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加权基因共表达网络分析结合机器学习筛选及验证骨关节炎生物标记物 被引量:1
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作者 张倩 黄东锋 《中国组织工程研究》 北大核心 2026年第5期1096-1105,共10页
背景:脂质代谢异常影响软骨细胞代谢,在骨关节炎的发生和进展中有着重要的作用,但目前其机制尚不明确。目的:采用加权基因共表达网络分析结合机器学习算法鉴定骨关节炎软骨细胞脂质代谢特征基因,并进行初步验证。方法:采用加权基因共表... 背景:脂质代谢异常影响软骨细胞代谢,在骨关节炎的发生和进展中有着重要的作用,但目前其机制尚不明确。目的:采用加权基因共表达网络分析结合机器学习算法鉴定骨关节炎软骨细胞脂质代谢特征基因,并进行初步验证。方法:采用加权基因共表达网络分析和微阵列数据的线性模型获得差异共表达基因,结合机器学习方法,最终筛选得到脂质代谢相关的特征基因。通过蛋白质互作网络分析,探究差异共表达基因的蛋白质互作网络关系;采用基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析探索差异共表达基因所在信号通路;运用免疫相关性分析鉴定特征基因与免疫细胞浸润模式;体外分子实验验证特征基因的mRNA和蛋白表达水平。结果与结论:①经数据标准化处理和主成分分析、加权基因共表达网络分析和微阵列数据的线性模型获得高/低表达的差异共表达基因123和110个;②运用逻辑回归、随机森林和支持向量机3种机器学习算法筛选得到特征基因37个,最终得到2个脂质代谢相关的特征基因SMPD3和CYP4F3;③蛋白质互作网络分析显示SMPD3和CYP4F3蛋白相互作用均较低;④基因本体论结果显示差异共表达基因主要富集在中性粒细胞脱颗粒、中性粒细胞免疫反应和应答、中性粒细胞激活和白细胞脱颗粒等;而京都基因与基因组百科全书富集分析提示差异共表达基因主要涉及细胞外基质受体的作用和黏附等关键通路;⑤基于基因表达数据的细胞类型亚型鉴定分析显示8种免疫细胞在骨关节炎中具有显著差异;相关性分析显示SMPD3与静息态树突状细胞显著正相关(r=0.44,P=3.6×10^(-3)),与中性粒细胞显著负相关(r=-0.48,P=1.7×10^(-3));而CYP4F3与单核细胞和中性粒细胞显著正相关(r=0.76,P=7.6×10^(-9);r=0.73,P=6.0×10^(-8)),与T细胞滤泡辅助细胞和静息态树突状细胞显著负相关(r=-0.38,P=0.01;r=-0.38,P=0.01);⑥体外分子实验证明,在骨关节炎组SMPD3 mRNA和蛋白水平显著增高,而CYP4F3降低;⑦结果显示,骨关节炎软骨细胞脂质代谢特征基因SMPD3和CYP4F3可作为骨关节炎靶向治疗及软骨修复或退变的潜在生物标记物,为深入探究国人群体中脂质代谢异常与骨关节炎的关系及临床靶向治疗提供新策略。 展开更多
关键词 骨关节炎 脂质代谢 加权基因共表达网络分析 机器学习 靶向治疗 软骨修复或退变
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热带珊瑚岛有害植物入侵对丛枝菌根真菌和固氮菌群落结构的影响
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作者 张静 王俊 +6 位作者 黄良焕 吴文佳 张玲玲 王佩越 倪广艳 任海 刘占锋 《生态学报》 北大核心 2026年第4期2135-2148,共14页
生物入侵显著改变了土壤中功能微生物群落的组成,进而影响本土植物的养分吸收及其群落结构。热带珊瑚岛由于植物群落结构简单且存在养分限制,极易受到植物入侵的影响,进而影响功能微生物发挥作用。以我国热带珊瑚岛生态系统为研究对象,... 生物入侵显著改变了土壤中功能微生物群落的组成,进而影响本土植物的养分吸收及其群落结构。热带珊瑚岛由于植物群落结构简单且存在养分限制,极易受到植物入侵的影响,进而影响功能微生物发挥作用。以我国热带珊瑚岛生态系统为研究对象,以未有植物定植的光裸地作为对照,并采集8种入侵的有害植物和2种本土植物的根际土壤,采用高通量测序的方法,探讨了植物入侵对珊瑚岛植物根际功能微生物(丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)和固氮菌(nifH))群落的影响及其驱动因素。研究结果表明:1)有害植物和本土植物在珊瑚岛的定植显著影响了功能微生物的α多样性。具体而言,AMF丰富度指数在乡土植物根际土壤显著高于入侵植物根际土壤和光裸地(P<0.05),而Shannon-Wiener指数(Shannon-wiener index)呈现本土植物>光裸地(P<0.05),但与有害植物根际无显著差异;nifH的丰富度指数和Shannon-Wiener指数呈现有害植物>对照≈本土植物(P<0.05);8种入侵植物根际土壤之间的AMF和nifH的α多样性指数具有显著差异;2)AMF和nifH的β多样性在不同入侵植物物种之间具有显著差异,有害和本土植物定植显著改变了其β多样性(P<0.05),并显著改变了AMF、nifH和AMF+nifH的共发生网络的子网络拓扑参数度和平均路径长度(P<0.05),但对介数中心性无显著影响;3)冗余分析表明,AMF和固氮菌的物种多样性和群落结构主要受土壤有效氮、磷和植物叶片氮、磷含量的影响,而子网络拓扑参数则主要受叶片碳、土壤有机碳和铵态氮的驱动。综上所述,在热带珊瑚岛养分限制条件下,有害植物的快速入侵对功能微生物α多样性的影响在AMF和固氮菌群落具有相反趋势,但都显著改变了群落结构和共发生网络的子网络拓扑参数。本研究为热带珊瑚岛地上-地下群落的快速构建、土壤恢复及有害植物防控提供了重要的理论依据和实践参考。 展开更多
