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火龙果hAT-MITE转座子插入多态性分子标记开发与品种鉴别
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作者 胡文斌 王好 +4 位作者 周新城 濮文辉 冯艳丽 李洪立 李琼 《热带作物学报》 北大核心 2025年第9期2076-2085,共10页
微型反向重复转座子(MITE)作为真核基因组中活跃的可移动元件,其插入多态性为种质遗传多样性分析提供了新型分子标记。本研究基于火龙果品种莞华白全基因组数据,通过生物信息学方法系统鉴定hAT家族MITE转座子,共筛选出2350个具有完整末... 微型反向重复转座子(MITE)作为真核基因组中活跃的可移动元件,其插入多态性为种质遗传多样性分析提供了新型分子标记。本研究基于火龙果品种莞华白全基因组数据,通过生物信息学方法系统鉴定hAT家族MITE转座子,共筛选出2350个具有完整末端反向重复(TIR)和靶位点重复(TSD)特征的候选元件,平均每对染色体213个。基于序列特异性及多态性分析,从中选出110个(每对染色体10个)高差异位点设计引物,经PCR扩增验证后成功开发出41个稳定多态性hAT-MITE标记。进一步利用41对引物对48份火龙果种质进行全基因组扫描,通过琼脂糖凝胶电泳共检测到81个多态性位点(多态率为97.59%);UPGMA聚类分析表明,48份材料存在着丰富的变异和遗传多样性(遗传相似系数在0.57~0.91之间),在遗传相似系数为0.63时,将品种资源划分为4个遗传结构显著差异的类群。基于引物-带型组合法,精选4对核心引物(HU-MIT-02/06/26/75)构建覆盖全部种质资源的数字化指纹图谱,其品种鉴别准确率达100%。本研究首次建立火龙果hAT-MITE分子标记技术体系,所开发的标记库及标准化鉴定流程为火龙果种质资源精准分类、品种鉴定和品种权保护提供了高效工具,对火龙果种业知识产权保护具有重要应用价值。 展开更多
关键词 火龙果 hAT-mite转座子 指纹图谱 品种鉴定 遗传多样性
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盾叶秋海棠基因组微型反向重复转座子MITEs的分布模式和表达分析
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作者 黄泽铖 郭微 +2 位作者 王龙远 李凌飞 吴伟 《热带亚热带植物学报》 北大核心 2025年第5期566-576,共11页
利用已发表盾叶秋海棠(Begonia peltatifolia)基因组和不同组织的转录组数据,对基因组中微型重复转座子元件(MITEs)进行鉴定和分类,并对其在基因组上的分布特征、插入偏好和表达状态进行了分析。结果表明,共鉴定出925个MITEs拷贝,分属于... 利用已发表盾叶秋海棠(Begonia peltatifolia)基因组和不同组织的转录组数据,对基因组中微型重复转座子元件(MITEs)进行鉴定和分类,并对其在基因组上的分布特征、插入偏好和表达状态进行了分析。结果表明,共鉴定出925个MITEs拷贝,分属于hAT、Mutator、PIF/Harbinger和Tc1/Mariner等4个超家族,其中hAT家族占比最高,达到70.49%。插入位置分析发现,有59.5%的MITEs元件位于基因侧翼(上下游各5 kb)或基因内,其它约40%的MITEs则位于端粒、着丝粒或其它基因稀疏区域;且位于基因5′侧翼的MITEs拷贝大约是3′侧翼的MITEs的2倍,插入热点在1000~3000碱基对距离内,这些共转录的基因主要与次生代谢、能量合成和转运功能有关;插入到基因内部的则主要分布在非编码区(UTRs和内含子),在外显子上没有观察到MITEs的插入,插入基因功能富集主要与功能、蛋白质合成和遗传信息的表达有关。对盾叶秋海棠不同组织的转录组数据共检测到68次MITEs共转录,在营养器官花梗和叶中极少表达。在生殖器官花和活跃分生组织的根中表达较多,且含有MITEs的转录本中,80.8%和其异构体相比,表达量降低或差别不显著,仅有19.1%的表达量增加。这为开展其耐旱的转座子表观遗传调控机制奠定了基础,为耐旱秋海棠新品种选育提供了基因资源。 展开更多
关键词 盾叶秋海棠 mites转座子 基因插入偏好 基因功能
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Research Advances in the Control of Spider Mites Using Bioactive Substances of Biological Origin
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作者 Tongshu DAI Kaicheng LIU Yanjie LUO 《Asian Agricultural Research》 2025年第11期51-53,共3页
Spider mites are significant pests in agricultural production.The increasing resistance of spider mites,along with environmental pollution and ecological imbalance caused by their control,is primarily attributed to th... Spider mites are significant pests in agricultural production.The increasing resistance of spider mites,along with environmental pollution and ecological imbalance caused by their control,is primarily attributed to the long-term use of chemical acaricides in agriculture.In contrast,bioactive substances of biological origin offer advantages such as wide availability,environmental friendliness,and low tendency to induce resistance,making them a research hotspot for spider mite control.This review summarizes recent advances in the use of