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DHAV-3弱毒活疫苗株(HB80株)与野毒株鉴别检测的RT-PCR-RFLP方法的建立
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作者 傅秋玲 万春和 +13 位作者 焦文龙 韩相敏 程龙飞 陈珍 赖志 陈红梅 梁齐章 江南松 刘荣昌 施少华 陈翠腾 苏敬良 黄瑜 傅光华 《中国预防兽医学报》 北大核心 2025年第7期691-696,共6页
为建立一种能快速、简便、准确鉴别检测我国鸭3型甲肝病毒(DHAV-3)野毒株与弱毒活疫苗HB80株的方法,本研究根据DHAV-3野毒株及HB80株的2A基因序列差异片段设计并合成一对特异性引物,经反应条件的优化,初步建立了鉴别检测我国DHAV-3野毒... 为建立一种能快速、简便、准确鉴别检测我国鸭3型甲肝病毒(DHAV-3)野毒株与弱毒活疫苗HB80株的方法,本研究根据DHAV-3野毒株及HB80株的2A基因序列差异片段设计并合成一对特异性引物,经反应条件的优化,初步建立了鉴别检测我国DHAV-3野毒株与HB80株的反转录聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(RTPCR-RFLP)方法。利用该方法检测DHAV-3野毒株和疫苗株,以及DHAV-1、鸭3型星状病毒、H9亚型禽流感病毒、禽坦布苏病毒、鸭瘟病毒、鸭3型腺病毒、鸭呼肠孤病毒和番鸭细小病毒,结果显示该方法仅能特异性扩增DHAV-3(包括野毒株和疫苗株)的682 bp片段,且仅DHAV-3野毒株的RT-PCR产物(682 bp片段)能够被Apa I酶切为444 bp和238 bp两个片段。将DHAV-3的RNA 10倍倍比稀释(1.7×10^(6)拷贝/μL~1.7×10^(1)拷贝/μL)后作为模板,利用该方法检测,结果显示该方法能够检出DHAV-3 RNA的最低浓度为170拷贝/μL。重复性结果显示,该方法对3个不同浓度DHAV-3野毒株和HB80株RNA的检测结果均一致。利用该方法和常规RT-PCR方法同时对疑似临床鸭肝炎组织、实验感染DHAV-3野毒株(HB株)和免疫DHAV-3活疫苗株鸭组织等10^(1)份样品检测,结果显示两者检测结果的符合率为100%。本研究首次建立了能特异性鉴别检测DHAV-3野毒株与我国弱毒活疫苗株的RT-PCR-RFLP方法,为我国鸭DHAV-3感染的防控提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸭3型甲肝病毒 野毒株 弱毒疫苗株 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法 鉴别
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基于Cytb基因的牦牛肉种来源鉴定与应用
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作者 何建文 党鹏举 +1 位作者 金丽娜 韩建林 《现代畜牧科技》 2025年第3期71-74,共4页
为建立牦牛、黄牛和水牛肉在基因水平快速、准确的鉴定方法,用于牦牛肉及制品的肉种来源鉴别研究。以牦牛、黄牛、水牛肉为研究对象,选用Cytb基因的一段保守区域对牦牛、黄牛和水牛序列进行限制性内切酶位点检测分析,发现3个特异性酶切... 为建立牦牛、黄牛和水牛肉在基因水平快速、准确的鉴定方法,用于牦牛肉及制品的肉种来源鉴别研究。以牦牛、黄牛、水牛肉为研究对象,选用Cytb基因的一段保守区域对牦牛、黄牛和水牛序列进行限制性内切酶位点检测分析,发现3个特异性酶切位点可用于牦牛肉及制品的肉种来源的鉴别。运用该方法对不同品牌的牦牛肉产品进行检测,再通过测序验证酶切结果的正确性及其黄牛肉、水牛肉假冒牦牛肉制品的参杂程度。结果显示,3个特异性酶切位点可用于混合牛肉产品的鉴别,牦牛肉制品的掺假现象较为严重。 展开更多
关键词 牦牛 PCR-RFLP CYTB基因 物种鉴定
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马尾松叶际细菌多样性及其杀松材线虫活性 被引量:1
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作者 詹梦琳 何娇萍 +3 位作者 曾丽琼 何学友 林可竟 蔡学清 《生物安全学报(中英文)》 北大核心 2025年第1期86-95,共10页
【目的】分析马尾松叶际细菌种群多样性,挖掘其菌株资源;获得具有杀松材线虫活性的菌株,明确其分类地位,为松材线虫病的生物防治提供菌株资源。【方法】通过平板分离培养法从福建宁德古田、霞浦及三明尤溪的马尾松植株上分离叶际细菌,... 【目的】分析马尾松叶际细菌种群多样性,挖掘其菌株资源;获得具有杀松材线虫活性的菌株,明确其分类地位,为松材线虫病的生物防治提供菌株资源。【方法】通过平板分离培养法从福建宁德古田、霞浦及三明尤溪的马尾松植株上分离叶际细菌,通过菌落形态特征、16S rDNA PCR-RFLP对供试菌株进行分类;采用离心管培养法测定叶际细菌的杀松材线虫活性,通过生理生化特性测定、16S rDNA基因和gyrB基因序列分析明确拮抗菌株的分类地位。【结果】从福建宁德古田、霞浦及三明尤溪的马尾松植株上分离纯化获得141株马尾松叶际细菌,根据菌落形态特征将其分为9类,扩增获得的16S rDNA经HaeⅢ和MspⅠ酶切后分别有9和11种图谱类型,将2种酶切图谱组合后,在100%相似水平下,供试菌株共有19种图谱类型。以NB培养基或无菌水为对照,松材线虫的48 h校正死亡率为指标,经测定具有不同程度杀线虫效果的菌株有120株,占细菌总数的85.11%;以NB培养基为对照,松材线虫校正死亡率大于50%的菌株有11株,占筛选总数的7.80%,其中杀松材线虫效果最好的菌株为GT10,其48 h杀线虫率为92.56%;该菌株为革兰氏阳性菌,菌体杆状、周生鞭毛,可利用甘露醇和柠檬酸盐,硝酸还原反应和V-P试验呈阳性,系统发育树分析结果显示,菌株的16S rDNA基因和gyrB基因的序列均与蜡样芽胞杆菌模式菌株ATCC14579聚为一支,将菌株GT10鉴定为蜡样芽胞杆菌。【结论】马尾松叶际细菌具有丰富的多样性,其中蜡样芽胞杆菌菌株GT10具有较高的杀松材线虫活性,具有防治松材线虫病的潜力。 展开更多
