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基于5’UTR基因的牛肠道病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 陆泳锟 张德雄 +7 位作者 王晓虎 陈晶 黄元 马惠海 李学泓 陈翔宇 黄淑坚 王刚 《病毒学报》 北大核心 2025年第5期1488-1498,共11页
为建立一种可快速、特异、高效检测牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV)的实时荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank数据库BEV流行毒株5’UTR保守基因序列设计合成特异性引物及探针,并以BEV阳性核酸5’UTR基因序列构建的标准质粒为模... 为建立一种可快速、特异、高效检测牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV)的实时荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank数据库BEV流行毒株5’UTR保守基因序列设计合成特异性引物及探针,并以BEV阳性核酸5’UTR基因序列构建的标准质粒为模板,采用矩阵法对引物和探针浓度、退火温度进行优化及绘制标准曲线,同时进行灵敏性、重复性及特异性验证和临床样本检测。结果表明,该检测方法在重组质粒标准品模板浓度为4.05×10^(2)~4.05×10^(9)拷贝/μL范围内呈现良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.9975,线性方程斜率为3.4539,扩增效率为94.7%,最低检测限度为4.05×10^(2)拷贝/μL,比常规RT-PCR检测方法灵敏度高100倍;组内和组间的变异系数均小于0.8%;与牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea mucosal disease virus,BVDV)、轮状病毒(Rotavirus,RV)、牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus,IBRV)和牛流行热病毒(Bovine ephemeral fever virus,BEFV)均无交叉反应。应用该检测方法对牛场采集的36份腹泻牛的粪便样品和24份肛拭子样品进行检测,检测阳性率分别为94.44%(34/36)和91.67%(22/24)。经试验验证表明,该检测方法具有较好的灵敏性、重复性及特异性,可应用于牛常规临床样本中BEV的鉴别诊断,为BEV的防控提供了有力的技术支持。 展开更多
关键词 牛肠道病毒 5’utr基因 TaqMan探针法 实时荧光定量PCR
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5′-UTR序列特征对mRNA丰度的调控作用及优化策略
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作者 梅子轮 张金鹏 +7 位作者 邵佳怡 徐国强 任家卫 张晓梅 李会 史劲松 张晓娟 许正宏 《微生物学报》 北大核心 2025年第8期3567-3582,共16页
【目的】转录是基因表达的第一步,mRNA丰度在一定程度上决定着最终蛋白质的表达丰度。近期一些研究发现,5′-UTR中不同的核糖体结合位点(ribosome-binding site,RBS)会对下游基因的mRNA丰度产生影响。从mRNA降解过程的调控因素角度分析... 【目的】转录是基因表达的第一步,mRNA丰度在一定程度上决定着最终蛋白质的表达丰度。近期一些研究发现,5′-UTR中不同的核糖体结合位点(ribosome-binding site,RBS)会对下游基因的mRNA丰度产生影响。从mRNA降解过程的调控因素角度分析,这种影响可能源自Shine-Dalgarno(SD)序列与核糖体的结合强度以及5′-UTR局部二级结构。【方法】构建了一个包含518个突变体的5′-UTR突变文库,结合高通量测序技术,高效采集各5′-UTR突变体对应其调控的下游egfp基因的mRNA丰度,并通过RT-qPCR验证了其有效性。【结果】将各mRNA突变体丰度与其对应的5′-UTR序列特征进行关联分析,结果表明,与核糖体结合强度为中等偏强的SD序列最有利于维持高mRNA丰度,结合强度过高或过低均会导致mRNA丰度的降低;完全保守的核心SD序列(GGAGG)是保证较高结合强度的关键,其保守性下降将导致mRNA丰度明显下降。当不同序列的5′-UTR中SD序列接近,即与核糖体结合强度相似时,其局部二级结构越不稳定,对应的mRNA丰度越高。【结论】本研究解析了5′-UTR的各序列特征对mRNA丰度的调控作用,初步建立了其相互之间的定性模型,为代谢工程及基因线路中调控元件的理性设计提供了重要参考。 展开更多
关键词 5′-utr SD序列 局部二级结构 MRNA丰度
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双乾肉羊SERPINA1基因3’UTR区多态性及与肉质性状关联研究
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作者 李欣 刘昕昕 +8 位作者 缪立生 杨少滢 马惠海 曹阳 阮洪玲 唐于鑫 张喜路 肖艳华 赵中利 《东北农业科学》 2025年第5期109-114,共6页
