基于MOSASAUR程序的快堆少群截面计算方法

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作者 赵晨 王连杰 +2 位作者 娄磊 张斌 张龙龙 《原子能科学技术》 北大核心 2025年第S2期292-302,共11页

为进一步提高快堆堆芯物理设计计算能力,提高传统快堆少群截面计算方法的适用性,基于快堆堆芯物理计算程序MOSASAUR,开展了少群截面计算方法研究。在原有零维模型、一维模型的基础上,开展了基于子群及特征线方法的二维计算方法研究,制... 为进一步提高快堆堆芯物理设计计算能力,提高传统快堆少群截面计算方法的适用性,基于快堆堆芯物理计算程序MOSASAUR,开展了少群截面计算方法研究。在原有零维模型、一维模型的基础上,开展了基于子群及特征线方法的二维计算方法研究,制作了适用于子群方法的多群数据库,建立了组件精确几何建模能力,采用子群方法进行共振自屏处理,采用基于GPU加速的特征线方法进行输运计算。分别在组件及堆芯两个维度进行验证确认:组件采用3种典型燃料组件和两种复杂燃料组件进行不同少群计算方法的对比验证;堆芯采用MET-1000和MOX-1000基准题进行验证。数值结果显示,采用新研发的二维少群截面计算方法具有良好的计算精度,特别是对于结构复杂的组件问题,具有明显的计算精度优势。本文方法可为堆芯计算提供更加精确的少群计算参数,从而提高快堆堆芯物理设计计算精度。 展开更多

关键词 快堆 少群截面 子群方法 特征线方法 MOSAsaur程序

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桂花OfSAUR21基因的克隆及功能验证

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作者 郭罕年 熊欣 +2 位作者 胡飞杨 邹晶晶 蔡璇 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第5期1059-1067,共9页

【目的】桂花Osmanthus fragrans花期短、花瓣易衰老褐化,制约了桂花经济价值的开发利用。探究桂花Of SAUR21基因对衰老的调控功能,可为桂花花瓣衰老调控的分子机制研究提供理论依据。【方法】以桂花‘柳叶金桂’O. fragrans‘Liuye Jin... 【目的】桂花Osmanthus fragrans花期短、花瓣易衰老褐化,制约了桂花经济价值的开发利用。探究桂花Of SAUR21基因对衰老的调控功能,可为桂花花瓣衰老调控的分子机制研究提供理论依据。【方法】以桂花‘柳叶金桂’O. fragrans‘Liuye Jingui’为材料进行OfSAUR21基因的克隆,利用生物信息学分析OfSAUR21蛋白的理化性质和系统进化关系,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析OfSAUR21基因在不同花期的表达模式,并通过瞬时转化桂花花瓣进行基因功能的鉴定。【结果】克隆得到1个长度为294 bp的OfSAUR21基因cDNA序列,可编码产生97个氨基酸,无信号肽与跨膜结构域,亚细胞定位预测在叶绿体,含有Auxin_inducible superfamily保守结构域。同源性比对及进化树分析发现:OfSAUR21基因与野生油橄榄Olea europaea var. sylvestris亲缘关系最近。RT-qPCR分析显示:Of SAUR21基因在花瓣衰老期表达最高。经RT-qPCR与乙烯分析发现:将OfSAUR21基因通过瞬时转化侵染到桂花花瓣中,花瓣的褐化率提高,乙烯的释放量增加。【结论】OfSAUR21基因包含完整的Auxin_inducible superfamily保守结构域,是生长素早期响应基因家族成员,在盛花末期表达量最高,对促进乙烯生成及调控桂花衰老具有正调节功能。 展开更多

关键词 桂花 saur基因 乙烯 基因克隆 功能验证

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马尾松SAUR基因生物信息学分析及其响应侧枝发育的表达

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作者 姚筱敏 胡颖 +1 位作者 陈虎 杨章旗 《广西林业科学》 2025年第1期1-12,共12页

