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DNA extraction of birch leaves by improved CTAB method and optimization of its ISSR system 被引量:11
1
作者 PAN hua YANG Chuan-ping WEI Zhi-gang JIANG Jing 《Journal of Forestry Research》 SCIE CAS CSCD 2006年第4期298-300,共3页
The basic method of DNA extraction (CTAB) was improved as the multi-times STE-CTAB extraction method and used to extract the DNA of birch leaved in this experiment. Results showed that the improved method is suitabl... The basic method of DNA extraction (CTAB) was improved as the multi-times STE-CTAB extraction method and used to extract the DNA of birch leaved in this experiment. Results showed that the improved method is suitable not only for genomic DNA extraction of birch but also for that of other plants. The purity of genornic DNA extracted by the.multi-times STE-CTAB extraction method is higher than that by one time STE-CTAB method, and it does not need the process of RNase. The factors of influencing ISSR system were explored based on the genomic DNA of birch extracted by the two methods. The optimal conditions for ISSR system were determined as follows: Mg2+ concentration is 1.5-3.0 mmol·L^-1, dNTP concentration 0.104).25 mmol·L^-1, the quantity of Taq polymerase 0.5-2.0 U, template DNA 30-100 ng, and the concentration of primer is 0.2-0.4 pmmol·L^-1, and the reaction program was as: initial denaturation for 5 min at 94℃, 30 cycles of denaturation for 30 s at 94℃,annealing for 30 s at 51℃, extension for 30 s at 72℃, and a final 7 min extension at 72℃. 展开更多
关键词 BIRCH DNA Extraction method issr Reaction system
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唇鱼骨基因组DNA提取与ISSR-PCR的优化 被引量:6
2
作者 吕耀平 胡则辉 叶丽平 《江西师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2009年第2期185-189,共5页
