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基于全基因组SNPs遗传信息的猪品种保护策略研究 被引量:1
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作者 郑美丽 王珏 +4 位作者 雒亚彪 刘成琨 王晓凤 陈少康 方美英 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第1期123-129,共7页
我国拥有十分丰富的地方猪种遗传资源,近年来各地纷纷引入不同生产性能的外来猪种以满足商品市场的发展需求,导致中国地方猪种资源受到严重威胁,遗传多样性日益减少,如何有效保护地方猪种资源是亟待解决的问题。本研究采集254头中国地... 我国拥有十分丰富的地方猪种遗传资源,近年来各地纷纷引入不同生产性能的外来猪种以满足商品市场的发展需求,导致中国地方猪种资源受到严重威胁,遗传多样性日益减少,如何有效保护地方猪种资源是亟待解决的问题。本研究采集254头中国地方品种(藏猪、二花脸猪、金华猪、民猪、荣昌猪、五指山猪)以及杜洛克商品猪种,基于Illumina公司的猪60K SNP芯片数据进行各品种遗传多样性分析,并根据获得的遗传多样性数据进行猪品种保护的优先权分析。通过方法间比较,本研究认为分子共祖先法和等位基因丰富度法是计算群体遗传多样性最为有效的方法,可作为评估猪种质资源保护优先权的推荐分析方法。基于该方法获得的分析结果表明,在所研究的地方猪品种中,我国需要进行优先保护的前3个地方品种为民猪、藏猪、金华猪。本研究结果可为地方猪种资源保护工作提供参考。 展开更多
关键词 中国地方品种 遗传多样性 保护优先权 SNP芯片
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籽鹅和豁眼鹅品种特异性SNPs位点鉴定与应用
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作者 顾昊天 刘宏祥 +9 位作者 宋卫涛 王志成 章双杰 卢立志 耿明阳 徐文娟 陶志云 王逸飞 李慧芳 朱春红 《中国畜牧杂志》 北大核心 2025年第10期256-263,共8页
优良地方品种基因组中包含丰富的遗传信息,是生物多样性的重要体现。分析和挖掘优异地方家禽遗传资源信息,建立特异性品种鉴定方法,具有重要的种业意义。本研究通过筛选品种特异性单核苷酸多态性(SNPs)位点,为地方品种鹅——籽鹅和豁眼... 优良地方品种基因组中包含丰富的遗传信息,是生物多样性的重要体现。分析和挖掘优异地方家禽遗传资源信息,建立特异性品种鉴定方法,具有重要的种业意义。本研究通过筛选品种特异性单核苷酸多态性(SNPs)位点,为地方品种鹅——籽鹅和豁眼鹅品种鉴定提供一种新型可靠的方法。研究选择纯种籽鹅、豁眼鹅、长乐鹅、道州灰鹅、钢鹅、酃县白鹅、狮头鹅、乌鬃鹅、永康灰鹅和定安鹅各30只进行基因组DNA的提取和基因组重测序。研究比对不同鹅种的基因组序列,获得15个籽鹅特异性SNPs位点和15个豁眼鹅特异性SNPs位点,并基于位点的基因组序列信息共设计30对引物。对随机采集的纯种籽鹅、豁眼鹅、长乐鹅、道州灰鹅、定安鹅血样进行PCR扩增和测序验证,结果显示,上述30个特异性SNPs位点可以用于籽鹅和豁眼鹅的品种鉴定,鉴定准确率达100%。本研究鉴定了籽鹅和豁眼鹅的特异性SNP位点及其对应引物,验证了其在品种鉴定中的准确性和可靠性,为家禽品种鉴定及种质资源保护与利用提供了新方法。 展开更多
关键词 籽鹅 豁眼鹅 品种鉴定 snps 遗传资源保护
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利用群体特异性参考基因组鉴定中国瘤牛SNPs的优势
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作者 李艾欣 李紫阳 +4 位作者 陈文洁 田雨阳 雷初朝 李志钢 陈宁博 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第10期4963-4972,共10页
本研究旨在以中国瘤牛群体特异性基因组为参考基因组,系统评估其在单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)鉴定中的优势。以60头中国瘤牛的全基因组重测序数据为研究对象,分别基于欧洲普通牛参考基因组(ARS-UCD1.2)和中... 本研究旨在以中国瘤牛群体特异性基因组为参考基因组,系统评估其在单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)鉴定中的优势。以60头中国瘤牛的全基因组重测序数据为研究对象,分别基于欧洲普通牛参考基因组(ARS-UCD1.2)和中国瘤牛群体特异性参考基因组(雷琼牛参考基因组:ASM3988116v1)进行SNPs的鉴定和比较。针对利用ARS-UCD1.2基因组检测到的多等位SNPs,构建基因组之间的坐标映射链式文件,将其转换为ASM3988116v1基因组坐标下的双等位SNPs,并开展深度注释分析。结果表明,在分析中国瘤牛群体遗传变异时,利用ASM3988116v1群体特异性参考基因组相较于ARS-UCD1.2基因组具有显著优势:1)可以更全面地鉴定内含子和非翻译区变异,提升低频和罕见变异的检测灵敏度;2)可以降低由于参考偏倚造成的变异鉴定过程中出现的假阳性;3)实现将部分由于基因组参考偏倚过滤掉的多等位SNPs转换为双等位SNPs,这些SNPs共注释到8352个基因,其中包含与瘤牛生长发育及环境适应性相关的重要基因,如肌肉发育(CTNNA1)、免疫(SIL1)、血液循环(VPS13A)、肌肉发育和光周期(EYA3)等。针对我国地方黄牛群体的特异性参考基因组能够提升变异检测灵敏度,降低基因组参考偏倚,并挖掘更多具有重要意义的功能位点,为群体遗传学研究和畜禽精准育种提供了高置信度的数据基础,具有重要的理论与实际意义。 展开更多
