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Establishment and Optimization of Rye-specific PCR Reaction System 被引量:3
1
作者 任如意 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第2期201-204,共4页
[Objective] The aim was to establish the optimal rye-specific PCR reaction system for rye.[Method] The ordinary wheat "Chinese Spring",S165,rye,octoploid triticale and hexaploid triticale were used as materials to c... [Objective] The aim was to establish the optimal rye-specific PCR reaction system for rye.[Method] The ordinary wheat "Chinese Spring",S165,rye,octoploid triticale and hexaploid triticale were used as materials to carry out study on the effect of the amount of template DNA,primers,dNTPs,Mg2+ concentrations,Taq DNA polymerase and annealing temperature on the rye-specific PCR reaction system of rye.[Result] The genomic DNA extracted by modified CTAB DNA extraction method showed high quality,which was satisfied for the PCR reaction template.The rye-specific PCR reaction system was 25 μl,including 10 × buffer solution,1.5 mmol/L MgCl2,200 μmol/L dNTP,40 ng primers,40-60 ng DNA template and 1 U Taq DNA polymerase.[Conclusion] The optimal rye-specific PCR reaction system was established,which provided basis for the identification of exogenous germplasm of rye in wheat background. 展开更多
关键词 RYE pcr reaction system OPTIMIZATION
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金莲花ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选
2
作者 董梦涵 马蒙璐 +1 位作者 王瑞康 张芹 《北方园艺》 北大核心 2025年第17期10-18,共9页
以金莲花为试材,采用单因素水平筛选和正交实验方法,组合出最佳反应体系,系统分析了4个关键因素对体系的影响,包括DNA浓度、Mix酶用量、引物浓度、反应循环次数,并进行引物及其退火温度的确定,建立金莲花的ISSR-PCR反应体系,以期为金莲... 以金莲花为试材,采用单因素水平筛选和正交实验方法,组合出最佳反应体系,系统分析了4个关键因素对体系的影响,包括DNA浓度、Mix酶用量、引物浓度、反应循环次数,并进行引物及其退火温度的确定,建立金莲花的ISSR-PCR反应体系,以期为金莲花种质资源创新和遗传多样性分析提供参考依据。结果表明:四因素对反应体系的影响依次为PCR循环次数>DNA浓度>Mix酶用量>引物浓度。最佳反应体系为DNA浓度35 ng·μL^(-1),引物浓度9μmol·L^(-1),Mix酶用量9μL。反应程序为94℃预变性5 min,94℃变性30 s,退火时间45 s,72℃延伸45 s,33个循环,72℃终延伸7 min,4℃保存。建立了金莲花ISSR分子标记最佳反应体系并筛选出26条ISSR引物,可应用于后续的种质资源研究工作。 展开更多
