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基于线粒体DNA ND6基因序列分析巨魾群体遗传多态性 被引量:2
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作者 杜民 牛宝珍 +6 位作者 施来凤 雷美榕 普文华 彭跃颖 张志仙 周甜 古金华 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第1期33-38,共6页
【目的】旨在研究巨魾种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性。【方法】以云南省3条水系(元江、怒江、澜沧江)5个种群共60尾巨魾为研究对象,选取线粒体ND6基因作为分子标记,对巨魾遗传多样性进行研究。【结果】巨魾线粒体ND6基因序列... 【目的】旨在研究巨魾种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性。【方法】以云南省3条水系(元江、怒江、澜沧江)5个种群共60尾巨魾为研究对象,选取线粒体ND6基因作为分子标记,对巨魾遗传多样性进行研究。【结果】巨魾线粒体ND6基因序列全长525 bp,60条序列获得41种单倍型;41种单倍型序列中A、T、C、G平均含量分别为40.0%、13.7%、34.8%、11.5%,A+T含量为53.7%,C+G的含量为46.3%;共检测到143个变异位点,375个保守位点,114个简约信息位点;核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.08769±0.00235和0.960±0.017;41种单倍型间平均遗传距离为0.101。【结论】巨魾41种单倍型与其他7种鱼类ND6基因序列用NJ法构建系统发育树,发现巨魾单独聚为一支。 展开更多
关键词 巨魾 线粒体nd6 多态性 系统进化
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用实时定量PCR方法测定萘降解质粒pND6-1的拷贝数 被引量:1
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作者 李珊珊 李霞 +1 位作者 赵化冰 蔡宝立 《南开大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期109-112,共4页
Pseudomonas putida ND6是一个高效降解萘的菌株,含有101 858 bp的萘降解质粒pND6-1.用实时定量PCR方法测定了Pseudomonas putida ND6菌株中pND6-1的拷贝数为2.这是第一个测定分子大小超过100 kb的细菌大质粒拷贝数的报道.
关键词 PSEUDOMONAS PUTIDA nd6 pnd6-1 实时定量PCR 质粒拷贝数
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萘降解质粒pND6的分离和鉴定 被引量:15
3
作者 张心平 岳晓含 +2 位作者 黄今勇 牛淑敏 蔡宝立 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 2000年第2期187-190,共4页
从工业废水中分离的假单胞菌 (Pseudomonassp .)ND6菌株 ,能以萘为唯一碳源生长 ,使无机盐培养基(MM)中 2g/L的萘在 48h内降解 98% .该菌株含有一个 115kb的大质粒pND6 .DNA杂交实验表明 ,pND6质粒含有与恶臭假单胞菌 (P .putida)G7菌株... 从工业废水中分离的假单胞菌 (Pseudomonassp .)ND6菌株 ,能以萘为唯一碳源生长 ,使无机盐培养基(MM)中 2g/L的萘在 48h内降解 98% .该菌株含有一个 115kb的大质粒pND6 .DNA杂交实验表明 ,pND6质粒含有与恶臭假单胞菌 (P .putida)G7菌株的NAH7质粒同源的萘降解基因 .图 3表 1参 展开更多
关键词 假单胞菌nd6 生物降解 质粒 DNA杂交
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形目15种鸟类线粒体ND6基因序列差异及其系统进化关系 被引量:17
4
作者 陈晓芳 王翔 +4 位作者 袁晓东 汤敏谦 李玉祥 郭玉梅 李庆伟 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第1期61-66,共6页
采用PCR和质粒克隆测序方法 ,首次获得形目 15种鸟类线粒体基因组的ND6基因全长 5 2 2bp的序列。经对位排列 ,序列间未见有插入和缺失 ,共有 2 16个变异位点 ,种间序列差异为 5 17%~ 19 92 %。以白鹳为外群 ,用NJ法构建 15种鸟类的进... 采用PCR和质粒克隆测序方法 ,首次获得形目 15种鸟类线粒体基因组的ND6基因全长 5 2 2bp的序列。经对位排列 ,序列间未见有插入和缺失 ,共有 2 16个变异位点 ,种间序列差异为 5 17%~ 19 92 %。以白鹳为外群 ,用NJ法构建 15种鸟类的进化关系树。研究结果表明 :构建的系统树将形目 15种鸟类分为 2个支系。第 1支系包括蒙古沙、环颈、灰斑和反嘴鹬。第 2支系包括红脚鹬、林鹬、青脚鹬、翘嘴鹬、翻石鹬、大滨鹬、尖尾滨鹬、斑尾塍鹬、中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬 ,其中鹬属的 3个种和杓鹬属的 3个种分别组成一个单系 ;翘嘴鹬和翻石鹬、大滨鹬和尖尾滨鹬分别聚为姊妹群 ,表现出较近的亲缘关系 ;斑尾塍鹬独立分支出来。分子证据提示 :鹬科中的塍鹬属、科中的斑属应提升为亚科分类阶元 ;反嘴鹬与科鸟类亲缘关系较近 ,组成一个单系 ,将其归入科下属的一个类群更为合理 ,与核型研究结果及Sibley新分类体系的观点相一致 [动物学报 49(1) :6 1~ 6 7,2 0 0 3]。 展开更多