关键词 丛枝菌根真菌 固氮微生物 热带珊瑚岛 微生物共发生网络 微生物多样性
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襄阳地区高温大曲发酵过程中细菌群落演替与功能预测分析
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作者 赵慧君 易宗伟 +4 位作者 王玉荣 倪慧 叶明波 郭壮 侯强川 《现代食品科技》 北大核心 2026年第2期86-95,共10页
本研究以采集的32份不同发酵时期高温大曲作为研究对象,采用16S rRNA测序技术对高温大曲发酵过程中细菌群落多样性进行了解析,并结合PICRUSt软件对细菌基因功能进行了预测。研究结果显示,不同发酵时期高温大曲细菌丰富度和群落结构差异... 本研究以采集的32份不同发酵时期高温大曲作为研究对象,采用16S rRNA测序技术对高温大曲发酵过程中细菌群落多样性进行了解析,并结合PICRUSt软件对细菌基因功能进行了预测。研究结果显示,不同发酵时期高温大曲细菌丰富度和群落结构差异显著(P<0.05),且随着发酵的进行,细菌丰富度呈现先上升后下降的趋势,在一次翻曲时达到最高。高温大曲发酵过程中共检测到3个优势细菌门和10个优势细菌属,在不同发酵时期样品中具有明显的群落演替,同时从所有样品中共检测到10个核心OTU,主要隶属于糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、高温放线菌属(Thermoactinomyces)、芽孢杆菌属(Bacillus)、克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)和慢生芽孢杆菌属(Lentibacillus),累积平均相对含量为52.62%。不同发酵时期高温大曲之间细菌微生物网络存在明显差异,其中一次翻曲样品的细菌群落复杂性较高且连通性较好,且岩石芽孢杆菌属(Scopulibacillus)和Bacillus是维持高温大曲发酵过程中微生物群落结构稳定的关键细菌属。新陈代谢是高温大曲发酵过程中的重要功能通路,包括能源生产和转化以及氨基酸、碳水化合物、脂质等生物大分子运输和代谢。该研究强化了人们对高温大曲发酵过程中细菌群落演替的认识,同时为相关企业制曲工艺的优化和产品品质的改善提供了有益参考。 展开更多
关键词 不同发酵时期 高温大曲 细菌群落 共现性网络 基因功能预测
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对接、转化与共创:产教融合网络建构的多重嵌入逻辑
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作者 李冲 张丹 王良 《教育学术月刊》 北大核心 2026年第1期51-60,共10页
产教融合是教育、科技、人才一体推进的突破口,面对“两张皮、三热三不热”等堵点问题,构建稳定高效的产教融合网络尤为必要,而这背后的逻辑与路径还缺乏理论探讨。以我国产教融合典型案例为样本,采用程序化扎根理论方法,探讨了产教融... 产教融合是教育、科技、人才一体推进的突破口,面对“两张皮、三热三不热”等堵点问题,构建稳定高效的产教融合网络尤为必要,而这背后的逻辑与路径还缺乏理论探讨。以我国产教融合典型案例为样本,采用程序化扎根理论方法,探讨了产教融合网络建构的逻辑与路径。研究发现,产教融合网络建构本质是基于“供需对接—资源转化—价值共创”的价值创造过程,建构路径是包含业务—技术嵌入、关系—结构嵌入、制度—认知嵌入多层嵌套性的嵌入过程。研究拓展了产教融合网络建构的理论研究,丰富了供需对接、资源转化与价值共创在网络构建中的作用机理,对促进产教融合走深走实具有实践启示。 展开更多
关键词 产教融合 供需对接 资源转化 价值共创 网络建构
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香菇降解柠条基质关键基因挖掘
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作者 徐鸿雁 孟清 +4 位作者 李艳艳 刘菲燕 李松龄 张洋 王亚艺 《食用菌学报》 北大核心 2026年第2期1-23,共23页
