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A new species in the genus Malcus Stål(Hemiptera:Heteroptera:Malcidae)from China based on morphological and molecular data
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作者 Shujing WANG Wenjun BU 《Entomotaxonomia》 CSCD 2020年第4期252-257,共6页
Morphological and molecular data confirm a new species in genus Malcus from Xizang,China.Malcus zhengi sp.nov.is described and illustrated.Photos and illustrations of the adult,critical morphological characteristics a... Morphological and molecular data confirm a new species in genus Malcus from Xizang,China.Malcus zhengi sp.nov.is described and illustrated.Photos and illustrations of the adult,critical morphological characteristics and pygophore are provided. 展开更多
关键词 LYGAEOIDEA morphology molecular data TAXONOMY
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Molecular Clump Extraction Algorithm Based on Local Density Clustering 被引量:3
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作者 Xiaoyu Luo Sheng Zheng +4 位作者 Yao Huang Shuguang Zeng Xiangyun Zeng Zhibo Jiang Zhiwei Chen 《Research in Astronomy and Astrophysics》 SCIE CAS CSCD 2022年第1期19-29,共11页
The detection and parameterization of molecular clumps are the first step in studying them.We propose a method based on the Local Density Clustering algorithm while physical parameters of those clumps are measured usi... The detection and parameterization of molecular clumps are the first step in studying them.We propose a method based on the Local Density Clustering algorithm while physical parameters of those clumps are measured using the Multiple Gaussian Model algorithm.One advantage of applying the Local Density Clustering to the clump detection and segmentation,is the high accuracy under different signal-to-noise levels.The Multiple Gaussian Model is able to deal with overlapping clumps whose parameters can reliably be derived.Using simulation and synthetic data,we have verified that the proposed algorithm could accurately characterize the morphology and flux of molecular clumps.The total flux recovery rate in 13CO(J=1-0)line of M16 is measured as 90.2%.The detection rate and the completeness limit are 81.7%and 20 K km s-1 in 13CO(J=1-0)line of M16,respectively. 展开更多
关键词 molecular data molecular processes methods:laboratory:molecular
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SSR数据格式转换软件DataFormater 被引量:63
3
作者 樊文强 盖红梅 +3 位作者 孙鑫 杨爱国 张忠锋 任民 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期265-270,共6页