plant-derived active compounds(exemplified by extracts from Veratrum rhizomes),RNA interference(RNAi)technology,and microorganism-derived active substances for controlling spider mites.These bioactive agents exert acaricidal effects by disrupting the nervous system,interfering with metabolic processes,or silencing key genes in mites,demonstrating favorable efficacy and considerable potential for development.However,challenges remain,including poor environmental stability,slow action,high production costs,and insufficient understanding of their effects on non-target organisms.Therefore,future research should focus on the screening and development of novel bioactive substances of biological origin,elucidation of their mechanisms of action,optimization of formulation technologies,and assessment of their ecological safety.These efforts will provide valuable insights for promoting the advancement of bioactive substances and supporting sustainable agricultural development. 展开更多
关键词 Bioactive substances of BIOLOGICAL ORIGIN Spider mite CONTROL RNA interference Plant-derived ACTIVE substances Microorganism-derived ACTIVE substances
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Acaricidal effect of the antimicrobial metabolite xenocoumacin 1 on spider mite control
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作者 Jiaxing Wei Hong Yan +3 位作者 Jie Ren Guangyue Li Bo Zhang Xuenong Xu 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2024年第3期948-959,共12页
The two-spotted spider mite,Tetranychus urticae Koch,is one of the most harmful pests in many agroecosystems worldwide.To effectively manage this pest,there is an urgent need to develop novel bio-active acaricides tha... The two-spotted spider mite,Tetranychus urticae Koch,is one of the most harmful pests in many agroecosystems worldwide.To effectively manage this pest,there is an urgent need to develop novel bio-active acaricides that support integrated pest management strategies targeting T.urticae.In this study,we explored the acaricidal effects of xenocoumacin 1 (Xcn1) on T.urticae and its predator Neoseiulus californicus using the highly puri?ed compound.Xcn1 was extracted and purified from the cell-free supernatant of the Xenorhabdus nematophila CB6 mutant constructed by the easy promoter activated compound identi?cation (easyPACId) method.When the concentration of Xcn1 exceeded 100μg mL~(–1),the survival rate of spider mite adults declined to below 40%and the fecundity was decreased by 80%at six days post-application.At concentrations of 25 and 50μg mL~(–1),Xcn1 signi?cantly impeded spider mite development by inhibiting the molt.However,neither concentration had any adverse effects on the survival or reproduction of the predatory mite N.californicus.The results from laboratory and semi-?eld experiments consistently demonstrated the effectiveness of the antimicrobial metabolite Xcn1 in controlling pest mites at both the molecular and physiological levels.Our study offers a promising possibility that combines the compatible biocontrol agents of Xcn1 and predatory mites for integrated pest mite control. 展开更多