本文研究SERPINA1基因多态性对绵羊肉质品质的影响,试验选取49只8月龄的双乾肉羊作为研究对象,筛查SERPINA1基因3’UTR区的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)位点,并测定其肉质性状,分析SNPs与双乾肉羊肉质性状间... 本文研究SERPINA1基因多态性对绵羊肉质品质的影响,试验选取49只8月龄的双乾肉羊作为研究对象,筛查SERPINA1基因3’UTR区的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)位点,并测定其肉质性状,分析SNPs与双乾肉羊肉质性状间的关联性。结果表明,SERPINA1基因3’UTR区第33位碱基存在A>G突变。该位点的遗传纯合度(Ho)为0.5408,有效等位基因数(Ne)为1.8491,多态信息含量(PIC)为0.3538,处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),属于中度多态。在肉质性状方面,该群体中GG基因型个体的肉嫩度显著高于AA基因型个体和AG基因型个体。由此可见,绵羊SERPINA1基因的3’UTR区A33G等位基因多态性与双乾肉羊肉嫩度显著相关,该位点有助于早期筛选出具有优良肉质的绵羊个体,从而提高优质肉羊选育速度,节约饲养成本。 展开更多
关键词 SERPINA1基因 3’utr 双乾肉羊 肉质性状 SNP
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5′UTR区的编辑降低大麦GBSSⅠ基因表达
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作者 薛瑞莹 刘永菊 +5 位作者 姜燕燕 彭欣雅 曹东 李云 刘宝龙 包雪梅 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期83-89,共7页
【目的】大麦是第四大粮食作物,其籽粒总淀粉含量以及直链淀粉和支链淀粉的比例是决定大麦品质和特性的关键因素之一,直链淀粉含量的精细调控对于大麦面粉品质改良具有重要意义。【方法】本研究以大麦Cas9过表达株系为受体,通过BSMV-sg... 【目的】大麦是第四大粮食作物,其籽粒总淀粉含量以及直链淀粉和支链淀粉的比例是决定大麦品质和特性的关键因素之一,直链淀粉含量的精细调控对于大麦面粉品质改良具有重要意义。【方法】本研究以大麦Cas9过表达株系为受体,通过BSMV-sg介导的基因编辑系统,对GBSSⅠ基因的5′非编码区域(5′UTR)进行靶向编辑,实现GBSSⅠ基因表达的精细调控。【结果】14株M0代5′UTR植株的第5分蘖叶片均发生了体细胞编辑,编辑效率为1.22%-84.49%,收获体细胞编辑效率最高的第5分蘖的种子,并在其23株M1代单株中鉴定到6株编辑系,编辑植株比例达26.08%。RT-qPCR检测GBSSⅠ基因的表达,编辑系的表达量比对照下降了40%-82%。【结论】通过编辑5′UTR区可以调控GBSSⅠ基因的表达,为直链淀粉合成的精细调控提供新思路。 展开更多
关键词 基因编辑 BSMV-sg系统 5′utr GBSSⅠ基因 表达调控 大麦
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香猪ENTPD1基因3'UTR的SINE插入下调其基因表达
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作者 田姣 龙菊烟 +5 位作者 陈霞 岑晓丽 牛熙 黄世会 王嘉福 冉雪琴 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第9期4303-4314,共12页
旨在探究香猪ENTPD1基因3'UTR短散在元件(short interspersed nuclear element,SINE)插入/缺失的群体多态性及对基因表达的影响。本研究以香猪为研究对象,以大白猪为对照,利用PCR技术检测香猪和大白猪群体中ENTPD1基因3'UTR区S... 旨在探究香猪ENTPD1基因3'UTR短散在元件(short interspersed nuclear element,SINE)插入/缺失的群体多态性及对基因表达的影响。本研究以香猪为研究对象,以大白猪为对照,利用PCR技术检测香猪和大白猪群体中ENTPD1基因3'UTR区SINE插入/缺失的群体多态性;利用UCSC、SINE Base、miRNA Base、PITA及RBP suite等数据库及软件分析SINE序列中的功能元件;利用Real-time fluorescence quantitative PCR(RT-qPCR)技术检测6月龄健康香猪不同组织(心、肝、脾、肺、肾)ENTPD1的mRNA水平和不同基因型个体肺组织ENTPD1的mRNA水平,利用Western blotting技术检测不同基因型个体肺组织ENTPD1的蛋白水平。结果显示,香猪ENTPD13'UTR存在一个297 bp的SINE多态位点,位于终止密码子下游466 bp后,生物信息学分析发现,该SINE属于Pre0_SS tRNA家族,含有RNA聚合酶III启动子、多个RNA结合蛋白和miRNA的结合位点;在香猪和大白猪群体中均检测出3种基因型,即插入(SINE+/+)、缺失(SINE-/-)和杂合(SINE+/-),香猪群体中缺失(SINE-/-)基因型频率极显著高于大白猪(P<0.01),SINE-等位基因频率显著高于大白猪(P<0.05),SINE插入/缺失在两个群体中均呈现中度多态性,但仅在香猪群体中符合Hardy-Weinberg平衡。香猪不同组织ENTPD1 mRNA检测显示脾、肺组织中mRNA水平较高。香猪不同基因型肺组织ENTPD1的mRNA和蛋白检测显示,SINE-/-、SINE+/-基因型的mRNA水平极显著高于SINE+/+,SINE-/-基因型蛋白水平极显著高于SINE+/-、SINE+/+。研究结果提示,SINE插入负调控ENTPD1基因的表达。 展开更多
