏时间增加,MsWRKY17、MsWRKY31、MsWRKY33、MsWRKY51和MsWRKY53的表达量均呈现先上升后下降趋势;验证结果显示,WRKY家族在新疆野苹果种子低温沙藏层积过程中的表达差异趋势与转录组分析结果相似。【结论】WRKY转录因子可能在新疆野苹果种子低温沙藏层积休眠解除过程中发挥关键作用。 展开更多
关键词 新疆野苹果 种子休眠 wrky基因家族 转录组学 生物信息学 基因表达
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花椒WRKY基因家族全基因组鉴定及其盐胁迫下表达分析
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作者 王海燕 张馨之 +2 位作者 蒋晋豫 赵雅 刘玉林 《山西农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期23-32,共10页
[目的]WRKY转录因子是植物特有的调控蛋白,广泛参与调控植物的生长发育、胁迫响应及次生代谢过程。前人对花椒WRKY基因家族分析仅限于转录组层面,本研究在基因组水平上研究WRKY基因家族,为全面理解花椒WRKY基因功能提供理论依据。[方法... [目的]WRKY转录因子是植物特有的调控蛋白,广泛参与调控植物的生长发育、胁迫响应及次生代谢过程。前人对花椒WRKY基因家族分析仅限于转录组层面,本研究在基因组水平上研究WRKY基因家族,为全面理解花椒WRKY基因功能提供理论依据。[方法]利用生物信息学方法,系统鉴定花椒基因组中的WRKY基因家族成员,并对其理化性质、进化关系、基因结构、保守基序、共线性、互作网络、密码子偏好性以及在响应盐胁迫的基因表达模式进行了全面分析。[结果]花椒基因组中共鉴定出289个WRKY基因(ZbWRKY1~ZbWRKY289),不均匀地分布于53条染色体上;系统进化分析将ZbWRKYs分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ这3个亚家族,其中亚家族Ⅱ可进一步分为5个亚组;共线性分析揭示花椒WRKY基因与其它物种间呈现出“一对一”保守型及“一对多”扩增型两种主要的同源基因对模式;蛋白网络互作结果表明ZbWRKY蛋白之间存在复杂的相互作用,其中ZbWRKY109、ZbWRKY217以及ZbWRKY245与其它蛋白互作频繁;顺式作用元件分析表明ZbWRKY基因家族包含响应植物应激反应、植物激素、植物生长和发育相关的多种顺式作用元件;密码子偏好性分析显示花椒WRKY基因整体偏好性较强,主要受自然选择驱动,且其密码子第3位碱基显著偏好使用T与G。基于盐胁迫下的基因表达模式,共筛选出10个ZbWRKY基因在花椒响应盐胁迫过程中可能发挥正调控或者负调控作用。[结论]研究结果为了解花椒WRKY基因家族的进化和功能分化,以及进一步解析花椒WRKY基因的功能及调控机制奠定了重要基础。 展开更多
关键词 花椒 wrky基因家族 生物信息学分析 盐胁迫 表达模式
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狗牙根WRKY基因家族鉴定及碱性盐胁迫下表达分析
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作者 马诗睿 于正发 +4 位作者 喻启坤 于瑞 朱莉莉 张志扬 李培英 《草地学报》 北大核心 2026年第2期456-468,共13页
本研究基于狗牙根(Cynodon dactylon)基因组数据,采用生物信息学方法对其WRKY基因家族成员进行鉴定,同时基于转录组数据分析其在碱性盐胁迫下的表达模式。结果显示,狗牙根基因组中共鉴定出129个WRKY转录因子,根据其在染色体上的位置进... 本研究基于狗牙根(Cynodon dactylon)基因组数据,采用生物信息学方法对其WRKY基因家族成员进行鉴定,同时基于转录组数据分析其在碱性盐胁迫下的表达模式。结果显示,狗牙根基因组中共鉴定出129个WRKY转录因子,根据其在染色体上的位置进行命名。通过与拟南芥WRKY蛋白比对进行系统发育分析,将上述转录因子分为I、II、III共3个族,其不均匀分布在狗牙根18条染色体上,其中7号染色体的数量最多(22个)。共线性分析表明,片段复制主要驱动了狗牙根CdWRKYs的进化。基于转录组数据,筛选出11个碱性盐胁迫下差异表达的CdWRKYs,经qRT-PCR分析表明,推测CdWRKY59、CdWRKY81、CdWRKY113与CdWRKY126可能在狗牙根碱性盐胁迫耐受中具有重要作用。本研究结果可为WRKY基因家族的进一步功能分析奠定基础。 展开更多
关键词 狗牙根 wrky转录因子 全基因组鉴定 碱性盐胁迫 表达模式
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基于CRISPR/Cas9技术靶向突变番茄WRKY3基因
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作者 宋茜茜 刘周圆 唐晓凤 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2026年第1期73-79,共7页
