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基于5’UTR基因的牛肠道病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 陆泳锟 张德雄 +7 位作者 王晓虎 陈晶 黄元 马惠海 李学泓 陈翔宇 黄淑坚 王刚 《病毒学报》 北大核心 2025年第5期1488-1498,共11页
为建立一种可快速、特异、高效检测牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV)的实时荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank数据库BEV流行毒株5’UTR保守基因序列设计合成特异性引物及探针,并以BEV阳性核酸5’UTR基因序列构建的标准质粒为模... 为建立一种可快速、特异、高效检测牛肠道病毒(Bovine enterovirus,BEV)的实时荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank数据库BEV流行毒株5’UTR保守基因序列设计合成特异性引物及探针,并以BEV阳性核酸5’UTR基因序列构建的标准质粒为模板,采用矩阵法对引物和探针浓度、退火温度进行优化及绘制标准曲线,同时进行灵敏性、重复性及特异性验证和临床样本检测。结果表明,该检测方法在重组质粒标准品模板浓度为4.05×10^(2)~4.05×10^(9)拷贝/μL范围内呈现良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.9975,线性方程斜率为3.4539,扩增效率为94.7%,最低检测限度为4.05×10^(2)拷贝/μL,比常规RT-PCR检测方法灵敏度高100倍;组内和组间的变异系数均小于0.8%;与牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea mucosal disease virus,BVDV)、轮状病毒(Rotavirus,RV)、牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus,IBRV)和牛流行热病毒(Bovine ephemeral fever virus,BEFV)均无交叉反应。应用该检测方法对牛场采集的36份腹泻牛的粪便样品和24份肛拭子样品进行检测,检测阳性率分别为94.44%(34/36)和91.67%(22/24)。经试验验证表明,该检测方法具有较好的灵敏性、重复性及特异性,可应用于牛常规临床样本中BEV的鉴别诊断,为BEV的防控提供了有力的技术支持。 展开更多
关键词 牛肠道病毒 5’utr基因 TaqMan探针法 实时荧光定量PCR
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5′-UTR序列特征对mRNA丰度的调控作用及优化策略
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作者 梅子轮 张金鹏 +7 位作者 邵佳怡 徐国强 任家卫 张晓梅 李会 史劲松 张晓娟 许正宏 《微生物学报》 北大核心 2025年第8期3567-3582,共16页
【目的】转录是基因表达的第一步,mRNA丰度在一定程度上决定着最终蛋白质的表达丰度。近期一些研究发现,5′-UTR中不同的核糖体结合位点(ribosome-binding site,RBS)会对下游基因的mRNA丰度产生影响。从mRNA降解过程的调控因素角度分析... 【目的】转录是基因表达的第一步,mRNA丰度在一定程度上决定着最终蛋白质的表达丰度。近期一些研究发现,5′-UTR中不同的核糖体结合位点(ribosome-binding site,RBS)会对下游基因的mRNA丰度产生影响。从mRNA降解过程的调控因素角度分析,这种影响可能源自Shine-Dalgarno(SD)序列与核糖体的结合强度以及5′-UTR局部二级结构。【方法】构建了一个包含518个突变体的5′-UTR突变文库,结合高通量测序技术,高效采集各5′-UTR突变体对应其调控的下游egfp基因的mRNA丰度,并通过RT-qPCR验证了其有效性。【结果】将各mRNA突变体丰度与其对应的5′-UTR序列特征进行关联分析,结果表明,与核糖体结合强度为中等偏强的SD序列最有利于维持高mRNA丰度,结合强度过高或过低均会导致mRNA丰度的降低;完全保守的核心SD序列(GGAGG)是保证较高结合强度的关键,其保守性下降将导致mRNA丰度明显下降。当不同序列的5′-UTR中SD序列接近,即与核糖体结合强度相似时,其局部二级结构越不稳定,对应的mRNA丰度越高。【结论】本研究解析了5′-UTR的各序列特征对mRNA丰度的调控作用,初步建立了其相互之间的定性模型,为代谢工程及基因线路中调控元件的理性设计提供了重要参考。 展开更多
关键词 5′-utr SD序列 局部二级结构 MRNA丰度
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5′UTR区的编辑降低大麦GBSSⅠ基因表达
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作者 薛瑞莹 刘永菊 +5 位作者 姜燕燕 彭欣雅 曹东 李云 刘宝龙 包雪梅 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期83-89,共7页
