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中间球海胆脂肪酸结合蛋白fabp1基因的克隆与表达
1
作者 姚佳慧 王姮 +2 位作者 马晓芸 丁君 常亚青 《水产学杂志》 2025年第3期8-13,96,共7页
为探究海胆脂代谢机制,利用RACE方法克隆得到中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)脂肪酸结合蛋白家族中的fabp1基因的全序列,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术研究fabp1基因的组织分布和在胚胎发育过程中的表达水平。结果表明:f... 为探究海胆脂代谢机制,利用RACE方法克隆得到中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)脂肪酸结合蛋白家族中的fabp1基因的全序列,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术研究fabp1基因的组织分布和在胚胎发育过程中的表达水平。结果表明:fabp1基因的cDNA全长为1175 bp,开放阅读框(ORF)为390 bp,编码129个氨基酸,预测分子量为13.69 kDa。同源性检测和系统发育分析表明,中间球海胆fabp1基因与紫球海胆(S.purpuratus)fabp1基因序列同源性最高(98.44%)。fabp1基因在围口膜中的表达明显高于管足、体腔细胞和性腺。在胚胎发育过程中,fabp1基因的相对表达量从卵裂期开始呈上调趋势,在多细胞期达到峰值后开始下降。本结果为进一步阐明fabp1基因在海洋无脊椎动物中表达的分子机制提供基础,并为研究海胆的脂代谢和营养调控机制提供资料。 展开更多
关键词 中间球海胆 fabp1基因 荧光定量PCR 克隆 序列分析
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棉花GhDMT7基因对5-氮杂胞嘧啶核苷的响应机制
2
作者 杨志宁 陆许可 +19 位作者 范亚朋 孙玉平 喻欣 王亮 高永健 古丽加依那什·哈不力 古丽沙西·拿斯依 吾木尔·阿不都 黄慧 张梦豪 王立东 陈筱 肖磊 张鑫蕊 王帅 陈修贵 王俊娟 郭丽雪 高文伟 叶武威 《中国农业科技导报(中英文)》 北大核心 2025年第8期28-35,共8页
为探究5-氮杂胞嘧啶(5-azacytidine,5-azaC)对陆地棉(Gossypium hirsutum L.)GhDMT7基因表达及种子萌发的影响,分析了5-azac处理下GhDMT7的表达水平和棉花种子生长性状。克隆了GhDMT7基因,通过生物信息学分析发现,GhDMT7蛋白为稳定的亲... 为探究5-氮杂胞嘧啶(5-azacytidine,5-azaC)对陆地棉(Gossypium hirsutum L.)GhDMT7基因表达及种子萌发的影响,分析了5-azac处理下GhDMT7的表达水平和棉花种子生长性状。克隆了GhDMT7基因,通过生物信息学分析发现,GhDMT7蛋白为稳定的亲水性蛋白,无信号肽和跨膜结构。在盐胁迫条件下,棉花叶片中的丙二醛含量增加,表明膜损伤加剧。5-azaC对GhDMT7的表达呈剂量效应,低水平下轻微上调基因表达,高水平下则抑制表达,并降低5-甲基胞嘧啶(5mC)含量。此外,50μmol·L^(−1)的5-azaC处理显著提高了种子的发芽势和生长指标,对种子萌发起促进作用。以上研究结果为进一步研究GhDMT7在棉花生长发育中的功能奠定了基础,也为棉花耐盐新品种的培育提供了基因资源。 展开更多
关键词 陆地棉 DNA甲基转移酶 基因克隆 生物信息学分析 QRT-PCR
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百合GARP家族鉴定和鳞片发育的基因克隆与表达
3
作者 刘佳鑫 武琼 +2 位作者 韩美玲 李超 杜方 《山西农业科学》 2025年第1期111-118,共8页
GARP是植物特异性转录因子家族,在植物生长发育和非生物胁迫响应中发挥关键作用。为全面了解百合GARP转录因子提供基础资料,为探索百合鳞片的生长发育机制奠定一定基础,基于二代、三代百合转录组数据,对其GARP家族成员进行鉴定和表达分... GARP是植物特异性转录因子家族,在植物生长发育和非生物胁迫响应中发挥关键作用。为全面了解百合GARP转录因子提供基础资料,为探索百合鳞片的生长发育机制奠定一定基础,基于二代、三代百合转录组数据,对其GARP家族成员进行鉴定和表达分析。结果表明,在转录组数据中共鉴定出34个GARP蛋白,均为亲水性蛋白,68%为酸性蛋白,94%为不稳定蛋白。系统进化树将百合GARPs分为5个亚家族:ARR-B、GLK、NIGT1/HRS1/HHO、PHR1/PHL1和KAN,进化分析发现,百合GARPs可能参与生长发育、生物钟调节、开花转化、激素运输、非生物胁迫等过程。对鳞片发育具有重要作用的ARR-B亚家族成员进行qRT-PCR分析,结果发现,LhGARP33、LhGARP30和LhGARP3可能对鳞茎发育起重要作用。LhGARP3和LhGARP30被成功克隆,氨基酸序列具有典型的ARR-Bs磷酸受体结构域(REC)及金属和磷酸化结合位点。空间表达分析了ARR-B I亚组在花、叶和鳞片中的表达模式,结果表明,LhGARP5在叶中的表达量最高,而LhGARP31在花中的表达量最高,LhGARP33、LhGARP30和LhGARP3的表达特征基本一致,均在鳞片中高表达,其可能作为关键基因在鳞片发育过程中发挥主要作用。 展开更多