随着分子群体遗传学的快速发展和SSR标记的广泛应用,一些分子群体遗传学分析软件相继问世。但是不同软件的SSR数据输入文件格式并不一致,人工转换费时费力,且易出错。因此,本研究利用Python高级计算机语言开发了SSR分子标记数据格式转... 随着分子群体遗传学的快速发展和SSR标记的广泛应用,一些分子群体遗传学分析软件相继问世。但是不同软件的SSR数据输入文件格式并不一致,人工转换费时费力,且易出错。因此,本研究利用Python高级计算机语言开发了SSR分子标记数据格式转换软件Data Formater。该软件具有友好的图形用户界面,能高效准确的把SSR原始数据快速转换为Popgene、Ntsys、Power Marker、Structure、Tassel、SPAGe Di等常用分子群体遗传学分析软件的输入文件,同时还具过滤稀有等位、过滤无多态位点、用户数据校验等功能。与人工转换相比,Data Formater可大大提高转换的效率和准确性。因此,Data Formater将是分子群体遗传学研究中不可或缺的工具软件。现在用户可以通过Data Formater软件的主页进行下载,网址为:www.ycsjk.com.cn/dataformater/home/,或通过电子邮件renmin@caas.cn索取该软件。 展开更多
关键词 分子群体遗传学 分子标记 SSR 数据格式 软件 Python计算机语言
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肢体淋巴水肿:中药治疗核心药物作用机制的网络药理学和分子对接分析
4
作者 宓宝来 刘羽飞 +3 位作者 杨俏丽 康砚澜 袁梁 曹建春 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第18期4814-4824,共11页
背景:肢体淋巴水肿尚缺乏现代医学特效疗法,现有药物疗效有限。中医药在消肿领域积淀深厚,古籍蕴藏丰富方剂经验,但各学派观点差异导致组方分散,作用机制未明。尤其缺乏对古籍所载中药组方治疗肢体淋巴水肿规律的系统梳理。目的:基于古... 背景:肢体淋巴水肿尚缺乏现代医学特效疗法,现有药物疗效有限。中医药在消肿领域积淀深厚,古籍蕴藏丰富方剂经验,但各学派观点差异导致组方分散,作用机制未明。尤其缺乏对古籍所载中药组方治疗肢体淋巴水肿规律的系统梳理。目的:基于古今医案云平台和Cytoscape分析中医典籍治疗肢体淋巴水肿的用药规律,并通过网络药理学与分子对接探讨核心药物的作用机制。方法:收集“博览医书”数据库中截至2024-05-01收录的能治疗肢体淋巴水肿的消肿中药组方,筛选符合标准的核心药物。通过TCMSP数据库获取核心药物的成分与靶点,联合GeneCards、TTD、OMIM数据库筛选疾病靶点;构建药物-成分-靶点网络和蛋白互作网络,利用Metascape进行基因本体/京都基因与基因组百科全书富集分析,并通过分子对接验证。结果与结论:最终纳入223首方剂(含355味中药),经配伍与复杂网络分析确定核心药物组合:陈皮-茯苓-槟榔-白术-木香。网络药理学分析显示核心靶点(如TP53、SRC、AKT1)富集于磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B、丝裂原活化蛋白激酶、缺氧诱导因子1及癌症相关等通路。分子对接验证了3′,5,7-三羟基-4-甲氧基黄酮、啤酒甾醇与SRC、AKT1的强结合活性。研究表明,该核心药物组合可能通过调控SRC、AKT1及上述通路治疗肢体淋巴水肿。 展开更多
关键词 肢体淋巴水肿 数据挖掘 网络药理学 分子对接 博览医书 古今医案云平台 陈皮 茯苓
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基于数据挖掘、网络药理学及分子动力学模拟探讨中药治疗肿瘤相关性睡眠障碍的用药规律及作用机制
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作者 焦琮涵 程妍妍 +3 位作者 贺佳雨 阮玉河 李子欣 张莹 《中国现代医生》 2026年第1期55-61,68,共8页
目的探讨中药治疗肿瘤相关性睡眠障碍(cancer-related insomnia,CRI)的用药规律及作用机制。方法筛选数据库中符合纳入、排除标准的治疗CRI的中药处方,统计药物频次及属性,并进行关联规则分析和聚类分析;利用网络药理学筛选有效成分、... 目的探讨中药治疗肿瘤相关性睡眠障碍(cancer-related insomnia,CRI)的用药规律及作用机制。方法筛选数据库中符合纳入、排除标准的治疗CRI的中药处方,统计药物频次及属性,并进行关联规则分析和聚类分析;利用网络药理学筛选有效成分、核心靶点和通路,通过分子对接、分子动力学模拟加以验证。结果筛选后共获得中药181味,高频中药依次为甘草、酸枣仁、龙骨、茯苓,共包含活性成分122个、靶点254个,药物–疾病共同靶点108个;主要活性成分有槲皮素、山柰酚、柚皮素、4-氧-甲基光甘草定等,核心靶点包括肿瘤坏死因子、白细胞介素-1β、基质金属蛋白酶9等,涉及脂质与动脉粥样硬化、癌症通路等信号通路。分子对接和分子动力学模拟显示核心靶点与其活性成分之间能形成稳定结构。结论基于多维数据分析证实治疗CRI多采用补虚泻实、标本兼治之法,并可通过多成分、多靶点、多通路达到治疗CRI的目的。 展开更多
关键词 肿瘤相关性失眠障碍 数据挖掘 网络药理学 分子对接 分子动力学模拟
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应用ISODATA选取可行域的荧光分子断层成像 被引量:2
6
作者 侯榆青 胡跃林 +2 位作者 易黄建 焦璞 贺小伟 《光学精密工程》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第8期2074-2083,共10页
为了实现快速、准确、鲁棒的荧光分子断层成像(FMT)重建,有限投影FMT和可行域选取策略得到了越来越多的关注。为了解决现有的可行域选取方法中存在的参数设置困难以及多目标选取不准确的问题,从而提高有限投影FMT的重建质量,提出了应用... 为了实现快速、准确、鲁棒的荧光分子断层成像(FMT)重建,有限投影FMT和可行域选取策略得到了越来越多的关注。为了解决现有的可行域选取方法中存在的参数设置困难以及多目标选取不准确的问题,从而提高有限投影FMT的重建质量,提出了应用迭代自组织数据分析技术算法(ISODATA)的FMT可行域选取方法。首先采用ISODATA对初级重建结果聚类分区,然后在各分离的区域上分别选取可行域。为了验证提出的方法在应用中的可行性和有效性,设计了三目标荧光团重建的对比实验。实验结果显示,使用2个投影数据时,只有使用本文提出的方法可以准确地重建出三个荧光源的位置;使用4个投影数据时,重建的平均位置误差为0.18mm,荧光产额相对误差小于50%,而此时使用阈值法不能重建,使用区域收缩法的荧光产额相对误差为61.2%。即使在测量数据较少时,提出的方法也可以准确高效地选取可行域,提高有限投影FMT重建的精确度和鲁棒性。 展开更多