【目的】大麦是第四大粮食作物,其籽粒总淀粉含量以及直链淀粉和支链淀粉的比例是决定大麦品质和特性的关键因素之一,直链淀粉含量的精细调控对于大麦面粉品质改良具有重要意义。【方法】本研究以大麦Cas9过表达株系为受体,通过BSMV-sg... 【目的】大麦是第四大粮食作物,其籽粒总淀粉含量以及直链淀粉和支链淀粉的比例是决定大麦品质和特性的关键因素之一,直链淀粉含量的精细调控对于大麦面粉品质改良具有重要意义。【方法】本研究以大麦Cas9过表达株系为受体,通过BSMV-sg介导的基因编辑系统,对GBSSⅠ基因的5′非编码区域(5′UTR)进行靶向编辑,实现GBSSⅠ基因表达的精细调控。【结果】14株M0代5′UTR植株的第5分蘖叶片均发生了体细胞编辑,编辑效率为1.22%-84.49%,收获体细胞编辑效率最高的第5分蘖的种子,并在其23株M1代单株中鉴定到6株编辑系,编辑植株比例达26.08%。RT-qPCR检测GBSSⅠ基因的表达,编辑系的表达量比对照下降了40%-82%。【结论】通过编辑5′UTR区可以调控GBSSⅠ基因的表达,为直链淀粉合成的精细调控提供新思路。 展开更多
关键词 基因编辑 BSMV-sg系统 5′utr GBSSⅠ基因 表达调控 大麦
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香猪ENTPD1基因3'UTR的SINE插入下调其基因表达
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作者 田姣 龙菊烟 +5 位作者 陈霞 岑晓丽 牛熙 黄世会 王嘉福 冉雪琴 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第9期4303-4314,共12页
旨在探究香猪ENTPD1基因3'UTR短散在元件(short interspersed nuclear element,SINE)插入/缺失的群体多态性及对基因表达的影响。本研究以香猪为研究对象,以大白猪为对照,利用PCR技术检测香猪和大白猪群体中ENTPD1基因3'UTR区S... 旨在探究香猪ENTPD1基因3'UTR短散在元件(short interspersed nuclear element,SINE)插入/缺失的群体多态性及对基因表达的影响。本研究以香猪为研究对象,以大白猪为对照,利用PCR技术检测香猪和大白猪群体中ENTPD1基因3'UTR区SINE插入/缺失的群体多态性;利用UCSC、SINE Base、miRNA Base、PITA及RBP suite等数据库及软件分析SINE序列中的功能元件;利用Real-time fluorescence quantitative PCR(RT-qPCR)技术检测6月龄健康香猪不同组织(心、肝、脾、肺、肾)ENTPD1的mRNA水平和不同基因型个体肺组织ENTPD1的mRNA水平,利用Western blotting技术检测不同基因型个体肺组织ENTPD1的蛋白水平。结果显示,香猪ENTPD13'UTR存在一个297 bp的SINE多态位点,位于终止密码子下游466 bp后,生物信息学分析发现,该SINE属于Pre0_SS tRNA家族,含有RNA聚合酶III启动子、多个RNA结合蛋白和miRNA的结合位点;在香猪和大白猪群体中均检测出3种基因型,即插入(SINE+/+)、缺失(SINE-/-)和杂合(SINE+/-),香猪群体中缺失(SINE-/-)基因型频率极显著高于大白猪(P<0.01),SINE-等位基因频率显著高于大白猪(P<0.05),SINE插入/缺失在两个群体中均呈现中度多态性,但仅在香猪群体中符合Hardy-Weinberg平衡。香猪不同组织ENTPD1 mRNA检测显示脾、肺组织中mRNA水平较高。香猪不同基因型肺组织ENTPD1的mRNA和蛋白检测显示,SINE-/-、SINE+/-基因型的mRNA水平极显著高于SINE+/+,SINE-/-基因型蛋白水平极显著高于SINE+/-、SINE+/+。研究结果提示,SINE插入负调控ENTPD1基因的表达。 展开更多
关键词 ENTPD1 3'utr SINE 基因表达 香猪
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猪体外胚胎第一次卵裂前后3′UTR组的动态变化
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作者 刘小英 王昕昕 +2 位作者 赵晗 杜志强 杨彩侠 《畜牧与兽医》 北大核心 2025年第6期13-19,共7页
旨在分析猪体外受精(IVF)和孤雌激活(PA)胚胎第一次卵裂前后mRNA的3′UTR组动态变化,为进一步试验揭示3′UTR转录后调控母源mRNAs的降解分子机制提供参考。利用课题组获得的猪IVF和PA来源的1-细胞与2-细胞期胚胎的单细胞RNA-seq(scRNA-s... 旨在分析猪体外受精(IVF)和孤雌激活(PA)胚胎第一次卵裂前后mRNA的3′UTR组动态变化,为进一步试验揭示3′UTR转录后调控母源mRNAs的降解分子机制提供参考。利用课题组获得的猪IVF和PA来源的1-细胞与2-细胞期胚胎的单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据集,使用DaPars软件分析鉴定3′UTRs有差异的mRNAs并对其参与的信号通路进行富集,筛选差异较大的mRNAs,对其3′UTRs进行整合基因组浏览器(IGV)可视化分析,进一步筛选3′UTRs平均长度在卵裂前后有显著差异的mRNAs,对其3′UTRs中存在的胞质多聚腺苷酸化元件(CPE)、多聚腺苷酸化信号(PAS)、microRNA结合位点和m6A位点等顺式功能元件进行预测。