番茄新品种黄化曲叶病毒病抗性基因Ty1、Ty3的分子标记 被引量：7

1

作者 刘燕 尚春明 +4 位作者 高振江 王伟 周刚 郑于莉 姚慧静 《北方农业学报》 2018年第1期33-35,共3页

试验选取与番茄黄化曲叶病毒病抗性基因Ty1和Ty3的紧密连锁的引物,利用SCAR标记对包头市农业科学研究所选育的番茄新品种TY191、TY192、TY196以及2016年参加全国区域试验的44个番茄新品种进行抗性基因Ty1和Ty3的鉴定。试验结果表明,番... 试验选取与番茄黄化曲叶病毒病抗性基因Ty1和Ty3的紧密连锁的引物,利用SCAR标记对包头市农业科学研究所选育的番茄新品种TY191、TY192、TY196以及2016年参加全国区域试验的44个番茄新品种进行抗性基因Ty1和Ty3的鉴定。试验结果表明,番茄新品种TY191、TY192、TY196同时含有Ty1和Ty3抗性基因,与其他参试新品种相比有较强优势。 展开更多

关键词 番茄 ty191 ty192 ty196 黄化曲叶病毒病抗性基因 ty1 Ty3

在线阅读 下载PDF 职称材料

火龙果Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析 被引量：19

2

作者 范付华 乔光 +1 位作者 郑思成 文晓鹏 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期265-272,共8页

根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从火龙果基因组中扩增出260bp左右的目标条带,经回收、克隆、测序及序列分析,获得了23条来源于火龙果试管苗变异和非变异材料的反转录酶序列。通过系统演化分析,... 根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从火龙果基因组中扩增出260bp左右的目标条带,经回收、克隆、测序及序列分析,获得了23条来源于火龙果试管苗变异和非变异材料的反转录酶序列。通过系统演化分析,所得序列可分为5类,存在较高的异质性;与母株相比,变异植株的反转录酶序列存在缺失、移码和终止密码子突变。经反转录酶氨基酸序列对比,火龙果与其它物种间具有较高的同源性,表明在不同物种间可能存在反转录转座子的横向传递作用。 展开更多

关键词 火龙果 变异 ty1-copia类反转录转座子 反转录酶 异质性

原文传递

黄瓜属Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析 被引量：17

3

作者 江彪 娄群峰 +3 位作者 刁卫平 陈龙正 张万萍 陈劲枫 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期1147-1154,共8页

根据Tyl-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物，通过PCR扩增，从黄瓜属野生种酸黄瓜（Cucumishystrix Chakr．）和栽培黄瓜（CucumissativusL．）中均扩增出260bp左右的目标条带。扩增产物经纯化后克隆于pGEM-T Easy质粒载体... 根据Tyl-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物，通过PCR扩增，从黄瓜属野生种酸黄瓜（Cucumishystrix Chakr．）和栽培黄瓜（CucumissativusL．）中均扩增出260bp左右的目标条带。扩增产物经纯化后克隆于pGEM-T Easy质粒载体，选择阳性克隆，再经菌落PCR鉴定，然后进行测序及序列分析，获得了21条来源于酸黄瓜和栽培黄瓜的逆转录酶序列，通过核苷酸聚类分为5个家族。这些核苷酸序列具有较高的异质性，主要表现为缺失突变，序列长度变化范围为255～272bp，同源性范围为27．0％～98．1％。翻译成氨基酸后，有4条序列出现终止密码子突变，6条序列表现出移框突变。将这些逆转录酶的氨基酸序列与已登录的不同物种同一类型逆转录酶的氨基酸序列进行聚类分析，表明它们可能有共同的起源。 展开更多

关键词 黄瓜 ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 异质性

在线阅读 下载PDF 职称材料

不结球白菜Ty1-copia类逆转座子序列的克隆及表达 被引量：7

4

作者 肖栋 侯喜林 +3 位作者 马景蕃 王枫 齐莉 李音孜 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期643-649,共7页