以杂木屑为对照,探究柠条木屑添加量对香菇(Lentinula edodes)生长发育和营养成分的影响规律,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)挖掘香菇不同生长期相关的功能基因,筛选出木质纤维素降... 以杂木屑为对照,探究柠条木屑添加量对香菇(Lentinula edodes)生长发育和营养成分的影响规律,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)挖掘香菇不同生长期相关的功能基因,筛选出木质纤维素降解核心基因,为深入解析香菇降解柠条基质的分子机制提供参考。结果表明:N3(30%柠条木屑)组香菇的产量最高,每棒为70.62 g,比对照组高41.2%;N3组的子实体蛋白和灰分含量最高,N2(20%柠条木屑)组子实体中脂肪含量最低,N1(10%柠条木屑)组子实体总氨基酸含量最高;找到5个与香菇生长密切相关的基因模块,其中Red模块(1257个基因)与褐变期正相关,Brown模块(1543个基因)与褐变期负相关,Greenyellow(136个基因)和Blue模块(2062个基因)与子实体期正相关,Turquoise模块(6132个基因)与子实体期负相关。功能基因富集分析发现:褐变期丙酮酸代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、柠檬酸循环等代谢途径显著富集;子实体期淀粉和蔗糖代谢、青霉素和头孢菌素生物合成、其他聚糖降解等代谢途径显著富集。选出2个可能与木质纤维素降解相关的基因CYP450和GH,以及ACPT、2-NPD、PTP1B、HLYD、VPS14C、MetE等18个可能与香菇生长发育密切相关的基因。研究结果可为深入解析香菇木质纤维素降解分子机制提供参考。 展开更多
关键词 转录组 加权基因共表达网络分析 关键基因 营养成分 柠条基质
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根植性视角下生态产品价值共创网络的形成机制研究
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作者 姬志恒 张仲杰 +1 位作者 吕长鑫 于伟 《宏观经济研究》 北大核心 2026年第1期96-110,共15页
深入理解价值共创网络的形成是建立健全生态产品价值实现机制的前提之一。本文基于根植性视角,以生态产品价值实现典型案例为研究对象,利用文本挖掘数据构建价值共创网络,进而运用指数随机图模型揭示内生和外生因素对价值共创网络形成... 深入理解价值共创网络的形成是建立健全生态产品价值实现机制的前提之一。本文基于根植性视角,以生态产品价值实现典型案例为研究对象,利用文本挖掘数据构建价值共创网络,进而运用指数随机图模型揭示内生和外生因素对价值共创网络形成的影响。研究发现:(1)各典型路径的价值共创网络均呈现局部密集特征和极化现象。“外溢共享型”网络和“赋能增值型”网络密度偏小,前者受中介性的正向驱动和传递性的负向影响,后者受中介性和传递性的促进作用,二者均倾向于深耕合作关系;“配额交易型”网络和“综合治理型”网络密度偏大,中介性产生抑制效应而传递性具有正向影响,二者均倾向于广泛建立合作。(2)四类网络中政府、市场与社会主体间的合作侧重有所不同,呈现“政府扶持—市场联动”“政府主导—社会参与”“政企协同—社会深化”三种驱动模式。(3)“外溢共享型”网络和“配额交易型”网络受制度根植性正向驱动,文化根植性促进“赋能增值型”网络和“综合治理型”网络的形成,认知根植性正向影响“配额交易型”网络并抑制“赋能增值型”网络的形成。本文基于根植性视角剖析和检验探究价值共创网络形成机制,为生态产品价值共创网络成长提供政策启示。 展开更多
关键词 根植性 生态产品 价值共创网络 指数随机图模型
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基于LDA模型与共现网络的跨学科文献推荐方法研究
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作者 张鹏 车云龙 +3 位作者 毕宏亮 马子凡 王洪祥 任泽远 《河南科技》 2026年第5期138-146,共9页
【目的】随着当前学科之间不断交叉发展,针对不同学科的文献进行综合分析对教育发展具有重要意义,而大量不同学科之间的文献分析工作对传统人工分析带来了挑战。因此提出一种跨学科文献推荐法,旨在辅助研究人员高效开展文献分析工作。... 【目的】随着当前学科之间不断交叉发展,针对不同学科的文献进行综合分析对教育发展具有重要意义,而大量不同学科之间的文献分析工作对传统人工分析带来了挑战。因此提出一种跨学科文献推荐法,旨在辅助研究人员高效开展文献分析工作。【方法】先检索现有研究对象相关的文献,构建文献的文本数据集;其次通过LDA算法对数据集内文本进行主题分类,同时根据主题内容检索其他学科的相关文献;再次通过构建文献的中图分类号共现网络,根据网络中节点之间的最小距离来计算跨学科文献与研究对象所属学科之间的距离,最后根据该距离设定合适范围来进行跨学科文献推荐。【结果】根据所提方法对相关文献进行分析,提取出相关的4个主题,并根据主题内信息搜索跨学科文献,根据节点距离对其他学科文献进行推荐。【结论】提出一种基于LDA模型与共现网络的跨学科文献推荐方法,并通过对相关领域的文献进行验证,实现跨学科文献的分类工作。 展开更多
关键词 LDA模型 共现网络 跨学科文献
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非机动车道路交通安全研究现状与发展趋势
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作者 何杰 陈维雨 +2 位作者 陈昊泽 方之茗 秦鹏程 《中国安全科学学报》 北大核心 2026年第2期52-65,共14页
