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黄瓜DAMD反应体系的建立及种质遗传资源研究 被引量:8
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作者 胡建斌 张帆 +4 位作者 李贞煌 李雅鸽 刘丹花 王建丽 李建吾 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期652-658,共7页
通过L16(45)正交试验,研究Mg^2+、dNTPs、Taq酶、引物和模板DNA对黄瓜DAMD(direct amplificationof minisatellite region DNA)反应的影响.结果表明,适宜的DAMD反应体系包括1×Taq酶缓冲液、1.5 mmol/LMg^2+、0.25 mmol/L dN... 通过L16(45)正交试验,研究Mg^2+、dNTPs、Taq酶、引物和模板DNA对黄瓜DAMD(direct amplificationof minisatellite region DNA)反应的影响.结果表明,适宜的DAMD反应体系包括1×Taq酶缓冲液、1.5 mmol/LMg^2+、0.25 mmol/L dNTPs、1.2 UTaq酶、2.0μmol/L引物和10-80 ng模板DNA,总体积20μL.采用该体系并结合温度梯度PCR,确定了15种小卫星核心DNA引物的适宜退火温度.利用这些引物对20份不同类型的黄瓜材料进行扩增,引物平均检测到10.2个位点,平均多态性位点7.3个,平均多态性百分率71.4%.PCA分析表明,20份材料明显可分为3个区域,第I区包含绝大部分华南型黄瓜,第II区包含绝大部分华北型黄瓜,第III区为野生型黄瓜.此结果与SSR标记的研究结果基本一致,证明本实验构建的DAMD反应体系的稳定性及DAMD标记的可行性. 展开更多
关键词 黄瓜 正交设计 damd 反应体系 种质资源
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甜菜DAMD-PCR体系的建立及优化 被引量:5
2
作者 兴旺 童乐怡 +2 位作者 孙燕红 马龙彪 吴则东 《中国农学通报》 2017年第23期6-9,共4页
为了建立甜菜DAMD扩增体系,以期利用DAMD引物应用于甜菜品种指纹图谱的构建及分子标记辅助育种。本实验利用单因素变量的方法对甜菜DAMD体系进行优化。同时选用12个甜菜品种,利用优化的体系对25条DAMD引物进行扩增。获得甜菜的最适DAMD... 为了建立甜菜DAMD扩增体系,以期利用DAMD引物应用于甜菜品种指纹图谱的构建及分子标记辅助育种。本实验利用单因素变量的方法对甜菜DAMD体系进行优化。同时选用12个甜菜品种,利用优化的体系对25条DAMD引物进行扩增。获得甜菜的最适DAMD体系:总体积为20μL,包含模板DNA 10~80 ng、0.75 U的DNA聚合酶、0.2μL的d NTPs(2.5 mmol/L each)以及2.0μL的引物(10μmol/L)。同时25条引物均扩增出了清晰条带,除了个别引物多态性较差外,其余引物多态性都非常的丰富,其中引物62H(-)就可以把实验中用到的12个甜菜品种全部区分开。由此可见,DAMD引物的扩增效率很高,并且扩增结果稳定,条带清晰,非常适合甜菜品种指纹图谱的构建及遗传多样性分析。 展开更多
关键词 甜菜 damd 体系优化 指纹图谱 DNA
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甜菜DAMD引物的筛选及不同凝胶系统对扩增产物多态性的影响 被引量:3
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作者 孙燕红 马龙彪 +1 位作者 兴旺 吴则东 《中国农学通报》 2018年第16期42-45,共4页
为了筛选适宜于甜菜品种纯度鉴定的DAMD引物,笔者利用12个不同的甜菜品种分别对26条DAMD引物进行扩增,并分别采用6%聚丙烯酰胺凝胶电泳和2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行检测。结果表明,从26条DAMD引物中筛选出16条扩增清晰的引物,这1... 为了筛选适宜于甜菜品种纯度鉴定的DAMD引物,笔者利用12个不同的甜菜品种分别对26条DAMD引物进行扩增,并分别采用6%聚丙烯酰胺凝胶电泳和2%的琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行检测。结果表明,从26条DAMD引物中筛选出16条扩增清晰的引物,这16条引物共扩增出139条带,其中多态性条带为122条,多态性百分比为87.7%,这16条引物可以作为甜菜品种纯度和真实性鉴定的核心引物,同时发现聚丙烯酰胺凝胶电泳与琼脂糖凝胶电泳的检测结果差异不大,而琼脂糖凝胶具有制作方便、检测简单以及不使用任何有毒药剂等优点,推荐甜菜DAMD扩增产物的检测使用琼脂糖凝胶电泳。 展开更多
关键词 甜菜 damd 引物筛选 琼脂糖电泳
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甜瓜DAMD反应体系优化及指纹图谱分析 被引量:3
4
作者 王掌军 王建设 +1 位作者 刘生祥 窦琳 《农业科学研究》 2006年第2期9-14,共6页
以甜瓜DNA为模板,以小卫星DNA YNZ22核心序列为引物,在甜瓜上建立了DAMD的优化反应体系,并用该优化体系分析了28份甜瓜的遗传多样性,开发了一种揭示甜瓜种质间遗传差异的新型分子标记.
