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靶向炎症细胞因子治疗脑卒中的机制:开放全基因组关联研究大数据分析
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作者 程乐 朱才丰 +6 位作者 周冰原 高大红 崔晓雅 李静 王雪伟 杨高尚 陈希阳 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第12期3198-3216,共19页
背景:炎症是脑卒中病理生理过程的关键组成部分,然而脑卒中与炎症之间的因果关系仍不清楚。目的:采用孟德尔随机化及分子对接技术探索91种靶向炎症细胞因子的脑卒中治疗机制。方法:从开放全基因组关联研究数据库(IEU Open GWAS,https://... 背景:炎症是脑卒中病理生理过程的关键组成部分,然而脑卒中与炎症之间的因果关系仍不清楚。目的:采用孟德尔随机化及分子对接技术探索91种靶向炎症细胞因子的脑卒中治疗机制。方法:从开放全基因组关联研究数据库(IEU Open GWAS,https://gwas.mrcieu.ac.uk/,由英国布里斯托大学医学研究委员会综合流行病学单位主办)中获得炎症细胞因子及脑卒中的数据,使用逆方差加权法作为主要研究方法进行两样本孟德尔随机化分析,评估91种炎症细胞因子与脑卒中之间的因果关系。随后基于孟德尔随机化研究结果进行了基因本体分析和京都基因与基因组通路分析,并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络。使用美国西奈山伊坎医学院建立的Enrichr数据库(http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr)和美国科罗拉多大学丹佛分校建立的药物特征数据库(http://tanlab.ucdenver.edu/dsigdb)进行脑卒中治疗药物预测,并使用AutoDock软件进行分子对接,通过Discovery Studio2019对结果进行可视化。结果与结论:(1)发现11种炎症细胞因子与全因脑卒中风险之间存在显著的因果关联;9种炎症细胞因子与缺血性脑卒中风险呈强相关;6种细胞因子与大动脉脑卒中风险显著相关;7种炎症细胞因子与心源性栓塞性脑卒中风险呈显著因果关系;12种细胞因子与小血管脑卒中风险显著相关;3种炎症细胞因子与脑内出血风险具有显著的因果关联;(2)基因本体分析和京都基因与基因组通路分析揭示,炎症细胞因子在代谢、炎症及免疫反应等方面对脑卒中具有重要影响;(3)通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,筛选出与脑卒中密切相关的10种炎症细胞因子;(4)药物预测和分子对接结果表明,阿托伐他汀和氟氢可的松与关键核心靶点白细胞介素18和CCL3的结合力较高;(5)此次研究的数据来源于国际数据库中的欧洲人群,所获得的结果可为中国脑卒中的遗传流行病学研究提供参考;(6)此次研究阐明了炎症细胞因子与脑卒中之间的因果关系,揭示了炎症细胞因子治疗脑卒中的机制,为脑卒中的治疗提供了新思路。 展开更多
关键词 脑卒中 炎症细胞因子 孟德尔随机化 因果关系 药物预测 分子对接 逆方差加权法
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胃食管反流病与胆石症因果关系的孟德尔随机化分析
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作者 徐峰 李佳佳 +1 位作者 何帮耀 池煜 《实用心电与临床诊疗》 2026年第1期65-71,共7页
目的采用孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)方法探索胃食管反流病(gastroesophageal reflux disease,GERD)和胆石症的双向因果关系。方法研究所需工具变量——单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)通过公共全... 目的采用孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)方法探索胃食管反流病(gastroesophageal reflux disease,GERD)和胆石症的双向因果关系。方法研究所需工具变量——单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)通过公共全基因组关联研究(genome-wide association studies,GWAS)数据库获得,主要以逆方差加权(inverse variance weighted,IVM)法进行两样本双向MR分析,采用MR-PRESSO检验、Cochran's Q检验、MR-Egger回归截距项、留一法等进行敏感性分析,评估研究结果的可靠性和稳定性。随后去除不同的混杂因素对结局的影响,再次行MR分析进行验证。本研究GERD数据来自数据库IEU OpenGWAS project,共计602604例样本(病例组129080例,对照组473524例);胆石症数据来自数据库FinnGen Biobank,共计214167例样本(病例组19023例,对照组195144例)。结果IVM法分析结果表明GERD对胆石症存在因果效应(OR=1.472,95%CI1.326~1.634,P=3.688×10^(-13)),同时胆石症对GERD也存在因果效应(OR=1.048,95%CI1.027~1.069,P=5.791×10^(-6))。去除混杂因素影响后,IVW法分析结果表明,GERD对胆石症的正相关风险仍然存在(OR=1.407,95%CI1.211~1.635,P=7.948×10^(-6)),胆石症对GERD的正相关风险也依旧存在(OR=1.052,95%CI1.029~1.075,P=3.316×10^(-6))。MR-Egger回归截距项分析结果表明,纳入的工具变量都不存在水平多效性;留一法分析结果表明没有能显著影响结果的单个SNP。结论MR分析支持GERD和胆石症之间存在双向因果关联。 展开更多
关键词 胃食管反流病 胆石症 孟德尔随机化 全基因组关联研究 单核苷酸多态性 逆方差加权法
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基于IVW方法的MODIS AOD融合
