目的基于基因芯片数据分析PHD锌指蛋白19(PHD finger protein 19,PHF19)在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及预后价值。方法下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)肺癌患者数据并分析PHF19在肺癌...目的基于基因芯片数据分析PHD锌指蛋白19(PHD finger protein 19,PHF19)在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及预后价值。方法下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)肺癌患者数据并分析PHF19在肺癌中表达,通过基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载数据集GSE30219,GSE50081筛选患者分别纳入训练集和验证集,并分析PHF19表达与肺癌患者性别、年龄、肿瘤临床分期、病理类型与无病生存率(disease free survival,DFS)、总生存率(overall survival,OS)的关系,通过在线数据库对肺癌患者PHF19及共表达相关基因进行基因本体论与京都基因和基因组百科全书(Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,GO-KEGG)富集分析、免疫浸润分析。结果TCGA、GEO数据显示PHF19在肺癌中高表达(P<0.001),PHF19表达与肿瘤分期相关。PHF19低表达组的NSCLC患者较高表达组具有更长的DFS及OS(P均<0.05)。多因素COX回归分析显示PHF19为NSCLC患者独立预后影响因素(P<0.05)。绘制列线图预测肺癌患者的生存率并验证C指数表明模型准确度良好。基因富集分析显示PHF19高表达主要与细胞周期、细胞核、染色质等相关。免疫浸润分析显示PHF19与免疫细胞浸润密切相关。结论PHF19可作为预测NSCLC预后的指标,PHF19高表达是NSCLC不良预后的独立预测因子,可能是其治疗的新的靶点。展开更多
目的找出铜绿假单胞菌PAEO1野生型与PDO300、PAEO1 lasI rhlI基因缺陷型、PAEO1 lasRrhlR基因缺陷型菌株之间的差异蛋白质,探讨这些蛋白质与铜绿假单胞菌生物膜形成的关系。方法应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI)技术和CM10...目的找出铜绿假单胞菌PAEO1野生型与PDO300、PAEO1 lasI rhlI基因缺陷型、PAEO1 lasRrhlR基因缺陷型菌株之间的差异蛋白质,探讨这些蛋白质与铜绿假单胞菌生物膜形成的关系。方法应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI)技术和CM10蛋白质芯片检测PAEO1野生型与PDO300、PAEO1 lasI rhlI基因缺陷型、PAEO1 lasRrhlR基因缺陷型菌株的菌体蛋白,采用Biomarker Wizard软件进行分析,筛选差异蛋白质。结果PDO300菌株与PAEO1野生型菌株相比有10个蛋白质高表达(P<0.01),相对分子质量分别为4074、3817、8923、8148、3332、4521、7621、11 594、7831、13 751;有6个蛋白质低表达(P<0.01),相对分子质量分别为6199、6899、12 379、6115、6763、8576;PAEO1 lasI rhlI基因缺陷型菌株与PAEO1野生型菌株相比,有1个蛋白质低表达(P<0.05),相对分子质量为6910,PAEO1 lasRrhlR基因缺陷型菌株与PAEO1野生型菌株相比,有2个蛋白质高表达(P<0.05),相对分子质量分别为8924和8790;有2个蛋白质低表达(P<0.05),相对分子质量分别为6735和6986。结论用蛋白质芯片和SELDI技术对铜绿假单胞菌进行蛋白质组学研究,方法简便、敏感性高,可发现一系列低Mr或低丰度的差异蛋白质。展开更多
文摘目的基于基因芯片数据分析PHD锌指蛋白19(PHD finger protein 19,PHF19)在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中的表达及预后价值。方法下载癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)肺癌患者数据并分析PHF19在肺癌中表达,通过基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载数据集GSE30219,GSE50081筛选患者分别纳入训练集和验证集,并分析PHF19表达与肺癌患者性别、年龄、肿瘤临床分期、病理类型与无病生存率(disease free survival,DFS)、总生存率(overall survival,OS)的关系,通过在线数据库对肺癌患者PHF19及共表达相关基因进行基因本体论与京都基因和基因组百科全书(Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,GO-KEGG)富集分析、免疫浸润分析。结果TCGA、GEO数据显示PHF19在肺癌中高表达(P<0.001),PHF19表达与肿瘤分期相关。PHF19低表达组的NSCLC患者较高表达组具有更长的DFS及OS(P均<0.05)。多因素COX回归分析显示PHF19为NSCLC患者独立预后影响因素(P<0.05)。绘制列线图预测肺癌患者的生存率并验证C指数表明模型准确度良好。基因富集分析显示PHF19高表达主要与细胞周期、细胞核、染色质等相关。免疫浸润分析显示PHF19与免疫细胞浸润密切相关。结论PHF19可作为预测NSCLC预后的指标,PHF19高表达是NSCLC不良预后的独立预测因子,可能是其治疗的新的靶点。
文摘目的找出铜绿假单胞菌PAEO1野生型与PDO300、PAEO1 lasI rhlI基因缺陷型、PAEO1 lasRrhlR基因缺陷型菌株之间的差异蛋白质,探讨这些蛋白质与铜绿假单胞菌生物膜形成的关系。方法应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI)技术和CM10蛋白质芯片检测PAEO1野生型与PDO300、PAEO1 lasI rhlI基因缺陷型、PAEO1 lasRrhlR基因缺陷型菌株的菌体蛋白,采用Biomarker Wizard软件进行分析,筛选差异蛋白质。结果PDO300菌株与PAEO1野生型菌株相比有10个蛋白质高表达(P<0.01),相对分子质量分别为4074、3817、8923、8148、3332、4521、7621、11 594、7831、13 751;有6个蛋白质低表达(P<0.01),相对分子质量分别为6199、6899、12 379、6115、6763、8576;PAEO1 lasI rhlI基因缺陷型菌株与PAEO1野生型菌株相比,有1个蛋白质低表达(P<0.05),相对分子质量为6910,PAEO1 lasRrhlR基因缺陷型菌株与PAEO1野生型菌株相比,有2个蛋白质高表达(P<0.05),相对分子质量分别为8924和8790;有2个蛋白质低表达(P<0.05),相对分子质量分别为6735和6986。结论用蛋白质芯片和SELDI技术对铜绿假单胞菌进行蛋白质组学研究,方法简便、敏感性高,可发现一系列低Mr或低丰度的差异蛋白质。