关键词 pest management predatory mite Xcn1 MORPHOLOGY developmental inhibition TRANSCRIPTOME
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烟草MITE位点间多态性(IMP)标记开发及其遗传作图应用 被引量:8
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作者 高玉龙 桂毅杰 +3 位作者 肖炳光 薄世平 严广号 樊龙江 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期655-661,共7页
为在烟草(Nicotiana tabacum)上进行IMP(inter-MITE polymorphism,MITE位点间多态性)标记开发,利用美国烟草基因组测序数据和MITE(miniature inverted repeat transposable element,微型反向重复转座元件)结构特征,通过生物信息学方法获... 为在烟草(Nicotiana tabacum)上进行IMP(inter-MITE polymorphism,MITE位点间多态性)标记开发,利用美国烟草基因组测序数据和MITE(miniature inverted repeat transposable element,微型反向重复转座元件)结构特征,通过生物信息学方法获得11 581组具有特异TIR(terminal inverted repeat,末端重复元件)序列的MITE及其多序列联配结果,并根据联配结果设计219条烟草IMP引物;利用9个不同类型烟草代表性品种进行测试,其中119条引物PCR扩增成功,引物开发成功率为54.6%;进一步对一个烤烟遗传群体亲本‘红花大金元’和‘HicksBroadleaf’进行标记筛选,共获得29个多态性标记,群体检测表明有21个标记可以整合定位到一个SSR标记遗传连锁图上.说明IMP标记在烟草中是一种可以利用的分子标记,但跟其他标记一样表现出较低的多态性,需高通量检测平台与之配套来提高其开发效率. 展开更多
关键词 烟草 微型反向重复转座元件(mite) mite位点间多态性(IMP) 分子标记 遗传图谱
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Co-occurrence Patterns of Above-ground and Below-ground Mite Communities in Farmland of Sanjiang Plain, Northeast China 被引量:7
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作者 LIN Lin GAO Meixiang +3 位作者 LIU Dong ZHANG Xueping WU Haitao WU Donghui 《Chinese Geographical Science》 SCIE CSCD 2014年第3期339-347,共9页
One of the fundamental questions in community ecology is whether communities are random or formed by deterministic mechanisms. Although many efforts have been made to verify non-randomness in community structure, litt... One of the fundamental questions in community ecology is whether communities are random or formed by deterministic mechanisms. Although many efforts have been made to verify non-randomness in community structure, little is known with regard to co-occurrence patterns in above-ground and below-ground communities. In this paper, we used a null model to test non-randomness in the structure of the above-ground and below-ground mite communities in farmland of the Sanjiang Plain, Northeast China. Then, we used four tests for non-randomness to recognize species pairs that would be demonstrated as significantly aggregated or segregated co-occurrences of the above-ground and below-ground mite communities. The pattern of the above-ground mite commu- nity was significantly non-random in October, suggesting species segregation and hence interspecific competition. Additionally, species co-occurrence patterns did not differ from randomness in the above-ground mite community in August or in below-ground mite com- munities in August and October. Only one significant species pair was detected in the above-ground mite community in August, while no significant species pairs were recognized in the above-ground mite community in October or in the below-ground mite communities in August and October. The results indicate that non-randomness and significant species pairs may not be the general rule in the above-ground and below-ground mite communities in farmland of the Sanjiang Plain at the fine scale. 展开更多