关键词 甜瓜 damd 指纹图谱 优化反应体系 遗传多样性
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甜菜DAMD引物筛选及品种快速鉴定 被引量:5
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作者 丁刘慧子 邳植 吴则东 《中国糖料》 2021年第4期32-37,共6页
为了筛选适用于甜菜品种鉴定的DAMD分子标记,建立高效的甜菜品种鉴定方法,利用从文献中获得的29条DAMD引物对40个甜菜品种进行PCR扩增。结果表明:URP1F、OGRB01、URP4R、URP2R、URP6R、URP13R、URP32F、URP17R具有高多态性,8条引物总计... 为了筛选适用于甜菜品种鉴定的DAMD分子标记,建立高效的甜菜品种鉴定方法,利用从文献中获得的29条DAMD引物对40个甜菜品种进行PCR扩增。结果表明:URP1F、OGRB01、URP4R、URP2R、URP6R、URP13R、URP32F、URP17R具有高多态性,8条引物总计可以扩增101条带,其中99条为多态性条带,多态性百分比为97.22%,可确定为鉴定甜菜品种的核心引物。根据扩增产物,可采用特征谱带法,单独使用引物URP6R或引物URP1F和引物URP17R共同使用鉴别40个甜菜品种。同时根据扩增产物建立0、1数据库计算出品种间遗传距离范围为0.01~0.25,在遗传距离为0.25时,可将40个甜菜品种分为2个类群。类群之下可分成多个亚群,通过遗传距离建立的聚类图也可将甜菜品种逐一鉴别。研究表明基于DAMD引物建立的高多态性指纹图谱对今后鉴别甜菜品种的真实性提供了高效快捷的方法。 展开更多
关键词 甜菜 分子标记 damd 指纹图谱 引物筛选 品种鉴定
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不同PCR程序对甜菜DAMD引物扩增效果的影响 被引量:1
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作者 闫彩燕 吴则东 +1 位作者 兴旺 邳植 《中国糖料》 2019年第2期28-31,共4页
为了开发甜菜品种高效鉴定的DAMD-PCR分子标记技术,优化相应的检测技术流程。利用6种DAMD引物,以8个不同甜菜品种的DNA为模板,分别采用常规PCR扩增程序和touchdown PCR(TD-PCR)扩增程序对模板进行扩增。扩增产物利用8%的非变性聚丙烯酰... 为了开发甜菜品种高效鉴定的DAMD-PCR分子标记技术,优化相应的检测技术流程。利用6种DAMD引物,以8个不同甜菜品种的DNA为模板,分别采用常规PCR扩增程序和touchdown PCR(TD-PCR)扩增程序对模板进行扩增。扩增产物利用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离,经银染后观察不同PCR程序对甜菜DAMD引物扩增效果的影响。结果表明,TD-PCR扩增程序扩增效果明显好于常规PCR扩增程序,条带明亮、清晰,非特异性条带数量明显减少。推荐在甜菜DAMD引物的扩增中使用TD-PCR扩增程序。 展开更多
关键词 甜菜 damd引物 降落PCR 扩增效果
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不同检测方法对甜菜SCoT和DAMD扩增产物多态性的影响
7
作者 梁雪梅 吴则东 《中国甜菜糖业》 2022年第3期1-8,共8页
为筛选更优的SCoT和DAMD扩增产物多态性的检测方法,为构建甜菜品种分子身份证,建立一套快速鉴定甜菜品种真实性的体系提供依据。试验以8个不同的甜菜品种对7条DAMD引物和15条SCoT引物进行筛选,选出多态性最好,分辨率最高的核心引物;再利... 为筛选更优的SCoT和DAMD扩增产物多态性的检测方法,为构建甜菜品种分子身份证,建立一套快速鉴定甜菜品种真实性的体系提供依据。试验以8个不同的甜菜品种对7条DAMD引物和15条SCoT引物进行筛选,选出多态性最好,分辨率最高的核心引物;再利用1%、2%琼脂糖凝胶和6%、8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶两种电泳方法对扩增产物的多态性进行检测并对比分析。