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宁夏东部荒漠草原不同密度灌丛引入过程细菌群落结构和功能特征 被引量:1
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作者 李志丽 王红梅 +4 位作者 赵亚楠 李志刚 张振杰 苏荣霞 陈彦硕 《环境科学》 北大核心 2025年第5期3287-3295,共9页
20世纪七八十年代,为防止宁夏东部荒漠草原过度放牧引起的草原退化,大量豆科灌丛柠条(Caragana korshinskii)被引入用于植被重建,随着时间和密度的增加,出现了明显的土壤旱化,草本退化等现象.为探究“荒漠草原退化-灌丛引入”过程对土... 20世纪七八十年代,为防止宁夏东部荒漠草原过度放牧引起的草原退化,大量豆科灌丛柠条(Caragana korshinskii)被引入用于植被重建,随着时间和密度的增加,出现了明显的土壤旱化,草本退化等现象.为探究“荒漠草原退化-灌丛引入”过程对土壤细菌群落及其对土壤碳氮转化的影响特征,选取封育草地、放牧草地和不同种植间距(40、6和2 m)灌丛地为研究对象,采用Illumina MiSeq高通量测序技术,开展土壤细菌差异菌群、物种网络结构和功能群及其土壤影响因子研究.结果表明,与封育草地相比,放牧草地和灌丛地增加了Firmicute、Bacteroidota和Nitrospirota的相对丰度.灌丛密度的增加促进Firmicute的相对丰度.相较于封育草地和退化草地,灌丛地细菌碳功能群明显增加碳化合物的降解,且其氮功能群随灌丛密度的增加促进了土壤氮的可利用性.灌丛引入降低了细菌优势群落和功能群与土壤因子的关联性,具体表现为在退化过程被土壤有机碳含量和β-1,4-N-乙酰葡糖苷酶调控,而在引入过程则被硝态氮和β-1,4-N-乙酰葡糖苷酶驱动,潜在加快了土壤微生物碳氮代谢过程. 展开更多
关键词 荒漠草原 放牧退化 灌丛引入 细菌群落 网络结构 faprotax
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基于Illumina MiSeq高通量测序的燕麦种带细菌多样性及功能分析 被引量:2
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作者 张振粉 黄荣 +2 位作者 李向阳 姚博 赵桂琴 《草业学报》 CSCD 北大核心 2023年第7期96-108,共13页
采用高通量测序法,分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异,并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示:1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分... 采用高通量测序法,分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异,并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示:1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分类单元(OTUs),主要归属于33个门、180个目和435个属。2)基于OTUs的丰度及注释信息,7份燕麦种带细菌群落中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门和蓝菌门为优势菌门,立克次氏体目和鞘脂单胞菌目为优势菌目,鞘氨醇单胞菌属、Solibacter和假节杆菌属为优势菌属。3) Alpha多样性和Beta多样性表明不同燕麦品种的细菌群落多样性和群落结构具有较大差异,其中LXY-5具有最大的Alpha多样性。LEFSe分析更进一步显示不同的燕麦品种生物标记的物种不同。4) PICRUSt和FAPROTAX功能预测分析表明,燕麦种带细菌群落主要有代谢、有机系统和人类疾病3个代谢通路,分属于有42个KEGG和24个COG的二级代谢途径;FAPROTAX功能注释后共获得52个生态功能。研究结果为明确燕麦种带细菌多样性及开发新型基因资源提供了理论依据。 展开更多
关键词 Illumina MiSeq高通量测序 燕麦种带细菌 生物信息学分析 PICRUSt faprotax
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野生鸡油菌子实体可培养微生物多样性及其功能分析 被引量:4
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作者 葛伟 张芝元 +4 位作者 董醇波 邵秋雨 刘宇星 韩燕峰 梁宗琦 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1054-1073,共20页
采用多种培养基对采自贵州省贵阳市3个样地的鸡油菌Cantharellus cibarius子实体内细菌和真菌进行分离、培养、鉴定和多样性分析。利用FAPROTAX和FUNGuild数据库分别对其功能类群进行注释,从而探究微生物群对鸡油菌生长发育的影响。结... 采用多种培养基对采自贵州省贵阳市3个样地的鸡油菌Cantharellus cibarius子实体内细菌和真菌进行分离、培养、鉴定和多样性分析。利用FAPROTAX和FUNGuild数据库分别对其功能类群进行注释,从而探究微生物群对鸡油菌生长发育的影响。结果表明,鸡油菌子实体内共分离获得细菌49株,分属于2门、4纲、6目、9科、12属和27种,其中,优势属为假单胞菌属Pseudomonas;真菌90株,分属于3门、7纲、12目、26科、32属和44种,优势属为蜡蚧菌属Lecanicillium。功能分析结果显示,细菌主要集中于潜在氮代谢、芳香性气味物质代谢,以及难溶性化学物质的溶解等方面;真菌主要集中于分解复杂有机物、辅助菌根真菌与植物根系建立共生,以及潜在抑制虫害、病原菌侵染等方面。 展开更多