关键词 above-ground mite below-ground mite mite communities co-occurrence patterns interspecific competition species pairassociations
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花生LTR和MITE转座子及其分子标记开发利用研究进展 被引量:14
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作者 熊发前 刘俊仙 +10 位作者 贺梁琼 韩柱强 黄志鹏 唐秀梅 蒋菁 钟瑞春 吴海宁 李忠 罗赛云 唐荣华 何新华 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期640-647,共8页
花生是世界上最重要的油料作物和经济作物之一,但其遗传基础狭窄,分子标记严重不足,严重制约了其分子育种进程。而LTR反转录转座子和MITE转座子广泛分布于植物基因组中,具有拷贝数丰富和插入位点多态性等特点,非常适合用来开发分子标记... 花生是世界上最重要的油料作物和经济作物之一,但其遗传基础狭窄,分子标记严重不足,严重制约了其分子育种进程。而LTR反转录转座子和MITE转座子广泛分布于植物基因组中,具有拷贝数丰富和插入位点多态性等特点,非常适合用来开发分子标记。另外,一系列研究结果表明,转座子分子标记揭示栽培种花生的DNA多态性要明显高于SSR分子标记,展示了其潜在的应用前景。鉴于此,本研究对花生LTR反转录转座子和MITE转座子的分离及其分子标记开发利用研究进展进行了系统整理和归纳,旨在理清思路,了解国内外研究现状,为紧接下来的花生LTR反转录转座子和MITE转座子的分子标记开发利用研究奠定坚实的基础。 展开更多
关键词 花生 LTR反转录转座子 mite转座子 分子标记 转座子
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MITE转座元件在植物中的研究进展 被引量:6
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作者 温小杰 张学勇 +1 位作者 郝晨阳 刘旭 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期2219-2226,共8页
MITE(miniature inverted repeat transposable element)是一种新近发现的DNA转座元件,其结构与非自主元件相似,具有TIR或TSD结构,但又具有反转录转座元件的高拷贝性。MITE广泛分布于真核生物基因附近或内部,主要包括Tourist和Stowaway... MITE(miniature inverted repeat transposable element)是一种新近发现的DNA转座元件,其结构与非自主元件相似,具有TIR或TSD结构,但又具有反转录转座元件的高拷贝性。MITE广泛分布于真核生物基因附近或内部,主要包括Tourist和Stowaway两种类型,通过相应的自主转座元件编码的反转录酶识别TIR序列完成扩张。它插入位点的倾向性以及高度重复性,使其在基因的表达调控和遗传进化上发挥重要的作用。本文在简要介绍MITE转座元件的结构及转座机制的基础上,综述了植物MITE元件在基因表达调控、遗传多样性评价及基因(组)进化方面的研究进展,并对MITE转座元件在植物中的应用前景进行了展望。 展开更多
关键词 转座机制 mite 基因表达 基因多样性 基因组进化
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AhFAD2B基因MITE标记在高油酸花生选育中的应用 被引量:6
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作者 徐平丽 唐桂英 +6 位作者 李国卫 付春 鲁成凯 姜言生 宋晓峰 单雷 万书波 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1069-1077,共9页
高油酸花生因其优质的油脂组成,越来越受到食品、油脂加工、种业等领域的青睐。然而,目前我国育成的高油酸品种遗传背景狭窄,拓宽遗传背景、开发相应的分子标记,有利于高效选育性状优异、适应性广的高油酸花生新品种。本研究针对具有F45... 高油酸花生因其优质的油脂组成,越来越受到食品、油脂加工、种业等领域的青睐。然而,目前我国育成的高油酸品种遗传背景狭窄,拓宽遗传背景、开发相应的分子标记,有利于高效选育性状优异、适应性广的高油酸花生新品种。本研究针对具有F458背景的花生AhFAD2B基因的MITE插入突变,开发了用以辅助鉴定真杂种及后代材料的MITE分子标记。该方法运用1轮常规PCR反应和普通琼脂糖凝胶电泳就可以区分出3种基因型,简便易行、成本低、稳定性好,显著提高了目标性状选择效率。同时,以耐盐性强、油食兼用型北方大花生品种宇花2号(YH2)做母本,高油酸花生潍花25号(WH25)作父本,配制杂交组合,利用系谱法逐代进行田间农艺性状筛选,并运用MITE标记辅助进行F1真杂种和后代单株基因型鉴别,获得了5个半直立型和1个直立型高油酸花生新品系。并且,对这些品系主要种子品质性状和耐盐性进行了调查分析。 展开更多
关键词 花生 mite转座子 分子标记 高油酸
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小麦MITE转座子对sHSP基因的表达调控研究 被引量:4
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作者 李静婷 王健胜 杨风岭 《江苏农业科学》 北大核心 2015年第12期29-32,共4页