为给马尾松(Pinus massoniana)SAUR(Small Auxin-up RNA)基因功能解析提供参考,分析其基本特征及其在马尾松侧枝发育中的作用,基于课题组前期获得的马尾松转录组数据,对马尾松中的SAUR基因进行筛选,从系统发育及蛋白理化性质、功能结构... 为给马尾松(Pinus massoniana)SAUR(Small Auxin-up RNA)基因功能解析提供参考,分析其基本特征及其在马尾松侧枝发育中的作用,基于课题组前期获得的马尾松转录组数据,对马尾松中的SAUR基因进行筛选,从系统发育及蛋白理化性质、功能结构、保守基序和保守结构域等方面对PmSAUR基因进行生物信息学分析,并采用qRT-PCR对PmSAUR基因响应GR24、6-BA、TIS-108和去顶梢处理的表达模式进行分析。结果表明,从马尾松转录组数据中共鉴定出32个SAUR基因,为PmSAUR1~PmSAUR32;PmSAUR蛋白编码113~234个氨基酸,蛋白分子量为12850.98~26563.57 Da,蛋白脂溶性系数为70.92~116.82,87.50%的PmSAUR蛋白理论等电点为偏碱性,87.50%的PmSAUR蛋白为不稳定蛋白,所有PmSAUR蛋白均为亲水蛋白。PmSAUR蛋白均存在α螺旋、延伸链、β转角和无规则卷曲,以α螺旋和无规则卷曲为主;PmSAUR蛋白亚细胞定位较分散,主要分布在叶绿体、线粒体、细胞质和细胞核上。Motif1(RFVIPTSYLNHPLFRALLEKA)高度保守,可作为鉴定PmSAUR基因的重要依据。PmSAUR7、PmSAUR11、PmSAUR21和PmSAUR32基因在6-BA处理第7天时均具有组织表达特异性,在针叶中均为高表达,在嫩茎中均为低表达;通过对4个PmSAUR基因的表达模式进行分析,推测PmSAUR7基因可能是影响马尾松侧枝发育的关键基因。 展开更多

关键词 saur基因 生物信息学 侧枝发育 表达模式 马尾松

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热形态建成中HY5抑制SAUR1/2/3/4的转录

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作者 冯雨 刘周莉 王昕 《广西植物》 北大核心 2025年第8期1496-1507,共12页

SAUR(SMALL AUXIN UP RNA)基因家族是促进下胚轴伸长的重要下游基因,然而在高温诱导的下胚轴伸长中SAURs受调控的分子机制尚有很多不明之处。热形态建成被定义为高等植物在最适温度和逆境高温之间的温和高温范围内发生的一系列形态变化... SAUR(SMALL AUXIN UP RNA)基因家族是促进下胚轴伸长的重要下游基因,然而在高温诱导的下胚轴伸长中SAURs受调控的分子机制尚有很多不明之处。热形态建成被定义为高等植物在最适温度和逆境高温之间的温和高温范围内发生的一系列形态变化。其中,高温诱导的下胚轴伸长是研究最为透彻的一个。该研究以拟南芥Col野生型、hy5突变体、35 S::HY5-HA/Col过表达植物和烟草为材料,采用抑制剂NPA处理实验、定量RT-PCR、染色质免疫共沉淀和双荧光素酶报告基因检测方法探索了高温调控SAUR1/2/3/4的分子机制。结果表明:(1)热形态建成信号转导通路中生长素处于HY5(ELONGATED HYPOCOTYL 5)的下游。(2)在20℃和29℃中,HY5抑制了SAUR1/2/3/4的转录。(3)在常温和高温中,HY5与SAUR1/2/3/4的启动子区染色质含有E-box的部分结合且这些结合被高温所抑制。(4)HY5对SAUR1/2/3/4的调控依然需要生长素的参与。综上认为,高温通过影响HY5与SAUR1/2/3/4启动子染色质的结合强度来调控这4个基因的转录,并且此调控过程需要生长素。该研究结果为高温调控下胚轴伸长下游基因的分子机制提供了新的见解。 展开更多