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作者 李岩 张雯雯 +2 位作者 张航 刘龙超 王天赐 《测绘与空间地理信息》 2022年第10期87-90,96,共5页
气溶胶光学厚度(Aerosol Optical Depth,AOD)受高湿、多云等气候特征的影响而造成非随机缺失,为了最大限度地扩大AOD的覆盖范围,本文以华中三省为研究区,首先基于武汉大学自测的地面AOD数据,对华中地区C 6.1中等分辨率成像光谱仪(Modera... 气溶胶光学厚度(Aerosol Optical Depth,AOD)受高湿、多云等气候特征的影响而造成非随机缺失,为了最大限度地扩大AOD的覆盖范围,本文以华中三省为研究区,首先基于武汉大学自测的地面AOD数据,对华中地区C 6.1中等分辨率成像光谱仪(Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer,MODIS)反演的2010—2017年10 km DT、10 km DB以及3 km DT AOD数据的精度进行验证,然后利用逆方差加权(Inverse Variance Weighting,IVW)方法,将10 km分辨率深蓝算法反演的AOD分别和10 km、3 km分辨率暗目标算法反演的AOD融合。结果表明,融合后10 km和3 km AOD与地面实测AOD的皮尔森相关系数分别为0.83和0.86;相对于MODIS标准10 km和3 km DT数据,IVW融合后的10 km和3 km AOD的平均覆盖率分别提高55.17%和48.00%。 展开更多
关键词 气溶胶光学厚度 MODISC6.1 精度验证 逆方差加权 融合
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免疫细胞与膝骨关节炎之间因果作用:一项两样本双向孟德尔随机化分析 被引量:4
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作者 吴广涛 秦刚 +4 位作者 何凯毅 范以东 李威材 朱宝刚 曹英 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第5期1081-1090,共10页
背景:膝骨关节炎是一种常见的关节软骨及周围组织损伤的慢性炎症性疾病,而免疫细胞在膝骨关节炎免疫炎症反应中起到重要作用,但其中的具体机制仍有待深入研究。目的:采用孟德尔随机化方法来评估731种免疫细胞表型与膝骨关节炎风险之间... 背景:膝骨关节炎是一种常见的关节软骨及周围组织损伤的慢性炎症性疾病,而免疫细胞在膝骨关节炎免疫炎症反应中起到重要作用,但其中的具体机制仍有待深入研究。目的:采用孟德尔随机化方法来评估731种免疫细胞表型与膝骨关节炎风险之间的潜在因果关系。方法:使用全基因组关联分析(GWAS)目录中公开获取731种免疫细胞表型的全基因组关联分析统计数据(从GCST0001391到GCST0002121)和IEUGWAS数据库中膝骨关节炎的全基因组关联分析数据(ebi-a-GCST007090)。采用逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模型法和简单模型法来研究免疫细胞与膝骨关节炎之间的因果关系。敏感性分析用于检验孟德尔随机化分析结果是否可靠,然后以同样方法进行反向孟德尔随机化分析。结果与结论:①正向分析结果表明,共有4种免疫细胞表型与膝骨关节炎有显著的因果关系(FDR<0.20),其中B细胞中的CD27 on CD24+CD27+(OR=1.026,P=0.00026,Pfdr=0.18)、髓系细胞中的CD33 on CD33dim HLA DR-(OR=1.014,P=0.00050,Pfdr=0.18)以及Treg细胞中的CD45RA+CD28-CD8br%CD8br(OR=1.001,P=0.00078,Pfdr=0.18)与膝骨关节炎风险呈直接的正向因果关联;单核细胞中PDL-1 on monocyte(OR=0.952,P=0.00098,Pfdr=0.18)与膝骨关节炎风险呈直接的负向因果关联。②反向分析结果表明,当膝骨关节炎作为暴露数据时,与731种免疫细胞表型均不具有显著因果关系(FDR<0.20)。③敏感性分析结果显示:双向孟德尔随机化的Cochran’s Q检验和MR-Egger回归法结果P值均大于0.05,表明免疫细胞表型与膝骨关节炎之间的因果效应分析不存在显著的异质性和多效性。④上述结果证实,CD27 on CD24+CD27+,CD33 on CD33dim HLA DR-,CD45RA+CD28-CD8br%CD8br以及PDL-1 on monocyte免疫细胞表型与膝骨关节炎之间可能具有较为显著的潜在因果关系,这为研究膝骨关节炎的生物学机制及探索膝骨关节炎的早期防治提供有价值的线索,也为干预性药物的开发提供了新的方向。 展开更多
关键词 骨关节炎 膝骨关节炎 免疫机制 免疫细胞 孟德尔随机化 因果关系 全基因组关联分析 逆方差加权法 敏感性分析
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肠道菌群与类风湿关节炎的因果关系:GWAS数据欧洲群体资料分析 被引量:1
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作者 汪涛 王顺谱 +4 位作者 闵友江 王敏 李乐 张宸 肖伟平 《中国组织工程研究》 北大核心 2025年第35期7663-7668,共6页