关键词 群体特异性参考基因组 单核苷酸多态性 参考偏倚 双等位/多等位基因snps 功能基因
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Genetic signatures of ERCC1 and ERCC2 expression,along with SNPs variants,unveil favorable prognosis in SCLC patients undergoing platinum-based chemotherapy
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作者 ENRICO CALIMAN SARA FANCELLI +10 位作者 FEDERICO SCOLARI ADRIANO PASQUI CLARA MANNESCHI DANIELE LAVACCHI FRANCESCA MAZZONI FRANCESCA GENSINI VALERIA PASINI CAMILLA EVA COMIN LUCA VOLTOLINI SERENA PILLOZZI LORENZO ANTONUZZO 《Oncology Research》 SCIE 2025年第1期45-55,共11页
Background:Platinum chemotherapy(CT)remains the backbone of systemic therapy for patients with smallcell lung cancer(SCLC).The nucleotide excision repair(NER)pathway plays a central role in the repair of the DNA damag... Background:Platinum chemotherapy(CT)remains the backbone of systemic therapy for patients with smallcell lung cancer(SCLC).The nucleotide excision repair(NER)pathway plays a central role in the repair of the DNA damage exerted by platinum agents.Alteration in this repair mechanism may affect patients’survival.Materials and Methods:We conducted a retrospective analysis of data from 38 patients with extensive disease(ED)-SCLC who underwent platinum-CT at the Clinical Oncology Unit,Careggi University Hospital,Florence(Italy),from 2015 to 2020.mRNA expression analysis and single nucleotide polymorphism(SNP)characterization of three NER pathway genes—namely ERCC1,ERCC2,and ERCC5—were performed on patient tumor samples.Results:Overall,elevated expression of ERCC genes was observed in SCLC patients compared to healthy controls.Patients with low ERCC1 and ERCC5 expression levels exhibited a better median progression-free survival(mPFS=7.1 vs.4.9 months,p=0.39 for ERCC1 and mPFS=6.9 vs.4.8 months,p=0.093 for ERCC5)and overall survival(mOS=8.7 vs.6.0 months,p=0.4 for ERCC1 and mOS=7.2 vs.6.2 months,p=0.13 for ERCC5).Genotyping analysis of five SNPs of ERCC genes showed a longer survival in patients harboring the wild-type genotype or the heterozygous variant of the ERCC1 rs11615 SNP(p=0.24 for PFS and p=0.14 for OS)and of the rs13181 and rs1799793 ERCC2 SNPs(p=0.43 and p=0.26 for PFS and p=0.21 and p=0.16 for OS,respectively)compared to patients with homozygous mutant genotypes.Conclusions:The comprehensive analysis of ERCC gene expression and SNP variants appears to identify patients who derive greater survival benefits from platinum-CT. 展开更多