关键词 马尾松 叶际细菌 PCR-RFLP 松材线虫 蜡样芽胞杆菌
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非洲猪瘟病毒基因Ⅰ型和Ⅱ型PCR-RFLP鉴别方法的建立
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作者 孙仁杰 徐慧玲 +6 位作者 孙思琪 柴娟 虞一聪 谢荣辉 李肖梁 赵灵燕 张传亮 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第5期1017-1028,共12页
本研究旨在建立一种非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)基因Ⅰ型和Ⅱ型的PCR-RFLP鉴别方法。通过对ASFV基因Ⅰ型与基因Ⅱ型基因组序列的比对分析,针对B385R基因和B125R基因保守区设计1对特异性PCR-RFLP引物,与其他临床上常... 本研究旨在建立一种非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)基因Ⅰ型和Ⅱ型的PCR-RFLP鉴别方法。通过对ASFV基因Ⅰ型与基因Ⅱ型基因组序列的比对分析,针对B385R基因和B125R基因保守区设计1对特异性PCR-RFLP引物,与其他临床上常见的9种猪病病毒均无交叉反应。通过该引物扩增获得覆盖B646L基因全长的DNA片段作为检测靶标,结合BmgBⅠ酶切进行RFLP图谱分析,即可实现对B646L基因全序列的快速检测,有效区分ASFV基因Ⅰ型和Ⅱ型,最低检测DNA质量浓度可达到5 pg·mL^(-1)。模拟临床样本的研究结果表明,本方法还能够有效应对实际检测中基因Ⅰ型和Ⅱ型的混合感染。综上,本方法操作简便、准确性高、特异性强、灵敏度高、成本较低,具有良好的应用前景,为基层兽医技术人员开展非洲猪瘟疫情的监测和流行病学研究提供了一种新方法。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性 基因Ⅰ型 基因Ⅱ型
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一种鉴别山豆根的PCR-RFLP方法研究
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作者 肖阳央 林锦锋 +3 位作者 张金聚 黄国凯 陆佳 刘潇潇 《中国药事》 2025年第9期1027-1037,共11页
目的:建立鉴别山豆根的聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法,有效区分山豆根和混伪品苦参。方法:通过对山豆根和混伪品苦参的DNA条形码进行对比分析,寻找山豆根的关键差异性位点并建立相应的PCR-RFLP方法。此外,优化... 目的:建立鉴别山豆根的聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法,有效区分山豆根和混伪品苦参。方法:通过对山豆根和混伪品苦参的DNA条形码进行对比分析,寻找山豆根的关键差异性位点并建立相应的PCR-RFLP方法。此外,优化PCR-RFLP反应体系和程序,进行退火温度、反应循环数、仪器品牌、样品DNA模板量、酶切反应体系的方法学考察。结果:山豆根和混伪品苦参的ITS2序列具有明显差异,山豆根序列有1个关键差异性位点可被限制性内切酶BamHI识别和酶切。经PCR-RFLP反应后,山豆根在200~300 bp附近有2条条带,混伪品苦参无条带。其中,最适退火温度为58℃,最适循环次数为35次。结论:建立了有效区分山豆根和混伪品苦参的PCR-RFLP方法。 展开更多
关键词 山豆根 苦参 ITS2 BamHI 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析
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PROS1基因多态性与包头地区汉族人群复发性流产的关联性
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作者 赵萍萍 吴涤 +1 位作者 李得春 王艳国 《安徽医科大学学报》 北大核心 2025年第2期240-246,共7页
目的探究PROS1基因单核苷酸多态性(SNP)与包头地区汉族人群复发性流产(RSA)发生风险之间的相关性。方法选取RSA患者及对照人群各158例作为研究对象,测定蛋白S、蛋白C、抗凝血酶-Ⅲ活性;使用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RF... 目的探究PROS1基因单核苷酸多态性(SNP)与包头地区汉族人群复发性流产(RSA)发生风险之间的相关性。方法选取RSA患者及对照人群各158例作为研究对象,测定蛋白S、蛋白C、抗凝血酶-Ⅲ活性;使用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对PROS1基因rs13062355、rs6441600和rs12634349位点进行基因分型。采用非条件性Logistic回归分析PROS1基因三种SNP与RSA发生风险的相关性。结果RSA患者的蛋白S、抗凝血酶-Ⅲ活性下降(P<0.05);PROS1 SNP rs13062355在显性模型下与RSA发病风险相关:与携带TT基因型患者比较,携带CT+CC基因型的患者RSA发病风险下降(OR=0.398,95%CI:0.249~0.638)。SNP rs6441600、rs12634349与RSA的发病风险无关联。在PROS1 rs13062355、rs6441600、rs12634349构建的单体型中,单体型C-C-C在两组间差异有统计学意义(P<0.05);三阶交互模型rs13062355-rs6441600-rs12634349与RSA发病风险相关。结论PROS1 SNP rs13062355可能与包头地区汉族女性RSA患病风险相关;PROS1 rs13062355、rs6441600、rs12634349的单体型C-C-C降低了RSA发病风险;三阶模型rs13062355-rs6441600-rs12634349的交互作用在RSA的发生中具有协同效应。 展开更多