关键词 荧光分子断层成像 有限投影 可行域选取 迭代自组织数据分析技术算法
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Understanding biological functions through molecular networks 被引量:7
7
作者 Han,JD 《Cell Research》 SCIE CAS CSCD 2008年第2期224-237,共14页
The completion of genome sequences and subsequent high-throughput mapping of molecular networks have allowed us to study biology from the network perspective. Experimental, statistical and mathematical modeling approa... The completion of genome sequences and subsequent high-throughput mapping of molecular networks have allowed us to study biology from the network perspective. Experimental, statistical and mathematical modeling approaches have been employed to study the structure, function and dynamics of molecular networks, and begin to reveal important links of various network properties to the functions of the biological systems. In agreement with these functional links, evolutionary selection of a network is apparently based on the function, rather than directly on the structure of the network. Dynamic modularity is one of the prominent features of molecular networks. Taking advantage of such a feature may simplify network-based biological studies through construction of process-specific modular networks and provide functional and mechanistic insights linking genotypic variations to complex traits or diseases, which is likely to be a key approach in the next wave of understanding complex human diseases. With the development of ready-to-use network analysis and modeling tools the networks approaches will be infused into everyday biological research in the near future. 展开更多
关键词 network data integration modularity molecular function genetic variation
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高淀粉马铃薯初级核心种质资源的遗传多样性分析 被引量:1
8
作者 孙邦升 宋继玲 +5 位作者 杨梦平 邢金月 胡尊艳 郝智勇 李菁华 刘春生 《作物杂志》 北大核心 2025年第3期52-60,共9页
以来自13个国家和组织的62份高淀粉马铃薯资源为试验材料,采用54个表型性状数据和19对多态性引物SSR分子数据,分析了高淀粉马铃薯初级核心种质的遗传多样性。结果表明,62份初级核心种质资源包含了马铃薯描述规范的54个表型性状绝大多数... 以来自13个国家和组织的62份高淀粉马铃薯资源为试验材料,采用54个表型性状数据和19对多态性引物SSR分子数据,分析了高淀粉马铃薯初级核心种质的遗传多样性。结果表明,62份初级核心种质资源包含了马铃薯描述规范的54个表型性状绝大多数描述符,只有8个性状没有包含全部描述符,缺少的描述符多为我国资源库中缺少的和稀缺资源类型;47个质量性状的多样性指数在0.0633~1.3043,平均多样性指数为0.8197;7个数量性状的多样性指数在1.0701~1.3152,平均遗传多样性指数为1.1630;数量性状遗传多样性普遍高于质量性状,变异较多,有利于在实际应用中的种质资源选择;通过7个数量性状的相关分析,明确了淀粉含量与其他数量性状的相关性。19对引物扩增出116条具有多态性的条带,多态性百分率为96.72%。平均每对引物扩增条带6.26条,平均等位基因数6.26个,平均有效等位基因数3.9931个。Nei’s基因多样性指数变化范围在0.3735~0.8480,Shannon-Wiener多样性指数变化范围在0.6624~2.0123。分别用54个表型数据和19对多态性引物的SSR分子数据进行聚类分析,都可以将62份高淀粉马铃薯初级核心种质分为4大类群。2种数据基础的分类结果重合度在50%左右,体现了表型和基因层面上62份材料的遗传多样性和亲缘关系。 展开更多