为提升非机动车道路交通安全、降低非机动车道路行驶风险,系统梳理非机动车道路交通安全领域的研究脉络,探索该领域的研究动态与发展方向。基于中国知网(CNKI)和科学网(WOS)核心库,检索2000年1月—2025年3月的相关文献,筛选得到448篇中... 为提升非机动车道路交通安全、降低非机动车道路行驶风险,系统梳理非机动车道路交通安全领域的研究脉络,探索该领域的研究动态与发展方向。基于中国知网(CNKI)和科学网(WOS)核心库,检索2000年1月—2025年3月的相关文献,筛选得到448篇中文文献和860篇英文文献。运用CiteSpace软件,对文献进行关键词共现、聚类分析,进而归纳出核心研究热点与发展趋势。结果表明:该领域的研究规模显著增长,研究热点主要集中于非机动车骑行行为特征、道路交通事故成因、混合交通冲突机制以及与道路交通管理政策等4大主题。在未来研究中,需进一步拓展多元场景研究并深化多模态数据的融合应用;与此同时,计算机视觉与机器学习等技术正逐步成为推动该领域方法创新的关键支撑。 展开更多
关键词 非机动车 道路交通安全 交通事故 交通冲突 共现网络
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制造业国有企业“主体-资源-能力”耦合及驱动机制研究——基于价值共创超网络视角
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作者 高凯 翟君培 刘婷婷 《软科学》 北大核心 2026年第1期12-19,34,共9页
基于价值共创目标探究超网络内制造业国有企业“主体-资源-能力”耦合协调的互动效应,构建耦合协调度模型分析“主体-资源-能力”耦合协调水平的动态演变趋势及区域空间差异,运用灰色关联度模型进一步分析其驱动机制。研究发现:(1)制造... 基于价值共创目标探究超网络内制造业国有企业“主体-资源-能力”耦合协调的互动效应,构建耦合协调度模型分析“主体-资源-能力”耦合协调水平的动态演变趋势及区域空间差异,运用灰色关联度模型进一步分析其驱动机制。研究发现:(1)制造业国有企业“主体-资源-能力”总体耦合水平逐渐提升,且其相较于制造业民营企业的领先优势逐渐减小;(2)制造业国有企业“主体-资源-能力”耦合水平呈现“东高西低”特征;(3)不同区域内制造业国有企业耦合驱动机制存在差异,东部地区依赖市场化机制和开放型经济,中部地区更受金融支持和市场化改革驱动,而西部地区对金融资本和政策支持的依赖性更强。 展开更多
关键词 制造业国有企业 价值共创 超网络 耦合协调度
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网红经济背景下直播电商生态系统的价值共创机制、制约因素及治理路径
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作者 李盼道 荣健博 《西南石油大学学报(社会科学版)》 2026年第1期93-103,共11页
网红经济是互联网技术深度发展所催生的产物,直播电商是网红经济中最具代表性的商业模式。实现直播电商生态价值共创既是直播电商健康良性发展的内在条件,也是网红经济背景下新兴商业模式的发展目标。本文以直播电商为研究对象,以直播... 网红经济是互联网技术深度发展所催生的产物,直播电商是网红经济中最具代表性的商业模式。实现直播电商生态价值共创既是直播电商健康良性发展的内在条件,也是网红经济背景下新兴商业模式的发展目标。本文以直播电商为研究对象,以直播电商价值共创为研究主题,以价值共创理论为研究基础,系统描述网红经济背景下直播电商各生态主体要素及其相互关系,客观阐释直播电商生态系统价值共创的内在机制及其制约因素,深刻揭示直播电商生态系统价值共创的本质。研究认为,直播电商生态价值共创是各主体之间利益互动的结果;根据各生态主体在生态系统中所扮演的角色不同,可将价值共创划分为信任价值共创、产品价值共创、平台价值共创和体验价值共创;其本质是网红直播电商生态各主体克服制约因素并实现价值参与、价值创造和价值提升的过程。 展开更多
关键词 网红经济 直播电商 生态系统 价值共创 数字经济 网络强国
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贵州黄壤土壤微生物群落对平衡施肥的响应及组装过程
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作者 熊涵 刘彦伶 +5 位作者 张雅蓉 黄兴成 杨叶华 朱华清 杨欢 李渝 《中国土壤与肥料》 北大核心 2026年第2期39-48,共10页