关键词 百合 GARP家族 鳞片发育 实时荧光定量PCR 基因克隆
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鸡柔嫩艾美耳球虫EtIMP1基因的克隆与表达载体的构建
4
作者 廖加磊 《福建畜牧兽医》 2025年第2期54-56,共3页
本研究对鸡柔嫩艾美耳球虫RNA进行提取及反转录,克隆鸡柔嫩艾美耳球虫IMP1基因,并将PCR产物连接于pEasy-Blunt-Simple载体中,PCR鉴定正确后送公司测序,进行序列分析。结果:成功克隆鸡柔嫩艾美耳球虫EtIMP1基因,其ORF长度为1 194 bp,并... 本研究对鸡柔嫩艾美耳球虫RNA进行提取及反转录,克隆鸡柔嫩艾美耳球虫IMP1基因,并将PCR产物连接于pEasy-Blunt-Simple载体中,PCR鉴定正确后送公司测序,进行序列分析。结果:成功克隆鸡柔嫩艾美耳球虫EtIMP1基因,其ORF长度为1 194 bp,并验证了其正确性;构建鸡柔嫩艾美耳球虫EtIMP1基因表达载体pEasy-Blunt-Simple-IMP1,并得到重组质粒,可为体外表达IMP1基因提供技术方法,也为疫苗候选基因的筛选奠定基础。 展开更多
关键词 鸡柔嫩艾美耳球虫 IMP1基因 克隆 表达载体 PCR
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仿刺参AjCaspase3-p基因的克隆与表达分析
5
作者 王露瑶 张婵婵 +2 位作者 张晓静 海航瑜 马得友 《水产科学》 北大核心 2025年第4期582-591,共10页
为探究细胞凋亡关键效应基因Caspase-3基因在仿刺参变态过程中的作用,采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆获得了1个仿刺参Caspase-3基因的全长cDNA,分析了其序列的生物信息学,用实时荧光定量PCR方法检测了其mRNA在成参各组织及幼虫不... 为探究细胞凋亡关键效应基因Caspase-3基因在仿刺参变态过程中的作用,采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆获得了1个仿刺参Caspase-3基因的全长cDNA,分析了其序列的生物信息学,用实时荧光定量PCR方法检测了其mRNA在成参各组织及幼虫不同发育阶段的表达情况,利用胚胎整体原位杂交技术标记了该基因在变态期幼虫的空间分布。结果显示,鉴定出的基因cDNA全长为2007 bp,共编码508个氨基酸,Blastp比对发现与仿刺参基因组putative Caspase-3基因(PIK46501.1)相似度最高,故将其命名为AjCaspase3-p。序列特征分析显示,AjCaspase3-p含有Caspase家族特有的CASc结构域和半胱氨酸活性位点QACRG五肽保守序列。系统进化分析发现,该氨基酸序列与无脊椎动物Caspase-3聚在一起。实时荧光定量PCR结果表明:AjCaspase3-p基因在成参各组织中均表达,在体腔细胞中的表达量显著高于其他组织(P<0.05);在仿刺参早期发育各阶段都有表达,大耳幼体期开始显著升高,稚参期表达量最高(P<0.05)。mRNA表达定位显示,随着幼虫变态该基因的表达逐渐活跃,到稚参期强表达于触手、肠等组织,推测AjCaspase3-p基因可能通过维持机体内稳态保证仿刺参幼虫顺利完成变态。 展开更多
关键词 仿刺参 CASPASE-3 基因克隆 实时荧光定量PCR 原位杂交 幼虫变态
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红花檵木R2R3-MYB基因LcMYB113调控花青苷合成
6
作者 卢芃 荣朵艳 +2 位作者 廖晓珊 肖杨瑶 张邦跃 《广西植物》 北大核心 2025年第6期1137-1148,共12页