关键词 金莲花 ISSR-pcr 引物筛选 反应体系
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金花菌ISSR-PCR反应体系的建立与优化
3
作者 吴凤 张莉娟 +5 位作者 李冬桂 秦玉燕 罗义灿 陈羽烨 李鸿 吕丽兰 《农业研究与应用》 2025年第1期9-18,共10页
【目的】金花菌是黑茶中的一类潜在益生真菌,能赋予茶叶独特的味道,并具备补充人体所需维生素和矿物质、生津止渴、分解油腻、降脂减肥等多种保健作用,是评价茯砖茶和六堡茶品质的重要指标之一。本研究分析了金花菌的遗传多样性及遗传结... 【目的】金花菌是黑茶中的一类潜在益生真菌,能赋予茶叶独特的味道,并具备补充人体所需维生素和矿物质、生津止渴、分解油腻、降脂减肥等多种保健作用,是评价茯砖茶和六堡茶品质的重要指标之一。本研究分析了金花菌的遗传多样性及遗传结构,建立并优化金花菌ISSR-PCR反应体系,旨在为进一步利用ISSR分子标记技术系统研究金花菌遗传多样性及其种内种间亲缘关系提供方法。【方法】以冠突曲霉(Aspergillus cristatum)的DNA作为模板,采用单因素实验对影响ISSR-PCR反应体系的模板DNA用量、引物用量、PCR Mix用量以及ISSR-PCR循环次数等4个因素进行优化,结果用4个金花菌种A.cristatum、谢瓦氏曲霉(Aspergillus chevalieri)、假灰绿曲霉(Aspergillus pseudoglaucus)、Aspergillus cibarius的菌株对反应体系进行稳定性验证。【结果】建立了金花菌ISSR-PCR最优反应体系,其组成包括50 ng/μL的模板DNA 0.3μL、10μmol/μL的引物0.8μL、2×SanTaq PCR Mix用量9.0μL,ddH_(2)O 9.9μL,总体积20μL。ISSR-PCR反应条件:94.0℃预变性5 min;94.0℃变性30 s,退火30 s,72.0℃延伸2 min,循环次数为35次;72.0℃终延伸10 min。使用4株不同的金花菌对所获ISSR-PCR最优反应体系进行稳定性验证,表明其具有高多态性和可重复性。采用此最优反应体系筛选出11条多态性和重复性高可适用于金花菌遗传多样性分析的ISSR引物并确定其退火温度。【结论】本研究建立并优化了金花菌的ISSR-PCR反应体系,结果具有高多态性和可重复性,为后续金花菌遗传多样性分析提供了新方法。 展开更多
关键词 金花菌 ISSR-pcr 单因素实验 反应体系
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木本油料植物无患子SSR特征分析及SSR-PCR反应体系构建 被引量:2
4
作者 周宵 蒋丽娟 +7 位作者 李昌珠 陈韵竹 李培旺 熊宇晴 张路红 盛克寨 杨艳 陈景震 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期72-83,共12页
无患子(Sapindus saponaria L.)是集生物柴油、药用、生态等多种用途于一体的经济型木本油料。本研究利用MISA软件挖掘了无患子叶片转录组中的SSR,对搜索到的SSR进行了特征分析,构建并优化了无患子SSR-PCR反应体系。结果表明,无患子叶... 无患子(Sapindus saponaria L.)是集生物柴油、药用、生态等多种用途于一体的经济型木本油料。本研究利用MISA软件挖掘了无患子叶片转录组中的SSR,对搜索到的SSR进行了特征分析,构建并优化了无患子SSR-PCR反应体系。结果表明,无患子叶片转录组共有Unigene条数目为52460条,其中含有SSR的Unigene有7014条,共检索到8654个SSR。经统计,SSR丰富度从二至六核苷酸依次减少,依次有4327、2669、634、208、161个。SSR长度范围在12~250 bp之间,长度小于等于15 bp的有3619个,均为二和三核苷酸;长度大于15 bp的有5035个,以二、三核苷酸居多。所有SSR共有435种不同重复单元。SSR不同类型重复基元频次分布在4~30次之间,主要分布在4~10频次,共有7090个SSR位点,占总频次的89.65%。SSR位点靶基因GO功能注释显示,无患子叶片转录组Unigene可分为3大类别51个小组;KEGG功能注释显示5大类别中,代谢通路占比最高为65.18%。通过对无患子SSR-PCR反应体系构建与优化,无患子SSR-PCR反应体系最佳组合为:循环次数37次、退火温度60℃、引物量2.0μL、DNA模板浓度为40 ng/μL。 展开更多