关键词 Small cell lung cancer(SCLC) Nucleotide excision repair(NER)pathway ERCC genes Single nucleotide polymorphisms(snps) Platinumchemotherapy(CT)
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绵羊基因SNPs与卵泡囊肿疾病的相关性分析
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作者 王昊天 赵瑞霞 张天闻 《家畜生态学报》 北大核心 2025年第9期81-87,共7页
为了研究敖汉细毛羊基因SNPs及其与卵泡囊肿疾病之间的关系,采用PCR-RFLP技术对240只患病敖汉细毛羊和432只健康敖汉细毛羊的GHR、GH、PROP1、FecB、GDF9基因SNPs进行检测并基因分型,并将基因分型结果与卵泡囊肿疾病进行关联性分析。结... 为了研究敖汉细毛羊基因SNPs及其与卵泡囊肿疾病之间的关系,采用PCR-RFLP技术对240只患病敖汉细毛羊和432只健康敖汉细毛羊的GHR、GH、PROP1、FecB、GDF9基因SNPs进行检测并基因分型,并将基因分型结果与卵泡囊肿疾病进行关联性分析。结果显示,在GHR、GH、PROP1、FecB、GDF9基因均发现1个酶切SNPs,即HpaII、PvuII、Hin6I、AvaII、Hpy166II SNPs。GHR-HpaII SNPs属于外显子突变,在患病敖汉细毛羊群体中多态信息含量(polymorphism information content,PIC)表现为中度多态,在健康敖汉细毛羊群体中表现为低度多态,与卵泡囊肿疾病显著相关(P<0.05)。GH-PvuII SNPs属于内含子突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为中度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。PROP1-Hin6I SNPs属于外显子突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为低度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。FecB-AvaII SNPs属于编码区突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为中度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。GDF9-Hpy166II SNPs属于启动子突变,在患病和健康敖汉细毛羊群体中均表现为低度多态,与卵泡囊肿疾病不显著相关(P>0.05)。研究结果表明,GHR-HpaII SNPs与敖汉细毛羊的卵泡囊肿疾病相关,可作为敖汉细毛羊繁殖生产和预防生殖疾病工作中的关键分子标记。 展开更多
关键词 敖汉细毛羊 snps 卵泡囊肿疾病 繁殖生产 生殖疾病预防
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全基因组SNPs揭示井冈黑掌鹅种质资源特性与遗传多样性特征
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作者 缪俊杰 张日泉 +9 位作者 吴厚义 游新明 黄奕雯 黄小英 郭震洋 刘建林 肖卫华 郭田华 陈浩 康冬柳 《畜牧兽医学报》 北大核心 2025年第7期3199-3209,共11页
旨在基于全基因组SNPs数据探讨井冈黑掌鹅(Jinggang black-palm goose,JGG)与中国不同地域地方鹅之间的系统发育关系,解析中国家鹅及JGG的遗传多样性和遗传结构,为中国家鹅资源的鉴定与保护提供理论基础。本研究基于81只井冈黑掌鹅和6... 旨在基于全基因组SNPs数据探讨井冈黑掌鹅(Jinggang black-palm goose,JGG)与中国不同地域地方鹅之间的系统发育关系,解析中国家鹅及JGG的遗传多样性和遗传结构,为中国家鹅资源的鉴定与保护提供理论基础。本研究基于81只井冈黑掌鹅和6个地方家鹅品种的120只个体的基因组重测序数据(12×),使用GATK和SnpEff软件对重测序基因组的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行检测与注释。基于常染色体SNP,构建系统进化树(neighbour-joining tree,NJ tree),进行主成分分析(principal component analysis,PCA)聚类和Admixture分析,评估中国家鹅的群体结构和遗传多样性。研究结果显示,JGG群体中检测到5955261个SNPs,变异主要富集在基因间区(46.39%)和内含子区(34.56%),外显子区(1.38%)变异较少。NJ tree、PCA和Admixture的结果显示,JGG种群单独聚类,其遗传分化受地理隔离、体型和羽色选育的驱动,显示出与兴国灰鹅、丰城灰鹅以及狮头鹅较近的亲缘关系。JGG的遗传多样性较低,常见SNP为3414168个,多肽位点比例(proportion of polypeptide sites,Pn)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)、实际杂合度(observed heterozygosity,Ho)、近交系数(inbreeding coefficient,F)、种群内遗传距离(intra-population genetic distance,DST)以及纯合性片段长度(runs of homozygosity,ROH)分别为0.83、0.26、0.23、0.33±0.09、0.224±0.022和12.87±8.27。该研究结果系统解析了中国家鹅及井冈黑掌鹅的群体遗传结构和基因组特征,结果表明井冈黑掌鹅作为独立的地方品种鹅,其遗传分化主要受地理隔离和表型选育的影响,但其遗传多样较低,种群特征存在丧失的风险,亟需加强对该地方品种的保护与利用。 展开更多