关键词 ENTPD1 3'utr SINE 基因表达 香猪
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口蹄疫病毒3′UTR负链互作的宿主蛋白筛选
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作者 潘红 周赛赛 +1 位作者 袁红根 宋云峰 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第5期2279-2291,共13页
本研究旨在筛选口蹄疫病毒(foot and mouth disease,FMDV)负链RNA复制过程中与3′UTR结合的宿主蛋白。首先,通过RNA pull down结合质谱,鉴定出与3′UTR负链结合的宿主蛋白。对质谱鉴定到的蛋白结果进行GO功能注释分析、KEGG通路富集分... 本研究旨在筛选口蹄疫病毒(foot and mouth disease,FMDV)负链RNA复制过程中与3′UTR结合的宿主蛋白。首先,通过RNA pull down结合质谱,鉴定出与3′UTR负链结合的宿主蛋白。对质谱鉴定到的蛋白结果进行GO功能注释分析、KEGG通路富集分析和互作网络筛选分析,并构建真核表达质粒以及原核表达质粒,表达该互作蛋白来验证RNA与蛋白的互作特异性。其次,截短3′UTR探究RNA与蛋白的互作区域,最后利用Co-IP探究宿主互作蛋白与病毒蛋白的互作关系。结果发现与3′UTR互作结合的蛋白多为核仁蛋白,其中以DEAD-box RNA解旋酶蛋白家族的Ddx18蛋白作为重点研究对象。通过构建该蛋白的真核表达载体,利用RNA pull down、RIP,以及EMSA证实Ddx18确实与3′UTR负链互作。转录出截短的3′UTR负链RNA,利用RNA pull down试验得出Ddx18与3′UTR负链的互作不依赖poly(U),且不与截短后的SL1和SL2互作。利用Co-IP试验证明2C病毒蛋白能与Ddx18蛋白互作。综上,3′UTR与Ddx18蛋白的互作可能基于RNA的空间结构,而2C病毒蛋白与Ddx18蛋白结合,提示2C可能间接结合3′UTR而共同形成复制复合物参与到FMDV的复制中。通过筛选与3′UTR负链互作的宿主蛋白,为进一步探究FMDV复制相关机制从而研究相关药物靶点奠定实验基础。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 3′非编码RNA负链 互作宿主蛋白 Ddx18 2C
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猪体外胚胎第一次卵裂前后3′UTR组的动态变化
7
作者 刘小英 王昕昕 +2 位作者 赵晗 杜志强 杨彩侠 《畜牧与兽医》 北大核心 2025年第6期13-19,共7页
旨在分析猪体外受精(IVF)和孤雌激活(PA)胚胎第一次卵裂前后mRNA的3′UTR组动态变化,为进一步试验揭示3′UTR转录后调控母源mRNAs的降解分子机制提供参考。利用课题组获得的猪IVF和PA来源的1-细胞与2-细胞期胚胎的单细胞RNA-seq(scRNA-s... 旨在分析猪体外受精(IVF)和孤雌激活(PA)胚胎第一次卵裂前后mRNA的3′UTR组动态变化,为进一步试验揭示3′UTR转录后调控母源mRNAs的降解分子机制提供参考。利用课题组获得的猪IVF和PA来源的1-细胞与2-细胞期胚胎的单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据集,使用DaPars软件分析鉴定3′UTRs有差异的mRNAs并对其参与的信号通路进行富集,筛选差异较大的mRNAs,对其3′UTRs进行整合基因组浏览器(IGV)可视化分析,进一步筛选3′UTRs平均长度在卵裂前后有显著差异的mRNAs,对其3′UTRs中存在的胞质多聚腺苷酸化元件(CPE)、多聚腺苷酸化信号(PAS)、microRNA结合位点和m6A位点等顺式功能元件进行预测。结果:猪IVF和PA胚胎第一次卵裂前后分别有207和117个mRNAs的3′UTRs显著差异(P<0.05),这些mRNAs分别参与不同的基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书分析(KEGG)通路;进一步分析表明,猪IVF胚胎第一次卵裂前后的核转运蛋白α3(KPNA3),猪PA胚胎第一次卵裂前后的高迁移率族蛋白B1(HMGB1)、酪蛋白激酶1γ3亚型(CSNK1G3)和Ras结合结构域家族成员3(RASSF3)的3′UTRs的平均长度差异大于90 nt;这4个mRNAs 3′UTRs中包含的CPE和PAS,KPNA3和CSNK1G33′UTRs中包含的microRNA结合位点,以及CSNK1G33′UTRs中包含的m6A位点的位置、个数和种类存在差异。综上,猪IVF和PA胚胎第一次卵裂前后众多mRNAs的3′UTRs发生了显著的变化,猪IVF胚胎组的KPNA3,PA胚胎组的HMGB1、CSNK1G3和RASSF33′UTRs的平均长度在第一次卵裂前后差异较大,这些mRNAs的丰度可能受到3′UTRs中包含的功能元件差异的调控。 展开更多