关键词 蛋白S PROS1 单核苷酸多态性 复发性流产 PCR-RFLP 关联研究
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基于PCR-RFLP方法对酸枣仁和理枣仁真伪鉴别研究
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作者 赖晶 马莉雅 +6 位作者 靳婉君 蔺瑞丽 史小亚 马潇 宋平顺 张明童 何小英 《药物分析杂志》 北大核心 2025年第11期1955-1965,共11页
目的:建立聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,以实现酸枣仁及其常见伪品理枣仁的快速鉴别。方法:对酸枣仁和理枣仁的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行限制性酶切位点分析,筛选出酸枣仁限制性酶切位点PaeR7I(C^TCGA... 目的:建立聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,以实现酸枣仁及其常见伪品理枣仁的快速鉴别。方法:对酸枣仁和理枣仁的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行限制性酶切位点分析,筛选出酸枣仁限制性酶切位点PaeR7I(C^TCGAG),以及理枣仁限制性酶切位点Hpy188I(TCN^GA),设计PCR-RFLP引物,并优化PCR-RFLP反应的关键参数,包括退火温度、循环数、底物量及酶切时间。结果:建立了酸枣仁、理枣仁的PCR-RFLP鉴别方法,在最佳反应条件下[退火温度为58~60℃、30个循环、鉴别引物(10μmol·L^(-1))各0.5μL],经PaeR7I酶酶切后,酸枣仁产生2条特异性DNA条带,理枣仁则无此条带;经Hpy188I酶酶切后,理枣仁产生2条特异性DNA条带,酸枣仁则无此条带。该方法具有良好的专属性,灵敏度高,可检测出掺有5%的理枣仁。结论:建立的PCR-RFLP法稳定性好,准确度高,可有效鉴别酸枣仁及其掺伪品理枣仁,为解决酸枣仁的质量控制问题提供了可靠的技术手段。 展开更多
关键词 酸枣仁 理枣仁 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性 鉴别
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中药材地骨皮PCR-RFLP鉴别方法研究
8
作者 王庆 董文静 +3 位作者 张美 齐喜红 张宇欣 胡寒雪 《中国药事》 2025年第3期317-326,共10页
目的:建立中药材地骨皮聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)鉴别方法,有效区分地骨皮正伪品,保障其用药安全。方法:运用SnapGene软件对地骨皮正品来源中国枸杞(Lycium chinense)和宁夏枸杞(Lycium barbarum),伪品来源鹅绒藤(... 目的:建立中药材地骨皮聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)鉴别方法,有效区分地骨皮正伪品,保障其用药安全。方法:运用SnapGene软件对地骨皮正品来源中国枸杞(Lycium chinense)和宁夏枸杞(Lycium barbarum),伪品来源鹅绒藤(Cynanchum chinense)、黑果枸杞(Lycium ruthenicum)、香加皮(Periploca sepium)的ITS序列进行比对分析,筛选出差异限制性内切酶位点Eag I,利用Eag I对ITS序列PCR扩增产物进行酶切鉴别。主要对药材DNA提取方法,PCR扩增的退火温度、循环数及不同酶的扩增效果,酶切反应时间和酶切底物量进行优化,建立地骨皮PCR-RFLP鉴别方法,并对该方法的稳定性、准确性进行考察。结果:药材DNA适宜提取方法为试剂盒法,PCR扩增适宜退火温度为67℃、适宜循环数为35。Eag I酶切反应适宜底物量为25μL、温度为37℃、反应30min,地骨皮正品PCR扩增产物可被酶切产生酶切条带,而地骨皮伪品PCR扩增产物不能被酶切。结论:研究建立了地骨皮正伪品的PCR-RFLP鉴别方法,可为地骨皮市场流通鉴别提供技术支撑。 展开更多
关键词 地骨皮 正品药材 伪品 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性 鉴别方法
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基于DNA条形码和PCR-RFLP技术的进口紫草ITS2序列特征研究 被引量:2
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作者 刘杰 戴胜云 +6 位作者 谷海媛 乔菲 连超杰 过立农 郑健 马双成 米加 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期750-755,共6页
目的:基于DNA条形码和PCR-RFLP技术研究进口紫草ITS2序列的特征,为市场紫草药材和饮片的质量控制与真伪鉴别提供参考依据。方法:选用ITS2区域作为对进口紫草和紫草对照药材进行比较、鉴定的DNA条形码序列,并基于DNA条形码和PCR-RFLP技... 目的:基于DNA条形码和PCR-RFLP技术研究进口紫草ITS2序列的特征,为市场紫草药材和饮片的质量控制与真伪鉴别提供参考依据。方法:选用ITS2区域作为对进口紫草和紫草对照药材进行比较、鉴定的DNA条形码序列,并基于DNA条形码和PCR-RFLP技术比较不同来源进口紫草的ITS2序列与紫草对照药材的异同。结果:39份进口紫草样品经限制性内切酶AluI酶切后,其产物的琼脂糖凝胶电泳检测结果显示,仅DH3在500 bp左右有条带,而在100~300 bp无条带,其余样品均在100~300 bp有2条或3条明显条带;进口紫草样品与紫草对照药材的ITS2序列进行比对,其中样品DH3与紫草对照药材的碱基差异最多,有15个碱基差异,样品F2与紫草对照药材的ITS2序列一致,其他进口紫草样品与紫草对照药材的碱基差异为1~9个碱基;从聚类结果中可以看出进口紫草样品DH3与其他进口紫草样品和紫草对照药材均明显区分,独自为一枝,而与紫草对照药材共同聚为一枝且支持率≥50%的样品共有14个。结论:选用ITS2区域,基于DNA条形码和PCR-RFLP技术,比较了进口紫草与紫草对照药材ITS2序列的异同,为紫草药材及饮片的有效鉴定提供参考依据,为紫草药材的市场监管提供有力保障。 展开更多