MITE(miniature inverted-repeat transposable elements)是一类特殊的DNA介导的转座子,经常插入基因的编码区、内含子、启动子、非翻译区(UTR)而与基因紧密相关。探讨插入小麦16.9 ku sHSP基因(sHSP16.9)3'-UTR中MITE对基因表达调... MITE(miniature inverted-repeat transposable elements)是一类特殊的DNA介导的转座子,经常插入基因的编码区、内含子、启动子、非翻译区(UTR)而与基因紧密相关。探讨插入小麦16.9 ku sHSP基因(sHSP16.9)3'-UTR中MITE对基因表达调控的影响,实时定量结果显示:在高温、低温处理时,具有MITE插入的基因型中sHSP16.9基因转录水平较无MITE插入的基因型显著提高;构建2种不同的植物表达载体p CAMBIA Super-1300+sHSP16.9、p CAMBIA Super-1300+sHSP16.9+MITE转化拟南芥,半定量结果显示,sHSP16.9+MITE超表达的转基因拟南芥中sHSP16.9基因表达量较sHSP16.9超表达的转基因拟南芥中显著提高,推测sHSP16.9基因3'-UTR中MITE插入增强该基因的转录水平。 展开更多
关键词 mite转座子 sHSP基因 基因表达 基因调控 小麦 植物双元表达载体 构建
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枣树全基因组MITEs成分分析与系统进化研究 被引量:1
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作者 李勇慧 冯爱青 +2 位作者 押辉远 程彦伟 逯海朋 《郑州大学学报(理学版)》 CAS 北大核心 2015年第4期103-107,共5页
微型反向重复转座基因(minialure inverted repeat transposable elements,MITEs)的演化可能是造成枣树基因组及品种多样性的重要原因.为研究MITEs在枣树全基因组中的分布、种类及演化,使用MITE预测软件(MITEDigger)识别枣树全基因组中... 微型反向重复转座基因(minialure inverted repeat transposable elements,MITEs)的演化可能是造成枣树基因组及品种多样性的重要原因.为研究MITEs在枣树全基因组中的分布、种类及演化,使用MITE预测软件(MITEDigger)识别枣树全基因组中的MITEs序列,在植物MITEs数据库中进行分类注释,并用MEGA 6.0构建枣树基因组中MITEs的系统进化树.结果显示,MITE-Digger检测出MITEs总共3 230条,碱基数为1 104 679 bp,占基因组比例为0.34%;其中共有948条在植物MITEs数据库中比对到相似序列,这些MITEs可以归类到5个家族:h AT,PIF/Harbinger,CACTA,Mutator和Tc1/Mariner,MITEs系统进化树显示:枣树基因组中MITEs来源于少数几个共同祖先,在长期的进化中有明显的扩增和突变,这可能与枣树品种多样性有关.研究结果将为枣树的遗传资源及育种研究提供重要参考. 展开更多
关键词 miteS 枣树基因组 系统进化 IMP分子标记技术
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稻/菰远缘杂交后代变异材料MITE类转座子mPing的激活 被引量:1
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作者 时羽 韩康顺 +3 位作者 孟令君 贾玉敏 周桂姣 李彦利 《北方水稻》 CAS 2013年第6期7-12,共6页
实验以日本引进粳稻品种松前为受体材料,以水稻的近缘属菰为供体,利用花粉管通道法导入受体水稻菰的基因组DNA。经过两个世代的培养,T1世代表型(株形、穗形、籽粒特征)变异不明显,但统计分析结果表明生育期及有效分蘖数与母本有显著差... 实验以日本引进粳稻品种松前为受体材料,以水稻的近缘属菰为供体,利用花粉管通道法导入受体水稻菰的基因组DNA。经过两个世代的培养,T1世代表型(株形、穗形、籽粒特征)变异不明显,但统计分析结果表明生育期及有效分蘖数与母本有显著差异。在T2世代发现明显的表型变异株,并且此变异后代类型丰富。随机选取22个表型变异株进行Southern杂交和转座子分析,发现MITE类转座子mPing发生了转座激活。根据日本晴的基因组序列设计了含有mPing的特异位点引物以及用TAIL-PCR方法检测到了T2世代中mPing的跳出及插入频繁。实验获得了水稻的优良变异后代,扩大了遗传资源,丰富了生物多样性。研究结果为远缘杂交在基因组进化和作物遗传改良中的可能作用提供了新的理论依据。 展开更多
关键词 远缘杂交 花粉管通道法 转座子激活 miteS mPing
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植物MITEs转座子及其应用 被引量:1
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作者 朱克明 杨艳华 《湖北农业科学》 2015年第22期5497-5500,5550,共5页
转座子是存在于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。简单介绍了转座子的种类、结构和特性,综述了MITEs转座子的研究进展及其应用。
关键词 植物 mites转座子 种类 结构 特性
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人气管普孢子虫基因组中MITEs转座子的鉴定及进化分析
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作者 刘璐 何强 +3 位作者 陈世良 张小燕 周泽扬 许金山 《重庆师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期12-17,共6页
利用生物信息学方法,首次在人气管普孢子虫(Trachipleistophora hominis)基因组内鉴定到9个MITEs家族ThME1ThME9,共123个拷贝,MITEs转座子的长度均小于600bp。根据靶位点重复序列(Target site duplication,TSD)的不同,将ThME1归属于... 利用生物信息学方法,首次在人气管普孢子虫(Trachipleistophora hominis)基因组内鉴定到9个MITEs家族ThME1ThME9,共123个拷贝,MITEs转座子的长度均小于600bp。根据靶位点重复序列(Target site duplication,TSD)的不同,将ThME1归属于Tc1/Mariner超家族,ThME2和ThME3归属于PIF/Harbinger超家族,ThME5和ThME6归属于CACTA超家族(超家族的名字用正体较好,下同),其余家族归为新家族。分析发现,人气管普孢子虫中的所有MITEs家族的吉布斯自由能均小于0,表明MITEs家族具有形成二级结构的潜能,有利于该家族在基因组上转座。人气管普孢子虫MITEs家族在基因组的插入时间估计在0-800万年内,而且这种插入在基因组中是随机的,没有位置偏向性,并发现2个MITEs转座子拷贝插入到基因编码区内部。上述结果为进一步研究微孢子虫MITEs转座子的起源以及功能奠定了基础。 展开更多