以唇鱼骨为材料,分别采用4种不同方法(CTAB法、SDS法、ROSE法及试剂盒)提取基因组DNA,并对影响PCR反应的模板DNA、引物、dNTPs、Mg2+、Taq酶浓度等主要因子进行了优化,建立了适合唇鱼骨基因组DNA的ISSR-PCR反应体系.25μL的PCR反应液含... 以唇鱼骨为材料,分别采用4种不同方法(CTAB法、SDS法、ROSE法及试剂盒)提取基因组DNA,并对影响PCR反应的模板DNA、引物、dNTPs、Mg2+、Taq酶浓度等主要因子进行了优化,建立了适合唇鱼骨基因组DNA的ISSR-PCR反应体系.25μL的PCR反应液含有的组分和终浓度分别为:约60 ng模板DNA,1.2 UTaq酶,0.4μmol/L引物,2.0 mmol/L MgCl2,0.2 mmol/L dNTPs,2%甲酰胺.结果表明,利用优化反应体系对4种不同方法提取的DNA进行PCR扩增,均能得到较好的PCR扩增条带,以试剂盒法最佳,为淡水溪流性同属鱼类遗传多样性分析奠定了技术基础. 展开更多
关键词 唇鱼骨 DNA 提取方法 issr 优化
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葡萄种质资源ISSR-PCR反应体系的建立与优化 被引量:10
3
作者 代培红 朱瑜 +3 位作者 姚正培 李玮璐 马丽 罗淑萍 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1258-1262,共5页
【目的】建立并优化葡萄种质资源稳定的ISSR-PCR体系,为葡萄种质资源研究和种质创新奠定基础。【方法】以新疆22个葡萄种质资源叶片为材料,采用改良CTAB法提取葡萄基因组DNA,并利用单因素法对影响ISSR反应体系中的各个影响因子进行优化... 【目的】建立并优化葡萄种质资源稳定的ISSR-PCR体系,为葡萄种质资源研究和种质创新奠定基础。【方法】以新疆22个葡萄种质资源叶片为材料,采用改良CTAB法提取葡萄基因组DNA,并利用单因素法对影响ISSR反应体系中的各个影响因子进行优化。【结果】优化的最佳ISSR-PCR反应体系为:模板DNA 30 ng,dNTPs 0.3 mmol/L,引物0.5μmol/L,Taq DNA聚合酶1.0 U,反应体系为25.0μL。【结论】优化了新疆葡萄种质资源ISSR-PCR反应体系中的各个影响因子,利用该体系能够扩增获得清晰、稳定的条带,可以用于葡萄种质资源遗传多样性分析。 展开更多
关键词 葡萄 issr—PCR 单因素法 影响因子 优化
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苦瓜基因组DNA的提取及ISSR扩增体系的优化 被引量:12
4
作者 田丽波 谷幸幸 +1 位作者 商桑 杨衍 《中国农学通报》 CSCD 2013年第4期88-93,共6页
为了快速获取高质量的苦瓜基因组DNA,以便进行苦瓜白粉病抗性基因分子标记研究,比较了不同的DNA提取方法、不同部位的苦瓜叶片提取基因组DNA的产量和质量,探究了苦瓜基因组DNA提取的最佳方法和叶片的最适部位;研究了ISSR-PCR的退火温度... 为了快速获取高质量的苦瓜基因组DNA,以便进行苦瓜白粉病抗性基因分子标记研究,比较了不同的DNA提取方法、不同部位的苦瓜叶片提取基因组DNA的产量和质量,探究了苦瓜基因组DNA提取的最佳方法和叶片的最适部位;研究了ISSR-PCR的退火温度,并采用正交设计法对影响ISSR-PCR的Mg2+、dNTPs、Taq酶、模板DNA以及引物浓度等5个因素进行了优化。结果表明,采用改良CTAB法从苦瓜顶端嫩叶中提取的基因组DNAOD260/OD280值在1.8~1.9之间,OD260/OD230值为2.0左右,对DNA样品进行琼脂糖凝胶电泳检测,主带清晰,降解较少,产量和纯度均较高,效果较好。优化后的ISSR-PCR反应体系为:2.5μL10×PCRbuffer,2.5mmol/LMgCl2,250μmol/LdNTPs,10ng模板DNA,0.75UTaq酶,引物浓度0.7μmol/L,反应总体积为25μL,引物UBC826最佳退火温度为53℃。该体系在多次重复中均能获得良好的扩增结果。苦瓜基因组DNA提取的最佳方法为改良CTAB法,最适合的部位为顶端嫩叶。 展开更多
关键词 苦瓜 基因组DNA 提取方法 issr 优化体系
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不同保存方法对蜡梅总DNA提取效果的影响及ISSR-PCR验证 被引量:15
5
作者 靖相密 褚云霞 +3 位作者 汤庚国 张永春 刘忠 张慧 《分子植物育种》 CAS CSCD 2008年第2期387-392,共6页