探究平衡施肥调控土壤微生物群落的生态机制,为构建精准施肥制度及土壤健康保育提供理论支撑。本研究依托持续25年的黄壤玉米长期定位施肥试验,采集单施氮肥(N)、单施氮肥和钾肥(NK)、单施氮肥和磷肥(NP)和氮磷钾化肥平衡施用(NPK)处理0... 探究平衡施肥调控土壤微生物群落的生态机制,为构建精准施肥制度及土壤健康保育提供理论支撑。本研究依托持续25年的黄壤玉米长期定位施肥试验,采集单施氮肥(N)、单施氮肥和钾肥(NK)、单施氮肥和磷肥(NP)和氮磷钾化肥平衡施用(NPK)处理0~20 cm土层土壤样品,基于Illumina MiSeq高通量测序技术,结合分子生态网络分析与中性群落模型定量解析,阐明施肥模式对微生物群落多样性、网络稳定性和组装过程的调控效应及其土壤肥力协同机制。结果表明,NPK处理显著提高了细菌α多样性,其Shannon指数和Chao1指数均显著高于N、NK和NP处理。真菌多样性在N处理中最高,NPK处理较NK和NP处理的Shannon指数分别提高了7.24%~9.54%和21.45%~21.83%。在细菌群落结构方面,NPK处理中拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度较不平衡施肥处理(N、NP、NK)提高了29.02%~78.07%,棒状杆菌门(Rokubacteria)和装甲菌门(Armatimonadetes)则分别降低了9.32%~31.05%和12.46%~47.63%;真菌方面,子囊菌门(Ascomycota)提高了6.24%~14.49%,被孢霉门(Mortierellomycota)降低了4.35%~22.44%。分子生态网络分析表明,NPK处理显著增强了微生物互作网络的复杂性和内聚力,并表现出更强的合作性。环境驱动因子分析显示,土壤pH和有效磷是细菌群落结构的主要驱动因素,而全氮则是真菌群落重要的驱动因素。综上所述,平衡施肥可提高细菌多样性,改变细菌与真菌群落组成,促进有益微生物类群(如固氮菌、溶磷菌)的富集,物种联系更为紧密、复杂,组内物种合作多于竞争,有利于土壤健康培育。这些结果为理解黄壤农业管理措施-微生物群落互作-土壤功能耦合机制提供了新的见解。 展开更多
关键词 土壤微生物群落 平衡施肥 共现网络 群落构建
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基于环境DNA的安徽升金湖湿地鱼类共现网络分析
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作者 程雪菲 石子菊 +3 位作者 王晓瑶 张晴晴 黄成 刘茂松 《生态学杂志》 北大核心 2026年第2期404-413,共10页
研究不同生态单元鱼类物种多样性,从生物共现网络视角分析群落结构,对解析鱼类群落模式和保护鱼类资源至关重要。本文基于环境DNA技术和生物共现网络分析技术对安徽升金湖自然保护区入湖河流、上湖、中湖、下湖、库坝引水渠和长江6个生... 研究不同生态单元鱼类物种多样性,从生物共现网络视角分析群落结构,对解析鱼类群落模式和保护鱼类资源至关重要。本文基于环境DNA技术和生物共现网络分析技术对安徽升金湖自然保护区入湖河流、上湖、中湖、下湖、库坝引水渠和长江6个生态单元的鱼类组成及鱼类群落特征进行研究。结果发现:(1)研究地共检测到64种鱼类,隶属8目14科46属。入湖河流段物种多样性指数最高,库坝引水渠是升金湖-长江间鱼类物种多样性指数最低点,长江中检测到的洄游性鱼类在湖区均有发现。(2)随机共现模式为研究地鱼类主要种间共现模式,但70.31%的鱼类与至少1种其他鱼类存在显著相关关系,且以正相关为主。外来入侵物种齐氏罗非鱼与本土鱼类波氏吻虾虎鱼间呈显著负相关。(3)入湖河流鱼类共现网络结构最复杂,库坝引水渠网络结构最简单,其余4处网络复杂性相似,但图密度和聚类系数存在差异,不同生态单元间重要物种差异较大。总体上,随机共现模式为研究地鱼类主要种间共现模式,但不同鱼类间存在复杂且显著的种间关系,种间非随机共现模式对各生态单元群落构建也发挥了显著作用;鱼类物种多样性与鱼类共现网络复杂性具有协同性,库坝引水渠为鱼类物种多样性分布的低点,但对升金湖与长江间洄游性鱼类的阻隔作用不显著。 展开更多
关键词 鱼类群落 物种多样性 生物共现网络 共现模式 随机共现
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放牧干扰下土壤微生物泛化种和特化种群落的研究
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作者 江康威 吕程 +4 位作者 王亚菲 李宏 张芷晴 吐尔逊娜依·热依木 张青青 《中国草地学报》 北大核心 2026年第1期1-14,共14页
为揭示天山北坡中段山地草甸微生物群落中泛化种和特化种群落对不同放牧强度的响应,本研究以围封草地为对照,研究轻度放牧、重度放牧以及对照样地中泛化种和特化种的变化特征,并探究放牧干扰下泛化种和特化种群落与土壤因子的关联。结... 为揭示天山北坡中段山地草甸微生物群落中泛化种和特化种群落对不同放牧强度的响应,本研究以围封草地为对照,研究轻度放牧、重度放牧以及对照样地中泛化种和特化种的变化特征,并探究放牧干扰下泛化种和特化种群落与土壤因子的关联。结果显示,与重度放牧相比,轻度放牧显著提高了土壤微生物泛化种和特化种的α多样性(Shannon-Wiener指数)和β多样性。在不同放牧样地中,变形菌门、放线菌门和酸杆菌门是细菌泛化种和特化种群落的优势菌门,子囊菌门、担子菌门和壶菌门是真菌泛化种和特化种群落的优势菌门。随着放牧强度增大,泛化种和特化种群落共现网络结构的节点数目、边数目、平均度和鲁棒性呈先增加后降低的趋势,易损性则呈先降低后上升的趋势。土壤细菌和真菌群落的确定性比例同样随着放牧强度增大呈上升趋势,但二者仍以随机性过程为主导。基于Tax4Fun2和FUNGuild数据库发现,放牧改变了细菌功能类群的代谢能力,并改变真菌功能类群的丰度。Mantel text和随机森林的结果表明,放牧干扰下土壤因子与泛化种和特化种群落存在显著关联,但泛化种的解释率低于特化种。 展开更多