参照Tyl-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物，分别从10个不结球白菜（Brassica campestris ssp．chinensis）品种的全基因组中均扩增出260bp左右的目标条带。将目的条带回收、克隆和测序后进行分析，DNAstar分析发现，这些... 参照Tyl-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物，分别从10个不结球白菜（Brassica campestris ssp．chinensis）品种的全基因组中均扩增出260bp左右的目标条带。将目的条带回收、克隆和测序后进行分析，DNAstar分析发现，这些序列存在高度的异质性，28个核苷酸序列变化范围为224～278bp，同源性范围为16．7％～83．0％。28条序列通过核苷酸聚类分为8个家族。推导氨基酸序列有移框突变、终止子突变或二者兼有；与已登录的不同物种同一类型逆转录酶氨基酸系统进化树分析表明，不结球白菜Tyl-copia类逆转座子与芥菜型油菜、拟南芥、芜菁、甜菜可能有共同的起源。半定量和实时定量PCR检测表明，水杨酸（salicylicacid）和Peronospora parasitica均能激活不结球白菜Tyl-copia类逆转座子，逆转座子在不结球白菜叶片中的表达特征说明它可能参与寄主对病原菌的抗性。 展开更多

关键词 不结球白菜 ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 异质性 活性分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

脱落酸对铁皮石斛Ty1-copia类反转录转座子转录活性的影响 被引量：6

5

作者 李聪 斯金平 +2 位作者 高燕会 朱玉球 蒋园 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期1788-1794,共7页

研究以Ty1-copia类反转录转座子反转录酶区域的简并引物,对100μmol·L-1脱落酸（ABA）处理的铁皮石斛进行反转录PCR（RT-PCR）扩增,得到260 bp左右的目的条带,说明100μmol·L-1的ABA能诱导Ty1-copia类反转录转座子转录活性的... 研究以Ty1-copia类反转录转座子反转录酶区域的简并引物,对100μmol·L-1脱落酸（ABA）处理的铁皮石斛进行反转录PCR（RT-PCR）扩增,得到260 bp左右的目的条带,说明100μmol·L-1的ABA能诱导Ty1-copia类反转录转座子转录活性的表达。将目的条带回收、克隆和测序后分析得到42条Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守序列,该序列变异性较大,核苷酸序列长度247-266 bp,同源性为46.3%-98.9%。经plantCARE软件分析发现与铁皮石斛基因组所分离的Ty1-copia类反转录转座子一样,存在多个受胁迫条件作用的调控元件、多个启动子的特征结构TATA box和CAAT box的保守序列及其他一些调控元件;但有转录活性的铁皮石斛Tyl-copia RT序列中与胁迫条件作用相关的调控元件明显增加。翻译成氨基酸后,有15条序列出现不同程度的终止密码子突变,19条序列出现移码突变,保守序列＂SLYGKQ＂全部发生不同程度的突变。其氨基酸序列经过系统聚类后可分为5类;且与基因组Tyl-copia RT序列聚类后发现多数发生转录的Tyl组反转录转座子RT序列与基因组Tyl组反转录转座子RT序列亲缘关系较远,说明经ABA诱导后发生转录的Tyl组反转录转座子RT序列与基因组Tyl组反转录转座子RT序列有很大的差异。 展开更多

关键词 铁皮石斛 脱落酸(ABA) ty1-copia类反转录转座子 反转录酶(RT) 转录活性

原文传递

辣椒Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析 被引量：9

6

作者 刁卫平 王述彬 +2 位作者 刘金兵 潘宝贵 戈伟 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期55-61,共7页

以辣椒属5个栽培种叶片为试材,利用Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守序列设计简并引物,PCR扩增后均获得了260bp左右的目的条带。对C.annuum的扩增产物进行纯化、克隆和测序,经Mega4和DNAstar软件分析后,获得25条逆转录酶序列,核苷酸... 以辣椒属5个栽培种叶片为试材,利用Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守序列设计简并引物,PCR扩增后均获得了260bp左右的目的条带。对C.annuum的扩增产物进行纯化、克隆和测序,经Mega4和DNAstar软件分析后,获得25条逆转录酶序列,核苷酸序列长度变化范围为225～272bp,这些序列存在高度的异质性,主要表现为缺失突变,同源性范围为23.1%～93.2%,核苷酸聚类分为7个组。翻译成氨基酸后,有9条序列存在1～3个不同程度的终止密码子突变,4条序列存在移框突变。将这25条逆转录酶的氨基酸序列与已发表的不同物种同一类型逆转座子的逆转酶序列进行聚类分析,表明辣椒的Ty1-copia型逆转座子与烟草、矮牵牛、马铃薯有很近的关系。 展开更多

