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植物差异表达基因克隆技术及研究进展 被引量:5
1
作者 谢伟伟 王凭青 +2 位作者 杨青川 刘博 李志中 《重庆大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第12期96-100,共5页
随着分子生物学技术的深入发展,植物基因组研究已经由以全基因组测序为目标的结构基因组学转向以基因功能鉴定为目标的功能基因组学研究,目前分离并克隆差异表达基因已成为生命科学研究的热点.近些年来,国内外学者发展了多种分析差异表... 随着分子生物学技术的深入发展,植物基因组研究已经由以全基因组测序为目标的结构基因组学转向以基因功能鉴定为目标的功能基因组学研究,目前分离并克隆差异表达基因已成为生命科学研究的热点.近些年来,国内外学者发展了多种分析差异表达基因的技术来研究植物在不同发育阶段、不同生理状态下的基因表达状况,掌握了生命活动过程中的重要信息.文章对建立在RNA水平上克隆植物未知差异表达基因的几种关键技术及其研究进展进行了综述,阐述了各技术的原理、技术路线、优缺点及相应的改进方法,并对它们在植物抗逆研究中的应用现状及前景作了展望. 展开更多
关键词 差异表达 基因克隆 DDRT-PCR SSH rda-pcr RAP-PCR
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筛选差异表达基因方法的新进展 被引量:4
2
作者 周延凯 周建林 聂东宋 《生物技术通讯》 CAS 2004年第6期620-622,共3页
了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段、不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要信息。以差别筛选、削减杂交等基本方法为出发点,研究基因表达差异的方法不断完善,先后出现了DDRT-PCR、RDA、SSH、cDNA微阵列(基... 了解不同细胞或同类细胞在不同发育阶段、不同生理状态下的基因表达状况,可以为研究生命活动过程提供重要信息。以差别筛选、削减杂交等基本方法为出发点,研究基因表达差异的方法不断完善,先后出现了DDRT-PCR、RDA、SSH、cDNA微阵列(基因芯片)、基因表达的系统分析(SAGE)等技术。本文着重对这些方法的优缺点及改进进行论述和评介,并对技术的发展趋势进行了分析。 展开更多
关键词 基因表达 差异表达基因 筛选 新进展 CDNA微阵列 基因芯片 RDA 发育阶段 杂交 DDRT—PCR
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农业废物堆肥化中理化参数对GH6家族基因影响 被引量:2
3
作者 陈耀宁 苟宇 +8 位作者 黎媛萍 伍艳馨 陈艳容 李辉 刘耀 汪元南 张道利 朱福造 曾光明 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第11期4874-4881,共8页
采用PCR-DGGE技术,研究农业废物稻草堆肥化过程中参与纤维素降解的糖苷水解酶GH6家族基因的变化,并使用冗余分析(redundancy analysis,RDA)和蒙特卡罗置换检验(Monte Carlo permutation test)研究了生物信息矩阵与环境因子矩阵间的相关... 采用PCR-DGGE技术,研究农业废物稻草堆肥化过程中参与纤维素降解的糖苷水解酶GH6家族基因的变化,并使用冗余分析(redundancy analysis,RDA)和蒙特卡罗置换检验(Monte Carlo permutation test)研究了生物信息矩阵与环境因子矩阵间的相关性.结果表明,8个理化参数对GH6家族基因变化影响的相对大小为:p H>堆体温度>TN(total nitrogen)>TOM(total organic matters)>C/N(TOC/TN)>含水率>环境温度>WSC(water soluble carbon),8个理化参数共解释了83.1%的GH6家族基因变化,对GH6家族基因变化有重要影响,其中pH(P=0.002)、堆体温度(P=0.004)和TN(P=0.004)是影响GH6家族基因变化的显著因子,三者分别解释了24.92%、15.57%和15.04%的GH6家族基因变化.含GH6家族基因的优势菌种在堆体不同时期有所不同.GH6家族基因的多样性和丰度随堆肥化进程整体呈现出波动趋势.基于冗余分析的t-value分析表明3个显著因子对GH6家族基因的动态变化具有不同的正负相关性. 展开更多
关键词 堆肥化 GH6家族基因 PCR-DGGE 冗余分析 蒙特卡罗置换检验
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农业废物好氧堆肥中氨氧化细菌的群落结构 被引量:17
4
作者 虞泳 曾光明 +5 位作者 陈耀宁 张嘉超 余震 刘智峰 赵明杰 胡春晓 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第10期3067-3072,共6页