关键词 体外受精胚胎 孤雌激活胚胎 DaPars 3′utr
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Targeted deletion of the OsCSLC35′UTR improves disease resistance and agronomic traits in rice
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作者 Hao Shi Jun Xiong +11 位作者 Yuchen Liu Junjie Yin Kaiwei He Kaiyue Zhou Xiaobo Zhu Qing Xiong Qingqing Hou Long Wang Yongyan Tang Min He Xuewei Chen Weitao Li 《The Crop Journal》 2025年第5期1631-1636,共6页
The plant cell wall serves as a barrier in defense against pathogen invasion.However,the specific contribution of cell walls in vascular tissues to plant immunity remains largely unexplored.In this study,we demonstrat... The plant cell wall serves as a barrier in defense against pathogen invasion.However,the specific contribution of cell walls in vascular tissues to plant immunity remains largely unexplored.In this study,we demonstrate that OsCSLC3,a member of the rice cellulose synthase-like(CSL)gene family,is predominantly expressed in vascular tissues and that its overexpression promotes hemicellulose biosynthesis.This enhancement of hemicellulose accumulation is associated with improved disease resistance.Targeted editing of conserved cis-regulatory elements in the OsCSLC35′untranslated region(UTR)showed that deletion of the specific fragment(−575 to−824 bp)elevated OsCSLC3 transcript levels,promoted hemicellulose accumulation,enhanced disease resistance,and improved agronomic traits.Our findings highlight a previously underappreciated role for hemicellulose in plant immunity and demonstrate that precise 5′UTR editing is a promising strategy for improving disease resistance and agronomic traits. 展开更多
关键词 Cellulose synthase-like gene HEMICELLULOSE Rice blast 5′utr editing
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汤新景团队/王静开发靶向雄激素受体基因UTR的siRNA用于雄激素性脱发治疗
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作者 《Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences》 2025年第11期1061-1061,共1页
2025年9月26日,北京大学药学院天然药物及仿生药物全国重点实验室汤新景教授团队联合王静博士在国际学术期刊Journal of Medicinal Chemistry发表了题为“Efficient Silencing of Androgen Receptor Gene via UTR-TargetingsiRNAs for A... 2025年9月26日,北京大学药学院天然药物及仿生药物全国重点实验室汤新景教授团队联合王静博士在国际学术期刊Journal of Medicinal Chemistry发表了题为“Efficient Silencing of Androgen Receptor Gene via UTR-TargetingsiRNAs for Androgenetic Alopecia Therapy”的研究论文。该研究首次证实靶向雄激素受体基因非编码区的siRNA在雄激素性脱发治疗中的优势,为开发下一代脱发基因疗法提供了有力依据。 展开更多