关键词 辣椒 ty1-copia逆转座子 逆转录酶

在线阅读 下载PDF 职称材料

罗田甜柿Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTR序列的分离和特性分析 被引量：12

7

作者 杜晓云 张青林 罗正荣 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期501-508,共8页

逆转座子序列信息的获得,对了解其在基因组中的行为及系统学研究有重要价值。本试验从罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb.‘Luotian-tianshi’)基因组中分离出31个RNaseH-LTR(long terminal repeat,长末端重复)序列,并利用逆转座子间扩增... 逆转座子序列信息的获得,对了解其在基因组中的行为及系统学研究有重要价值。本试验从罗田甜柿(Diospyros kaki Thunb.‘Luotian-tianshi’)基因组中分离出31个RNaseH-LTR(long terminal repeat,长末端重复)序列,并利用逆转座子间扩增多态性(inter-retrotransposon amplified polymorphism,IRAP)技术对部分序列相应的逆转座子家族在柿属植物中的转座活性及分布情况进行初步探讨。序列分析结果表明,至少有10个Ty1-copia类逆转座子家族得到扩增;其家族间普遍表现高度异质,碱基替换、插入或缺失突变,以及翻译成氨基酸后发生不同程度的终止密码子突变、氨基酸取代和移框突变等,是产生高异质性的原因;此外,其家族内部某些序列间的相似性极高,可能是寄主基因组与逆转座子间互惠关系的体现。应用部分逆转座子引物的IRAP分析结果表明,相应的逆转座子家族在柿属植物中普遍存在,其分布广泛,拷贝数高,转座活性强,具有进一步开发为多种逆转座子分子标记的潜力。 展开更多

关键词 柿 ty1-copia逆转座子 抑制PCR 长末端重复 逆转座子间扩增多态性

在线阅读 下载PDF 职称材料

铁皮石斛Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT)序列的克隆与分析 被引量：4

8

作者 李聪 斯金平 +1 位作者 高燕会 朱玉球 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期209-215,共7页

该研究根据Tyl—copia类反转录转座子RT的通用引物，从铁皮石斛浙江临安（C15）和云南广南（A39）种质中扩增得到43条Tyl—copia类反转录转座子RT序列，这些核苷酸序列具有较高的异质性，主要表现为，序列长度变化范围260—266bp，终止... 该研究根据Tyl—copia类反转录转座子RT的通用引物，从铁皮石斛浙江临安（C15）和云南广南（A39）种质中扩增得到43条Tyl—copia类反转录转座子RT序列，这些核苷酸序列具有较高的异质性，主要表现为，序列长度变化范围260—266bp，终止密码子和移码突变，所有序列均富含碱基AT，一致性为47．1％～97．7％。经plantCARE软件分析发现受低温、热、光、各种植物生长调节物质等不同胁迫条件作用的调控元件、多个启动子的特征结构TATAbox和CAATbox的保守序列及其他一些调控元件。翻译成氨基酸后，有10条序列出现1～4个不同程度的终止密码子突变，5条序列出现移码突变，保守序列“SLYGKQ”发生变异的有39条序列。其氨基酸序列经过系统聚类后可分为6类；且与其他植物（尤其是单子叶植物的小麦、荸荠）具有较高的同源性，表明它们问可能存在着Tyl—copia反转录转座子的横向传递。 展开更多

关键词 铁皮石斛 ty1-copia类反转录转座子 反转录酶(RT) 异质性

原文传递

梨Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析 被引量：3

9

作者 张靖国 胡红菊 +2 位作者 田瑞 陈启亮 杨晓平 《湖北农业科学》 北大核心 2012年第19期4388-4390,共3页

根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,从10份梨属(Pyrus)材料中扩增该逆转座子片段。扩增产物经纯化后克隆于pMD18-T质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定、测序及序列分析,获得了14条梨Ty1-copia类逆转座子逆转录... 根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,从10份梨属(Pyrus)材料中扩增该逆转座子片段。扩增产物经纯化后克隆于pMD18-T质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定、测序及序列分析,获得了14条梨Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列。这些核苷酸序列长度为250～267 bp,具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,通过核苷酸聚类可将14条序列分为4个家族。对这些片段的氨基酸序列进行分析,结果显示有2个序列发生了终止密码子突变。该研究获得的梨属植物Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列与已报道的其他生物的相应序列有较高的一致性。 展开更多

关键词 ty1-copia类逆转座子逆转录酶 梨(Pyrus) 克隆 序列分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及比对 被引量：1

