【目的】为明确水稻主要害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis（Guenée）幼虫肠道细菌的群落结构和多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq技术对稻纵卷叶螟4龄幼虫肠道细菌的16S r DNA V3-V4变异区序列进行测序,应用USEARCH和QI...【目的】为明确水稻主要害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis（Guenée）幼虫肠道细菌的群落结构和多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq技术对稻纵卷叶螟4龄幼虫肠道细菌的16S r DNA V3-V4变异区序列进行测序,应用USEARCH和QIIME软件整理和统计样品序列数和操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）数量,分析4龄幼虫肠道细菌的物种组成、丰度和多样性。【结果】稻纵卷叶螟4个数量不同的4龄幼虫样本（1,2,3和5头）共得165 386条reads,在97%相似度下可将其聚类为604个OTUs。总共注释到22个门,43个纲,82个目,142个科,204个属,244个种。其中在门水平上,主要优势菌为变形菌门（Proteobacteria）（相对丰度26%~34%）和放线菌门（Actinobacteria）（23%~32%）;在纲水平上,主要优势菌为放线菌纲（Actinobacteria）（相对丰度23%~32%）、酸杆菌纲（Acidobacteria）（9%~11%）、α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）（10%~13%）、β-变形菌纲（Betaproteobacteria）（6%~8%）和γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）（6%~12%）;在科水平上,共有优势菌为类诺卡氏菌科（Nocardioidaceae）、丛毛单胞菌科（Comamonadaceae）、黄单胞菌科（Xanthomonadaceae）、鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae）和芽单胞菌科（Gemmatimonadaceae）等。在属水平上,4个样本前5位优势属中,类诺卡氏属Nocardioides和鞘脂单胞菌Sphingomonas为共有优势属。稻纵卷叶螟肠道细菌Simpson指数、Shannon指数、Ace指数和Chao指数分别为0.16~0.65,0.94~3.22,212~488和210~490。【结论】稻纵卷叶螟幼虫肠道细菌多样性比较丰富,个体间微生物群落结构和多样性有差异。不同数量样本数据与总体数据有助于综合反映稻纵卷叶螟种群肠道微生物状况。本研究结果为进一步研究稻纵卷叶螟肠道微生物的功能及其在防治中的应用奠定了基础。展开更多
文摘【目的】为明确水稻主要害虫稻纵卷叶螟Cnaphalocrocis medinalis（Guenée）幼虫肠道细菌的群落结构和多样性。【方法】利用Illumina Mi Seq技术对稻纵卷叶螟4龄幼虫肠道细菌的16S r DNA V3-V4变异区序列进行测序,应用USEARCH和QIIME软件整理和统计样品序列数和操作分类单元（operational taxonomic unit,OTU）数量,分析4龄幼虫肠道细菌的物种组成、丰度和多样性。【结果】稻纵卷叶螟4个数量不同的4龄幼虫样本（1,2,3和5头）共得165 386条reads,在97%相似度下可将其聚类为604个OTUs。总共注释到22个门,43个纲,82个目,142个科,204个属,244个种。其中在门水平上,主要优势菌为变形菌门（Proteobacteria）（相对丰度26%~34%）和放线菌门（Actinobacteria）（23%~32%）;在纲水平上,主要优势菌为放线菌纲（Actinobacteria）（相对丰度23%~32%）、酸杆菌纲（Acidobacteria）（9%~11%）、α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）（10%~13%）、β-变形菌纲（Betaproteobacteria）（6%~8%）和γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）（6%~12%）;在科水平上,共有优势菌为类诺卡氏菌科（Nocardioidaceae）、丛毛单胞菌科（Comamonadaceae）、黄单胞菌科（Xanthomonadaceae）、鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae）和芽单胞菌科（Gemmatimonadaceae）等。在属水平上,4个样本前5位优势属中,类诺卡氏属Nocardioides和鞘脂单胞菌Sphingomonas为共有优势属。稻纵卷叶螟肠道细菌Simpson指数、Shannon指数、Ace指数和Chao指数分别为0.16~0.65,0.94~3.22,212~488和210~490。【结论】稻纵卷叶螟幼虫肠道细菌多样性比较丰富,个体间微生物群落结构和多样性有差异。不同数量样本数据与总体数据有助于综合反映稻纵卷叶螟种群肠道微生物状况。本研究结果为进一步研究稻纵卷叶螟肠道微生物的功能及其在防治中的应用奠定了基础。