背景:研究表明肠道菌群可能会影响类风湿关节炎的发展进程,然而,两者之间的因果关系尚不清楚。使用公开发表的GWAS数据对两者进行孟德尔随机化分析可探讨肠道菌群与类风湿关节炎之间的因果关系,有助于开发针对性的微生物疗法,为类风湿... 背景:研究表明肠道菌群可能会影响类风湿关节炎的发展进程,然而,两者之间的因果关系尚不清楚。使用公开发表的GWAS数据对两者进行孟德尔随机化分析可探讨肠道菌群与类风湿关节炎之间的因果关系,有助于开发针对性的微生物疗法,为类风湿关节炎的预防和治疗提供方法和策略。目的:采用两样本双向孟德尔随机化方法探讨肠道菌群与类风湿关节炎之间的潜在因果关系。方法:使用MiBio-Gen联盟的肠道菌群全基因组关联研究(GWAS)数据和IEU Open GWAS数据库(英国布里斯托尔大学和流行病学部门共同开发的大型基因-表型关联数据库)的类风湿关节炎GWAS数据,以逆方差加权法为主要分析方法,MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模型法和简单模型法为补充来研究肠道菌群与类风湿关节炎之间的因果关系。使用Cochran’s Q检验评估异质性,MR-PRESSO和MR-Egger intercept检验评估水平多效性,留一法检验结果的稳健性,反向孟德尔随机分析评估肠道菌群与类风湿关节炎是否存在反向因果关系。结果与结论:①正向孟德尔随机化逆方差加权法分析结果显示,5种肠道菌群与类风湿关节炎存在因果关系,其中瘤胃球菌属(β=0.262,OR=1.300,P=0.013)、丁酸梭菌属(β=0.001,OR=1.001,P=0.014)会增加类风湿关节炎的发病风险,厌氧斯氏菌属(β=-0.225,OR=0.798,P=0.025)、毛螺菌属-UCG010(β=-0.177,OR=0.838,P=0.026)和草酸杆菌属(β=-0.171,OR=0.843,P=0.001)可以降低类风湿关节炎的发病风险;敏感性分析未见显著异质性和水平多效性(P均>0.05),留一法检测证实了结果的稳健性,而逆方差加权法之外的其余4种方法的补充进一步验证了结果的可靠性与稳定性。②反向孟德尔随机化分析未发现类风湿关节炎与正向孟德尔随机化确定的5类肠道菌有因果关系。③结果表明,瘤胃球菌属、丁酸梭菌属可能是类风湿关节炎的危险因素,厌氧斯氏菌属、毛螺菌属-UCG010和草酸杆菌属可能是类风湿关节炎的保护因素。肠道菌群在类风湿关节炎的发病机制中可能发挥重要作用,为类风湿关节炎的预防与治疗提供了新的生物标志物。针对中国生物医学研究领域,可以借鉴国际经验,逐步建立和完善多中心的大规模遗传数据库,从而深入探讨肠道菌群与疾病风险之间的关系,推动中国精准医疗和个性化治疗的发展。 展开更多
关键词 肠道菌群 类风湿关节炎 孟德尔随机化 因果关系 逆方差加权法
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椎间盘退行性变与473种肠道菌群的关系:芬兰数据库大数据信息可借鉴的意义 被引量:1
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作者 王梓焜 李树栋 +3 位作者 高泷 范书豪 李城 孟纯阳 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第20期4369-4378,共10页
背景:有研究表明,调节肠道菌群可能会影响椎间盘退变的进程。然而,肠道菌群与椎间盘退变的因果关系尚不清楚。目的:采用孟德尔随机化方法来评估肠道菌群与椎间盘退变之间的潜在因果关系。方法:应用公开发表最新的473种肠道菌群的全基因... 背景:有研究表明,调节肠道菌群可能会影响椎间盘退变的进程。然而,肠道菌群与椎间盘退变的因果关系尚不清楚。目的:采用孟德尔随机化方法来评估肠道菌群与椎间盘退变之间的潜在因果关系。方法:应用公开发表最新的473种肠道菌群的全基因组关联分析汇总统计数据和芬兰数据库R11中的椎间盘退变的全基因组关联分析汇总数据(椎间盘退变病例46 205例和对照组322 314例)。采用逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模型法和简单模型法来研究肠道菌群与椎间盘退变之间的因果关系。敏感性分析用于检验孟德尔随机化分析结果是否可靠。反向孟德尔随机化以全部肠道菌群作为结局进行效应分析和敏感性分析。结果与结论:(1)正向孟德尔随机化的逆方差加权法结果显示,毛螺菌目,UBA-6960科、嗜热厌氧杆菌科、盐单胞菌科、丛毛单菌属、戈登氏菌属和欧陆森氏菌属与椎间盘退变呈现正相关。短螺旋体目、假单胞菌目、短螺旋菌科、CAG-776属、螺杆菌属、CAG-448种sp003150135、CAG-776种sp000438195、布劳特氏菌种-A sp000285855和汉逊布劳氏菌种与椎间盘退变呈现负相关。(2)反向孟德尔随机化结果显示,椎间盘退变与玫瑰巴氏菌属、地电细菌属C、弗氏埃希菌种、弗氏丙酸杆菌种、UBA-1777种sp900319835、铜绿假单胞菌种和韦氏芽孢杆菌种呈正相关,与明串珠菌属、普雷沃氏菌种sp000434975、布劳特氏菌种-A sp000285855、CAG-194种sp002441865和CAG-590种sp000431135呈负相关。(3)双向敏感性分析均未发现存在异质性或水平多效性。(4)上述结果说明,基于芬兰数据库探究肠道菌群与椎间盘退变的因果关系,为临床上椎间盘退变的早期预测及治疗探索了新的生物标志物。另外,对于中国生物医学研究,可以借鉴建立大型数据库,整合多中心的医疗数据,为肠道菌群与椎间盘退变关系的研究提供坚实基础,与其他国家的科研团队加强交流与合作,共同推动肠道菌群与疾病关系的研究,为全球医学发展作出贡献。 展开更多
关键词 孟德尔随机化 椎间盘退变 肠道菌群 全基因组关联分析 单核苷酸多态性 逆方差加权法 水平多效性 敏感性分析
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胆囊切除术与胆管结石的关联:一项孟德尔随机化研究 被引量:2
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作者 曹佳辉 胡彦建 +3 位作者 孙思宇 胡彦华 贺旺 姜博 《肝胆胰外科杂志》 2025年第2期93-99,共7页
