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基于MOSASAUR程序的快堆少群截面计算方法
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作者 赵晨 王连杰 +2 位作者 娄磊 张斌 张龙龙 《原子能科学技术》 北大核心 2025年第S2期292-302,共11页
为进一步提高快堆堆芯物理设计计算能力,提高传统快堆少群截面计算方法的适用性,基于快堆堆芯物理计算程序MOSASAUR,开展了少群截面计算方法研究。在原有零维模型、一维模型的基础上,开展了基于子群及特征线方法的二维计算方法研究,制... 为进一步提高快堆堆芯物理设计计算能力,提高传统快堆少群截面计算方法的适用性,基于快堆堆芯物理计算程序MOSASAUR,开展了少群截面计算方法研究。在原有零维模型、一维模型的基础上,开展了基于子群及特征线方法的二维计算方法研究,制作了适用于子群方法的多群数据库,建立了组件精确几何建模能力,采用子群方法进行共振自屏处理,采用基于GPU加速的特征线方法进行输运计算。分别在组件及堆芯两个维度进行验证确认:组件采用3种典型燃料组件和两种复杂燃料组件进行不同少群计算方法的对比验证;堆芯采用MET-1000和MOX-1000基准题进行验证。数值结果显示,采用新研发的二维少群截面计算方法具有良好的计算精度,特别是对于结构复杂的组件问题,具有明显的计算精度优势。本文方法可为堆芯计算提供更加精确的少群计算参数,从而提高快堆堆芯物理设计计算精度。 展开更多
关键词 快堆 少群截面 子群方法 特征线方法 MOSAsaur程序
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桂花OfSAUR21基因的克隆及功能验证
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作者 郭罕年 熊欣 +2 位作者 胡飞杨 邹晶晶 蔡璇 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第5期1059-1067,共9页
【目的】桂花Osmanthus fragrans花期短、花瓣易衰老褐化,制约了桂花经济价值的开发利用。探究桂花Of SAUR21基因对衰老的调控功能,可为桂花花瓣衰老调控的分子机制研究提供理论依据。【方法】以桂花‘柳叶金桂’O. fragrans‘Liuye Jin... 【目的】桂花Osmanthus fragrans花期短、花瓣易衰老褐化,制约了桂花经济价值的开发利用。探究桂花Of SAUR21基因对衰老的调控功能,可为桂花花瓣衰老调控的分子机制研究提供理论依据。【方法】以桂花‘柳叶金桂’O. fragrans‘Liuye Jingui’为材料进行OfSAUR21基因的克隆,利用生物信息学分析OfSAUR21蛋白的理化性质和系统进化关系,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析OfSAUR21基因在不同花期的表达模式,并通过瞬时转化桂花花瓣进行基因功能的鉴定。【结果】克隆得到1个长度为294 bp的OfSAUR21基因cDNA序列,可编码产生97个氨基酸,无信号肽与跨膜结构域,亚细胞定位预测在叶绿体,含有Auxin_inducible superfamily保守结构域。同源性比对及进化树分析发现:OfSAUR21基因与野生油橄榄Olea europaea var. sylvestris亲缘关系最近。RT-qPCR分析显示:Of SAUR21基因在花瓣衰老期表达最高。经RT-qPCR与乙烯分析发现:将OfSAUR21基因通过瞬时转化侵染到桂花花瓣中,花瓣的褐化率提高,乙烯的释放量增加。【结论】OfSAUR21基因包含完整的Auxin_inducible superfamily保守结构域,是生长素早期响应基因家族成员,在盛花末期表达量最高,对促进乙烯生成及调控桂花衰老具有正调节功能。 展开更多
关键词 桂花 saur基因 乙烯 基因克隆 功能验证
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马尾松SAUR基因生物信息学分析及其响应侧枝发育的表达
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作者 姚筱敏 胡颖 +1 位作者 陈虎 杨章旗 《广西林业科学》 2025年第1期1-12,共12页