关键词 鸻形目 鸟类 线粒体 nd6基因 序列差异 系统进化
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假单胞菌ND6菌株水杨酸羟化酶基因(nahG)的核苷酸序列分析和酶鉴定 被引量:5
5
作者 赵化冰 刘斌 +2 位作者 马琳 李永君 蔡宝立 《南开大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期95-99,共5页
水杨酸羟化酶是细菌萘降解途径中的关键酶,它能催化水杨酸脱羟和羟化,生成儿茶酚.假单胞菌(Pseudomonas)DN6菌株的萘降解基因位于102kb的质粒pND6-1上,以pUC18质粒为载体,制备了含有1~3kbpND6-1DNA随机片段的基因文库,通过DNA测序和DN... 水杨酸羟化酶是细菌萘降解途径中的关键酶,它能催化水杨酸脱羟和羟化,生成儿茶酚.假单胞菌(Pseudomonas)DN6菌株的萘降解基因位于102kb的质粒pND6-1上,以pUC18质粒为载体,制备了含有1~3kbpND6-1DNA随机片段的基因文库,通过DNA测序和DNA序列同源性分析,从基因文库中筛选出含有水杨酸羟化酶基因nahG的克隆.nahG基因的大小为1305bp,编码的水杨酸羟化酶(NahG)由434个氨基酸组成,与PseudomonasputidaNCIB9816-4菌株的水杨酸羟化酶基因相比,核苷酸序列的同源性为100%,与其它10种细菌的水杨酸羟化酶基因相比,核苷酸序列的同源性为32%~99%.酶学实验表明,ND6菌株的水杨酸羟化酶具有广泛的底物特异性,它不仅能代谢水杨酸,还能代谢多种水杨酸的衍生物,如乙酰水杨酸、黄基水杨酸、3-甲基水杨酸、5-甲基水杨酸和5-氯水杨酸等. 展开更多
关键词 假单胞菌nd6菌株 水杨酸羟化酶基因 核苷酸序列 酶鉴定
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西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性及系统进化分析 被引量:7
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作者 海汀 柴志欣 +4 位作者 张成福 信金伟 姬秋梅 曾贤彬 钟金城 《家畜生态学报》 北大核心 2014年第11期11-17,共7页
为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图... 为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图和单倍型系统发育树。结果表明:西藏牦牛mtDNA ND6基因全序列长度均为528bp,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为42.2%、7.6%、20.9%、29.3%,存在一定的碱基组成偏倚性。序列变异中存在转换、颠换2种核苷酸变异类型,其中转换37次,颠换2次,表现出较强的转换偏倚性。根据序列间核苷酸变异共确定7种单倍型,其中Hap_1为西藏牦牛类群的主流单倍型,其余6种单倍型为部分类群所特有。平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.2978、0.00191,揭示西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性较贫乏。根据遗传距离构建了分子聚类关系图,表明西藏15个牦牛类群可分为2大类;根据7种单倍型序列构建了单倍型系统发育树,表明西藏牦牛存在2个母系起源。 展开更多
关键词 西藏牦牛 MTDNA nd6基因 遗传多样性 系统进化
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恶臭假单胞菌ND6菌株catA基因的克隆和表达及其儿茶酚裂解途径探讨 被引量:3
7
作者 赵化冰 陈威 蔡宝立 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期387-391,共5页