花青苷物质是影响红花檵木(Loropetalum chinense var.rubrum)观赏价值形成的关键因素之一。为探究红花檵木花青苷合成的分子机制,该研究从红花檵木中克隆了1个花青苷合成相关的R2R3-MYB基因,命名为LcMYB113(GenBank序列号:OR344758),... 花青苷物质是影响红花檵木(Loropetalum chinense var.rubrum)观赏价值形成的关键因素之一。为探究红花檵木花青苷合成的分子机制,该研究从红花檵木中克隆了1个花青苷合成相关的R2R3-MYB基因,命名为LcMYB113(GenBank序列号:OR344758),并初步分析了其生物信息学、红花檵木和白花檵木叶片中LcMYB113的表达水平、转基因烟草株系的表型及花青苷合成结构基因的表达。结果表明:(1)LcMYB113基因开放阅读框全长为789 bp,编码262个氨基酸,其N端含有R2R3 DNA结合域和bHLH转录因子的结合基序[D/E]Lx_(2)[R/K]x_(3)Lx_(6)Lx_(3)R,同时还具有花青苷正调控相关的2个特征基序ANDV和[K/R]P[Q/R]P[Q/R]。系统进化树分析显示,LcMYB113与牡丹的PsMYB58、葡萄的VvMYBA1等多种植物的花青苷特异调控R2R3-MYB转录因子的亲缘关系较近。(2)红花檵木叶片中的花青苷含量为白花檵木中的7.4倍,LcMYB113基因在红花檵木叶片中的相对表达量为白花檵木的101倍,表明LcMYB113基因的表达与花青苷含量趋势相一致。(3)通过构建基因过表达载体并转化烟草,烟草中过表达LcMYB113基因能够诱导转基因株系叶片和花朵中花青苷物质的积累,同时NtANS、NtDFR、NtCHS等多个花青苷生物合成结构基因在叶片中的相对表达量相比于野生型株系显著增加。该研究结果表明LcMYB113能够调控花青苷物质的合成,为红花檵木的叶色育种提供理论支持。 展开更多
关键词 红花檵木 花青苷 LcMYB113 基因克隆 实时荧光定量RT-PCR
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山药颗粒结合型淀粉合成酶基因DaGBSS的克隆与分析 被引量：1
7
作者 王培龙 徐婉 +5 位作者 杨燕萍 付双彬 应震 杨周祥 姚丽娟 周庄 《中国粮油学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期79-88,共10页
颗粒结合型淀粉合成酶(granule-bound starch synthase,GBSS)是一种能够决定直链淀粉生物合成的关键性酶。通过对山药转录组分析、分子克隆获得一个具有完整ORF的DaGBSS基因,cDNA片段长度为1845 bp,编码614个氨基酸。生物信息学分析结... 颗粒结合型淀粉合成酶(granule-bound starch synthase,GBSS)是一种能够决定直链淀粉生物合成的关键性酶。通过对山药转录组分析、分子克隆获得一个具有完整ORF的DaGBSS基因,cDNA片段长度为1845 bp,编码614个氨基酸。生物信息学分析结果显示DaGBSS蛋白为一酸性稳定蛋白,含有淀粉合酶催化和糖基转移酶2个功能结构域。多序列比对结果显示:糯米山药DaGBSS蛋白与所选的物种具有较高的同源性,且含有典型的功能结构域;生物进化分析结果显示DaGBSS蛋白与圆形薯蓣亚种进化亲缘关系最近。对采收15 d山药块茎进行处理,qRT-PCR、指标分析结果显示DaGBSS基因在山药块茎的表达存在明显的时空差异性,且在距离地表位置最远的部位DaGBSS基因的表达量、GBSS和直链淀粉的含量均为最高。研究通过对山药块茎淀粉合成的早期阶段进行生理、关键调控因子的克隆分析,为探究山药淀粉合成的调控提供参考,同时对糯米山药的分子育种提供了重要的基因资源。 展开更多
关键词 山药 GBSS基因 基因克隆 qRT-PCR分析
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梅花鹿DLX5基因克隆及表达分析
8
作者 王鹏 刘方政 +3 位作者 李萱博 王春花 于海浩 夏彦玲 《野生动物学报》 北大核心 2024年第1期50-57,共8页
为研究梅花鹿(Cervus nippon)DLX5基因的结构和功能,进一步探究其与梅花鹿茸角骨化机制间的关系,采用RT-PCR技术对梅花鹿DLX5基因进行克隆,获得包含全部编码区的c DNA序列,对该基因的氨基酸序列进行生物信息学分析并构建系统进化树,通过... 为研究梅花鹿(Cervus nippon)DLX5基因的结构和功能,进一步探究其与梅花鹿茸角骨化机制间的关系,采用RT-PCR技术对梅花鹿DLX5基因进行克隆,获得包含全部编码区的c DNA序列,对该基因的氨基酸序列进行生物信息学分析并构建系统进化树,通过KEGG富集分析其信号通路,运用实时荧光定量RT-PCR检测该基因在鹿茸生长不同时期的表达情况。结果表明:梅花鹿DLX5基因编码区长为870 bp,共编码289个氨基酸。DLX5蛋白为可溶性的不稳定蛋白,有2个保守结构域,主要定位于细胞核。梅花鹿DLX5蛋白与许多不同物种来源的DLX5蛋白氨基酸序列有较高相似度,比较保守。DLX5蛋白二级结构中无规则卷曲占比最大(78.89%),其后依次是α-螺旋、延伸链,占比分别为16.96%和4.15%。DLX5基因主要的作用通路为TGFβ信号通路、MAPK信号通路和Wnt信号通路等。实时荧光定量RT-PCR结果表明,DLX5基因在鹿茸生长后期(三杈茸)表达量显著增高,这种上调表达暗示了其在鹿茸骨化过程中发挥重要作用,说明其可能是鹿茸骨化相关候选基因。 展开更多