关键词 鸡油菌 培养基 faprotax数据库 FUNGuild数据库 功能类群
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冻融季帽儿山森林改变有机碳输入方式对土壤活性氮含量的影响 被引量:1
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作者 王思琪 张利敏 +1 位作者 刘月 陈羽彤 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期3236-3246,共11页
根系与凋落物有机碳输入变化对土壤碳氮循环的影响已成为当前学界关注的热点,但冻融季不同有机碳输入方式将对土壤活性氮含量产生何种影响尚不明确。为此在春季具有明显冻融作用的温带森林设立凋落物去除、根系去除处理以代表仅根系有... 根系与凋落物有机碳输入变化对土壤碳氮循环的影响已成为当前学界关注的热点,但冻融季不同有机碳输入方式将对土壤活性氮含量产生何种影响尚不明确。为此在春季具有明显冻融作用的温带森林设立凋落物去除、根系去除处理以代表仅根系有机碳输入方式、仅凋落物有机碳输入方式,并设置自然条件有机碳输入方式即保留根系及凋落物作为对照,多角度探究土壤微生物量氮、矿质氮动态变化。结果表明:(1)有机碳输入方式对土壤活性氮含量有重要影响:与自然条件下有机碳输入方式相比,仅根系输入处理使土壤微生物氮、总矿质氮含量升高10.5%、12.3%。(2)输入时长改变了有机碳输入方式对土壤活性氮含量的作用效果:长期单一有机碳输入使土壤微生物量氮含量下降,反应率值为0.451、0.422。(3)季节差异是影响有机碳输入方式对土壤活性氮含量作用效果的关键因素:仅根系有机碳输入在冻融季使总矿质氮含量上升,反应率值为0.404,生长季相反,呈下降趋势,其值为0.121。以上结果表明,有机碳输入方式对土壤活性氮含量有重要调控作用,且作用效果会受季节、输入时长等因素影响。 展开更多
关键词 土壤活性氮 冻融季 根系去除、凋落物去除 faprotax功能预测
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高密度聚乙烯微塑料胁迫对棉花生长、枯萎病发生和根际细菌群落的影响 被引量:14
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作者 张浩 孙洁 +4 位作者 杨慧颖 董联政 滑紫微 韩辉 陈兆进 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第5期2955-2964,共10页
塑料地膜,尤其是聚乙烯地膜,在我国农业生产中广泛使用,而其降解形成的微塑料也逐渐在土壤中累积,带来诸多环境问题.目前,农田土壤中微塑料的环境生物学效应已有诸多报道,但微塑料对作物生长、病害发生和根际土壤细菌群落的影响研究较少... 塑料地膜,尤其是聚乙烯地膜,在我国农业生产中广泛使用,而其降解形成的微塑料也逐渐在土壤中累积,带来诸多环境问题.目前,农田土壤中微塑料的环境生物学效应已有诸多报道,但微塑料对作物生长、病害发生和根际土壤细菌群落的影响研究较少.前期研究发现1%高密度聚乙烯微塑料(HDPE,500目)处理土壤会提高棉花枯萎病发病率(33.3%),并且抑制棉花生长,而土壤灭菌处理后未发现此现象,推测HDPE通过改变土壤微生物群落,影响棉花生长和枯萎病发生.因此,拟通过高通量测序技术,结合网络分析和FAPROTAX功能分析,探究HDPE对棉花根际土壤细菌群落结构、互作网络和功能的影响,解析HDPE的作用机制.NovaSeq测序显示HDPE处理的棉花根际细菌群落由54个门,472个属组成,门与属组成数量均少于无菌水处理土壤.α、β多样性和ANOSIM/Adonis分析表明,HDPE显著降低细菌群落的丰富度,并改变群落结构组成.基于T-test分析差异物种,HDPE显著降低土壤中具有潜在生物防治、污染物降解和抗真菌药物合成功能菌属的相对丰度,如Kribbella、Massilia、Hailiangium和Ramlibacter等.细菌群落的改变导致土壤细菌功能的变化,进一步通过FAPROTAX功能分析可知,HDPE弱化棉花根际土壤细菌部分生物化学功能,如化能异养、发酵和硝酸盐还原等.属水平物种相关性网络分析表明HDPE处理减弱了根际细菌间的相互作用,减少正相关连接数,增加负相关连接数,简化网络结构,改变关键菌群.以上结果表明HDPE可通过改变棉花根际细菌群落、相互作用与功能代谢,影响棉花的生长与枯萎病发生,可为评价聚乙烯微塑料生态风险与污染土壤修复提供指导. 展开更多
关键词 高密度聚乙烯 棉花 高通量测序 网络分析 faprotax功能分析
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不同曝气方式对人工湿地细菌多样性、代谢活性及功能的影响 被引量:12
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作者 王飞鹏 黄亚玲 +4 位作者 张瑞瑞 岳琛 李飞翔 张超月 穆景利 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期2007-2017,共11页