为给马尾松(Pinus massoniana)SAUR(Small Auxin-up RNA)基因功能解析提供参考,分析其基本特征及其在马尾松侧枝发育中的作用,基于课题组前期获得的马尾松转录组数据,对马尾松中的SAUR基因进行筛选,从系统发育及蛋白理化性质、功能结构... 为给马尾松(Pinus massoniana)SAUR(Small Auxin-up RNA)基因功能解析提供参考,分析其基本特征及其在马尾松侧枝发育中的作用,基于课题组前期获得的马尾松转录组数据,对马尾松中的SAUR基因进行筛选,从系统发育及蛋白理化性质、功能结构、保守基序和保守结构域等方面对PmSAUR基因进行生物信息学分析,并采用qRT-PCR对PmSAUR基因响应GR24、6-BA、TIS-108和去顶梢处理的表达模式进行分析。结果表明,从马尾松转录组数据中共鉴定出32个SAUR基因,为PmSAUR1~PmSAUR32;PmSAUR蛋白编码113~234个氨基酸,蛋白分子量为12850.98~26563.57 Da,蛋白脂溶性系数为70.92~116.82,87.50%的PmSAUR蛋白理论等电点为偏碱性,87.50%的PmSAUR蛋白为不稳定蛋白,所有PmSAUR蛋白均为亲水蛋白。PmSAUR蛋白均存在α螺旋、延伸链、β转角和无规则卷曲,以α螺旋和无规则卷曲为主;PmSAUR蛋白亚细胞定位较分散,主要分布在叶绿体、线粒体、细胞质和细胞核上。Motif1(RFVIPTSYLNHPLFRALLEKA)高度保守,可作为鉴定PmSAUR基因的重要依据。PmSAUR7、PmSAUR11、PmSAUR21和PmSAUR32基因在6-BA处理第7天时均具有组织表达特异性,在针叶中均为高表达,在嫩茎中均为低表达;通过对4个PmSAUR基因的表达模式进行分析,推测PmSAUR7基因可能是影响马尾松侧枝发育的关键基因。 展开更多
关键词 saur基因 生物信息学 侧枝发育 表达模式 马尾松
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热形态建成中HY5抑制SAUR1/2/3/4的转录
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作者 冯雨 刘周莉 王昕 《广西植物》 北大核心 2025年第8期1496-1507,共12页
SAUR(SMALL AUXIN UP RNA)基因家族是促进下胚轴伸长的重要下游基因,然而在高温诱导的下胚轴伸长中SAURs受调控的分子机制尚有很多不明之处。热形态建成被定义为高等植物在最适温度和逆境高温之间的温和高温范围内发生的一系列形态变化... SAUR(SMALL AUXIN UP RNA)基因家族是促进下胚轴伸长的重要下游基因,然而在高温诱导的下胚轴伸长中SAURs受调控的分子机制尚有很多不明之处。热形态建成被定义为高等植物在最适温度和逆境高温之间的温和高温范围内发生的一系列形态变化。其中,高温诱导的下胚轴伸长是研究最为透彻的一个。该研究以拟南芥Col野生型、hy5突变体、35 S::HY5-HA/Col过表达植物和烟草为材料,采用抑制剂NPA处理实验、定量RT-PCR、染色质免疫共沉淀和双荧光素酶报告基因检测方法探索了高温调控SAUR1/2/3/4的分子机制。结果表明:(1)热形态建成信号转导通路中生长素处于HY5(ELONGATED HYPOCOTYL 5)的下游。(2)在20℃和29℃中,HY5抑制了SAUR1/2/3/4的转录。(3)在常温和高温中,HY5与SAUR1/2/3/4的启动子区染色质含有E-box的部分结合且这些结合被高温所抑制。(4)HY5对SAUR1/2/3/4的调控依然需要生长素的参与。综上认为,高温通过影响HY5与SAUR1/2/3/4启动子染色质的结合强度来调控这4个基因的转录,并且此调控过程需要生长素。该研究结果为高温调控下胚轴伸长下游基因的分子机制提供了新的见解。 展开更多
关键词 热形态建成 高温诱导的下胚轴伸长 HY5 saurs 转录调控
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紫花苜蓿SAUR基因家族的鉴定及其在非生物胁迫中的表达模式研究 被引量:4
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作者 刘昊 李显炀 +6 位作者 何飞 王雪 李明娜 龙瑞才 康俊梅 杨青川 陈林 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期135-153,共19页
SAUR(small auxin-up RNA)是植物早期响应生长素的一类基因,参与植物生长发育与非生物胁迫响应等一系列生物过程。在拟南芥、水稻、棉花等物种中已经对SAUR基因家族进行了系统鉴定与分析,但是,在世界上最重要的豆科牧草紫花苜蓿中关于S... SAUR(small auxin-up RNA)是植物早期响应生长素的一类基因,参与植物生长发育与非生物胁迫响应等一系列生物过程。在拟南芥、水稻、棉花等物种中已经对SAUR基因家族进行了系统鉴定与分析,但是,在世界上最重要的豆科牧草紫花苜蓿中关于SAUR基因家族的研究尚未开展。本研究利用生物信息学的方法在紫花苜蓿参考基因组共鉴定到433个MsSAUR成员,并对其基因组位置、基因结构、启动子顺式作用元件以及不同组织中的表达模式进行了分析。同时,利用紫花苜蓿在不同非生物胁迫下的转录组数据,发现有5、11、19以及12个MsSAUR成员分别响应干旱、盐、冷以及碱胁迫,MsSAUR14/94/254可以同时响应干旱和盐胁迫,MsSAUR297可以同时响应干旱、盐以及碱胁迫,MsSAUR306可以同时响应干旱、盐以及冷胁迫。本研究结果可为后期通过基因工程技术创制高产抗逆新种质提供重要的候选基因。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 saur基因 全基因组鉴定 非生物胁迫 表达模式