关键词 梅花鹿 DLX5基因 基因克隆 生物信息学分析 实时荧光定量RT-PCR
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半滑舌鳎突触体相关蛋白29基因(SNAP29)克隆及其组织分布和时序表达分析
9
作者 吴茵茵 温思怡 +1 位作者 韩卓然 孙敬锋 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期231-238,共8页
为了分析半滑舌鳎突触体相关蛋白29基因(SNAP29)的分子生物学特征、组织分布特点以及感染海藻希瓦氏菌后的时序表达规律,通过RT-PCR、生物信息学网站、qRT-PCR技术对半滑舌鳎SNAP29基因进行了扩增、生信分析和表达特征研究。结果表明,... 为了分析半滑舌鳎突触体相关蛋白29基因(SNAP29)的分子生物学特征、组织分布特点以及感染海藻希瓦氏菌后的时序表达规律,通过RT-PCR、生物信息学网站、qRT-PCR技术对半滑舌鳎SNAP29基因进行了扩增、生信分析和表达特征研究。结果表明,半滑舌鳎SNAP29基因CDS区长度为789 bp,编码262个氨基酸,理论等电点(pI)为5.39,分子质量为29.71781 ku,有2个典型的SNARE结构域;二级结构主要由α-螺旋和无规卷曲组成,二级结构和三级结构基本一致;多序列比对结果显示,半滑舌鳎与欧洲鲈鱼SNAP29基因相似性最高;SNAP29基因在健康半滑舌鳎所测的各组织中均有表达,在鳃组织中表达最高,在脑组织中表达量最低;利用海藻希瓦氏菌人工感染半滑舌鳎后,SNAP29基因在肠道组织、心脏组织和脑组织中表达量主要呈现上调趋势,在肝脏、头肾、脾脏组织中主要呈现下调表达,SNAP29基因在健康半滑舌鳎组织中均有表达;海藻希瓦氏菌感染半滑舌鳎的肠道、脑、心脏、肝脏、头肾、脾脏组织中SNAP29基因呈现差异表达。综上,SNAP29可能参与机体免疫应答过程或病理生理过程。 展开更多
关键词 半滑舌鳎 SNAP29 基因克隆 QRT-PCR 海藻希瓦氏菌
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朱砂叶螨己糖激酶HXK466基因克隆及特征分析 被引量：1
10
作者 王一冉 赵周仪 +1 位作者 李剑男 卜春亚 《北京农学院学报》 2024年第4期1-5,共5页
【目的】为了深入探索并寻找一套高效、环保的生物学防治策略来抵御朱砂叶螨的侵害。【方法】克隆朱砂叶螨己糖激酶HXK466基因,探明该基因序列的生物信息学特征,分析其序列组成、结构域分布以及潜在的调控位点,运用实时荧光定量PCR方法... 【目的】为了深入探索并寻找一套高效、环保的生物学防治策略来抵御朱砂叶螨的侵害。【方法】克隆朱砂叶螨己糖激酶HXK466基因,探明该基因序列的生物信息学特征,分析其序列组成、结构域分布以及潜在的调控位点,运用实时荧光定量PCR方法,对朱砂叶螨的卵、幼螨、若螨和成螨4个关键发育阶段的样本进行测定。【结果】成功克隆己糖激酶HXK466基因(GenBank登陆号:PP536561.1),基因全长1518 bp,阅读开放框为1422 bp,编码473个氨基酸;己糖激酶HXK466基因在朱砂叶螨的卵、幼螨、若螨和成螨四个阶段中都有一定的表达。其中成螨阶段表达量最高,其次为若螨和幼螨,卵阶段的表达量最低。预测到朱砂叶螨HXK466为非跨膜蛋白和疏水性蛋白,己糖激酶HXK466基因目的蛋白共有4种二级结构,其中a-螺旋占比最高为43.13%,延伸链占比14.16%,β-转角占比4.23%,无规则卷曲占比为38.48%。【结论】克隆得到朱砂叶螨己糖激酶HXK466基因,明确其不同时期的表达特征,构建以己糖激酶为靶标的新型生物杀螨剂,为生物农药领域的创新奠定基础。 展开更多
关键词 朱砂叶螨 己糖激酶 基因克隆 荧光定量PCR
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金钱白花蛇核酸试纸条快速鉴定及其试剂盒的研发 被引量：2
11
作者 于涵 刘美琳 +3 位作者 王艺潼 王艳双 母润红 张丽华 《中药材》 北大核心 2024年第6期1390-1396,共7页
目的:建立金钱白花蛇PCR-免疫胶体金试纸条快速分子鉴定方法,并组合成快速基因检测的试剂盒。方法:筛选基因组DNA的提取方法及试剂,根据金钱白花蛇mtDNA cytb基因设计种属特异性引物并标记,优化最佳反应条件,研发一体化PCR快速基因检测... 目的:建立金钱白花蛇PCR-免疫胶体金试纸条快速分子鉴定方法,并组合成快速基因检测的试剂盒。方法:筛选基因组DNA的提取方法及试剂,根据金钱白花蛇mtDNA cytb基因设计种属特异性引物并标记,优化最佳反应条件,研发一体化PCR快速基因检测试剂盒,采用分子克隆及基因测序技术制备对照药材DNA克隆液,利用免疫胶体金试纸条进行结果检测,并对试剂盒的特异性、重现性、灵敏度、稳定性进行评价。结果:基因组DNA的完整性、浓度、纯度均满足PCR的要求,引物在退火温度57℃时,循环20次时,免疫胶体金试纸条显示金钱白花蛇对照药材及正品出现两条红色条带,混淆品及空白对照品仅出现一条红色条带。对照药材克隆测序结果与金钱白花蛇mtDNA cytb基因同源性为100%。一体化快速基因检测试剂盒的特异性、重现性、稳定性、灵敏度均更优于相同样品在琼脂糖凝胶电泳的结果。结论:PCR-免疫胶体金试纸条鉴定方法能够有效地识别金钱白花蛇及其混淆品,且操作简便快速、结果判断直观,更适合实地现场检测、具有良好的推广应用前景。 展开更多