关键词 马铃薯 核心种质 遗传多样性 分子数据
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低级别胶质瘤多组学数据整合的一致性聚类集成分子分型
9
作者 王彤 杨琪 +6 位作者 田雅昕 贾聪聪 罗艳虹 房瑞玲 余红梅 张岩波 曹红艳 《中国卫生统计》 北大核心 2025年第4期502-509,共8页
目的提出基于一致性聚类集成的多组学数据整合方法(multi-omics data integration with consensus clustering ensemble,MICCE),探讨MICCE方法在低级别胶质瘤(lower-grade gliomas,LGG)分子分型中的应用,识别预后高风险患者,筛选与LGG... 目的提出基于一致性聚类集成的多组学数据整合方法(multi-omics data integration with consensus clustering ensemble,MICCE),探讨MICCE方法在低级别胶质瘤(lower-grade gliomas,LGG)分子分型中的应用,识别预后高风险患者,筛选与LGG进展相关的差异基因以及重要通路。方法采用一致性聚类集成方法集成LGG患者多组学数据整合分型的7种方法(SNF、joint SNF、CIMLR、ConsensusClusterPlus、MoCluster、NEMO、iClusterBayes),得到一致性分型结果,采用Cox回归研究不同分型患者的预后风险;进一步筛选出DEmRNAs(differentially expressed mRNAs),DEmiRNAs(differentially expressed miRNAs)和DMGs(differentially methylated genes),并对差异基因进行GO生物功能注释和KEGG通路分析;最后进行免疫细胞浸润和通路活性分析。结果LGG患者分为预后高危组,中危组和低危组,其中高危组的死亡风险是低危组的7.70倍;筛选出2512个DEmRNAs,14个DEmiRNAs和255个DMGs,包括5个核心基因;将基因联合分析得到的665个重合基因进行GO富集和KEGG富集分析,得到62条GO富集项和52条KEGG富集项;免疫细胞浸润和通路活性分析表明,存在显著差异的2种浸润细胞和4条通路。结论MICCE能够有效识别出LGG预后高风险患者,并发现与LGG进展相关的差异基因和不同亚型的肿瘤相关通路,为LGG的个性化治疗提供重要线索。 展开更多
关键词 聚类集成 多组学数据整合 分子亚型 低级别胶质瘤
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时间序列生成对抗网络架构下的分子泵退化数据生成研究
10
作者 柏受军 成志新 +3 位作者 袁啸林 王静 左桂忠 余耀伟 《电子测量与仪器学报》 北大核心 2025年第6期195-203,共9页
为了确保托卡马克实验的安全运行,对关键真空获取设备分子泵的可靠性评估至关重要。然而,有限的退化数据导致现有的预测方法准确性较低。针对这一挑战,提出了一种基于时间序列生成对抗网络(TGAN)的分子泵退化数据生成方法,旨在通过生成... 为了确保托卡马克实验的安全运行,对关键真空获取设备分子泵的可靠性评估至关重要。然而,有限的退化数据导致现有的预测方法准确性较低。针对这一挑战,提出了一种基于时间序列生成对抗网络(TGAN)的分子泵退化数据生成方法,旨在通过生成数据来扩充数据集,进而提高预测模型的准确性和可靠性。该方法创新性地结合了Transformer网络和TGAN,并通过引入威布尔分布提高了生成数据的质量,再利用长短期记忆网络对生成的退化数据进行退化预测。实验结果表明,TGAN-Transformer能有效生成满足分子泵退化预测需求的数据,显著提升了预测的准确性和可靠性,为分子泵的可靠性分析和安全运行提供了可靠支持。通过对比实验,TGAN-Transformer在均方根误差(RMSE)指标上相较于生成对抗网络(GAN)、深度卷积生成对抗网络(DCGAN)、递归条件生成对抗网络(RCGAN)、变分自编码器(VAE)和条件变分自编码器(CVAE)分别提升51%、48%、36%、40%、30%;在平均绝对误差(MAE)指标上,分别提升52%、49%、38%、42%、33%,证明了其在分子泵退化预测中的有效性。未来的研究可进一步优化生成网络结构,探索更多生成对抗网络的变种,以提高生成数据的多样性和真实性,从而进一步提升退化预测的准确性和可靠性。 展开更多
关键词 数据生成 分子泵 时间序列生成器对抗网络 退化预测
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基于数据挖掘和网络药理学探讨中医药治疗复发性流产用药规律和作用机制
11
作者 刘畅 周小月 +1 位作者 姚睿婷 冯晓玲 《中药新药与临床药理》 北大核心 2025年第6期1010-1021,共12页
