IS200/IS605转座子家族编码的核酸酶OgeuIscB基因编辑体系的优化

1

作者 顾秋茜 王无可 张军 《临床检验杂志》 CAS 2024年第5期370-376,383,共8页

目的提升来源于IS200/IS605转座子家族的RNA引导的核酸内切酶OgeuIscB的基因编辑效率。方法利用OgeuIscB蛋白已解析的晶体结构,计算氨基酸与核酸之间的原子距离,将距离小于10的非正电荷氨基酸残基突变为精氨酸(arginine,R)以提高OgeuIsc... 目的提升来源于IS200/IS605转座子家族的RNA引导的核酸内切酶OgeuIscB的基因编辑效率。方法利用OgeuIscB蛋白已解析的晶体结构,计算氨基酸与核酸之间的原子距离,将距离小于10的非正电荷氨基酸残基突变为精氨酸(arginine,R)以提高OgeuIscB与核酸的亲和力,通过人胚肾293T细胞内源性位点验证不同突变体的基因编辑效率。结果经过两轮迭代突变,发现Q376R-S456R和A401R-S456R这2个双突变体在不同细胞系的多个内源性位点上均能显著提升OgeuIscB的基因编辑效率。结论基于结构对OgeuIscB蛋白进行理性蛋白质工程化改造,能够提升OgeuIscB核酸内切酶活性,为将其作为一种有效的基因编辑工具提供了实验依据。 展开更多

关键词 基因编辑 核酸内切酶 IS200/is605转座子 蛋白质工程

暂未订购

插入序列IS605与cag致病岛分割在中国人幽门螺杆菌中的不一致性 被引量：2

2

作者 刘炯 许国铭 +3 位作者 李兆申 屠振兴 李淑德 龚燕芳 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期170-172,共3页

目的 :探讨中国人群感染的幽门螺杆菌 (Hp)中 IS6 0 5在 cag致病岛基因分割中的地位和作用。 方法 :采用 PCR方法检测 10 7例临床分离培养的 Hp菌株 ,分别扩增 cag A中的 2 98bp片段、cag致病岛中 cag 与 cag 连接处的 2 2 8bp片段及 IS... 目的 :探讨中国人群感染的幽门螺杆菌 (Hp)中 IS6 0 5在 cag致病岛基因分割中的地位和作用。 方法 :采用 PCR方法检测 10 7例临床分离培养的 Hp菌株 ,分别扩增 cag A中的 2 98bp片段、cag致病岛中 cag 与 cag 连接处的 2 2 8bp片段及 IS6 0 5中的 116 7bp片段。 结果 :作为 cag致病岛一部分的 cag A ,其阳性的检出率为 92 .5 % ,在慢性胃炎、消化性溃疡、胃癌等疾病间的检出率无显著差异 (P>0 .0 5 )。 cag 与 cag 连接处、即未被分割为 cag 与 cag 的 cag致病岛的检出率仅有4 .7% ,而作为参与分割 cag致病岛的 IS6 0 5 ,其检出率仅有 4 3.9% ,明显低于被分割为 cag 与 cag 的 cag致病岛的检出率 ,IS6 0 5在十二指肠溃疡中的检出率 (13.6 % )明显低于慢性胃炎 (5 2 .2 % )中的检出率 (P<0 .0 5 )。而呈连续状态 cag致病岛在十二指肠溃疡中的检出率 (14 .8% )则显著高于慢性胃炎 (1.5 % )中的检出率 (P<0 .0 1)。 结论 :在中国人群感染的 Hp中 ,IS6 0 5的检出率与 cag 与 cag 呈连续状态的 cag致病岛检出率明显不符 ,提示不仅有 IS6 0 5 ,可能还存在有其他类似转座子的基因成分参与 展开更多

关键词 幽门螺杆菌 CAG致病岛 is605 插入序列 不一致性 中国人

暂未订购

IS605在中国人感染幽门螺杆菌中的检出特征 被引量：1

3

作者 刘炯 许国铭 +2 位作者 屠振兴 李兆申 龚燕芳 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期67-68,共2页