关键词 热形态建成 高温诱导的下胚轴伸长 HY5 saurs 转录调控

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牡丹PoSAUR基因家族生物信息学分析

5

作者 黎可欣 李一帆 徐莉 《农业与技术》 2025年第23期114-121,共8页

为系统揭示牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.)SAUR基因家族的分布特征及其潜在功能,本研究对牡丹SAUR基因家族进行了全基因组鉴定和系统分析。共鉴定到86个PoSAUR基因成员,根据拟南芥及水稻进化树的分支,将其划分为3个亚族(GroupⅠ~Grou... 为系统揭示牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.)SAUR基因家族的分布特征及其潜在功能,本研究对牡丹SAUR基因家族进行了全基因组鉴定和系统分析。共鉴定到86个PoSAUR基因成员,根据拟南芥及水稻进化树的分支,将其划分为3个亚族(GroupⅠ~GroupⅢ)。理化性质分析表明,PoSAUR蛋白普遍具有亲水性和不稳定性,主要定位于叶绿体和线粒体中。基因结构与保守基序分析揭示了PoSAUR蛋白均含有Auxin_inducible保守结构域,但不同亚族间基序组成存在差异。染色体定位显示,PoSAUR基因分布于5条染色体上,共线性分析表明该家族主要受纯化选择压力影响,基因重复事件有限。启动子顺式作用元件分析表明,PoSAUR基因广泛富集光响应、激素应答及非生物胁迫相关元件,提示其在生长素信号转导及环境适应过程中具有重要作用。本研究为阐明牡丹生长素响应基因的进化特征与功能分化提供了理论依据,也为牡丹离体再生及分子育种研究奠定了基础。 展开更多

关键词 牡丹 saur 基因家族 生物信息学

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葡萄SAUR基因家族鉴定与生物信息学分析 被引量：13

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作者 李傲 崔梦杰 +3 位作者 陈珂 许瀛之 贾海峰 房经贵 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期326-337,共12页

为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡萄全... 为了研究葡萄早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄64个SAUR家族成员,并对SAUR家族成员的基因结构、氨基酸特性、染色体定位、基因进化、基因功能以及组织表达进行分析。结果表明,葡萄全基因组上64个SAUR家族成员在19条染色体中的8条染色体上呈现簇状分布,主要分布在3、4号染色体上,其中3号染色体上数量最多为37个;葡萄SAUR家族基因长度较短,有59个基因是无内含子基因;蛋白理化特征分析显示,多数SAUR蛋白呈碱性,结构稳定性较差,蛋白脂溶指数高,呈亲水性;基因功能预测结果表明,葡萄SAUR基因主要担当生长因子、结构蛋白、转录、转录调控以及响应胁迫应答和免疫应答6种功能,其中更多参与生长调节功能;根据系统进化分析将其分为10个分支,另外不同组织表达谱的分析结果表明SAUR基因家族成员具有不同的组织表达模式,对于非生物胁迫具有一定的调节作用。这些信息为葡萄SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础。 展开更多

关键词 葡萄 saur基因家族 系统进化 功能预测 基因表达 定量PCR

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油棕SAUR基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析 被引量：7

7

作者 周丽霞 杨蒙迪 +1 位作者 曹红星 杨耀东 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1011-1020,共10页

【目的】挖掘并鉴定油棕生长素上调小RNA(SAUR)基因家族成员,并对其进行生物信息学分析,为油棕生长素信号转导机制的研究提供参考。【方法】根据拟南芥SAUR基因序列,在油棕全基因组数据库中同源序列搜索,并利用CDD和Pfam数据库进行SAUR... 【目的】挖掘并鉴定油棕生长素上调小RNA(SAUR)基因家族成员,并对其进行生物信息学分析,为油棕生长素信号转导机制的研究提供参考。【方法】根据拟南芥SAUR基因序列,在油棕全基因组数据库中同源序列搜索,并利用CDD和Pfam数据库进行SAUR蛋白结构域分析,剔除无保守结构域的序列,最后利用生物信息学软件对油棕SAUR基因家族成员进行可视化分析。【结果】从油棕全基因组中共鉴定出40个SAUR基因家族成员(EgSAUR1~EgSAUR40),有31个基因在油棕14条染色体上呈不均匀分布,其中4号染色体上分布的基因最多为7个;除EgSAUR14和EgSAUR24基因含有2个外显子外,其余38个基因均仅含1个外显子,无内含子。40个EgSAURs蛋白亚细胞定位于细胞核,其二级结构均由α-螺旋、β-转角、无规卷曲和延伸链组成,以无规卷曲和α-螺旋所占比例较高,其中有11个EgSAURs蛋白呈酸性,29个EgSAURs蛋白呈碱性。40个油棕SAUR蛋白被划分为四大类,其中第Ⅰ(除EgSAUR27蛋白外)、Ⅱ(除EgSAUR3和EgSAUR22外)、Ⅲ、Ⅳ类蛋白均有Auxin_inducible保守结构域。40个EgSAURs蛋白共含10种保守基序(Motif),其中Motif 2存在于所有基因成员中。在花中特异表达的EgSAURs基因(EgSAUR4、EgSAUR9、EgSAUR10、EgSAUR24、EgSAUR29、EgSAUR30、EgSAUR32和EgSAUR33)数量最多,其次为根、茎和叶,在中果皮中特异表达的基因数最少。【结论】基因重复和组织表达特异性是油棕SAUR家族基因的两大特点,推测该家族基因对油棕花的生长发育及授粉受精过程发挥调控作用。 展开更多

