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基于Cyt b基因解析禁渔初期长江中游鲢群体遗传多样性特征
1
作者 陈会娟 黄宇帆 +5 位作者 傅延波 袁亮亮 张清欢 汪登强 袁希平 段辛斌 《水生态学杂志》 北大核心 2026年第1期181-189,共9页
分析长江中游干流及附属湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)自然群体的遗传多样性特征,为评估禁渔初期的遗传保护效果提供科学依据。基于线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,对2024年采自长江中游的5个地理群体共157尾鲢(枝江23尾,洞庭... 分析长江中游干流及附属湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)自然群体的遗传多样性特征,为评估禁渔初期的遗传保护效果提供科学依据。基于线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列,对2024年采自长江中游的5个地理群体共157尾鲢(枝江23尾,洞庭湖36尾,白螺36尾,武穴25尾,鄱阳湖37尾)进行遗传特征解析。结果表明,5个群体单倍型多样性(Hd)为0.657~0.830,核苷酸多样性(Pi)为0.00318~0.01454,Hd和Pi平均值分别为0.723和0.00892;AMOVA分析显示5个鲢群体有97.06%的变异来自群体内部,仅有2.94%来自群体间,总体的遗传分化指数(FST)为0.02940(P<0.05)。成对遗传分化指数和基因流(Nm)分析显示白螺群体和鄱阳湖群体出现遗传分化现象(FST=0.12486,P<0.05,Nm=1.73),其余群体间均无遗传分化现象(FST<0.05,P>0.05,Nm>4)。基于单倍型构建的Maximum likelihood系统发育树和Network网络结构图均显示定义的16个单倍型可分为2支,2个分支间出现遗传分化现象(FST=0.90021,P<0.05,Nm=0.04)。 展开更多
关键词 鲢 十年禁渔期 cyt b基因 遗传多样性 长江中游
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基于Cyt-C/Caspase-3信号通路探讨生腺布液汤对干燥综合征小鼠颌下腺细胞凋亡的影响
2
作者 刘龙霞 张寒 +5 位作者 王金娥 张正国 侯小双 罗亚萍 靳可心 张莹 《中成药》 北大核心 2026年第2期424-430,共7页
目的探讨生腺布液汤对干燥综合征(SS)小鼠颌下腺细胞凋亡的影响。方法40只非肥胖糖尿病(NOD)小鼠随机分为模型组(蒸馏水灌胃)、羟氯喹组(0.052 g/kg)及生腺布液汤低、中、高剂量组(4.98、9.88、19.76 g/kg),每组8只,另取8只BALB/c小鼠... 目的探讨生腺布液汤对干燥综合征(SS)小鼠颌下腺细胞凋亡的影响。方法40只非肥胖糖尿病(NOD)小鼠随机分为模型组(蒸馏水灌胃)、羟氯喹组(0.052 g/kg)及生腺布液汤低、中、高剂量组(4.98、9.88、19.76 g/kg),每组8只,另取8只BALB/c小鼠为正常组(蒸馏水灌胃),连续给药8周。记录小鼠一般状态及饮水量;HE染色观察颌下腺组织损伤情况;TUNEL染色检测颌下腺细胞凋亡情况;免疫组化法检测颌下腺组织细胞色素C(Cyt-C)、凋亡蛋白酶激活因子1(Apaf-1)、天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶3(Caspase-3)蛋白表达;Western blot法检测颌下腺组织Bcl-2相关X蛋白(Bax)、B细胞淋巴瘤-2蛋白(Bcl-2)、Cyt-C、Apaf-1、Caspase-3蛋白表达。结果与正常组比较,模型组小鼠饮水量增多(P<0.05),颌下腺淋巴细胞浸润加重,凋亡率及Bax、Cyt-C、Apaf-1、Caspase-3蛋白表达升高(P<0.05),Bcl-2蛋白表达降低(P<0.05);与模型组比较,除生腺布液汤低剂量组颌下腺细胞凋亡率无明显变化外(P>0.05),羟氯喹组及生腺布液汤各剂量组小鼠饮水量减少(P<0.05),颌下腺病理损伤减轻,凋亡率及Bax、Cyt-C、Apaf-1、Caspase-3蛋白表达降低(P<0.05),Bcl-2蛋白表达升高(P<0.05)。结论生腺布液汤可有效减轻SS小鼠颌下腺组织病理损伤,改善腺体分泌功能,其机制可能与调控Cyt-C/Caspase-3信号通路,抑制细胞凋亡有关。 展开更多