目的基于孟德尔随机化探究胆囊切除术与胆管结石之间的因果关系。方法从公开的全基因组关联研究(GWAS)数据库中获取与胆囊切除术和胆管结石显著相关(P<1×10^(-5))的遗传变异,设定胆囊切除术作为暴露因素,胆管结石作为结局因素... 目的基于孟德尔随机化探究胆囊切除术与胆管结石之间的因果关系。方法从公开的全基因组关联研究(GWAS)数据库中获取与胆囊切除术和胆管结石显著相关(P<1×10^(-5))的遗传变异,设定胆囊切除术作为暴露因素,胆管结石作为结局因素。设置r~2<0.01为连锁不平衡参数,遗传距离(kb)>10000为遗传距离,以排除连锁不平衡;LDtrait法手动剔除混杂因素;F统计量评估弱工具变量,取F>10的单核苷酸多态性(SNP)纳入分析,作为暴露因素的工具变量(IVs)。应用逆方差加权(IVW)、倾向性分数匹配(MR-Egger)、加权中位数(weighted median,WM)、简单模式(simple mode)及加权模式法(weighted mode)进行孟德尔随机化分析,评价胆囊切除术与胆管结石之间的因果关系。IVW和MR-Egger的Cochran’s Q检验进行IVs异质性分析,MR-Egger截距进行IVs水平多效性分析,留一法验证分析结果的稳定性。结果筛选分析纳入暴露相关11个IVs。IVW显示胆囊切除术与胆管结石存在因果关系(OR=1.179,95%CI1.123-1.238,P=3.786×10^(-11))。MR-Egger、WM、simple mode、weighted mode分析结果(OR>1)表明胆囊切除术与胆管结石之间存在正相关。IVW和MR-Egger的Cochran Q检验及MR-Egger截距显示IVs无异质性(P>0.05)和水平多效性(P>0.05)。留一法(leave-one-out)显示研究结果稳定。结论胆囊切除术可能增加胆管结石发生风险,尚需临床等效性进一步研究证实。 展开更多
关键词 胆囊切除术 胆管结石 孟德尔随机化 逆方差加权法 因果关系
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基于耳鸣与阿尔茨海默病发病风险因果关系的孟德尔随机化分析
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作者 孙行云 李傅尧 +1 位作者 李可心 时晶 《吉林大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期1052-1060,共9页
目的:采用两样本孟德尔随机化(MR)方法评估耳鸣与阿尔茨海默病(AD)发病风险之间的潜在因果关系,并阐明其作用机制,为AD早期预警提供新思路。方法:利用全基因组关联研究(GWAS)数据库,搜索关键词“tinnitus”和“Alzheimer”,获取暴露因... 目的:采用两样本孟德尔随机化(MR)方法评估耳鸣与阿尔茨海默病(AD)发病风险之间的潜在因果关系,并阐明其作用机制,为AD早期预警提供新思路。方法:利用全基因组关联研究(GWAS)数据库,搜索关键词“tinnitus”和“Alzheimer”,获取暴露因素耳鸣和结局AD的相关数据集,其中耳鸣数据集包括ukb-d-4803_11、ukb-d-4803_12、ukb-d-4803_13、ukb-b-14254和ukb-a-384,AD数据集包括ieu-b-5067、ieu-b-2、ieu-a-297、ebi-a-GCST90027158和ebi-a-GCST002245。筛选与耳鸣密切相关且独立的单核苷酸多态性(SNPs)作为工具变量(IVs),与AD相关的SNPs作为结局。采用逆方差加权法(IVW)进行MR分析,评估其比值比(OR)值、95%置信区间(CI)及P值,当P<0.05时提示存在显著因果关系。敏感性检测使用Cochran’s Q检验IVs的异质性,评估其Q值、df值和P值,当IVW分析法的P>0.05时,提示无显著异质性;采用MR-Egger截距检测水平多效性,当截距为0或接近0,且P>0.05时,提示无显著水平多效性;采用留一法进行敏感性分析,通过森林图、散点图、漏斗图和留一图进行结果可视化。结果:共筛选出286个SNPs作为IVs。所有的IVs满足F>10,提示不存在弱IVs,经过PhenoScanner网页工具筛选,所有SNPs与混杂因素无关。当耳鸣和AD数据集分别为ukb-d-4803和ebi-a-GCST90027158时,耳鸣与AD发病风险之间呈显著正相关关系(OR=1.842,95%CI=1.065~3.188,P=0.029);Cochran’s Q检验提示IVs不存在显著异质性(Q=9.788,df=10.000,P=0.459);MR-Egger截距表明无水平多效性(Egger intercept=-0.006,P=0.147);留一法显示结果稳定,未检测出对结果影响大的SNPs。结论:耳鸣与AD的发病风险之间存在正向因果关系。神经炎症伴随不同程度的小胶质细胞持续激活,可能是耳鸣与AD的共同发病机制。抑郁症也可能作为上游因素,过度激活了下丘脑-垂体-肾上腺(HPA)轴,从而导致耳鸣与AD关系的进阶。 展开更多
关键词 耳鸣 阿尔茨海默病 孟德尔随机化 全基因组关联研究 逆方差加权法
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肠道菌群与骨质疏松症的遗传关系:来自英国数据库211个肠道微生物群分析 被引量:3
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作者 方志杰 马抢平 +2 位作者 董万涛 吴俊媛 陆韵霖 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第18期3941-3947,共7页
背景:骨质疏松症被定义为一种慢性代谢性骨病,大量的证据表明肠道菌群与骨质疏松症有关。然而,肠道菌群对骨质疏松症的因果关系尚不清楚。目的:采用双样本孟德尔随机化方法来评估肠道菌群与骨质疏松症之间的潜在因果关系。方法:使用MiBi... 背景:骨质疏松症被定义为一种慢性代谢性骨病,大量的证据表明肠道菌群与骨质疏松症有关。然而,肠道菌群对骨质疏松症的因果关系尚不清楚。目的:采用双样本孟德尔随机化方法来评估肠道菌群与骨质疏松症之间的潜在因果关系。方法:使用MiBioGen联盟肠道菌群的全基因组关联分析汇总统计数据和英国生物样本数据库中骨质疏松症的全基因组关联分析数据。采用逆方差加权法(Inverse variance weighting,IVW)、MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模型法和简单模型法来研究肠道菌群与骨质疏松症之间的因果关系。敏感性分析用于检验孟德尔随机化分析结果是否可靠。结果与结论:逆方差加权法结果表明,肠道菌群与骨质疏松症之间存在因果关系。克里斯滕森菌科R7属(MR Egger:β=-0.007;IVW:β=-0.004,P=0.028)、粪球菌3属(MR Egger:β=-0.008;IVW:β=-0.003,P=0.046)和毛螺菌属(MR Egger:β=-0.009;IVW:β=-0.004,P=0.003),可能是骨质疏松的保护性因素,而霍氏菌属(MREgger:β=0.006;IVW:β=0.002,P=0.033)和氧化真杆菌属(MREgger:β=0.001;IVW:β=0.003,P=0.046),可能为骨质疏松症潜在危险性因素。数据分析结果显示,氧化真杆菌属和霍氏菌属可增加骨质疏松风险,克里斯滕森菌科R7属、粪球菌3属和毛螺菌属可降低骨质疏松风险。此结论是否也适用于非欧洲人群,未来需要不同群体的大样本临床试验来验证。 展开更多