关键词 进口紫草 内部转录间隔区2(ITS2) DNA条形码 限制性内切酶 限制性片段长度多态性聚合酶链反应
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香加皮与五加皮、地骨皮的PCR-RFLP鉴别 被引量:3
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作者 刁晓微 刘亚男 +3 位作者 金艳 蒋超 赵玉洋 袁媛 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期42-47,共6页
目的:建立聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法快速鉴别香加皮与其混淆品五加皮、地骨皮,避免因基原混乱影响用药安全。方法:从CGIR数据库获取的香加皮DSS标记序列,对香加皮DSS序列进行酶切位点分析,筛选香加皮与五加皮、... 目的:建立聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法快速鉴别香加皮与其混淆品五加皮、地骨皮,避免因基原混乱影响用药安全。方法:从CGIR数据库获取的香加皮DSS标记序列,对香加皮DSS序列进行酶切位点分析,筛选香加皮与五加皮、地骨皮间差异位点,选择香加皮的特异性酶切位点Cla I,设计PCR-RFLP反应引物,对影响PCR-RFLP反应的退火温度、循环数、Taq酶、不同型号PCR仪、酶切时间等条件进行考察。利用建立的PCR-RFLP鉴别方法对不同产地香加皮与五加皮、地骨皮进行适用性考察。结果:在退火温度59℃、循环数为40个时,香加皮与五加皮、地骨皮样品经过特异性引物进行PCR扩增后,可出现清晰明亮的片段,酶切时间30 min,香加皮药材及其基原物种均可产生约140 bp和290 bp的目的片段,而2种混淆品五加皮和地骨皮药材及其基原物种只在250~500 bp有一条约430 bp的目的片段。该方法能对香加皮及其混淆品五加皮、地骨皮进行准确鉴别。结论:建立了香加皮与五加皮、地骨皮的PCR-RFLP鉴别方法,稳定性好、灵敏度高、适用性好,为香加皮与五加皮、地骨皮的质量控制提供参考。 展开更多
关键词 香加皮 五加皮 地骨皮 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性 分子鉴定
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基于聚合酶链式反应⁃限制性内切酶长度多态性方法鉴别鹿角(马鹿)药材及其配方颗粒 被引量:4
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作者 周海琴 海丰 +4 位作者 胡剑虹 李松 陈盛君 张开雪 程梦娟 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1517-1525,共9页
鹿角为鹿科马鹿Cervus elaphus或梅花鹿C.nippon已骨化的角或锯茸后翌年春季脱落的角基。目前市场上鹿角基原混杂,为快速准确地鉴别鹿角多基原及混伪品,研究通过比较马鹿、梅花鹿及其混伪品线粒体条形码Cytb基因序列差异,筛选获得鹿角... 鹿角为鹿科马鹿Cervus elaphus或梅花鹿C.nippon已骨化的角或锯茸后翌年春季脱落的角基。目前市场上鹿角基原混杂,为快速准确地鉴别鹿角多基原及混伪品,研究通过比较马鹿、梅花鹿及其混伪品线粒体条形码Cytb基因序列差异,筛选获得鹿角的特异性单核苷酸多态性(SNP)位点,设计鹿角特异性鉴别引物dishmy⁃F及dishmy⁃R,分别采集鹿角及其混伪品,建立鹿角配方颗粒特异性PCR鉴别方法并优化PCR反应体系,对影响该方法重复性的Taq酶种类、PCR仪型号进行耐受性和适用性考察,再使用限制性内切酶MseⅠ对梅花鹿与马鹿的扩增产物进行酶切。结果显示,当退火温度为56℃,循环次数为35时,鹿角药材、标准汤剂及其配方颗粒经PCR反应及凝胶电泳后,马鹿可在近100 bp处观察到单一明亮的特异性鉴别条带,且马鹿的条带较梅花鹿短约60 bp,而其他混伪品如驼鹿、驯鹿、白尾鹿、黑尾鹿、狍子、白唇鹿等及阴性对照均无条带。该研究建立的PCR⁃RFLP方法可快速准确的鉴别出鹿角药材、标准汤剂和配方颗粒中的马鹿成分,并可区分梅花鹿和其他混伪品,同时为其他中药配方颗粒质量标准研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 鹿角 聚合酶链式反应⁃限制性内切酶长度多态性方法(PCR⁃RFLP) 分子鉴别
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结肠小袋纤毛虫PCR-RFLP分型方法的建立 被引量:1
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作者 徐啊慧 冯彩彩 +6 位作者 丰山旺 赵立卓 齐闻新 张雯 胡苏辉 王天奇 闫文朝 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期829-833,840,共6页