细菌在人工湿地去除污染物过程中起着非常关键的作用.基于DNA和RNA高通量测序技术探讨了不同曝气强化方式影响下的人工湿地单元内细菌多样性、代谢活性和功能.结果发现:①养殖废水和人工湿地处理组共检测到细菌4042个操作分类单元(OTUs)... 细菌在人工湿地去除污染物过程中起着非常关键的作用.基于DNA和RNA高通量测序技术探讨了不同曝气强化方式影响下的人工湿地单元内细菌多样性、代谢活性和功能.结果发现:①养殖废水和人工湿地处理组共检测到细菌4042个操作分类单元(OTUs),其中α-变形菌、γ-变形菌和拟杆菌为多样性最高的类群,且人工湿地曝气强化方式会在一定程度上增加细菌的多样性;②基于DNA和RNA测序结果均发现细菌优势类群主要为:α-变形菌、γ-变形菌、拟杆菌和放线菌,且这4种类群代谢活性主要受到总氮(TN)和硝态氮(NO_(3)^(-)-N)浓度的调控;③基于FAPROTAX数据库功能注释,共检测到56个细菌功能群组,主要为:化能异养、好氧化能异养、发酵、胞内寄生、暗氢氧化、光合自养、光合异养和硝酸盐还原.氮循环相关功能的发现表明细菌在人工湿地去除氮营养盐过程中起着非常关键的作用.该结果有助于加强对曝气处理下人工湿地去除污染物过程中细菌群落结构及功能的认识. 展开更多
关键词 人工湿地(CW) 高通量测序 细菌群落结构 代谢活性 faprotax功能预测
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Linking microbial community composition to farming pattern in selenium-enriched region:Potential role of microorganisms on Se geochemistry 被引量:4
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作者 Yanhong Wang Xinyan Shi +5 位作者 Xianxin Huang Chunlei Huang Helin Wang Hanqin Yin Yixian Shao Ping Li 《Journal of Environmental Sciences》 SCIE EI CAS CSCD 2022年第2期269-279,共11页
Selenium(Se)is an essential micronutrient for lives.Indigenous microbial communities play an important role on Se geochemistry in soils.In this study,the microbial community composition and functions of 53 soil sample... Selenium(Se)is an essential micronutrient for lives.Indigenous microbial communities play an important role on Se geochemistry in soils.In this study,the microbial community composition and functions of 53 soil samples were investigated using high-throughput sequencing.Samples were divided into 3 groups with different farming types based on the measured geochemical parameters and microbial functional structures.Results indicated that putative Se related bacteria Bacillus,Dyella,Paenibacillus,Burkholderia and Brevibacillus were dominant in dryland plantation soils which were characterized with higher available Se and low contents of H_(2)O,total organic carbon(TOC),NH_(4)^(+) and NO_(2)^(-).In contrast,the putative denitrifier Pseudomonas dominated in flooded paddy soils with higher TOC,NO_(3)^(-) and organic Se,whereas genera Rhizobium,Nitrosospira,and Geobacter preferred woodland soils with higher oxidation-reduction potential(ORP),pH,NH_(4)^(+) and Fe.Farming patterns resulted in distinct geochemical parameters including moisture,pH,ORP,TOC,and contents of soluble Fe,NO_(2)^(-) and NH_(4)^(+),shaping the microbial communities,which in turn affected Se forms in soils.This study provides a valuable insight into understanding of Se biogeochemistry in soils and prospective strategy for Se-rich agriculture production. 展开更多