本文以蜡梅新鲜成熟叶片为对照,比较了真空冷冻干燥、硅胶干燥、压标本干燥、45℃烘干、75℃烘干5种叶片干燥方法和4℃保鲜、-20℃冻存、-70℃冻存法对蜡梅总DNA提取效果的影响。结果表明硅胶干燥的样品提取的DNA完整无降解,纯度高,DNA... 本文以蜡梅新鲜成熟叶片为对照,比较了真空冷冻干燥、硅胶干燥、压标本干燥、45℃烘干、75℃烘干5种叶片干燥方法和4℃保鲜、-20℃冻存、-70℃冻存法对蜡梅总DNA提取效果的影响。结果表明硅胶干燥的样品提取的DNA完整无降解,纯度高,DNA得率为鲜叶的1/3多,压标本干燥的样品可以提到完整的DNA,DNA得率与硅胶干燥的样品相近,提取的DNA含多酚,纯度低。真空冷冻干燥样品的DNA在冷冻干燥过程中小部分受到损伤,DNA得率较鲜叶稍有下降。45℃烘干的样品可以提取到完整的DNA,纯度高,DNA得率约为鲜叶的1/2,75℃烘干的样品的DNA全部降解。ISSR扩增结果表明75℃烘干的样品提取的DNA没有获得扩增产物,其他4种干燥方法提取的DNA的扩增结果与鲜叶相同。鲜叶可在4℃冰箱保鲜存放6d,在-20℃冰箱中冷藏半月,可在-70℃超低温冰箱中长期放置而不影响总DNA的提取质量和ISSR扩增结果。 展开更多
关键词 蜡梅 保存方法 DNA提取 issr-RCR
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耐旱苔藓植物DNA提取及优化RAPD、ISSR反应体系的建立 被引量:14
6
作者 张道远 张元明 曹同 《中国沙漠》 CSCD 北大核心 2006年第5期826-831,共6页
耐旱苔藓植物常常单个个体矮小、生物量低,如何从细小的单个个体中有效提取总DNA是进一步开展居群遗传多样性研究的关键。本研究以古尔班通古特沙漠广泛分布的刺叶墙藓(Tortula desertorum)为对象,使用快速提取法、2×CTAB法及DNeas... 耐旱苔藓植物常常单个个体矮小、生物量低,如何从细小的单个个体中有效提取总DNA是进一步开展居群遗传多样性研究的关键。本研究以古尔班通古特沙漠广泛分布的刺叶墙藓(Tortula desertorum)为对象,使用快速提取法、2×CTAB法及DNeasy plant mini kit试剂盒提取法等3种方法对刺叶墙藓单个个体的总DNA进行提取。结果表明,2×CTAB法提取的DNA纯度高,凝胶电泳显示无明显降解现象,适宜作为PCR扩增的模板。利用所提取的单个个体DNA为模板,建立了优化的RAPDI、SSR反应体系。 展开更多
关键词 苔藓植物 刺叶墙藓 DNA提取 RAPD issr反应体系
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五种缘毛类纤毛虫遗传关系的ISSR研究(英文) 被引量:1
7
作者 张文静 余育和 沈韫芬 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2005年第4期659-665,共7页
应用ISSR分子标记揭示了5种缘毛类纤毛虫(Carchesium polypinum,Epistylis chrysemydis,E.plicatilis,E.urceolata和Vorticella campanula)的遗传关系。从34个引物中筛选到13个多态性高的引物进行研究。得到的遗传距离(0.6667~1.0000)... 应用ISSR分子标记揭示了5种缘毛类纤毛虫(Carchesium polypinum,Epistylis chrysemydis,E.plicatilis,E.urceolata和Vorticella campanula)的遗传关系。从34个引物中筛选到13个多态性高的引物进行研究。得到的遗传距离(0.6667~1.0000)显示ISSR技术具有较高的分辨率。依据构建的UPGMA聚类树,V.campanula首先和其他种类分开;C.polypinum和E.chrysemydis聚在了一起;在3种Epistylis纤毛虫中,E.plicatilis和E.urceolata聚在了一起。对比由核糖体小亚基RNA基因序列构建的系统发育树,发现:1)ISSR引物在缘毛类纤毛虫基因组中可以得到多态扩增;2)C.polypinum与Epistylis的关系近于V.campanula,在缘毛类纤毛虫分类中,单生或群居是重要的系统发育特征;3)E.plicatilis和E.urceolata的关系近于E.chrysemydis。在Epistylis属纤毛虫中,柄的中空与否是一个有用的系统发育和分类特征。本研究表明ISSR方法在纤毛虫相近和相似种遗传关系研究中是一种新的有用方法。 展开更多