关键词 油棕 saur 全基因组 生长素 生物信息分析 鉴定

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白菜SAUR基因家族的生物信息学分析 被引量：7

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作者 赵敬会 王瑞雪 +2 位作者 李荣冲 梁晶龙 张涛 《中国农学通报》 CSCD 2012年第22期130-137,共8页

旨在为今后开展白菜SAUR基因家族的功能奠定基础。本研究利用生物信息学的方法对白菜生长素早期应答基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族的保守基序、氨基酸等电点、分子进化以及表达模式等基本性质进行了分析。结果表明,白菜143个SAUR蛋... 旨在为今后开展白菜SAUR基因家族的功能奠定基础。本研究利用生物信息学的方法对白菜生长素早期应答基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族的保守基序、氨基酸等电点、分子进化以及表达模式等基本性质进行了分析。结果表明,白菜143个SAUR蛋白质中,有111个蛋白质偏碱性,31个偏酸性,有1个呈中性;从对该基因家族构建的进化树中可以看出它分化出2个大的亚家族,其中一个亚家族还处在不断分化中;此外,找到61个SAUR基因的EST表达证据,且基因表达部位比较丰富。通过研究分析表明本研究可以得出结论基因重复是白菜SAUR基因家族的一大特点,143个基因中含有51个同源对。 展开更多

关键词 白菜 生长素 saur 基因重复

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黄瓜SAUR基因家族的鉴定与表达分析 被引量：19

9

作者 王红飞 尚庆茂 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1093-1111,共19页

SAUR(Small auxin-up RNA)是生长素早期响应基因。基于黄瓜(Cucumis sativus L.)基因组数据,对CsaSAUR进行鉴定以及染色体定位、基因结构、启动子顺式作用元件分析,并通过qRT-PCR技术检测基因组织表达模式和对弱光、高温及高水势的响应... SAUR(Small auxin-up RNA)是生长素早期响应基因。基于黄瓜(Cucumis sativus L.)基因组数据,对CsaSAUR进行鉴定以及染色体定位、基因结构、启动子顺式作用元件分析,并通过qRT-PCR技术检测基因组织表达模式和对弱光、高温及高水势的响应。结果表明,在黄瓜基因组中共鉴定到73个SAUR,这些基因非随机地分布在7条染色体上,60%成簇分布;系统进化分析显示,CsaSAURs可分为8个进化群,各群基因数量不等;进一步分析家族成员的启动子序列,鉴定到IAA、ABA、GA、JA、SA及干旱、低温和机械损伤等信号响应的顺式作用元件;该家族成员具有不同的表达模式,弱光、高温和高水势可激活或抑制部分家族成员的表达,在下胚轴特异表达的18个Csa SAUR基因中,仅CsaSAUR15同时受弱光、高温、高水势3种信号诱导,表达上调。 展开更多

关键词 黄瓜 saur 基因表达 进化分析

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植物生长素响应基因SAUR的研究进展 被引量：21

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作者 朱宇斌 孔莹莹 王君晖 《生命科学》 CSCD 2014年第4期407-413,共7页

植物激素生长素在植物生长和发育过程中起重要的调节作用,它能够诱导一系列生长素早期响应基因的表达,包括Aux/IAA、GH3和SAUR。对拟南芥、水稻、高粱和茄科进行生物信息学分析后显示:大部分SAURs基因没有内含子,并且成簇坐落在染色体上... 植物激素生长素在植物生长和发育过程中起重要的调节作用,它能够诱导一系列生长素早期响应基因的表达,包括Aux/IAA、GH3和SAUR。对拟南芥、水稻、高粱和茄科进行生物信息学分析后显示:大部分SAURs基因没有内含子,并且成簇坐落在染色体上;它们有特定的保守区,包含生长素响应元件AuxREs和促使mRNA降解的下游元件DST等。近年来,许多研究人员通过对SAUR蛋白功能的研究,发现它们主要参与调节生长素的合成和运输,从而影响细胞的膨大,但相关的机制并不明确,有待进一步的研究。从生物信息学和功能两方面综述了植物SAUR基因家族的研究进展,并对未来的研究方向做了展望。 展开更多

关键词 生长素 saur 生物信息 基因表达 细胞膨大

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柑橘属SAUR基因家族的全基因组鉴定及表达分析 被引量：16