关键词 生腺布液汤 干燥综合征 细胞凋亡 cyt-C/Caspase-3信号通路
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线粒体Cyt b基因对九种穿山甲鉴别力的分析
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作者 韩松霖 马跃 +4 位作者 李波 刘微 穆佳童 徐艳春 杨淑慧 《野生动物学报》 北大核心 2025年第1期50-62,共13页
为优化穿山甲的分子鉴定方法,采用9种穿山甲54条Cyt b基因完整序列,评估了MEGA11软件中的7种模型和23种碱基替换类型所估算的遗传距离的物种分辨率、Cyt b基因全序列及各区域鉴别力。结果表明:K2P模型和p-distance模型基于颠换(T_(V))... 为优化穿山甲的分子鉴定方法,采用9种穿山甲54条Cyt b基因完整序列,评估了MEGA11软件中的7种模型和23种碱基替换类型所估算的遗传距离的物种分辨率、Cyt b基因全序列及各区域鉴别力。结果表明:K2P模型和p-distance模型基于颠换(T_(V))计算的遗传距离具有最优的物种分辨率;Cyt b基因全序列有较好的物种鉴别能力,其中,第301~400号和第851~950号的2个碱基序位片段组合时具有最高的物种分辨率,是鉴别9种穿山甲的最佳理论区段。现有的方法中推荐使用Kocher等的引物。今后在研发中采用多重PCR结合高通量测序对多片段组合进行分析,将会提高穿山甲的鉴别力。 展开更多
关键词 穿山甲 细胞色素b基因(cyt b) 遗传距离 物种鉴定
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基于线粒体cyt b基因的华南沿海地区5个大刺鳅地理种群的群体遗传多样性研究
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作者 陈锭娴 林胜跃 +7 位作者 王凯丰 刘兰苑 叶树政 蓝昭军 韩崇 龚剑 桂林 李强 《四川动物》 北大核心 2025年第5期505-514,共10页
为探究华南沿海地区5个大刺鳅Mastacembelus armatus种群的群体遗传多样性和遗传结构,测定分析了155个样本的线粒体cyt b基因。结果显示,cyt b基因序列长1138 bp,包含48个变异位点和28个单倍型,单倍型多样性为0.77200,核苷酸多样性为0.0... 为探究华南沿海地区5个大刺鳅Mastacembelus armatus种群的群体遗传多样性和遗传结构,测定分析了155个样本的线粒体cyt b基因。结果显示,cyt b基因序列长1138 bp,包含48个变异位点和28个单倍型,单倍型多样性为0.77200,核苷酸多样性为0.00590。AMOVA分析显示,其遗传变异主要来源于群体内(62.85%)。系统发育分析显示,所有群体聚成2支:支系Ⅰ包括南流江和红河水系的全部样本,以及郁江、南渡江和鉴江的部分样本;支系Ⅱ则主要由南渡江、郁江和鉴江的另一部分样本组成。由单倍型网络关系图可知,南渡江、郁江、南流江和鉴江种群共享单倍型H5的个体数量最多,推测H5可能是该地区最古老的单倍型,其他单倍型可能由其逐步进化而来。种群核苷酸错配分析和中性检验结果表明,除红河和南流江种群外,其他种群近期未发生过种群扩张事件。本研究结果为华南沿海地区大刺鳅种质资源的保护和合理开发利用提供了参考资料。 展开更多
关键词 大刺鳅 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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基于Cyt b基因序列的黄斑蓝子鱼群体遗传多样性分析
