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植物miR408家族的进化与分子特性 被引量:5
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作者 刘炜婳 倪珊珊 +2 位作者 林争春 林玉玲 赖钟雄 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期1042-1051,共10页
miR408家族在植物上已有报道,但其进化规律与分子特性研究很少.利用miRbase数据库提供的34种植物49个miR408的前体序列和64个成熟体序列,采用分类统计、进化树构建、序列比对、二级结构预测、染色体定位分析及靶基因预测等手段,进行进... miR408家族在植物上已有报道,但其进化规律与分子特性研究很少.利用miRbase数据库提供的34种植物49个miR408的前体序列和64个成熟体序列,采用分类统计、进化树构建、序列比对、二级结构预测、染色体定位分析及靶基因预测等手段,进行进化规律与分子特性分析.结果显示:miR408家族成员分布在34个植物物种中,分布较为广泛,并且苔藓类植物可能是植物miR408家族进化的祖先;物种特异性是影响miR408前体进化特性的重要因素,而序列保守性是影响成熟体进化特性的主要因素;由5p臂上形成的miR408成熟体的序列特异性较大,由3p臂上形成的miR408成熟体的序列保守较高;Mfold预测表明植物miR408家族具有典型的茎环二级结构,茎序列的保守性高于环序列,3p臂上茎序列的保守性高于5p臂上茎序列;靶基因预测表明miR408广泛参与植物生长发育和逆境胁迫的应答.综上表明植物miR408家族成员在进化过程中保守性与特异性并存,这对进一步研究植物miR408的生物学功能具有参考价值. 展开更多
关键词 植物 mir408家族 进化规律 分子特征 靶基因预测
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丹参miR408基因前体序列的克隆及表达分析 被引量:4
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作者 郭晓荣 杨新兵 +3 位作者 王怀琴 明方琳 佘旭 曹晓燕 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期430-438,共9页
MiR408是植物中一类高度保守的miRNA,其靶基因编码含铜蛋白,miR408的表达受植物生长发育和环境条件的显著影响。拟南芥中miR408在HY5-SPL7基因网络中起着关键作用,而HY5-SPL7基因网络可介导拟南芥对光照和铜离子的协调应答,进一步表明mi... MiR408是植物中一类高度保守的miRNA,其靶基因编码含铜蛋白,miR408的表达受植物生长发育和环境条件的显著影响。拟南芥中miR408在HY5-SPL7基因网络中起着关键作用,而HY5-SPL7基因网络可介导拟南芥对光照和铜离子的协调应答,进一步表明miR408在植物对环境的响应中发挥了核心作用。本研究基于丹参基因组Survey数据库,从中搜索并克隆得到366 bp的含有稳定茎环结构的miR408前体序列及其上游723 bp片段的启动子区,Gen Bank登录号分别为KU360384和KU360385,并将miR408的前体序列命名为SmMIR408。生物信息学分析结果显示:Sm-MIR408上游启动子序列与模式植物拟南芥Ath-MIR408、水稻OsaMIR408启动子区具有许多相同的顺式作用元件,如G-box、CGTCA-motif、TGACG-motif、GTAC-motif等,而HSE、CATT-motif作用元件仅存在于丹参启动子区;miR408成熟序列在不同物种中具有很高的保守性;基于不同物种miR408前体序列构建的系统进化树显示,来源于单子叶植物的miR408前体序列聚为一支,来源于双子叶植物的miR408前体序列聚为另一支。实时定量PCR分析结果显示:Sm-MIR408在丹参的根、茎、叶、花中都有表达,其在花中的表达量最高,根中最低;Sm-MIR408的表达受茉莉酸甲酯和伤害的抑制,黑暗和持续光照也可抑制该基因的表达。Sm-MIR408基因的克隆与表达分析为今后研究丹参miR408的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 丹参 mir408 前体序列 表达分析