关键词 雄激素受体基因 utr 雄激素性脱发 SIRNA
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家兔BMP7基因3′UTR的克隆及序列分析 被引量:5
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作者 赵巧辉 陈其新 +2 位作者 李明 石晓卫 刘孟洲 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2009年第2期11-14,共4页
【目的】研究家兔BMP7基因3′非翻译区(3′UTR)序列的结构及功能特点。【方法】以家兔肾脏组织为材料,应用3′RACE技术对家兔BMP7基因3′UTR序列进行扩增,并与GenBank中登陆的其他哺乳动物相应序列进行比较分析。【结果】成功克隆了家兔... 【目的】研究家兔BMP7基因3′非翻译区(3′UTR)序列的结构及功能特点。【方法】以家兔肾脏组织为材料,应用3′RACE技术对家兔BMP7基因3′UTR序列进行扩增,并与GenBank中登陆的其他哺乳动物相应序列进行比较分析。【结果】成功克隆了家兔BMP7基因的3′UTR(GenBank号:EU004072);在3′UTR序列末端存在2个切割与胞质多聚腺苷化特异因子(CPSF)结合位点(AAUAAA)和1个11 bp的poly(A)。家兔BMP7基因3′UTR序列与小鼠、人、牛和猪的一致性分别为41.45%,50.30%,47.84%和57.91%,相对不保守。【结论】家兔BMP7基因3′UTR结构特点可能与其基因功能有关。 展开更多
关键词 家兔 哺乳动物 骨形态形成蛋白7 3’utr 生物信息学分析
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草原红牛胰岛素样生长因子Ⅰ受体基因3′UTR序列多态性分析 被引量:7
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作者 张金玉 秦立红 +3 位作者 张国梁 赵玉民 张嘉保 赵志辉 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第7期103-106,共4页
以58头草原红牛为试验材料,采用PCR-SSCP技术对胰岛素样生长因子Ⅰ受体(IGF-ⅠR)基因3′UTR序列多态性进行了检测。结果表明,在IGF-ⅠR基因3′UTR中发现PCR-SSCP的多态位点,有2种等位基因和3种基因型。对所得基因型与生长和胴体性状的... 以58头草原红牛为试验材料,采用PCR-SSCP技术对胰岛素样生长因子Ⅰ受体(IGF-ⅠR)基因3′UTR序列多态性进行了检测。结果表明,在IGF-ⅠR基因3′UTR中发现PCR-SSCP的多态位点,有2种等位基因和3种基因型。对所得基因型与生长和胴体性状的相关性分析结果发现,在3′UTR中AB型的胴体产肉率、肉骨比显著高于AA、BB型(P<0.05);AA型的脂肪覆盖率显著高于BB型(P<0.05),与AB型差异不显著(P>0.05)。 展开更多
关键词 草原红牛 IGF-ⅠR基因 3′utr 多态性分析
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中国美利奴羊DLX3基因3′UTR的多态性及其与羊毛品质性状的关联分析 被引量:7
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作者 荣恩光 王志鹏 +3 位作者 张志威 杨华 李辉 王宁 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期358-367,共10页
为探讨DLX3基因的多态性与绵羊羊毛品质及生长性状的关系,本研究以5个品系的中国美利奴羊(新疆军垦型)为试验材料,采用PCR-RFLP方法开展了DLX3基因3′UTR区4个SNPs的多态性检测。通过卡方检验分析了4个SNPs在各品系绵羊中的等位基因频率... 为探讨DLX3基因的多态性与绵羊羊毛品质及生长性状的关系,本研究以5个品系的中国美利奴羊(新疆军垦型)为试验材料,采用PCR-RFLP方法开展了DLX3基因3′UTR区4个SNPs的多态性检测。通过卡方检验分析了4个SNPs在各品系绵羊中的等位基因频率,采用连锁不平衡分析构建了这4个SNPs的单倍型,最后将单位点和单倍型分别与绵羊羊毛品质和生长性状进行关联分析。结果表明:4个SNPs在5个品系间的等位基因频率均存在极显著差异(P<0.01);超细毛绵羊品系与其他4个品系间的基因型分布均存在极显著差异(P<0.01),2个多胎品系与其他3个品系间的基因型分布同样存在极显著差异(P<0.01);相关分析显示,这4个SNPs及其单倍型均对羊毛卷曲度有显著影响(P<0.05),而对其他羊毛性状及生长性状无显著影响(P>0.05)。由此可见,中国美利奴羊(新疆军垦型)DLX3基因3′UTR区的多态性与绵羊毛发卷曲度性状显著相关,可以尝试使用这些SNPs开展高品质细毛羊的分子标记辅助选择。 展开更多