WRKY转录因子在植物生长发育、次生代谢产物合成以及对生物和非生物胁迫的响应等方面发挥重要作用。为探究WRKY3在植株逆境应答中的功能及作用机制,文章通过生物信息法对不同物种WRKY3的结构域及进化树进行分析,发现WRKY3具有较高的保守... WRKY转录因子在植物生长发育、次生代谢产物合成以及对生物和非生物胁迫的响应等方面发挥重要作用。为探究WRKY3在植株逆境应答中的功能及作用机制,文章通过生物信息法对不同物种WRKY3的结构域及进化树进行分析,发现WRKY3具有较高的保守性;TomExpress数据库显示WRKY3在各种组织中均有表达,且在红果期果实中表达量最高;并构建WRKY3基因的CRISPR敲除载体,利用农杆菌介导法转化番茄获得WRKY3基因的转基因番茄材料,经聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)及测序鉴定发现,已成功获得敲除WRKY3基因的转基因番茄植株。该研究获得了番茄WRKY3基因敲除突变体稳定遗传株系,为探究WRKY3在逆境胁迫下植物的生长发育及果实成熟中所发挥的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 番茄 wrky3基因 基因编辑 CRISPR/Cas9技术 载体构建
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WRKY53:A Key Player in Stress Responses and Growth Regulation in Rice
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作者 AN Shuaizu LÜJun +4 位作者 MA Zemin GAO Xuanlin ZHANG Biaoming YANG Pingfang KE Yinggen 《Rice science》 2026年第1期30-38,共9页
As sessile organisms,plants must adapt various stresses.Accordingly,they have evolved several plant-specific growth and developmental processes.WRKY53 is a member of the WRKY transcription factor family,which plays a ... As sessile organisms,plants must adapt various stresses.Accordingly,they have evolved several plant-specific growth and developmental processes.WRKY53 is a member of the WRKY transcription factor family,which plays a crucial role in rice growth and development,stress response,and hormone signal transduction.This review discusses the role of WRKY53 in stress response,focusing on its functions in cold tolerance,salt tolerance,disease resistance,and pest defense,and explores its role in regulating rice leaf senescence and seed germination.This article also proposes future research directions,including functional genomics studies,protein interaction network analyses,hormone signal transduction pathways,genetic improvement strategies,applications of gene editing technologies,molecular basis of stress responses,cross-species functional conservation,and bioinformatics and comparative genomics research.This review highlights the importance of WRKY53 in rice biology and provides new perspectives and strategies for future research and genetic improvement of rice. 展开更多
关键词 wrky53 RICE stress response signal transduction growth and development genetic improvement
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基于全长转录组的白蜡树WRKY基因家族的鉴定与密码子偏好性分析 被引量:1