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油松SAUR基因家族鉴定及其干旱胁迫表达模式分析 被引量:1
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作者 燕佳惠 周成城 +1 位作者 钮世辉 李伟 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期57-67,共11页
【目的】本研究旨在鉴定油松生长素响应基因SAUR家族,分析其基本特征及其在干旱胁迫中的作用,以期为油松及其他针叶树SAUR基因家族功能解析提供参考。【方法】以油松全基因组数据信息为基础,blast比对鉴定出SAUR基因家族,通过生物信息... 【目的】本研究旨在鉴定油松生长素响应基因SAUR家族,分析其基本特征及其在干旱胁迫中的作用,以期为油松及其他针叶树SAUR基因家族功能解析提供参考。【方法】以油松全基因组数据信息为基础,blast比对鉴定出SAUR基因家族,通过生物信息学方法分析其基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能,并通过RNA-Seq数据分析其在干旱胁迫下的表达模式。【结果】(1)在油松中共鉴定出66个SAUR家族基因,命名为PtSAUR1~PtSAUR66,其中60个SAUR家族成员不均匀地分布在9条染色体上,多呈现簇状分布。(2)蛋白理化特征分析结果表明,76%的SAUR蛋白呈碱性;亚细胞预测结果显示,74%的SAUR蛋白可定位到细胞核中。(3)油松与银杏和巨杉SAUR基因的共线关系结果显示:与银杏相比,油松与巨杉的同源关系更近。(4)顺式作用元件预测结果显示:SAUR家族基因的启动子中预测到多种激素(茉莉酸甲酯、脱落酸、生长素等)、非生物胁迫(低温、干旱等)相关的顺式作用元件,其中茉莉酸甲酯相关的元件数最多,生长素相关的元件数最少。(5)系统进化分析显示:油松SAUR家族蛋白可分为7个类群,油松中既存在相近于被子植物的SAUR蛋白,也存在前期分离出来的油松独有的SAUR蛋白。(6)RNA-Seq数据分析结果显示:油松SAUR基因家族对于干旱胁迫具有一定的调节作用,其中PtSAUR23、PtSAUR59和PtSAUR663个基因成员变化显著,推测为抗旱的关键基因。【结论】油松SAUR家族基因可参与调控干旱胁迫,PtSAUR23、PtSAUR59和PtSAUR66可能在这个过程中起到关键的作用。 展开更多
关键词 油松 saur基因家族 干旱胁迫 基因表达
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植物生长素响应基因SAUR的功能及其在大豆中的研究进展 被引量:5
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作者 季雨佳 赵琳 《大豆科技》 2024年第1期32-38,共7页
生长素参与调节植物体的生长发育。作为生长素响应的三大基因家族成员之一,SAUR基因家族参与植物生长发育的多个过程,在响应生长素变化,影响植物体内生长素合成及转运,细胞伸长、代谢及逆境胁迫中发挥重要作用。文章综述了生长素的生理... 生长素参与调节植物体的生长发育。作为生长素响应的三大基因家族成员之一,SAUR基因家族参与植物生长发育的多个过程,在响应生长素变化,影响植物体内生长素合成及转运,细胞伸长、代谢及逆境胁迫中发挥重要作用。文章综述了生长素的生理作用、生长素信号转导、生长素与不同激素信号间的相互作用及SAUR基因功能的研究进展,包括SAUR基因的结构及在大豆中的功能等,旨在为深入研究大豆SAUR基因功能奠定理论基础。 展开更多
关键词 生长素 saur 基因功能 大豆
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烟草SAUR基因家族鉴定及表达分析
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作者 吴孟婷 籍燕 +8 位作者 周东新 刘国祥 燕思凡 李媛 宁扬 林天然 李洋洋 张兴伟 程崖芝 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2024年第6期17-26,38,共11页
为明确SAUR基因家族在植物生长发育和胁迫响应中的分子生物学机制,利用生物信息学手段,鉴定了烟草SAUR家族基因,分析了其进化关系、理化性质、基因及蛋白结构、启动子元件、染色体分布和叶片表达模式等。结果表明,在烟草中共鉴定出137个... 为明确SAUR基因家族在植物生长发育和胁迫响应中的分子生物学机制,利用生物信息学手段,鉴定了烟草SAUR家族基因,分析了其进化关系、理化性质、基因及蛋白结构、启动子元件、染色体分布和叶片表达模式等。结果表明,在烟草中共鉴定出137个NtSAUR基因,分布在23条染色体上,分为4个亚族;仅4个基因含内含子,同一分支成员蛋白序列高度保守;NtSAUR启动子存在植物生长发育、环境胁迫、激素及光响应4类顺式作用元件;烟草SAUR基因在进化过程中可能发生大量的串联复制和染色体片段性复制;基于叶片表达模式分析,筛选到2个可能参与烟草叶片形态建成的基因和6个可能调控叶片衰老的基因。以上研究结果将为下一步烟草SAUR基因功能验证提供理论依据。 展开更多