应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对农业废物好氧堆肥过程中氨氧化细菌(ammonia-oxidizingbacteria,AOB)种群结构随时间的变化情况进行了研究,结果表明,AOB群落的Shannon-Weaver指数初始值为2.58,堆肥结束时为2.02,... 应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对农业废物好氧堆肥过程中氨氧化细菌(ammonia-oxidizingbacteria,AOB)种群结构随时间的变化情况进行了研究,结果表明,AOB群落的Shannon-Weaver指数初始值为2.58,堆肥结束时为2.02,多样性整体呈下降趋势.通过对部分优势条带进行克隆测序,发现Nitrosospira和Nitrosomonas为堆肥中AOB的优势种属,其中Nitrosomonas存在于整个堆肥过程中,是耐受性较强的种属.使用Canoco 4.5软件对获得的氨氧化细菌种群数据与不同时期堆体温度、pH、含水率、NH 4+-N、NO 3--N等环境因子的相关性进行冗余分析(redundancy analysis,RDA).RDA二维排序图显示堆肥前期样点分布较为集中,后期样点分布较为分散,表明AOB群落结构在堆肥高温期前期(4~9 d)变化较小,而在高温期后期(9~12 d)特别是降温期(12~25 d)演替尤为剧烈.基于手动选择的RDA分析结果表明,堆体温度、NH 4+-N和NO 3--N对AOB群落演替有着显著的影响(P<0.05),且前2个因子达到了极显著水平(P<0.01). 展开更多
关键词 堆肥 氨氧化细菌 16S RDNA PCR-DGGE 冗余分析
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植物基因差异表达的研究方法及进展 被引量:17
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作者 汤华 帅爱华 向福英 《海南大学学报(自然科学版)》 CAS 2006年第3期309-316,共8页
对目前在植物基因差异表达研究领域主要采用的消减杂交,DDRT-PCR,cDNA-RDA,cDNA-AFLP,SSH,基因芯片和SAGE等研究方法的原理、特点、研究进展以及发展趋势进行了综述.这些方法各有特点,可根据研究工作的需要选择合适的研究方法.
关键词 基因差异表达 消减杂交 差异显示PCR cDNA代表性差异分析 CDNA-AFLP 抑制消减杂交 基因芯片 基因表达系列分析
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差异表达基因分离技术的研究进展 被引量:3
6
作者 高雪 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期71-74,共4页
分离并克隆差异表达基因是生命科学的研究热点。近年来,以差示筛选、扣除杂交等基本方法为基础,先后出现了抑制差减杂交,微阵列技术等多种分析差异表达基因的技术,使差异表达基因分离方法不断完善。对这些方法的优缺点、发展趋势及应用... 分离并克隆差异表达基因是生命科学的研究热点。近年来,以差示筛选、扣除杂交等基本方法为基础,先后出现了抑制差减杂交,微阵列技术等多种分析差异表达基因的技术,使差异表达基因分离方法不断完善。对这些方法的优缺点、发展趋势及应用前景进行了简要综述。 展开更多
关键词 差异表达基因 差示筛选 扣除杂交 MRNA差异显示技术 RNA指纹图谱技术 代表性差异分析 抑制差减杂交 微阵列技术
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PCR-DGGE分析合肥市塘西河表层沉积物细菌群落结构空间分布特征 被引量:10
7
作者 沈烁 杨长明 成水平 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期80-87,共8页
微生物在城市内河沉积物物质循环和污染物释放过程中发挥着巨大的作用,其群落结构特征可作为评价城市河流入河污染负荷大小以及城市河流健康状况的重要依据.采用PCR-DGGE技术研究合肥滨湖新区塘西河不同河段表层沉积物细菌群落结构差异,... 微生物在城市内河沉积物物质循环和污染物释放过程中发挥着巨大的作用,其群落结构特征可作为评价城市河流入河污染负荷大小以及城市河流健康状况的重要依据.采用PCR-DGGE技术研究合肥滨湖新区塘西河不同河段表层沉积物细菌群落结构差异,对DGGE图谱中15条主要条带进行回收、扩增和测序对比,然后对采样点进行UPGMA聚类分析.同时,采用蒙特卡罗(Monte Carlo)检验和冗余分析(RDA)方法,探讨沉积物细菌群落结构与理化环境之间的关系.结果表明,塘西河不同采样点DGGE图谱具有一定的差异性,上游DGGE图谱条带数量多(平均大约为30条),但各条带的亮度差异不明显;中游条带数量少,平均仅为18条,但某些条带亮度大,表明该采样点沉积物中存在某些优势菌群;下游条带数量介于上游和中游之间,但也存在某些亮度较大的条带;上游采样点沉积物细菌Shannon多样性指数(H)平均为3.31,明显高于中游采样点,也略高于下游采样点.15个序列中,10个与Gen Bank中已登录的序列同源性高于98%,1个同源性为97%,4个相似的目前尚未获得纯培养;UPGMA聚类分析结果显示,塘西河表层沉积物中细菌群落结构分布存在明显的空间分异;Monte Carlo检验和RDA分析结果显示,离子交换态氮(IEF-N)对沉积物细菌群落的空间分布差异起到主导作用(特征值为0.188,P=0.134).结合塘西河水生植物分布特征分析,发现塘西河水生植被栽种对表层沉积物微生物群落丰度有一定的影响,且植被种类的影响作用较植被盖度更为明显.以上研究表明,表层沉积物细菌群落结构特征可以很好地表征塘西河流域城镇化程度以及生态恢复效果. 展开更多
关键词 塘西河 表层沉积物 离子交换态氮(IEF-N) 微生物群落 PCR-DGGE 冗余分析(RDA)
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溴氰菊酯胁迫下小菜蛾差异表达基因的筛选与分析 被引量:2
8
作者 刘白朵 李风良 +3 位作者 和碧蕾 于希忠 李忠英 程罗根 《南京师大学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期91-95,共5页