关键词 缘毛类纤毛虫 遗传关系 发育特征 issr方法 基因组
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中华桫椤DNA提取及ISSR分析 被引量:2
8
作者 应站明 黎桂芳 王海舟 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第32期16180-16181,16189,共3页
[目的]研究中华桫椤总DNA的提取方法。[方法]采用SDS法和改良CTAB法提取中华桫椤总DNA,通过电泳检测方法进行比较。[结果]用改良CTAB法得到的DNA浓度和纯度都较高,基本上无蛋白质、多糖等杂质。用改良CTAB法得到的总DNA进行ISSR-PCR扩增... [目的]研究中华桫椤总DNA的提取方法。[方法]采用SDS法和改良CTAB法提取中华桫椤总DNA,通过电泳检测方法进行比较。[结果]用改良CTAB法得到的DNA浓度和纯度都较高,基本上无蛋白质、多糖等杂质。用改良CTAB法得到的总DNA进行ISSR-PCR扩增,谱带清晰,获得较好的效果。[结论]为提取高质量的DNA样品奠定了基础,并为探讨中华桫椤自然居群的遗传多样性和种群遗传结构及进一步保护和利用中华桫椤提供了分子遗传学依据。 展开更多
关键词 中华桫椤 改良CTAB法 SDS法 issr
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肾茶种质资源遗传多样性的ISSR分析 被引量:6
9
作者 罗灿 于旭东 +2 位作者 吴繁花 高鑫 王童欣 《热带生物学报》 2015年第2期204-222,共19页
为了探讨中国肾茶种质资源的遗传多样性,本研究采用100条ISSR引物对87份肾茶种质资源进行试验分析,发现20条引物能扩增出清晰条带.在87份供试材料中,20个ISSR引物共产生144条扩增条带,其中多态性条带120条,多态率83.3%,平均每个ISSR标... 为了探讨中国肾茶种质资源的遗传多样性,本研究采用100条ISSR引物对87份肾茶种质资源进行试验分析,发现20条引物能扩增出清晰条带.在87份供试材料中,20个ISSR引物共产生144条扩增条带,其中多态性条带120条,多态率83.3%,平均每个ISSR标记能产生6.0条多态性片段.87份材料间的遗传相似系数变化范围为0.48 ~0.98,但6份栽培品种间遗传相似系数为0.88 ~ 0.98显示出栽培种的遗传基础相对狭窄.利用UPGMA聚类分析,供试材料可聚为2类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为1类.结果显示,中国野生肾茶种质资源遗传多样性丰富,具有较高的开发利用价值. 展开更多
关键词 肾茶 CTAB法 issr 遗传多样性
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葡萄柚基因组DNA提取方法的比较及ISSR-PCR体系的优化 被引量:6
10
作者 吴田 蓝增全 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2010年第23期48-52,共5页
对4种基因组DNA提取方法进行比较,得到一种效率较高的、且适用于葡萄柚ISSR-PCR的DNA提取方法。同时,采用正交设计对影响葡萄柚ISSR-PCR的因子进行优化。实验结果表明,改良的SDS法提取的基因组DNA最适宜进行葡萄柚的ISSR-PCR扩增。ISSR-... 对4种基因组DNA提取方法进行比较,得到一种效率较高的、且适用于葡萄柚ISSR-PCR的DNA提取方法。同时,采用正交设计对影响葡萄柚ISSR-PCR的因子进行优化。实验结果表明,改良的SDS法提取的基因组DNA最适宜进行葡萄柚的ISSR-PCR扩增。ISSR-PCR产物在2%琼脂糖凝胶上检测,发现PCR扩增的平均条带数为2.7条。葡萄柚的最优ISSR-PCR反应体系为:20μL总体积中含有2×buffer(Mg2+),0.2mmol/L dNTPs,0.2μmol/L引物,0.3U Taq DNA聚合酶,5ng DNA模板。 展开更多
关键词 葡萄柚 DNA提取方法 正交设计 issr-PCR