恶臭假单胞菌ND6菌株的萘降解质粒pND6-1中编码儿茶酚1,2-双加氧酶的catA基因在大肠杆菌中进行了克隆和表达,并研究表达产物的酶学性质。结果表明:酶的Km为0.019μmol/L,Vmax为1.434μmol/(min.mg);具有很好的耐热性,在50℃保温45min后... 恶臭假单胞菌ND6菌株的萘降解质粒pND6-1中编码儿茶酚1,2-双加氧酶的catA基因在大肠杆菌中进行了克隆和表达,并研究表达产物的酶学性质。结果表明:酶的Km为0.019μmol/L,Vmax为1.434μmol/(min.mg);具有很好的耐热性,在50℃保温45min后仍能够保留酶活力的93.7%;Fe2+对酶活性有显著的促进作用,其比活力是对照反应的292%;酶对4-氯儿茶酚的催化活性非常低,属于Ⅰ型儿茶酚1,2-双加氧酶。以萘为底物生长时,ND6菌株的细胞提取液中既存在催化邻位裂解途径的儿茶酚1,2-双加氧酶活性,也存在催化间位裂解途径的儿茶酚2,3-双加氧酶活性。以苯甲酸、对羟基苯甲酸和苯乙酸为唯一碳源生长时,ND6菌株细胞提取液的儿茶酚1,2-双加氧酶活性远远大于儿茶酚2,3-双加氧酶活性。表明ND6菌株既能通过儿茶酚间位裂解途径降解萘,也能通过儿茶酚邻位裂解途径降解萘,而以苯甲酸、对羟基苯甲酸和苯乙酸为诱导物时只利用儿茶酚邻位裂解途径。 展开更多
关键词 恶臭假单胞菌nd6 儿茶酚1 2-双加氧酶 catA 儿茶酚邻位裂解途径
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中甸牦牛mtDNA ND6和COⅢ基因遗传多样性及系统进化分析 被引量:3
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作者 向超 钟金城 +1 位作者 陈智华 柴志欣 《家畜生态学报》 北大核心 2017年第7期9-15,共7页
为了解中甸牦牛的遗传多样性,使其遗传资源能够得到合理开发利用,本研究对中甸牦牛15个个体mtDNA ND6基因和COⅢ基因全序列进行测定,使用MEGA5.0、DNASP5.0、Clustal X1.83等软件分析了核苷酸多样性、单倍型多样性等遗传多样性指标。结... 为了解中甸牦牛的遗传多样性,使其遗传资源能够得到合理开发利用,本研究对中甸牦牛15个个体mtDNA ND6基因和COⅢ基因全序列进行测定,使用MEGA5.0、DNASP5.0、Clustal X1.83等软件分析了核苷酸多样性、单倍型多样性等遗传多样性指标。结果表明:(1)中甸牦牛ND6基因全序列长528bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均含量为20.8%、42.2%、7.6%、29.4%,存在一定的碱基组成偏倚性;COⅢ基因全序列长度为781bp,4种核苷酸T、A、G、C的平均比例为29.2%、26.1%、15.2%、29.5%。(2)在15个中甸牦牛个体的ND6基因序列中均未发现单倍型及变异位点,表明中甸牦牛mtDNA ND6基因的遗传多样性较为贫乏;在COⅢ基因序列中发现了3个单倍型,4个变异位点,其中2个转换,2个颠换。(3)在构建的系统进化树中,中甸牦牛首先与麦洼牦牛等家牦牛聚为一类,说明其属于家牦牛,其次与野牦牛聚为一类,说明中甸牦牛与野牦牛亲缘关系较近;由遗传距离分析可知,中甸牦牛与野牦牛距离最小,与亚洲水牛距离最大。此结果进一步支持了将牦牛和野牦牛划分为牛亚科牦牛属的观点。 展开更多
关键词 中甸牦牛 nd6基因 COⅢ基因 系统进化 遗传多样性
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巨魾线粒体DNA ND6基因克隆及多态性分析 被引量:3
9
作者 牛宝珍 杜民 +2 位作者 刘艳红 白莉 艾家灵 《江苏农业科学》 北大核心 2016年第4期62-65,共4页
利用GenBank数据库中鮡魾科鱼线粒体ND6基因序列保守区设计引物,采用PCR技术克隆并测序,共得到12尾巨魾ND6基因全序列。用DNAMAN 5.0软件比对序列,MEGA 5.0软件分析科不同鱼类的进化关系,结果表明:巨魾ND6基因序列全长为516 bp,碱基含... 利用GenBank数据库中鮡魾科鱼线粒体ND6基因序列保守区设计引物,采用PCR技术克隆并测序,共得到12尾巨魾ND6基因全序列。用DNAMAN 5.0软件比对序列,MEGA 5.0软件分析科不同鱼类的进化关系,结果表明:巨魾ND6基因序列全长为516 bp,碱基含量分别为14.20%、34.50%、40.20%、11.00%,其中"A+T"含量(54.40%)高于"G+C"含量(45.50%),存在4个单倍型,发生3次颠换;12个个体4个单倍型间的平均相对遗传距离为0.003;将巨魾与其他14种鱼类的ND6基因用Neighbore-Joining(NJ)法构建系统发育树,发现巨魾单独聚为1支。研究将为今后鱼类线粒体基因组的研究提供科学依据。 展开更多
关键词 巨魾 线粒体 nd6基因 多态性 系统进化
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2例线粒体病患者的MT-ND6基因突变分析 被引量:1
10
作者 刘誉 夏昌宇 +5 位作者 张英 郑雪飞 裴珮 张惠丽 马祎楠 戚豫 《中国优生与遗传杂志》 2017年第4期15-18,共4页