关键词 木本油料植物 EST-SSR 功能注释 pcr反应体系 生物柴油
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基于嵌入式ARM的微流控PCR检测系统设计 被引量:5
5
作者 张帅 胡志刚 +3 位作者 杜喆 祖向阳 王新征 马蓓蓓 《传感器与微系统》 CSCD 北大核心 2024年第1期76-79,83,共5页
为了实现微流控设备功能的集成化、提高交互系统的可操作性,提出一种基于嵌入式ARM的微流控聚合酶链式反应(PCR)控制系统及上位机软件的设计方案。系统硬件采用多个嵌入式ARM控制器与功能模块相互协调,制定可扩展的通信机制和协议,实现... 为了实现微流控设备功能的集成化、提高交互系统的可操作性,提出一种基于嵌入式ARM的微流控聚合酶链式反应(PCR)控制系统及上位机软件的设计方案。系统硬件采用多个嵌入式ARM控制器与功能模块相互协调,制定可扩展的通信机制和协议,实现微流控PCR检测过程中的流路运动、温度控制、荧光信号采集等功能的集成控制。采用Qt结合SQLite数据库设计了上位机软件,利用多线程和节点映射,实现对硬件模块的协调控制以及检测信息存储。实验表明:该系统运行稳定,人机交互效果好,可操作性高,满足微流控PCR的集成功能需求。 展开更多
关键词 嵌入式ARM 微流控聚合酶链式反应 控制系统 上位机软件 Qt软件
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木姜叶柯SRAP-PCR反应体系优化、引物筛选及验证 被引量:1
6
作者 罗超颖 严武平 +4 位作者 汪玉玲 王梦醒 彭莎 廖红 程建峰 《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第11期3231-3241,共11页
【目的】建立一套适用于木姜叶柯SRAP-PCR的最佳反应体系,筛选出应用于木姜叶柯种质资源遗传多样性分析的多态性引物,为后续木姜叶柯保护遗传学研究及其开发利用提供科学依据。【方法】采用单因素试验和正交试验相结合的方法,对SRAP-PC... 【目的】建立一套适用于木姜叶柯SRAP-PCR的最佳反应体系,筛选出应用于木姜叶柯种质资源遗传多样性分析的多态性引物,为后续木姜叶柯保护遗传学研究及其开发利用提供科学依据。【方法】采用单因素试验和正交试验相结合的方法,对SRAP-PCR扩增效果的主要影响因素(模板DNA用量、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶用量和引物浓度)进行优化。利用最佳反应体系筛选出适用于木姜叶柯的SRAP多态性引物。【结果】优化获得木姜叶柯SRAPPCR最佳反应体系(20.00μL):10×PCRBuffer2.00μL,TaqDNA聚合酶1.50U,dNTPs0.25mmol/L,引物浓度0.600μmol/L和模板DNA 30.00 ng。各因素对木姜叶柯PCR扩增效果影响程度排序:引物浓度>dNTPs浓度>Taq DNA聚合酶用量>模板DNA用量。应用优化后的SRAP-PCR最佳反应体系和筛选到的20对多态性引物对3个居群的24个木姜叶柯样本进行SRAP-PCR扩增,结果发现4对SRAP引物从3个野生木姜叶柯居群24个样本中共扩增出38个位点,每对引物平均扩增出9.5个位点,其中多态性位点共21个,多态性比率为55.26%。3个木姜叶柯居群的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性(H')和Shannon’s信息指数(I)分别为1.55、1.30、0.18和0.27,总遗传多样性(Ht)、居群内遗传多样性(Hs)和遗传分化系数(Gst)分别为0.18、0.11和0.36,基因流(Nm)为0.90(<1.00),说明3个居群间存在一定程度的基因交流,但基因交流程度有限。【结论】木姜叶柯SRAP-PCR扩增效果对引物浓度最敏感。建立木姜叶柯的SRAP-PCR最佳反应体系和筛选到的SRAP引物扩增条带清晰稳定,多态性丰富,能较好地反映出不同木姜叶柯个体和居群间的亲缘关系,可应用于木姜叶柯种质资源的遗传多样性和遗传结构分析。 展开更多
关键词 木姜叶柯 SRAP-pcr 反应体系 优化 引物筛选 遗传多样性
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Optimization of ISSR-PCR System and Conditions for Portulaca oleracea L.
