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PacBio三代测序技术在血友病A患者基因检测中的应用
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作者 马玉洁 孙东兰 +6 位作者 魏天颖 胡体凌 陈文琪 窦肇华 刘家恩 张静 胡华莹 《中国组织化学与细胞化学杂志》 2025年第3期220-226,263,共8页
目的探讨通过PacBio三代测序技术检测血友病A患者及携带者F8基因变异的可行性。方法采集临床上已确诊血友病A的患者外周血样本,采用高分辨染色体核型分析技术,进行细胞遗传学检测,并提取基因组DNA,使用PacBio三代测序技术进行分子遗传... 目的探讨通过PacBio三代测序技术检测血友病A患者及携带者F8基因变异的可行性。方法采集临床上已确诊血友病A的患者外周血样本,采用高分辨染色体核型分析技术,进行细胞遗传学检测,并提取基因组DNA,使用PacBio三代测序技术进行分子遗传学检测,然后通过传统IS-PCR法对检测结果进行验证。结果5例HA家系中,3例为22号内含子远端倒位,1例为22号内含子远端倒位携带者,1例为大片段杂合缺失。结论PacBio三代测序技术检测血友病A的结果与传统方案一致,并且可以直接确定倒位断点,明确变异的重组机制,是一种能够全面检测分析F8基因变异的方法,可全面代替现有方案用于血友病A的遗传筛查。 展开更多
关键词 血友病A F8基因 PacBio三代测序 is-pcr
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青香茅和五节芒内生固氮菌的分离与生理生化鉴定 被引量:23
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作者 谭志远 傅琴梅 +3 位作者 彭桂香 原红娟 程艳波 江院 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期643-649,共7页
为研究青香茅(Cymbopogon caesius)和五节芒(Miscanthus floridulus)内生固氮菌的多样性,基于两种无氮培养基结合乙炔还原法从这两种牧草中分别分离到30株和36株菌.采用SDS-PAGE(Dodecyl sulfate sodium saltpolyacrylamide gel electro... 为研究青香茅(Cymbopogon caesius)和五节芒(Miscanthus floridulus)内生固氮菌的多样性,基于两种无氮培养基结合乙炔还原法从这两种牧草中分别分离到30株和36株菌.采用SDS-PAGE(Dodecyl sulfate sodium saltpolyacrylamide gel electrophoresis)全细胞蛋白电泳和IS-PCR(Insertion sequence-based PCR)指纹图谱将这66株内生固氮菌聚类为10个类群(I-X,每群3株以上,共61个聚群菌株)和3个未归类小组(共5个未聚群菌株).从10个聚类群和3个未归类小组中各选1株菌作为代表进行16S rDNA序列分析,发现它们与洋葱伯克霍尔德菌(Burkholderia cepacia)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、固氮植物菌(Phytobacter diazotrophicus)、阿氏肠杆菌(Enterobacter asburiae)、织片草螺菌(Herbaspirillum seropedicae)、阪崎克洛诺菌(Cronobacter sakazakii)、水稻肠杆菌(Enterobacter oryzae)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、溶解肠杆菌(Enterobacter dissolvens)、无乳固氮螺螺(Azospirillum amazonense)、都柏林克罗诺杆菌(Cronobacter dublinensis)等的相似性分别达97%以上,表明所分离内生固氮菌多样性高.进一步对它们进行生理生化测定,结果表明有些菌株具泌氨能力、产吲哚、解磷、解钾效果,在农业生产上具有一定的应用潜力. 展开更多
关键词 乙炔还原法 全细胞蛋白电泳 is-pcr 内生固氮菌 固氮酶活性 微生物多样性 青香茅 五节芒
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广东水稻白叶枯病菌遗传多样性和小种分化研究 被引量:12
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作者 曾列先 陈深 +5 位作者 张慧 潘汝谦 杨健源 伍圣远 翟培茹 朱小源 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期231-237,共7页
通过IS-PCR和rep-PCR指纹技术,分析了广东水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae)群体遗传多样性。用2对特异性引物J3和ERIC对114个菌株基因组DNA进行了PCR扩增,分别呈现89和40种谱型,以彼此间的带位相似率达70%为界,J3扩增的谱... 通过IS-PCR和rep-PCR指纹技术,分析了广东水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae)群体遗传多样性。用2对特异性引物J3和ERIC对114个菌株基因组DNA进行了PCR扩增,分别呈现89和40种谱型,以彼此间的带位相似率达70%为界,J3扩增的谱型被分为11簇,ERIC的谱型被分为8簇。J3的簇1包含89个菌株,占总数的78.07%,ERIC的簇1包含52个菌株,占总数的45.61%,均为优势簇群。群体遗传多样性值J3为0.8919,ERIC为0.8278。上述结果表明,广东水稻白叶枯病菌的遗传多样性较高。全部参试菌株接种于含有不同抗性基因近等基因系及高感品种金刚30共6个鉴别品种,被划分为6个小种(X-gd1,X-gd2,X-gd3,X-gd4,X-gd5和X-gd6),X-gd4出现频率最高,为广东省的优势小种。 展开更多