关键词 Selenium biogeochemistry Indigenous microbial community Farming patterns High-throughput sequencing faprotax
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黄河上游梯级水库沉积物甲烷氧化菌丰度和群落结构特征
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作者 吴艺 毛旭锋 +5 位作者 刘泽碧 夏亮 金鑫 唐文家 于红妍 杜凯 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2024年第8期1192-1202,共11页
甲烷氧化菌(Methanotrophs)是一类可以利用甲烷(CH_(4))作为唯一碳源和能源的细菌,在生态系统碳循环过程中起着重要的作用。为探究黄河上游梯级水库沉积物甲烷氧化菌的群落组成、基因丰度及其影响因素,以黄河上游大河家至龙羊峡段的10... 甲烷氧化菌(Methanotrophs)是一类可以利用甲烷(CH_(4))作为唯一碳源和能源的细菌,在生态系统碳循环过程中起着重要的作用。为探究黄河上游梯级水库沉积物甲烷氧化菌的群落组成、基因丰度及其影响因素,以黄河上游大河家至龙羊峡段的10座梯级水库为研究对象,通过甲烷氧化菌功能基因(pmo A)高通量测序和实时荧光定量PCR研究黄河上游不同水文期(枯水期、丰水期)和不同库龄(高库龄、低库龄)梯级水库沉积物中甲烷氧化菌的群落组成和基因丰度,利用“rdacca.hp”包及FAPROTAX功能预测分析甲烷氧化菌的影响因素和生态功能。结果表明,1)黄河上游梯级水库沉积物相对丰度排名前3的甲烷氧化菌属分别为甲基孢囊菌属(Methylocystis,22.70%)、甲基杆菌属(Methylobacter,19.00%)和甲基暖菌属(Methylocaldum,7.17%);甲烷氧化菌α多样性和β多样性均表现为丰水期高于枯水期(p<0.05),二者在不同库龄之间差异性不显著(p>0.05)。2)甲烷氧化菌的pmoA基因丰度在枯水期(1.47×10^(5)copies·g^(-1))显著低于丰水期(9.08×10^(5)copies·g^(-1))(p<0.05);空间上,枯水期呈现从上游(3.92×10^(5)copies·g^(-1))到下游(0.50×10^(5)copies·g^(-1))减少的趋势,丰水期呈现为从上游(5.37×10^(5)copies·g^(-1))到下游(26.52×10^(5)copies·g^(-1))增加的趋势。3)水体总有机碳(19.31%)、总氮(16.40%)、沉积物温度(13.03%)和pH(10.40%)是影响甲烷氧化菌群落组成的重要环境因素;甲烷氧化、甲基营养化、烃降解和化能异养是甲烷氧化菌的主要生态功能。梯级水库的建设影响了沉积物甲烷氧化菌群落演替的时空模式。研究结果可为黄河上游梯级水库CH_(4)生物减排提供一定的参考。 展开更多
关键词 甲烷氧化菌 PMOA CH_(4) 荧光定量 功能预测 青藏高原
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凡纳滨对虾循环水养殖系统生物膜反硝化菌研究
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作者 李雅媛 张旺 +3 位作者 刘兴国 肖述文 江海鑫 陆诗敏 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期775-783,共9页
硝态氮去除对于养殖尾水再利用及达标排放具有重要意义。为探明凡纳滨对虾循环水养殖系统中移动床生物反应器的反硝化潜力和氮代谢通路特征,对其表面生物膜菌群结构和反硝化效率进行分析。Illumina测序结果显示:所有样本优势菌门均为变... 硝态氮去除对于养殖尾水再利用及达标排放具有重要意义。为探明凡纳滨对虾循环水养殖系统中移动床生物反应器的反硝化潜力和氮代谢通路特征,对其表面生物膜菌群结构和反硝化效率进行分析。Illumina测序结果显示:所有样本优势菌门均为变形菌门(20.31%~25.36%)和拟杆菌门(14.42%~24.28%);在属水平上,红球菌属(0.28%~0.97%)、副球菌属(0.50%~0.99%)和假单胞菌属(0.15%~0.30%)等好氧反硝化菌主要负责硝态氮还原。实时荧光定量PCR结果显示,生物膜中反硝化功能基因nirK基因丰度高于nirS基因和nosZ基因,nirK型反硝化微生物是主要的反硝化微生物类群。原核生物功能注释结果表明,生物膜中存在活跃的异养反硝化代谢途径,可能受制于有限碳源,反硝化菌之间,及其和生物膜优势菌属之间以竞争关系为主。厌氧脱氮模拟试验表明,在不添加碳源条件下,填料生物膜可将对虾养殖水体硝态氮去除98.07%。基于上述氮代谢通路特征,本试验进一步提出短程反硝化-厌氧氨氧化对虾养殖废水硝态氮去除优化策略。此结果为深入理解循环水养殖系统氮素代谢通路及未来管理、利用填料生物膜内源性碳源和潜在反硝化功能提供理论依据。 展开更多
关键词 nirS基因 nirK基因 nosZ基因 移动床生物反应器 原核生物功能注释