7
作者 Zhaoyun WANG Dongchen NA 《Agricultural Biotechnology》 CAS 2017年第4期23-24,42,共3页
With Portulaca oleracea L. as an experimental material, its total DNA was extracted by the improved CTAB method, the ISSR-PCR primers were screened, and the ISSR-PCR reaction system and reaction conditions for P. oler... With Portulaca oleracea L. as an experimental material, its total DNA was extracted by the improved CTAB method, the ISSR-PCR primers were screened, and the ISSR-PCR reaction system and reaction conditions for P. oleracea were Optimized. The results showed that there were 8 primers suitable for ISSR-PCR of P. oleracea. The optimal reaction system had a volume of 25 μl, including 2 x Taq Platinum PCR Master Mix 12.5 μl, primer 2 μl, ddH20 9.5 μl, and DNA template 1μl. The optimized ISSR-PCR of P. oleracea was started with pre-denaturation at 94 ℃ for 360 s, followed by 30 cycles of denaturation at 94 ℃ for 60 s, annealing at 54 ℃ for 60 s and extension at 72 ℃ for 90 s, and completed by extension at 72 ℃ for 300 s. 展开更多
关键词 Portulaca oleracea L. ISSR-pcr reaction system reaction conditions
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薄壳山核桃SSR-PCR体系优化及引物筛选
8
作者 罗晓蕾 黄丹 +4 位作者 彭兵阳 王磊彬 毕慧慧 何的明 吕佳斌 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期138-147,共10页
【目的】为建立薄壳山核桃SSR-PCR的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性SSR引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,... 【目的】为建立薄壳山核桃SSR-PCR的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性SSR引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,以薄壳山核桃DNA作为模板,对影响薄壳山核桃SSR-PCR反应体系中的6个影响因素(DNA、Mg^(2+)、10×PCR Buffer、引物、Taq酶、dNTPs)进行单因素试验,根据单因素试验的结果确定各影响因素的适宜用量范围,再据此设计正交试验。【结果】根据正交试验扩增结果,确立薄壳山核桃的最佳反应体系(10μL)为:Taq酶0.15 U,Mg^(2+)2.0 mmol/L,dNTPs 0.1 mmol/L,引物1.0μmol/L,50 ng模板DNA 1.0μL,10×PCR Buffer 1.0μL,ddH_(2)O5.8μL。5个因素影响薄壳山核桃SSR-PCR反应体系的扩增效果,其影响程度大小依次为Taq酶>引物=DNA>Mg^(2+)>dNTPs。以8种薄壳山核桃DNA为模板,4对薄壳山核桃引物对优化后的薄壳山核桃SSR-PCR反应体系进行验证,均扩增出明亮清晰的条带,证明优化后的反应体系稳定可靠。利用优化后的反应体系在283对核桃及山核桃引物中筛选出高多态性薄壳山核桃引物12对,其多态性位点信息数均高于0.5。【结论】优化后的反应体系及筛选出的12对薄壳山核桃引物可直接用于后续的SSR分子标记试验,为薄壳山核桃亲缘关系鉴定、交配系统分析等研究奠定理论基础。 展开更多
关键词 薄壳山核桃 SSR-pcr反应体系 引物筛选 单因素试验 正交设计试验
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芦笋SSR-PCR反应体系的优化及验证
9