关键词 井冈黑掌鹅 中国家鹅 全基因组snps 遗传多样性 种质资源
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罗非鱼MC4R基因克隆及与其生长相关的SNPs位点 被引量:27
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作者 刘福平 白俊杰 +3 位作者 叶星 李胜杰 李小慧 于凌云 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期816-823,共8页
黑素皮质素受体-4(Melanocortin receptor-4,MC4R)是5种已发现的黑素皮质素受体家族成员之一,属于跨膜G-蛋白耦联受体超级家族,对于调节动物的采食量、体质量及能量稳态有着重要的作用。本研究采用基因组步移技术获得了尼罗罗非鱼(Oreoc... 黑素皮质素受体-4(Melanocortin receptor-4,MC4R)是5种已发现的黑素皮质素受体家族成员之一,属于跨膜G-蛋白耦联受体超级家族,对于调节动物的采食量、体质量及能量稳态有着重要的作用。本研究采用基因组步移技术获得了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)MC4R基因组DNA序列。该基因全长2547bp,其中5′侧翼序列长为1481bp,3′侧翼序列长为82bp,编码区序列长为984bp,只有1个外显子。采用PCR产物直接测序法、PCR-RFLP和CRS-PCR技术对尼罗罗非鱼MC4R基因启动子和外显子区域进行了SNPs位点的检测和分型,结果共检测到5个SNPs位点(-G1000C、-T974A、C276T、C561T和C708T),其中外显子上的3个SNPs位点均为同义突变。利用一般线性模型分析5个SNPs位点与尼罗罗非鱼生长性状的关系,结果表明,5个SNPs位点不同基因型之间体质量均值差异最大值分别为9.5%、23.2%、14.4%、18.6%和13.5%,没有达到显著水平(P>0.05)。将5个SNPs位点不同基因型组合成7种双倍型(去掉频率小于3%的组合),关联分析表明,在体质量和体长这2个主要生长性状方面,双倍型D4与D1、D3、D6存在显著性差异(P<0.05),双倍型D2与D3、D6也存在显著性差异(P<0.05)。因而可以考虑将MC4R基因作为影响罗非鱼体质量等生长性状的候选基因,应用于罗非鱼分子标记辅助育种。 展开更多
关键词 尼罗罗非鱼 MC4R snps 双倍型 关联分析
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藏鸡IGF-I基因的SNPs检测及与生长性状的关联分析 被引量:20
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作者 李长春 李进 +7 位作者 李奎 强巴央宗 莫德林 纪素玲 朱志明 徐日福 钟强 刘榜 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第11期1111-1116,共6页
通过PCR-RFLP技术对藏鸡和隐性白羽鸡类胰岛素生长因子-I(IGF-I)基因的5′非翻译区(UTR)的2个位点进行了多态性检测。检测结果显示,该基因具有HinfI和PstI多态现象。测序结果表明,HinfI识别位点发生了A→C突变,PstI识别位点发生了C→T突... 通过PCR-RFLP技术对藏鸡和隐性白羽鸡类胰岛素生长因子-I(IGF-I)基因的5′非翻译区(UTR)的2个位点进行了多态性检测。检测结果显示,该基因具有HinfI和PstI多态现象。测序结果表明,HinfI识别位点发生了A→C突变,PstI识别位点发生了C→T突变,从而在2群体中分别产生了3种基因型,而出现了8种单倍型组合。单倍型组合的χ2检验结果表明,2个品种间存在极显著差异(P<0.01)。方差分析结果显示,品种对所分析的17个生长发育性状都有显著影响(P<0.05或P<0.01),性别对6个生长发育性状有显著影响(P<0.05或P<0.01),而基因型或单倍型组合对5个生长发育性状(初生重、2周龄体重和胫围、7周龄体斜长以及16周龄胫围)有显著影响(P<0.05或P<0.01)。同时,基因型或单倍型组合与品种之间的互作对鸡的部分生长发育性状也有一定的影响。另外,基因型CT在鸡初生重和7周龄体斜长上显著(P<0.05)或极显著地(P<0.01)高于基因型CC和TT,而单倍型组合A+T/C+T在鸡初生重、2周龄体重和胫围以及16周龄胫围上显著(P<0.05)或极显著地(P<0.01)高于其它6种单倍型组合。 展开更多
关键词 藏鸡 隐性白羽鸡 IGF-I基因 snps检测 生长发育性状 关联分析 RFLP
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荷斯坦奶牛STAT5A基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析 被引量:16
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作者 何峰 孙东晓 +2 位作者 俞英 王雅春 张沅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期326-331,共6页