目的建立高效、特异的结肠小袋纤毛虫遗传亚型分析方法。方法选择限制性内切酶ApoI和PflMI对结肠小袋纤毛虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2的PCR扩增产物进行酶切分析,建立PCR-RFLP分型方法,利用建立的PCR-RFLP方法对猪源、羊源和豚鼠源临床粪便... 目的建立高效、特异的结肠小袋纤毛虫遗传亚型分析方法。方法选择限制性内切酶ApoI和PflMI对结肠小袋纤毛虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2的PCR扩增产物进行酶切分析,建立PCR-RFLP分型方法,利用建立的PCR-RFLP方法对猪源、羊源和豚鼠源临床粪便样品进行遗传亚型分析。结果基于ApoI和PflMI的PCR-RFLP方法可以准确区分结肠小袋纤毛虫遗传变异型A和B,用PflMI可以进一步将遗传变异型B细分为B-c和B-t两个亚型。与镜检和测序结果比较,建立的PCR-RFLP方法具有良好的特异性和更高的灵敏性,不仅可以鉴定临床样品中结肠小袋纤毛虫单个亚型,而且可以鉴别单个样品中结肠小袋纤毛虫多个亚型的混合感染。结论本研究成功建立了结肠小袋纤毛虫PCR-RFLP方法,可用于结肠小袋纤毛虫遗传多态性鉴定和分子流行病学研究。 展开更多
关键词 结肠小袋纤毛虫 PCR-RFLP分析 豚鼠
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利用PCR-RFLP方法快速鉴别中国牛蒡属药用植物
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作者 黄彦昌 宋跃岳 +6 位作者 许亮 郑汉 董玉玮 张娜 胡传银 窦德强 康廷国 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2024年第12期80-83,I0021,共5页
目的随着近十几年来国内学者对牛蒡属药用植物研究的深入,中国牛蒡属植物鉴定需要一种快速、准确的分子鉴别手段。因此研究拟通过利用聚合酶链式反应-限制性酶切长度多态性(polymerase chain reaction restriction frag-ment length pol... 目的随着近十几年来国内学者对牛蒡属药用植物研究的深入,中国牛蒡属植物鉴定需要一种快速、准确的分子鉴别手段。因此研究拟通过利用聚合酶链式反应-限制性酶切长度多态性(polymerase chain reaction restriction frag-ment length polymorphism,PCR-RFLP)建立一种快速鉴定中国牛蒡属药用植物的方法。方法通过对两种中国牛蒡属药用植物牛蒡与毛头牛蒡常用鉴定DNA条形码进行限制性核酸内切酶图谱分析,找到牛蒡在内源转录间隔区1(internal transcribed spacer-1,ITS1)片段中有一个单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)位点,正好为BsaAⅠ酶(YAC/GTR)的酶切位点,根据该酶切位点,设计引物对目标片段进行扩增。另外建立PCR体系:95℃预变性5min,循环反应40次(90℃20s,60℃20s,72℃20s),72℃延伸5min,4℃保温。建立限制性内切酶BsaAⅠ酶切体系,制作琼脂糖凝胶电泳观察结果。结果电泳结果表明在经过BsaAⅠ酶切后牛蒡将会产生长度分别为101bp与125bp的短条带,而毛头牛蒡未被切开仍为226bp的长条带,成功将两种药用植物区分开。该方法简单、快速、准确,满足日常对中国牛蒡属植物的鉴定。结论该实验通过从牛蒡与毛头牛蒡的ITS1序列入手,利用PCR-RFLP技术首次完成了对两种植物的鉴别研究,建立了中国牛蒡属植物的PCR-RFLP鉴别方法。 展开更多
关键词 牛蒡 毛头牛蒡 鉴别 PCR-RFLP
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千里香杂合度PCR-RFLP快速评估方法的建立
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作者 王博铖 陈梓媛 +3 位作者 华中一 田慧 谢文波 袁媛 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期29-34,共6页
目的:建立一种快速评估千里香种质材料杂合度的方法,为制定千里香的优异种质繁育策略和促进种质创新提供依据。方法:以65株千里香重测序数据为基础,检测并筛选单核苷酸多态性(SNPs),利用其中20个SNP位点,通过自编脚本将其转化为限制性... 目的:建立一种快速评估千里香种质材料杂合度的方法,为制定千里香的优异种质繁育策略和促进种质创新提供依据。方法:以65株千里香重测序数据为基础,检测并筛选单核苷酸多态性(SNPs),利用其中20个SNP位点,通过自编脚本将其转化为限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)标记;采用聚合酶链式反应-限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP)法对12份千里香种质的20个RFLP标记进行检测,根据RFLP标记位点酶切片段数目计算千里香种质的杂合度;采用plink软件计算12份千里香种质的全基因组杂合度,并比较不同种质杂合度评估方法得到的结果。结果:PCR-RFLP法和基因组重测序法计算的杂合度间差异无统计学意义。利用PCR-RFLP法筛选获得了8份杂合度<30%的种质材料,利用基因组重测序法筛选获得9份杂合度<30%的种质材料,2种方法计算杂合度均<30%的种质材料共7份。结论:该文建立了千里香种质杂合度评估的PCR-RFLP法,其精确度为87.5%,准确率为77.8%,该法可为其他药用植物种质杂合度评估方法研究提供借鉴。 展开更多
关键词 千里香 聚合酶链式反应-限制性内切酶长度多态性(PCR-RFLP) 单核苷酸多态性(SNPs) 杂合度 全基因组重测序
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青海省2例锡兰钩虫的PCR-RFLP鉴定
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作者 王珍珍 吴玛莉 +4 位作者 朵红 彭必露 铁成 俄日姐 冯凯 《医学动物防制》 2024年第10期937-940,945,共5页