关键词 金钱白花蛇 免疫胶体金试纸条 分子克隆 聚合酶链式反应(PCR) 真伪鉴定
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茅苍术AlWRKY2基因的克隆及表达分析 被引量：1
12
作者 迟凯文 管凤雅 +1 位作者 赵志强 查良平 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1253-1264,共12页
WRKY转录因子对植物生长过程中的物质代谢以及应对各类胁迫起着重要作用。本研究根据茅苍术转录组数据库,克隆得到WRKY2基因序列,命名为AlWRKY2(GenBank登录号:OR343916)。利用软件对AlWRKY2基因进行生物信息学分析,显示该基因包含1个97... WRKY转录因子对植物生长过程中的物质代谢以及应对各类胁迫起着重要作用。本研究根据茅苍术转录组数据库,克隆得到WRKY2基因序列,命名为AlWRKY2(GenBank登录号:OR343916)。利用软件对AlWRKY2基因进行生物信息学分析,显示该基因包含1个975 bp的开放阅读框,编码324个氨基酸,AlWRKY2蛋白理论等电点为6.62,理论分子质量为35426.90。蛋白质结构预测显示,AlWRKY2蛋白质二级结构主要由无规则卷曲构成。同源氨基酸序列分析表明茅苍术和软橡木树、杨梅、可可树、哥伦比亚锦葵等植物的WRKY2基因编码的氨基酸具有较高的同源性且都具有WRKY保守结构域。系统进化树分析表明茅苍术AlWRKY2氨基酸序列与菊科植物聚在同一分支,具有高度同源性;SDS-PAGE电泳结果显示AlWRKY2基因成功在大肠杆菌BL21(DE3)表达感受态中进行诱导表达,并在约50 kDa处表达出预期目的蛋白;含有AlWRKY2基因的重组菌在NaCl和甘露醇的胁迫条件下负调控菌落生长;利用qRT-PCR检测显示,在茅苍术中AlWRKY2的表达量在叶中最高,茎中最低,且在外源茉莉酸甲酯(MeJA)处理下提高了湖北茅苍术AlWRKY2基因表达量,并在24 h处表达量最高。亚细胞定位结果显示该基因位于细胞核中。本研究可为进一步研究茅苍术WRKY转录因子的功能提供参考。 展开更多
关键词 茅苍术 WRKY转录因子 基因克隆 QRT-PCR 表达分析 亚细胞定位
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朱砂叶螨V-ATP酶D亚基基因克隆与表达分析 被引量：1
13
作者 耿文 王谦稳 +2 位作者 胡祺凡 陈佳雯 卜春亚 《北京农学院学报》 2024年第3期1-5,共5页
【目的】旨在寻找防治朱砂叶螨有效的生物学办法。【方法】克隆出朱砂叶螨V-ATP酶D亚基(V-ATPase-D)基因,并对该基因进行了生物学特征分析;采用荧光定量PCR技术,对朱砂叶螨其生命周期中V-ATPase-D基因表达量进行了测定。【结果】克隆出... 【目的】旨在寻找防治朱砂叶螨有效的生物学办法。【方法】克隆出朱砂叶螨V-ATP酶D亚基(V-ATPase-D)基因,并对该基因进行了生物学特征分析;采用荧光定量PCR技术,对朱砂叶螨其生命周期中V-ATPase-D基因表达量进行了测定。【结果】克隆出朱砂叶螨V-ATPase-D(GenBank登录号:OR836605)。朱砂叶螨V-ATPase-D基因全长956 bp,开放阅读框744 bp,编码247个氨基酸,V-ATPase-D在朱砂叶螨的不同生长发育阶段均表现出了基因活性,其中在成螨期内展现出最高的表达水平,其次是卵阶段,而若螨与幼螨阶段则呈现出较低的基因表达水平。【结论】成功克隆出朱砂叶螨V-ATPase-D基因,并明确其在朱砂叶螨生长过程中不同时期内的基因表达活性,为进一步探索基因的作用机制同时也对以V-ATP酶为靶标的新型生物杀螨剂提供了研究基础。 展开更多
关键词 朱砂叶螨 V-ATP酶 克隆 荧光定量PCR
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钩藤UrTSA基因克隆及组织表达特异性分析 被引量：1
14
作者 章瑶 穆德添 +3 位作者 王丽娅 陆英 唐其 朱丽娜 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1079-1088,共10页