关键词 孟德尔随机化 骨质疏松症 肠道菌群 单核苷酸多态性 因果关系 全基因组关联分析 逆方差加权法 敏感性分析
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干果摄入与结直肠癌风险的关系:一项两样本孟德尔随机化研究 被引量:1
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作者 金志超 戴虹 杨冉 《实用临床医药杂志》 2025年第13期39-43,49,共6页
目的采用两样本孟德尔随机化(MR)方法探讨干果摄入与结直肠癌的因果关系。方法利用干果摄入与结直肠癌的全基因组关联研究汇总数据进行两样本MR分析,并单独选择结肠癌和直肠癌数据进行验证。选取与干果摄入显著相关并相互独立的遗传变... 目的采用两样本孟德尔随机化(MR)方法探讨干果摄入与结直肠癌的因果关系。方法利用干果摄入与结直肠癌的全基因组关联研究汇总数据进行两样本MR分析,并单独选择结肠癌和直肠癌数据进行验证。选取与干果摄入显著相关并相互独立的遗传变异作为工具变量,使用逆方差加权法、MR-Egger回归、加权中位数法、简单模式法、加权模式法作为主要分析方法,并进行异质性检验、多效性分析以及敏感性分析用于评价研究的可靠性。结果共纳入21个干果摄入相关的单核苷酸多态性(SNPs)作为工具变量。逆方差加权法分析显示,干果摄入与结直肠癌发生风险降低相关(OR=0.55,95%CI:0.32~0.96,P=3.53×10^(-2)),结肠癌与直肠癌的分析结果也一致。本研究结果不受多效性、异质性的影响,敏感性分析验证了结果的可靠性。结论增加干果摄入对结直肠癌具有潜在的预防价值。 展开更多
关键词 干果摄入 结直肠癌 孟德尔随机化 全基因组关联分析 因果关系 疾病风险 逆方差加权法 加权中位数法
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脂肪酸种类及含量与膝骨关节炎的发病风险 被引量:4
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作者 汤熙然 陈伟坚 +2 位作者 姜涛 谭羡允 刘文刚 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第17期3724-3731,共8页
背景:近年来,流行病学研究显示肥胖是膝骨关节炎的危险因素,而脂肪酸的摄入、代谢和生物合成与肥胖的发生发展密切相关,但脂肪酸与膝骨关节炎之间是否存在因果关联仍未知。目的:应用孟德尔随机化分析方法探讨5种脂肪酸表型与膝骨关节炎... 背景:近年来,流行病学研究显示肥胖是膝骨关节炎的危险因素,而脂肪酸的摄入、代谢和生物合成与肥胖的发生发展密切相关,但脂肪酸与膝骨关节炎之间是否存在因果关联仍未知。目的:应用孟德尔随机化分析方法探讨5种脂肪酸表型与膝骨关节炎的因果关联。方法:使用来自英国生物银行(met-D)的脂肪酸比例的全基因组关联研究数据和来自EBI-A数据库的膝骨关节炎的全基因组关联研究数据进行汇总,将单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)作为工具变量并选择敏感的SNPs进行分析,通过双样本孟德尔随机化分析,以评估脂肪酸与膝骨关节炎结局风险的因果关系。采用逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模型法和简单模型法来研究脂肪酸与膝骨关节炎之间的因果关系。进一步以同样方法进行反向孟德尔随机化分析,确保结果的有效性。结果与结论:①正向分析逆方差加权法结果表明,共有3种脂肪酸表型与膝骨关节炎有因果关系,其中饱和脂肪酸占总脂肪酸的比例(OR=1.825,95%CI:1.230-2.706,P=0.003)与膝骨关节炎的发病风险呈正相关、Ω3多不饱和脂肪酸占总脂肪酸的比例(OR=0.822,95%CI:0.689-0.981,P=0.03)与膝骨关节炎的发病风险呈负相关以及Ω6多不饱和脂肪酸占总脂肪酸的比例(OR=1.268,95%CI:1.079-1.491,P=0.004)与膝骨关节炎的发病风险呈正相关;有2种脂肪酸表型与膝骨关节炎不具有因果关系,为总脂肪酸(OR=0.925,95%CI:0.804-1.066,P=0.283)、单不饱和脂肪酸占总脂肪酸的比例(OR=0.877,95%CI:0.756-1.018,P=0.084)。②反向分析结果表明,当膝骨关节炎作为暴露数据时,与脂肪酸的表型均不具有显著因果关系。③敏感性分析结果显示:双向孟德尔随机化的Cochran’s Q检验和MR-Egger回归法的结果P值均大于0.05,表明脂肪酸表型与膝骨关节炎之间的因果效应分析不存在显著的异质性和多效性。④上述结果证实,降低饱和脂肪酸、Ω6多不饱和脂肪酸的含量和提升Ω3多不饱和脂肪酸的含量能降低膝骨关节炎发病的风险,这为研究膝骨关节炎的生物学机制以及探索膝骨关节炎的早期防治提供有价值的线索,也为干预性药物的开发提供了新的方向。 展开更多
关键词 膝骨关节炎 孟德尔随机化 因果关系 敏感性分析 逆方差加权法 饱和脂肪酸 多不饱和脂肪酸 促炎细胞因子 脂质代谢 膝关节内收力矩
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组织蛋白酶与骨坏死:FinnGen和IEU OpenGWAS数据库欧洲样本分析的借鉴意义
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作者 柴金莲 孙铁锋 +5 位作者 李威 张博淳 李广政 邵学坤 王平 梁学振 《中国组织工程研究》 北大核心 2025年第24期5254-5262,共9页