关键词 烟草 saur 生物信息学 进化分析 表达分析
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Advances in the study of auxin early response genes:Aux/IAA,GH3,and SAUR 被引量:3
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作者 Dongfang Bao Senqiu Chang +1 位作者 Xiaodong Li Yanhua Qi 《The Crop Journal》 SCIE CSCD 2024年第4期964-978,共15页
Auxin plays a crucial role in all aspects of plant growth and development.Auxin can induce the rapid and efficient expression of some genes,which are named auxin early response genes(AERGs),mainly including the three ... Auxin plays a crucial role in all aspects of plant growth and development.Auxin can induce the rapid and efficient expression of some genes,which are named auxin early response genes(AERGs),mainly including the three families:auxin/indole-3-acetic acid(Aux/IAA),Gretchen Hagen 3(GH3),and small auxin-up RNA(SAUR).Aux/IAA encodes the Aux/IAA protein,which is a negative regulator of auxin response.Aux/IAA and auxin response factor(ARF)form a heterodimer and participate in a variety of physiological processes through classical or non-classical auxin signaling pathways.The GH3 encodes auxin amide synthetase,which catalyzes the binding of auxin to acyl-containing small molecule substrates(such as amino acids and jasmonic acid),and regulates plant growth and stresses by regulating auxin homeostasis.SAURs is a class of small auxin up-regulated RNAs.SAUR response to auxin is complex,and the process may occur at the transcriptional,post-transcriptional and protein levels.With the development of multi-omics,significant progress has been made in the study of Aux/IAA,GH3,and SAUR genes,but there are still many unknowns.This review offers insight into the characteristics of Aux/IAA,GH3,and SAUR gene families,and their roles in roots,hypocotyls,leaves,leaf inclinations,flowers,seed development,stress response,and phytohormone crosstalk,and provides clues for future research on phytohormone signaling and the molecular design breeding of crops. 展开更多
关键词 AUXIN AUX/IAA GH3 saur STRESS
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白桦SAUR基因家族鉴定及生物信息学分析 被引量:2