5
作者 郑鹏 李文俊 +7 位作者 陈锭娴 黄小林 王凯丰 刘兰苑 韩崇 李强 杨育凯 黄忠 《南方水产科学》 北大核心 2025年第4期109-118,共10页
黄斑蓝子鱼(Siganus oramin)养殖群体已出现经济性状衰退和遗传多样性下降问题。为保护野生种质资源,对采自中国东南沿海7个地理群体(湛江北部湾BB、海南文昌WC、阳江沙扒湾SB、深圳大鹏湾DP、深圳大亚湾DY、漳州东山湾DS和宁德三沙湾SS... 黄斑蓝子鱼(Siganus oramin)养殖群体已出现经济性状衰退和遗传多样性下降问题。为保护野生种质资源,对采自中国东南沿海7个地理群体(湛江北部湾BB、海南文昌WC、阳江沙扒湾SB、深圳大鹏湾DP、深圳大亚湾DY、漳州东山湾DS和宁德三沙湾SS)的197尾样本进行线粒体Cyt b基因测序分析,旨在评估野生群体的遗传多样性状况。结果显示,黄斑蓝子鱼的线粒体Cyt b基因全序列长度为1141 bp,包含140个变异位点,81个单倍型,表现出高单倍型多样性(Hd=0.921±0.014)和低核苷酸多样性(Pi=0.0064±0.0010)的特点。遗传距离和遗传分化结果均显示黄斑蓝子鱼群体间未发生明显分化,各地理群体亲缘关系较近。基于Cyt b基因序列构建的NJ树显示,81个单倍型散落分布在一个支系,各群体均未形成明显单系群。单倍型网络分析结果亦表明不同地理区的黄斑蓝子鱼群体间未发生明显分化。AMOVA分析表明,黄斑蓝子鱼遗传分化主要来自群体内部(99.83%)。中性检验结果显示,Fu's Fs值为显著的负值(−24.605,p<0.05);贝叶斯天际线图表明黄斑蓝子鱼短时间内经历了瓶颈效应以及种群扩张事件,推测其扩张时间约为1.577万年前。 展开更多
关键词 线粒体cyt b基因 黄斑蓝子鱼 遗传多样性 种群扩张
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基于Cyt b基因的广西主要河流斑鳠遗传多样性分析
6
作者 朱威霖 何泽霖 +5 位作者 吴铁军 韦友传 张棋麟 覃飞 罗帮 陈晓汉 《西南农业学报》 北大核心 2025年第12期2692-2699,共8页
【目的】基于Cyt b基因分析广西主要河流斑鳠的遗传多样性,为斑鳠种质资源的保护策略制定与可持续利用提供科学依据。【方法】以Cyt b基因为分子标记,对广西贵港(GG)、百色(BS)、大化(DH)和柳州(LZ)4个地理群体共120尾斑鳠个体进行遗传... 【目的】基于Cyt b基因分析广西主要河流斑鳠的遗传多样性,为斑鳠种质资源的保护策略制定与可持续利用提供科学依据。【方法】以Cyt b基因为分子标记,对广西贵港(GG)、百色(BS)、大化(DH)和柳州(LZ)4个地理群体共120尾斑鳠个体进行遗传多样性及遗传结构分析。【结果】斑鳠Cyt b基因序列长度为1141 bp,碱基组成具有明显的偏倚性,A、T、G、C含量分别为29.74%、30.78%、13.65%、25.83%,AT含量(60.52%)大于CG含量(39.48%)。4个斑鳠群体共检测出100个多态性位点,划分至68个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.722~0.977,核苷酸多样性(Pi)为0.00116~0.00281,具体表现为LZ>BS>GG>DH,总体呈高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征,说明广西主要河流斑鳠群体总体遗传多样性偏低。各斑鳠群体间遗传距离为0.01640~0.02520,遗传分化系数(Fst)为0.00430~0.08555,DH群体与GG群体的遗传距离最近(0.01640),亲缘关系较近;GG群体与LZ群体的遗传距离最远(0.02520),亲缘关系较远。分子方差分析结果表明,广西主要河流斑鳠遗传变异主要来源于群体内。斑鳠群体单倍型分布和系统发育树显示,4个斑鳠群体的共享单倍型Hap1为优势单倍型,未形成独特的地理分布。中性检验结果表明,4个斑鳠群体Tajima’s D和Fu’s Fs均为负值,且显著偏离中性(P<0.05),说明广西主要河流的斑鳠经历过种群扩张。【结论】广西主要河流斑鳠遗传多样性较低,建议将4个斑鳠地理群体归入同一管理单元实施就地保护,重点维护斑鳠栖息地连通性与种群自然交流,并加强栖息地保护力度。 展开更多