【目的】克隆钩藤碱的合成关键酶即色氨酸合成酶α链基因(UrTSA),并分析其组织表达特异性,为探究该基因的钩藤碱生物合成机制提供理论参考。【方法】从生物项目数据库(BioProject)筛选得到钩藤碱的生物合成相关酶基因UrTSA,以钩藤的根... 【目的】克隆钩藤碱的合成关键酶即色氨酸合成酶α链基因(UrTSA),并分析其组织表达特异性,为探究该基因的钩藤碱生物合成机制提供理论参考。【方法】从生物项目数据库(BioProject)筛选得到钩藤碱的生物合成相关酶基因UrTSA,以钩藤的根、叶、茎钩和蒴果的cDNA为模板,PCR克隆UrTSA基因的开放阅读框(ORF),并进行生物信息学分析,结合实时荧光定量PCR检测UrTSA基因在钩藤不同组织中的表达模式。【结果】UrTSA基因的ORF为963bp,编码320个氨基酸残基,相对分子量为33924.49Da,理论等电点(pI)为9.11,不稳定指数Ⅰ为33.50,脂溶指数为102.12,总平均亲水性指数为0.117,说明UrTSA蛋白为稳定、脂溶性好的疏水蛋白。UrTSA蛋白亚细胞定位于叶绿体,不含信号肽和跨膜区,为非分泌型蛋白;不具有潜在的糖基化位点,有30个潜在的磷酸化位点,包括16个丝氨酸(Ser)、13个苏氨酸(Thr)和1个酪氨酸(Tyr);二级结构由α-螺旋(43.44%)、无规则卷曲(31.87%)、延伸链(15.94%)和β-折叠(8.75%)组成。UrTSA蛋白与其他11个植物物种的TSA蛋白具有较高的氨基酸序列相似性(69.78%~92.77%),其中与阿拉比卡咖啡(Coffeearabica)和欧基尼奥伊德斯种咖啡(Coffeaeugenioides)TSA蛋白的亲缘关系较近。UrTSA基因在钩藤的根、叶、茎钩和蒴果中均有表达,其中在蒴果、根和叶中相对表达量均极显著高于茎钩中的相对表达量(P<0.01),分别是茎钩的2.17、1.58和1.20倍。【结论】UrTSA基因具有组织表达特异性,主要在蒴果钩藤碱合成中发挥调控作用,为后续研究钩藤碱在钩藤中不同部位的累积及其生物合成途径提供思路和线索。 展开更多
关键词 钩藤 UrTSA基因 基因克隆 生物信息学分析 实时荧光定量PCR
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蓝星睡莲花青素合成酶基因(NcANS)及启动子克隆与分析 被引量：1
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作者 陈凯利 班文卓 +4 位作者 杜灵娟 李淑娟 周兴华 罗统钦 刘亚平 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第6期1815-1822,共8页
花青素赋予植物丰富的颜色。花青素合成酶是花青素合成途径末端的一个重要催化酶。为了研究蓝星睡莲花色形成过程中的关键酶基因NcANS的序列特征、表达规律和启动子结合元件,本研究分别以蓝星睡莲叶片和花瓣为材料,采用PCR和RT-PCR方法... 花青素赋予植物丰富的颜色。花青素合成酶是花青素合成途径末端的一个重要催化酶。为了研究蓝星睡莲花色形成过程中的关键酶基因NcANS的序列特征、表达规律和启动子结合元件,本研究分别以蓝星睡莲叶片和花瓣为材料,采用PCR和RT-PCR方法分别克隆了NcANS的基因序列和编码区序列,基因序列长度为1 277 bp,两个外显子中间有一个200 bp内含子;编码区序列含完整的开放读码框(ORF),为1 077 bp,编码358个氨基酸,含有DIOX-N和2-酮戊二酸-Fe2+-双加氧酶保守域,后者含有2-酮戊二酸和Fe2+的活性位点。氨基酸序列比对和系统发育分析表明,NcANS与基部被子植物无油樟ANS一致性最高,与同属侏儒卢旺达睡莲亲缘关系最近,与单子叶植物进化关系最远。荧光定量PCR结果表明NcANS的表达量在蓝星睡莲花药中最高,其次是在花瓣S3时期,在花瓣的五个发育时期呈先升高后急剧降低的趋势,在S3时期达到峰值。直接PCR技术分离得到的NcANS启动子序列长度为1 382 bp,其含有MYB、MYC等转录因子结合位点、参与响应厌氧、低温、光、茉莉酸甲酯、生长素、发育或代谢等信号的顺式作用元件。本研究结果为进一步研究NcANS基因功能和蓝星睡莲花色形成分子机理提供理论基础。 展开更多
关键词 睡莲 花色 基因克隆 顺式作用元件 荧光定量PCR
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东方黏虫溶菌酶基因MseLYS的克隆与表达分析
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作者 张元臣 苏圣盈 +2 位作者 张家祺 薛爽 王景顺 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2024年第4期206-214,共9页