关键词 中国美利奴羊(新疆军垦型) DLX3基因 SNPS 3′utr
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鸡IGFBP2基因3′UTR区1196C>A单核苷酸多态性的功能性鉴定及分析 被引量:6
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作者 于莹莹 乔书培 +5 位作者 孙婴宁 宋鹤 张潇飞 闫晓红 李辉 王宁 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1163-1172,共10页
鸡IGFBP2基因3′非编码区(3′UTR)1196C>A单核苷酸多态性(SNP)与鸡的腹脂重和腹脂率显著相关.生物信息学分析显示,该SNP恰好位于gga-mi R-456-3p的一个潜在靶基因结合位点处,提示IGFBP2基因可能是gga-mi R-456-3p的一个靶基因,且该SN... 鸡IGFBP2基因3′非编码区(3′UTR)1196C>A单核苷酸多态性(SNP)与鸡的腹脂重和腹脂率显著相关.生物信息学分析显示,该SNP恰好位于gga-mi R-456-3p的一个潜在靶基因结合位点处,提示IGFBP2基因可能是gga-mi R-456-3p的一个靶基因,且该SNP位点可能影响gga-mi R-456-3p对IGFBP2基因表达的调控作用.为鉴定SNP 1196C>A是否为功能性SNP,本研究分别构建了包含该SNP位点C或A等位基因的双荧光素酶报告基因载体,比较分析这两个等位基因在鸡胚成纤维细胞系(DF1)和鸡前脂肪细胞中对报告基因活性和表达的影响;利用mi RNA mimics和inhibitor分析gga-mi R-456-3p对不同等位基因报告基因活性以及内源性IGFBP2表达的影响.结果发现,在DF1细胞和鸡前脂肪细胞中,A等位基因的报告基因活性和表达均显著高于C等位基因(P<0.05);gga-mi R-456-3p仅影响C等位基因的报告基因活性和表达,而对A等位基因的报告基因活性没有明显影响;gga-mi R-456-3p调控细胞内源性IGFBP2基因的m RNA和蛋白质表达.本研究证实IGFBP2基因是gga-mi R-456-3p的靶基因,其3′UTR区SNP 1196C>A是一个功能性SNP,它影响gga-mi R-456-3p对鸡IGFBP2基因的表达调控作用.本研究结果对于鸡的分子辅助选择育种及IGFBP2基因在脂肪沉积中调控机制的阐明具有重要意义. 展开更多
关键词 IGFBP2基因 单核苷酸多态性 3′非编码区 gga-mi R-456-3p
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鼻咽癌表达下调基因NASG3'UTR可变剪接分析及其在多种肿瘤中的表达 被引量:4
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作者 张必成 朱诗国 +5 位作者 向娟娟 周鸣 聂新民 肖炳睪 李小玲 李桂源 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期477-480,共4页
背景与目的:采用抑制性消减杂交技术已分离获得了人鼻咽组织特异性基因NASG。本研究对人鼻咽组织特异性表达且在鼻咽癌表达下调的NASG基因3'非编码区(untranslatedregion,UTR)的可变剪接进行分析,并考察NASG基因在多种肿瘤组织中的... 背景与目的:采用抑制性消减杂交技术已分离获得了人鼻咽组织特异性基因NASG。本研究对人鼻咽组织特异性表达且在鼻咽癌表达下调的NASG基因3'非编码区(untranslatedregion,UTR)的可变剪接进行分析,并考察NASG基因在多种肿瘤组织中的表达。方法:在NASG基因3'UTR存在可变剪接部位的两端设计引物进行RT-PCR扩增,分离扩增产物并测序。用RT-PCR检测NASG基因在鼻咽癌中的表达,采用了肿瘤表达谱阵列(cancerprofilingarray)杂交分析NASG基因在多种肿瘤组织的表达状况。结果:NASG基因3'UTR存在3种剪接产物,NASG基因在71%的鼻咽癌活检组织中表达下调,25%的肺癌组织中表达上调,而在其他肿瘤及其配对的正常组织未见明显表达。结论:NASG基因3'UTR存在3种剪接产物,NASG基因的表达异常是鼻咽癌和肺癌发生、发展过程中重要的分子事件。 展开更多
关键词 鼻咽癌 表达 下调基因 NASG3′utr 可变剪接 分析及其在多种肿瘤 表达
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瑞氏木霉EGⅠ3′-UTR对基因在酿酒酵母中表达的影响 被引量:5
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作者 肖志壮 吴志红 +3 位作者 王婷 曲音波 高培基 汪天虹 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期587-591,共5页