通过双向cDNA RDA,即分别以敏感品系为检测子(tester)、抗溴氰菊酯品系为驱赶子(driver)和以抗溴氰菊酯品系为检测子(tester)、敏感品系为驱赶子(driver)筛选2种品系中的差异表达基因,初步分析小菜蛾敏感品系和抗性品系之间的遗传差异.... 通过双向cDNA RDA,即分别以敏感品系为检测子(tester)、抗溴氰菊酯品系为驱赶子(driver)和以抗溴氰菊酯品系为检测子(tester)、敏感品系为驱赶子(driver)筛选2种品系中的差异表达基因,初步分析小菜蛾敏感品系和抗性品系之间的遗传差异.经过3轮消减杂交后,将所得的差异片段克隆于PMD 18-T载体,氨苄筛选阳性克隆,经菌落PCR鉴定后送样测序.得到2条序列与GenBank数据库中的部分已知序列有一定同源性,其中1条序列与编码S3a蛋白基因有较高的同源性. 展开更多
关键词 小菜蛾 抗性遗传 菌落PCR CDNA RDA
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mRNA差异显示法及其在水稻分子生物学中的应用 被引量:1
9
作者 黄升谋 郭兆武 《长沙电力学院学报(自然科学版)》 2002年第1期91-94,共4页
对mRNA差异显示法中人们比较熟悉的示差筛选、扣除杂交和DDRT PCR法 ,以及近几年新提出的RDA、SSH 5种主要的差异基因筛选法 ,从其原理、在分子生物学中的应用。
关键词 示差筛选 代表性差示分析 抑制性扣除杂交 差异基因筛选法 MRNA差异显示法 水稻 分子生物学 应用
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基于mRNA水平的差异表达基因筛选技术 被引量:2
10
作者 王建晖 侯学文 《生物学杂志》 CAS CSCD 2009年第4期77-81,共5页
随着分子生物学技术的深入发展,基因组研究重点已经由基因组测序转向基因功能鉴定,即由结构基因组学向功能基因组学转变。研究获得不同处理下基因的差异表达谱是功能基因组学的重要一环,目前已经有多种检测基因差异表达的技术可供选用... 随着分子生物学技术的深入发展,基因组研究重点已经由基因组测序转向基因功能鉴定,即由结构基因组学向功能基因组学转变。研究获得不同处理下基因的差异表达谱是功能基因组学的重要一环,目前已经有多种检测基因差异表达的技术可供选用。在减法杂交技术和PCR基础上发展起来的DDRT-PCR、cDNA-RDA、cDNA-AFLP和SSH技术因其实用性而得到广泛的应用,并取得了令人满意的结果。 展开更多
关键词 DDRT—PCR cDNA—RDA cDNA—AFLP SSH
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南京地区污水厂、自来水厂及长江中抗性基因MCR-1和NDM-1的污染特征 被引量:11
11
作者 曹振华 张媛 +4 位作者 马奔 王新宇 王若楠 黄雅梦 袁青彬 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期406-414,共9页
近年来,新型抗性基因以其易传播和耐药广等特性,展现出比传统抗性基因更严峻的健康风险,在临床卫生领域受到广泛关注,但目前对其在环境中的行为和风险研究很少.为此,考察了2种有代表性的新型抗性基因MCR-1和NDM-1的污染特征,并借助荧光... 近年来,新型抗性基因以其易传播和耐药广等特性,展现出比传统抗性基因更严峻的健康风险,在临床卫生领域受到广泛关注,但目前对其在环境中的行为和风险研究很少.为此,考察了2种有代表性的新型抗性基因MCR-1和NDM-1的污染特征,并借助荧光定量PCR探索了长江下游(南京段)及附近污水厂和自来水厂中MCR-1和NDM-1的分布特征,进而采用RDA (冗余性分析)评价了分布特征受水质指标的影响效果.结果表明:①污水厂进水中MCR-1和NDM-1绝对丰度较高,且随处理流程呈下降趋势,总去除率分别为92. 5%和92. 7%,但出水中MCR-1和NDM-1绝对丰度仍分别达2. 5×10~8和7. 0×10~6copies/L.②长江下游(南京段)各采样点MCR-1和NDM-1绝对丰度的范围分别为8. 5×10~7~3. 5×10~9和4. 3×10~5~2. 1×10~7copies/L,随水流方向呈降低趋势,但在个别采样点出现异常升高的情况,主要受该区域人为污染的影响.③自来水厂处理工艺对MCR-1和NDM-1去除率分别为75. 0%和70. 6%,但出水中存留的MCR-1和NDM-1绝对丰度分别达1. 4×10~7和6. 3×10~4copies/L,且MCR-1和NDM-1在排泥水中大量富集.④MCR-1绝对丰度与ρ(CODCr)、ρ(NH3-N)、电导率呈正相关,而NDM-1绝对丰度仅和浊度存在弱相关关系,与其他水质指标无明显相关性.研究显示,污水处理工艺无法有效去除MCR-1和NDM-1,大量抗性基因通过污水厂出水排入长江,同时自来水厂以含有较高绝对丰度抗性基因的长江水作为水源水,最终自来水厂出水中残存的抗性基因可能进入人体,生态健康风险较大. 展开更多
关键词 长江下游(南京段) MCR-1 NDM-1 分布特征 定量PCR 冗余性分析
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示差扣除杂交法及其在分子生物学中的应用 被引量:6
12
作者 李捷 印莉萍 刘维仲 《生物技术通报》 CAS CSCD 1999年第3期9-14,共6页
对示差扣除杂交方法中人们比较熟悉的示差筛选、扣除杂交和DDRT-PCR法,以及近几年新提出的RDA、SSH和RSDD法等六种主要的差异基因筛选法,从其原理、在分子生物学中的应用、优缺点及其改进方法进行了简要概述。