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桑树中miR408-MnBBP模块调节花青苷生物合成的机制 被引量:3
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作者 孙志超 郭新淼 +4 位作者 王晖 谢岩 高妍夏 李季生 高玉军 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1216-1226,共11页
为探究桑树(Morus alba L.)miR408靶向MnBBP基因调控花青苷合成的分子机制,利用荧光定量PCR技术(q RT-PCR)、生物信息技术、5′-RACE及转基因技术分析了桑树miR408对桑葚花青苷的生物代谢途径的影响。序列比对发现桑树miR408序列与双子... 为探究桑树(Morus alba L.)miR408靶向MnBBP基因调控花青苷合成的分子机制,利用荧光定量PCR技术(q RT-PCR)、生物信息技术、5′-RACE及转基因技术分析了桑树miR408对桑葚花青苷的生物代谢途径的影响。序列比对发现桑树miR408序列与双子叶植物序列完全一致,与单子叶植物序列在第1个核苷酸位置存在单核苷酸多态性;qRT-PCR分析发现miR408在桑树不同组织差异表达,在叶片和果实表达水平最高;使用在线网站Omicstudio预测分析,发现桑树蓝铜结合蛋白基因MnBBP是mi R408的靶基因,降解组测序结果也发现MnBBP能够被miR408靶向切割,利用5'-RACE技术进一步验证切割位点位于与miR408互补序列的第9至第10位碱基之间;拟南芥超表达miR408发现,转入桑树miR408提高了拟南芥叶片中花青苷水平;运用转录组测序技术分析转基因和野生型植株基因差异表达,发现差异表达基因富集在花青苷合成途径上,其中5个基因在超表达miR408植株上调得到了qRT-PCR验证。研究结果确定了MnBBP为桑树miR408的靶基因,mi R408通过抑制MnBBP表达促进桑葚花青苷的积累。 展开更多
关键词 果实 mir408 MnBBP 转基因 花青苷
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香蕉miR408b靶基因Chemocyanin的克隆及其在低温胁迫下的表达分析 被引量:3
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作者 刘彦英 倪珊珊 +3 位作者 项蕾蕾 孙雪丽 陈裕坤 赖钟雄 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期29-39,共11页
【目的】研究香蕉中miR408b及其靶基因Chemocyanin在低温胁迫下的表达模式和调控机制。【方法】以三明野生蕉和‘天宝蕉’叶片为材料,利用RT-PCR和RACE技术克隆获得三明野生蕉中的MiChemocyanin基因(MiCHY)和‘天宝蕉’中的MaChemocyani... 【目的】研究香蕉中miR408b及其靶基因Chemocyanin在低温胁迫下的表达模式和调控机制。【方法】以三明野生蕉和‘天宝蕉’叶片为材料,利用RT-PCR和RACE技术克隆获得三明野生蕉中的MiChemocyanin基因(MiCHY)和‘天宝蕉’中的MaChemocyanin基因(MaCHY),利用在线网站对MiCHY进行生物信息学分析。【结果】MiCHY基因的cDNA全长为587 bp,开放阅读框381 bp,编码126个氨基酸蛋白,具有Plantacyanin结构域,属于超铜氧化还原蛋白家族。在ORF区的4~24 bp处有一处高度匹配miR408b的结合区(GCTCAGGGAAGGGGCAGTGCG)。RLM-5’RACE分析表明,miR408b主要在靶序列的第7~8个碱基之间剪切靶基因MiCHY的mRNA。序列比对发现,MaCHY基因比MiCHY基因多了82 bp的序列,符合内含子的GT-AG剪切,推测发生了内含子驻留的可变剪接。保守结构域分析表明MaCHY没有Plantacyanin结构域,但也属于铜氧化还原蛋白家族。qRT-PCR结果表明,低温胁迫下,冷敏感的‘天宝蕉’miR408b的表达量上升,MaCHY的表达量降低;在抗寒的三明野生蕉中,miR408b的表达量下降,MiCHY表达量上升,miR408b与MiCHY表达量呈负相关。【结论】miR408b及其靶基因MiCHY可能在香蕉响应低温胁迫中发挥重要作用。 展开更多