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作者 孙晓春 李爽 +3 位作者 刘雅君 蔡兴航 黄文静 李会容 《中草药》 北大核心 2025年第7期2482-2494,共13页
目的对白蜡树Fraxinus chinensis WRKY基因家族进行鉴定、生物信息学和密码子偏好性分析。方法基于白蜡树全长转录组数据,利用生物信息学方法对其WRKY基因家族进行鉴定,并对其理化性质、系统发育、保守基序进行分析;基于白蜡树叶片和枝... 目的对白蜡树Fraxinus chinensis WRKY基因家族进行鉴定、生物信息学和密码子偏好性分析。方法基于白蜡树全长转录组数据,利用生物信息学方法对其WRKY基因家族进行鉴定,并对其理化性质、系统发育、保守基序进行分析;基于白蜡树叶片和枝皮的二代转录组数据,对白蜡树WRKY基因家族的表达模式进行分析,并采用实时荧光定量PCR方法进行验证;利用CodonW、EMBOSS等程序对密码子偏好性进行分析,并进行最优密码子分析、中性绘图、ENC-plot和PR2偏倚分析。结果共鉴定得到49个WRKY转录因子,均为酸性、亲水蛋白,编码氨基酸数目为426~2175,相对分子质量33933.48~179137.94,理论等电点4.91~5.27,不稳定蛋白占比65.31%,预测均定位到细胞核;系统进化表明FcWRKY基因家族成员归为Ⅰ(11个)、Ⅱ(30个)、Ⅲ(7个)大类以及2个特殊成员(FcWRKY23和FcWRKY37),其中第Ⅱ类分为Ⅱa(5个)、Ⅱb(5个)、Ⅱc(8个)、Ⅱd(7个)、Ⅱe(7个)5个亚类;Motif 1和Motif 2存在于所有的WRKY转录因子中,是其保守序列;二代转录组数据筛选到16个WRKY基因在叶片和枝皮中具有显著差异表达,其中仅有FcWRKY11在枝皮中的表达量高于叶片。白蜡树FcWRKYs偏好使用以A/U结尾的密码子,并且偏好性较弱;确定了3个最优密码子,分别是CUU、AGG、和UAU;中性绘图分析和ENC-plot分析均表明自然选择是影响其密码子偏好性的主要因素,PR2偏倚分析结果表明突变压力亦影响其密码子偏好性。结论鉴定了白蜡树WRKY基因,其中8个WRKY基因表达量与转录组学测序结果趋势一致,为研究白蜡树WRKY的基因功能奠定基础。 展开更多
关键词 白蜡树 wrky转录因子 生物信息学 密码子偏好性分析 全长转录组
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陆地棉WRKY基因家族全基因组鉴定及WRKY44在纤维发育中的表达分析
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作者 徐嘉妤 赵阁 +3 位作者 唐叶 刘雯雯 彭清忠 吴家和 《生物技术通报》 北大核心 2025年第12期124-138,共15页
[目的]探讨陆地棉WRKY基因家族特征及WRKY转录因子在棉纤维生长发育中的功能,为阐明其分子机制提供依据。[方法]对GhWRKY基因家族进行全基因组鉴定,分析染色体定位、理化性质、亚细胞定位、基因结构和启动子元件,结合实时荧光定量分析Gh... [目的]探讨陆地棉WRKY基因家族特征及WRKY转录因子在棉纤维生长发育中的功能,为阐明其分子机制提供依据。[方法]对GhWRKY基因家族进行全基因组鉴定,分析染色体定位、理化性质、亚细胞定位、基因结构和启动子元件,结合实时荧光定量分析GhWRKY基因家族在纤维发育过程中的表达模式,并利用病毒诱导基因沉默技术解析GhWRKY44的功能。[结果]在陆地棉全基因组中,共鉴定到225个WRKY基因家族成员,可进一步分为3个亚家族;该家族基因不均匀分布在26条染色体上。启动子区域含有大量植物激素、生长发育、胁迫响应和光响应相关顺式作用元件。8个GhWRKYs(GhWRKY11/14/31/48/133/149/160/224)在纤维不同发育时期存在优势表达;其中GhWRKY14和GhWRKY133这2个基因在纤维不同发育时期具有相似的表达模式和三维结构,为拟南芥WRKY44在陆地棉中的2个直系同源基因(拷贝),因此将其命名为GhWRKY44。而GhWRKY44基因的沉默能够显著抑制表皮毛的生长发育。[结论]系统分析了陆地棉WRKY基因家族,筛选出在纤维生长发育方面的关键基因GhWRKY44,为解析WRKY44在纤维生长发育方面的功能提供研究基础。 展开更多
关键词 陆地棉 wrky基因家族 wrky44 全基因组鉴定 纤维发育 表达分析
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翅果油树WRKY基因家族鉴定及EmWRKY29调控维生素E合成作用的研究
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作者 冯宇奇 李昊炀 +6 位作者 胡晓艳 杨秀云 王升级 赵凯 任瑞芬 王兆山 杜淑辉 《植物生理学报》 北大核心 2025年第8期1121-1128,共8页
