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Recent progress in stimuli-responsive DNA-based logic gates:Design,working principles and biological applications
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作者 Ling Sum Liu Hoi Man Leung +1 位作者 Yuzhen Cai Pik Kwan Lo 《Smart Molecules》 2024年第1期25-43,共19页
Stimuli-responsive DNA-based logic gates have emerged as a promising field at the intersection of synthetic biology and nanotechnology.These gates exploit the unique properties of DNA molecules to perform programmable... Stimuli-responsive DNA-based logic gates have emerged as a promising field at the intersection of synthetic biology and nanotechnology.These gates exploit the unique properties of DNA molecules to perform programmable computational operations in response to specific stimuli.This review provides a comprehensive overview of recent advancements in the design,working principles,and applications of stimuli-responsive DNA-based logic gates.The progress made in developing various types of logic gates triggered by metal ions,pH,oligonucleotides,small molecules,proteins,and light is highlighted.The applications of these logic gates in imaging and biosensing,drug delivery,synthetic biology and molecular computing are discussed.This review underscores the significant contributions and future prospects of stimuli-responsive DNA-based logic gates in advancing the field of nanotechnology. 展开更多
关键词 dna logic gates drug delivery IMAGING molecular computation STIMULI-RESPONSIVE
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基于DNA分子的逻辑门与计算机 被引量:5
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作者 俞洋 宋世平 樊春海 《世界科技研究与发展》 CSCD 2006年第1期23-26,共4页
本文对基于DNA分子的逻辑门与计算机研究进行了综述。DNA逻辑门与DNA计算机是目前非常活跃的研究领域,有可能解决电子计算机发展的瓶颈问题。本文从DNA逻辑门的分子基础、DNA逻辑门和DNA计算机等几个方面进行了介绍,并且对可能的发展方... 本文对基于DNA分子的逻辑门与计算机研究进行了综述。DNA逻辑门与DNA计算机是目前非常活跃的研究领域,有可能解决电子计算机发展的瓶颈问题。本文从DNA逻辑门的分子基础、DNA逻辑门和DNA计算机等几个方面进行了介绍,并且对可能的发展方向作了一些预期。 展开更多
关键词 dna 逻辑门 计算机 核酶 分子杂交
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基于DNA计算的计算树逻辑模型检测方法研究进展 被引量:5
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作者 韩英杰 周清雷 朱维军 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2019年第11期25-31,共7页
计算树逻辑(CTL)模型检测是保证系统正确性和可靠性的重要手段,但严峻的时空复杂性问题制约着CTL模型检测在工业界的应用。DNA计算的大规模并行性和DNA分子巨大的存储密度为解决CTL模型检测的时空复杂性问题提供了新思路。文中介绍了基... 计算树逻辑(CTL)模型检测是保证系统正确性和可靠性的重要手段,但严峻的时空复杂性问题制约着CTL模型检测在工业界的应用。DNA计算的大规模并行性和DNA分子巨大的存储密度为解决CTL模型检测的时空复杂性问题提供了新思路。文中介绍了基于DNA计算的CTL模型检测的背景,并概述了基于DNA计算的CTL模型检测方法的基本原理。从检测能力的提升、自治化程度的提升和相关问题的解决这3个方面综述了方法的研究进展。在方法检测能力的提升方面,分3个层次综述了研究进展,即从只能检测单个CTL基本公式到能够检测一般公式,从只能检测带未来时间算子的CTL公式到能够检测带过去时间算子的CTL公式,从只能检测CTL公式到能够检测线性时序逻辑、投影时序逻辑和区间时序逻辑公式,表明了方法的检测能力在公式数量和种类上均有大幅提升;在方法自治化程度的提升方面,综述了从基于无记忆过滤模型的人工操作的非自治方法到基于粘贴自动机的分子自治下的自治方法的研究进展,表明基于DNA计算的CTL模型检测方法已实现高度自治化;在相关问题的解决方面,阐述了提升DNA分子特异性杂交有效性预测的效率和构建CTL公式的DNA表示等的研究进展。最后,指出了基于DNA计算的CTL模型检测在研究新方法、构建专用的DNA计算模型和扩展应用领域等方面的研究趋势。 展开更多