目的报道2例携带MT-ND6基因突变的线粒体病患者的临床和分子遗传学特点,探究线粒体DNA突变的致病机制。方法详细收集患者的临床资料,排除常见线粒体病突变位点(如A3243G,A8344G,T8993G/C,G13513A等)后,应用聚合酶链式反应-直接测序法分... 目的报道2例携带MT-ND6基因突变的线粒体病患者的临床和分子遗传学特点,探究线粒体DNA突变的致病机制。方法详细收集患者的临床资料,排除常见线粒体病突变位点(如A3243G,A8344G,T8993G/C,G13513A等)后,应用聚合酶链式反应-直接测序法分析16.6kb的线粒体基因组全序列,并应用Mito Tool在线软件进行氨基酸序列保守性分析,PROVEAN、SIFT和Poly Phen-2等软件进行错义突变的功能分析并判定突变性质。结果 2名先证者在ND6基因上各发现1个mt DNA变异,分别为G14453A和T14325C,二者均位于基因保守区,预测显示对蛋白功能有害,父母及100名健康对照中均未发现上述突变。结论 G14453A是MT-ND6基因上罕见的致病突变位点,该突变与MELAS综合征的发生密切相关;T14325C是LHON的可疑致病位点,但其致病性有待进一步研究。线粒体基因全测序不仅有助于常见线粒体病的临床诊断和产前筛查,还能提高一些临床表现不典型的线粒体病的分子诊断水平。 展开更多
关键词 MT-nd6基因 突变 线粒体DNA 线粒体病
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基于线粒体ND6基因检测犬感染细粒棘球绦虫的粪便PCR方法 被引量:5
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作者 詹佳飞 宋宏宇 +5 位作者 王凝 郭承 李春燕 谢跃 古小彬 杨光友 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期626-632,共7页
目的旨在了解动物包虫病流行区内犬细粒棘球绦虫的感染情况。方法本研究利用Qiagen DNeasy Powersoil试剂盒对犬粪提取DNA,并从细粒棘球绦虫线粒体全基因组中筛选出完整线粒体ND6基因作为靶基因,建立一种可对犬粪中细粒棘球绦虫同时进... 目的旨在了解动物包虫病流行区内犬细粒棘球绦虫的感染情况。方法本研究利用Qiagen DNeasy Powersoil试剂盒对犬粪提取DNA,并从细粒棘球绦虫线粒体全基因组中筛选出完整线粒体ND6基因作为靶基因,建立一种可对犬粪中细粒棘球绦虫同时进行检测及基因分型的PCR方法。结果该法特异性很高,仅能扩增出细粒棘球绦虫的目的条带而对照组均无条带扩增。其灵敏度达到4pg的DNA含量。当犬人工感染约50000只原头蚴时,该法最早可以扩增出感染第13d粪便中的ND6目的基因。同时,对40份随机采自包虫病流行区的待检犬粪进行PCR检测,共有6份样品可扩增出目的条带且其基因型均属G1型,其检测及分型结果均与经典基因分型依据(COX1基因片段)的结果一致。结论本研究建立的粪便PCR方法具有很高的特异性和灵敏度,并可用于检测犬的细粒棘球绦虫早期感染情况。对于PCR检测阳性者,其产物经测序分析后也可用于细粒棘球绦虫的基因分型及种群遗传结构的分析研究。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 线粒体nd6基因 PCR检测 基因分型
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线粒体ND6基因变异和完全受精失败的相关性 被引量:1
12
作者 黄筱慧 毛跟红 +8 位作者 张金兰 陆平 常宏杨 张瑜 冯宗刚 耿旭景 陶识博 李茜 王晓玲 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2016年第24期4016-4020,共5页
目的:探讨线粒体ND6基因变异与完全受精失败的相关性。方法:2011年7月至2014年4月,共收集了232例新鲜IVF周期或者half-ICSI周期中的汉族人精子进行回顾性对照研究。研究组45例精子来源于IVF完全受精失败,对照组187例精子来源于正常受精... 目的:探讨线粒体ND6基因变异与完全受精失败的相关性。方法:2011年7月至2014年4月,共收集了232例新鲜IVF周期或者half-ICSI周期中的汉族人精子进行回顾性对照研究。研究组45例精子来源于IVF完全受精失败,对照组187例精子来源于正常受精夫妇的精子(受精率>50%)。精子线粒体的基因变异是通过巢式PCR和DNA测序来确定。结果:共发现21个纯合变异,其中7个纯合变异具有统计学意义(P<0.05),它们分别是:m.14182T>C(4.44%vs 0%)、m.14284C>T(4.44%vs 0%)、m.14362C>T(4.44%vs 0%)、m.14386T>C(4.44%vs 0%)、m.14457T>C(4.44%vs 0%)、m.14494T>C(6.67%vs 0%)和m.14659C>T(4.44%vs 0%),其中m.14457T>C变异为错义变异。另外,新发现1个纯合变异14170A>T。结论 :精子线粒体ND6基因m.14182T>C、m.14284C>T、m.14362C>T、m.14386T>C、m.14457T>C、m.14494T>C和m.14659C>T等7个位点变异可能是发生完全受精失败的危险因素。 展开更多
关键词 精子 线粒体 nd6 完全受精失败 变异
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Major depressive disorder is associated with mitochondrial ND6 T14502C mutation in two Han Chinese families