结果表明,从7条DAMD引物和15条SCoT引物中筛选出6条带型清晰,多态性高的核心引物。这6条核心引物在8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测产物时,条带难以分离辨认;而在6%的非变性聚丙烯酰胺凝胶中共扩增出131条带,其中130条为多态性条带,总多态性占比为99.2%。同时在用1%的琼脂糖凝胶检测产物的条带图虽能显示一定的多态性,但条带分离较差,出现重叠的情况;2%琼脂糖凝胶电泳中,扩增总条带57条,43条多态性条带,总的多态性占比为75.4%;前者扩增的总条带数比后者扩增出的总条带数多了近2.3倍,而在总多态性占比中,前者是后者的3倍。因此非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖凝胶电泳的检测更适于对DAMD和SCoT扩增产物的检测,用于构建甜菜品种指纹图谱构建,这种需要检测样品数量大,且需获得更准确遗传信息的研究,可以提高检测效率。 展开更多
关键词 甜菜 damd SCoT 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 琼脂糖凝胶电泳
原文传递
利用DAMD分子标记构建甜菜品种的分子身份证
8
作者 张紫若 马佳洁 +1 位作者 高秋雨 吴则东 《中国农学通报》 2022年第23期21-26,共6页
为了根据遗传背景快速区分和鉴定甜菜品种的真实性和特异性,补充和打破形态学鉴定法的短板和局限,以96份甜菜登记品种为试材,采用DAMD分子标记技术构建了甜菜品种的分子身份证。结果显示,有7条扩增条带清晰、多态性较好的DAMD引物可用... 为了根据遗传背景快速区分和鉴定甜菜品种的真实性和特异性,补充和打破形态学鉴定法的短板和局限,以96份甜菜登记品种为试材,采用DAMD分子标记技术构建了甜菜品种的分子身份证。结果显示,有7条扩增条带清晰、多态性较好的DAMD引物可用于鉴别甜菜品种,这7条引物共检测出103条带,其中多态性条带101条,多态性98.1%;96个品种间的最小遗传距离为0.039,最大为0.485,平均遗传距离0.237。通过聚类分析,96个甜菜品种被分为两类群,类群I仅有54号品种,类群II包含其余95个品种,类群II进一步又分两个亚群。仅利用URP1F、URP17R和URP2R这3条引物组合将96个供试甜菜品种完全区分。利用DAMD引物构建甜菜品种的分子身份证,为快速、高效地鉴定甜菜品种提供了一种新的途径,也为保护育种家和农民的利益提供了保障。 展开更多
关键词 甜菜 damd 分子标记 分子身份证 指纹图谱 聚类分析
原文传递
基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究
9
作者 陈研 冯露露 +1 位作者 黄荣 齐伟辰 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2024年第2期490-501,共12页
目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR... 目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。 展开更多
关键词 北苍术 关苍术 Internal transcribed spacer 2(ITS2) Sequence-related amplified polymorphism(SRAP) Inter-simple sequence repeat(ISSR) Direct amplification of minisatellite region DNA(damd) Sequence characterized amplified regions(SCAR)
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设上游底缝改善拱坝应力状态的研究 被引量:14
10
作者 王光纶 张楚汉 +1 位作者 郭志松 金锋 《水利学报》 EI CSCD 北大核心 1998年第1期69-75,共7页
本文首次采用边界元法对拱坝设上游底缝的影响规律进行了研究,分析了底缝设在不同高程、底缝的缝深不同以及干缝和湿缝对拱坝应力和变位的影响规律.分析结果表明:设上游底缝是改善拱坝应力状态的一个有效的工程措施.