关键词 水稻白叶枯病菌 遗传多样性 小种 is-pcr REP-PCR
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藤县药用野生稻内生固氮菌分离鉴定及系统发育分析 被引量:13
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作者 胡文哲 谭泽文 +2 位作者 王勇 徐羡微 谭志远 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期111-119,共9页
从广西梧州市藤县药用野生稻中筛选内生固氮菌,为微生物肥料生产收集菌种资源。采用3种无氮培养基经平板划线法筛选内生固氮菌;通过乙炔还原法测定其固氮酶活性;利用IS-PCR(Insertion sequence-based PCR)指纹图谱和全细胞蛋白电泳图谱... 从广西梧州市藤县药用野生稻中筛选内生固氮菌,为微生物肥料生产收集菌种资源。采用3种无氮培养基经平板划线法筛选内生固氮菌;通过乙炔还原法测定其固氮酶活性;利用IS-PCR(Insertion sequence-based PCR)指纹图谱和全细胞蛋白电泳图谱对获得的内生固氮菌进行聚类分析;根据16S r RNA基因序列分析确定其进化关系;使用分光光度计比色法检测其产生长素能力、产铁载体能力、溶磷能力和ACC脱氨酶活性。结果显示,从野生稻中筛选获得34株内生固氮菌分为5个类群,类群I和II各有8株,类群III、IV、V分别有2株、5株和11株,其固氮酶活性介于5.0和1 036.7 nmol/(m L·h)之间。类群I代表菌株HU33与无乳固氮螺菌(Azospirillum amazonense ATCC 35119T)相似性为97.13%;类群II代表菌株HU31与变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola DSM 15968T)相似性为99.71%;类群III代表菌株HU17与蒙氏假单胞菌(Pseudomonas monteilii ATCC 700476T)相似性为99.86%;类群IV代表菌株HU13与黄黄色杆菌(Xanthobacter flavus ATCC 35867T)相似性为100%;类群V代表菌株CM05与越南伯克霍尔德菌(Burkholderia vietnamiensis LMG 10929T)相似性为99.86%。药用野生稻内生固氮菌资源具有遗传多样性;有些菌株有较强的产生长素、产铁载体、ACC脱氨酶活性和溶磷能力,在农业生产上具有一定的应用潜力;类群I可能是一个新类群。 展开更多
关键词 药用野生稻 内生固氮菌 系统发育分析 全细胞蛋白电泳 is-pcr
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原位PCR技术在植物学中的应用 被引量:3
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作者 李分龙 陈庆富 《贵州师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2010年第2期111-114,共4页
随着聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)技术和分子水平生物技术的发展,综合了原位杂交(Insitu Hybridize,ISH)和PCR双重优点的原位PCR(Insitu polymerase chain reaction,IS-PCR)在越来越多的领域得到应用,或者具有巨大的... 随着聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)技术和分子水平生物技术的发展,综合了原位杂交(Insitu Hybridize,ISH)和PCR双重优点的原位PCR(Insitu polymerase chain reaction,IS-PCR)在越来越多的领域得到应用,或者具有巨大的应用前景。目前关于IS-PCR的报道主要集中在动物学和微生物学等领域,植物学领域较少。现从植物外源基因的检测、基因定位、高分辨率的DNA物理图谱的构建和植物种属关系的鉴定等方面就IS-PCR技术在植物学中的应用进行了综述。 展开更多
关键词 is-pcr 基因定位 基因检测
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普通荞麦染色体的原位PCR技术研究 被引量:2
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作者 李分龙 陈庆富 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第17期10135-10138,共4页
[目的]探索一种适合荞麦的简单易行的染色体原位PCR技术。[方法]采用16S套式引物、4.5S套式引物与psbA引物,以栽培甜荞为材料,进行染色体原位PCR、原位套式PCR与多次原位PCR试验。[结果]高温干燥可以起到与包埋类似的作用;染色体的原位... [目的]探索一种适合荞麦的简单易行的染色体原位PCR技术。[方法]采用16S套式引物、4.5S套式引物与psbA引物,以栽培甜荞为材料,进行染色体原位PCR、原位套式PCR与多次原位PCR试验。[结果]高温干燥可以起到与包埋类似的作用;染色体的原位套式PCR效果比原位PCR明显,多次原位PCR次数为5~6效果较佳。16S引物和4.5S引物均显示了4对信号,但位置不同;而psbA引物是单拷贝的,仅显示出1对信号。根据这些信号的位置差异可以区分普通荞麦的5对染色体。[结论]所使用的荞麦染色体原位PCR技术简单易行。 展开更多
关键词 栽培甜荞 is-pcr 16S RDNA 4.5S RDNA psbA.