为了明确WRKY转录因子在调控翅果油树(Elaeagnus mollis)维生素E合成中的作用,对翅果油树WRKY基因家族成员进行了全基因组鉴定并且对EmWRKY29进行瞬时转化烟草叶片分析。结果显示,翅果油树有104个EmWRKYs,其氨基酸数目为175~1019 aa;平... 为了明确WRKY转录因子在调控翅果油树(Elaeagnus mollis)维生素E合成中的作用,对翅果油树WRKY基因家族成员进行了全基因组鉴定并且对EmWRKY29进行瞬时转化烟草叶片分析。结果显示,翅果油树有104个EmWRKYs,其氨基酸数目为175~1019 aa;平均相对分子量为46353.57;理论等电点为4.87~9.79。亚细胞定位预测显示,大部分蛋白定位在细胞核。系统进化分析将EmWRKYs分为3组,Ⅱ组分为5个亚组,同一亚组的EmWRKY蛋白具有相似的基序分布模式并且所有的蛋白都具有WRKY结构域。EmWRKYs的启动子中存在多个与生长发育、激素响应和应激反应相关的顺式作用元件。染色体定位分析表明,EmWRKYs在14条染色体上分布不均匀,染色体Chr01含有的基因最多(21个),染色体Chr12最少(1个)。通过基因复制分析发现位于染色体Chr01上的EmWRKY7和EmWRKY17为一对串联复制,其余47对EmWRKYs为片段复制。共表达分析结果表明转录因子EmWRKY29可能是翅果油树维生素E合成的关键调控因子,瞬时过表达EmWRKY29的烟草叶片中维生素E总含量由138.47μg·g^(-1)下降至104.58μg·g^(-1)。本研究不仅为翅果油树WRKY家族成员的功能研究和利用奠定了基础,还为探索植物维生素E合成机理提供了重要的基因资源。 展开更多
关键词 翅果油树 wrky基因家族 Emwrky29 维生素E
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WRKY转录因子在水稻抗逆基因工程中的应用进展
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作者 段俊枝 燕照玲 +5 位作者 齐红志 张会芳 陈海燕 杨翠苹 王楠 卓文飞 《中国稻米》 北大核心 2025年第1期61-67,73,共8页
水稻在其生长过程中经常面临各种非生物胁迫(包括干旱、高盐度、低温及高温等)和生物胁迫(如病虫害),严重影响其正常生长发育。WRKY转录因子家族作为植物界中最为庞大的转录因子家族之一,在调控植物生长发育及应对非生物胁迫和生物胁迫... 水稻在其生长过程中经常面临各种非生物胁迫(包括干旱、高盐度、低温及高温等)和生物胁迫(如病虫害),严重影响其正常生长发育。WRKY转录因子家族作为植物界中最为庞大的转录因子家族之一,在调控植物生长发育及应对非生物胁迫和生物胁迫方面发挥着关键作用。本文综述了WRKY转录因子的结构特点及其在水稻抗非生物胁迫(干旱、高盐、低温、高温等)、生物胁迫(稻瘟病、白叶枯病、纹枯病、稻飞虱等)基因工程中的应用进展,旨在为WRKY转录因子在水稻及其他作物抗逆性遗传改良中的应用提供理论基础和实践指导。 展开更多
关键词 水稻 wrky转录因子 干旱 高盐度 温度胁迫 稻瘟病 白叶枯病 纹枯病 稻飞虱
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枇杷WRKY基因家族鉴定及其表达分析
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作者 张雅玲 邓朝军 +3 位作者 苏文炳 陈秀萍 蒋际谋 郑少泉 《福建农业学报》 北大核心 2025年第5期487-499,共13页
【目的】系统分析枇杷(Eriobotrya japonica)WRKY基因家族成员(EjWRKY),为解析其在果皮着色过程中的生物学功能奠定基础。【方法】基于枇杷基因组数据,采用生物信息学方法鉴定枇杷EjWRKY基因家族,并对其理化性质、系统进化和结构特征等... 【目的】系统分析枇杷(Eriobotrya japonica)WRKY基因家族成员(EjWRKY),为解析其在果皮着色过程中的生物学功能奠定基础。【方法】基于枇杷基因组数据,采用生物信息学方法鉴定枇杷EjWRKY基因家族,并对其理化性质、系统进化和结构特征等进行全面分析。同时,结合转录组测序技术,比较分析‘解放钟’和‘山牌3号’枇杷果皮着色过程中EjWRKY基因的表达情况,并采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)技术对部分差异表达基因的进行试验验证。【结果】鉴定出100个具有典型结构域的WRKY,命名为EjWRKY1~EjWRKY100。WRKY长度150~732 aa,分子量介于17189.36~79765.13 Da,等电点(isoelectric point,pI)介于4.92~10.25。亚细胞定位预测结果表明,绝大多数亚细胞定位于细胞核。染色体定位分析显示,其中97个WRKY基因不均匀地分布在17条染色体上。根据WRKY结构域和锌指基序可将枇杷EjWRKY分为3个大类。多数EjWRKY基因在解放钟和山牌3号枇杷果皮中均有表达。EjWRKY基因的qRT-PCR分析结果与转录组数据一致。【结论】鉴定出100个枇杷EjWRKY家族基因,并发现其中部分基因的表达模式与枇杷果皮着色过程显著相关,为进一步研究EjWRKY基因调控枇杷果皮色素合成的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 枇杷 wrky 基因家族 表达分析 果皮着色
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西兰花灰霉病响应基因BoWRKY15的克隆与功能鉴定