关键词 斑鳠 遗传多样性 cyt b基因 广西主要河流
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长江流域中华沙塘鳢与河川沙塘鳢基于线粒体Cyt b基因的种群遗传及形态分化研究
7
作者 王雪 刘怡然 +5 位作者 任艳 谢德兵 周莉 李波 王守荣 朱思华 《水生生物学报》 北大核心 2025年第11期28-39,共12页
研究基于线粒体Cyt b基因,对中华沙塘鳢和河川沙塘鳢进行群体遗传学研究,并利用传统形态学参数与框架结构数据相结合的方法探究二者间的形态差异。遗传多样性分析结果表明,采自永州、咸宁及潜江共计3个地点128尾中华沙塘鳢共检测到21个... 研究基于线粒体Cyt b基因,对中华沙塘鳢和河川沙塘鳢进行群体遗传学研究,并利用传统形态学参数与框架结构数据相结合的方法探究二者间的形态差异。遗传多样性分析结果表明,采自永州、咸宁及潜江共计3个地点128尾中华沙塘鳢共检测到21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.868和0.00407;采自湖州、宣城、南京及安庆共计4个地点195尾河川沙塘鳢共检测到28个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.910和0.02000。基于BI法和ML法构建的单倍型分子系统发育树结果显示,所有沙塘鳢属鱼类聚为1个单系,两物种也各自构成1个单系,且得到较强的支持。中华沙塘鳢识别出2个谱系,河川沙塘鳢识别出3个谱系,二者均呈现明显的地理格局分布。AMOVA结果显示中华沙塘鳢各地理群体间的遗传分化指数为0.463—0.845;河川沙塘鳢各地理群体间的遗传分化指数为0.653—0.930,种群间表现为高度的遗传分化,群体间均存在广泛的地理隔离。中性检验和错配分析表明,中华沙塘鳢咸宁(XN)种群经历过近期的扩张,时间为0.20 Ma,其余群体历史动态分析各方法的结果稍有差异,显示种群历史相对复杂。综合形态分析结果,中华沙塘鳢和河川沙塘鳢存在明显形态差异。主成分分析结果显示二者间仅少量个体有重叠,绝大部分个体能较好分开。判别分析获得综合判别准确率为95.7%,判别效果极显著(P<0.01),研究建立的判别公式可以进行两种鱼类的简单判别。通过主成分分析和判别分析识别出对种间差异最具贡献的8个形态特征变量,分别是眼后头长、第一背鳍长、第一背鳍基长、胸鳍长、BH、BI、CD、CG,大多与鳍条和躯干部的特征相关。本研究中,形态分化(Q_(ST))与遗传分化(F_(ST))之间没有显著相关性,但统计分析表明两种沙塘鳢属鱼类种间以及种群间的遗传分化程度显著大于其形态分化程度,表明表型在不同的群体中受到偏向的选择。 展开更多
关键词 形态分化 cyt b 遗传多样性 主成分分析 判别分析 中华沙塘鳢 河川沙塘鳢
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似刺鳊[鱼句]群体线粒体cyt b基因遗传变异
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作者 肖俊 鲁翠云 +5 位作者 尤连祥 巫伟华 龙凡 那荣滨 郑先虎 丁立云 《水产学杂志》 2025年第6期1-6,共6页
为了解长江中下游湖泊似刺鳊[鱼句](Paracanthobrama guichenoti)群体的遗传变异,本研究分析了八里湖(BL)、军山湖(JL)和大官湖(DL)群体的线粒体细胞色素b(cytochrome b,cyt b)基因的单倍型分布及遗传特征。结果在90个样本的cyt b基因序... 为了解长江中下游湖泊似刺鳊[鱼句](Paracanthobrama guichenoti)群体的遗传变异,本研究分析了八里湖(BL)、军山湖(JL)和大官湖(DL)群体的线粒体细胞色素b(cytochrome b,cyt b)基因的单倍型分布及遗传特征。结果在90个样本的cyt b基因序列(1141 bp)中共检测到8个变异位点,定义了9种单倍型,其中Hap1、Hap6和Hap7为3个群体的共同单倍型,合计占比为64.4%;BL群体单倍型数量最多(7种),而JL群体的单倍型多样性(Hd=0.699±0.046)和核苷酸多样性(π=0.00086±0.00013)最高。AMOVA分析显示,群体间遗传变异占总变异的22.02%,八里湖群体(BL)与军山湖(JL)和大官湖(DL)群体间的遗传分化较大(Fst>0.15)。本研究结果可为似刺鳊[鱼句]种群的合理开发利用提供参考。 展开更多