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作者 王福生 余洪 +4 位作者 胡洲 管德龙 张盼 朱世平 赵晓春 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期23-40,共18页

分析SAUR(Small auxin up-regulated RNA)基因家族在不同柑橘基因组中的数量、连锁群分布、基因结构、系统进化、基因表达模式等,从香橼、柚、莽山野橘和克里曼丁橘等基因组中分别鉴定到69、62、58和70个SAUR基因。SAUR在基因组上分布不... 分析SAUR(Small auxin up-regulated RNA)基因家族在不同柑橘基因组中的数量、连锁群分布、基因结构、系统进化、基因表达模式等,从香橼、柚、莽山野橘和克里曼丁橘等基因组中分别鉴定到69、62、58和70个SAUR基因。SAUR在基因组上分布不均,呈现明显的串联重复现象,基因家族成员的差异可能是由于串联重复和染色体大片段复制引起。大多数柑橘SAUR基因不含内含子,含有SAUR特有的4个保守motif。系统进化树分析显示,来源于拟南芥、水稻、番茄、马铃薯和柑橘的629个SAUR基因分为9组,每一组都含有5个物种的家族成员,并且同一个物种的SAUR基因具有较近的遗传距离。顺式元件分析表明,CclSAUR基因家族成员的上游序列含有光响应、转录因子结合、激素响应、伤害响应、低温响应、玉米素代谢和类黄酮生物合成相关的元件。q RT-PCR分析结果显示,大多数CclSAUR都能响应外源IAA和低温处理。 展开更多

关键词 柑橘属 saur基因家族 基因表达 全基因组鉴定

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桃SAUR家族基因分析及PpSAUR5功能鉴定 被引量：10

12

作者 翟含含 翟宇杰 +4 位作者 田义 张叶 杨丽 温陟良 陈海江 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期1-14,共14页

为了探究SAUR(Small Auxin-Up RNA)基因家族成员在桃树(Prunus persica)生长发育中的作用,利用生物信息学方法对桃SAUR家族成员(PpSAUR)进行鉴定,对其染色体定位、基因结构、保守元件、进化关系及基因表达等进行分析,并对PpSAUR5功能进... 为了探究SAUR(Small Auxin-Up RNA)基因家族成员在桃树(Prunus persica)生长发育中的作用,利用生物信息学方法对桃SAUR家族成员(PpSAUR)进行鉴定,对其染色体定位、基因结构、保守元件、进化关系及基因表达等进行分析,并对PpSAUR5功能进行初步鉴定。结果表明:桃中共有80个SAUR成员,分为12个亚组,不均匀分布在8条染色体上;基因结构显示75个PpSAUR只有1个外显子,余下5个有2~3个外显子;通过分析不同树势(强、中、弱)桃品种的转录组获得18个与树体长势呈正或负相关的SAUR基因,这些基因对外源植物生长调节物质处理响应不同。PpSAUR5对生长素与赤霉素均有响应,功能验证显示PpSAUR5转基因拟南芥幼苗叶柄、下胚轴及根较野生型长,且对NAA与2,4-D处理敏感性降低。研究结果表明PpSAUR5能够促进器官伸长。 展开更多

关键词 桃 saur基因家族 鉴定 基因表达

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紫花苜蓿SAUR基因家族的鉴定及其在非生物胁迫中的表达模式研究 被引量：5

13

作者 刘昊 李显炀 +6 位作者 何飞 王雪 李明娜 龙瑞才 康俊梅 杨青川 陈林 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期135-153,共19页

SAUR(small auxin-up RNA)是植物早期响应生长素的一类基因,参与植物生长发育与非生物胁迫响应等一系列生物过程。在拟南芥、水稻、棉花等物种中已经对SAUR基因家族进行了系统鉴定与分析,但是,在世界上最重要的豆科牧草紫花苜蓿中关于S... SAUR(small auxin-up RNA)是植物早期响应生长素的一类基因,参与植物生长发育与非生物胁迫响应等一系列生物过程。在拟南芥、水稻、棉花等物种中已经对SAUR基因家族进行了系统鉴定与分析,但是,在世界上最重要的豆科牧草紫花苜蓿中关于SAUR基因家族的研究尚未开展。本研究利用生物信息学的方法在紫花苜蓿参考基因组共鉴定到433个MsSAUR成员,并对其基因组位置、基因结构、启动子顺式作用元件以及不同组织中的表达模式进行了分析。同时,利用紫花苜蓿在不同非生物胁迫下的转录组数据,发现有5、11、19以及12个MsSAUR成员分别响应干旱、盐、冷以及碱胁迫,MsSAUR14/94/254可以同时响应干旱和盐胁迫,MsSAUR297可以同时响应干旱、盐以及碱胁迫,MsSAUR306可以同时响应干旱、盐以及冷胁迫。本研究结果可为后期通过基因工程技术创制高产抗逆新种质提供重要的候选基因。 展开更多