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作者 蒋明 张胜 +1 位作者 陈孝赏 张慧娟 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第8期1723-1732,共10页
灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)引起的灰霉病是西兰花(Brassica oleracea var.italica)生产中的重要病害之一,每年造成的经济损失巨大。WRKY转录因子是植物特有的一类调控蛋白,在逆境防御中起重要作用。本研究以西兰花为材料,在克隆BoWRK... 灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)引起的灰霉病是西兰花(Brassica oleracea var.italica)生产中的重要病害之一,每年造成的经济损失巨大。WRKY转录因子是植物特有的一类调控蛋白,在逆境防御中起重要作用。本研究以西兰花为材料,在克隆BoWRKY15基因的基础上,利用生物信息学手段明确BoWRKY15的序列特征,采用qRT-PCR技术检测其在灰葡萄孢菌侵染下的表达模式,并利用过表达技术明确转基因西兰花的抗病性变化,从而明确该基因在抗病响应中的功能。结果表明,BoWRKY15的基因组全长为1172 bp,有2个内含子,分别为90 bp和86 bp;编码区全长为996 bp,编码331个氨基酸,包含1个由61个氨基酸组成的WRKY结构域,其锌指结构类型为C2H2。多重序列比对发现,BoWRKY15及其同源序列的WRKY结构域十分保守,仅个别氨基酸残基存在差异。系统发育分析显示,BoWRKY15与来自芸薹属植物的同源序列聚于一组。亚细胞定位结果表明,BoWRKY15在细胞核中表达,与在线预测结果一致。qRT-PCR结果表明,BoWRKY15的表达受灰葡萄孢菌诱导,在接种48 h时的表达量最大,为对照组的2.64倍。BoWRKY15过表达导致西兰花对灰葡萄孢菌的抗性显著降低,同时病程相关蛋白基因BoiPR1的表达量升高。BoWRKY15在灰霉病抗性响应中起负调控作用,该基因的克隆与表达分析为后续开展西兰花抗病机理研究和分子育种奠定了基础。 展开更多
关键词 西兰花 wrky转录因子 过表达 灰霉病 灰葡萄孢菌
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蓖麻WRKY转录因子家族的鉴定及其响应灰霉病侵染的表达分析
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作者 孙敬彭 唐杰松 +3 位作者 曹丽 鲁亚楠 胡晓航 郑志民 《分子植物育种》 北大核心 2025年第9期2912-2921,共10页
WRKY家族在植物生命历程中参与广泛的调控作用,某些WRKY转录因子在植物对抗各种胁迫时发挥积极作用,当坏死性病原菌侵染植物的时候,WRKY33以不同的方式引导植物分配资源产生有效的免疫。为研究蓖麻WRKY家族的基因功能特点,以及蓖麻WRKY3... WRKY家族在植物生命历程中参与广泛的调控作用,某些WRKY转录因子在植物对抗各种胁迫时发挥积极作用,当坏死性病原菌侵染植物的时候,WRKY33以不同的方式引导植物分配资源产生有效的免疫。为研究蓖麻WRKY家族的基因功能特点,以及蓖麻WRKY33同源基因在对抗病原侵染中的表达情况,利用生物信息学技术,鉴定了蓖麻DL01品系中的WRKY基因,详细地分析了蓖麻WRKY的基因结构、保守基序、启动子胁迫相关的作用元件、系统进化与共线性分析等方面的数据。结果显示,蓖麻WRKY基因家族分为3个亚簇,并且第二亚簇分为5个小类,除WRKY结构域具有较高保守性,其他预测的保守基序分布在不同组别里,并有较大差异。启动子分析显示了多个生物胁迫相关元件。蓖麻灰霉菌侵染蓖麻,随着侵染时间变化,蓖麻中WRKY33的同源基因表达量有明显的上调。本研究为进一步研究WRKY基因家族在蓖麻中的生物功能,以及蓖麻中WRKY33抵抗生物胁迫所发挥的作用提供前期基础。 展开更多
关键词 wrky基因家族 wrky33 蓖麻灰霉病
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菠萝蜜 WRKY 基因家族注释及在低温胁迫下的表达模式分析 被引量:2
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作者 马湘玮 朱鹏锦 +7 位作者 杜英俊 宋奇琦 叶维雁 唐秀观 何江 钟云婕 欧景莉 庞新华 《广西植物》 北大核心 2025年第5期903-915,共13页