结果:猪IVF和PA胚胎第一次卵裂前后分别有207和117个mRNAs的3′UTRs显著差异(P<0.05),这些mRNAs分别参与不同的基因本体分析(GO)和京都基因与基因组百科全书分析(KEGG)通路;进一步分析表明,猪IVF胚胎第一次卵裂前后的核转运蛋白α3(KPNA3),猪PA胚胎第一次卵裂前后的高迁移率族蛋白B1(HMGB1)、酪蛋白激酶1γ3亚型(CSNK1G3)和Ras结合结构域家族成员3(RASSF3)的3′UTRs的平均长度差异大于90 nt;这4个mRNAs 3′UTRs中包含的CPE和PAS,KPNA3和CSNK1G33′UTRs中包含的microRNA结合位点,以及CSNK1G33′UTRs中包含的m6A位点的位置、个数和种类存在差异。综上,猪IVF和PA胚胎第一次卵裂前后众多mRNAs的3′UTRs发生了显著的变化,猪IVF胚胎组的KPNA3,PA胚胎组的HMGB1、CSNK1G3和RASSF33′UTRs的平均长度在第一次卵裂前后差异较大,这些mRNAs的丰度可能受到3′UTRs中包含的功能元件差异的调控。 展开更多
关键词 体外受精胚胎 孤雌激活胚胎 DaPars 3′utr
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Targeted deletion of the OsCSLC35′UTR improves disease resistance and agronomic traits in rice
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作者 Hao Shi Jun Xiong +11 位作者 Yuchen Liu Junjie Yin Kaiwei He Kaiyue Zhou Xiaobo Zhu Qing Xiong Qingqing Hou Long Wang Yongyan Tang Min He Xuewei Chen Weitao Li 《The Crop Journal》 2025年第5期1631-1636,共6页
The plant cell wall serves as a barrier in defense against pathogen invasion.However,the specific contribution of cell walls in vascular tissues to plant immunity remains largely unexplored.In this study,we demonstrat... The plant cell wall serves as a barrier in defense against pathogen invasion.However,the specific contribution of cell walls in vascular tissues to plant immunity remains largely unexplored.In this study,we demonstrate that OsCSLC3,a member of the rice cellulose synthase-like(CSL)gene family,is predominantly expressed in vascular tissues and that its overexpression promotes hemicellulose biosynthesis.This enhancement of hemicellulose accumulation is associated with improved disease resistance.Targeted editing of conserved cis-regulatory elements in the OsCSLC35′untranslated region(UTR)showed that deletion of the specific fragment(−575 to−824 bp)elevated OsCSLC3 transcript levels,promoted hemicellulose accumulation,enhanced disease resistance,and improved agronomic traits.Our findings highlight a previously underappreciated role for hemicellulose in plant immunity and demonstrate that precise 5′UTR editing is a promising strategy for improving disease resistance and agronomic traits. 展开更多
关键词 Cellulose synthase-like gene HEMICELLULOSE Rice blast 5′utr editing
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口蹄疫病毒3′UTR负链互作的宿主蛋白筛选
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作者 潘红 周赛赛 +1 位作者 袁红根 宋云峰 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第5期2279-2291,共13页