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锥栗不同组织基因组DNA的提取及ISSR-PCR验证 被引量:2
11
作者 刘国彬 罗正荣 龚榜初 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期420-423,共4页
为提供适宜的材料和保存时间,用于锥栗分子生物学研究,试验利用改良CTAB法,以锥栗不同保存时期下的叶片组织和锥栗的不同组织为材料提取总DNA。结果表明:随着保存时间的延长,锥栗基因组DNA浓度总体呈下降趋势,硅胶干燥法保存植物材料的... 为提供适宜的材料和保存时间,用于锥栗分子生物学研究,试验利用改良CTAB法,以锥栗不同保存时期下的叶片组织和锥栗的不同组织为材料提取总DNA。结果表明:随着保存时间的延长,锥栗基因组DNA浓度总体呈下降趋势,硅胶干燥法保存植物材料的最佳时期为10 d,保证较好提取效果的最长保存时间为10个月;各组织中,除坚果外,其他6种材料都能提取出DNA,尽管纯度和产量不同,OD260/OD280值都在1.8以上,电泳结果显示除坚果外其他材料中提取的DNA无降解。清晰明亮的PCR产物也表明所提取的DNA满足ISSR分析的要求,尤以锥栗嫩叶、成叶、叶芽和花序效果为佳。 展开更多
关键词 锥栗 CTAB法 不同组织 issr
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不同产地野生玉竹种质资源多样性与亲缘关系的ISSR分析 被引量:18
12
作者 卜静 王冬梅 李登武 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第9期1824-1828,共5页
目的研究中国不同居群野生玉竹种质资源的遗传多样性。方法选取我国11个不同居群的野生玉竹样品和1个居群的栽培样品进行ISSR分析,Popgene 32及Ntsyspc-2.1软件分析处理数据。结果通过筛选得到10条ISSR引物,扩增得到115条带,其中108条... 目的研究中国不同居群野生玉竹种质资源的遗传多样性。方法选取我国11个不同居群的野生玉竹样品和1个居群的栽培样品进行ISSR分析,Popgene 32及Ntsyspc-2.1软件分析处理数据。结果通过筛选得到10条ISSR引物,扩增得到115条带,其中108条为多态性条带,多态性条带百分率为93.38%;Nei’s基因多样性(H)为0.432 1±0.084 1,Shannon信息指数(I)为0.619 7±0.100 5,遗传距离(GD)变异为0.128 9~0.496 5;利用UPGMA法构建分子树状图,可将12个居群聚合为两大类。结论不同产地野生玉竹种间存在较高的多态性,遗传多样性较为丰富;野生玉竹的遗传多样性高于栽培居群的遗传多样性,可能与栽培方式和环境因素有关;药用植物玉竹对环境变化的适应能力强,地理来源相同的野生居群和栽培居群先行聚合,与其种质间的亲缘关系较近有关;聚类结果可以部分反映地理分布的特点,为种质资源的鉴定打下良好基础。 展开更多
关键词 玉竹 issr 遗传多样性 亲缘关系 栽培方式 环境因素
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贵州不同产地粗毛淫羊藿药用植物遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析 被引量:4
13
作者 关萍 彭昌琴 +4 位作者 李牡丹 杨鹏 陈兴银 刘鑫 石建明 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第13期3122-3126,共5页
目的对贵州不同产地粗毛淫羊藿样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法利用Pop Gene 32软件及NTsys2.10e软件分析贵州5个不同产地粗毛淫羊藿的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从100个随机引物中筛选出1... 目的对贵州不同产地粗毛淫羊藿样品的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法利用Pop Gene 32软件及NTsys2.10e软件分析贵州5个不同产地粗毛淫羊藿的遗传多样性及亲缘关系,并根据UPGMA法,构建亲缘关系树状图。