目的中医药在治疗复发性流产中显示了充分的优势,但中药多重组分与疾病复杂病理机制之间的作用模式是中药现代研究亟需解决的关键问题。该研究采用数据挖掘、网络药理学、分子对接方法相结合,分析中医药治疗复发性流产的用药规律及潜在... 目的中医药在治疗复发性流产中显示了充分的优势,但中药多重组分与疾病复杂病理机制之间的作用模式是中药现代研究亟需解决的关键问题。该研究采用数据挖掘、网络药理学、分子对接方法相结合,分析中医药治疗复发性流产的用药规律及潜在作用机制。方法检索知网、万方、维普、PubMed、Web of Science等数据库自建库以来至2024年3月的中医药治疗复发性流产的文献,建立方药数据库,运用IBM SPSS Modeler 18、IBM SPSS Statistics 26统计软件进行关联规则和系统聚类分析。利用TCMSP获得核心药物的活性成分及靶点信息,通过GeneCards、OMIM、DrugBank等数据库获得疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点的交集作为潜在作用靶点。进行PPI网络分析、GO和KEGG富集分析,以阐明其潜在的机制,并进行分子对接。结果最终纳入文献208篇,得到有效处方183个,挖掘出高频核心药物为菟丝子、续断、白术、白芍、桑寄生、党参、当归,得到交集靶点共144个,筛选出的核心活性成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、β-谷甾醇和7-甲氧基-2-甲基异黄酮。治疗复发性流产的关键靶点涉及AKT1、IL-6、TNF、TP53和IL-1B。KEGG富集分析表明靶点可能通过TNF、p53、PI3K-AKT信号通路等调控发挥作用。分子对接结果表明核心活性成分与关键靶点的对接能量均小于0 kcal·mol^(-1),对接构象稳定。结论通过数据挖掘获得中医药治疗复发性流产的核心药物包括菟丝子、续断、白术等,发挥补益肝肾,益气健脾,行气化痰之效。网络药理学分析显示其作用机制主要参与炎症反应、免疫调节等生物学过程,通过多靶点、多通路、多途径的治疗特点发挥治疗作用,可为中医药治疗复发性流产提供理论依据,为进一步发掘其潜在作用机制提供研究方向。 展开更多
关键词 复发性流产 中医药 数据挖掘 网络药理学 分子对接
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基于数据挖掘、网络药理学和分子对接技术的中藏药干预高原红细胞增多症作用机制探讨
12
作者 张彬 孙佑佳 +5 位作者 才太吉 贾蔷 吉先才让 杜连平 高燕 赵渤年 《中国现代中药》 2025年第7期1312-1320,共9页
目的:通过数据挖掘、网络药理学、分子对接技术探讨中藏药干预高原红细胞增多症组方规律及潜在作用机制。方法:以“高原红细胞增多症”“High Altitude Polycythemia”为主题词,在中国知网、万方医学、PubMed等国内外数据库中检索相关文... 目的:通过数据挖掘、网络药理学、分子对接技术探讨中藏药干预高原红细胞增多症组方规律及潜在作用机制。方法:以“高原红细胞增多症”“High Altitude Polycythemia”为主题词,在中国知网、万方医学、PubMed等国内外数据库中检索相关文献,收集汇总药方并对方中使用药物进行频次、聚类、关联分析,选取核心组方;使用网络药理学构建核心组方-活性成分-交集靶点网络图,利用拓扑结构特征值筛选出关键成分和核心靶点,进行分子对接,预测成分与靶点之间相互作用强度;采用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,探讨组方的潜在作用机制。结果:最终纳入131篇文献,筛选出73首方剂,涉及180味中药。在干预高原红细胞增多症方剂中,红花、丹参、黄芪为高频使用药物,药性多温、平,药味多苦、甘,归经多为心经、脾经、肝经,功效多为补虚、活血化瘀;常用配伍是丹参与黄芪、红花与诃子、红花与木香;关联规则分析得到核心组方为木香-红花-肉豆蔻-诃子-余甘子。核心处方的关键成分为山柰酚、槲皮素、诃子次酸、leucodelphinidin、lappadilactone等,核心靶点为白蛋白(ALB)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸激酶1(Akt1)、缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)等,涉及信号通路为晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果表明,lappadilactone与TNF、诃子次酸与ALB、槲皮素与MMP9结合稳定。结论:中藏药通过多成分、多靶点、多通路发挥干预高原红细胞增多症的作用,为临床合理用药提供科学依据,为创新药物研发提供数据参考。 展开更多
关键词 数据挖掘 网络药理学 分子对接 高原红细胞增多症
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个人数据权利的类型化建构 被引量:1
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作者 段卫利 《西南政法大学学报》 2025年第4期132-143,共12页
我国《个人信息保护法》规定了大量个人数据权利,它们可以被分为原则性权利、兜底性权利和过程性权利。以内容为标准,《个人信息保护法》中的个人数据权利可以归为请求权、特权、权力和豁免四种类型,其中,请求权性质的个人数据权利数量... 我国《个人信息保护法》规定了大量个人数据权利,它们可以被分为原则性权利、兜底性权利和过程性权利。以内容为标准,《个人信息保护法》中的个人数据权利可以归为请求权、特权、权力和豁免四种类型,其中,请求权性质的个人数据权利数量最多,而决定权作为权力居于核心地位。在具体个人数据权利的动态运行过程中,请求权、特权、权力和豁免四类权利相互协作,一阶权利中的请求权发挥了纽带作用,个人数据权利的分子式结构体现得非常清晰。我国《个人信息保护法》中的个人数据权利类型多样、配置科学、体系完整,为新兴个人数据权利的保护提供了解释空间。 展开更多
关键词 个人数据权利 原子式权利 分子式结构 一阶权利 二阶权利
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基于转录组和基因组开发紫薇叶色相关的SNP分子标记
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作者 喻灿楠 郭安芳 +7 位作者 陆春 缪红军 侯小玉 袁天逸 刘国元 魏辉 张健 余春梅 《园艺学报》 北大核心 2025年第7期1803-1816,共14页