将纤维素降解菌丝状真菌瑞氏木霉内切葡聚糖酶Ⅰ (EGⅠ )全长cDNA克隆于酿酒酵母H1 58中得到表达。重组酿酒酵母产生的EGⅠ的最适pH值为 5 0 ,最适作用温度为 50℃~ 60℃。EGⅠcDNA中的 3′ 非翻译区 (3′ UTR)序列的删除导致EGI基因... 将纤维素降解菌丝状真菌瑞氏木霉内切葡聚糖酶Ⅰ (EGⅠ )全长cDNA克隆于酿酒酵母H1 58中得到表达。重组酿酒酵母产生的EGⅠ的最适pH值为 5 0 ,最适作用温度为 50℃~ 60℃。EGⅠcDNA中的 3′ 非翻译区 (3′ UTR)序列的删除导致EGI基因在酵母菌中没有活性产物表达。通过RT PCR技术检测EGⅠmRNA转录水平的结果表明 ,带有 3′ UTR的EGⅠcDNA在酿酒酵母中具有明显的转录产物生成 ,但删除 3′ UTR之后的EGⅠcDNA却检测不到转录产物。这说明EGⅠ的 3′ UTR对基因在酵母菌中的表达具有重要作用。 展开更多
关键词 瑞氏木霉 内切葡聚糖酶Ⅰ 3'-非翻译区 基因表达 酿酒酵母 EGⅠ基因 纤维素酶
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家鹅Myostatin基因3-′UTR序列分析 被引量:6
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作者 杨凤萍 王金玉 +4 位作者 陈义权 李其松 耿士忠 张柳 沈华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期550-554,共5页
利用家鹅Myostatin基因第3外显子设计上游引物、家鸡Myostatin3-′UTR设计下游引物,PCR扩增并克隆出家鹅该基因3-′UTR长1 064bp DNA序列。该序列具有一个polyA加尾信号序列(TAATAAA),并富含连续的TTTT高保守区。分析家鹅与其他12个物... 利用家鹅Myostatin基因第3外显子设计上游引物、家鸡Myostatin3-′UTR设计下游引物,PCR扩增并克隆出家鹅该基因3-′UTR长1 064bp DNA序列。该序列具有一个polyA加尾信号序列(TAATAAA),并富含连续的TTTT高保守区。分析家鹅与其他12个物种该序列的同源性发现,其与家鸡的同源性最高,达87.1%,与鱼类的最低(<11%)。以13个物种Myostatin3-′UTR构建的分子进化树表明,3′UTR能够为动物进化提供一定信息,但适用于较低分类阶元。 展开更多
关键词 家鹅 Myostatin3′-utr分析 进化
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不同代次广西巴马小型猪内源性反转录病毒3′UTR克隆及结构和调控元件分析 被引量:2
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作者 欧阳康 邓世杰 +3 位作者 吴健敏 陈凤莲 张启模 郭亚芬 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1169-1174,共6页
利用CDNA末端快速扩增技术(RACE)成功扩增了广西巴马小型猪近交系连续4代次及封闭群的猪内源性反转录病毒(PERV)3UTR,共获得8条序列(GenBank登录号分别为:GQ475493、GQ475494、GQ475495、GQ475496、GQ475497、GQ475498、GQ475499、GQ475... 利用CDNA末端快速扩增技术(RACE)成功扩增了广西巴马小型猪近交系连续4代次及封闭群的猪内源性反转录病毒(PERV)3UTR,共获得8条序列(GenBank登录号分别为:GQ475493、GQ475494、GQ475495、GQ475496、GQ475497、GQ475498、GQ475499、GQ475500),分为638、749bp 2种不同的类型,都属于PERV-A亚型。以PERV-3UTR构建遗传进化树,PERV-A,B,C分群清晰,3UTR可作为PERV亚型区分的另一基因序列。对调控元件定位分析,推测具有749bp类型3UTR的PERV病毒转录水平更高。在所获得序列的209~227bp位置,发现了"CTTGAAACTT"10个碱基的1.9个重复。模拟RNA二级结构,广西巴马小型猪PERV-3UTR 2种类型无论从空间构型、自由能,还是茎环数量都存在明显的不同。这些结果为全面评价广西巴马小型猪来源的PERV病原安全性提供了参考。 展开更多
关键词 猪内源性反转录病毒 广西巴马小型猪 RACE 3utr
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草鱼醛缩酶A3'-UTR突变与生长性状相关研究 被引量:6
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作者 李玺洋 白俊杰 +1 位作者 于凌云 梁旭方 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2012年第5期13-16,共4页
采用直接测序法筛选草鱼(Ctenopharyngodon idella)醛缩酶A 3'-UTR突变位点,发现其转录终止密码子后58 bp处存在17 bp的插入片段。对草鱼养殖群体的插入突变进行分型,检测到该群体有AA、BB、AB三种基因型,等位基因B在群体中的频率为... 采用直接测序法筛选草鱼(Ctenopharyngodon idella)醛缩酶A 3'-UTR突变位点,发现其转录终止密码子后58 bp处存在17 bp的插入片段。对草鱼养殖群体的插入突变进行分型,检测到该群体有AA、BB、AB三种基因型,等位基因B在群体中的频率为0.723,处于Hardy-weinberg平衡,多态信息含量是0.32,此突变在所测群体中属于中等遗传变异。利用一般线性模型分析基因型与草鱼群体生长性状(体重、体长、体高、体宽)的相关性,结果表明:醛缩酶A 3'-UTR突变与草鱼体宽和吻长2个生长性状达到显著相关(P<0.05),BB基因型个体比AA基因型个体的体重增加8.37%,在全长、体长、体高、尾柄长等生长性状也表现出比AA和AB基因型个体好。可将醛缩酶A 3'-UTR上的这段插入突变位点作为草鱼生长性状的候选分子标记用于草鱼的选育。 展开更多