关键词 泛化种 特化种 群落构建 共现网络 功能预测
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用户互动网络视角下众包创新社区的价值共创研究——以乐高创意社区为例
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作者 孟庆良 张佳艳 《科技管理研究》 2026年第6期204-211,共8页
众包创新社区作为用户互动共创价值的重要平台,其价值共创实现过程及共创结果仍缺乏系统的关注。为此,本文以乐高公司创意社区为研究对象,采用扎根理论的编码方法识别共创价值类型,并结合社会网络分析方法系统探讨其价值共创特征。研究... 众包创新社区作为用户互动共创价值的重要平台,其价值共创实现过程及共创结果仍缺乏系统的关注。为此,本文以乐高公司创意社区为研究对象,采用扎根理论的编码方法识别共创价值类型,并结合社会网络分析方法系统探讨其价值共创特征。研究发现:众包创新社区中价值共创主要包括知识价值、经济价值与情感价值3类;乐高创意社区价值共创网络呈现“核心-边缘”结构,其中,情感价值网络最为活跃,知识价值网络结构松散,而经济价值网络需依赖情感价值网络与知识价值网络驱动;3个价值网络与整体网络及各价值网络间均存在显著相关性,体现价值共创结果的多样化及互动性。据此,本文提出乐高创意社区用户互动的价值共创呈现出“情感价值主导、知识价值支撑、经济价值协同”的特征,建议众包创新社区管理者从优化网络结构、构建知识共享机制、强化价值协同3个维度制定管理策略,以促进用户互动与资源整合。 展开更多
关键词 众包创新社区 价值共创 用户互动 价值网络 社会网络分析 扎根理论
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假单胞菌生物有机肥促进烤烟生长的土壤微生物学机制
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作者 徐文正 郭芳阳 +5 位作者 王孟孟 刘巧真 韩会阁 李小杰 吴照辉 王典 《中国烟草科学》 北大核心 2026年第1期69-78,共10页
为明确增施假单胞菌生物有机肥影响烤烟生长的土壤微生物学机制,设置常规施肥(CK)、增施传统有机肥(OF)和增施假单胞菌生物有机肥(BF)三个处理,分析其对烤烟单株叶片干质量、根际土壤养分、微生物群落结构及病原真菌相对丰度的影响。结... 为明确增施假单胞菌生物有机肥影响烤烟生长的土壤微生物学机制,设置常规施肥(CK)、增施传统有机肥(OF)和增施假单胞菌生物有机肥(BF)三个处理,分析其对烤烟单株叶片干质量、根际土壤养分、微生物群落结构及病原真菌相对丰度的影响。结果表明,BF显著提高单株叶片干质量,较OF和CK分别提高0.98%和12.1%;与CK相比,BF显著增加了烤后烟叶产值,提高了土壤速效氮、速效磷、速效钾、可溶性有机碳(DOC)含量及微生物共现网络稳定性,显著降低病原真菌相对丰度。随机森林分析表明,DOC、平均聚类系数、平均路径长度和病原真菌相对丰度是影响叶片干质量的关键因子,其中叶片干质量与DOC含量和微生物共现网络聚集系数极显著正相关,与平均路径长度及病原真菌相对丰度负相关。综上,增施假单胞菌生物有机肥可优化根际土壤养分状况与微生物网络结构,抑制病原真菌,促进烤烟生长,较传统有机肥具有更好的应用前景。 展开更多
关键词 烤烟 生物有机肥 微生物群落结构 微生物共现网络 可溶性有机碳
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基于WGCNA的辣椒抗疫病关键基因的挖掘
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作者 石凤岩 魏美君 +2 位作者 王秀雪 张曦 邹春蕾 《园艺学报》 北大核心 2026年第1期257-274,共18页
辣椒疫病是由辣椒疫霉菌侵染引起的一种极具破坏性的土传病害,严重制约辣椒生产。目前辣椒抗疫病的分子机制尚不清楚,抗性基因的挖掘和功能分析是抗病育种的基础和前提。通过前期筛选,获得了对辣椒疫霉菌1、2和3号生理小种均表现免疫性... 辣椒疫病是由辣椒疫霉菌侵染引起的一种极具破坏性的土传病害,严重制约辣椒生产。目前辣椒抗疫病的分子机制尚不清楚,抗性基因的挖掘和功能分析是抗病育种的基础和前提。通过前期筛选,获得了对辣椒疫霉菌1、2和3号生理小种均表现免疫性的辣椒高代自交系ZCM334,该品系在接菌后,所有植株没有任何感病症状。在接菌后不同时间点(0、12、24和48 h)采集ZCM334和感病材料Early Calwonder的根部样本,并进行转录组测序和加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)。共鉴定到17个共表达模块,其中4个与ZCM334抗疫病性呈显著正相关。功能富集分析结果显示,上述4个模块中的基因主要富集在植物激素信号转导、糖酵解、葡萄糖生成以及脂肪酸降解等代谢通路。对这4个模块作相关性分析,预测出12个可能与辣椒抗疫病相关的核心基因,其中包括6个已知功能基因(CA06g02420、CA06g08970、CA01g15560、CA09g14900、CA09g14910和CA09g15310)和6个新基因(novel.5608、novel.2732、novel.3300、novel.752、novel.2181和novel.12038),并构建了基因调控网络。qRT-PCR分析发现,这12个核心基因在ZCM334中显著高表达,且在接菌后24或48 h表达量最高。 展开更多