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作者 刘超逸 王宇航 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第10期3172-3187,共16页
SAUR基因家族作为植物生长素早期响应基因家族中最大的一个家族,参与到植物细胞伸长、果实发育、胁迫应答等多个生物学过程。本研究基于白桦全基因组数据,对白桦SAUR基因家族进行鉴定和生物信息学分析。结果表明,白桦共有61个SAUR家族基... SAUR基因家族作为植物生长素早期响应基因家族中最大的一个家族,参与到植物细胞伸长、果实发育、胁迫应答等多个生物学过程。本研究基于白桦全基因组数据,对白桦SAUR基因家族进行鉴定和生物信息学分析。结果表明,白桦共有61个SAUR家族基因,这些基因不均匀分布在14条染色体上,理化性质分析表明,大部分BpSAUR蛋白呈碱性,为不稳定蛋白,脂溶性系数较高,为亲水性;系统进化和基因结构分析表明,61个白桦SAUR基因被分为4类(Group Ⅰ~Group Ⅳ),其中Group Ⅳ中BpSAUR基因最多,同一分类的BpSAUR基因更倾向于在染色体上聚集分布,大部分白桦SAUR家族基因为无内含子或少内含子基因。白桦SAUR家族基因启动子还拥有多个光响应、激素响应元件与逆境胁迫作用元件,说明其可能参与白桦生长发育及胁迫应答等多个生物学过程。该家族基因在白桦的不同组织部位和不同发育阶段的表达量也不同,主要在幼茎、成熟茎和成熟叶中集中表达。本研究通过对白桦SAUR基因家族进行深入分析,以期为白桦分子育种奠定良好基础。 展开更多
关键词 白桦 saur(Small auxin-up RNA) 全基因组 生物信息学分析
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陆地棉SAURX克隆及表达模式分析
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作者 刘永昌 马晓梅 +2 位作者 吴忠新 孙玉进 陈纳 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期751-759,共9页
【目的】生长素上调的小RNA(SAURs)是一类生长素原初响应基因,在细胞伸长的过程中具有重要作用。克隆纤维发育相关的SAUR基因,研究其表达模式和生物学功能对探究纤维发育的机理具有重要意义。【方法】从陆地棉中克隆到1个编码SAUR蛋白... 【目的】生长素上调的小RNA(SAURs)是一类生长素原初响应基因,在细胞伸长的过程中具有重要作用。克隆纤维发育相关的SAUR基因,研究其表达模式和生物学功能对探究纤维发育的机理具有重要意义。【方法】从陆地棉中克隆到1个编码SAUR蛋白的基因,命名为GhSAURX,通过表达模式分析、亚细胞定位、转基因拟南芥表型分析及生长素相关基因表达分析初步研究其功能。【结果】进化树分析表明:GhSAURX与拟南芥SAUR76、SAUR77和SAUR78关系较近,属于SAUR76亚家族。qPCR结果发现,GhSAURX基因在快速伸长的纤维中表达量较高,即开花后15,18,21 d。同时,GhSAURX在长纤维品种中的表达水平明显高于短纤维。亚细胞定位分析显示,GhSAURX定位在细胞膜和细胞核中。异源表达GhSAURX可以提高YUCCA6、ARF7及PIN4的表达,增加拟南芥的主根长度和黑暗条件下胚轴的长度。【结论】GhSAURX可能在生长素调控细胞伸长的过程中具有重要作用。 展开更多
关键词 陆地棉 生长素 saur 细胞伸长 表达分析
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防风SAUR32/23基因生物信息学分析及编码蛋白的亚细胞定位
12
作者 曹正林 陈福源 +4 位作者 黄玉兰 李有真 丁洪霞 夏凯旋 魏文琦 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期71-78,共8页
SAUR基因的生物信息学分析旨在揭示其结构、功能和进化关系,同时通过亚细胞定位,了解其在细胞中的位置,从而推断其生物学功能。这样分析有助于深入理解该基因在生物体内的作用机制和潜在应用,为调控防风种子萌发,缩短种子休眠时间和防... SAUR基因的生物信息学分析旨在揭示其结构、功能和进化关系,同时通过亚细胞定位,了解其在细胞中的位置,从而推断其生物学功能。这样分析有助于深入理解该基因在生物体内的作用机制和潜在应用,为调控防风种子萌发,缩短种子休眠时间和防风绿色栽培种植及育种提供重要理论和实践意义。研究进行了生物信息学分析,从防风克隆到2个基因SdSAUR32和SdSAUR23,分析这2个基因在防风种子不同休眠阶段的表现和亚细胞定位,以探究其生物学特征和功能。结果表明,SdSAUR32蛋白分子质量约为14.48 ku(pI为6.45),SdSAUR23蛋白分子质量约为10.29 ku(pI为8.00),均为亲水性蛋白;分析保守结构域的SdSAURs基因编码蛋白发现,SdSAUR32和SdSAUR23的保守结构域相同,都属于由生长素诱导的超家族成员;进化分析表明,SdSAUR32和SdSAUR23基因编码蛋白均与胡萝卜的亲缘关系最近。亚细胞定位结果表明,防风SdSAUR32和SdSAUR23均定位于细胞核;防风种子的不同时期都有SdSAUR32和SdSAUR23的表达,但芽期的表达量显著高于休眠期和解除眠期,因此,推测SdSAUR32和SdSAUR23可能在萌发和生长过程中起着重要作用。 展开更多