关键词 香蕉 mir408b Chemocyanin基因 低温胁迫 表达分析
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龙眼miR408与DlLAC12克隆及其在球形胚发生和非生物胁迫下的表达分析 被引量:1
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作者 徐小萍 曹清影 +6 位作者 蔡柔荻 官庆栩 张梓浩 陈裕坤 徐涵 林玉玲 赖钟雄 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1866-1882,共17页
为探讨miR408及靶基因DlLAC12在龙眼球形体细胞胚诱导及不同非生物胁迫下的表达模式,采用miR-RACE PCR和Tail-PCR克隆获得pri-miR408 cDNA和转录起始位点、dlo-miR408 gDNA、靶基因DlLAC12 cDNA及启动子pro-MIR408序列。研究结果显示:dl... 为探讨miR408及靶基因DlLAC12在龙眼球形体细胞胚诱导及不同非生物胁迫下的表达模式,采用miR-RACE PCR和Tail-PCR克隆获得pri-miR408 cDNA和转录起始位点、dlo-miR408 gDNA、靶基因DlLAC12 cDNA及启动子pro-MIR408序列。研究结果显示:dlo-pri-miR408 cDNA、gDNA全长均为706 bp,5′端转录起始位点为胞嘧啶(C)。DlLAC12 cDNA全长为1725 bp,pro-MIR408全长为1532 bp。pro-MIR408序列上存在ABA、GA_(3)、JA等激素信号传导顺式作用元件和响应光、低温胁迫等相关元件。qRT-PCR结果显示,dlo-miR408-3p随外源添加的蔗糖浓度、Cu^(2+)浓度及培养温度的变化呈现动态表达;而dlo-miR408-5p1对蔗糖不敏感,在铜离子失衡和低温时下调表达。dlo-miR408-3p与DlLAC12负调控模式能响应高浓度ABA(≥500μmol•L^(-1))处理,而不同浓度GA_(3)处理下二者表达模式一致。dlo-miR408-3p与DlLAC12在球形胚诱导不同天数呈现负调控,说明在球形胚诱导过程发挥作用。试验表明,dlo-miR408与靶基因DlLAC12可参与龙眼体胚发生与非生物胁迫响应。 展开更多
关键词 龙眼 体胚发生 mir408 DlLAC12 非生物胁迫
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miR398和miR408对UV-B胁迫下拟南芥幼苗的影响
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作者 陕永杰 张美萍 +3 位作者 冀丽蓉 李丹 张莉 沈振国 《山西师范大学学报(自然科学版)》 2021年第3期64-70,共7页
为研究miR398和miR408对UV-B辐射下拟南芥幼苗的影响,测定了叶绿素荧光参数、抗氧化系统SOD酶活性、GSH含量和MDA含量等指标.结果表明:UV-B辐射下,过表达miR398拟南芥与过表达miR408拟南芥相比野生型植株的叶绿素荧光动力学参数F_(v)/V_... 为研究miR398和miR408对UV-B辐射下拟南芥幼苗的影响,测定了叶绿素荧光参数、抗氧化系统SOD酶活性、GSH含量和MDA含量等指标.结果表明:UV-B辐射下,过表达miR398拟南芥与过表达miR408拟南芥相比野生型植株的叶绿素荧光动力学参数F_(v)/V_(m)、qP降低、qN升高,影响植物的光合作用过程,降低光合效率;SOD酶活性降低、GSH含量减少,MDA含量上升,活性氧积累,影响植物抵抗辐射逆境胁迫,损害植株生长发育过程.说明过表达miR398和过表达miR408拟南芥对UV-B辐射胁迫的抗性降低,光合作用和抗氧化系统均受到影响,miR398与miR408对拟南芥响应UV-B胁迫下起负调控作用. 展开更多
关键词 细胞生物学 miR398 mir408 UV-B辐射 抗氧化系统
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