背景:骨坏死是一种导致关节功能严重受限的骨科疾病,其发病机制涉及多种风险因素。组织蛋白酶作为一类在骨代谢中起关键作用的酶,其活性与骨细胞的增殖、分化及骨基质的重塑密切相关。然而,以往研究多集中于描述性分析,缺乏对因果关系... 背景:骨坏死是一种导致关节功能严重受限的骨科疾病,其发病机制涉及多种风险因素。组织蛋白酶作为一类在骨代谢中起关键作用的酶,其活性与骨细胞的增殖、分化及骨基质的重塑密切相关。然而,以往研究多集中于描述性分析,缺乏对因果关系的直接证据。目的:通过分析FinnGen数据库中的大规模欧洲人群样本数据,明确组织蛋白酶与骨坏死之间的潜在因果关系,并探讨其可能的作用机制。方法:从FinnGen数据库获取骨坏死相关数据,包括R9(共359 399样本量:1 385例病例和358 014例对照)和R10版本(共392 580样本量:1 543例病例和391 037例对照)。随后从以往研究(3 301例)中获得了与9种组织蛋白酶(组织蛋白酶B,E,F,G,H,O,S,L2和Z)相关的单核苷酸多态性。采用逆方差加权法、MR-Egger法、加权中位数法、简单模态法和加权模态法进行正向单变量、反向单变量和多变量孟德尔随机化分析。首先,使用R9的骨坏死数据进行孟德尔随机化分析。此外,采用Cochran’s Q检验、MR-Egger截距、MR-PRESSO全局检验和留一法进行敏感性分析,以检查水平多效性和异质性。随后,对R10数据集进行验证分析研究,并进行Meta分析,将2个数据集合并以探索联合效应。结果与结论:单变量孟德尔随机化分析结果显示,高水平的组织蛋白酶B与骨坏死的发生风险降低显著相关(逆方差加权:OR=0.865,95%CI:0.762-0.982,P=0.025),未发现9种组织蛋白酶与骨坏死之间存在反向因果关系(P>0.05)。通过Meta分析验证了这些关联。以9种组织蛋白酶作为协变量进行多因素分析显示,组织蛋白酶B水平与骨坏死发生风险之间存在反向因果关系(逆方差加权:OR=0.871,95%CI:0.761-0.997,P=0.045),与校正前的结果一致,基于异质性和水平多效性的敏感性分析提示结果相对稳定。文章结果提示高水平的组织蛋白酶B与骨坏死风险降低存在因果关系,并可能作为骨坏死的生物标志物,为骨坏死的诊断和治疗提供新的方向和见解。尽管文章是基于欧洲群体的数据分析,但这些发现对中国生物医学研究具有重要的借鉴意义,特别是在疾病机制理解、生物标志物开发和治疗策略等方面,同时鼓励进行针对中国人群的类似研究,以探索种族和遗传背景差异对骨坏死发生的影响。 展开更多
关键词 骨坏死 组织蛋白酶类 孟德尔随机化 多变量 因果关系 单核苷酸多态性 工具变量 全基因组关联研究 逆方差加权法 Meta分析
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肠道菌群与阻塞性睡眠呼吸暂停综合征的因果关系:两样本双向孟德尔随机化研究
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作者 侯渌茗 唐苾芯 +1 位作者 王玉洁 陈逸云 《实用临床医药杂志》 2025年第18期21-26,共6页
目的采用两样本双向孟德尔随机化(MR)方法探讨肠道菌群与阻塞性睡眠呼吸暂停综合征(OSA)的因果关系。方法基于全基因组关联研究(GWAS)数据库筛选符合条件的单核苷酸多态性(SNP)作为工具变量,应用双向MR分析方法,评估肠道菌群与OSA的因... 目的采用两样本双向孟德尔随机化(MR)方法探讨肠道菌群与阻塞性睡眠呼吸暂停综合征(OSA)的因果关系。方法基于全基因组关联研究(GWAS)数据库筛选符合条件的单核苷酸多态性(SNP)作为工具变量,应用双向MR分析方法,评估肠道菌群与OSA的因果效应。运用逆方差加权法(IVW)、MR-Egger回归、加权模型法以及加权中位数法等多种统计方法对数据进行关联性评估;采用MR多效性残差与异常值检测法(MR-PRESSO),并结合Cochran′s Q检验和留一法交叉验证异质性与多效性。结果根据IVW方法分析结果显示:普拉梭菌(Faecalibacterium)(sp002397985)菌属(OR=0.847,95%CI:0.719~0.997,P=0.046)的丰度增加会降低罹患OSA的风险;拟杆菌(Bacteroides)菌属(OR=1.075,95%CI:1.016~1.138,P=0.012)、嗜血杆菌(Haemophilus)(sp001679485)菌属(OR=1.106,95%CI:1.016~1.203,P=0.021)、链球菌(Streptococcus)菌属(OR=1.168,95%CI:1.036~1.316,P=0.011)、布劳特氏菌(Blautia)(sp002159835)菌属(OR=1.169,95%CI:1.035~1.319,P=0.012)的丰度增加会提高罹患OSA的风险。逆向MR分析结果显示,OSA发生风险与肠道菌群丰度无显著关联。Cochran′s Q检验、MR-Egger检验、MR-PRESSO检验结果显示无异质性和水平多效性(P>0.05)。结论Faecalibacterium、Bacteroides、Haemophilus、Streptococcus、Blautia这5种菌属与OSA风险存在因果关系。 展开更多
关键词 阻塞性睡眠呼吸暂停综合征 肠道菌群 孟德尔随机化 单核苷酸多态性 肠-脑轴 遗传因果 全基因组关联研究 逆方差加权法
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一项关于子宫内膜异位症与甲状腺癌的双向双样本孟德尔随机化分析
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作者 尚怡灿 熊晨宇 黄艳辉 《实用临床医药杂志》 2025年第10期14-18,25,共6页
目的通过双向双样本孟德尔随机化(MR)探讨子宫内膜异位症与甲状腺癌的双向因果关系。方法从FinnGen R 11数据库选取子宫内膜异位症的全基因组关联研究(GWAS)数据,从欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)获取甲状腺癌GWAS数据。选取符合要求的... 目的通过双向双样本孟德尔随机化(MR)探讨子宫内膜异位症与甲状腺癌的双向因果关系。方法从FinnGen R 11数据库选取子宫内膜异位症的全基因组关联研究(GWAS)数据,从欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI)获取甲状腺癌GWAS数据。选取符合要求的单核苷酸多态性(SNP)为工具变量,采用逆方差加权法(IVW)作为主要研究方法,并结合MR-Egger回归法、加权中位数法、简单模式法及加权模式法结果作为补充分析。采用Cochran′s Q检验、MR-Egger回归截距项分析及留一法评估结果的稳健性。结果本研究最终纳入25个与子宫内膜异位症高度相关的SNP,以及3个与甲状腺癌高度相关的SNP。正向MR分析的IVW分析结果显示,子宫内膜异位症与甲状腺癌风险无明显因果关系(P=0.50,OR=1.06,95%CI:0.88~1.29);MR-Egger回归、简单模式、加权模式、加权中位数分析亦支持该结果(P>0.05)。反向MR分析的IVW分析结果显示,甲状腺癌与子宫内膜异位症风险亦无明显因果关系(P=0.09,OR=1.03,95%CI:0.99~1.06);MR-Egger回归、简单模式、加权模式、加权中位数分析结果亦均支持该结果(P>0.05)。结论MR分析并未观察到子宫内膜异位症和甲状腺癌之间存在显著的双向因果关系。 展开更多