关键词 紫花苜蓿 saur基因 全基因组鉴定 非生物胁迫 表达模式

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龙眼体胚发生早期SAUR 63/64基因克隆及表达分析 被引量：5

14

作者 傅卓然 李卓蕴 +3 位作者 陈燕 张舒婷 赖钟雄 林玉玲 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期1991-2002,共12页

SAUR(small auxin up-regulated RNA)是一类生长素早期响应基因,与植物的生长发育密切相关。为揭示SAUR 63和SAUR 64在龙眼体胚发生早期的调控作用,该研究采用TA克隆龙眼SAUR 63和SAUR 64基因,对其进行亚细胞定位、qRT-PCR表达分析和荧... SAUR(small auxin up-regulated RNA)是一类生长素早期响应基因,与植物的生长发育密切相关。为揭示SAUR 63和SAUR 64在龙眼体胚发生早期的调控作用,该研究采用TA克隆龙眼SAUR 63和SAUR 64基因,对其进行亚细胞定位、qRT-PCR表达分析和荧光原位杂交分析验证。结果显示:(1)龙眼SAUR 63和SAUR 64序列长度分别为386 bp和312 bp;系统发育树显示SAUR63、SAUR64与拟南芥亲缘关系较近;亚细胞定位结果显示SAUR63蛋白定位在细胞核与细胞外基质,SAUR64蛋白定位在叶绿体。(2)预测发现SAUR 63和SAUR 64同时作为LTCONS_00038949、LTCONS_00038950及LTCONS_00038952(lnc38949、lnc38950及lnc38952)的靶基因。(3)qRT-PCR检测发现SAUR 63、SAUR 64与3个lncRNAs均在不完全胚性紧实结构阶段高表达;SAUR 63与3个lncRNAs在100和500μmol·L^(-1)赤霉素(GA 3)处理下上调表达,且在500μmol·L^(-1) GA 3时表达量达到峰值;SAUR 63、SAUR 64、lnc38949和lnc38950均在35℃处理下被显著诱导表达,而lnc38950在35℃下受到抑制;此外,SAUR 63、SAUR 64和3个lncRNAs还响应SA、MeJA、盐胁迫和干旱胁迫的调控。(4)荧光原位杂交结果显示,SAUR 63与lnc38949均没有定位在合子胚特定部位,且lnc38949表达量高于SAUR 63。研究表明,SAUR 63、SAUR 64基因可能受到lncRNAs的调控,共同参与龙眼体胚发生早期的调控。 展开更多

关键词 龙眼 saur lncRNA 体胚发生早期 胁迫应答

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玉米SAUR基因家族的鉴定与生物信息学分析 被引量：14

15

作者 郭栋 杜媚 +2 位作者 周宝元 刘颖慧 赵明 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期90-99,共10页

为研究玉米早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究采用全基因组信息鉴定出91个玉米SAUR基因,命名为ZmSAUR。SAUR家族成员基因结构、氨基酸特点、染色体定位及基因进化分析表明,SAUR基因家族在染色体上呈现不均匀分布,... 为研究玉米早期应答生长素基因SAUR(Small auxin-up RNA)家族,本研究采用全基因组信息鉴定出91个玉米SAUR基因,命名为ZmSAUR。SAUR家族成员基因结构、氨基酸特点、染色体定位及基因进化分析表明,SAUR基因家族在染色体上呈现不均匀分布,其中2号染色体上数量最多为22个,基因的扩增模式为分散复制与片段复制。SAUR基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的Rna DNA结构,SAUR蛋白的3D结构含有3个α螺旋和3个β折叠。根据多物种SAUR蛋白进化树分析将其分为9个分支,并分析发现玉米与物种相近的谷子聚在一起。这些信息为玉米SAUR基因家族功能分析奠定了一定的工作基础。 展开更多

关键词 玉米 生长素 saur

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滇水金凤SAUR基因的克隆及表达分析 被引量：5

16

作者 童桢开 李洋 +3 位作者 蔡斌 李新艺 黄美娟 黄海泉 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期21-28,共8页