为探讨一新的转座子插入元件IS6 0 5在中国人群感染幽门螺杆菌 (Hp)中的分布特征及其与Hp致病的相关性 ,作者采用PCR方法 ,在 10 7例临床分离培养的Hp菌株中 ,扩增IS6 0 5中的 116 7bp片段。发现 :IS6 0 5在中国人群感染Hp中的阳性检出... 为探讨一新的转座子插入元件IS6 0 5在中国人群感染幽门螺杆菌 (Hp)中的分布特征及其与Hp致病的相关性 ,作者采用PCR方法 ,在 10 7例临床分离培养的Hp菌株中 ,扩增IS6 0 5中的 116 7bp片段。发现 :IS6 0 5在中国人群感染Hp中的阳性检出率为 43.9% ,在十二指肠溃疡中的检出率 13.6 % ,明显低于慢性胃炎(5 2 .2 % )等其它Hp相关疾病组中的检出率 (P <0 .0 5 )。说明 :作为转座子插入元件的IS6 0 5 ,在中国人慢性胃炎、消化性溃疡、胃癌等不同疾病来源的Hp中均有分布 ,其中十二指肠溃疡中的检出率明显低于慢性胃炎等其它Hp相关疾病中的检出率。提示IS6 0 5的出现 ,与Hp致十二指肠溃疡的毒力改变有关。 展开更多

关键词 幽门螺杆菌 is605 消化性溃疡 检出率

暂未订购

104株幽门螺杆菌插入序列IS605、IS606的分布 被引量：3

4

作者 张茂俊 张建中 +3 位作者 何利华 郭浩岩 尹焱 周增芬 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期366-369,共4页

目的　筛查中国 5地区幽门螺杆菌 (Hp)插入序列IS6 0 5、IS6 0 6的分布。方法　选取来自北京、福建、云南、沈阳、香港等地共 10 4株Hp ,用PCR及染色体打点杂交的方法筛查IS6 0 5、IS6 0 6的分布 ,并对其分布特点进行分析。结果　中国 ... 目的　筛查中国 5地区幽门螺杆菌 (Hp)插入序列IS6 0 5、IS6 0 6的分布。方法　选取来自北京、福建、云南、沈阳、香港等地共 10 4株Hp ,用PCR及染色体打点杂交的方法筛查IS6 0 5、IS6 0 6的分布 ,并对其分布特点进行分析。结果　中国 5地区Hp菌株IS6 0 5的阳性率为 4 0 % ,IS6 0 6的阳性率为 18%。云南菌株IS6 0 5的阳性率有高于其他地区的趋势 ,不同地区IS6 0 6的分布差异无显著性。不同临床诊断结果分离的菌株IS6 0 5、IS6 0 6的分布差异无显著性。IS6 0 5的两个开码读框ORFA、ORFB共存。结论　中国 5地区Hp菌株广泛存在IS6 0 5、IS6 0 6 ,且IS6 0 5的分布可能与菌株分离个体的地理位置有关。 展开更多

关键词 is605 IS606 幽门螺杆菌 插入序列 IS 染色体打点杂交 分子流行病学 聚合酶链反应

原文传递

幽门螺杆菌感染者IS605插入与cag致病岛分割的不一致性及意义 被引量：2

5

作者 刘炯 许国铭 +4 位作者 屠振兴 李兆申 聂时南 纪徐淮 龚燕芳 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2000年第12期907-909,共3页

关键词 幽门螺杆菌感染 is605插入 cag致病岛分割

原文传递

幽门螺杆菌中国菌株转位因子IS605的序列分析 被引量：2

6

作者 张茂俊 张建中 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期493-495,共3页

目的　研究幽门螺杆菌 (Hp)中国菌株转位因子IS6 0 5的序列差异。方法　采用PCR扩增、克隆、连接、测序的方法获得不同地区菌株IS6 0 5的序列并进行聚类分析比较。结果　中国菌株IS6 0 5的核苷酸序列高度保守 ,不同地区同源性达 93% ,... 目的　研究幽门螺杆菌 (Hp)中国菌株转位因子IS6 0 5的序列差异。方法　采用PCR扩增、克隆、连接、测序的方法获得不同地区菌株IS6 0 5的序列并进行聚类分析比较。结果　中国菌株IS6 0 5的核苷酸序列高度保守 ,不同地区同源性达 93% ,相同地区同源性达 95 % ,G +C含量为 35 % ,与Hp的全基因相似。同源聚类分析表明相同地区IS6 0 5的序列相近。结论　IS6 0 5是幽门螺杆菌基因组中相当保守的成分 。 展开更多