10

作者 赵芹 谢大森 +3 位作者 江彪 罗少波 彭庆务 李明珠 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期17-26,共10页

对8个节瓜（Benincasa hispida var.chieh-qua How）品系基因组DNA中的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列进行扩增,并对品系A39FA的29个克隆产物的核苷酸序列及翻译的氨基酸序列的系统进化和同源性进行了分析,还对29条氨基酸序列... 对8个节瓜（Benincasa hispida var.chieh-qua How）品系基因组DNA中的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列进行扩增,并对品系A39FA的29个克隆产物的核苷酸序列及翻译的氨基酸序列的系统进化和同源性进行了分析,还对29条氨基酸序列进行了比对。扩增结果表明：8个节瓜品系的基因组DNA中均包含长度约260 bp的逆转录酶核苷酸片段;从品系A39FA中获得的29条Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列（CqRt1至CqRt29）的长度为247~267 bp,同源率为46.2%~98.1%,而它们的氨基酸序列同源率为26.7%~98.8%。序列分析结果表明：节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列中碱基A、T、G和C的数量分别为65~96、47~92、45~74和32~49,所有序列均富含碱基A和T,AT/GC比为1.35~2.33;缺失突变是造成节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列长度差异的主要因素,在序列长度和碱基组成方面的明显差异表明节瓜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶核苷酸序列具有高度异质性。翻译后的氨基酸序列中有21条序列存在终止密码子突变、12条序列存在移框突变,表明Ty1-copia类逆转座子是节瓜基因组内序列重组的热点。通过聚类分析可将29个逆转录酶核苷酸序列分为5个家族（Family）,分别包括16、4、4、4和1条序列,其中Family 1可能是具有转座活性的逆转座子家族,但存在转录活性的逆转录酶序列仅占全部序列数量的20.69%。将每一家族中的1~2条序列与其他15种植物的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的氨基酸序列进行比对,显示出较高的同源性。研究结果表明：节瓜与其他植物的Ty1-copia类逆转座子可能有相同起源,而且Ty1-copia类逆转座子可在不同类群间横向传递。 展开更多

关键词 节瓜 ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 序列分析 同源性 系统发育

在线阅读 下载PDF 职称材料

梨Ty1-copia类反转录转座子GAG开放阅读框预测和光响应下的表达分析 被引量：1

11

作者 蒋爽 骆军 +2 位作者 孙永旺 蔡丹英 滕元文 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1577-1584,共8页

基于生物信息学方法,对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测,共获得315条GAG序列。通过系统聚类,梨基因组中GAG序列可分为7个支系,第一和第三支系成员较多且保守性高。序列比对结果显示,不同支系GAG序列具有较高... 基于生物信息学方法,对‘砀山酥梨’基因组中Ty1-copia类型的GAG开放阅读框进行预测,共获得315条GAG序列。通过系统聚类,梨基因组中GAG序列可分为7个支系,第一和第三支系成员较多且保守性高。序列比对结果显示,不同支系GAG序列具有较高的异质性。在‘美人酥’梨的套袋和摘袋后的果皮中发现了34个gag成员,其中有6个(Ppgag16、Ppgag19、Ppgag23、Ppgag27、Ppgag29和Ppgag30)为高丰度表达成员。遮光条件下,‘美人酥’果皮中有部分gag成员发生表达,说明copia类反转座子不仅仅受光照影响发生表达。在摘袋后,‘美人酥’果皮中有2个成员(Ppgag5和Ppgag23)发生明显上调表达,说明梨中部分反转录转座子的转录受到光照的调控。 展开更多

关键词 梨 ty1-copia GAG 表达分析

原文传递

CAPS标记在番茄抗黄化曲叶病毒病基因Ty1和Ty3遗传关系分析上的应用 被引量：4

12

作者 刘榛 张延安 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期92-96,共5页

以分别携带有Ty1/Ty1.Ty3a/Ty3a和Ty1/Ty1.Ty3/Ty3的番茄材料09(1)和09(2)为亲本的F2群体的89个单株为研究对象,利用分子标记的方法对F2群体所有单株的抗病基因型进行检测。结果发现,明显发生交换的单株有6个,占到F2群体89个单株的6.74... 以分别携带有Ty1/Ty1.Ty3a/Ty3a和Ty1/Ty1.Ty3/Ty3的番茄材料09(1)和09(2)为亲本的F2群体的89个单株为研究对象,利用分子标记的方法对F2群体所有单株的抗病基因型进行检测。结果发现,明显发生交换的单株有6个,占到F2群体89个单株的6.74%。表明Ty1位点与Ty3位点之间属于不完全连锁关系且连锁较紧密,为番茄抗病基因Ty1和Ty3(或Ty3a)的聚合育种提供一定的理论依据。 展开更多