结果从100个随机引物中筛选出13条多态性稳定、条带清晰的引物,结果表明,共扩增出211个位点,从物种水平上看,共有205个多态性位点,多态性百分率(PPB)为97.16%,Shannon’s信息指数(I)为0.455 7,Nei’s基因多样性指数(H_e)为0.297 3,有效等位基因数(N_e)为1.490 2,5个居群间总的遗传多样性(H_t)为0.297 3,而居群内的遗传多样性(H_s)为0.207 5,表明粗毛淫羊藿的遗传变异主要存在于群体内,种群内的遗传分化大于种群间。利用UPGMA法构建的居群遗传距离聚类树,表明,5个居群被分为2支,其中来自安顺、花溪、高坡的3个居群聚在一支,来自龙里和雷山的2个居群共同聚为一支。结论 ISSR分子标记技术可以用于贵州不同产地的粗毛淫羊藿植物的遗传多样性和亲缘关系分析。 展开更多
关键词 粗毛淫羊藿 issr 遗传多样性 亲缘关系 UPGMA法
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利用综合评分法优化柴胡ISSR-PCR反应体系 被引量:1
14
作者 杨旻 胡继鹰 《现代中药研究与实践》 CAS 2013年第3期23-24,22,共3页
目的研究柴胡ISSR-PCR的最佳反应体系。方法应用综合评分法,对Taq酶、Mg2+、引物、总DNA和dNTPs 5种ISSR反应成分进行优选。结果优化反应体系为:25μL反应体系中含有1×buffer、Taq酶1.0 U、Mg2+2.5 mmol.L-1、引物0.4μmol.L-1、DN... 目的研究柴胡ISSR-PCR的最佳反应体系。方法应用综合评分法,对Taq酶、Mg2+、引物、总DNA和dNTPs 5种ISSR反应成分进行优选。结果优化反应体系为:25μL反应体系中含有1×buffer、Taq酶1.0 U、Mg2+2.5 mmol.L-1、引物0.4μmol.L-1、DNA 75 ng、dNTPs 0.3 mmol.L-1。结论综合评分法优化柴胡ISSR反应体系可行,为下一步试验提供了可靠参数。 展开更多
关键词 综合评分 issr 柴胡 正交设计
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海南木莲基因组DNA提取及ISSR反应体系的优化 被引量:14
15
作者 魏小玲 曹福祥 陈建 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期91-96,共6页
通过对不同提取方法获得的海南木莲DNA质量进行分析,发现采用预先去杂CTAB法提取的海南木莲DNA比其它方法简便、高效,DNA杂质少,得率高;然后通过单因素实验设计对海南木莲ISSR—PCR反应体系进行优化,确立了适于海南木莲的ISSR反应体系,... 通过对不同提取方法获得的海南木莲DNA质量进行分析,发现采用预先去杂CTAB法提取的海南木莲DNA比其它方法简便、高效,DNA杂质少,得率高;然后通过单因素实验设计对海南木莲ISSR—PCR反应体系进行优化,确立了适于海南木莲的ISSR反应体系,即20μL反应体系中含40 ng模板DNA、0.15 mmol.L-1dNTPs、0.40μmol.L-1引物、2.5 mmol.L-1Mg2+和1.5 UTaqDNA聚合酶;最后用16个海南木莲样品对优化体系进行检验,结果表明该体系扩增效果稳定,特异性高,可以用于海南木莲分子生物学的进一步研究。 展开更多
关键词 分子生物学 海南木莲 预先去杂CTAB法 单因素实验 issr—PCR 反应体系
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割手密种质资源遗传多样性的ISSR分析 被引量:9
16
作者 刘建乐 白昌军 +3 位作者 严琳玲 杨虎彪 张龙 黄春琼 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2014年第1期68-73,共6页