关键词 中国菌株 序列分析 幽门螺杆菌 插入因子 is605

原文传递

幽门螺杆菌中国菌株IS605插入靶基因的获得及分析 被引量：1

7

作者 张茂俊 张建中 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第11期869-872,共4页

目的获得幽门螺杆菌插入因子IS605的插入靶位点并分析其插入特征。方法采用酶切、Southernblot、LA PCR体外克隆、连接、测序的方法获得不同菌株IS605的靶基因及拷贝数,并对插入位点进行分析。结果中国菌株G40A、G61B各两个拷贝的IS605... 目的获得幽门螺杆菌插入因子IS605的插入靶位点并分析其插入特征。方法采用酶切、Southernblot、LA PCR体外克隆、连接、测序的方法获得不同菌株IS605的靶基因及拷贝数,并对插入位点进行分析。结果中国菌株G40A、G61B各两个拷贝的IS605分别插入在幽门螺杆菌功能未明的基因中;IS605插入位点的左侧(ORFA侧)富含“AT”。结论IS605的插入位点具有区域特异性的倾向性;LAPCR体外克隆法是研究原核生物已知基因的周边基因及其拷贝数的较好方法。 展开更多

关键词 幽门螺杆菌 LA PCR is605 插入位点

原文传递

炭疽芽孢杆菌IS605插入位点在细菌检测与基因分型中的应用研究

8

作者 刘志强 海荣 +1 位作者 俞东征 张恩民 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期993-996,共4页

目的研究并分析我国炭疽芽孢杆菌（Ba）中IS605的分布，探讨以插入序列IS605检出Ba和对其进行分型的可能性。方法按照已发表的Bacillus anthracis str．‘Ames Ancestor’全基因序列全部7个位置的IS605设计引物，对90株Ba进行PCR扩增、... 目的研究并分析我国炭疽芽孢杆菌（Ba）中IS605的分布，探讨以插入序列IS605检出Ba和对其进行分型的可能性。方法按照已发表的Bacillus anthracis str．‘Ames Ancestor’全基因序列全部7个位置的IS605设计引物，对90株Ba进行PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳分析，得到了相应的分布，最终通过测序确定差异的性质。结果此次研究中90株Ba的IS605完全一致。但对5、6,7这3个位置与Ba近缘的细菌比较发现仅Ba出现阳性扩增结果。结论IS605在眈稳定存在，研究范围内所有菌株仅5、6,7这3个位置均有插入，因此这3个位置可以作为眈与其他芽孢杆菌识别的特征；IS605定位不适合作为Ba的分型指标。 展开更多