关键词 微孢子虫 人气管普孢子虫 miteS 基因组 转座子
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蓖麻基因组中一种Mutator-like类型MITEs元件的结构分析和鉴定
15
作者 周新成 王海燕 +3 位作者 胡梅珍 李正绪 卢诚 王文泉 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2012年第2期327-331,共5页
利用生物信息学方法,对蓖麻基因组Mutator-like类型MITEs元件进行了分析和鉴定。结果表明,蓖麻基因组上共鉴定出76个小于3 kb的Mutator-like类型MITEs元件,其中长度小于1 000 bp的元件有53个,占69.7%。这些MITEs元件中有42个位于基因间... 利用生物信息学方法,对蓖麻基因组Mutator-like类型MITEs元件进行了分析和鉴定。结果表明,蓖麻基因组上共鉴定出76个小于3 kb的Mutator-like类型MITEs元件,其中长度小于1 000 bp的元件有53个,占69.7%。这些MITEs元件中有42个位于基因间隔区,11个位于基因内含子区,位于5'UTR和3'UTR区的分别有8个和4个,另有1个位于基因编码区。29个MITEs元件带有转座酶以外的功能基因片段,成为pack-MITEs。多个pack-MITEs带有相同的非转座酶基因片段。Mutator-like类型的MITEs对蓖麻基因的表达和基因组的进化有潜在的影响,值得深入分析。 展开更多
关键词 miteS Mutator-like 蓖麻 转座子
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VALIDATION AND ANALYSES OF THE SIMPLE METHOD FOR DETERMINING rm OF APHIDS AND MITES
16
作者 况荣平 R. Fleming 《Zoological Research》 CAS CSCD 1992年第1期37-46,共10页
This paper deals with the validation and theoretical analyses of a simple method for calculating the intrinsic rate of increase, rm, of aphids and mites. This method does not require a detailed fecundity table data. T... This paper deals with the validation and theoretical analyses of a simple method for calculating the intrinsic rate of increase, rm, of aphids and mites. This method does not require a detailed fecundity table data. The value of rm can be estimated by the simple equation: rm=0.74ln (Md)/d, where d is the time from birth to first reproduction; Md is the number of female offspring produced per original female in 2d. This method was developed by Wyatt and White. We reached the following conclusions from our study: When the parameter, Md is less than 1, this equation is not appropriate for estimating rm of populations; When the parameter, Md is larger than 1 and about 70% or more of the reproductive contribution to the rm is achieved in 2d, the equation is appropriate for calculatng the rm of aphids and mites.As Md decreases, the required reproductive contribution to the rm in 2d corresponding to the constant 0.74 will increase. However, whether 70% or more of reproductive contribution to rm is achieved in 2d still is a problem for whole taxa of aphids and mites. Therefore, further siudy on reproductive distribution will be required for practical application of this method. 展开更多
关键词 Intrinsic rate of increase APHIDS miteS Simple calculation VALIDATION ANALYSES
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毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析 被引量:3
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作者 钟浩 周明兵 +1 位作者 白有煌 汤定钦 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第4期37-42,共6页