本研究旨在筛选口蹄疫病毒(foot and mouth disease,FMDV)负链RNA复制过程中与3′UTR结合的宿主蛋白。首先,通过RNA pull down结合质谱,鉴定出与3′UTR负链结合的宿主蛋白。对质谱鉴定到的蛋白结果进行GO功能注释分析、KEGG通路富集分... 本研究旨在筛选口蹄疫病毒(foot and mouth disease,FMDV)负链RNA复制过程中与3′UTR结合的宿主蛋白。首先,通过RNA pull down结合质谱,鉴定出与3′UTR负链结合的宿主蛋白。对质谱鉴定到的蛋白结果进行GO功能注释分析、KEGG通路富集分析和互作网络筛选分析,并构建真核表达质粒以及原核表达质粒,表达该互作蛋白来验证RNA与蛋白的互作特异性。其次,截短3′UTR探究RNA与蛋白的互作区域,最后利用Co-IP探究宿主互作蛋白与病毒蛋白的互作关系。结果发现与3′UTR互作结合的蛋白多为核仁蛋白,其中以DEAD-box RNA解旋酶蛋白家族的Ddx18蛋白作为重点研究对象。通过构建该蛋白的真核表达载体,利用RNA pull down、RIP,以及EMSA证实Ddx18确实与3′UTR负链互作。转录出截短的3′UTR负链RNA,利用RNA pull down试验得出Ddx18与3′UTR负链的互作不依赖poly(U),且不与截短后的SL1和SL2互作。利用Co-IP试验证明2C病毒蛋白能与Ddx18蛋白互作。综上,3′UTR与Ddx18蛋白的互作可能基于RNA的空间结构,而2C病毒蛋白与Ddx18蛋白结合,提示2C可能间接结合3′UTR而共同形成复制复合物参与到FMDV的复制中。通过筛选与3′UTR负链互作的宿主蛋白,为进一步探究FMDV复制相关机制从而研究相关药物靶点奠定实验基础。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 3′非编码RNA负链 互作宿主蛋白 Ddx18 2C
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ERK1/2信号通路基因3'UTR多态性与非小细胞肺癌的相关性 被引量:1
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作者 洪超 向旭东 +6 位作者 李盈甫 曹杨 陈雪雅 李帅 邢安灏 林牧 马千里 《昆明医科大学学报》 CAS 2024年第3期7-17,共11页
目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC... 目的探究4个ERK1/2信号通路的基因3'UTR区域的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(MAPK1基因中的rs9340,NRAS基因中的rs14804,KRAS基因中的rs712和rs7973450)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的相关性。方法纳入了478名NSCLC患者及480名健康对照者,利用TaqMan探针法对其进行基因分型检测,并分析上述4个SNP与NSCLC的相关性。结果rs9340位点的等位基因在对照组与非小细胞鳞状细胞癌组(squamous cell carcinoma,SCC)中分布频率的差异具有统计学意义(P=0.009),该结果表明rs9340位点的G等位基因可能是非小细胞肺鳞癌的保护性因素(OR=0.67,95%CI:0.50~0.91)。同时,在<50岁年龄组中,rs9340位点的等位基因在对照组和NSCLC组中的分布频率差异具有统计学意义(P=5.07×10^(-4)),该结果表明rs9340等位基因G可能是NSCLC的保护性因素(OR=0.46,95%CI:0.29~0.72)。结论MAPK1基因SNP位点rs9340可能与NSCLC的发生风险相关。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 ERK1/2信号通路 单核苷酸多态性 3'utr MAPK1
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HSV-1即刻早期基因的5′UTR对报告基因mRNA翻译的影响
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作者 徐朗希 李丹丹 +7 位作者 李恒 郑惠文 彭沙沙 张莹 于丽 廖芸 刘龙丁 李琦涵 《云南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期980-992,共13页
mRNA疫苗的5′非翻译区(5’untranslated regions,5′UTR)对其表达起着重要作用,报告基因增强绿色荧光蛋白基因(enhanced green fluorescent protein,EGFP)用于检测5′UTR调控mRNA表达已经是一个较为成熟的实验方法.为研究单纯疱疹病毒1... mRNA疫苗的5′非翻译区(5’untranslated regions,5′UTR)对其表达起着重要作用,报告基因增强绿色荧光蛋白基因(enhanced green fluorescent protein,EGFP)用于检测5′UTR调控mRNA表达已经是一个较为成熟的实验方法.为研究单纯疱疹病毒1型(herpes simplex virus 1,HSV-1)即刻早期基因的5′UTR作为报告基因EGFP mRNA的5′UTR对其翻译的影响,本研究将4个即刻早期基因的5’UTR以及表达能力较强的人β珠蛋白基因(humanβGlobin,hBg)5′UTR插入报告基因EGFP 5’端,通过观察绿色荧光强度研究不同即刻早期基因5′UTR对mRNA翻译的影响.结果表明:经mRNA转染试剂和纳米脂质体颗粒分别递送进293T细胞和小鼠体内;RL2的5′UTR作为报告基因EGFP 5′UTR的表达水平与hBg 5′UTR相近,RS1、US1、US12表达水平明显弱于hBg 5′UTR.因此,RL2基因的5′UTR有潜力作为mRNA疫苗的5′UTR. 展开更多