根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs(AJ237937和AF079568)的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连... 根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs(AJ237937和AF079568)的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连锁点突变,即12 440位T→C和12 550位的CCT插入/缺失;方差分析结果表明:SNP1对乳蛋白率有显著影响(P<0.05);SNP2对产奶量有极显著影响(P<0.01),对乳脂量、乳蛋白量有显著影响(P<0.05);单倍型组合对产奶量和乳蛋白量有极显著影响(P<0.01),对乳脂量有显著影响(P<0.05)。多重比较分析表明SNP2的AB基因型的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数极显著(P<0.01)或显著(P<0.05)高于基因型AA;而单倍型组合H1H2的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)高于其它4种单倍型组合;H3H4对产奶量和乳蛋白量的效应极显著高于其它4种单倍型组合(P<0.01)。结果提示:STAT5A基因可以作为奶牛产奶性状的候选分子遗传标记。 展开更多
关键词 荷斯坦奶牛 STAT5A基因 产奶性状 snps 单倍型PCR-SSCP
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4个绵羊品种Leptin基因部分片段的SNPs多态性与生长发育性状的相关性分析 被引量:14
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作者 黄丹丽 陈仁金 +5 位作者 杨章平 毛永江 李云龙 田黛君 陈亮 赵晓勇 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1640-1646,共7页
利用PCR-SSCP技术对萨福克、陶赛特、得克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因等2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在A99G、G115A、C150T、C171T位点。... 利用PCR-SSCP技术对萨福克、陶赛特、得克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因等2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在A99G、G115A、C150T、C171T位点。外显子3上,存在G271A;C316A;G387T位点。外显子3上的SNPs使编码的氨基酸发生变化。统计分析表明A99G、C150T和A99G+C150T位点与生长发育性状存在相关性。在A99G位点,Aa基因型初生质量、日增质量、体高、胸围和尻宽指标上均高于AA基因型,初生质量、日增质量和体高指标差异显著(P<0.05),胸围和尻宽指标差异极显著(P<0.01)。C150T和A99G+C150T位点结果一致,突变基因型日增重、体高、体长、胸围和尻宽指标均高于野生基因型,差异显著(P<0.05)。 展开更多
关键词 绵羊 LEPTIN基因 snps 生长发育性状
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检测线粒体DNA SNPs的快速测定法——引物延伸—飞行时间质谱法 被引量:9
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作者 许传超 蔡贵庆 +4 位作者 伍新尧 邓慧敏 赵方 童大跃 李建金 《中山大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期90-92,共3页
用PCR扩增出人类mtDNAHVⅠ区443bp片段作为模板,以nt16093位点特异的引物进行引物延伸反应。产物经纯化后利用MALDI_TOF质谱技术进行检测,从而建立起引物延伸-飞行时间质谱法快速检测SNPs的技术,并用该法对人类mtDNAHVⅠ区SNPs位点nt16... 用PCR扩增出人类mtDNAHVⅠ区443bp片段作为模板,以nt16093位点特异的引物进行引物延伸反应。产物经纯化后利用MALDI_TOF质谱技术进行检测,从而建立起引物延伸-飞行时间质谱法快速检测SNPs的技术,并用该法对人类mtDNAHVⅠ区SNPs位点nt16093的T C多态性进行频率调查。结果为广州地区汉族人群的mtDNAHVⅠ区多态位点nt16093T型的频率为89 6%,C型的频率为10 4%。并且发现3例异质性。 展开更多
关键词 飞行时间质谱 引物延伸 snps 异质性 线粒体DNA 广州地区 汉族人群
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优质鸡MEF2A基因的SNPs检测及其与屠体性状的相关研究 被引量:12
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作者 周艳 刘益平 +2 位作者 蒋小松 杜华锐 朱庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1164-1170,共7页