关键词 模型检测 计算树逻辑 dna分子 分子计算
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基于DNA计算的线性时序逻辑模型检测方法 被引量:4
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作者 朱维军 周清雷 张钦宪 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2016年第12期2578-2597,共20页
该文研究基于脱氧核糖核酸(Deoxyribonucleic Acid,DNA)计算的线性时序逻辑(Linear Temporal Logic,LTL)模型检测问题.为此,该文给出了使用粘贴自动机实现LTL模型检测的方法.首先,使用3′-5′型单链DNA分子对LTL公式的有穷状态自动机(Fi... 该文研究基于脱氧核糖核酸(Deoxyribonucleic Acid,DNA)计算的线性时序逻辑(Linear Temporal Logic,LTL)模型检测问题.为此,该文给出了使用粘贴自动机实现LTL模型检测的方法.首先,使用3′-5′型单链DNA分子对LTL公式的有穷状态自动机(Finite State Automata,FSA)模型进行编码,从而获得实现公式的粘贴自动机;其次,使用5′-3′型单链DNA分子对系统模型进行编码,从而获得粘贴自动机的输入字符串;最后,对表征粘贴自动机的DNA单链分子和表征输入字符串的DNA单链分子实施一系列生化反应,即可判定系统是否满足公式.分子生物学仿真实验结果表明:给出的DNA编码序列能达到99.9%的碱基配对正确率,且新方法成功地对所有4种LTL基本公式与5种LTL常见公式实施了检测;与之对照,已有的方法只能有效检测1种LTL基本公式与0种LTL常见公式.在此基础上,对本实验给出的DNA编码方案直接作位数扩展即可拥有对任意给定LTL一般公式的(理论)检测能力. 展开更多
关键词 模型检测 脱氧核糖核酸 线性时序逻辑 粘贴自动机 有穷状态自动机 dna计算
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基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现 被引量:2
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作者 黄布毅 王延峰 崔光照 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第24期112-114,159,共4页
理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。文章提出了一种新的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法。在此方法中,逻辑门、输入信号和输出信号是DNA分子。可以实现DNA类型... 理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。文章提出了一种新的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法。在此方法中,逻辑门、输入信号和输出信号是DNA分子。可以实现DNA类型的逻辑门操作。需要使用包括聚合酶链反应(DNA)、琼脂糖凝胶电泳、探针的标记与检测等标准的生物工程技术。这些技术集成于DNA芯片中可用于DNA计算机的研制。 展开更多
关键词 计算 粘贴模型 分子逻辑与门
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线性时序逻辑公式Xp模型检测的DNA计算方法 被引量:2
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作者 韩英杰 朱维军 +2 位作者 焦林枫 刘洋 周清雷 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2017年第3期553-558,共6页
突破传统计算框架的DNA计算为模型检测提供了新思路.目前已经实现了LTL公式 Uq的DNA模型检测算法,并在其基础上实现了Gp、Fp模型检测的DNA算法.但是Xp无法用含有U算符的公式来表示,目前也没有关于Xp的DNA模型检测算法.提出Xp的基于DNA... 突破传统计算框架的DNA计算为模型检测提供了新思路.目前已经实现了LTL公式 Uq的DNA模型检测算法,并在其基础上实现了Gp、Fp模型检测的DNA算法.但是Xp无法用含有U算符的公式来表示,目前也没有关于Xp的DNA模型检测算法.提出Xp的基于DNA计算的模型检测算法,仿真实验结果表明其可行性和正确性,DNA计算框架下的LTL模型检测算法得到了扩充和完善,DNA计算已解决的问题库也进一步丰富了. 展开更多
关键词 模型检测 线性时序逻辑 dna计算 粘贴自动机
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粘贴DNA计算模型的几种分子逻辑门的实现 被引量:2
7
作者 王延峰 崔光照 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第1期31-33,46,共4页