关键词 单纯疱疹病毒1型 5′utr mRNA 蛋白表达水平
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5′UTR在植物基因表达调控中的功能研究进展 被引量:2
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作者 徐志民 鄢梦雨 兰海燕 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期9-19,共11页
植物5′非翻译区(untranslated region,UTR)存在众多的调控元件,如内部核糖体进入位点、上游开放阅读框、内含子及各种二级结构,在基因表达调控中发挥重要作用。5′UTR还能够通过保留、删除或突变调控元件产生多个mRNA变体,从而影响翻... 植物5′非翻译区(untranslated region,UTR)存在众多的调控元件,如内部核糖体进入位点、上游开放阅读框、内含子及各种二级结构,在基因表达调控中发挥重要作用。5′UTR还能够通过保留、删除或突变调控元件产生多个mRNA变体,从而影响翻译效率。本文对植物5′UTR中涉及的各种调控元件及二级结构的作用机制进行了总结归纳,期望较为全面展示植物5′UTR的结构和功能,并为研究植物5′UTR的调控机制提供参考。 展开更多
关键词 5′utr 上游开放阅读框 内含子 二级结构 基因表达调控
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ZEB1-3′UTR促进乳腺癌细胞MCF-7迁移机制的研究
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作者 邓英姿 孙煜曦 +4 位作者 李一菲 张美玲 张运峰 许可 胡芬 《唐山师范学院学报》 2024年第3期50-53,72,共5页
对与ZEB1-3′UTR结合的microR-NAs进行生物信息学分析。结果表明,与对照组相比,过表达ZEB1-3′UTR后MCF-7细胞迁移能力显著增强。采用RNA22、Microrna、Targetscan数据库筛选出与ZEB1-3′UTR结合的microRNAs,三个数据库公共预测的microR... 对与ZEB1-3′UTR结合的microR-NAs进行生物信息学分析。结果表明,与对照组相比,过表达ZEB1-3′UTR后MCF-7细胞迁移能力显著增强。采用RNA22、Microrna、Targetscan数据库筛选出与ZEB1-3′UTR结合的microRNAs,三个数据库公共预测的microRNAs有9个,分别是miR-429、miR-200b、miR-200c、miR-494、miR-873、miR-381、miR-300、miR-431和miR-342,其中miR-429、miR-200b、miR-200c、miR-342在乳腺癌中高表达。以上研究表明,ZEB1-3′UTR能够竞争性结合肿瘤细胞表达的内源性microRNAs,促进了MCF-7细胞迁移。 展开更多
关键词 MICRORNA ZEB1-3′utr 生物信息学
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狭缝引导配体13′UTR通过miR-34a-5p/SIRT1轴调节内皮细胞表型 被引量:1
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作者 欧涛 胡志琴 +5 位作者 高原 伍华燕 陈凯茵 徐金东 方咸宏 单志新 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期362-372,共11页
在高等生物的进化过程中,mRNA的3′非翻译区(3′untranslated region,3′UTR)序列显著增加,提示3′UTR在生物功能调节中可能发挥重要作用。我们发现狭缝引导配体1(slit guidance ligand 1,SLIT1)3′UTR在肥厚型心肌病(HCM)患者心肌中水... 在高等生物的进化过程中,mRNA的3′非翻译区(3′untranslated region,3′UTR)序列显著增加,提示3′UTR在生物功能调节中可能发挥重要作用。我们发现狭缝引导配体1(slit guidance ligand 1,SLIT1)3′UTR在肥厚型心肌病(HCM)患者心肌中水平降低,但其对肥厚心肌中血管功能调节的作用机制不清楚。利用腺病毒介导在主动脉内皮细胞(human aortic endothelial cells,HAECs)中过表达SLIT13′UTR,检测HAECs中一氧化氮合酶(endothelial nitric oxide synthases,eNOS)和血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor,VEGFA)表达。