为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测。结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1... 为了解优质鸡MEF2A基因SNPs与屠体性状的相关性,以240只大恒优质肉鸡为材料,应用12对引物,采用PCR-SSCP技术对肌细胞特异性增强子因子2A(MEF2A)基因进行多态性检测。结果在该研究群体中检测到MEF2A基因的3个SNPs位点46 023 nt(C→T,SNP1)、72 626 nt(G→A,SNP2)和89 232 nt(G→T,SNP3)。关联分析结果表明,MEF2A基因3个SNPs位点及其双倍型对部分屠体性状有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)影响。最小二乘分析结果表明,SNP1中,基因型A2A2个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腹脂质量最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于A1A1个体;SNP2中,基因型B1B1个体的活体质量、屠体质量、胸肌质量、腿肌质量和腹脂质量的最小二乘均值显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)大于B2B2个体;SNP3中的基因型C1C1个体的半净膛率显著高于基因型C2C2个体(P<0.05)。双倍型H1H2组合的活体质量、屠体质量、胸肌质量和腿肌质量的最小二乘均值均高于其他双倍型组合。H5H5双倍型的活体质量、屠体质量和胸肌质量的最小二乘均值均为最低。初步推断MEF2A基因可以作为影响鸡屠体性状的分子标记。 展开更多
关键词 MEF2A基因 snps 单倍型 屠宰性状
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大口黑鲈转录组SNPs筛选及其与生长的关联分析 被引量:18
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作者 全迎春 马冬梅 +3 位作者 白俊杰 刘浩 李胜杰 刘海涌 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1128-1134,共7页
为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq(RNA sequencing)技术挖掘SNPs(Single nucleotide polymorphisms)标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录... 为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq(RNA sequencing)技术挖掘SNPs(Single nucleotide polymorphisms)标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录组进行测序共获得174 M数据,8681个SNPs位点。挑选其中具有表达差异的50个SNPs位点进行SNa Pshot分型,结果39个分型成功,其中有4个为假阳性,通过转录组技术开发出SNPs标记35个,成功率为70.0%。为进一步检验这些标记是否可用于评估驯食饲料的大口黑鲈选育研究,研究以327尾摄食人工配合饲料的大口黑鲈为试验材料,SPSS软件进行一般线性模型分析SNPs的不同基因型与生长性状的相关性,结果显示有2个SNPs位点与体质量、全长和体高等生长性状存在显著相关性(P<0.05),可作为候选标记用于大口黑鲈的分子辅助育种。由于转录组数据直接反应基因的表达情况,从中挖掘与性状相关的优势基因型与分子标记的成功率高,效果较好。同时也为解决大口黑鲈选育研究中标记缺乏提供了有效途径,为选育提供遗传依据、加速育种进程。 展开更多
关键词 转录组测序(RNA-Seq) 大口黑鲈 单核苷酸多态(snps) 生长性状
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中国西门塔尔牛CAPN1基因SNPs及其与经济性状关联分析 被引量:12
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作者 田璐 岳文斌 +4 位作者 李姣 袁峥嵘 高雪 李俊雅 许尚忠 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期785-789,共5页
本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,CAPN1 316SNP位点与... 本研究旨在分析CAPN1基因部分SNPs与中国西门塔尔牛经济性状的关联性。试验选取同龄、同场的135头中国西门塔尔牛为材料,利用PCR-RFLP方法检测CAPN1 316和CAPN1 4751 2个SNPs位点的多态性,并进行方差分析。结果发现,CAPN1 316SNP位点与大理石花纹显著相关(P<0.05),杂合子AB基因型个体的大理石纹评分显著高于AA和BB基因型个体(P<0.05);CAPN1 4751位点与大理石花纹和剪切力显著相关(P<0.05),大理石花纹性状中杂合子AB基因型个体评分显著高于AA基因型个体,剪切力性状中BB基因型个体显著高于AA基因型个体。结果表明,CAPN1 316和CAPN1 4751位点适合用于中国西门塔尔牛眼肌、肌肉大理石花纹的分子标记选择。 展开更多
关键词 中国西门塔尔牛 CAPN1基因 snps 经济性状 关联分析
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建鲤IGF-Ⅰa基因的SNPs位点筛选及其与增重的相关性分析 被引量:9