关键词 炭疽芽孢杆菌 is605插入位点 基因分型 细菌检测

原文传递

Y1转座酶关联转座子在大肠杆菌和沙门氏菌基因组中的分布和结构特征 被引量：1

9

作者 王冰清 关中夏 +4 位作者 王亚丽 石莎莎 郭梦可 宋成义 高波 《生物信息学》 2024年第3期217-224,共8页

Y1转座酶关联转座子(Y1ATs)的活性催化位点为一个酪氨酸,能够切割和连接单链DNA,在原核生物分布广泛。为探究Y1转座酶关联转座子在大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)与沙门氏菌(Salmonella enterica,S.ente)基因组中系统进化特性,通过H... Y1转座酶关联转座子(Y1ATs)的活性催化位点为一个酪氨酸,能够切割和连接单链DNA,在原核生物分布广泛。为探究Y1转座酶关联转座子在大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)与沙门氏菌(Salmonella enterica,S.ente)基因组中系统进化特性,通过Hmmsearch程序对Y1转座酶关联转座子进行了挖掘分析。结果表明,Y1转座酶关联转座子广泛分布于96.84%大肠杆菌基因组和80.4%沙门氏菌基因组。根据序列比对和蛋白结构域预测将Y1转座酶关联转座子分为10类,均隶属于IS200/IS605超家族,其中11645个属于IS200家族,4811个属于IS605家族。IS200家族广泛分布于S.ente基因组中(72.24%),而IS605家族广泛分布于E.coli基因组中(89.38%)。IS200拷贝数以及完整拷贝数显著高于IS605。IS200家族仅含有一个Y1转座酶编码区,而IS605家族含两个开放阅读框,分别编码Y1转座酶和TnpB蛋白。IS200家族的Y1氨基酸序列高度保守(95.3%),而IS605家族的Y1和TnpB具有较高遗传多样性,为研究转座子在原核生物的遗传进化模式提供重要参考。IS200家族具有高度保守的Y1转座酶,且完整拷贝数比例较高,提示该类转座子可能具有转座活性,对其活性的挖掘有利于研制转座子介导的新型高效基因编辑工具。 展开更多

关键词 转座子 Y1 TnpB IS200 is605 大肠杆菌(E.coli) 沙门氏菌(S.ente)

在线阅读 下载PDF 职称材料

幽门螺杆菌致病相关基因集群多态性的研究 被引量：5

10

作者 刘炯 王忠灿 +7 位作者 金鑫鑫 汪芳裕 陈春燕 王震凯 朱乐明 万海军 陆恒 施慧 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2012年第11期1136-1140,共5页

目的基因多态性已逐渐成为幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)新的研究热点。文中旨在研究临床Hp菌株中cagA、cagM、cagZ、cagⅠ-Ⅱ接点、IS605等cag致病岛(cag pathogenicity island,cagPAI)相关的遗传学位点的多样性分布及其与胃十... 目的基因多态性已逐渐成为幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)新的研究热点。文中旨在研究临床Hp菌株中cagA、cagM、cagZ、cagⅠ-Ⅱ接点、IS605等cag致病岛(cag pathogenicity island,cagPAI)相关的遗传学位点的多样性分布及其与胃十二指肠疾病的关系。方法参照标准菌株NCTC11638序列设计引物,特异性PCR方法检测253株Hp菌株中,cagA、cagM、cagZ基因、cagⅠ-Ⅱ接点以及IS605等不同遗传学位点的分布情况。结果 253株临床分离的Hp菌株中,cagA基因的检出率为92.5%(234/253);cagM的检出率为86.2%(218/253);cagZ的检出率为66%(167/253);在慢性非萎缩性胃炎、消化性溃疡、胃癌中的检出率差异均无统计学意义(P>0.05)。仅5.1%(13/253)的Hp菌株中可检测到具有西方菌株特征的cagⅠ-Ⅱ接点的存在,提示中国大部分菌株中的cagⅠ-Ⅱ接点存在明显不同于西方菌株的结构形式;含西方菌株连续状态特征的cagPAI在消化性溃疡中13.3%(10/75)的检出率明显高于慢性非萎缩性胃炎中1.4%(2/146)的检出率(P<0.01)。IS605在慢性非萎缩性胃炎中51.4%(75/146)的检出率明显高于消化性溃疡中28%(21/75)的检出率(P<0.01)。结论cagPAI集群的序列结构具有丰富的基因多样性;cagA、cagM、cagZ等遗传学位点单独无一可作为临床Hp菌株的毒力标志;IS605的存在可能影响菌株的毒力发挥;cagⅠ-Ⅱ接点区域可能存在中国或东亚菌株的特征性结构。 展开更多

关键词 幽门螺杆菌 基因多态性 CAG致病岛 is605

在线阅读 下载PDF 职称材料

幽门螺杆菌cag致病岛的研究进展 被引量：3

11

作者 刘炯 许国铭 《中华消化杂志》 CAS CSCD 北大核心 1999年第6期408-410,共3页

关键词 幽门螺杆菌 CAG致病岛 is605 功能

原文传递