关键词 子宫内膜异位症 甲状腺癌 孟德尔随机化 因果关系 全基因组关联研究 单核苷酸多态性 逆方差加权法 工具变量
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一种确定联合反演中相对权比的两步法 被引量:16
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作者 王乐洋 许才军 张朝玉 《测绘学报》 EI CSCD 北大核心 2012年第1期19-24,共6页
提出确定联合反演中相对权比的两步法。第1步是不考虑相对权比,建立两类或多类数据的联合反演模型,通过赫尔墨特方差分量估计使得两类或多类观测数据的单位权方差相等(或单位权方差的比值接近1),从而理论上确定观测数据合理的权阵,同时... 提出确定联合反演中相对权比的两步法。第1步是不考虑相对权比,建立两类或多类数据的联合反演模型,通过赫尔墨特方差分量估计使得两类或多类观测数据的单位权方差相等(或单位权方差的比值接近1),从而理论上确定观测数据合理的权阵,同时对不同种类数据进行归一化;第2步是在获得合理的观测数据权阵之后,建立顾及相对权比的联合反演模型,以目标函数值为最小来确定权比例因子。通过模拟数据,设计多个反演方案,证明两步法的有效性和可行性。 展开更多
关键词 联合反演 相对权比 两步法 赫尔墨特方差分量估计 单位权方差
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血清微量元素与营养素对骨坏死因果效应的孟德尔随机化分析 被引量:3
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作者 刘艺 刘源 +3 位作者 刘金豹 李念虎 朱巍明 许波 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第33期5326-5332,共7页
背景:多项临床研究观察表明血清微量元素和营养素与骨坏死之间存在密切关系,但血清微量元素和营养素与骨坏死之间是否存在遗传因果效应尚不清楚。目的:通过孟德尔随机化方法探讨血清微量元素与营养素对骨坏死的因果效应。方法:暴露因素... 背景:多项临床研究观察表明血清微量元素和营养素与骨坏死之间存在密切关系,但血清微量元素和营养素与骨坏死之间是否存在遗传因果效应尚不清楚。目的:通过孟德尔随机化方法探讨血清微量元素与营养素对骨坏死的因果效应。方法:暴露因素血清微量元素和维生素的单核苷酸多态性来自已发表的UK Biobank数据库以及全基因组关联研究公开数据库。结局事件骨坏死全基因组关联研究数据来自FinnGen Biobank数据库。采用孟德尔随机化方法探讨7种微量元素和3种营养素与骨坏死之间的因果关系。利用逆方差加权、MR-Egger和加权中位数等方法进行因果推断,计算F值统计量以确保工具变量的稳健性,采用Cochran’s Q统计法和留一法进行异质性检验,采用MR-Egger回归法、MR-PRESSO进行水平多效性检验。使用PhenoScanner数据库剔除具有水平多效性的单核苷酸多态性,以确保结果的可靠性。结果与结论:经过孟德尔随机化分析发现,血清硒、磷酸盐以及维生素C、维生素E与骨坏死之间存在明显的因果关系。血清硒、维生素C、维生素E对骨坏死有保护作用,磷酸盐摄入过多会增加骨坏死的风险。研究过程中没有发现异质性和水平多效性,孟德尔随机化统计效力(Power值>80%)显示上述4项结果可靠,研究结果对于开发有针对性的预防及治疗骨坏死的措施具有重要临床意义。 展开更多
关键词 孟德尔随机化 微量元素 营养素 骨坏死 单核苷酸多态性 逆方差加权法
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6种代谢产物与特应性皮炎的因果关联:双向双样本孟德尔随机化研究
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作者 魏艳 孙妍 +2 位作者 王丽娟 邵帅 郑焱 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期801-808,共8页
目的采用双向双样本孟德尔随机化(MR)分析来研究代谢产物与特应性皮炎(AD)之间的因果关系。方法从全基因组关联研究(GWAS)的汇总数据中提取与代谢产物相关的单核苷酸多态性(SNP)位点作为工具变量(IV)。使用R软件中的TwoSampleMR包对6种... 目的采用双向双样本孟德尔随机化(MR)分析来研究代谢产物与特应性皮炎(AD)之间的因果关系。方法从全基因组关联研究(GWAS)的汇总数据中提取与代谢产物相关的单核苷酸多态性(SNP)位点作为工具变量(IV)。使用R软件中的TwoSampleMR包对6种代谢物与AD之间的因果关联进行分析。所采用的主要方法包括逆方差加权法(IVW)、MR Egger和加权中位数法。使用Cochran’Q统计量进行异质性检验,MR Egger截距检验水平多效性,使用“留一法”进行敏感性分析。结果IVW分析结果显示,抗坏血酸(OR=0.861,95%CI:0.751~0.987)、花生四烯酸(OR=0.363,95%CI:0.193~0.683)、可的松(OR=0.447,95%CI:0.221~0.906)与AD的发生呈负相关;尿苷(OR=3.473,95%CI:1.043~11.562)、5-羟色胺(OR=1.896,95%CI:1.007~3.571)及2-羟基戊二酸(OR=2.158,95%CI:1.186~3.924)与AD的发生呈正相关,差异均具有统计学意义。结论遗传学预测的代谢产物与AD风险增加具有因果关联,但尚无显著证据支持AD与上述6种代谢产物之间的因果关系。 展开更多