目的为了解青海省犬科动物流行的钩虫种类,为青藏高原地区钩虫的流行分布及种群进化研究提供依据。方法2014—2016年在青海省达日县和兴海县分别收集犬科动物粪便样本,洗脱获取粪便表面动物细胞,通过PCR扩增和测序对粪便标本溯源,以饱... 目的为了解青海省犬科动物流行的钩虫种类,为青藏高原地区钩虫的流行分布及种群进化研究提供依据。方法2014—2016年在青海省达日县和兴海县分别收集犬科动物粪便样本,洗脱获取粪便表面动物细胞,通过PCR扩增和测序对粪便标本溯源,以饱和蔗糖水漂浮法进行粪便虫卵检查,收集虫卵提取DNA,以聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性(PCR-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)法进行虫种鉴定。结果通过动物粪便溯源试验,获得动物线粒体D-loop区域长度为372bp的基因片段,运用基本局部比对搜索工具(basic local alignment search tool,BLAST)分析显示达日县和兴海县动物粪便标本来源分别为家犬和红狐;虫卵内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)的PCR扩增,获得长度约为544bp的特异性电泳条带,PCR产物经限制性内切酶RsaⅠ和HinfⅠ的酶切反应显示特异性的酶切、电泳条带,两个钩虫样本均被鉴定为锡兰钩虫。结论锡兰钩虫首次在青藏高原地区报道,并在野生红狐体内被发现,有一定的生物学意义。 展开更多
关键词 锡兰钩虫 鉴定 聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性 青海省 犬科动物
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一种基于线粒体COI PCR-RFLP单酶切快速鉴定4种巨蛎属牡蛎的方法
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作者 崔中望 于诗奇 +1 位作者 缪雄平 阙华勇 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期68-73,共6页
本文报道了一种基于线粒体细胞色素氧化酶亚基I(mt COI)基因序列PCR-RFLP单酶切的牡蛎物种鉴定方法。本方法可快速鉴定福建牡蛎(Crassostrea angulata)、熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)、香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)和近江牡蛎... 本文报道了一种基于线粒体细胞色素氧化酶亚基I(mt COI)基因序列PCR-RFLP单酶切的牡蛎物种鉴定方法。本方法可快速鉴定福建牡蛎(Crassostrea angulata)、熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)、香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)和近江牡蛎(Crassostrea ariakensis)等中国沿海常见的4种巨蛎属(Crassostrea)牡蛎。该方法以甲基转移酶(Msp I)作为限制性内切酶,对4种巨蛎属牡蛎的线粒体DNA COI扩增序列进行酶切,以得到的特异性条带为依据进行物种鉴定。本方法的鉴定结果与COI测序方法的鉴定结果一致,并且筛选出的单一的限制性内切酶Msp I在4种牡蛎的COI序列中不存在酶切位点的突变,准确率达到100%,能够为巨蛎属牡蛎的物种鉴别提供简便可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 巨蛎属(Crassostrea)牡蛎 线粒体COI PCR-RFLP
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Relationship between the rs2241766 ADIPOQ Polymorphism in a Black African Population and the Occurrence of Type 2 Diabetes
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作者 Aude Syntia Mbang Bengone Rosalie Nikiema-Ndong +6 位作者 Elisabeth Lendoye Alvine Sibylle Batou Edwige Nnegue Edzo Serge Bekale Daniela Nsame Frédéric Da Dari Félix Ovono Abessolo 《American Journal of Molecular Biology》 CAS 2024年第2期97-106,共10页
Background: Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is a metabolic disease, characterized by chronic hyperglycemia. This pathology is linked to various genes whose interaction with the environment promotes its development. Th... Background: Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is a metabolic disease, characterized by chronic hyperglycemia. This pathology is linked to various genes whose interaction with the environment promotes its development. The aim of this work was to determine the relationship