分别采用划痕实验和基于Matrigel胶的管腔形成实验检测HAECs的迁移和成管腔能力。结果发现,过表达SLIT13′UTR会升高HAECs中p-eNOS、eNOS和VEGFA水平(P<0.01),并促进HAECs迁移和成管腔能力(P<0.01)。生物信息学预测提示,SLIT13′UTR上有多个微RNA(miRNA)的潜在结合位点,反义RNA纯化技术(RNA antisense purification,RAP)筛选和利用Ago2抗体进行RNA结合蛋白质免疫沉淀(RNA binding protein immunoprecipitation,RIP)结果显示,SLIT13′UTR与miR-34a-5p存在结合作用,而过表达SLIT13′UTR的HAECs中miR-34a-5p水平显著降低(P<0.05)。Western印迹结果证实,miR-34a-5p可逆转过表达SLIT13′UTR对去乙酰化酶SIRT1的上调作用(P<0.05)。在HAECs中转染miR-34a-5p和si-SIRT1,可一致地抑制过表达SLIT13′UTR引起的p-eNOS、eNOS和VEGFA增加(P<0.05,P<0.01),及促进HAECs迁移和成管腔的能力(P<0.01,P<0.001)。因此,SLIT13′UTR可以特异性吸附miR-34a-5p,通过miR-34a-5p/SIRT1轴发挥促进内皮细胞迁移和管腔生成的作用。 展开更多
关键词 狭缝引导配体1 3′非翻译区 血管内皮细胞 微RNA
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在大肠杆菌体内外调控一致的5′-UTR序列挖掘
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作者 李佩贤 李娇娇 +2 位作者 刘倩 张婕 齐浩 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期20-31,共12页
基因元件的标准化和模块化为日益复杂的遗传系统改造设计提供了参考。目的:通过探究5′-非翻译区(5′-untranslated region,5′-UTR)在大肠杆菌体内外对翻译起始调控的一致性,挖掘通用型5′-UTR序列为模块化工程增添具有良好特征的遗传... 基因元件的标准化和模块化为日益复杂的遗传系统改造设计提供了参考。目的:通过探究5′-非翻译区(5′-untranslated region,5′-UTR)在大肠杆菌体内外对翻译起始调控的一致性,挖掘通用型5′-UTR序列为模块化工程增添具有良好特征的遗传元件。方法:构建包含25 nt的5′-UTR随机文库化转至大肠杆菌中,通过测量样品荧光值(Flu)和OD600来量化其体内的相对活性值;利用大肠杆菌BL21 Star(DE3)细胞抽提物进行体外蛋白质表达,通过测定样品Flu来量化体外的相对活性值;依据5′-UTR的碱基分布、最小自由能等对文库序列特征进行分析;将得到的体内外真实活性值进行相关性分析并计算皮尔逊相关系数。结果:成功构建的554个5′-UTR变体文库在体内外蛋白质表达系统中表现出中等相关性(Pearson’r=0.64);其中,相对活性值高的5′-UTR序列富含AG,并且其在体内外均呈现自身最小自由能较大,而与16S rRNA杂交的自由能较小;文库数据量大小使体内外相关性分析产生一定的波动性但较为微弱;最后,发现高活性区间内的5′-UTR序列在体内外相关性较高,并从文库中优选出3条作为通用型5′-UTR应用于代谢工程与合成生物学领域。结论:体内外蛋白质表达的中等相关性推动了体外快速表征在研究体内生物合成中的拓展与应用,筛选出的通用型5′-UTR为基因线路的遗传设计提供了选择。 展开更多
关键词 5′-非翻译区 大肠杆菌 基因表达调控 无细胞蛋白表达 合成生物学
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肉牛CAST基因5'UTR和3'UTR多态性分析
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作者 刘振山 刘桂芬 +3 位作者 宋恩亮 刘晓牧 谭秀文 万发春 《山东农业科学》 2015年第3期108-112,共5页
钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)专一抑制钙蛋白酶(Calpain,CAPN)活性,参与调节牛肉的嫩化及肌内蛋白的水解,其编码基因是肉质性状的主要候选基因。本研究根据牛CAST基因5'UTR区(GenBank No.AY834771)和3'UTR区(Gen Bank No... 钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)专一抑制钙蛋白酶(Calpain,CAPN)活性,参与调节牛肉的嫩化及肌内蛋白的水解,其编码基因是肉质性状的主要候选基因。本研究根据牛CAST基因5'UTR区(GenBank No.AY834771)和3'UTR区(Gen Bank No.DQ991097)序列设计两对引物,用PCR-SSCP方法对鲁西黄牛和渤海黑牛共305个样本进行了单核苷酸多态性分析。结果显示,CAST基因5'UTR和3'UTR区存在PCR-SSCP多态,在5'UTR区存在6437(C/T)、6477(G/A)和6614(G/T)3个SNP位点,表现为AA、AB、BB、BC和AD 5种基因型;在3'UTR区存在359(T/C)和366(A/G)2个SNP位点,表现为EE、EF、FF和EG 4种基因型。经检验表明,鲁西黄牛和渤海黑牛均处于非Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析表明这两种牛的多态信息含量均为中度多态。 展开更多