关键词 辣椒 辣椒疫霉菌 抗病性 基因共表达网络 基因挖掘 核心基因 代谢通路
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自然越冬过程不同种源天竺桂激素信号转导及转录组分析
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作者 崔罗敏 殷云龙 +3 位作者 於朝广 喻方圆 陶承友 芦治国 《植物资源与环境学报》 北大核心 2026年第1期25-35,47,共12页
以栽培于江苏南京的安徽、河南和浙江3个种源的天竺桂(Cinnamomum japonicum Siebold)为研究材料,对自然越冬过程其叶片中激素含量和转录组进行分析。结果表明:自然越冬过程河南种源的天竺桂叶片中吲哚乙酸含量显著高于(p<0.05)安徽... 以栽培于江苏南京的安徽、河南和浙江3个种源的天竺桂(Cinnamomum japonicum Siebold)为研究材料,对自然越冬过程其叶片中激素含量和转录组进行分析。结果表明:自然越冬过程河南种源的天竺桂叶片中吲哚乙酸含量显著高于(p<0.05)安徽和浙江种源,安徽种源的天竺桂叶片中脱落酸、水杨酸和赤霉素A1含量总体显著高于河南和浙江种源。转录组测序共获得192466个unigene,进行Nr、Nt、KO、Swiss-Prot、KOG、GO和PFAM 7大数据库的基因功能注释,注释率为54.4%。差异表达基因筛选、k-means聚类分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)结果表明:植物-病原体互作、淀粉和蔗糖代谢以及植物激素信号转导3个关键KEGG通路显著富集。脱落酸和水杨酸信号通路是天竺桂应对自然越冬的重要代谢通路,其中脱落酸受体基因(PYR/PYL)、蔗糖非发酵激酶基因(SnRK 2)、脱落酸应答元件结合因子基因(ABF)、病程相关基因非表达子1(NPR1)、TGACG结合模体(TGA)转录因子基因和病程相关基因(PR-1)具有重要作用。随机挑选6个差异表达基因的实时荧光定量PCR相对表达量与转录组表达量的变化趋势一致。综上所述,3个种源天竺桂通过特异的激素动态平衡与激素信号通路协同调控适应自然越冬,其中河南种源表现出更强的抗寒代谢调控能力。 展开更多
关键词 天竺桂 自然越冬 植物激素 抗寒性 转录组 加权基因共表达网络分析(WGCNA)
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转录组学测序解析难治性高血压基因表达特征及核心差异基因
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作者 姜彤 彭世靖 +3 位作者 王姗姗 王昱琪 赵文杰 杨雯晴 《遗传》 北大核心 2026年第1期76-86,共11页
难治性高血压(resistant hypertension,RH)是高血压疾病谱中危险类型之一,发病机制复杂。为探寻该病相关核心差异基因,本研究对2022年收集自山东中医药大学附属医院及山东大学第五人民医院的30份血液样本(10例高血压患者、10例RH患者、10... 难治性高血压(resistant hypertension,RH)是高血压疾病谱中危险类型之一,发病机制复杂。为探寻该病相关核心差异基因,本研究对2022年收集自山东中医药大学附属医院及山东大学第五人民医院的30份血液样本(10例高血压患者、10例RH患者、10名健康对照者)进行了转录组测序。利用DESeq2分析筛选出731个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)鉴定出2个与RH显著相关的模块(含1,944个基因)。将模块基因与DEGs取交集获得229个关键DEGs。基因本体(Gene Ontology,GO)分析显示,这些关键DEGs显著富集于药物分解代谢过程、血红蛋白复合体、过氧化物酶活性等条目;京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析表明,这些DEGs与VEGF信号通路和线粒体自噬等通路相关。进一步构建蛋白质-蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并运用Cytoscape软件的cytohubba插件整合12种算法筛选核心基因(取各算法前20名基因交集),初步确定GATA1、EPB42、ANK1、SNCA为核心差异基因。qRT-PCR验证结果证实GATA1与EPB42的表达变化与测序结果一致。该研究表明,RH的发生涉及多基因协同作用,核心基因(如GATA1、EPB42)及相关通路(如VEGF信号通路、线粒体自噬)的扰动可能在疾病进程中发挥重要作用,这为深入理解RH的病理机制提供了新线索。 展开更多
关键词 难治性高血压 转录组学 加权基因共表达网络分析
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基于多维尺度和社会网络分析的社区卫生服务设计国际研究热点演进及本土化进路