关键词 番茄黄化曲叶病毒病 ty1 Ty3 抗病基因 连锁

在线阅读 下载PDF 职称材料

瓠瓜Ty1-copia型逆转座子RT基因的分离与序列分析 被引量：1

13

作者 赵芹 谢大森 +4 位作者 何晓明 江彪 罗少波 彭庆务 李明珠 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第8期1577-1585,共9页

以3个瓠瓜栽培种为供试材料,利用Ty1-copia逆转座子逆转录酶保守序列设计简并引物,PCR扩增获得260bp左右序列条带,回收产物克隆至T载体进行测序,利用生物信息学软件分析获得的25条逆转录酶序列。结果表明,这些序列长度变化范围为218~267... 以3个瓠瓜栽培种为供试材料,利用Ty1-copia逆转座子逆转录酶保守序列设计简并引物,PCR扩增获得260bp左右序列条带,回收产物克隆至T载体进行测序,利用生物信息学软件分析获得的25条逆转录酶序列。结果表明,这些序列长度变化范围为218~267bp,经DNAStar软件比对同源性在26.1%~99.6%之间,存在高度异质性,主要表现为缺失突变,核苷酸序列聚类分析分为6个家族,家族1与家族3分别占总序列数的24.0%与36.0%。翻译成氨基酸序列后,分别有2条与11条序列发生移码与终止密码子突变。与已发表物种的相应序列构建系统发育进化树,发现瓠瓜Ty1-copia型逆转座子RT序列具有一定保守性,同时也与杨树、草莓、马铃薯等有很近的亲缘关系。本研究为后续利用逆转座子开发分子标记研究瓠瓜遗传变异及进化途径奠定基础。 展开更多

关键词 瓠瓜 ty1-copia逆转座子 逆转录酶 克隆 序列分析

在线阅读 下载PDF 职称材料

60TY1道岔轨的生产 被引量：2

14

作者 王永明 鲁慧杰 莫日格吉勒 《包钢科技》 2017年第4期31-33,共3页

文章分析了60TY1道岔钢轨的断面特点,结合现场设备条件合理进行了孔型系统的选择及孔型设计,具有独创的技术观点,通过实际验证表明是正确的;介绍了主要生产工艺过程,并对成品尺寸控制精度,机械性能指标进行了简要介绍,为技术交流提供了... 文章分析了60TY1道岔钢轨的断面特点,结合现场设备条件合理进行了孔型系统的选择及孔型设计,具有独创的技术观点,通过实际验证表明是正确的;介绍了主要生产工艺过程,并对成品尺寸控制精度,机械性能指标进行了简要介绍,为技术交流提供了实际例证。 展开更多

关键词 60ty1道岔轨 孔型设计 轧制 生产

在线阅读 下载PDF 职称材料

栽培种花生Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列的克隆及分析

15

作者 熊发前 刘菁 +9 位作者 阳太亿 蒋菁 贺梁琼 唐秀梅 韩柱强 钟瑞春 吴海宁 黄志鹏 唐荣华 刘俊仙 《花生学报》 北大核心 2021年第3期1-10,共10页

克隆Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列并分析其特性,为开发栽培种花生基于LTR反转录转座子的分子标记奠定基础。根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物对,利用PCR技术对栽培种花生品种“桂花1026”的基因组DNA... 克隆Ty1-copia类反转录转座子反转录酶序列并分析其特性,为开发栽培种花生基于LTR反转录转座子的分子标记奠定基础。根据Ty1-copia类反转录转座子反转录酶的保守区设计简并引物对,利用PCR技术对栽培种花生品种“桂花1026”的基因组DNA进行扩增,目的条带经回收、克隆、测序,最后对序列进行生物信息学分析。目的条带大小约260 bp,克隆获得了34条反转录酶序列,序列长度变化范围为256~267 bp,AT所占比例范围为51.36%~67.79%,AT与GC比例范围为1.06~2.10,序列间相似性范围为44.9%~98.5%,序列存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;34条反转录酶序列系统聚类为3个家族,家族Ⅰ和家族Ⅱ分别占到了总序列数的55.88%和35.29%;翻译成氨基酸后,有14条序列发生了无义突变,序列间相似性范围为11.4%~98.9%,呈现高度异质性;序列间保守基序也存在较大差异,呈现较高异质性;对栽培种花生与其他物种植物该类型反转录酶的氨基酸序列构建系统进化树,结果显示所有序列被分为7类,其中Ⅰ类和Ⅱ类分别包含16条和11条栽培种花生反转录酶序列,表明栽培种花生反转录酶序列具有比较高的保守性,同时栽培种花生也与葡萄、马铃薯、辣椒、烟草、番茄、大豆、甜菜、草莓等物种植物的反转录酶序列之间具有较近的亲缘关系,表明不同物种植物的Ty1-copia类反转录转座子之间有可能存在着横向传递。本研究所获得的反转录酶序列为栽培种花生Ty1-copia反转录转座子的分子标记开发利用及花生分子育种奠定了一定基础。 展开更多