关键词 示差筛选 扣除杂交 MRNA 差别显示
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Fish-mediated changes in bacterioplankton community composition: an in situ mesocosm experiment
13
作者 LUO Congqiang YI Chunlong +1 位作者 NI Leyi GUO Longgen 《Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2018年第2期341-350,共10页
We characterized variations in bacterioplankton community composition(BCC) in mesocosms subject to three different treatments. Two groups contained fish(group one: Cyprinus carpio; group two: Hypophthalmichthys molitr... We characterized variations in bacterioplankton community composition(BCC) in mesocosms subject to three different treatments. Two groups contained fish(group one: Cyprinus carpio; group two: Hypophthalmichthys molitrix); and group three, the untreated mesocosm, was the control. Samples were taken seven times over a 49-d period, and BCC was analyzed by PCR-denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE) and real-time quantitative PCR(q PCR). Results revealed that introduction of C. carpio and H. molitrix had a remarkable impact on the composition of bacterioplankton communities, and the BCC was significantly diff erent between each treatment. Sequencing of DGGE bands revealed that the bacterioplankton community in the different treatment groups was consistent at a taxonomic level, but differed in its abundance. H. molitrix promoted the richness of Alphaproteobacteria and Actinobacteria, while more bands affiliated to Cyanobacteria were detected in C. carpio mesocosms. The redundancy analysis(RDA) result demonstrated that the BCC was closely related to the bottom-up(total phosphorus, chlorophyll a, phytoplankton biomass) and top-down forces(biomass of copepods and cladocera) in C. carpio and control mesocosms, respectively. We found no evidence for top-down regulation of BCC by zooplankton in H. molitrix mesocosms, while grazing by protozoa(heterotrophic nanoflagellates, ciliates) became the major way to regulate BCC. Total bacterioplankton abundances were significantly higher in C. carpio mesocosms because of high nutrient concentration and suspended solids. Our study provided insights into the relationship between fish and bacterioplankton at species level, leading to a deep understanding of the function of the microbial loop and the aquatic ecosystem. 展开更多
关键词 bacterioplankton community composition(BCC) PCR-DGGE qPCR analysis of similarities (ANOSIM) redundancy analysis(RDA)
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