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作者 楚东晓 王康 罗丽 《包装工程》 北大核心 2026年第6期114-126,共13页
目的了解国外社区卫生服务设计研究热点和演变路径,为我国服务设计介入社区卫生服务质量改进提供理论指导和建议。方法系统检索Web of Science核心合集、PubMed、Embase、Scopus、Science Direct、ProQuest、CINAHL等7个数据库中社区卫... 目的了解国外社区卫生服务设计研究热点和演变路径,为我国服务设计介入社区卫生服务质量改进提供理论指导和建议。方法系统检索Web of Science核心合集、PubMed、Embase、Scopus、Science Direct、ProQuest、CINAHL等7个数据库中社区卫生和服务设计相关文献,使用BICOMB软件提取关键词,并构建词篇矩阵和共现矩阵,使用SPSS进行聚类分析和多维尺度分析,使用UCINET进行社会网络分析。结果共检索相关文献1379篇,系统聚类结果表明当前研究主要围绕社区卫生服务整合、包容性服务设计与质量改进、卫生公平、多方参与的社区卫生服务数字化四大热点议题展开;多维尺度分析结果表明四大议题处于不同研究地位与发展阶段;社会网络分析结果表明当前研究呈现出以初级卫生保健、服务交付、患者参与等关键词为核心的多层次网络结构。结论未来国内研究应围绕数字赋能和人本导向的社区卫生服务整合创新、本土化实践与方法开发的社区包容性服务设计深化、公平导向与协同治理的社区卫生数字生态建构三方面展开。 展开更多
关键词 服务设计 社区卫生服务 共词分析 多维尺度分析 社会网络分析
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基于TGF-β_(1)/Smads信号通路探讨香连化浊方对慢性萎缩性胃炎大鼠细胞周期和增殖的影响
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作者 王艺灿 王杰 +11 位作者 程祎睿 李晓静 马益彬 刘秋华 刘紫薇 郭榆西 杜朋丽 才艳茹 杜姚 支政 李博林 杨倩 《中国实验方剂学杂志》 北大核心 2026年第8期128-136,共9页
目的:运用生物信息学技术和动物实验探究香连化浊方调节细胞周期抑制增殖治疗萎缩性胃炎(CAG)的潜在作用机制。方法:利用GEO数据库和GEO2R工具筛选出CAG差异基因,使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)寻找CAG的核心基因(hub gene),与GeneC... 目的:运用生物信息学技术和动物实验探究香连化浊方调节细胞周期抑制增殖治疗萎缩性胃炎(CAG)的潜在作用机制。方法:利用GEO数据库和GEO2R工具筛选出CAG差异基因,使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)寻找CAG的核心基因(hub gene),与GeneCards数据库获得细胞周期-增殖相关基因取交集,并进行富集分析,得到与CAG相关的信号通路和生物过程。基于STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的构建,寻找核心基因2.0(hub 2.0),并进行动物实验验证。从70只雄性Wistar大鼠中随机抽取14只作为正常组,其余56只大鼠采用“饥饱失常+N-甲基-N-硝基-N-亚硝基胍(MNNG)+水杨酸钠”联合造模法制备CAG模型。将造模成功的大鼠随机分为模型组,香连化浊方高、中、低剂量组(36、18、9 g·kg^(-1)),摩罗丹组(1.4 g·kg^(-1)),灌胃给药,疗程60 d。使用苏木素-伊红(HE)染色观察大鼠胃黏膜组织病理学变化;透射电镜观察胃黏膜组织细胞超微结构,蛋白免疫印迹法(Western blot)检测胃黏膜组织中转化生长因子(TGF)-β_(1)/Smads信号通路TGF-β_(1)、Smad2、Smad3蛋白,S/G_(2)/M期标志物双子蛋白(geminin)、增殖标志物MCM2的蛋白相对表达量并进行Spearman相关性分析。结果:最终得到包括TGF-β_(1)在内的15个hub 2.0基因,TGF-β_(1)信号通路参与CAG发病。与正常组比较,模型组大鼠胃黏膜组织中TGF-β_(1)、Smad2、geminin、MCM2蛋白表达明显升高(P<0.05),Smad3蛋白表达水平明显下降(P<0.05);与模型组比较,各药物组胃黏膜组织中TGF-β_(1)和geminin表达明显降低(P<0.05),香连化浊方中、高剂量组和摩罗丹组Smad2、MCM2蛋白表达水平明显下降(P<0.05),香连化浊中高剂量组和摩罗丹组Smad3蛋白表达水平明显上升(P<0.05)。Spearman相关性分析表明Smad3和其余指标均负相关,其余指标之间均呈正相关(P<0.01)。结论:香连化浊方可能通过抑制TGF-β_(1)/Smads信号通路,调节细胞周期,抑制增殖治疗CAG。 展开更多
关键词 香连化浊方 加权基因共表达网络分析(WGCNA) 慢性萎缩性胃炎 增殖 细胞周期
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