关键词 似刺鳊[鱼句] 线粒体细胞色素B基因 单倍型分布 遗传变异
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赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析 被引量：19
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作者 杨慧荣 赵会宏 +2 位作者 蒙子宁 刘丽 林权卓 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期100-106,136,共8页
研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了1... 研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和FST值,D-loop和Cyt b都一致表明:长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出"小则越小,大则越大"的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。 展开更多
关键词 赤眼鳟 线粒体 D-LOOP cyt b 遗传变异 对比分析
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从Cyt b基因序列探讨鹿亚科动物的系统发生关系 被引量：31
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作者 刘向华 王义权 +1 位作者 刘忠权 周开亚 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期27-33,共7页
鹿亚科共有 4个属 ,各属间和属内特别是鹿属内的系统进化关系存在疑义。根据Cytb基因序列分析 ,探讨了鹿亚科及中国鹿属、马鹿亚种的进化关系。结果分析表明 :现行分类系统中 ,斑鹿属可能并非单系发生 ,暗示应将豚鹿并入鹿属 ;麋鹿属与... 鹿亚科共有 4个属 ,各属间和属内特别是鹿属内的系统进化关系存在疑义。根据Cytb基因序列分析 ,探讨了鹿亚科及中国鹿属、马鹿亚种的进化关系。结果分析表明 :现行分类系统中 ,斑鹿属可能并非单系发生 ,暗示应将豚鹿并入鹿属 ;麋鹿属与鹿属有较近的进化关系 ,也应并入鹿属 ;鹿属的进化地位有待进一步研究 ;归并后的鹿属为单系发生。中国马鹿各亚种在系统发生上是一单系群 ,其中马鹿天山亚种和阿尔泰亚种聚为最原始的一支。 展开更多
关键词 cyt B基因序列 鹿亚科动物 系统发生关系 进化关系
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黄河裸裂尻鱼群体遗传结构和Cyt b序列变异 被引量：32
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作者 赵凯 杨公社 +1 位作者 李俊兵 何舜平 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期129-133,共5页