关键词 栽培种花生 ty1-copia类反转录转座子 反转录酶 异质性

在线阅读 下载PDF 职称材料

石刁柏Ty1-copia反转座子逆转录酶序列克隆及异质性分析

16

作者 石晓卫 李书粉 +2 位作者 邓传良 卢龙斗 高武军 《湖北农业科学》 2016年第18期4819-4823,共5页

对石刁柏(Asparagus officinalis)品种UC309及TD818的两个反转座子逆转录酶序列进行了PCR扩增并对其在基因组中的异质性进行了分析。结果表明,s101366和s107518两个转座子序列均属于Ty1-copia反转座子,是Ty1-copia反转座酶的部分保守区... 对石刁柏(Asparagus officinalis)品种UC309及TD818的两个反转座子逆转录酶序列进行了PCR扩增并对其在基因组中的异质性进行了分析。结果表明,s101366和s107518两个转座子序列均属于Ty1-copia反转座子,是Ty1-copia反转座酶的部分保守区序列,其长度分别为636和653 bp。对随机获得的两个反转座子测序表明两个反转座子存在一定的异质性,其突变主要是由于发生了碱基置换,其中碱基转换分别占到80.4%和80.0%,T圮C和G圮A转换的比例差异不显著。通过对两个石刁柏品种(TD818和UC309)中获得的序列聚类分析发现,s101366和s107518均未表现出性别间、品种间及近缘种间的保守性,甚至表现出了种内异质性大于种间的异质性特征。这说明了两个反转座子处于高度变异的状态,是产生染色体不稳定的重要因素之一。 展开更多

关键词 石刁柏(Asparagus officinalis) ty1-copia反转座子 逆转录酶 序列分析 异质性

在线阅读 下载PDF 职称材料

苹果Ty1-copia类逆转座子LTR_(10)序列及其在苹果属植物中的遗传多样性分析 被引量：5

17

作者 孙俊 房经贵 +3 位作者 王飞 孙其宝 章镇 王昆 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期43-48,共6页

应用改良的Pearce方法分离苹果Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTRs,分离到的RNaseH-LTR_(10)序列已在GenBank注册(登录号DQ534515),该序列长度为299 bp。分析结果表明其5′端为含有终止密码子的RNaseH基因,PPT(polypurinetract)之后是3′-L... 应用改良的Pearce方法分离苹果Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTRs,分离到的RNaseH-LTR_(10)序列已在GenBank注册(登录号DQ534515),该序列长度为299 bp。分析结果表明其5′端为含有终止密码子的RNaseH基因,PPT(polypurinetract)之后是3′-LTR,PPT起始于终止密码子内10 bp处,3′-LTR的起始标志末端倒转重复序列(inverted repeat,IR)TG紧随其后。LTR_(10)的正链和反链均含有多个启动子的特征结构TATA box和CAAT box,α-淀粉酶启动子的保守序列及受不同胁迫条件作用的调控元件,如AuxRE、ABRE、HSE等。利用A-SAP技术研究了LTR_(10)逆转座子在苹果属8个野生种和22个栽培品种中的遗传多样性,多态性片段比例为86.5%;品种长祝较祝光少1条约400 bp的特异性扩增条带。 展开更多

关键词 苹果 ty1-copia类逆转座子LTRs 调控元件 遗传多样性

在线阅读 下载PDF 职称材料

现代月季Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析 被引量：5

18

作者 李文天 杨涛 +3 位作者 张晓莹 陈帅 李洲 车代弟 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1216-1221,共6页