关键词 防风 saur 生物信息学 亚细胞定位
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蛇足石杉SAUR50基因家族的分子生物信息学及组织特异性表达分析
13
作者 冼金燕 黄玉妹 +5 位作者 陈秋洁 张鹏 王虹岚 刘燊 王柳萍 涂冬萍 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第12期2629-2639,共11页
【目的】对蛇足石杉SAUR50基因家族的分子生物信息学及组织特异性表达进行分析,为提高蛇足石杉产量提供参考依据。【方法】基于蛇足石杉全长转录组数据,利用生物信息学的方法对蛇足石杉SAUR50基因家族成员进行鉴定,分析其蛋白的理化性... 【目的】对蛇足石杉SAUR50基因家族的分子生物信息学及组织特异性表达进行分析,为提高蛇足石杉产量提供参考依据。【方法】基于蛇足石杉全长转录组数据,利用生物信息学的方法对蛇足石杉SAUR50基因家族成员进行鉴定,分析其蛋白的理化性质、亚细胞定位、结构域和保守基序,对蛇足石杉SAUR50基因家族成员组织表达特性进行分析。【结果】共鉴定出11个SAUR50基因家族成员(HsSAUR50-1~HsSAUR50-11),编码的氨基酸数量为62~138个,理论等电点为6.71~10.31,其蛋白分子量为7290.48~16258.16 kD,多为碱性蛋白,不具有跨膜结构,且均为稳定亲水性蛋白。蛇足石杉SAUR50蛋白二级结构均由α螺旋、β折叠、延伸链和无规则卷曲4种结构共同组成,有蛋白结合、转移酶链和DNA蛋白结合3种三级结构,亚细胞定位在叶绿体、细胞核中。系统发育进化分析将蛇足石杉SAUR50蛋白家族成员分为两大类(Ⅰ和Ⅱ类),其中Ⅰ类可分为2个亚类。蛋白结构域分析结果显示,SAUR50家族蛋白共有2种结构域,分别为Auxin inducible和Auxin inducible superfamily,具有促进基因在生长素水平表达的功能。分析蛇足石杉SAUR50家族蛋白序列共获得3种保守基序,其中motif 1在遗传进化中趋于稳定。蛇足石杉SAUR50基因家族成员有与生长发育、激素响应、抗逆等相关的17种顺式作用元件。HsSAUR50-8等6个基因在茎中高表达,HsSAUR50-2和HsSAUR50-6基因表达量排序均为茎>叶>芽胞>孢子。【结论】共鉴定出11个蛇足石杉SAUR50基因家族成员,具有高度保守基序和功能结构域,其组织表达具有特异性。蛇足石杉SAUR50基因家族大部分成员可能主要参与蛇足石杉茎和叶的发育调控,能促进蛇足石杉植株增高及茎叶生长发育。 展开更多
关键词 蛇足石杉 saur50基因家族 生物信息学 表达分析
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烟草SAUR基因家族的全基因组鉴定
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作者 侍浩良 《现代农业研究》 2024年第10期69-77,共9页
SAUR(Small auxin-up RNA)是生长素早期响应基因。基于烟草基因组数据,对NtSAUR进行鉴定以及染色体定位、保守基序、保守结构域、基因结构、启动子顺式作用元件分析、系统发育树构建和共线性分析。结果表明,在烟草基因组中共鉴定出64个... SAUR(Small auxin-up RNA)是生长素早期响应基因。基于烟草基因组数据,对NtSAUR进行鉴定以及染色体定位、保守基序、保守结构域、基因结构、启动子顺式作用元件分析、系统发育树构建和共线性分析。结果表明,在烟草基因组中共鉴定出64个基因,大部分为碱性蛋白和亲水性蛋白,这些基因不均匀的分布在21条染色体上;系统进化分析显示,烟草SAUR基因分布在三个族群上,各族群基因数量不等;从基因的启动子顺式作用元件中鉴定到有IAA、ABA、GA、JA、SA及干旱、低温等信号响应的顺式作用元件。研究结果为进一步研究烟草SAUR基因的功能和逆境胁迫响应机制提供了依据。 展开更多
关键词 基因家族 saur 烟草 生物信息
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葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量:13
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作者 李傲 崔梦杰 +3 位作者 陈珂 许瀛之 贾海峰 房经贵 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期326-337,共12页