克隆东方黏虫C型溶菌酶基因MseLYS,构建MseLYS基因的原核表达载体,检测该基因在东方黏虫不同龄期和组织的表达情况,旨在为探究MseLYS基因的功能和结构提供理论参考,也为进一步研究该基因的抗菌功能和生理机制奠定基础。以东方黏虫为研... 克隆东方黏虫C型溶菌酶基因MseLYS,构建MseLYS基因的原核表达载体,检测该基因在东方黏虫不同龄期和组织的表达情况,旨在为探究MseLYS基因的功能和结构提供理论参考,也为进一步研究该基因的抗菌功能和生理机制奠定基础。以东方黏虫为研究对象,通过反转录PCR(RT-PCR)和末端快速扩增技术(RACE),获得了溶菌酶基因MseLYS的全长核苷酸序列,之后将去掉信号肽的开放阅读框架(ORF)序列连接到表达载体pET-30a(+)上,并用IPTG进行了诱导表达,最后用荧光定量PCR明确了该基因的时空表达模式。序列分析表明,此基因全长729 bp,ORF全长426 bp,5′和3′非编码区分别为75,228 bp,共编码141个氨基酸残基,其蛋白质的等电点和分子质量分别为7.72,16.13 ku。系统进化树分析结果表明,MseLYS与其他物种的C型溶菌酶聚集在一起,且与其他昆虫的氨基酸序列具有高度一致性,表明MseLYS为C型溶菌酶。SDS-PAGE电泳结果表明,MseLYS在表达菌BL21(DE3)内表达的蛋白质分子质量与预期大小一致,约20 ku,说明MseLYS在大肠杆菌中能够高效表达。龄期表达谱分析表明,MseLYS基因在东方黏虫幼虫、雄虫和雌虫不同发育阶段表达量显著不同,在末龄幼虫、蛹中表达量较高,其他发育时期表达水平较低。组织表达分析结果表明,MseLYS基因在雄虫不同组织表达量存在着显著差异,其中脂肪体和胸内表达量较高;在雌虫不同组织表达量也存在显著差异,其中触角、翅和体壁中表达量较高。综上,成功克隆了东方黏虫C型溶菌酶MseLYS基因的全长序列,构建了该基因的原核表达载体并能够高效表达蛋白质,明确了该基因在不同组织和不同龄期的表达模式。 展开更多
关键词 东方黏虫 溶菌酶 基因克隆 原核表达 定量PCR
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反应器形式及污泥形态对厌氧氨氧化菌群落结构的影响 被引量：6
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作者 徐亚慧 刘苗苗 +3 位作者 张树军 张震南 李娟 刘新春 《中国科学院大学学报（中英文）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期67-73,84,共8页
通过构建克隆文库,对反应器类型和污泥形态对厌氧氨氧化(anammox)细菌的群落结构的影响进行探索.研究发现,反应器类型对anammox细菌群落结构影响不大,但其种泥来源对功能细菌的群落结构有一定影响.污泥形态对anammox细菌群落结构有着重... 通过构建克隆文库,对反应器类型和污泥形态对厌氧氨氧化(anammox)细菌的群落结构的影响进行探索.研究发现,反应器类型对anammox细菌群落结构影响不大,但其种泥来源对功能细菌的群落结构有一定影响.污泥形态对anammox细菌群落结构有着重要影响,絮体污泥中的anammox细菌以Candidatus Kuenenia为主;聚集态污泥中的anammox细菌则以Candidatus Brocadia为优势菌;在同时存在絮体污泥和生物膜的复合式反应器中,不同污泥形态中anammox细菌在接触时会发生迁移,但其优势菌种不发生变化. 展开更多
关键词 厌氧氨氧化细菌 颗粒污泥 絮体污泥 生物膜污泥 pcr-clone
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秀珍菇3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因的克隆及表达分析
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作者 周小华 林佳瑶 陆娜 《中国食用菌》 2024年第1期61-66,共6页
为获得秀珍菇3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)全长基因,并分析该基因在秀珍菇正常状态及热胁迫处理下的表达差异,对秀珍菇进行RNA测序(RNA-seq),经生物信息学分析筛选获得HMGR全长基因(命名为Pphg1),并利用荧光定量PCR(qRT-PCR)... 为获得秀珍菇3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)全长基因,并分析该基因在秀珍菇正常状态及热胁迫处理下的表达差异,对秀珍菇进行RNA测序(RNA-seq),经生物信息学分析筛选获得HMGR全长基因(命名为Pphg1),并利用荧光定量PCR(qRT-PCR)的方法,分析该基因在秀珍菇不同温度处理下的表达情况。结果表明,获得的Pphg1全长由4059个核苷酸组成,编码1352个氨基酸,其蛋白分子质量约144.04 kDa。经qRT-PCR检测,该基因在秀珍菇受热胁迫后表达量升高。本研究中首次克隆并获得秀珍菇HMGR基因全长cDNA,推测其与秀珍菇热胁迫应答相关,为阐明秀珍菇体内次生代谢产物合成的分子机制及其分子育种提供科学依据。 展开更多