作者 白扬 仪泽会 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2024年第7期100-106,共7页
以芦笋幼叶为材料,采用单因素与L1(643)正交试验相结合的方法,对影响芦笋SSR-PCR反应的3个因素(2×Taq Master Mix,模板DNA,引物)进行优化,并以此为基础通过退火温度和循环次数试验筛选引物最佳退火温度和循环次数。结果表明,芦笋... 以芦笋幼叶为材料,采用单因素与L1(643)正交试验相结合的方法,对影响芦笋SSR-PCR反应的3个因素(2×Taq Master Mix,模板DNA,引物)进行优化,并以此为基础通过退火温度和循环次数试验筛选引物最佳退火温度和循环次数。结果表明,芦笋基因组DNA的SSR-PCR最优反应体系为:10μL反应体系中,50 ng·μL^(-1) DNA模板0.125μL,10μmol·L^(-1)上下游引物各0.5μL,2×Taq PCR Mix 3μL,灭菌ddH2O 5.875μL。PCR扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性30 s,60℃退火30 s,72℃延伸35 s,循环25次;72℃延伸10 min,4℃保存。经5对引物组合和5个不同芦笋品种DNA扩增验证,该体系稳定可靠,可用于芦笋遗传多样性分析、种子纯度鉴定、分子标记辅助育种及重要农艺性状的图位克隆等工作。 展开更多
关键词 芦笋 SSR-pcr反应体系 正交设计
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不同玉米转化体通用PCR检测体系建立
10
作者 王晶 张晓磊 +3 位作者 白玉 盛宇欣 关海涛 温洪涛 《生物技术通报》 CSCD 北大核心 2024年第12期34-44,共11页
【目的】为解决不同转化体扩增体系和反应条件不统一问题,建立通用PCR检测体系,进而提升转化体鉴定效率。【方法】通过收集国内外转基因材料的转化体特异性PCR鉴定方法,比较其扩增体系和反应条件的差异,选择其中使用频率最高的参数作为... 【目的】为解决不同转化体扩增体系和反应条件不统一问题,建立通用PCR检测体系,进而提升转化体鉴定效率。【方法】通过收集国内外转基因材料的转化体特异性PCR鉴定方法,比较其扩增体系和反应条件的差异,选择其中使用频率最高的参数作为通用参数。利用不同玉米转基因材料,验证转化体特异性通用PCR定性检测方法。【结果】建立通用普通PCR扩增体系:总体积25.0μL、25 mmol/L MgCl_(2)溶液1.5μL、2.5 mmol/L dNTPs混合溶液2.0μL、靶标和内参上下游引物终浓度0.4μmol/L、Taq DNA聚合酶0.025 U/μL、25 mg/L DNA模板2.0μL,LOD 0.1%;反应条件:94℃预变性5 min、94℃变性30 s、58℃退火30 s,72℃延伸30 s、共进行35次循环、72℃终延伸7 min。通用实时荧光PCR定性鉴定扩增体系:总体积20.0μL、25 mmol/L MgCl_(2)溶液2.0μL、dNTPs混合溶液(各2.5 mmol/L)1.6μL、靶标和内参上下游引物和探针终浓度0.4μmol/L、Taq DNA聚合酶0.04 U/μL、25 mg/L DNA模板2.5μL,LOD 0.1%;反应条件为95℃预变性5 min、95℃起始变性15 s、60℃退火延伸60 s、40个循环。【结论】不同转化体材料可以利用本研究建立的通用PCR扩增体系和反应条件进行检测。 展开更多
关键词 转化体 聚合酶链式反应 扩增体系 反应条件 玉米
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油茶SRAP-PCR反应体系的建立和优化 被引量:16
11
作者 孙佩光 奚如春 +2 位作者 钮世辉 骈瑞琪 陈晓阳 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1192-1199,共8页
为了建立油茶SRAP-PCR扩增体系,本研究使用单因素试验设计,对反应体系的Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物浓度5个主要影响因子各设10个不同的水平梯度,筛选出适宜的因子范围;在此基础上,进一步采用L16(45)正交设计,对影响油茶SRAP-PCR... 为了建立油茶SRAP-PCR扩增体系,本研究使用单因素试验设计,对反应体系的Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物浓度5个主要影响因子各设10个不同的水平梯度,筛选出适宜的因子范围;在此基础上,进一步采用L16(45)正交设计,对影响油茶SRAP-PCR反应体系的5个因素在4水平上进行优化,建立了油茶SRAP-PCR最佳反应体系,即25μL体积中包含模板DNA30ng,Mg2+2.8mmol/L,引物0.44μmol/L,dNTP0.2mmol/L和Taq酶1.0U。该SRAP-PCR体系的建立为油茶种质资源遗传多样性分析、品种鉴定及指纹图谱构建等研究提供了一个标准化的程序。 展开更多