SAUR(small auxin up RNA)作为植物主要生长素诱导基因之一,其在促进植物细胞分裂和细胞伸长方面发挥重要的调节作用。该研究以滇水金凤(Impatiens uliginosa Franch.)为材料,采用RT-PCR等技术克隆SAUR基因,并进行生物信息学分析及基因... SAUR(small auxin up RNA)作为植物主要生长素诱导基因之一,其在促进植物细胞分裂和细胞伸长方面发挥重要的调节作用。该研究以滇水金凤(Impatiens uliginosa Franch.)为材料,采用RT-PCR等技术克隆SAUR基因,并进行生物信息学分析及基因表达分析。结果表明:(1)成功获得6个SAUR基因,其cDNA序列全长分别为351、534、396、333、309和411 bp,分别编码116、177、131、110、102和136个氨基酸。(2)生物信息学分析显示,除SAUR3为稳定蛋白外,其余5个均为不稳定蛋白;除SAUR5为疏水性蛋白外,其余均为亲水性蛋白;所有蛋白均为非分泌蛋白;6个SAUR基因编码的氨基酸序列与其他植物比对有较高的相似性,并具有一定的种属保守特征;推测SAUR4和SAUR5为旁系同缘,同时SAUR1、SAUR2、SAUR3和SAUR6为直系同缘。(3)RT-PCR分析发现,随着滇水金凤花的开放,6个SAUR基因表达量在花发育不同时期的檐部中均呈先上升后下降的趋势,始花期相对表达量最高,其次是盛花期,花苞期相对表达量均最低;各基因在花距的檐部和距部存在很大差异,其中SAUR3基因在2个部位均有非常高的表达;SAUR4、SAUR5和SAUR6基因在滇水金凤花距的基部和檐部具有相对高的表达,而其余3个SAUR基因在花距的尖部和弯部表达不明显。该研究结果为凤仙花属植物花距的生长发育调控机理、花型改良及新品种培育提供了一定的基础数据和科学依据。 展开更多

关键词 滇水金凤 花距 saur 表达分析

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小麦SAUR基因家族的鉴定及表达分析 被引量：3

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作者 刘昊东 于亚新 +5 位作者 冯岗 徐渴 赵思航 张树华 杨学举 赵勇 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第14期4525-4538,共14页

低钾胁迫是影响小麦生长发育的主要非生物胁迫因素之一。SAUR(Small auxin-up RNA)作为生长素早期响应基因,在生长素信号响应、细胞伸长、根系发育以及抵御逆境胁迫中有着重要作用。本研究基于小麦(Triticum aestivum L.)基因组数据,对T... 低钾胁迫是影响小麦生长发育的主要非生物胁迫因素之一。SAUR(Small auxin-up RNA)作为生长素早期响应基因,在生长素信号响应、细胞伸长、根系发育以及抵御逆境胁迫中有着重要作用。本研究基于小麦(Triticum aestivum L.)基因组数据,对TaSAUR基因家族成员进行了鉴定,并进行了系统发育树构建、染色体定位、基因结构分析、保守结构域分析以及顺式作用元件预测。同时,基于小麦耐低钾品种‘科农9204’和低钾敏感品种‘百农207’在低钾胁迫条件下的转录组测序结果,分析了TaSAUR家族成员响应低钾胁迫的表达模式。结果表明,在小麦中共鉴定到了276个TaSAUR家族成员,其不均匀地分布在21条染色体上。系统发育分析显示,该基因家族可以分为8个亚族。分析该家族启动子序列,鉴定到了MeJA、ABA、SA、IAA、GA及低温、干旱等信号响应的顺式作用元件。低钾胁迫下的转录组分析结果显示,有34个TaSAUR家族成员的表达在转录水平发生了显著变化。其中有6个TaSAUR基因在2个品种中均发生了上调表达‘,科农9204’中上调的倍数更多。本研究的开展为小麦SAUR基因功能解析提供了参考。 展开更多

关键词 小麦 saur基因家族 低钾胁迫 基因表达

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杉木ClSAUR25基因5'侧翼序列的克隆与生物信息学分析 被引量：3

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作者 饶丽莎 李茂 +4 位作者 戴明金 叶义全 曹光球 林思祖 许珊珊 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第4期1107-1112,共6页