关键词 秀珍菇 克隆 RT-PCR 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因
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百合bHLH家族系统进化和花香相关基因克隆及表达分析 被引量：1
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作者 武琼 刘佳鑫 +4 位作者 赵瑛杰 梁蕤 韩美玲 李超 杜方 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期813-823,共11页
bHLH转录因子家族是植物中最大的转录因子家族之一。当前越来越多的植物bHLH转录因子家族被鉴定,然而百合bHLH转录因子家族的系统分析尚未见报道。本研究基于百合转录组数据,共鉴定出74个bHLH家族蛋白,均为亲水性蛋白,93%为不稳定蛋白,... bHLH转录因子家族是植物中最大的转录因子家族之一。当前越来越多的植物bHLH转录因子家族被鉴定,然而百合bHLH转录因子家族的系统分析尚未见报道。本研究基于百合转录组数据,共鉴定出74个bHLH家族蛋白,均为亲水性蛋白,93%为不稳定蛋白,61%为酸性蛋白。结构域分析发现有25个保守残基的一致性≥50%,其中R16、R17、L27、L49和L59位点高度保守。此外,64个b HLH蛋白能与DNA结合,包含58个E-box结合物和46个G-box结合物。系统进化分析将百合bHLHs分为21个亚家族,基于进化树发现百合bHLHs可能执行信号转导、非生物胁迫、植物生长发育和物质合成等功能。对3个可能与罗勒烯和芳樟醇相关的基因Unigene23213_All、CL1682.Contig2_All和CL8286.Contig2_All进行了克隆,发现它们在品种间存在97.30%~99.89%的同源性。表达模式分析结果显示,三者在花、叶和鳞中均有表达。该研究为开展百合bHLH转录因子的功能研究提供了重要的序列信息。 展开更多
关键词 百合 bHLH家族 鉴定 基因克隆 半定量RT-PCR
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华中樱磷酸甲羟戊酸激酶基因PcoPMK克隆与表达分析
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作者 舒东膂 李建挥 +4 位作者 禹霖 柏文富 杨扬 胡景堃 严佳文 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期117-125,共9页
【目的】克隆华中樱磷酸甲羟戊酸激酶基因PcoPMK的cDNA序列,分析该基因在华中樱‘YS01’不同发育阶段花瓣中的表达情况及其编码蛋白质的结构特征和理化性质,为进一步研究PcoPMK基因在华中樱萜烯类物质合成途径中的功能提供参考。【方法... 【目的】克隆华中樱磷酸甲羟戊酸激酶基因PcoPMK的cDNA序列,分析该基因在华中樱‘YS01’不同发育阶段花瓣中的表达情况及其编码蛋白质的结构特征和理化性质,为进一步研究PcoPMK基因在华中樱萜烯类物质合成途径中的功能提供参考。【方法】参照近缘物种的PMK同源基因cDNA保守序列设计特异性引物,应用RT-PCR技术扩增PcoPMK基因的cDNA序列,并进行克隆测序,同时应用定量RT-PCR技术分析该基因在‘YS01’不同发育阶段花瓣中的表达情况。应用ORF Finder在线工具预测基因的开放阅读框及编码的蛋白质序列;分别应用ExPASy、SOPMA、Swiss model和CDD在线工具分析蛋白质的理化性质、二级、三级结构和功能结构域;分别应用DeepTMHMM、SINALP 4.0 Server和PredictProtein在线程序预测蛋白质的跨膜结构、信号肽和亚细胞定位;应用MEGA7.0软件构建基因的系统进化树。【结果】华中樱PcoPMK基因开放阅读框序列大小为1530 bp,编码509个氨基酸,GenBank登录号为OR373074。编码蛋白质的相对分子量为55.199 kD,理论等电点为5.68,属于亲水性的稳定蛋白,定位于细胞质。PcoPMK蛋白与扁桃、烟草和拟南芥等代表性物种PMK同源蛋白的序列相似度较高,含有3个典型且保守的蛋白结构功能域和1个ATP结合位点,无跨膜螺旋和信号肽,属于非分泌蛋白。PcoPMK基因在华中樱‘YS01’盛开期花瓣中的相对表达量显著高于花蕾期和半开期(P<0.05),与同时期花瓣中萜烯类香气物质的含量变化规律一致。【结论】本研究成功克隆了华中樱PcoPMK基因,初步推测其可能在花瓣萜烯类物质合成途径中发挥重要作用,为进一步研究该基因的生物学功能提供了参考。 展开更多
关键词 华中樱 磷酸甲羟戊酸激酶基因 RT-PCR 基因克隆
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