本研究以240份大麦品种(系)为材料,利用大麦40K SNP芯片进行基因型分析,并通过一年两点对8个农艺性状进行鉴定,基于混合线性模型(mixed linear model,MLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果表明,8个主要...本研究以240份大麦品种(系)为材料,利用大麦40K SNP芯片进行基因型分析,并通过一年两点对8个农艺性状进行鉴定,基于混合线性模型(mixed linear model,MLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果表明,8个主要农艺性状均呈现正态分布。使用Admixture软件对240份大麦品种(系)质控后的基因型进行群体结构分析,240份材料大致分为10个亚群。GWAS共检测到118个分别与株高、穗长、芒长、有效分蘖数、总分蘖数、穗粒数、穗粒重和千粒重显著相关的SNP位点,分布在1H、2H、3H、4H、5H、6H和7H染色体上,其中有6个SNP位点可同时控制两个农艺性状,2个SNP位点可同时控制3个农艺性状。确定了24个与SNP位点对应的QTL,其中控制株高的QTL有2个,穗长QTL有1个,芒长QTL有2个,有效分蘖数QTL有2个,总分蘖数QTL有1个,穗粒数QTL有4个,穗粒重QTL有10个,千粒重QTL有8个。在黄羊和永昌环境点中,稳定的QTL有1个,株高、穗长、有效分蘖数和总分蘖数只在一个环境点存在QTL位点,其余4个农艺性状分布在两个环境点不同的QTL位点中。根据关联分析结果,以显著位点上下游150 kb范围作为置信区间,在1H、2H、3H、4H、5H和6H染色体上共寻找到32个基因,基于前人研究和Blast基因注释共筛选到2个最有可能与大麦的生长发育等方面相关的候选基因。展开更多
文摘本研究以240份大麦品种(系)为材料,利用大麦40K SNP芯片进行基因型分析,并通过一年两点对8个农艺性状进行鉴定,基于混合线性模型(mixed linear model,MLM)进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。结果表明,8个主要农艺性状均呈现正态分布。使用Admixture软件对240份大麦品种(系)质控后的基因型进行群体结构分析,240份材料大致分为10个亚群。GWAS共检测到118个分别与株高、穗长、芒长、有效分蘖数、总分蘖数、穗粒数、穗粒重和千粒重显著相关的SNP位点,分布在1H、2H、3H、4H、5H、6H和7H染色体上,其中有6个SNP位点可同时控制两个农艺性状,2个SNP位点可同时控制3个农艺性状。确定了24个与SNP位点对应的QTL,其中控制株高的QTL有2个,穗长QTL有1个,芒长QTL有2个,有效分蘖数QTL有2个,总分蘖数QTL有1个,穗粒数QTL有4个,穗粒重QTL有10个,千粒重QTL有8个。在黄羊和永昌环境点中,稳定的QTL有1个,株高、穗长、有效分蘖数和总分蘖数只在一个环境点存在QTL位点,其余4个农艺性状分布在两个环境点不同的QTL位点中。根据关联分析结果,以显著位点上下游150 kb范围作为置信区间,在1H、2H、3H、4H、5H和6H染色体上共寻找到32个基因,基于前人研究和Blast基因注释共筛选到2个最有可能与大麦的生长发育等方面相关的候选基因。