理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。在这篇论文中,我们在先前提出的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法的基础上,进一步提出了基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑或门... 理论上来说,基于DNA的分子逻辑门是DNA计算机体系结构的产生基础和DNA计算机实现技术的硬件基础。在这篇论文中,我们在先前提出的基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑与门的实现方法的基础上,进一步提出了基于粘贴DNA计算模型的分子逻辑或门和与非门的实现方法。与先前方法类似,逻辑门、输入信号和输出信号是DNA分子。可以实现OR,NOT和NAND类型的逻辑门操作。需要使用包括聚合酶链反应(PCR),琼脂糖凝胶电泳,探针的标记与检测等生物工程技术。这些技术集成于DNA芯片中可用于DNA计算机的研制。 展开更多
关键词 dna计算 粘贴模型 分子逻辑或门 分子逻辑非门 分子逻辑与非门
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DNA计算的研究现状与展望
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作者 石强 王燕 +2 位作者 肖玮 石晓龙 薛志东 《广州大学学报(自然科学版)》 CAS 2019年第2期56-64,共9页
基于硅材料的微电子技术由于工艺技术和基本理论上的局限,使得现有电子计算机无法满足科技发展对计算能力的需求.由于具有超强的并行运算能力和巨大的数据存储能力,DNA计算始终是新型计算机领域研究的热门.DNA计算的研究已经涉及到DNA... 基于硅材料的微电子技术由于工艺技术和基本理论上的局限,使得现有电子计算机无法满足科技发展对计算能力的需求.由于具有超强的并行运算能力和巨大的数据存储能力,DNA计算始终是新型计算机领域研究的热门.DNA计算的研究已经涉及到DNA计算模型、DNA计算机系统、DNA计算的应用等诸多方面.文章从DNA计算流程、DNA计算模型、DNA计算机、DNA计算应用研究等几个方面,综述了DNA计算研究的现状.同时,也指出了DNA计算存在的问题,并从DNA编码设计、DNA计算噪声控制等方面阐述了未来研究方向.相信随着生物技术、纳米技术等的进一步发展,DNA计算一定能够发挥出自身的优势和潜力,能够为国防建设、信息安全、基础科学研究、生命科学研究等方面提供更好的服务. 展开更多
关键词 dna计算模型 生物计算机 生物逻辑门 NP-完全问题
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发夹结构在建立DNA计算机中的应用
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作者 陈瑞 林兆骥 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第5期40-41,134,共3页
文章在分子信标作为底物的情况下,用含有发夹茎环结构的核酶建构非门、与门和异或门。
关键词 发夹结构 分子信标 dna计算机 逻辑门
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化学中的计算——DNA计算的发展与模型概述 被引量:1
10
作者 尹晓尧 李非 +2 位作者 伯晓晨 骆志刚 左小磊 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1297-1315,共19页
电子计算机的发展给人类社会进步带来了极大的推动作用,但是随着电子计算机制造工艺趋于极限,人们迫切需要找到一种新的计算体系来满足日益增长的计算需求。DNA计算因其超强的信息存储、大规模的并行计算能力和超低的能耗而受到了广泛... 电子计算机的发展给人类社会进步带来了极大的推动作用,但是随着电子计算机制造工艺趋于极限,人们迫切需要找到一种新的计算体系来满足日益增长的计算需求。DNA计算因其超强的信息存储、大规模的并行计算能力和超低的能耗而受到了广泛的关注。自1994年Adleman博士在实验室利用DNA完成了一个6顶点哈密尔顿路求解问题开始,各种计算模型纷纷涌现。本文首先对DNA计算的基本原理和实验操作手段进行了简单的介绍,然后对DNA相关的理论进行了阐述,包括DNA计算中序列编码设计的理论、DNA计算模型复杂度分析与通用计算能力的证明;在此基础上,对突破性的DNA计算模型进行了概括,进而根据实验操作的具体手段将所有已知模型进行了分类,按照类别进行了综述,并随后挑选了该类别中经典的模型进行更为直观的分析。更进一步,在文章的最后,结合笔者的工作对DNA计算领域的前景进行了展望。 展开更多
关键词 dna计算 NP难问题 并行重叠组装模型 粘贴模型 剪接模型 dna Tile自组装 生化信号 逻辑门
原文传递
DNA分子并行自组装逻辑运算模型 被引量:1
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作者 佘辉 游自立 +1 位作者 张文政 霍家佳 《科技通报》 北大核心 2013年第4期23-25,共3页
自从Aldeman成功地实现了用DNA计算解决汉密尔顿路径问题,DNA分子的计算潜力得到了许多科学家的高度关注。本文提出一种可实现的高并行性自组装的逻辑运算模型。通过DNA互补配对的特性使计算分子自行识别组装,利用DNA内切酶等处理DNA产... 自从Aldeman成功地实现了用DNA计算解决汉密尔顿路径问题,DNA分子的计算潜力得到了许多科学家的高度关注。本文提出一种可实现的高并行性自组装的逻辑运算模型。通过DNA互补配对的特性使计算分子自行识别组装,利用DNA内切酶等处理DNA产物完成对DNA分子逻辑运算结果的筛选。实验表明该DNA分子计算模型是可行的。 展开更多
关键词 dna计算 自组装模型 逻辑运算 分子自动机
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一种新的求解最小生成树问题的DNA算法 被引量:2