关键词 草鱼(Ctenopharyngodon idella) 醛缩酶 3'-utr 生长性状 关联分析
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TNF-α3′-UTR双荧光素酶报告基因系统的构建及丹参酮类药物筛选 被引量:5
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作者 韦忠红 朱智杰 +8 位作者 刘玉萍 刘兆国 盛晓波 汪思亮 陶丽 祝娉婷 陈文星 王爱云 陆茵 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期77-81,共5页
目的构建并鉴定p GL3-TNF-α3'端非翻译区(UTR)双荧光素酶报告基因(DLR)表达系统,以此基于调控TNF-α转录后水平对丹参酮类成分进行筛选。方法反转录人脐静脉内皮细胞HUVEC的mRNA成c DNA,以之为模板,PCR扩增含TNF-α3'-UTR的DN... 目的构建并鉴定p GL3-TNF-α3'端非翻译区(UTR)双荧光素酶报告基因(DLR)表达系统,以此基于调控TNF-α转录后水平对丹参酮类成分进行筛选。方法反转录人脐静脉内皮细胞HUVEC的mRNA成c DNA,以之为模板,PCR扩增含TNF-α3'-UTR的DNA片段全长,经酶切后连接至荧光素酶报告载体p GL3-control上,构建出p GL3-TNF-α3'UTR全长的荧光素酶报告基因载体并进行鉴定。将所构建的p GL3-TNF-α3'UTR与p SVRenilla质粒组成双荧光素酶报告系统共转染至单核巨噬细胞RAW264.7,经脂多糖诱导后利用该双荧光素酶报告基因表达系统判定丹参酮类成分对TNF-α转录后调控是否有影响。结果成功构建p GL3-TNF-α3'UTR荧光素酶报告基因,克隆获得的DNA片段大小及序列与Genbank报道的一致。脂多糖(LPS)可以明显诱导转入p GL3-TNF-α3'UTR载体细胞的荧光强度。丹参酮类成分中隐丹参酮可以明显降低LPS诱导的p GL3-TNF-α3'UTR载体细胞的荧光素酶活性。结论成功构建含TNF-α3'UTR区的双荧光素酶报告基因表达系统,并以此从丹参酮类化合物中筛选出隐丹参酮,可以对TNF-α的转录后水平进行抑制调控。 展开更多
关键词 TNF-Α 3′非编码区 双荧光素酶报告基因 转录后调控 隐丹参酮 药物筛选
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基于5’UTR-VP4-VP2区测序鉴定手足口病肠道病毒 被引量:4
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作者 王建 邵永强 +3 位作者 孙宝昌 钭慧芬 郑文力 吴矛矛 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期770-777,共8页
目前肠道病毒(Enterovirus,EV)分子分型主要基于VP1区,此区不仅可以分型还能区分亚型,但不同型别的肠道病毒在VP1区的核苷酸变异很大,需要使用多对引物或高简并度的简并引物进行巢式PCR才能定型,实验过程繁琐。本研究发现肠道病毒5’UTR... 目前肠道病毒(Enterovirus,EV)分子分型主要基于VP1区,此区不仅可以分型还能区分亚型,但不同型别的肠道病毒在VP1区的核苷酸变异很大,需要使用多对引物或高简并度的简并引物进行巢式PCR才能定型,实验过程繁琐。本研究发现肠道病毒5’UTR-VP4-VP2区两端序列高度保守能利用通用引物进行扩增、中间序列差异大于10%能区分不同型别。本研究建立并验证5’UTR-VP4-VP2区测序鉴定手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)临床标本中肠道病毒的方法。根据ICTV公布的人肠道病毒104个型别的核苷酸全序列,在肠道病毒5’UTR-VP4-VP2区设计引物(EV543F/EV1197R)。收集702份肠道病毒核酸检测阳性的手足口病临床标本,用EV543F/EV1197R引物扩增5’UTR-VP4-VP2区基因并测序,BLAST比对定型;对407份标本同时进行RTPCR分型检测。在702份标本中鉴定出15个型别679份肠道病毒,阳性率为96.7%;407份RT-PCR分型结果和本法比较,结果显示EV-A71、CV-A16和CV-A10两法一致性很好(Kappa值0.966~0.970),本法CV-A6阳性率(38.82%)优于RT-PCR分型(34.40%),Mcnemar卡方P值=0.003。肠道病毒5’UTR-VP4-VP2区测序法具有较好的敏感性和简便、快速的特点,可用于手足口病肠道病毒感染的实验室诊断和相关研究。 展开更多
关键词 肠道病毒(EV) 手足口病(HFMD) 5’utr-VP4-VP2 分型 测序
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