关键词 油茶 SRAP-pcr 反应体系 正交设计
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快速PCR法鉴别鱼腥草与百部还魂的方法研究 被引量:12
12
作者 魏艺聪 袁媛 +3 位作者 陈建雄 车苏容 赵玉洋 梁一池 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期2163-2166,共4页
目的建立鉴别鱼腥草Houttuynia cordata与百部还魂Gymnotheca chinensis的特异性PCR方法。方法采集不同产地的鱼腥草与百部还魂样品各8份,所有样品提取总DNA。通过对其mat K片段进行扩增、测序,进行同源比对后根据其变异位点设计特异鉴... 目的建立鉴别鱼腥草Houttuynia cordata与百部还魂Gymnotheca chinensis的特异性PCR方法。方法采集不同产地的鱼腥草与百部还魂样品各8份,所有样品提取总DNA。通过对其mat K片段进行扩增、测序,进行同源比对后根据其变异位点设计特异鉴别引物,建立特异PCR鉴别方法,并通过加入SYBR Green I染料法对2种中药进行快速检测。另外,构建多重PCR体系,只经一个PCR反应,就能对鱼腥草与百部还魂进行快速分子鉴定。结果所构建特异PCR与多重PCR体系均能产生鱼腥草185 bp的特异鉴别条带,百部还魂389 bp的特异鉴别条带,SYBR Green I染料可进行快速检测方法。结论建立的鱼腥草与百部还魂2种中药的快速PCR鉴别方法简便、可靠。 展开更多
关键词 鱼腥草 百部还魂 特异性pcr 多重pcr体系 MATK
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链球菌通用PCR检测方法的建立及应用 被引量:11
13
作者 杜海燕 李基棕 +4 位作者 周碧君 王开功 杨颖 殷俊磊 文明 《贵州农业科学》 CAS 北大核心 2009年第12期152-154,共3页
为建立链球菌快速检测方法,根据链球菌延伸因子ERTu基因设计合成1对通用引物,对链球菌属及其他属细菌进行PCR检测。结果表明,所设计的通用引物对猪链球菌2型和无乳链球菌均能扩增出1条大小为197bp的特异性DNA条带,而对金黄色葡萄球... 为建立链球菌快速检测方法,根据链球菌延伸因子ERTu基因设计合成1对通用引物,对链球菌属及其他属细菌进行PCR检测。结果表明,所设计的通用引物对猪链球菌2型和无乳链球菌均能扩增出1条大小为197bp的特异性DNA条带,而对金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、粪肠球菌、大肠埃希氏菌、枯草芽孢杆菌、绿脓杆菌、都柏林沙门氏菌和多杀性巴氏杆菌均呈阴性反应;经对PCR产物进行测序分析表明,扩增片段与GenBank上链球菌相应序列的同源性达90%~98%;对链球菌DNA样本不同稀释度的检测显示,该PCR的最低检出量可达0.1ng/mL;利用PCR检测方法对11株链球菌分离物进行检测,结果均能扩增出与预期大小相一致的目的条带,与传统生化鉴定结果符合率达到100%。这些结果表明,已成功建立了链球菌PCR检测方法,并可应用于临床链球菌的鉴定。 展开更多
关键词 链球菌 pcr 反应体系
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荔枝SRAP-PCR反应体系的优化 被引量:11
14
作者 昝逢刚 吴转娣 +3 位作者 曾淇 张惠云 李明芳 郑学勤 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期132-136,共5页
SRAP(sequence-related amplified polymorphism)是基于基因的内含子和外显子区域进行检测的新型分子标记技术,具有多态性高、重复性好、易测序、便于克隆目标片段等特点,在荔枝(Litchi chinensis Sonn)中还没有相关的研究报道。为了建... SRAP(sequence-related amplified polymorphism)是基于基因的内含子和外显子区域进行检测的新型分子标记技术,具有多态性高、重复性好、易测序、便于克隆目标片段等特点,在荔枝(Litchi chinensis Sonn)中还没有相关的研究报道。为了建立适合荔枝的SRAP反应体系,对反应体系中的DNA模板、Mg2+、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶诸因子的用量进行了探索,确立了适合荔枝的SRAP反应体系为:在20μL反应体系中,模板DNA为40ng,Mg2+浓度2.5mmol/L,dNTP0.3mmol/L,引物5mmol/L,Taq DNA聚合酶1.0U。扩增程序为:94℃预变性3min,反应前5个循环在94℃ 1 min、35℃ 1 min、72℃ 1 min的条件下运行;随后的35个循环退火温度提高到50℃;最后72℃延伸10min。利用该反应体系对荔枝10个不同品系进行SRAP反应,用5%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果显示:不同品系间DNA谱带多态性丰富。证实该体系稳定可靠,可以用于荔枝的分子标记研究。 展开更多