测定了来自黄河上游和柴达木盆地托索湖的裸裂尻鱼共16个个体的Cytb基因全序列(1141bp),探讨了种群结构和遗传多样性。用MEGA2.1软件分析了碱基组成和序列变异;以青海湖裸鲤、花斑裸鲤和极边扁咽齿鱼为外类群,用PAUP*4.0b10程序构建了... 测定了来自黄河上游和柴达木盆地托索湖的裸裂尻鱼共16个个体的Cytb基因全序列(1141bp),探讨了种群结构和遗传多样性。用MEGA2.1软件分析了碱基组成和序列变异;以青海湖裸鲤、花斑裸鲤和极边扁咽齿鱼为外类群,用PAUP*4.0b10程序构建了单倍型NJ树;用Arlequin Ver.2000程序计算了群体间遗传变异值(Fst)和Nm值以及群体分化概率值。结果显示,来自柴达木水系托索湖的裸裂尻鱼没有形成单系群,Fst=0.204(P<0.05),Nm=1.95。初步判断,黄河和柴达木水系托索湖的裸裂尻鱼未显著分化,支持将柴达木裸裂尻鱼(Schizopygopsis kessleri)归并入黄河裸裂尻鱼(Schizopygopsis pylzovi)的形态学结果。两种群核苷酸多样度(π)分别为0.0012和0.0026,表现为较低水平。根据校正的分子钟推测,黄河和托索湖裸裂尻鱼群体分歧时间为距今7万年左右的更新世末期,结合地理分布的资料和古地质事件,对黄河裸裂尻鱼群体分布水系间的历史联系进行了分析。 展开更多
关键词 黄河裸裂尻鱼 柴达木裸裂尻鱼 遗传结构 遗传多样性 cyt b
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基于线粒体cox1和Cyt b基因对四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性研究 被引量：23
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作者 郝桂英 杨应东 +1 位作者 周英姿 杨光友 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期631-638,共8页
为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长... 为研究四川地区多头带绦虫的种群遗传多样性和系统发生关系,用线粒体cox1基因和Cyt b基因全序列分析了20株四川山羊源多头蚴(11株寄生于脑,9株寄生于肌间)的遗传变异,并构建了系统发育树。结果显示:20株多头蚴cox1和Cyt b基因全序列长度分别为1 623和1 068bp,分别有59个和9个变异位点,其碱基变异率分别为0.1%~2.5%和0.1%~0.7%;分别检测到17个和6个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.968±0.033和0.737±0.068,核苷酸多样性分别为0.005 98±0.001 33和0.003 06±0.000 79,平均遗传距离分别为0.006和0.003。构建的系统进化树均显示来源于脑部和肌间的20株四川山羊源多头蚴与多头带绦虫同在一个支系,均为多头带绦虫,且多头带绦虫四川分离株与伊朗、土耳其分离株亲缘关系较近,而与中国甘肃、中国广州、意大利分离株亲缘关系较远。研究结果表明线粒体cox1和Cyt b基因均可作为检测多头带绦虫种群遗传多样性的有效分子标记,且Cyt b基因的多样性水平低于cox1基因。 展开更多
关键词 多头带绦虫 cox1基因 cyt B基因 遗传多样性 四川
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基于线粒体COⅠ和Cyt b基因的粉蝶亚科及黄粉蝶亚科(粉蝶科)部分类群的分子系统发生 被引量：20
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作者 许丽 郝家胜 +4 位作者 朱国萍 殷先兵 潘鸿春 黄敦元 张小平 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2007年第4期842-850,共9页