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作者 Pan Jing Hai-Hang Yu +7 位作者 Ting-Ting Wu Bi-Hua Yu Ming Liang Ting-Ting Xia Xue-Wen Xu Ting Xu Ling-Jiang Liu Xiao-Bin Zhang 《World Journal of Psychiatry》 SCIE 2024年第11期1746-1754,共9页
BACKGROUND Globally,the World Health Organization ranks major depressive disorder(MDD)as the leading cause of disability.However,MDD molecular etiology is still poorly understood.AIM To explore the possible associatio... BACKGROUND Globally,the World Health Organization ranks major depressive disorder(MDD)as the leading cause of disability.However,MDD molecular etiology is still poorly understood.AIM To explore the possible association between mitochondrial ND6 T14502C mutation and MDD.METHODS Clinical data were collected from two pedigrees,and detailed mitochondrial genomes were obtained for the two proband members.The assessment of the resulting variants included an evaluation of their evolutionary conservation,allelic frequencies,as well as their structural and functional consequences.Detailed mitochondrial whole genome analysis,phylogenetic,and haplotype analysis were performed on the probands.RESULTS Herein,we reported the clinical,genetic,and molecular profiling of two Chinese families afflicted with MDD.These Chinese families exhibited not only a range of onset and severity ages in their depression but also extremely low penetrances to MDD.Sequence analyses of mitochondrial genomes from these pedigrees have resulted in the identification of a homoplasmic T14502C(I58V)mutation.The polymorphism is located at a highly conserved isoleucine at position 58 of ND6 and distinct mitochondrial DNA(mtDNA)polymorphisms originating from haplogroups M10 and H2.CONCLUSION Identifying the T14502C mutation in two individuals with no genetic relation who exhibit symptoms of depression provides compelling evidence that this mutation may be implicated in MDD development.Nonetheless,the two Chinese pedigrees that carried the T14502C mutation did not exhibit any functionally significant mutations in their mtDNA.Therefore,the phenotypic expression of the T14502C mutation related to MDD may be influenced by the nuclear modifier gene(s)or environmental factors. 展开更多
关键词 Major depressive disorder Mitochondrial DNA nd6 T14502C MUTATION HAPLOGROUP CHINESE
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恶臭假单胞菌ND6菌株中与萘降解相关的新型水杨醛脱氢酶NahV