关键词 荔枝 SRAP-pcr反应体系 优化
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利用正交设计优化黄瓜的SSR-PCR反应体系 被引量:21
15
作者 李亚利 陈书霞 +2 位作者 孟焕文 程智慧 柴丹丹 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期280-284,共5页
以白皮黄瓜B-2-2为试材,采用正交设计L16(45)在4个水平上对影响黄瓜SSR-PCR反应体系的Taq酶浓度、Mg^2+含量、模板DNA用量、dNTP浓度及引物用量等5个因素进行了试验优化,并用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平,建立了黄瓜S... 以白皮黄瓜B-2-2为试材,采用正交设计L16(45)在4个水平上对影响黄瓜SSR-PCR反应体系的Taq酶浓度、Mg^2+含量、模板DNA用量、dNTP浓度及引物用量等5个因素进行了试验优化,并用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平,建立了黄瓜SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:在20μL反应体系中,Taq酶最适浓度为0.5U,Mg^2+最适浓度为2.0 mmol/L,模板DNA最适用量为5 ng/μL,dNTP最适用量为0.2 mmol/L,引物最适浓度为0.6μmol/L;引物最佳退火温度为50.0℃。利用20个黄瓜材料验证此反应体系,6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果显示,扩增产物在100-300 bp之间多态性高,且反应体系的稳定性和重复性好。 展开更多
关键词 白黄瓜 SSR-pcr 体系优化
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茶树ISSR-PCR反应体系的正交优化 被引量:10
16
作者 宁静 黄建安 +2 位作者 李娟 钟兴刚 朱旗 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期414-417,共4页
对茶树ISSR-PCR反应体系中的5因素(Taq酶浓度(U/(20μL))、Mg2+浓度(mmol/L)、模板DNA质量浓度(ng/(20μL))、dNTP浓度(mmol/L)、引物浓度(μmol/L))在4水平上进行正交优化试验,筛选出各因素的最佳水平,建立茶树最佳ISSR-PCR反应体系,... 对茶树ISSR-PCR反应体系中的5因素(Taq酶浓度(U/(20μL))、Mg2+浓度(mmol/L)、模板DNA质量浓度(ng/(20μL))、dNTP浓度(mmol/L)、引物浓度(μmol/L))在4水平上进行正交优化试验,筛选出各因素的最佳水平,建立茶树最佳ISSR-PCR反应体系,即20μL反应体系中,TaqDNA聚合酶为1.0U/(20μL),Mg2+为2.0mmol/L,模板为40ng/(20μL),dNTP为0.20mmol/L,引物为0.25μmol/L.对茶树ISSR-PCR最佳反应体系进行梯度退火试验,确定引物ISSR1、UBC881的最适退火温度分别为52.4、59.0℃. 展开更多
关键词 茶树 ISSR-pcr 反应体系 正交设计
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思茅松SSR-PCR反应体系优化研究 被引量:10
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作者 王大玮 保云莹 +5 位作者 唐红燕 段安安 蔡年辉 许玉兰 周军 李思广 《西南林业大学学报(自然科学)》 CAS 北大核心 2018年第5期34-37,共4页
以思茅松杂交亲本JG1号基因组DNA为模板,利用正交设计实验对影响SSR-PCR反应体系的主要因子进行了优化,建立了一套最佳思茅松SSR-PCR反应体系。结果表明:在25μL最佳反应体系中,各组分最佳含量分别为Mg^(2+) 2.0 mmol/L、DNA 60 ng、引... 以思茅松杂交亲本JG1号基因组DNA为模板,利用正交设计实验对影响SSR-PCR反应体系的主要因子进行了优化,建立了一套最佳思茅松SSR-PCR反应体系。结果表明:在25μL最佳反应体系中,各组分最佳含量分别为Mg^(2+) 2.0 mmol/L、DNA 60 ng、引物0.50μmol/L、Taq DNA聚合酶0.25U、dNTP 0.20 mmol/L。利用11份个体对此SSR反应体系进行验证,获得扩增谱带清晰且多态性较好,证明该体系稳定可靠。 展开更多
关键词 思茅松 SSR-pcr 反应体系 优化
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杜仲SSR-PCR反应体系建立及引物筛选 被引量:9