between the rs2241766 (T/G) polymorphism of the ADIPOQ gene with type 2 diabetes in the black population. Material and Methods: This work was a case-control study, involving type 2 diabetics subjects (n = 94) and controls (n = 82). The study took place from September 2022 to September 2023. Patients were recruited in the Endocrinology Department of the Libreville University Hospital Center. Analysis was performed in the Biochemistry laboratory of the University of Health Sciences in Libreville and at the Research Institute of Health Sciences of Bobodioulasso. Genomic DNA was extracted using the protocol Qiagen kit and the PCR-RFLP method was used to determine the rs2241766 (T/G) polymorphism of the ADIPOQ gene. Results: Only 2 genotypes were found in this population, the TT genotype and the GT genotype. The proportions were not different between the two groups (p = 0.1095) neither the distribution of G and T alleles (p = 0.1095). On the other hand, the HDL hypocholesterolemia was frequent in subjects with the GT genotype compared to TT heterozygous (51.1% vs 48.9%, p = 0.0280;OR = 0.55 [0.30 - 1.01]). Conclusion: There was no association between the rs2241766 (T/G) variant of the ADIPOQ gene and the occurrence of type 2 diabetes in this population. On the other hand, a relationship between HDL hypocholesterolemia and the GT genotype has been established. 展开更多
关键词 Type 2 Diabetes Mellitus POLYMORPHISM rs2241766 ADIPOQ PCR-RFLP
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Characterization of Bulinus Snails in Sô-Ava and Azowlissè, Two Localities in Southern Benin, Using PCR-RFLP
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作者 Elokou Alabi Codjo Gaston Ouikoun +4 位作者 Halfane Lehmane Haziz Sina Michele Sezonlin Adolphe Adjanohoun Lamine Baba-Moussa 《Open Journal of Ecology》 2024年第12期938-949,共12页
Schistosomiasis is a public health concern in Benin. Freshwater snails of the genus Bulinus serve as intermediate hosts for schistosomes, trematode parasites responsible for bilharzia. The urinary form, caused by Schi... Schistosomiasis is a public health concern in Benin. Freshwater snails of the genus Bulinus serve as intermediate hosts for schistosomes, trematode parasites responsible for bilharzia. The urinary form, caused by Schistosoma haematobium, is the most widespread and is transmitted to humans by these mollusks, with Bulinus truncatus and Bulinus globosus being the most important species. Effective strategies to combat the transmission of these parasites require a prior understanding of the molecular characterization of Bulinus snails. For this purpose, 293 Bulinus snails were collected and morphologically identified from two localities in southern