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作者 赵化冰 李永君 +1 位作者 陈威 蔡宝立 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1257-1262,共6页
在大肠杆菌中表达了Pseudomonas putida ND6菌株中与萘降解有关的水杨醛脱氢酶同工酶NahV,并对其酶学性质进行了研究.结果表明,NahV与ND6菌株中经典的水杨醛脱氢酶NahF的氨基酸序列同源性较低,是一种新的水杨醛脱氢酶.对NahV和NahF的酶... 在大肠杆菌中表达了Pseudomonas putida ND6菌株中与萘降解有关的水杨醛脱氢酶同工酶NahV,并对其酶学性质进行了研究.结果表明,NahV与ND6菌株中经典的水杨醛脱氢酶NahF的氨基酸序列同源性较低,是一种新的水杨醛脱氢酶.对NahV和NahF的酶动力学研究结果表明,NahF具有更高的催化效率,而NahV对水杨醛和NAD+的亲和力更强.ND6菌株的NahV和NahF都有较宽的底物范围,可以催化水杨醛、5-氯水杨醛、甲醛、间硝基苯甲醛、邻硝基苯甲醛、邻甲氧基苯甲醛、戊二醛、辛醛和乙二醛的脱氢反应,但对不同底物的催化效率不同.Fe2+,Cu2+和Zn2+对NahV有激活作用,而NahF只能被Fe2+激活.NahF具有更好的热稳定性,在50℃保温30min仍有72.8%的酶活力,而NahV则丧失了88.8%的酶活力.DNA斑点杂交结果表明,类nahF基因在本研究检测的两种来源的萘降解细菌中都存在,而类nahV基因只存在于一种来源的萘降解细菌中. 展开更多
关键词 PSEUDOMONAS PUTIDA nd6萘降解质粒 pnd6-1 水杨醛脱氢酶 NahV DNA杂交
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北京及周边地区九个地理种群的亚洲小车蝗mtDNA ND6基因及其部分侧翼序列分析 被引量:3
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作者 李云龙 谢爱婷 +3 位作者 秦萌 张群峰 孙勇 杨建国 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期634-640,共7页
为明确北京地区亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus Bey-Bienko的迁飞来源,选取包含完整线粒体DNA的ND6、tRNA-Thr基因及侧翼ND4L、CYTB基因部分序列作为目的片段,采用DNA序列法分析来自北京及周边省市9个地理种群155个亚洲小车蝗样本的序列... 为明确北京地区亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus Bey-Bienko的迁飞来源,选取包含完整线粒体DNA的ND6、tRNA-Thr基因及侧翼ND4L、CYTB基因部分序列作为目的片段,采用DNA序列法分析来自北京及周边省市9个地理种群155个亚洲小车蝗样本的序列碱基组成、种群遗传多样性、种群结构及单倍型网络进化等。结果表明:在目的序列中共检测到多态性位点16个,鉴定出单倍型20种,分别占碱基总数和总样品量的1.88%和12.90%;核苷酸多样性为0.0012,单倍型多样性为0.66,种群间遗传分化系数绝对值≤0.51,种群内个体间遗传变异占总变异的86.88%,各种群遗传变异与空间距离间无显著相关性,供试样本总体上遗传变异程度相对较低。北京密云种群鉴定出的独享单倍型H14由单倍型H10经2次突变获得,H10被锡林郭勒和乌兰察布种群共享;北京密云与河北滦平、围场及内蒙古乌兰察布种群间基因流Nm绝对值分别为3.749、1.387和0.912,均高于密云种群与其它种群间的Nm绝对值;结合亚洲小车蝗在北京及周边地区出现的先后时序可知,内蒙古锡林郭勒、乌兰察布及河北滦平、围场是北京地区亚洲小车蝗的最主要迁飞来源。 展开更多
关键词 亚洲小车蝗 MT DNA nd6基因 序列分析 遗传关系
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Pseudomonas putida ND6中两个高度同源catA基因的分离、克隆及比较
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作者 覃琨 李华英 +4 位作者 郭锦 李德金 胡骁 刘芳 赵化冰 《武警后勤学院学报(医学版)》 CAS 2017年第5期369-374,共6页
【目的】分别对恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)ND6基因组中基因高度同源的儿茶酚1,2-双加氧酶基因catA_1、catA_2进行克隆和原核表达,并进行生物信息学分析和酶学性质比较。【方法】通过生物信息学软件对catA_1和catA_2进行序列分析... 【目的】分别对恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)ND6基因组中基因高度同源的儿茶酚1,2-双加氧酶基因catA_1、catA_2进行克隆和原核表达,并进行生物信息学分析和酶学性质比较。【方法】通过生物信息学软件对catA_1和catA_2进行序列分析和进化树构建,利用经典的酶切连接方法和核酸外切酶III介导的无缝连接两种方法分别对catA_1和catA_2进行了表达载体的构建,对表达产物的酶学性质(最适反应温度,最适反应p H,耐热性,底物特异性等)进行了研究。【结果】catA_1和catA_2在基因序列上相似性为73.57%,两个酶的最适反应p H均为7.4,最适反应温度分别为45℃、50℃,Km值分别为1.28、1.66μmol/L,酶活力单位分别为9.00、8.35 U/mg,两个酶对儿茶酚和4-甲基儿茶酚具有较好的反应活性,在C12O分类中属于同一类型。【结论】本研究通过两种方式成功构建了高度同源性两个基因的表达载体,对于分离高同源性基因有一定的参考意义,同时通过对ND6菌株中同工酶的酶学性质进行研究和比较,加深了对ND6萘降解机制的理解,进一步探讨了冗余降解基因存在的意义。 展开更多