WRKY转录因子家族在植物生物和非生物胁迫响应过程中发挥着重要作用。该研究基于菠萝蜜全基因组,共注释出61个菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus)WRKY基因家族成员,并利用生物信息学方法和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析WRKY基因家族... WRKY转录因子家族在植物生物和非生物胁迫响应过程中发挥着重要作用。该研究基于菠萝蜜全基因组,共注释出61个菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus)WRKY基因家族成员,并利用生物信息学方法和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析WRKY基因家族成员在不同品种菠萝蜜低温胁迫下的表达特征。结果表明:(1)进化树分析表明,菠萝蜜、拟南芥(Arabidopsis thaliana)和水稻(Oryza sativa)WRKY基因家族成员被分为4个亚族。(2)染色体定位结果显示,61个菠萝蜜WRKY基因家族成员不均匀地分布在23条染色体上。(3)保守基序和基因结构分析表明,位于同一亚族的菠萝蜜WRKY基因家族成员具有相似的保守基序和基因结构。(4)进化分析显示,菠萝蜜WRKY基因家族成员在物种内存在124对片段复制基因对;物种间分析表明,菠萝蜜与拟南芥之间的同源基因对较多,而与水稻和无花果(Ficus carica)之间的同源基因对较少且有8个基因在3个物种中形成同源基因对。(5)低温胁迫下不同品种菠萝蜜转录组分析结果表明,菠萝蜜WRKY基因家族成员在不同品种中的表达模式存在差异,qRT-PCR分析进一步验证这一结果,说明WRKY基因家族成员在不同品种菠萝蜜响应低温胁迫的过程中发挥重要作用。该研究结果为了解WRKY基因家族成员的进化和功能提供了新的见解,为菠萝蜜WRKY基因家族成员的功能研究和利用奠定了基础。 展开更多
关键词 菠萝蜜 wrky 基因家族 低温胁迫 表达模式 生物信息学分析
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番茄SlWRKY25基因克隆及表达特性分析
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作者 狄谦芊 单梦伟 +3 位作者 陈春林 李猛 肖怀娟 杜清洁 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第13期40-46,共7页
为阐明SlWRKY25基因在植物应对外界环境变化中的作用,以番茄品种Ailsa Craig为材料,对SlWRKY25基因进行克隆,通过生物信息学分析和SlWRKY25在不同逆境胁迫和激素处理下的表达模式分析预测其功能。结果表明,SlWRKY25的cDNA片段长936 bp,... 为阐明SlWRKY25基因在植物应对外界环境变化中的作用,以番茄品种Ailsa Craig为材料,对SlWRKY25基因进行克隆,通过生物信息学分析和SlWRKY25在不同逆境胁迫和激素处理下的表达模式分析预测其功能。结果表明,SlWRKY25的cDNA片段长936 bp,编码311个氨基酸;SlWRKY25蛋白质为不稳定亲水蛋白质,具有第Ⅱ类WRKY家族的典型结构特征;蛋白质二级结构中无规则卷曲占比最高,其次是α-螺旋、延伸链、β-转角。系统进化分析显示,SlWRKY25蛋白质与野生种潘那利番茄的氨基酸序列同源性最高。启动子分析发现,SlWRKY25启动子序列含有多种响应光、激素以及逆境胁迫的顺式作用元件。qRT-PCR结果显示,SlWRKY25受逆境(低温、干旱、盐)和激素[脱落酸、茉莉酸甲酯(ABA、MeJA)]的诱导。其中,SlWRKY25在低温胁迫下表达上调,在ABA和MeJA处理下表达量呈先增后减的趋势,在盐和干旱胁迫下表达下调。研究表明,番茄SlWRKY25表达与逆境胁迫响应关系密切,为进一步揭示番茄WRKY转录因子在逆境中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 番茄 wrky Slwrky25基因 非生物胁迫 表达特性
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WRKY转录因子调控植物次生代谢物研究进展 被引量:4
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作者 罗贵 朱历勇 +5 位作者 谷雷 王洪程 杜旭烨 朱斌 曾拓 王彩云 《陕西师范大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第3期115-128,共14页
植物次生代谢物是植物在生长过程中通过次生代谢途径合成的一类具有生理活性的有机化合物,其并不是植物生长发育的必需成分,但在植物生存、环境适应、抗逆性等方面发挥着关键作用。WRKY转录因子家族因具有特征性的保守核心序列WRKYGQK... 植物次生代谢物是植物在生长过程中通过次生代谢途径合成的一类具有生理活性的有机化合物,其并不是植物生长发育的必需成分,但在植物生存、环境适应、抗逆性等方面发挥着关键作用。WRKY转录因子家族因具有特征性的保守核心序列WRKYGQK结构域而得名,是高等植物中规模最大且功能最为多样化的转录因子家族之一,在植物界广泛分布。WRKY转录因子通过调控次生代谢产物合成参与植物的生长发育、环境应答和化学防御等多种生理过程。文章综述了WRKY转录因子的结构特征与分类,并重点讨论了其在调控植物次生代谢产物(如萜类、酚类和生物碱)合成中的研究进展。未来研究应进一步探索WRKY转录因子在植物次生代谢调控网络中的作用机制,以及在增强植物抗逆性和改良次生代谢产物品质方面的潜在应用,以期为农业生物技术的发展和植物功能性改良提供理论与实践支持。 展开更多