微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats... 微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats(FIASCO)方法,首次构建Stowaway-like MITEs富集文库。随机挑取21个克隆,测序发现2个含有Stowaway-like MITEs序列(Stow-Ph1和Stow-Ph2),阳性率为9.52%。Stow-Ph1和Stow-Ph2的长度分别为260和258bp,具有Stowaway-like MITEs典型的末端颠倒重复序列(terminal inverted repeats,TIRs)和靶位点重复序列(target site duplication,TSD)。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻的Stow-Os8(FJ266024)的同源性分别为46.4%和52.6%。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻16类Stowaway-like MITEs的TIRs前20bp的相似性均高于50%,表明毛竹的Stowaway-like MITEs在TIRs上是高度保守的。 展开更多
关键词 毛竹 磁珠富集 转座子 TIRs Stowaway-like miteS
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植物MITEs研究进展 被引量:3
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作者 俞朝 冯英 《浙江农业学报》 CSCD 2008年第3期213-218,共6页
微小倒转重复转座因子(miniature inverted-repeat transposable elements;MITEs)是动植物中广泛存在的非自主DNA因子,在基因组结构的进化中扮演重要的角色。文章综述了自MITEs在植物基因组中发现10多年来的研究进展,包括它们的特征、... 微小倒转重复转座因子(miniature inverted-repeat transposable elements;MITEs)是动植物中广泛存在的非自主DNA因子,在基因组结构的进化中扮演重要的角色。文章综述了自MITEs在植物基因组中发现10多年来的研究进展,包括它们的特征、分类与应用,并探讨了植物MITEs研究面临的挑战。 展开更多
关键词 mite 转座因子 逆转座子 进化 植物
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MITE转座子在不同甘蓝型油菜品种中的多态性研究 被引量:1
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作者 安素妨 李保全 +2 位作者 鲁丹丹 李高原 侯锦娜 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1389-1399,共11页
微型反向重复转座因子(MITE)在真核生物基因组中普遍存在,其活动能够在物种内形成丰富的多态性,在基因组进化和基因调控中均发挥重要作用。该研究利用286对不同MITE家族侧翼序列筛选的特异引物,对101个中国油菜、27个加拿大油菜和29个... 微型反向重复转座因子(MITE)在真核生物基因组中普遍存在,其活动能够在物种内形成丰富的多态性,在基因组进化和基因调控中均发挥重要作用。该研究利用286对不同MITE家族侧翼序列筛选的特异引物,对101个中国油菜、27个加拿大油菜和29个合成油菜品系(共157个品系)的基因组DNA进行多态性研究,以明确MITE家族的插入/缺失多态性以及在不同油菜品种之间插入的遗传多样性,进而探讨他们之间的亲缘关系。结果显示:(1)286对引物中筛选出60对条带清晰重复性高的多态性引物,多态性比例21.0%;其中Stowaway-like家族和Tourist-like家族特异引物的多态性比例分别为24.6%和20.0%。(2)PCR扩增结果显示,60对多态性引物对中国、加拿大、合成油菜品系的基因组DNA分别扩增出4 029、1 044、1 087条清晰可辨的条带。(3)UPGMA聚类显示,中国油菜品种间遗传相似系数在0.59~0.95,加拿大油菜品种间遗传相似系数在0.73~0.95;合成油菜品种间遗传相似系数值在0.64~0.93。研究表明,MITE在基因组中大量随机插入,形成种内丰富的多态性,利用MITE家族引物检测不同地区的油菜种质资源的多态性,可为油菜的育种找到许多尚未被开发的遗传变异。 展开更多
关键词 微型反向重复转座因子(mite) 甘蓝型油菜 遗传多样性
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植物中活性MITEs转座子研究进展 被引量:1
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作者 胡冰杰 周明兵 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期204-215,共12页
MITEs(Miniature inverted-repeat transposable elements)转座子是一种特殊的转座子,其既有DNA转座子的转座特性——"剪切-粘贴"转座方式,又有RNA转座子的高拷贝特性。目前已被报道的MITEs种类和数量虽然很多,但是关于有转... MITEs(Miniature inverted-repeat transposable elements)转座子是一种特殊的转座子,其既有DNA转座子的转座特性——"剪切-粘贴"转座方式,又有RNA转座子的高拷贝特性。目前已被报道的MITEs种类和数量虽然很多,但是关于有转座活性的MITEs的报道却甚少。本文总结了近几年来有关活性MITEs的相关报道,发现具有转座活性的MITEs种类大都分布在Tourist家族,分别是m Ping、m Ging、Ph Tourist1、Tmi1和Ph Tst-3,另外还有Stowaway-like家族的d Tstu1和MITE-39以及Mutator家族的Ah MITE1。文中还分析了这些活性MITEs的结构(TIR和TSD)、拷贝数、进化模式以及转座特性等,为鉴定其他活性MITEs以及MITEs转座和扩增机制的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 微型颠倒重复转座元件(mites) 转座活性 末端重复序列(TIR) 靶位点重复序列(TSD)
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