本研究以8个现代月季品种为试验材料,根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从现代月季基因组中扩增出260 bp左右的目标条带。将扩增产物纯化后克隆于p MD18-T质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定、测... 本研究以8个现代月季品种为试验材料,根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,通过PCR扩增,从现代月季基因组中扩增出260 bp左右的目标条带。将扩增产物纯化后克隆于p MD18-T质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定、测序及序列分析,获得19条来源于现代月季的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列。研究发现这些序列的核苷酸长度集中于258~268 bp,存在较高的异质性,同源性范围3.4%~81.6%,主要表现在缺失突变,通过核苷酸聚类分析分为四类家族。翻译成氨基酸后,发现存在移框突变和终止密码子突变的现象,将这19条来源于现代月季的逆转录酶序列与登录在NCBI上来自于其它植物的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的氨基酸序列聚类分析,结果表明现代月季与其它物种间具有较高的同源性,表明Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列在不同物种之间可能存在横向传递。 展开更多

关键词 现代月季 ty1-copia类逆转录转座子 逆转录酶 异质性

原文传递

四倍体野生种花生Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因的克隆与分析 被引量：8

19

作者 阳太亿 刘俊仙 +9 位作者 刘菁 蒋菁 韩柱强 贺梁琼 唐秀梅 钟瑞春 黄志鹏 吴海宁 唐荣华 熊发前 《山东农业科学》 2019年第9期9-20,共12页

克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础。使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、... 克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础。使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、克隆和测序,对目的序列进行生物信息学分析。结果显示,目的条带大小约260 bp,克隆获得了32条逆转录酶序列,序列长度范围为257~269 bp,A+T所占比例范围为54.47%~68.77%,A+T与G+C比例为1.20~2.20。核苷酸序列间相似性范围为46.4%~98.9%,存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;氨基酸序列间相似性范围为6.3%~100%,有12条序列发生了终止密码子突变,呈现高度异质性。绝大部分序列的保守基序一致,但各序列间的保守基序也存在一定差异,呈现一定程度的异质性。32条序列系统聚类为4个家族,家族Ⅰ和家族Ⅲ分别占总序列数的31.25%和37.50%。对四倍体野生种花生与其它物种植物同一类型逆转录酶的氨基酸序列构建系统发育进化树,结果显示所有序列被分为6类,其中,Ⅰ类和Ⅱ类分别包含15条和9条四倍体野生种花生逆转录酶序列,表明四倍体野生种花生逆转录酶序列具有比较高的保守性;同时四倍体野生种花生逆转录酶序列与葡萄、拟南芥、马铃薯、野茶树、辣椒、甜菜、烟草、番茄、绿豆以及欧洲云杉等具有较近的亲缘关系,表明它们之间可能存在横向传递。本研究获得的逆转录酶序列为基于LTR逆转座子的花生属分子标记开发和应用奠定了基础。 展开更多

关键词 花生 四倍体野生种 ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 异质性

在线阅读 下载PDF 职称材料

苹果Ty1-copia类逆转座子家族鉴定及特性分析 被引量：4

20

作者 孙俊 房经贵 +1 位作者 孙其宝 章镇 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期2373-2377,共5页

根据逆转座子RT保守序列设计引物,利用PCR方法从苹果‘嘎拉’中克隆了20条RT片段,分析苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子家族特性及进化关系。结果显示,20条逆转录酶保守序列表现出了高度的异质性。结合已报道的37条苹果Ty1-copia类逆转... 根据逆转座子RT保守序列设计引物,利用PCR方法从苹果‘嘎拉’中克隆了20条RT片段,分析苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子家族特性及进化关系。结果显示,20条逆转录酶保守序列表现出了高度的异质性。结合已报道的37条苹果Ty1-copia类逆转座子RT片段,构建了系统发育树,发现家族1、3和4中具有转座活性的逆转座子的可能性较大;序列分析表明,Ty1-copia类逆转座子是苹果基因组内序列重组的热点。用RT序列为探针进行Southern杂交,发现苹果基因组内Ty1-copia类逆转座子拷贝数高、分布广泛。研究结果为进一步分离具有转座活性的苹果Ty1-copia类逆转座子及其人工诱导芽变奠定了基础。 展开更多

关键词 苹果 ty1-copia类逆转座子 逆转录酶 进化

在线阅读 下载PDF 职称材料