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Core bacterial communities dominated Purus frumentum biomass under different green manure returning amounts in saline-alkali soil
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作者 Zhibo Zhou Yongyong Ding +1 位作者 Kexin Li Fengge Zhang 《Soil Ecology Letters》 CSCD 2024年第4期149-162,共14页
P.frumentum biomass could be improved by appropriating returning measures.P.frumentum biomass was excellent in 75%alfalfa returning amount.Key species of bacteria differed among the alfalfa returning amountsThe relati... P.frumentum biomass could be improved by appropriating returning measures.P.frumentum biomass was excellent in 75%alfalfa returning amount.Key species of bacteria differed among the alfalfa returning amountsThe relationship of core bacteria and their potential ecological functions are more close to biomass.The use of green manure returning to field is a common practice in conservation tillage.However,there is limited research on how different amounts of alfalfa can affect saline-alkali soil properties,bacterial community characteristics,and subsequent productivity.In this study,five different amounts of alfalfa return were investigated to understand the biological relationships between rhizospheres soil properties,bacterial communities,potential functions,and the Purus frumentum biomass.The results showed that the biomass was highest when 75%of the alfalfa was returned to the field.This particular amount was associated with relatively low soil pH and electrical conductivity.Additionally,it increased the relative abundance of beneficial bacterial taxa in both core and non-core bacteria.Statistical analysis revealed significant differences in both core(RANOSIM=0.871,P=0.001)and non-core(RANOSIM=0.947,P=0.001)bacterial communities among the different amounts of alfalfa return based on non-metric multidimensional scaling analysis.Core bacterial taxa and their potential ecological functions were more closely related to plant biomass compared to non-core bacteria based on correlation analysis and multiple regression analysis.Therefore,our results indicate that optimizing the amount of alfalfa return can improve subsequent plant biomass.Regulating soil physicochemical properties and influencing core microbial community structure are of great significance for soil functional stability and crop productivity sustainability. 展开更多
关键词 ALFALFA green manure core bacteria faprotax saline-alkali soil
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