XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步...XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP-Seq技术筛查XAGE-1b蛋白质可能存在的DNA结合片段.结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂(cell division,P-Value=7.95e-04)、细胞周期调控(cell cycle,P-Value=5.532e-03)、及癌症相关基因(GESA/MSigDB module_11,P-Value=2.010e-06)中.同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物(NCBI/interactions 22827,P-Value=4.678e-06)能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证.这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义.展开更多
目前小分子化合物诱导山羊(Capra hircus)耳缘成纤维细胞(对照组)转分化为诱导乳腺上皮细胞(命名为CiMECs或5i8d,后文均以5i8d为准表明其处理条件)的技术平台已经被建立。本研究对转分化前后的细胞(分别命名为Control和5i8d)的两种组蛋...目前小分子化合物诱导山羊(Capra hircus)耳缘成纤维细胞(对照组)转分化为诱导乳腺上皮细胞(命名为CiMECs或5i8d,后文均以5i8d为准表明其处理条件)的技术平台已经被建立。本研究对转分化前后的细胞(分别命名为Control和5i8d)的两种组蛋白修饰,即组蛋白第三亚基4号赖氨酸的三甲基化(trimethylation of lysine 4 on histone H3 protein subunit,H3K4me3)和组蛋白第三亚基27号赖氨酸的三甲基化(trimethylation of lysine 27 on histone H3 protein subunit,H3K27me3)分别进行染色质免疫共沉淀实验(chromatin immunoprecipitation,ChIP),并进行测序分析,以探讨组蛋白修饰H3K4me3和H3K27me3在转分化前后细胞中表达模式的变化。GO富集显示H3K4me3中差异Peaks关联的基因富集在与乳腺发育分化相关的通路,包括上皮形态发生、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)级联调节、Wnt(Wingless-type MMTV integration site family)受体通路以及β-连环蛋白(β-catenin)受体通路,提示乳腺上皮细胞命运已经被激活;H3K27me3中差异Peaks关联的基因则富集在固有膜、固有质膜以及肌动蛋白丝等GO条目上,提示维持成纤维细胞膜及其骨架特性的通路被抑制,成纤维细胞的谱系被打破。KEGG富集显示H3K4me3中差异Peaks关联的基因富集在MAPK信号通路、胰岛素及分泌信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路以及雌激素信号通路等,这些信号通路与乳腺发育分化密切相关,提示乳腺上皮细胞的谱系被触发;H3K27me3中差异Peaks关联的基因主要富集在黏着斑信号通路、细胞外基质(extracellular matrix,ECM)受体互作信号通路和细胞黏附因子等KEGG信号通路上,提示成纤维细胞间连接特性的有关通路被抑制。上述结果说明小分子化合物成功诱导山羊耳缘成纤维细胞转分化为具有泌乳功能的乳腺上皮细胞。该研究为乳腺上皮细胞命运决定、发育分化和泌乳的研究提供了一定的理论支持。展开更多
染色体免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing,ChIP-seq)是研究DNA-蛋白质互作的有力工具,被广泛用于RNA聚合酶、转录因子和组蛋白修饰等在基因组上的精确定位。近年来,在ChIP-seq技术的基础上,科学家...染色体免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing,ChIP-seq)是研究DNA-蛋白质互作的有力工具,被广泛用于RNA聚合酶、转录因子和组蛋白修饰等在基因组上的精确定位。近年来,在ChIP-seq技术的基础上,科学家提出了一系列研究DNA-蛋白质互作的技术方法,提高了测序分辨率,降低了实验成本,极大推动了表观基因组学的发展。本文综述了多种DNA-蛋白质互作研究技术的原理及其应用场景,介绍了在单细胞水平上研究DNA-蛋白质互作的实现方法,并展望其未来发展的方向。展开更多
文摘XAGE-1b(X antigen family member 1B)属于XAGE亚家族,是一种肿瘤-睾丸抗原(cancer/testis antigen,CTA),表达于正常人睾丸组织和多种类型的肿瘤细胞中.本实验室前期研究发现,该基因在涎腺腺样囊性癌高转移细胞系中呈高表达.为了进一步研究XAGE-1b下游调控基因,本实验采用ChIP-Seq技术筛查XAGE-1b蛋白质可能存在的DNA结合片段.结果发现,XAGE-1b下游调控基因富集于细胞分裂(cell division,P-Value=7.95e-04)、细胞周期调控(cell cycle,P-Value=5.532e-03)、及癌症相关基因(GESA/MSigDB module_11,P-Value=2.010e-06)中.同时发现,XAGE-1b下游调控多个基因的表达产物(NCBI/interactions 22827,P-Value=4.678e-06)能与原癌基因c-Myc的启动子抑制蛋白PUF60发生蛋白质相互作用,并通过qPCR进行了验证.这些研究对阐明XAGE-1b在肿瘤细胞的增殖和转移中的作用有重要意义.
文摘目前小分子化合物诱导山羊(Capra hircus)耳缘成纤维细胞(对照组)转分化为诱导乳腺上皮细胞(命名为CiMECs或5i8d,后文均以5i8d为准表明其处理条件)的技术平台已经被建立。本研究对转分化前后的细胞(分别命名为Control和5i8d)的两种组蛋白修饰,即组蛋白第三亚基4号赖氨酸的三甲基化(trimethylation of lysine 4 on histone H3 protein subunit,H3K4me3)和组蛋白第三亚基27号赖氨酸的三甲基化(trimethylation of lysine 27 on histone H3 protein subunit,H3K27me3)分别进行染色质免疫共沉淀实验(chromatin immunoprecipitation,ChIP),并进行测序分析,以探讨组蛋白修饰H3K4me3和H3K27me3在转分化前后细胞中表达模式的变化。GO富集显示H3K4me3中差异Peaks关联的基因富集在与乳腺发育分化相关的通路,包括上皮形态发生、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)级联调节、Wnt(Wingless-type MMTV integration site family)受体通路以及β-连环蛋白(β-catenin)受体通路,提示乳腺上皮细胞命运已经被激活;H3K27me3中差异Peaks关联的基因则富集在固有膜、固有质膜以及肌动蛋白丝等GO条目上,提示维持成纤维细胞膜及其骨架特性的通路被抑制,成纤维细胞的谱系被打破。KEGG富集显示H3K4me3中差异Peaks关联的基因富集在MAPK信号通路、胰岛素及分泌信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路以及雌激素信号通路等,这些信号通路与乳腺发育分化密切相关,提示乳腺上皮细胞的谱系被触发;H3K27me3中差异Peaks关联的基因主要富集在黏着斑信号通路、细胞外基质(extracellular matrix,ECM)受体互作信号通路和细胞黏附因子等KEGG信号通路上,提示成纤维细胞间连接特性的有关通路被抑制。上述结果说明小分子化合物成功诱导山羊耳缘成纤维细胞转分化为具有泌乳功能的乳腺上皮细胞。该研究为乳腺上皮细胞命运决定、发育分化和泌乳的研究提供了一定的理论支持。
文摘染色体免疫共沉淀测序(Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing,ChIP-seq)是研究DNA-蛋白质互作的有力工具,被广泛用于RNA聚合酶、转录因子和组蛋白修饰等在基因组上的精确定位。近年来,在ChIP-seq技术的基础上,科学家提出了一系列研究DNA-蛋白质互作的技术方法,提高了测序分辨率,降低了实验成本,极大推动了表观基因组学的发展。本文综述了多种DNA-蛋白质互作研究技术的原理及其应用场景,介绍了在单细胞水平上研究DNA-蛋白质互作的实现方法,并展望其未来发展的方向。