关键词 拱坝 上游底缝 边界元法 应力状态 拱坝结构设计
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Reversion of Bioluminescent Bacteria (Mutatox^(TM)) toTheir Luminescent State upon Exposure to OrganicCompounds, Munitions, and Metal Salts
11
作者 DarrylP.ARFSTEN RichardDAVENPORT 《Biomedical and Environmental Sciences》 SCIE CAS CSCD 1994年第2期144-149,共6页
Mutatox is a new genotoxicity bioassay which uses as the endpoint the bioluminescence produced on reversion of a dark strain of the marine bacterium Vibrio fischeri ±S9.Reversion can occur by several mechanisms, ... Mutatox is a new genotoxicity bioassay which uses as the endpoint the bioluminescence produced on reversion of a dark strain of the marine bacterium Vibrio fischeri ±S9.Reversion can occur by several mechanisms, including base substitution, frame-shift, SOS induction, and DNA intercalation. For screening, Mutatox provides many advantages over the Salmonella trphimurium (Ames) assay: it requires minimal sterility, employs a shorter incubation period, and does not require culture maintenance. Eighteen organic chemicals (phenol, polynuclear aromatic hydrocarbons, nitrotoluenes, others), Na3PO4, and 4 genotoxic metals (Cu2+, Ni2+, As3+, Cd2+) were tested. Most of the organic compounds positive in S. typhimurium assays were positive in Mutatox. None of the metals was genotoxic in V. fischeri, possibly due to poor uptake from the saline medium 展开更多
关键词 MPC damd Mutatox Reversion of Bioluminescent Bacteria and Metal Salts toTheir Luminescent State upon Exposure to OrganicCompounds Munitions NIOSH TM
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酶催化过程的全程模拟 被引量:2
12
作者 赵媛 曹泽星 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第4期691-708,共18页
酶催化包括底物到活性区的输运、选择催化化学反应及产物释放等复杂过程,由于复杂的蛋白质环境效应,任一化学和非化学过程都有可能是决定酶活性的关键步骤。为了全面认识酶催化活性,我们对几类酶催化过程进行了广泛的组合量子/分子力学(... 酶催化包括底物到活性区的输运、选择催化化学反应及产物释放等复杂过程,由于复杂的蛋白质环境效应,任一化学和非化学过程都有可能是决定酶活性的关键步骤。为了全面认识酶催化活性,我们对几类酶催化过程进行了广泛的组合量子/分子力学(QM/MM)和经典分子力学(MM)动力学模拟(MD)研究,详细地讨论了整个酶催化过程的分子机制、关键残基的作用和蛋白质环境效应,丰富了对酶催化活性的认识。随着多尺度模型和计算模拟方法的进一步完善与发展,有望实现超大复杂生物酶催化过程的全程模拟研究,为酶工程领域的相关研究提供支持。 展开更多
关键词 酶催化 底物输运 自由能计算 QM/MM MD模拟 随机加速动力学模拟
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西藏林芝八一镇电厂沟格栅坝工程施工中采取的技术措施
13
作者 杜先兴 杨勇 《四川地质学报》 2000年第4期279-280,共2页
西藏林芝地区八一镇电厂沟格栅坝工程土石方、钢筋、模板、混凝土工程量大 ,场地自然地理地质条件极为复杂 ,施工中将遇到安全放炮 ,墩柱的垂直度及冬季防冻等问题 ,本文着重介绍了对付这些问题所采取的技术措施。
关键词 垂直度 防冻 格栅坝工程 安全放炮 墩柱
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