背景A群轮状病毒(group A rotavirus,RVA)是导致婴幼儿及幼龄动物发生腹泻的主要人兽共患病病原之一,具有较强的传染性。目的建立一种快速、特异检测猪、牛、羊、人等物种RVA的实时荧光定量RT-PCR检测方法。方法基于GenBank中的猪、牛...背景A群轮状病毒(group A rotavirus,RVA)是导致婴幼儿及幼龄动物发生腹泻的主要人兽共患病病原之一,具有较强的传染性。目的建立一种快速、特异检测猪、牛、羊、人等物种RVA的实时荧光定量RT-PCR检测方法。方法基于GenBank中的猪、牛、羊和人源RVA NSP5基因保守序列,设计1对特异性引物、1条探针,该探针带有TaqMan-MGB发光基团,优化最适退火温度(Tm)、最适引物和探针浓度,建立一种可以检测猪、牛、羊和人等物种RVA的实时荧光定量RT-PCR检测方法。结果建立的RVA荧光定量RT-PCR方法最佳退火温度为51℃;最适引物和探针浓度均为0.4μmol/L;敏感性高,最低检测限可达3.24 copies/μL;特异性强,与猪、牛、羊等常见病原无检测交叉反应;重复性好,其批内和批间试验变异系数分别为0.063%-0.812%和0.612%-1.016%,可以快速、特异检测猪、牛、羊样品和人轮状病毒,有很好的临床适用性。结论本实验建立了一种检测多物种RVA的实时荧光定量RT-PCR方法,为猪、牛、羊和人等多物种的RVA流行病学调查和早期诊断提供了良好的技术支撑。展开更多
本研究以日本黄瓜绿斑驳花叶病毒(kyuri green mottle mosaic virus,KGMMV)为材料,设计1对常规RT-PCR检测引物KGCPN-F/KGCPN-R和1组引物/探针KGM-F/KGM-R/KGM-P,分析测试了2对已发表KGMMV常规RT-PCR检测引物KGCP-F/KGCP-R和KGMP-F/KGMP...本研究以日本黄瓜绿斑驳花叶病毒(kyuri green mottle mosaic virus,KGMMV)为材料,设计1对常规RT-PCR检测引物KGCPN-F/KGCPN-R和1组引物/探针KGM-F/KGM-R/KGM-P,分析测试了2对已发表KGMMV常规RT-PCR检测引物KGCP-F/KGCP-R和KGMP-F/KGMP-R,建立了KGMMV的常规和实时荧光RT-PCR检测方法。结果表明,引物KGCP-F/KGCP-R扩增KGMMV时出现预期大小的条带,扩增黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)时出现非常微弱的条带;引物KGCPN-F/KGCPN-R扩增KGMMV时出现预期大小的条带,扩增小西葫芦绿斑驳花叶病毒(zucchini green mottle mosaic virus,ZGMMV)时出现比预期稍大的条带,通过对PCR产物进行序列测定和分析比对可准确鉴定KGMMV。KGCP-F/KGCP-R和KGCPN-F/KGCPN-R的相对灵敏度分别为10^(-6)和10^(-5)稀释度,适用于KGMMV的常规RT-PCR检测。基于引物探针KGM-F/KGM-R/KGM-P建立的KGMMV实时荧光RT-PCR检测方法能特异性检出KGMMV,相对灵敏度达10^(-7)稀释度,分别比2对常规RT-PCR检测引物高10倍和100倍,适用于瓜类种子中KGMMV的快速检测。展开更多
文摘背景A群轮状病毒(group A rotavirus,RVA)是导致婴幼儿及幼龄动物发生腹泻的主要人兽共患病病原之一,具有较强的传染性。目的建立一种快速、特异检测猪、牛、羊、人等物种RVA的实时荧光定量RT-PCR检测方法。方法基于GenBank中的猪、牛、羊和人源RVA NSP5基因保守序列,设计1对特异性引物、1条探针,该探针带有TaqMan-MGB发光基团,优化最适退火温度(Tm)、最适引物和探针浓度,建立一种可以检测猪、牛、羊和人等物种RVA的实时荧光定量RT-PCR检测方法。结果建立的RVA荧光定量RT-PCR方法最佳退火温度为51℃;最适引物和探针浓度均为0.4μmol/L;敏感性高,最低检测限可达3.24 copies/μL;特异性强,与猪、牛、羊等常见病原无检测交叉反应;重复性好,其批内和批间试验变异系数分别为0.063%-0.812%和0.612%-1.016%,可以快速、特异检测猪、牛、羊样品和人轮状病毒,有很好的临床适用性。结论本实验建立了一种检测多物种RVA的实时荧光定量RT-PCR方法,为猪、牛、羊和人等多物种的RVA流行病学调查和早期诊断提供了良好的技术支撑。
文摘本研究以日本黄瓜绿斑驳花叶病毒(kyuri green mottle mosaic virus,KGMMV)为材料,设计1对常规RT-PCR检测引物KGCPN-F/KGCPN-R和1组引物/探针KGM-F/KGM-R/KGM-P,分析测试了2对已发表KGMMV常规RT-PCR检测引物KGCP-F/KGCP-R和KGMP-F/KGMP-R,建立了KGMMV的常规和实时荧光RT-PCR检测方法。结果表明,引物KGCP-F/KGCP-R扩增KGMMV时出现预期大小的条带,扩增黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)时出现非常微弱的条带;引物KGCPN-F/KGCPN-R扩增KGMMV时出现预期大小的条带,扩增小西葫芦绿斑驳花叶病毒(zucchini green mottle mosaic virus,ZGMMV)时出现比预期稍大的条带,通过对PCR产物进行序列测定和分析比对可准确鉴定KGMMV。KGCP-F/KGCP-R和KGCPN-F/KGCPN-R的相对灵敏度分别为10^(-6)和10^(-5)稀释度,适用于KGMMV的常规RT-PCR检测。基于引物探针KGM-F/KGM-R/KGM-P建立的KGMMV实时荧光RT-PCR检测方法能特异性检出KGMMV,相对灵敏度达10^(-7)稀释度,分别比2对常规RT-PCR检测引物高10倍和100倍,适用于瓜类种子中KGMMV的快速检测。