关键词 wrky转录因子 植物次生代谢物 萜类 酚类 生物碱
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洋葱WRKY基因家族鉴定及其在鳞茎发育过程中的表达分析 被引量:1
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作者 李艳伟 王振宝 +3 位作者 杨妍妍 霍雨猛 孙亚玲 刘冰江 《山东农业科学》 北大核心 2025年第1期1-11,共11页
为了探讨洋葱WRKY转录因子家族的功能,本研究基于洋葱全基因组和鳞茎不同发育时期的转录组数据,利用生物信息学方法筛选并鉴定到55个AcWRKY基因家族成员,其编码蛋白序列长度为144~683 aa,等电点为5.11~9.65,脂肪系数为47.14~77.24,均为... 为了探讨洋葱WRKY转录因子家族的功能,本研究基于洋葱全基因组和鳞茎不同发育时期的转录组数据,利用生物信息学方法筛选并鉴定到55个AcWRKY基因家族成员,其编码蛋白序列长度为144~683 aa,等电点为5.11~9.65,脂肪系数为47.14~77.24,均为亲水性蛋白。亚细胞定位预测结果表明,这55个AcWRKY蛋白都定位在细胞核中。进化树分析显示,洋葱WRKY家族基因分为GroupⅠ、GroupⅡ和GroupⅢ三大类,其中GroupⅡ组可进一步分为5个亚组,洋葱和拟南芥WRKY蛋白在各组中均有分布,推测相同组或亚组中洋葱与拟南芥的WRKY转录因子可能具有相似的功能。保守结构域分析发现,所有AcWRKYs均具有高度保守的WRKYGQK基序及其特有的锌指结构,少数成员存在保守结构域的变异。基因结构和保守基序分析结果显示,不同AcWRKY成员的外显子和motif在数量和分布上存在一定差异,同一组或亚组的成员表现出一定的相似性。转录组数据分析结果表明,绝大多数AcWRKYs基因直接或者间接参与了洋葱鳞茎的发育与形成。本研究结果可为深入研究AcWRKY基因在洋葱鳞茎形成中的机制提供参考。 展开更多
关键词 洋葱 wrky基因家族 生物信息学分析 基因表达 转录组分析
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WRKY基因家族在植物中的研究进展 被引量:1
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作者 陈彩锦 马琳 +6 位作者 包明芳 蒋庆雪 张国辉 张尚沛 高婷 刘文辉 王学敏 《草地学报》 北大核心 2025年第7期2059-2069,共11页
WRKY蛋白是植物中发现的最大转录因子(Transcription factors,TFs)家族之一。该家族成员在植物的生长发育、生物量形成、次生代谢物合成、响应生物或非生物胁迫中发挥着重要的双向调控作用。本文主要从WRKY TFs的结构特征、分类,以及近... WRKY蛋白是植物中发现的最大转录因子(Transcription factors,TFs)家族之一。该家族成员在植物的生长发育、生物量形成、次生代谢物合成、响应生物或非生物胁迫中发挥着重要的双向调控作用。本文主要从WRKY TFs的结构特征、分类,以及近5年挖掘出的在植物生长发育、次生代谢物合成、生物和非生物胁迫下的生物学功能进行全面综述,并对WRKY家族成员后续的相关研究进行了展望,旨在为植物WRKY基因家族成员的进一步挖掘及其生物学功能的研究提供参考依据。 展开更多
关键词 wrky 生长发育 次生代谢 生物胁迫 非生物胁迫
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青花菜BoWRKY53基因克隆与表达模式分析 被引量:1
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作者 丁强强 贾利 +8 位作者 葛治欢 严从生 翟永琪 俞飞飞 张其安 王艳 江海坤 董言香 王明霞 《中国蔬菜》 北大核心 2025年第10期136-141,共6页
以青花菜自交系V04D0002为试验材料,利用PCR技术在幼苗cDNA中克隆得到2个WRKY53同源基因BoWRKY53-1和BoWRKY53-2,其编码区长度分别为948和966 bp,分别编码315和321个氨基酸,蛋白序列相似度为95%,亚细胞定位预测均定位于细胞核中。qRT-PC... 以青花菜自交系V04D0002为试验材料,利用PCR技术在幼苗cDNA中克隆得到2个WRKY53同源基因BoWRKY53-1和BoWRKY53-2,其编码区长度分别为948和966 bp,分别编码315和321个氨基酸,蛋白序列相似度为95%,亚细胞定位预测均定位于细胞核中。qRT-PCR结果表明,这2个基因在青花菜的叶片、花球和花中都有表达,且均在花球中的相对表达量较高。此外,BoWRKY53-2在低温胁迫处理后3、6、9 h的相对表达量均显著高于对照,BoWRKY53-1在低温胁迫处理后6 h的相对表达量显著高于对照,表明这2个基因能够积极响应低温胁迫。 展开更多
关键词 青花菜 wrky53 序列分析 表达模式
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云南红豆杉WRKY基因家族鉴定及表达模式分析 被引量:1