为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡萄全... 为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡萄全基因组上64个SAUR家族成员在19条染色体中的8条染色体上呈现簇状分布,主要分布在3、4号染色体上,其中3号染色体上数量最多为37个;葡萄SAUR家族基因长度较短,有59个基因是无内含子基因;蛋白理化特征分析显示,多数SAUR蛋白呈碱性,结构稳定性较差,蛋白脂溶指数高,呈亲水性;基因功能预测结果表明,葡萄SAUR基因主要担当生长因子、结构蛋白、转录、转录调控以及响应胁迫应答和免疫应答6种功能,其中更多参与生长调节功能;根据系统进化分析将其分为10个分支,另外不同组织表达谱的分析结果表明SAUR基因家族成员具有不同的组织表达模式,对于非生物胁迫具有一定的调节作用。这些信息为葡萄SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础。 展开更多
关键词 葡萄 saur基因家族 系统进化 功能预测 基因表达 定量PCR
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油棕SAUR基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析 被引量:7
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作者 周丽霞 杨蒙迪 +1 位作者 曹红星 杨耀东 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1011-1020,共10页
【目的】挖掘并鉴定油棕生长素上调小RNA(SAUR)基因家族成员,并对其进行生物信息学分析,为油棕生长素信号转导机制的研究提供参考。【方法】根据拟南芥SAUR基因序列,在油棕全基因组数据库中同源序列搜索,并利用CDD和Pfam数据库进行SAUR... 【目的】挖掘并鉴定油棕生长素上调小RNA(SAUR)基因家族成员,并对其进行生物信息学分析,为油棕生长素信号转导机制的研究提供参考。【方法】根据拟南芥SAUR基因序列,在油棕全基因组数据库中同源序列搜索,并利用CDD和Pfam数据库进行SAUR蛋白结构域分析,剔除无保守结构域的序列,最后利用生物信息学软件对油棕SAUR基因家族成员进行可视化分析。【结果】从油棕全基因组中共鉴定出40个SAUR基因家族成员(EgSAUR1~EgSAUR40),有31个基因在油棕14条染色体上呈不均匀分布,其中4号染色体上分布的基因最多为7个;除EgSAUR14和EgSAUR24基因含有2个外显子外,其余38个基因均仅含1个外显子,无内含子。40个EgSAURs蛋白亚细胞定位于细胞核,其二级结构均由α-螺旋、β-转角、无规卷曲和延伸链组成,以无规卷曲和α-螺旋所占比例较高,其中有11个EgSAURs蛋白呈酸性,29个EgSAURs蛋白呈碱性。40个油棕SAUR蛋白被划分为四大类,其中第Ⅰ(除EgSAUR27蛋白外)、Ⅱ(除EgSAUR3和EgSAUR22外)、Ⅲ、Ⅳ类蛋白均有Auxin_inducible保守结构域。40个EgSAURs蛋白共含10种保守基序(Motif),其中Motif 2存在于所有基因成员中。在花中特异表达的EgSAURs基因(EgSAUR4、EgSAUR9、EgSAUR10、EgSAUR24、EgSAUR29、EgSAUR30、EgSAUR32和EgSAUR33)数量最多,其次为根、茎和叶,在中果皮中特异表达的基因数最少。【结论】基因重复和组织表达特异性是油棕SAUR家族基因的两大特点,推测该家族基因对油棕花的生长发育及授粉受精过程发挥调控作用。 展开更多
关键词 油棕 saur 全基因组 生长素 生物信息分析 鉴定
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白菜SAUR基因家族的生物信息学分析 被引量:7
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作者 赵敬会 王瑞雪 +2 位作者 李荣冲 梁晶龙 张涛 《中国农学通报》 CSCD 2012年第22期130-137,共8页
旨在为今后开展白菜SAUR基因家族的功能奠定基础。本研究利用生物信息学的方法对白菜生长素早期应答基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族的保守基序、氨基酸等电点、分子进化以及表达模式等基本性质进行了分析。结果表明,白菜143个SAUR蛋... 旨在为今后开展白菜SAUR基因家族的功能奠定基础。本研究利用生物信息学的方法对白菜生长素早期应答基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族的保守基序、氨基酸等电点、分子进化以及表达模式等基本性质进行了分析。结果表明,白菜143个SAUR蛋白质中,有111个蛋白质偏碱性,31个偏酸性,有1个呈中性;从对该基因家族构建的进化树中可以看出它分化出2个大的亚家族,其中一个亚家族还处在不断分化中;此外,找到61个SAUR基因的EST表达证据,且基因表达部位比较丰富。通过研究分析表明本研究可以得出结论基因重复是白菜SAUR基因家族的一大特点,143个基因中含有51个同源对。 展开更多
关键词 白菜 生长素 saur 基因重复