为获得与紫薇(Lagerstroemia indica)紫(红)色叶片关联的分子标记,以19个紫薇品种及其杂交F1子代为试材,对幼叶期、完全展叶期、盛花期和落叶期的叶色进行目测和CIE L^(*)a^(*)b^(*)检测。通过结合转录组和基因组的数据以及靶向测序,鉴... 为获得与紫薇(Lagerstroemia indica)紫(红)色叶片关联的分子标记,以19个紫薇品种及其杂交F1子代为试材,对幼叶期、完全展叶期、盛花期和落叶期的叶色进行目测和CIE L^(*)a^(*)b^(*)检测。通过结合转录组和基因组的数据以及靶向测序,鉴定参与叶色形成的候选SNP位点,通过高分辨率溶解曲线(high resolution melting,HRM)对候选的SNP在F1子代中进行了检测。结果显示,目测和CIEL^(*)a^(*)b^(*)均能较好地区分叶片颜色。红度a^(*)可区分绿色叶和彩色叶(红色和紫红色),亮度值L^(*)、黄度值b^(*)以及彩度值C和色调角度h在三种叶色(绿色、红色和紫红色)中均有显著差异。本研究中共筛选获得53个候选SNP位点,靶向测序结果显示6个位点ΔSNP大于0.2。Sanger测序以及HRM分析‘红火球’和‘白云映霞’F1代的基因型结果显示,其中4个SNP与叶色相关系数介于0.184≤r≤0.623,达到显著水平,1个SNP标记在绿色和彩色叶片中呈现有、无多态性。紫(红)色(P)型基因型频率越高,叶片颜色越深,说明紫(红)色叶片是由多基因控制的加性效应导致。 展开更多
关键词 紫薇 叶色 SNP分子标记 数据挖掘 分子标记辅助育种
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基于数据挖掘、网络药理学及分子动力学模拟探究中药治疗阿尔茨海默病的用药规律及作用机制 被引量:2
15
作者 赵书洋 赵健和 +3 位作者 刘志红 吴君 刘艾林 方坚松 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第6期1766-1779,共14页
目的基于古今医案云平台V2.3.7,分析名家医案中常用中药治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的用药规律及作用机制。方法根据纳入和排除标准检索平台中治疗AD的名家医案,筛选治疗AD的核心中药;进一步建立疾病-核心中药-活性成分... 目的基于古今医案云平台V2.3.7,分析名家医案中常用中药治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的用药规律及作用机制。方法根据纳入和排除标准检索平台中治疗AD的名家医案,筛选治疗AD的核心中药;进一步建立疾病-核心中药-活性成分-共有靶点网络模型。通过共有靶点建立蛋白-蛋白互作网络,利用David平台进行基因本体富集分析与京都基因与基因组百科全书通路分析;通过分子对接及分子动力学模拟评估潜在关键靶标与活性成分之间的结合能力与稳定性。结果从建库起至的2023年10月所有名家医案进行数据挖掘。获得核心中药理气药有陈皮、枳实;补气药有人参、大枣、党参、黄芪、白术、山药、甘草。进一步筛选得出核心中药包含活性成分778种,对应靶点377个,疾病靶点1986个;与AD靶点取交集后得到79个共有靶点,通过PPI网络拓扑分析,确定了包括TNF、AKT1、TP53、PPARG等7个核心靶点。GO和KEGG通路富集分析证实,核心中药的活性成分的靶点涉及138条通路,通过调控化学致癌-受体激活、血清素能突触、化学致癌物-活性氧等通路治疗AD。分子对接和分子动力学模拟结果表明关键靶点与核心成分之间具有良好的结合能力及稳定性。结论通过数据挖掘分析治疗AD的核心中药,从分子层面对其关键活性成分12-O-烟酸单烯酮、香豆亭治疗AD作用机制进行初步探讨,揭示潜在的生物学机制,为其应用提供理论依据。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 名家医案 数据挖掘 网络药理学 分子对接 动力学模拟
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海洋中药治疗骨质疏松的用药规律及作用机制 被引量:1
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作者 赖越 林轩 +3 位作者 徐淼 刘欢 沈剑粦 黄文华 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第17期3713-3723,共11页
背景:海洋中药为治疗骨质疏松提供了一种潜在有效且不易产生不良反应的方法。目的:应用数据挖掘和网络药理学方法分析并探讨中医临床治疗骨质疏松的用药规律及作用机制。方法:采用数据挖掘和网络药理学方法,对国家知识产权局批准的治疗... 背景:海洋中药为治疗骨质疏松提供了一种潜在有效且不易产生不良反应的方法。目的:应用数据挖掘和网络药理学方法分析并探讨中医临床治疗骨质疏松的用药规律及作用机制。方法:采用数据挖掘和网络药理学方法,对国家知识产权局批准的治疗骨质疏松的海洋中药专利处方进行用药模式和作用机制研究,并特别关注这些处方中的核心中药成分,利用超高效液相色谱串联质谱对牡蛎-续断-淫羊藿组成的复方药组核心成分进行全面的鉴定分析。结果与结论:①从国家知识产权局(SIPO)网站建立到2024-04-01,检索发现381项骨质疏松治疗的授权专利,共鉴定出48首含有海洋中药的中成药处方,这些处方包含183味中药,其中13种海洋中药用药频次共574次,单首专利组方中用药味数2-41种不等;②牡蛎是最常用的海洋中药,续断、淫羊藿、地黄、杜仲是最常用的非海洋中药;关联规则分析确定了牡蛎、续断和淫羊藿为核心药物群;网络药理学分析显示该核心药组治疗骨质疏松的核心靶点包括ALB、AKT1、TP53、PPARG和SRC;核心药组发挥疗效的核心成分为谷甾醇、甘草素、臭山羊碱、木犀草素、山奈酚;③GO与KEGG富集分析显示,Rap1/丝裂原活化蛋白激酶信号通路在核心药物组的骨质疏松作用机制中起着重要作用;④分子对接结果显示核心成分与核心靶点之间存在良好的相互作用;⑤超高效液相色谱串联质谱检测复方药组核心成分为木犀草素、谷甾醇、山奈酚等,与网络药理学鉴定的药物成分相符合;对复方药组成分进行定量分析得出,黄酮类化合物、萜类化合物以及生物碱这3类物质在药物成分占比中较大。 展开更多