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作者 甘胜美 赵燕波 +3 位作者 李洪非 王勇 王刚 黄雄 《西北林学院学报》 北大核心 2025年第2期42-50,共9页
云南红豆杉是天然的抗癌植物,具有较高的药用价值。为探索WRKY转录因子在云南红豆杉次生代谢物合成过程中的作用,基于云南红豆杉基因组数据和5个组织(树皮、根、叶、茎、枝皮)的转录组数据,鉴定和分析WRKY基因家族。研究结果表明,共鉴... 云南红豆杉是天然的抗癌植物,具有较高的药用价值。为探索WRKY转录因子在云南红豆杉次生代谢物合成过程中的作用,基于云南红豆杉基因组数据和5个组织(树皮、根、叶、茎、枝皮)的转录组数据,鉴定和分析WRKY基因家族。研究结果表明,共鉴定出了25个结构较为保守的WRKY基因,其中编码蛋白的氨基酸为157~726个,分子质量为18079.40~79474.03 u,等电点为5.44~9.51,不稳定数为39.97~64.58,脂肪指数为45.17~80.41,所有蛋白质的亚细胞定位都处于细胞核内;24个TyuWRKY(云南红豆杉WRKY)基因不均衡地分布于7条染色体上,另1个WRKY基因处于ctg100上。系统发育分析表明,25个TyuWRKY蛋白被划分为3大类:6个属于Ⅰ类,18个属于Ⅱ类,1个属于Ⅲ类;同一类中TyuWRKY蛋白的Motif分布也大体相同,且成员内含子数量介于1~7个,外显子数量介于2~8个。表达量分析结果显示,除TyuWRKY5基因只在根部表达外,所有TyuWRKY基因都在5个组织中表达;通过启动子顺式作用元件分析,TyuWRKY基因包含多个与激素、胁迫以及生长发育相关的元件。 展开更多
关键词 云南红豆杉 wrky转录因子 基因家族鉴定 表达分析
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利用VIGS分析SmWRKY30在茄子抗青枯病中的作用 被引量:1
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作者 张林琳 宫瑞 +4 位作者 崔彦玲 钟雄辉 李烨 李然红 潜宗伟 《中国农业科学》 北大核心 2025年第3期548-563,共16页
【目的】转录因子WRKY在植物抗病、抗逆过程中具有重要的调控作用。番茄SlWRKY30是抗青枯病的关键基因,茄子SmWRKY30与番茄SlWRKY30为同源基因。通过青枯菌诱导及基因沉默体系建立,探究茄子SmWRKY30对茄子青枯病的调控作用,为茄子抗青... 【目的】转录因子WRKY在植物抗病、抗逆过程中具有重要的调控作用。番茄SlWRKY30是抗青枯病的关键基因,茄子SmWRKY30与番茄SlWRKY30为同源基因。通过青枯菌诱导及基因沉默体系建立,探究茄子SmWRKY30对茄子青枯病的调控作用,为茄子抗青枯病资源的创制和品种选育奠定基础。【方法】以茄子抗病材料YS40和感病材料ZP80为试验材料,克隆SmWRKY30,分析基因、氨基酸和启动子序列差异。青枯菌诱导后,分析2种材料不同组织中SmWRKY30的表达量变化差异。比较茄子与番茄接菌后STH2的表达量变化,分析茄子SmWRKY30与番茄SlWRKY30作用机制的异同。构建基因沉默体系,比较清水组、空载组与试验组植株的病情指数(disease index,DSI)、表型和基因表达量的变化。【结果】SmWRKY30开放阅读框为891 bp,具有WRKY基因家族保守结构域。构建系统进化树发现,SmWRKY30与蒜芥茄和茄子SmWRKY65亲缘关系近。抗病材料YS40和感病材料ZP80的cDNA序列存在6个SNP和1个Indel的差异,氨基酸翻译差异大,启动子区域差异明显,YS40比ZP80少一个GT1-motif启动子元件。接种青枯菌后,分别对抗感病材料根、茎、叶组织的SmWRKY30表达量进行分析,结果显示,接种青枯菌14 d,在根中,YS40中SmWRKY30的表达量显著高于ZP80,而在茎中,SmWRKY30的表达量无明显差异。接种青枯菌5和14 d,在叶片中,YS40中SmWRKY30的表达量显著高于ZP80,表明SmWRKY30的高表达可能与茄子抗青枯病有关。通过对抗病材料YS40进行SmWRKY30沉默,qRT-PCR结果表明,pTRV2::SmWRKY30沉默植株中SmWRKY30的表达量显著低于清水和pTRV2::00空载处理植株,说明抗病材料YS40中SmWRKY30被成功沉默。表型观察发现,接种青枯菌后,pTRV2::SmWRKY30沉默植株叶片明显发黄萎蔫,14 d后DSI为2.07,表现易感青枯病。通过对茄子与番茄同源的4个STH2基因进行定量分析,发现STH2基因表达量均呈先上升后下降的变化趋势。接菌1 d后,抗病材料中仅有STH2-3表达量显著高于感病材料。接菌5 d后,抗病材料中STH2-3和STH2-4的表达量显著低于感病材料。接菌7和14 d后,抗、感病材料中4个STH2基因的表达量均无明显差异。且抗病材料中4个STH2基因的表达情况与SmWRKY30的表达趋势均明显不同。【结论】SmWRKY30可能参与且正向调控茄子抗青枯病相关反应过程,但可能不是通过与STH2基因作用使茄子对青枯病产生抗性。 展开更多
关键词 茄子 青枯病 wrky转录因子 病毒诱导的基因沉默 表达分析
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