为探讨周内割手密种质资源的遗传多样性.本研究采用ISSR分子标记对采自8省的52份割手密种质资源进行了分析。结果表明,22条ISSR引物共扩增出127条条带,其中多态性条带121条,多态率达95.3%。材料间遗传相似系数GS在0.60~0.91之... 为探讨周内割手密种质资源的遗传多样性.本研究采用ISSR分子标记对采自8省的52份割手密种质资源进行了分析。结果表明,22条ISSR引物共扩增出127条条带,其中多态性条带121条,多态率达95.3%。材料间遗传相似系数GS在0.60~0.91之间。UPGMA聚类分析结果表明:在遗传相似系数0.72时52份材料可分为4大类;ISSR分析结果显示,割手密遗传多样性丰富,可以用ISSR对割手密进行分子水平的鉴定和遗传多样性研究。 展开更多
关键词 割手密 遗传多样性 issr SDS法
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利用Taguchi方法优化荆芥ISSR-PCR反应体系 被引量:3
17
作者 王跃虎 魏建和 +2 位作者 张东向 隋春 杨成民 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第F11期177-181,共5页
利用Taguchi方法对荆芥ISSR-PCR反应体系的5因素(dNTP,引物,模板DNA,Mg^(2+),Taq酶)在4个水平上进行优化试验,使用Quantity One4.6.2软件对电泳图片进行处理,PCR结果用SAS 9.1.3 SP4软件进行统计分析。得到如下主要结果:荆芥ISSR-PCR最... 利用Taguchi方法对荆芥ISSR-PCR反应体系的5因素(dNTP,引物,模板DNA,Mg^(2+),Taq酶)在4个水平上进行优化试验,使用Quantity One4.6.2软件对电泳图片进行处理,PCR结果用SAS 9.1.3 SP4软件进行统计分析。得到如下主要结果:荆芥ISSR-PCR最佳反应体系(25μL):dNTP 169.0μmol/L,引物0.2μmol/L,模板DNA 20.6 ng,Mg^(2+)浓度2.1 mmol/L,Taq酶1.2U;将目的条带权重赋值(s)引入PCR电泳结果量化赋值公式,增强其通用性;使用Taguchi方法进行荆芥ISSR-PCR反应体系优化效果明显,但建立的引物浓度回归方程无最大值,说明该方法的应用仍具有一定局限性。 展开更多
关键词 荆芥 issr-PCR Taguchi方法
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枫香ISSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 被引量:7
18
作者 黄敏 黄旭萍 +3 位作者 李斌奇 张毅智 林龙 陈发兴 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第9期2991-2998,共8页
为探索最适的枫香叶片DNA提取方法、最优ISSR引物和最佳ISSR-PCR扩增反应体系,本试验采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法、高盐低pH法和试剂盒法提取枫香叶片DNA;采用三因素五水平(DNA模板用量,2×Taq Ma... 为探索最适的枫香叶片DNA提取方法、最优ISSR引物和最佳ISSR-PCR扩增反应体系,本试验采用改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、十二烷基硫酸钠(SDS)法、高盐低pH法和试剂盒法提取枫香叶片DNA;采用三因素五水平(DNA模板用量,2×Taq Master Mix用量引物浓度)正交试验构建并优化枫香的ISSR-PCR反应体系;对100条ISSR引物进行筛选及其退火温度优化。结果表明:改良CTAB方法提取的DNA浓度高,且电泳条带清晰无污染;SDS和试剂盒方法提取DNA的浓度低,电泳条带亮度低;高盐低pH值法提取的DNA的电泳条带模糊且降解拖尾现象严重。DNA模板浓度为20 ng、Taq Master Mix用量为10μL、引物浓度为0.6μmol/L、ddH2O为7.8μL时扩增程序的条带最清晰、多态性最好。筛选出17条重复性强、条带清晰明亮、多态性高的ISSR引物及其最适退火温度,其中扩增位点数最多的为引物UBC-834、UBC-836和UBC-853,扩增位点均为13个,以UBC-878为ISSR引物时的扩增反应中,当退火温度在46.9℃的时候能够扩增出较多明亮且清晰的条带。枫香叶片DNA最适提取方法为改良CTAB法;ISSR-PCR扩增程序的最优反应体系为20μL:模板DNA浓度为20 ng、Taq Master Mix用量为10μL、引物浓度为0.6μmol/L、ddH2O 7.8μL;筛选出17条最适枫香的ISSR候选引物及其最适退火温度。该枫香ISSR-PCR优化体系和候选引物适用于分子标记为枫香遗传多样性与亲缘关系作分析。 展开更多