关键词 恶臭假单胞菌nd6 儿茶酚1 2-双加氧酶 不依赖连接酶的分子克隆 酶学研究
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A novel salicylaldehyde dehydrogenase-NahV involved in catabolism of naphthalene from Pseudomonas putida ND6 被引量:2
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作者 ZHAO HuaBing LI YongJun +1 位作者 CHEN Wei CAI BaoLi 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2007年第14期1942-1948,共7页
A novel salicylaldehyde dehydrogenase involved in catabolism of naphthalene from Pseudomonas putida ND6, NahV, has been identified. NahV exhibited lower identity in amino acid sequence with the classic salicylaldehyde... A novel salicylaldehyde dehydrogenase involved in catabolism of naphthalene from Pseudomonas putida ND6, NahV, has been identified. NahV exhibited lower identity in amino acid sequence with the classic salicylaldehyde dehydrogenase, NahF, from P. putida ND6. This is the first report of an isofunctional enzyme of bacterial salicylaldehyde dehydrogenase. Comparison of Km and Vmax values of NahV and NahF demonstrated that NahF has a more efficient catalytic reaction than NahV, while NahV has much higher affinity for salicylaldehyde and NAD+. Both enzymes exhibited broad substrate speci- ficities and catalyzed the oxidation of salicylaldehyde, 5-chlorosalicylaldehyde, formaldehyde, m-nitrobenzaldehyde, o-nitrobenzaldehyde, o-methoxybenxaldehyde, glutaraldehyde, caprylic aldehyde, and glyoxal. However, the relative rates at which the substituted analogs are transformed differ considerably. NahV activity could be enhanced by Fe2+, Cu2+ and Zn2+; whereas NahF activity could only be stimulated by Fe2+. NahF is more stable than NahV at elevated temperatures. Dot-blot hybridization analyses showed that nahF-like genes occurred in all naphthalene-degradation bacteria isolated in this study, whereas nahV-like genes were present in only some naphthalene-degrading bacteria. 展开更多
关键词 水杨醛 异化作用 分解代谢 假单胞菌
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线粒体基因种属鉴定复合扩增体系 被引量:2