Benin, Sô-Ava and Azowlissè. The snails were preserved in absolute alcohol. To achieve the set objectives, DNA was extracted from the collected biological material, and SSU gene fragments were amplified. Using PCR-RFLP, the amplified fragments were digested with the restriction endonucleases HaeIII, HinfI, and DdeI to perform molecular characterization. In this study, 80 individuals of B. globosus and 10 of B. truncatus were subjected to molecular analysis. The PCR-RFLP profiles showed bands of different sizes for the Bulinus species when analyzed with the three endonucleases using the SSU molecular marker. PCR-RFLP analysis revealed that the snails belonged to the freshwater genus Bulinus, including Bulinus globosus and B. truncatus, based on reference profiles from studies conducted in Nigeria, which enabled precise identification of these gastropods. This study provided initial insights, although still incomplete, into the molecular diversity of these species. 展开更多
关键词 Bulinus globosus Truncatus Molecular Diversity PCR-RFLP BENIN
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9个猪种H-FABP基因5’-上游区和第二内含子的遗传变异 被引量:51
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作者 张桂香 曹红鹤 +2 位作者 王立贤 李宏滨 郑友民 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期340-343,共4页
以 8个中国地方猪种和引进品种大白猪共 40 9头猪为实验动物 ,利用PCR RFLP技术研究了H FABP基因的 5’ 上游区和第二内含子内的遗传变异。结果在 9个品种的 5’ 上游区中都验证了一个HinfⅠ RFLP ,变异的酶切位点在 132 2位 ,等位基因... 以 8个中国地方猪种和引进品种大白猪共 40 9头猪为实验动物 ,利用PCR RFLP技术研究了H FABP基因的 5’ 上游区和第二内含子内的遗传变异。结果在 9个品种的 5’ 上游区中都验证了一个HinfⅠ RFLP ,变异的酶切位点在 132 2位 ,等位基因H ,在皖南花猪 ,二花脸猪 ,金华猪 ,小梅山猪 ,滇南小耳猪 ,香猪 ,荣昌猪 ,北京黑猪和大白猪中的频率分别为 0 36 ,0 34 ,0 6 0 ,0 6 6 ,0 80 ,0 73,0 76 ,0 70和 0 90。大白猪和滇南小耳猪的HinfⅠ RFLP的基因型分布相似 ,二者分别与其它 7个猪种之间存在着极显著的差异 ;皖南花猪和二花脸猪相近 ,二者与另外 7个品种之间的差异也达到极显著水平。在第二内含子中 ,验证了一个HaeⅢ RFLP ,该多态性只出现在皖南花猪和大白猪中 ,等位基因D的频率分别为 0 99和 0 6 1。另外 ,发现一个新的多态HinfⅠ 酶切位点 ,测序结果表明 ,该多态位点的产生是由于 1970位碱基C突变为T造成的。该多态位点只在皖南花猪和大白猪中出现 ,等位基因B的频率在两品种中分别为 0 86和 0 5 8。在所有测定的猪种中 ,都没有发现MspⅠ RFLP。 展开更多
关键词 5′-上游区 遗传变异 H-FABP基因 PCR-RFLP 第二内含子
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猪雌激素受体(ESR)基因对产仔数性状的影响 被引量:106
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作者 陈克飞 黄路生 +3 位作者 李宁 张勤 罗明 吴常信 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2000年第10期853-857,共5页
猪产仔数是重要的经济性状,产仔数的提高将会大大地增加商品肉猪的产量,给现代养猪生产带来巨大的经济效益。ESR基因是影响猪产仔数的主效基因,而且与猪的生长发育性状及酮体性状之间不存在负的基因多效性影响。采用PCR-RF... 猪产仔数是重要的经济性状,产仔数的提高将会大大地增加商品肉猪的产量,给现代养猪生产带来巨大的经济效益。ESR基因是影响猪产仔数的主效基因,而且与猪的生长发育性状及酮体性状之间不存在负的基因多效性影响。采用PCR-RFLPs的方法,通过对5个不同品种的、特别是我国地方品种的262头母猪进行了基因多态性分析,研究表明ESR基因在这些种群对产仔数均有极显著影响,ESR位点BB基因型母猪平均比AA基因型母猪多1.40~3.37头总产仔数/胎,0.63~3.58头产活仔数/胎,这些发现对育种改良猪繁殖性能有重要意义。 展开更多
关键词 ESR基因 PCR-RFLPS 产仔数 激素受体基因
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