关键词 枫香 改良CTAB法 DNA提取 issr-PCR 引物筛选
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节瓜ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选 被引量:3
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作者 杜旋 刘娜 鲁博 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第23期7794-7800,共7页
为了探索适用于节瓜ISSR-PCR反应的反应体系以及得到适用于该体系的ISSR引物,首先利用正交实验的方法对节瓜ISSR-PCR反应体系的三因素(模板,2×san Taq PCR mix预混液,引物)的工作浓度进行优化。然后依据Tm值的差异将引物分成了三组... 为了探索适用于节瓜ISSR-PCR反应的反应体系以及得到适用于该体系的ISSR引物,首先利用正交实验的方法对节瓜ISSR-PCR反应体系的三因素(模板,2×san Taq PCR mix预混液,引物)的工作浓度进行优化。然后依据Tm值的差异将引物分成了三组,每组分别设定不同的退火温度,以节瓜基因组DNA为模板进行PCR扩增,经2%琼脂糖凝胶电泳和UVP成像,结果表明,第二组引物扩增条带的数目、清晰度明显优于第一组和第三组的引物扩增的条带,第二组45℃退火条件下的扩增情况明显优于在40℃退火条件下的扩增。因此,通过实验与分析,确定了节瓜ISSR-PCR反应体系是DNA模板(50 ng/μL)2μL、2×san Taq PCR mix预混液10μL、引物(10μmol/L)1μL,筛选到了18条适合在节瓜的ISSR-PCR反应中应用的引物,其最适合的退火温度是45℃。 展开更多
关键词 节瓜(Benincasa hispida Cogn.var.chieh-qua How.) issr-PCR 正交设计 引物筛选 退火温度
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福建七叶一枝花种质资源遗传多样性的ISSR分析 被引量:2
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作者 罗晓锋 周先治 周建金 《亚热带农业研究》 2023年第4期268-272,共5页
[目的]分析了福建七叶一枝花种质资源的遗传多样性和亲缘关系,以期快速鉴别福建省内和省外的种质资源。[方法]利用ISSR分子标记技术扩增,使用POPGENE 32软件计算平均Shannon多样性指数,并采用NTSYS计算遗传相似系数和UPGMA聚类构建亲缘... [目的]分析了福建七叶一枝花种质资源的遗传多样性和亲缘关系,以期快速鉴别福建省内和省外的种质资源。[方法]利用ISSR分子标记技术扩增,使用POPGENE 32软件计算平均Shannon多样性指数,并采用NTSYS计算遗传相似系数和UPGMA聚类构建亲缘关系图。[结果]从100条引物中筛选出8条扩增条带稳定且清晰、多态性高的引物进行ISSR-PCR扩增,共获得DNA条带66条,其中多态性条带62条,多态性条带比率为93.94%;27个种源平均Shannon多样性指数为0.3779,平均检测等位基因数为1.9394,平均有效等位基因数为1.3720,平均Nei′s基因多样性指数为0.2377。27个种源遗传相似系数的变异范围为0.63~0.88。UPGMA聚类表明,在相似系数为0.63时,可将福建省内与省外的七叶一枝花种源分开;在遗传相似系数为0.69时,27个种源可分为4大类群,来自南平的4份种源和来自三明的12份种源聚为一支,来自龙岩的7份种源聚为一支,来自江西、湖南、湖北的3份种源聚为一支,来自四川的1份种源单独聚为一支。[结论]福建七叶一枝花具有较高的遗传多样性,种质亲缘关系与地理环境相关,可为后续品种选育、资源鉴别和药材道地产区选择提供参考。 展开更多
关键词 七叶一枝花 issr分析 遗传多样性 UPGMA法 福建
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