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黄瓜SAUR基因家族的鉴定与表达分析 被引量:18
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作者 王红飞 尚庆茂 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1093-1111,共19页
SAUR(Small auxin-up RNA)是生长素早期响应基因。基于黄瓜(Cucumis sativus L.)基因组数据,对CsaSAUR进行鉴定以及染色体定位、基因结构、启动子顺式作用元件分析,并通过qRT-PCR技术检测基因组织表达模式和对弱光、高温及高水势的响应... SAUR(Small auxin-up RNA)是生长素早期响应基因。基于黄瓜(Cucumis sativus L.)基因组数据,对CsaSAUR进行鉴定以及染色体定位、基因结构、启动子顺式作用元件分析,并通过qRT-PCR技术检测基因组织表达模式和对弱光、高温及高水势的响应。结果表明,在黄瓜基因组中共鉴定到73个SAUR,这些基因非随机地分布在7条染色体上,60%成簇分布;系统进化分析显示,CsaSAURs可分为8个进化群,各群基因数量不等;进一步分析家族成员的启动子序列,鉴定到IAA、ABA、GA、JA、SA及干旱、低温和机械损伤等信号响应的顺式作用元件;该家族成员具有不同的表达模式,弱光、高温和高水势可激活或抑制部分家族成员的表达,在下胚轴特异表达的18个Csa SAUR基因中,仅CsaSAUR15同时受弱光、高温、高水势3种信号诱导,表达上调。 展开更多
关键词 黄瓜 saur 基因表达 进化分析
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植物生长素响应基因SAUR的研究进展 被引量:21
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作者 朱宇斌 孔莹莹 王君晖 《生命科学》 CSCD 2014年第4期407-413,共7页
植物激素生长素在植物生长和发育过程中起重要的调节作用,它能够诱导一系列生长素早期响应基因的表达,包括Aux/IAA、GH3和SAUR。对拟南芥、水稻、高粱和茄科进行生物信息学分析后显示:大部分SAURs基因没有内含子,并且成簇坐落在染色体上... 植物激素生长素在植物生长和发育过程中起重要的调节作用,它能够诱导一系列生长素早期响应基因的表达,包括Aux/IAA、GH3和SAUR。对拟南芥、水稻、高粱和茄科进行生物信息学分析后显示:大部分SAURs基因没有内含子,并且成簇坐落在染色体上;它们有特定的保守区,包含生长素响应元件AuxREs和促使mRNA降解的下游元件DST等。近年来,许多研究人员通过对SAUR蛋白功能的研究,发现它们主要参与调节生长素的合成和运输,从而影响细胞的膨大,但相关的机制并不明确,有待进一步的研究。从生物信息学和功能两方面综述了植物SAUR基因家族的研究进展,并对未来的研究方向做了展望。 展开更多
关键词 生长素 saur 生物信息 基因表达 细胞膨大
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柑橘属SAUR基因家族的全基因组鉴定及表达分析 被引量:15
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作者 王福生 余洪 +4 位作者 胡洲 管德龙 张盼 朱世平 赵晓春 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期23-40,共18页
分析SAUR(Small auxin up-regulated RNA)基因家族在不同柑橘基因组中的数量、连锁群分布、基因结构、系统进化、基因表达模式等,从香橼、柚、莽山野橘和克里曼丁橘等基因组中分别鉴定到69、62、58和70个SAUR基因。SAUR在基因组上分布不... 分析SAUR(Small auxin up-regulated RNA)基因家族在不同柑橘基因组中的数量、连锁群分布、基因结构、系统进化、基因表达模式等,从香橼、柚、莽山野橘和克里曼丁橘等基因组中分别鉴定到69、62、58和70个SAUR基因。SAUR在基因组上分布不均,呈现明显的串联重复现象,基因家族成员的差异可能是由于串联重复和染色体大片段复制引起。大多数柑橘SAUR基因不含内含子,含有SAUR特有的4个保守motif。系统进化树分析显示,来源于拟南芥、水稻、番茄、马铃薯和柑橘的629个SAUR基因分为9组,每一组都含有5个物种的家族成员,并且同一个物种的SAUR基因具有较近的遗传距离。顺式元件分析表明,CclSAUR基因家族成员的上游序列含有光响应、转录因子结合、激素响应、伤害响应、低温响应、玉米素代谢和类黄酮生物合成相关的元件。q RT-PCR分析结果显示,大多数CclSAUR都能响应外源IAA和低温处理。 展开更多
关键词 柑橘属 saur基因家族 基因表达 全基因组鉴定
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