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作者 方月琴 顾准 侯一平 《盐城工学院学报(自然科学版)》 CAS 2012年第1期19-24,共6页
针对cyt b基因和ND6基因序列,设计两对引物,以14种常见动物(包括人)生物性检材为对象进行PCR扩增,产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)、硝酸银染色进行分析。结果证明,两条电泳条带者为人样本,分别是cyt b基因片段(358 bp)和ND6基因片段(18... 针对cyt b基因和ND6基因序列,设计两对引物,以14种常见动物(包括人)生物性检材为对象进行PCR扩增,产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)、硝酸银染色进行分析。结果证明,两条电泳条带者为人样本,分别是cyt b基因片段(358 bp)和ND6基因片段(181 bp);一条电泳条带者为动物来源,是358 bp cyt b基因片段。在37.5μL PCR反应体系中最小检出模板量为0.25 pg基因组DNA。检材在4℃、室温和37℃温度下,经过4个月后均可获得正确的种属区分。高度潮湿环境中放置50 d的检材、形成于水泥地面、墙面、泥土等基质上的血痕,本方法可得到正确区分。由此建立的种属鉴定的线粒体基因复合扩增体系,其检测片段短、灵敏度高、操作简易,适合法医学上微量、降解、陈旧检材的种属判定。 展开更多
关键词 种属鉴定 线粒体DNA CYTB基因 nd6基因 法医学
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赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6基因克隆及序列特征分析 被引量:4
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作者 沈莹 左成学 +4 位作者 吴敏 王星果 张营 徐建荣 顾志良 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第1期85-87,共3页
[目的]根据赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6(ND6)基因序列分析不同种鱼类的分子进化关系。[方法]根据其他鱼类的线粒体ND6基因及侧翼序列设计引物,采用PCR扩增并克隆、测序赤眼鳟ND6基因,通过MEGA4.0 Neighbor-Joining法分析不同鱼类的进化关系... [目的]根据赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6(ND6)基因序列分析不同种鱼类的分子进化关系。[方法]根据其他鱼类的线粒体ND6基因及侧翼序列设计引物,采用PCR扩增并克隆、测序赤眼鳟ND6基因,通过MEGA4.0 Neighbor-Joining法分析不同鱼类的进化关系。[结果]赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)线粒体基因组ND6基因序列长度为522 bp,编码173个氨基酸。该基因碱基组成为:A41.5%、C32.7%、G12.4%、T13.4%,其中A+T含量(54.9%)高于G+C含量(45.1%)。将赤眼鳟ND6基因序列与GenBank中其他11种鱼类ND6基因序列进行比对发现,赤眼鳟ND6核酸序列与团头鲂的同源性最高,为90.8%;与红点鲑鱼的同源性最低,为73.0%。赤眼鳟ND6氨基酸序列与其他物种ND6氨基酸进行比对发现,赤眼鳟与团头鲂同源性最高,为98.3%;与大黄鱼的同源性最低,为75.7%。以ND6氨基酸序列采用NJ法构建12种鱼类的系统发生树基本反映了它们的种间、属间和科间的关系。[结论]首次得到了赤眼鳟线粒体ND6基因序列,并确定了赤眼鳟与其他11种鱼类的分子进化关系。 展开更多
关键词 赤眼鳟 nd6基因 DNA序列 系统进化
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生物显微镜数字图像白平衡的影响因素研究 被引量:2
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作者 袁超 赵彤 +1 位作者 敖育健 程环 《医疗卫生装备》 CAS 2015年第5期95-97,共3页
目的:研究生物显微镜数字图像白平衡的影响因素及如何调整获得最佳结果。方法:用色温仪分别测量各因素作用时的数据及其之间的相互影响,用SASS软件进行统计学分析。结果:物镜的使用可以增加色温200~300 K,使用LBD滤色片可增加色温值4... 目的:研究生物显微镜数字图像白平衡的影响因素及如何调整获得最佳结果。方法:用色温仪分别测量各因素作用时的数据及其之间的相互影响,用SASS软件进行统计学分析。结果:物镜的使用可以增加色温200~300 K,使用LBD滤色片可增加色温值400~1 800 K,减小视场光阑90%可降低色温约400 K,ND6滤光片、ND25滤光片、孔径光阑对色温无影响。结论:生物显微镜中各电学、光学元器件的参数要经过科学的调整才能获得数字图像正确的白平衡。 展开更多
关键词 显微镜数字图像 白平衡 色温 LBD滤色片 nd6/ND25滤光片
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