关键词 骨质疏松 海洋中药 数据挖掘 网络药理学 分子对接
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基于GEO数据挖掘、网络药理学与分子对接探讨天麻与防风治疗急性脑梗死的有效成分和作用机制
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作者 周梦雪 赵曼丽 +1 位作者 张奕可 于晓丽 《中医临床研究》 2025年第19期1-11,共11页
目的:运用网络药理学、分子对接及GEO数据挖掘方法研究天麻从内风角度与防风从外风角度治疗急性脑梗死的关键有效成分、作用靶点及通路,探索天麻和防风治疗急性脑梗死的潜在药理基础、分子机制及其共同作用机制。方法:通过中药系统药理... 目的:运用网络药理学、分子对接及GEO数据挖掘方法研究天麻从内风角度与防风从外风角度治疗急性脑梗死的关键有效成分、作用靶点及通路,探索天麻和防风治疗急性脑梗死的潜在药理基础、分子机制及其共同作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、PubChem、SwissADME等数据库收集相关文献,分析天麻与防风的活性成分及作用靶点,并结合GeneCards与DisgeNET数据库筛选急性脑梗死相关靶点。将急性脑梗死靶点与天麻、防风的作用靶点进行映射,获得药物–疾病靶点的交集,利用STRING构建蛋白质–蛋白质相互作用网络,并通过Cytoscape 3.8.2进行可视化分析。进一步采用DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,揭示相关信号通路。通过分子对接验证天麻和防风的活性成分与疾病关键靶点的相互作用。通过GEO数据库的GSE102541数据集进行临床队列分析,获得急性脑梗死患者疾病核心靶点mRNA表达方面的差异。结果:获得天麻29个活性成分,对应980个基因靶点;防风10个活性成分,对应509个基因靶点。筛选出899个急性脑梗死相关靶点,其中104个与天麻相关、118个与防风相关。最终确定73个关键靶点和121个信号通路。分子对接结果表明,这些活性成分与疾病关键靶点具有良好的结合活性。通过GEO GSE102541数据集验证,过氧化物酶体增殖物激活受体γ(Peroxisome Proliferator Activated Receptor Gamma,PPARG)在急性脑梗死患者中的表达显著高于对照组患者(P=0.007)。结论:天麻与防风可能通过调节氧化应激反应、炎性反应、血小板聚集等过程在急性脑梗死中发挥治疗作用,为此二药的临床应用提供了理论依据。 展开更多
关键词 天麻–防风 急性脑梗死 网络药理学 分子对接 数据挖掘
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基于数据挖掘、网络药理和分子对接分析中药组方治疗梅尼埃病的作用机制 被引量:2
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作者 王胜男 孔智谦 +2 位作者 周智慧 何念财 黄海燕 《中草药》 北大核心 2025年第6期2066-2078,共13页
目的基于“无痰不作眩”的理论,分析中药组方治疗梅尼埃病的用药规律及作用机制。方法通过计算机检索中国知网(CNKI)、中国学术期刊数据库(万方)、中文期刊数据库(维普)和中国生物医学文献数据库(CBM),根据筛选标准获取文献,对中药频次... 目的基于“无痰不作眩”的理论,分析中药组方治疗梅尼埃病的用药规律及作用机制。方法通过计算机检索中国知网(CNKI)、中国学术期刊数据库(万方)、中文期刊数据库(维普)和中国生物医学文献数据库(CBM),根据筛选标准获取文献,对中药频次、性味、归经进行挖掘,并通过SPSS Modeler 18.0和SPSS Statistics 25.0进行关联规则分析和聚类分析,得到核心方;通过中药系统药理学数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database,TCMSP)检索活性成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM和CTD数据库检索疾病靶点,使用Veeny 2.1.0在线平台获取药物与梅尼埃病的交集靶点,利用String数据库搭建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,通过Cytoscape 3.7.0软件建立“药物-活性成分-交集靶点-疾病”可视化网络图,使用DAVID数据平台进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,并使用AutoDockVina1.1.2、PyMol 2.3.0和DiscoveryStudio软件进行分子对接及可视化处理。根据分子对接的结果进行实验验证。结果共纳入处方130个,中药123味,性平、温,味甘、苦,归肝、脾经的药物最多,通过关联规则得到半夏→茯苓、半夏→白术等药物组合,聚类分析得到核心方半夏、茯苓、白术、泽泻、陈皮。筛选出活性成分49个,疾病靶点8342个,交集靶点61个,核心靶点有雌激素受体1(estrogen receptor 1,ESR1)、肿瘤蛋白53(tumor protein 53,TP53)、缺氧诱导因子1α(hypoxia inducible factor 1 alpha,HIF1A)等,核心成分有黄芩素、β-谷甾醇、卡维丁等,主要作用于环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,cAMP)、磷脂酰肌醇-3-羟激酶(phosphatidylinositol-3-hydroxykinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)等信号通路。分子对接发现主要成分与靶点对接活性良好,HIF1A与卡维丁的结合能最低。验证实验发现,黄芩素、卡维丁可以明显降低梅尼埃病大鼠耳蜗组织中ESR1、TP53、HIF1A基因的表达。结论多维数据挖掘分析证实基于“无痰不作眩”理论治疗梅尼埃病的中药处方大多具有健脾燥湿、息风豁痰开窍的特性,其关键活性成分黄芩素、β-谷甾醇、卡维丁主要作用于ESR1、TP53和HIF1A等梅尼埃病靶点;其中黄芩素可下调cAMP信号通路相关蛋白发挥治疗梅尼埃病的效果。 展开更多