关键词 特应性皮炎(AD) 孟德尔随机化(MR) 因果关联 代谢产物 逆方差加权法(ivw)
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基于孟德尔随机化分析躯干及下肢脂肪量与椎间盘退变的因果关系 被引量:5
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作者 杨敬言 马涉 +3 位作者 黄仁俊 王超逸 赵余炀 于栋 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第35期5688-5694,共7页
背景:近期观察性研究发现局部脂肪量对于椎间盘退变评估有重要意义,而肥胖长期被认为是椎间盘退变的危险因素之一,作为肥胖核心因素的脂肪量在既往研究中与椎间盘退变的因果关系尚不明确。目的:探讨不同分布的脂肪量与椎间盘退变的因果... 背景:近期观察性研究发现局部脂肪量对于椎间盘退变评估有重要意义,而肥胖长期被认为是椎间盘退变的危险因素之一,作为肥胖核心因素的脂肪量在既往研究中与椎间盘退变的因果关系尚不明确。目的:探讨不同分布的脂肪量与椎间盘退变的因果关系,以帮助增加对椎间盘退变发病机制的认知及制定预防、治疗及预后的策略。方法:从公开发表的IEU Open GWAS中以强相关性及满足连锁不平衡为条件提取躯干及下肢脂肪量的遗传位点作为工具变量,结合Finn Gen最新第9版数据库中选取椎间盘退变作为结局进行孟德尔随机化分析,通过逆方差加权法、MR-Egger回归、简单中位数法、加权中位数法和加权中值法等回归模型的OR值和95%CI评估躯干及下肢脂肪量与椎间盘退变间的因果关系。使用Cochran’s Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性对暴露和结局因果关系影响的敏感性。结果与结论:(1)逆方差加权法检测结果显示,躯干脂肪量与椎间盘退变发病风险呈正向因果关联(OR=1.25,95%CI:1.15-1.35,P<0.001),双下肢脂肪量与椎间盘退变发病风险呈反向因果关联(OR=0.7,95%CI:0.63-0.78,P<0.001;OR=0.69,95%CI:0.62-0.76,P<0.001);(2)MR-Egger截距分析未检测到潜在的水平多效性;(3)MR-PRESSO未检测到偏倚单核苷酸多态性,异质性检验存在,留一法敏感性分析提示分析结果可靠;(4)上述结果证实,躯干脂肪量与椎间盘退变有正向因果关系,随着躯干脂肪量增加,椎间盘退变的风险升高;双下肢脂肪量与椎间盘退变有反向因果关系,即随着双下肢脂肪量增加,椎间盘退变风险降低;脂肪的含量及分布会影响椎间盘退变的发病风险,应给予更多的关注。 展开更多
关键词 全基因组关联研究 孟德尔随机化 椎间盘退变 脂肪量 逆方差加权法 敏感性分析 单核苷酸多态性 因果关系
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基于灰色变权组合模型的河南粮食产量预测分析 被引量:3
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作者 张雅玉 李佳欣 王丰效 《农业装备与车辆工程》 2024年第6期155-160,共6页
科学合理地考虑各生产资源要素在农业中的运用,促进粮食产量的稳定增长,是保障粮食安全的关键。选取河南省2005~2021年粮食产量及相关因素数据,利用灰色关联模型提取影响粮食产量的主要影响因素,基于方差倒数加权法构建由GM(1, N)、Lass... 科学合理地考虑各生产资源要素在农业中的运用,促进粮食产量的稳定增长,是保障粮食安全的关键。选取河南省2005~2021年粮食产量及相关因素数据,利用灰色关联模型提取影响粮食产量的主要影响因素,基于方差倒数加权法构建由GM(1, N)、Lasso回归、BP神经网络组成的多变量变权重组合预测模型,对河南粮食产量的变化趋势进行拟合与预测。结果表明,变权重组合预测模型的预测误差为0.589%,预测精度高且性能稳定;预测河南粮食产量在2022~2025年将会保持稳定增长,并在2025年达到73 282.65 kt。 展开更多
关键词 粮食产量 灰色关联分析 方差倒数加权法 变权组合预测
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731个循环免疫细胞与男性不育风险之间的因果关系:孟德尔随机分析
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作者 徐弋雯 鲜奇男 +1 位作者 李鑫 孙妍 《中国优生与遗传杂志》 2026年第1期39-47,共9页
目的尽管免疫因素与男性不育的因果关系尚不清楚,但已有研究表明免疫因素可能在男性不育中起重要作用。本研究采用双向孟德尔随机化(MR)研究方法分析免疫细胞与男性不育症的因果关系。方法系统收集731种免疫表型的GWAS数据,采用逆方差... 目的尽管免疫因素与男性不育的因果关系尚不清楚,但已有研究表明免疫因素可能在男性不育中起重要作用。本研究采用双向孟德尔随机化(MR)研究方法分析免疫细胞与男性不育症的因果关系。方法系统收集731种免疫表型的GWAS数据,采用逆方差加权法(IVW)分析其与男性不育的遗传关联,并通过多重检验校正和敏感性等分析确保结果可靠性。结果通过双向孟德尔随机化分析,表明CD27 on PB/PC、CD19 on IgD+CD24^(–)、CD19 on naive-mature B cell、CD38 on IgD+、CD19 on IgD+、CD11c^(+)HLA DR++monocyte AC、CD19 on IgD+CD38^(–)naive、CD20^(–)AC、HLA DR on CD33^(–)HLA DR+、CD19 on IgD+CD38dim、IgD-CD38^(–)AC共11种与男性不育相关的免疫表型存在负向关联;仅1种CCR2 on plasmacytoid DC存在正向关联。反向MR分析显示男性不育对免疫表型无显著因果效应。结论本研究揭示了免疫特征与男性不育风险之间可能存在的遗传关联,且这一关联不受反向因果关系干扰。这为阐明其免疫机制和潜在治疗靶点提供了新依据。 展开更多
关键词 免疫细胞 男性不育症 孟德尔随机化 逆方差加权法(ivw)
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