关键词 鲁西黄牛 渤海黑牛 CAST基因 5’utr 3’utr 单核苷酸多态性
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鸡gga-miR-7b靶基因VDAC1-3’UTR双荧光素酶报告基因质粒的构建 被引量:1
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作者 肖春婷 廉传江 +1 位作者 易诚 陈洪岩 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期533-538,共6页
本研究以鸡gga-miR-7b作为研究对象,为了明确与肿瘤形成相关的关键基因VDAC1(Voltage-dependent anion channel 1)是否为gga-miR-7b的靶基因,深入研究gga-miR-7b对VDAC1基因的调控作用,本研究运用TargetScan和miRBD生物学软件预测了gga-... 本研究以鸡gga-miR-7b作为研究对象,为了明确与肿瘤形成相关的关键基因VDAC1(Voltage-dependent anion channel 1)是否为gga-miR-7b的靶基因,深入研究gga-miR-7b对VDAC1基因的调控作用,本研究运用TargetScan和miRBD生物学软件预测了gga-miR-7b与VDAC1 m RNA的3’端非编码区(3’UTR)存在种子结合位点(GTCTTCC),并使用PCR克隆以及同源重组突变的方法构建VDAC1-3’UTR野生型和突变型双荧光素酶报告基因重组质粒,经SacⅠ和XbaⅠ双酶切鉴定及测序结果显示,片段大小符合且序列正确;成功构建了VDAC1-3’UTR野生型和突变型双荧光素酶报告基因重组质粒并命名为pmirGLOVDAC1-wt3’UTR和pmirGLO-VDAC1-mut3’UTR。本研究结果进一步为gga-miR-7b候选靶基因VDAC1的鉴定以及功能研究提供理论依据。 展开更多
关键词 马立克氏病 gga-miR-7b VDAC1基因 pmirGLO-VDAC1-wt-3’utr pmirGLO-VDAC1-mut-3’utr
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家兔BMP7基因3′UTR的克隆及序列分析 被引量:5
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作者 赵巧辉 陈其新 +2 位作者 李明 石晓卫 刘孟洲 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2009年第2期11-14,共4页
【目的】研究家兔BMP7基因3′非翻译区(3′UTR)序列的结构及功能特点。【方法】以家兔肾脏组织为材料,应用3′RACE技术对家兔BMP7基因3′UTR序列进行扩增,并与GenBank中登陆的其他哺乳动物相应序列进行比较分析。【结果】成功克隆了家兔... 【目的】研究家兔BMP7基因3′非翻译区(3′UTR)序列的结构及功能特点。【方法】以家兔肾脏组织为材料,应用3′RACE技术对家兔BMP7基因3′UTR序列进行扩增,并与GenBank中登陆的其他哺乳动物相应序列进行比较分析。【结果】成功克隆了家兔BMP7基因的3′UTR(GenBank号:EU004072);在3′UTR序列末端存在2个切割与胞质多聚腺苷化特异因子(CPSF)结合位点(AAUAAA)和1个11 bp的poly(A)。家兔BMP7基因3′UTR序列与小鼠、人、牛和猪的一致性分别为41.45%,50.30%,47.84%和57.91%,相对不保守。【结论】家兔BMP7基因3′UTR结构特点可能与其基因功能有关。 展开更多
关键词 家兔 哺乳动物 骨形态形成蛋白7 3’utr 生物信息学分析
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草原红牛胰岛素样生长因子Ⅰ受体基因3′UTR序列多态性分析 被引量:7
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作者 张金玉 秦立红 +3 位作者 张国梁 赵玉民 张嘉保 赵志辉 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第7期103-106,共4页
以58头草原红牛为试验材料,采用PCR-SSCP技术对胰岛素样生长因子Ⅰ受体(IGF-ⅠR)基因3′UTR序列多态性进行了检测。结果表明,在IGF-ⅠR基因3′UTR中发现PCR-SSCP的多态位点,有2种等位基因和3种基因型。对所得基因型与生长和胴体性状的... 以58头草原红牛为试验材料,采用PCR-SSCP技术对胰岛素样生长因子Ⅰ受体(IGF-ⅠR)基因3′UTR序列多态性进行了检测。结果表明,在IGF-ⅠR基因3′UTR中发现PCR-SSCP的多态位点,有2种等位基因和3种基因型。对所得基因型与生长和胴体性状的相关性分析结果发现,在3′UTR中AB型的胴体产肉率、肉骨比显著高于AA、BB型(P<0.05);AA型的脂肪覆盖率显著高于BB型(P<0.05),与AB型差异不显著(P>0.05)。 展开更多
关键词 草原红牛 IGF-ⅠR基因 3′utr 多态性分析