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作者 王庆虎 郑虹 《电脑知识与技术》 2010年第1期188-190,共3页
基于生化反应的生物智能计算是现阶段计算领域研究的热点,DNA计算是通过DNA分子之间的生化反应来进行计算的一种计算模式,凭借运算巨大的并行性和海量存储的优势,DNA计算在解决复杂运算问题方面的计算能力显而易见。设计了一种利用DNA... 基于生化反应的生物智能计算是现阶段计算领域研究的热点,DNA计算是通过DNA分子之间的生化反应来进行计算的一种计算模式,凭借运算巨大的并行性和海量存储的优势,DNA计算在解决复杂运算问题方面的计算能力显而易见。设计了一种利用DNA计算来求解图的最小生成树的计算模型,采用一种特殊的编码方式来对顶点,边和权值进行编码,并且描述了MSTP解的计算过程。 展开更多
关键词 dna计算 最小生成树 K-臂分子 粘贴模型
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DNA自组装模型的几种分子逻辑门的计算
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作者 单静怡 唐静静 殷志祥 《合肥工业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期176-179,共4页
分子逻辑门是DNA计算机的重要单元,也是实现运算法则的基本条件。文章以DNA自组装模型为基础,构造了特殊的环状DNA序列。通过将分子信标作为输入信号,或者对输入信号进行相应的标记,实现了与非门、或非门和异或门3种常见复合逻辑门的构... 分子逻辑门是DNA计算机的重要单元,也是实现运算法则的基本条件。文章以DNA自组装模型为基础,构造了特殊的环状DNA序列。通过将分子信标作为输入信号,或者对输入信号进行相应的标记,实现了与非门、或非门和异或门3种常见复合逻辑门的构造。在结果读取中,用检测荧光强度的方法来判断逻辑真值。反应后溶液中有荧光出现时,表示逻辑值为1;反应溶液中没有荧光出现时,表示逻辑值为0。在整个实验过程中,只需要对DNA序列进行相应的设计,可减少因为反应复杂、反应步骤繁多引起的误差。该模型操作简单,灵敏度高,为分子逻辑计算的实现提供了新的思路。 展开更多
关键词 dna自组装模型 环状dna结构 逻辑门 分子信标 dna计算
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基于DNA和限制性核酸内切酶的基本逻辑门设计 被引量:1
14
作者 柳娟 谢文彬 +1 位作者 汪改英 汤敏丽 《电子与信息学报》 EI CSCD 北大核心 2020年第6期1332-1339,共8页
由于DNA分子具有特异性、高并行性、微小性等天然特性,在信息处理过程中展现出了强大的并行计算能力和数据存储能力。该文研究将具有特异性识别功能的限制性核酸内切酶引入DNA链置换反应中,作为DNA电路的输入,通过控制立足点的生成和移... 由于DNA分子具有特异性、高并行性、微小性等天然特性,在信息处理过程中展现出了强大的并行计算能力和数据存储能力。该文研究将具有特异性识别功能的限制性核酸内切酶引入DNA链置换反应中,作为DNA电路的输入,通过控制立足点的生成和移除设计了是门、非门和与门3种基本逻辑门。采用Visual DSD对逻辑模型进行模拟仿真,并通过凝胶电泳实验验证设计。与以往的分子逻辑门比较,该设计反应迅速,操作简便,具有良好的扩展性,为大规模电路的设计提供了可能性。 展开更多
关键词 分子逻辑计算 dna链置换 限制性核酸内切酶 基本逻辑门
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基于分子信标的逻辑门的计算模型 被引量:2
15
作者 刘文斌 朱翔鸥 殷志祥 《安徽理工大学学报(自然科学版)》 CAS 2008年第1期65-69,共5页
基于DNA计算的布尔电路的模拟是DNA计算研究中的一个非常具有应用前景的潜在的研究方向。利用分子信标和三链核酸分子的高度特异性及稳定性,提出了一个逻辑与、逻辑或门的DNA计算模型。基于分子信标的二种状态,将逻辑门的信息处理过程... 基于DNA计算的布尔电路的模拟是DNA计算研究中的一个非常具有应用前景的潜在的研究方向。利用分子信标和三链核酸分子的高度特异性及稳定性,提出了一个逻辑与、逻辑或门的DNA计算模型。基于分子信标的二种状态,将逻辑门的信息处理过程分为计算和输出二个子过程,从而使得这种基于DNA分子的逻辑门具有重复可用性,为构建基于DNA分子的大规模集成电路奠定了基础。 展开更多
关键词 dna计算 逻辑门 分子信标 三链核酸
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基于DNA/RNA的逻辑门与逻辑运算 被引量:6
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作者 俞洋 陆建华 +2 位作者 王东方 裴昊 樊春海 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第2期131-140,共10页
DNA和RNA具有精确的分子识别能力以及强大的信号存储能力.利用DNA/RNA分子的生物学特性来构建分子级别的逻辑门并实现逻辑运算是近年来计算机科学和分子生物学交叉产生的新兴领域,引起了研究者的广泛关注.本文介绍了利用DNA/RNA分子的... DNA和RNA具有精确的分子识别能力以及强大的信号存储能力.利用DNA/RNA分子的生物学特性来构建分子级别的逻辑门并实现逻辑运算是近年来计算机科学和分子生物学交叉产生的新兴领域,引起了研究者的广泛关注.本文介绍了利用DNA/RNA分子的酶活性、结构特性来构建逻辑门的方法,探讨了将单一逻辑门整合成复杂的逻辑运算的途径.并且对于DNA/RNA逻辑门在体外检测和体内诊疗等生物医学中的应用进行了介绍,提出了未来的发展方向. 展开更多
关键词 逻辑门 dna计算 分子识别 自组装 生物计算机
原文传递
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