关键词 无痰不作眩 梅尼埃病 数据挖掘 网络药理学 分子对接 黄芩素 卡维丁
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基于超高效液相色谱-串联质谱技术结合网络药理学研究四土汤的抗炎机制
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作者 郭奥奥 周贤 +5 位作者 何丽姗 田代志 李娟 胡俊杰 陈新 刘松林 《世界中医药》 北大核心 2025年第2期198-210,共13页
目的:探讨四土汤中的抗炎活性成分及其作用机制。方法:采用超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术检测四土汤中的化学成分。利用网络药理学筛选活性成分与核心靶点,预测四土汤抗炎作用机制。运用分子对接技术验证活性成分与核心... 目的:探讨四土汤中的抗炎活性成分及其作用机制。方法:采用超高效液相色谱-串联质谱(UPLC-Q-TOF-MS)技术检测四土汤中的化学成分。利用网络药理学筛选活性成分与核心靶点,预测四土汤抗炎作用机制。运用分子对接技术验证活性成分与核心靶点的结合活性,结合基因表达综合数据库(GEO)验证数据集绘制受试者工作特征曲线(ROC)评估核心靶点与炎症性疾病的相关性,进一步制备角叉菜胶致炎大鼠模型进行结果验证。结果:UPLC-Q-TOF-MS共鉴定出85个化学成分,主要包括黄酮类、蒽醌类和酚酸类等。网络药理学结果显示,四土汤能够通过槲皮素、木犀草素、大黄素、落新妇苷等活性成分作用于肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-10(IL-10)等炎症靶点,调节磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、Toll样受体(Toll-like)等信号通路发挥抗炎作用。分子对接结果显示,13种活性成分与10个核心靶点的结合能均<-5 kcal/mol。GEO数据挖掘结果显示,核心靶点在3个炎症疾病数据集中均具有较高的ROC值。动物实验结果显示,与模型组比较,四土汤给药组大鼠足肿胀度显著性降低(P<0.05),足跖皮下组织病理损伤有所改善,足肿胀组织髓过氧化物酶(MPO)、一氧化氮(NO)含量显著性降低(P<0.01),大鼠血清中TNF-α、IL-1β、IL-6显著性降低(P<0.05),IL-10显著性升高(P<0.05)。结论:本研究初步验证了四土汤的抗炎药理活性,并揭示了可能的分子机制,为进一步全面阐释四土汤的药效物质基础及其药物开发提供了实验依据。 展开更多
关键词 四土汤 抗炎 超高效液相色谱-串联质谱 药效物质基础 网络药理学 分子对接 基因表达综合数据库数据挖掘 大鼠足肿胀模型
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基于多模式生物信息学探讨防治动脉粥样硬化核心中药及潜在作用机制 被引量:1
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作者 冯露 邵瑞洁 +4 位作者 王添钰 王霄 李佳彦 吴爱明 聂波 《药物评价研究》 北大核心 2025年第4期875-886,共12页
目的 采用数据挖掘、网络药理学和分子对接技术,探讨中药抗动脉粥样硬化(AS)的用药规律、核心靶点及潜在作用机制。方法 以中国学术期刊全文数据库(CNKI)、万方数据库(Wanfang Data)、维普生物医学数据库(VIP)3大数据库近10年治疗AS的... 目的 采用数据挖掘、网络药理学和分子对接技术,探讨中药抗动脉粥样硬化(AS)的用药规律、核心靶点及潜在作用机制。方法 以中国学术期刊全文数据库(CNKI)、万方数据库(Wanfang Data)、维普生物医学数据库(VIP)3大数据库近10年治疗AS的文献为数据来源,借助古今医案云平台及Apriori关联规则函数等进行数据挖掘,以确定治疗AS的核心药物;通过TCMSP、Swiss Target Prediction数据库得到核心中药活性成分及潜在靶点,与Genecards数据库得到的疾病靶点取交集,利用Cytoscape3.10.0构建核心中药-活性成分-交集靶点网络以及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;对中药的核心活性成分及AS的核心靶点进行分子对接以验证其有效性。结果 从数据库中共筛选出143首方剂,涉及201味中药,药物的性味以甘、苦、辛为主,归肝、脾、心经居多。Apriori算法结果表明,“红花-桃仁-赤芍”为支持度和置信度较高的组合;通过筛选获得该组合靶点有332个,AS靶点1 663个,交集靶点228个;核心成分为黄芩素、β-谷甾醇、没食子酸120(GA120)、豆甾醇;核心靶点为肿瘤蛋白p53(TP53)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶(AKT1)、信号转导及转录活化因子3(STAT3);GO分析条目共1 275个,KEGG通路富集分析共162条通路,根据KEGG分析,预测主要通过癌症通路、AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化等信号通路发挥治疗作用;分子对接结果显示,药物核心成分与核心靶点都有一定的结合亲和力,其中SRC、AKT1靶点与分子结合较好。结论 “红花-桃仁-赤芍”通过多成分、多靶点、多通路发挥抗AS的作用,其靶点可能与TP53、SRC、AKT1、STAT3有关。 展开更多
关键词 动脉粥样硬化 核心中药 数据挖掘 网络药理学 分子对接 红花 桃仁 赤芍
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