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免疫捕捉PCR和经典PCR方法检测水稻细菌性谷枯病菌灵敏性比较 被引量:3
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作者 罗金燕 陈磊 +2 位作者 秦萌 赵玉强 余慧 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第2期371-377,共7页
将免疫吸附富集(ISE)和经典PCR结合以提高水稻细菌性谷枯病的检测效率,并且利用多克隆抗体技术成功地获得了4种抗血清,即抗Burkholderia glumae全菌体血清ASBg14,ASBg32,ASBg26和ASBg04,ODD法测定该4种抗血清的效价均达到1∶32以上,利... 将免疫吸附富集(ISE)和经典PCR结合以提高水稻细菌性谷枯病的检测效率,并且利用多克隆抗体技术成功地获得了4种抗血清,即抗Burkholderia glumae全菌体血清ASBg14,ASBg32,ASBg26和ASBg04,ODD法测定该4种抗血清的效价均达到1∶32以上,利用凝聚法测定的所有抗血清的效价也均达到了1∶5 120以上,通过两种方法结合测定效价均显示为合格抗体。通过对4种抗血清的专化性进行研究,结果显示ASBg14和ASBg32专化性较高,抗血清ASBg26和ASBg04专化性不是很理想。用直接PCR技术和免疫捕捉PCR技术检测谷枯病菌,结果表明,所有谷枯病菌都能产生500 bp左右的特异性片段,非谷枯病菌的8个菌株均无特异性片段产生。两种检测方法的灵敏度比较发现,直接PCR技术能检测到1×105cfu·mL-1左右的悬浮液,免疫捕捉PCR技术能检测到103cfu·mL-1左右悬浮液,免疫捕捉PCR比直接PCR灵敏性提高102倍。检测人工接种的病稻种实验中,直接PCR技术能检测到2粒及以上带菌种子制得浸悬液,而免疫捕捉PCR技术仅1粒带菌种子即可。 展开更多
关键词 免疫捕捉 水稻 细菌性谷枯病
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The In Situ PCR Technology on Chromosome of Common Buckwheat
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作者 李分龙 陈庆富 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2011年第4期493-496,545,共5页
[Objective] The paper aimed to explore a simple in situ PCR technology for buckwheat.[Method] By using 16S and 4.5S nested primers and psbA primer,the in situ PCR,nested in situ PCR,and multiple in situ PCR were carri... [Objective] The paper aimed to explore a simple in situ PCR technology for buckwheat.[Method] By using 16S and 4.5S nested primers and psbA primer,the in situ PCR,nested in situ PCR,and multiple in situ PCR were carried out on common buckwheat,respectively.[Result] High-temperature drying treatment had the effects similar to that of embedding method.The effect of the nested in situ PCR is better than conventional in situ PCR.A better result could be obtained till the multiple in situ PCR was performed as many as 5-6 times.Four pair of signals could be obtained by using both 16S and 4.5S primers,but their sites differed from each other;psbA primer as a single copy only showed a pair of signals.A total of five pairs of common buckwheat chromosome could be identified according to the difference of the signal's location.[Conclusion] The chromosome in situ PCR technique for buckwheat was simple and feasible. 展开更多
关键词 Fagopyrum esculentum is-pcr 16S rDNA 4.5S rDNA PSBA
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