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作者 朱晓敏 王弦云 +5 位作者 陈龙灿 康向阳 王勤 束庆龙 张良富 曹翠萍 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期387-392,共6页
为了对杜仲种质资源的遗传多样性研究奠定理论和技术基础,采用正交试验设计和单因素分析,建立并优化了杜仲的SSR-PCR反应体系。结果表明,杜仲SSR-PCR最适反应体系为正反向引物(10μmol.L-1)各0.2μL,Taq DNA聚合酶(5 U.μL-1)0.1μL,dNT... 为了对杜仲种质资源的遗传多样性研究奠定理论和技术基础,采用正交试验设计和单因素分析,建立并优化了杜仲的SSR-PCR反应体系。结果表明,杜仲SSR-PCR最适反应体系为正反向引物(10μmol.L-1)各0.2μL,Taq DNA聚合酶(5 U.μL-1)0.1μL,dNTP(10 mmol.L-1)0.2μL,模板DNA(5~10 ng.μL-1)1.0μL,Mg2+(25 mmol.L-1)0.6μL,10×PCR缓冲液1.0μL,HPLC超纯水6.7μL,总体积10.0μL。同时筛选出了3对多态性有效引物,研究结果证明了微卫星引物在不同物种间的通用性受物种间亲缘关系远近的影响,并初步揭示了杜仲的遗传多样性,表明了微卫星标记在遗传多样性研究上的优越性。 展开更多
关键词 杜仲 微卫星标记 pcr反应体系 引物筛选 遗传多样性
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博白大果油茶ISSR-PCR反应体系的建立与优化 被引量:20
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作者 范海艳 曹福祥 +3 位作者 彭继庆 龙绛雪 邓明 司书斌 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期97-103,共7页
以博白大果油茶Camellia gigantocarpa Hu et Huang为材料,通过单因素实验设计和正交设计L18(35)对影响PCR反应体系的主要成分及PCR扩增程序进行优化。建立了稳定的、可重复的博白大果油茶ISSR-PCR扩增反应体系。在20μL的反应体系中,M... 以博白大果油茶Camellia gigantocarpa Hu et Huang为材料,通过单因素实验设计和正交设计L18(35)对影响PCR反应体系的主要成分及PCR扩增程序进行优化。建立了稳定的、可重复的博白大果油茶ISSR-PCR扩增反应体系。在20μL的反应体系中,Mg2+浓度为2.5mmol/L,模板DNA用量为20ng,Taq DNA聚合酶为1.75U,dNTPs浓度为0.25mmol/L,引物浓度为0.6mmol/L。反应程序为:94℃预变性4min,94℃变性30s,50℃退火45s,72℃延伸90s,35个循环,72℃延伸7min,4℃保存。 展开更多
关键词 博白大果油茶 单因素设计 ISSR-pcr 反应体系优化
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乌塌菜ISSR-PCR反应体系的建立及优化 被引量:9
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作者 宋江华 赵颖 +2 位作者 汪承刚 张灵凤 张慧 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期238-242,共5页
为获得乌塌菜ISSR-PCR的最佳反应体系,采用单因素浓度梯度试验和正交优化设计相结合的方法,研究了引物浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量对PCR反应的影响。并在此基础上对退火温度和循环数进一步优化,最终确立了适合乌塌菜IS... 为获得乌塌菜ISSR-PCR的最佳反应体系,采用单因素浓度梯度试验和正交优化设计相结合的方法,研究了引物浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶用量对PCR反应的影响。并在此基础上对退火温度和循环数进一步优化,最终确立了适合乌塌菜ISSR-PCR反应的最佳体系和程序。即20μL PCR反应体系含:30 ng模板DNA,0.50μmol.L-1引物,0.25 mmol.L-1 dNTP,1 mmol.L-1 Mg2+,1.0 U Taq DNA聚合酶。PCR扩增程序为:94℃预变性3 min;94℃变性30 s,50℃退火1 min,72℃延伸90 s,35个循环;72℃延伸7 min,4℃保存。这一优化的ISSR-PCR反应体系的建立为今后利用ISSR技术对乌塌菜进行种质资源的分类鉴定奠定了基础。 展开更多
关键词 乌塌菜 ISSR-pcr 反应体系 正交设计
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