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作者 李红霞 刘楠楠 +4 位作者 浦天宁 魏可鹏 俞菊华 李建林 唐永凯 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期7-13,共7页
机体生长主要受到促生长激素释放激素—生长激素—胰岛素样生长因子(GHRH-GH-IGFs)生长轴调控,类胰岛素生长因子IGF-Ⅰ是生长激素(GH)发挥生物学功能的重要传导因子。实验特异性扩增了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)IGF-Ⅰa基因的5个... 机体生长主要受到促生长激素释放激素—生长激素—胰岛素样生长因子(GHRH-GH-IGFs)生长轴调控,类胰岛素生长因子IGF-Ⅰ是生长激素(GH)发挥生物学功能的重要传导因子。实验特异性扩增了建鲤(Cyprinus carpio var.jian)IGF-Ⅰa基因的5个外显子和3个内含子(内含子1、内含子3和内含子4)。通过比对10尾建鲤的序列,共找到SNPs位点8个。使用PCR-RFLP方法检测了5个家系共372尾建鲤的内含子1_C175G,12个家系共987尾的内含子1_A993G和内含子4_A511C 3个位点。内含子1_C175G雌雄个体均以GG型频率为最高,分别是0.44和0.43;此位点在幼鱼和成鱼时期与雌、雄建鲤增重均无相关性;内含子1_A993G雌雄个体均以AG型频率最高,分别是0.76和0.72;此位点在成鱼阶段与雄性建鲤增重呈显著相关(P<0.05);内含子4_A511C在雌雄个体中均以CC型频率最高,分别是0.48和0.47;其在幼鱼和成鱼阶段均与增重存在极显著的相关性(P<0.01)。本次试验表明在建鲤体内,IGF-I基因在不同生长阶段的表达量不同,且处于同一生长阶段的雌雄个体间的表达也存在差异。内含子1_A993G、内含子4_A511C均与建鲤增重存在相关性,可以考虑作为建鲤分子育种的相关依据。研究亮点:胰岛素样生长因子是一类与生长密切相关的促生长因子。近年来,在鸡、羊、牛等畜禽类动物生长相关分子标记筛选方面已有较多研究并取得一些阳性结果。IGFs多态性及经济性状相关性在鱼类方面报道不多,在鲤方面还没有开展,本文首次自建鲤基因组DNA中分离了IGF-Ⅰa基因,查找了潜在的SNPs位点,并使用可靠的PCR-RFLP方法检测了群体基因型分布,通过与增重的相关分析,筛选到了两个与增重显著相关的SNP位点,为建鲤的分子育种奠定了基础。 展开更多
关键词 建鲤 IGF-Ⅰa snps 增重 相关性
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Myf5基因8个SNPs位点与京海黄鸡生长和繁殖性状的关联分析 被引量:10
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作者 唐莹 王金玉 +5 位作者 张跟喜 樊庆灿 陈学森 张涛 魏岳 施会强 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期863-870,共8页
旨在探讨Myf5基因与鸡生长繁殖性状的关联性。本研究采用PCR-SSCP方法,检测Myf5基因在京海黄鸡群体中的多态性,并对这些多态位点进行单倍型关联分析。结果表明:在Myf5基因外显子处共检测到8个SNPs位点。在379只京海黄鸡的群体中形成了9... 旨在探讨Myf5基因与鸡生长繁殖性状的关联性。本研究采用PCR-SSCP方法,检测Myf5基因在京海黄鸡群体中的多态性,并对这些多态位点进行单倍型关联分析。结果表明:在Myf5基因外显子处共检测到8个SNPs位点。在379只京海黄鸡的群体中形成了9种单倍型。最小二乘分析结果显示,在生长性状方面,单倍型组合H1H5对8和12周龄体重影响显著(P<0.05),单倍型组合H2H6则对12和14周龄体重影响显著(P<0.05);在繁殖性状方面,单倍型组合H1H5在开产体重上为优势单倍型组合,显著高于单倍型组合H1H4和H2H4(P<0.05),极显著高于单倍型组合H1H3(P<0.01)。就300d蛋重均值来说,单倍型组合H1H3为劣势单倍型组合;对300d的产蛋数数据分析显示,单倍型组合H1H3的300d产蛋数极显著高于H1H4(P<0.01)。因此,京海黄鸡Myf5基因外显子的多态性对其生长和繁殖性状都有一定影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供了参考资料。 展开更多
关键词 京海黄鸡 Myf5基因 生长和繁殖性状 snps 单倍型
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利用DNA池和测序技术快速筛查SNPs及估算基因频率 被引量:32
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作者 崔建勋 杜红丽 张细权 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第4期372-377,共6页
选取产蛋性能具有明显差异的 4个鸡品种(莱航鸡、阳山鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡 )构建品种DNA池,采用测序的方法研究鸡催乳素基因 5′侧翼调控区远端序列 (1 028bp)的多态性,快速筛查到 8个可能与产蛋性能相关的SNPs(C 2402T、T 21... 选取产蛋性能具有明显差异的 4个鸡品种(莱航鸡、阳山鸡、丝羽乌骨鸡和隐性白洛克鸡 )构建品种DNA池,采用测序的方法研究鸡催乳素基因 5′侧翼调控区远端序列 (1 028bp)的多态性,快速筛查到 8个可能与产蛋性能相关的SNPs(C 2402T、T 2192C、C 2161G、C 2134G、C 2062G、G 2040A、A 1944G和C 1884A)。进一步利用测序图中SNP等位基因峰高的比值估算各鸡品种等位基因的频率,其中C 2402T、C 2161G、C 1884A和C 2062G、G 2040A位点等位基因频率的估算结果分别被PCR RFLP、PCR SSCP所验证,说明测序峰高比值估算等位基因频率的方法具有一定的可行性。 展开更多