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中国美利奴羊DLX3基因3′UTR的多态性及其与羊毛品质性状的关联分析 被引量:7
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作者 荣恩光 王志鹏 +3 位作者 张志威 杨华 李辉 王宁 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期358-367,共10页
为探讨DLX3基因的多态性与绵羊羊毛品质及生长性状的关系,本研究以5个品系的中国美利奴羊(新疆军垦型)为试验材料,采用PCR-RFLP方法开展了DLX3基因3′UTR区4个SNPs的多态性检测。通过卡方检验分析了4个SNPs在各品系绵羊中的等位基因频率... 为探讨DLX3基因的多态性与绵羊羊毛品质及生长性状的关系,本研究以5个品系的中国美利奴羊(新疆军垦型)为试验材料,采用PCR-RFLP方法开展了DLX3基因3′UTR区4个SNPs的多态性检测。通过卡方检验分析了4个SNPs在各品系绵羊中的等位基因频率,采用连锁不平衡分析构建了这4个SNPs的单倍型,最后将单位点和单倍型分别与绵羊羊毛品质和生长性状进行关联分析。结果表明:4个SNPs在5个品系间的等位基因频率均存在极显著差异(P<0.01);超细毛绵羊品系与其他4个品系间的基因型分布均存在极显著差异(P<0.01),2个多胎品系与其他3个品系间的基因型分布同样存在极显著差异(P<0.01);相关分析显示,这4个SNPs及其单倍型均对羊毛卷曲度有显著影响(P<0.05),而对其他羊毛性状及生长性状无显著影响(P>0.05)。由此可见,中国美利奴羊(新疆军垦型)DLX3基因3′UTR区的多态性与绵羊毛发卷曲度性状显著相关,可以尝试使用这些SNPs开展高品质细毛羊的分子标记辅助选择。 展开更多
关键词 中国美利奴羊(新疆军垦型) DLX3基因 SNPS 3′utr
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鼻咽癌表达下调基因NASG3'UTR可变剪接分析及其在多种肿瘤中的表达 被引量:4
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作者 张必成 朱诗国 +5 位作者 向娟娟 周鸣 聂新民 肖炳睪 李小玲 李桂源 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期477-480,共4页
背景与目的:采用抑制性消减杂交技术已分离获得了人鼻咽组织特异性基因NASG。本研究对人鼻咽组织特异性表达且在鼻咽癌表达下调的NASG基因3'非编码区(untranslatedregion,UTR)的可变剪接进行分析,并考察NASG基因在多种肿瘤组织中的... 背景与目的:采用抑制性消减杂交技术已分离获得了人鼻咽组织特异性基因NASG。本研究对人鼻咽组织特异性表达且在鼻咽癌表达下调的NASG基因3'非编码区(untranslatedregion,UTR)的可变剪接进行分析,并考察NASG基因在多种肿瘤组织中的表达。方法:在NASG基因3'UTR存在可变剪接部位的两端设计引物进行RT-PCR扩增,分离扩增产物并测序。用RT-PCR检测NASG基因在鼻咽癌中的表达,采用了肿瘤表达谱阵列(cancerprofilingarray)杂交分析NASG基因在多种肿瘤组织的表达状况。结果:NASG基因3'UTR存在3种剪接产物,NASG基因在71%的鼻咽癌活检组织中表达下调,25%的肺癌组织中表达上调,而在其他肿瘤及其配对的正常组织未见明显表达。结论:NASG基因3'UTR存在3种剪接产物,NASG基因的表达异常是鼻咽癌和肺癌发生、发展过程中重要的分子事件。 展开更多
关键词 鼻咽癌 表达 下调基因 NASG3′utr 可变剪接 分析及其在多种肿瘤 表达
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5'UTR在基因表达调控中的研究进展 被引量:5
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作者 杜芳芳 马骏杰 +3 位作者 杨泽伟 赵雪莲 刘东宇 杨秀芹 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2021年第8期60-67,共8页
5'非翻译区(5'Untranslated Region,5'UTR)在基因表达调控中发挥重要作用,其不仅在翻译水平调控基因表达,还参与真核基因转录、转录后加工、成熟RNA运输等水平的调控。5'UTR介导的基因表达与自身存在的相关调控元件有关... 5'非翻译区(5'Untranslated Region,5'UTR)在基因表达调控中发挥重要作用,其不仅在翻译水平调控基因表达,还参与真核基因转录、转录后加工、成熟RNA运输等水平的调控。5'UTR介导的基因表达与自身存在的相关调控元件有关,主要包括内部核糖体进入位点、5'UTR二级结构、上游开放阅读框、上游起始密码子以及5'UTR内含子等元件,5'UTR异常可引起基因表达异常并引发疾病。本文综述了5'UTR调控基因表达的研究进展,以期为今后5'UTR的作用机制及相关疾病的诊断与治疗提供新的方向和理论依据。 展开更多
关键词 5'utr 内部核糖体进入位点 上游开放阅读框 上游起始密码子 二级结构 5'utr内含子
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