SAUR(Small auxin-up RNA)基因作为生长素信号早期响应基因,在调控植物生长发育以及对逆境胁迫的应答中扮演着关键角色。本研究通过染色体步移法从杉木基因组DNA中获得了ClSAUR25基因5'侧翼序列,并对其进行了生物信息学分析。结果表... SAUR(Small auxin-up RNA)基因作为生长素信号早期响应基因,在调控植物生长发育以及对逆境胁迫的应答中扮演着关键角色。本研究通过染色体步移法从杉木基因组DNA中获得了ClSAUR25基因5'侧翼序列,并对其进行了生物信息学分析。结果表明,克隆获得ClSAUR25基因上游5'侧翼序列1471 bp,该序列具有3个核心启动子区和5个CpG岛。同时,该序列除了含有丰富的核心元件CAAT-box和TATA-box外,还含有乙烯和金属响应元件以及多个光响应、分生组织特异性、厌氧应答、胚乳表达等相关的顺式调控元件。本研究结果表明ClSAUR25基因启动子可能属于光诱导型启动子,同时暗示其在杉木应答非生物胁迫和生长发育调控中扮演着重要角色。 展开更多

关键词 杉木 saur 调控序列 顺式作用元件

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甜瓜SAUR基因家族鉴定及生物信息学分析 被引量：4

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作者 焦莉苹 司修洋 +2 位作者 郭子雯 李鹏飞 刘大伟 《中国蔬菜》 北大核心 2023年第5期42-55,共14页

SAUR(smallauxin-upRNA)为早期生长素应答重要基因家族之一。采用生物信息学方法,对甜瓜SAUR家族基因进行系统地鉴定,并对其基因结构、进化关系、基因复制关系、基因组织表达水平等进行分析。结果表明:在甜瓜基因组中共鉴定出66个SAUR基... SAUR(smallauxin-upRNA)为早期生长素应答重要基因家族之一。采用生物信息学方法,对甜瓜SAUR家族基因进行系统地鉴定,并对其基因结构、进化关系、基因复制关系、基因组织表达水平等进行分析。结果表明:在甜瓜基因组中共鉴定出66个SAUR基因,在1号、11号染色体上分布的基因数目较多。通过最大似然法对甜瓜、拟南芥、西瓜、黄瓜SAUR家族基因蛋白氨基酸全长序列构建系统进化树,划分成5个类群,甜瓜与拟南芥的SAUR基因在进化树上更倾向于分布在不同的分支上,而与西瓜、黄瓜的SAUR基因在进化树上更倾向于聚在一起。共鉴定到6个串联重复事件以及11个片段复制基因对;甜瓜SAUR家族基因中有13个基因在6个物种中均可形成基因对。顺式作用元件预测鉴定到8个与非生物和生物胁迫相关的顺式作用元件,10个与植物激素响应相关的顺式作用元件,8个与植物生长发育相关的顺式作用元件。甜瓜SAUR家族基因在不同组织中的表达水平差异较大,在甜瓜不同发育阶段表达亦有所不同。 展开更多

关键词 甜瓜 saur基因家族 系统进化树 基因复制关系 表达模式

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SAUR72在拟南芥叶片衰老调控中的作用机制 被引量：4

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作者 周洁 温泽文 +1 位作者 梅圆圆 王宁宁 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期379-385,共7页

植物激素在叶片衰老过程中起着重要的调控作用。本课题组在前期利用拟南芥cDNA文库筛选叶片衰老负调节因子SSPP互作组分的过程中,发现一个生长素响应基因家族成员SAUR72可能与SSPP发生互作。本文首先利用酵母双杂交技术对SAUR72和SSPP... 植物激素在叶片衰老过程中起着重要的调控作用。本课题组在前期利用拟南芥cDNA文库筛选叶片衰老负调节因子SSPP互作组分的过程中,发现一个生长素响应基因家族成员SAUR72可能与SSPP发生互作。本文首先利用酵母双杂交技术对SAUR72和SSPP之间的蛋白互作进行了验证,并进一步发现SAUR72基因的表达受到衰老诱导和SSPP过表达抑制;过表达SAUR72基因不但造成拟南芥成苗叶片早衰,还能促进幼苗下胚轴和主根伸长、根系等部位pH值下降,暗示着这一生长素响应基因是拟南芥叶片衰老的正调节因子,并可能通过抑制特殊磷酸酶活性、间接促进H^+-ATPase的活性上升而发挥作用。上述研究结果的取得,为明确生长素在叶片衰老调控中的功能奠定了基础。 展开更多

关键词 saur72 生长素 SSPP 叶片衰老 拟南芥

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