关键词 DNA池 测序 单核苷酸多态性(snps) 基因频率
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秦川牛IGF2基因SNPs检测及其与胴体、肉质性状的相关性 被引量:16
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作者 韩瑞华 昝林森 +1 位作者 杨大鹏 郝荣超 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第12期1579-1584,共6页
采用PCR-SSCP方法对186头24月龄秦川牛IGF2基因进行了SNPs多态性检测,并将其与部分胴体和肉质性状进行关联分析。在IGF2基因120碱基处发现C→T突变,在279碱基处发现A→G突变。方差分析结果表明:BB、DD两个位点与胴体性状中与宰前活重、... 采用PCR-SSCP方法对186头24月龄秦川牛IGF2基因进行了SNPs多态性检测,并将其与部分胴体和肉质性状进行关联分析。在IGF2基因120碱基处发现C→T突变,在279碱基处发现A→G突变。方差分析结果表明:BB、DD两个位点与胴体性状中与宰前活重、胴体重、胴体长、胴体胸深、眼肌面积显著相关(P<0.05),其中背部皮下脂肪厚达到差异极显著(P<0.01);与肉质性状大理石花纹、嫩度、pH24(牛肉排酸24h后的酸度值)显著相关(P<0.05)。但是在胴体深、系水力指标中差异不显著(P>0.05)。A、D等位基因是群体中的优势等位基因,AA、DD基因型是优势基因型,而含有B、D等位基因的个体的胴体和肉质性状优于其他个体。 展开更多
关键词 IGF2基因 秦川牛 PCR—SSCP snps
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秦川牛脂联素基因SNPs检测及其与胴体、肉质性状的相关性 被引量:17
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作者 杨彦杰 昝林森 王洪宝 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1006-1012,共7页
利用PCR-SSCP结合测序技术对405头24月龄秦川牛脂联素基因SNPs位点进行检测,运用SPSS统计程序中的GLM模型将检测到的SNPs位点与部分胴体及肉质性状的相关性进行了分析。结果检测到AA、AB、BB、CC、CD5种基因型,其中AB、BB型个体在脂联... 利用PCR-SSCP结合测序技术对405头24月龄秦川牛脂联素基因SNPs位点进行检测,运用SPSS统计程序中的GLM模型将检测到的SNPs位点与部分胴体及肉质性状的相关性进行了分析。结果检测到AA、AB、BB、CC、CD5种基因型,其中AB、BB型个体在脂联素基因第2外显子64bp处发现G→C突变,CD型个体第3外显子50bp处发现C→T的突变,G→C导致谷氨酸(GGA)转化为谷氨酰胺(GCA),C→T导致丝氨酸(TCA)转化为亮氨酸(TTA)。方差分析结果表明:AA型个体的宰前活重、胴体重、眼肌面积显著高于BB型(P<0.05),而在胴体腿臀围方面,AA型个体极显著高于AB型、BB型个体(P<0.01)。CD型个体的宰前活重、胴体腿臀围、皮下脂肪厚、背膘厚、嫩度都显著优于CC型个体(P<0.05)。脂联素基因该位点可能是影响秦川牛胴体及肉质性状的主效QTL或与之紧密连锁,可作为秦川牛高档牛肉生产的候选分子标记。 展开更多
关键词 脂联素基因 snps 胴体性状 肉质性状 秦川牛
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大口黑鲈POU1F1启动子区域SNPs对生长的影响 被引量:11
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作者 杜芳芳 白俊杰 +2 位作者 李胜杰 李小慧 樊佳佳 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期793-800,共8页
采用基因组步移技术克隆了大口黑鲈垂体特异性转录因子POU1F1启动子序列,该序列全长1 629 bp,预测存在4个八聚体转录因子1(Oct-1)结合位点和TATA框等基本转录元件,1个Homeobox转录因子结合位点和2个cAMP反应元件结合蛋白(CREB)结合位点... 采用基因组步移技术克隆了大口黑鲈垂体特异性转录因子POU1F1启动子序列,该序列全长1 629 bp,预测存在4个八聚体转录因子1(Oct-1)结合位点和TATA框等基本转录元件,1个Homeobox转录因子结合位点和2个cAMP反应元件结合蛋白(CREB)结合位点。采用直接测序法研究发现,大口黑鲈POU1F1启动子序列的-18和-183两个位点存在SNPs,该两个突变位点只检测到A、B两种单倍型。对养殖群体进行不同单倍型的基因频率和生长关联分析,结果表明,单倍型A的等位基因频率为0.246,单倍型B的等位基因频率为0.754;群体关联分析表明,基因型为AA型和AB型的个体在体质量、体长、全长、体高和体宽等方面明显高于BB型个体,但基因型为AB型和AA型的个体之间在体质量方面没有明显差异。该研究结果为下一步进行分子标记辅助选择提供了基础。 展开更多
关键词 大口黑鲈 垂体特异性转录因子 单核苷酸多态性(snps) 关联分析
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