测定了粉蝶科的粉蝶亚科和黄粉蝶亚科14属共24种线粒体COⅠ和Cyt b基因部分序列,并从GenBank中下载了2种粉蝶的同源序列,以眼蝶科的2个物种为外类群,运用NJ法、贝叶斯法分别重建了分子系统树,探讨了它们的系统发生关系。基因序列分析结... 测定了粉蝶科的粉蝶亚科和黄粉蝶亚科14属共24种线粒体COⅠ和Cyt b基因部分序列,并从GenBank中下载了2种粉蝶的同源序列,以眼蝶科的2个物种为外类群,运用NJ法、贝叶斯法分别重建了分子系统树,探讨了它们的系统发生关系。基因序列分析结果表明,经比对和处理后的序列总长度为1111bp,其中变异位点478个,简约位点382个,碱基T、C、A、G平均含量为39.9%、16.9%、30.9%、12.3%,A+T含量和C+G含量分别为70.8%和29.2%。分子系统树显示:黄粉蝶亚科不是单系群,但其中迁粉蝶属和豆粉蝶属在不同的分析方法中均聚合在一起。粉蝶亚科形成一个独立的支系,其中,襟粉蝶族为并系群;粉蝶族的粉蝶属、飞龙粉蝶属和云粉蝶属具有较近的亲缘关系。 展开更多
关键词 粉蝶亚科 黄粉蝶亚科 COⅠ基因 cyt b基因 分子系统发生
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雀形目15种鸟类CoⅠ与Cyt b基因序列的比较 被引量：18
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作者 梁刚 张卫 +3 位作者 雷富民 尹祚华 黄原 李天宪 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2007年第3期613-620,共8页
对雀形目Passeriformes6科15种鸟类线粒体DNA的Cyt b基因全序列(1143bp)和CoⅠ基因部分序列(1176bp)进行了比较,结果显示Cyt b和CoⅠ基因序列的变异位点分别为454个和366个,简约信息位点为337个和303个,而且CoⅠ基因比Cytb基因略微保守... 对雀形目Passeriformes6科15种鸟类线粒体DNA的Cyt b基因全序列(1143bp)和CoⅠ基因部分序列(1176bp)进行了比较,结果显示Cyt b和CoⅠ基因序列的变异位点分别为454个和366个,简约信息位点为337个和303个,而且CoⅠ基因比Cytb基因略微保守,进化速率也较低。采用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法分别构建了CoⅠ和Cyt b基因两组数据集的分子系统发生树及其合一树,并对建树结果进行了比较分析。基于以上两点,本文认为CoⅠ基因比Cyt b基因更适合于确定雀形目科级阶元之间的系统发生关系,而且它也能够作为雀形目物种鉴定的分子标记,但在物种鉴定方面不如Cyt b基因稳定和准确。 展开更多
关键词 雀形目 CoⅠ基因 cyt B基因 序列比较
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基于线粒体Cyt b基因和CO I基因序列研究豹蛱蝶亚科(鳞翅目,蛱蝶科)10属间的系统发生关系 被引量：13
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作者 张大秀 郝家胜 +3 位作者 邹方振 朱国萍 潘鸿春 张小平 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2009年第3期522-530,共9页
测定了国产豹蛱蝶亚科10属共10个代表种的Cytb基因和COI基因的部分序列。结合从GenBank中获得的3个种类COI基因的同源序列,以锯眼蝶亚科2个物种为外群,通过遗传分析软件对COI、Cytb独立基因序列和联合基因序列以及编码的氨基酸序列进行... 测定了国产豹蛱蝶亚科10属共10个代表种的Cytb基因和COI基因的部分序列。结合从GenBank中获得的3个种类COI基因的同源序列,以锯眼蝶亚科2个物种为外群,通过遗传分析软件对COI、Cytb独立基因序列和联合基因序列以及编码的氨基酸序列进行了比较分析,同时用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)重建分子系统树,分析了该亚科10个属之间的系统发生关系。结果显示:1)联合基因序列的A+T平均含量为71.9%,具A、T偏倚性,其编码的357个氨基酸中没有半胱氨酸,变异率为11.5%;2)豹蛱蝶亚族为单系群;3)青豹蛱蝶属和豹蛱蝶属间、黄襟蛱蝶属和珐蛱蝶属间具有较近的亲缘关系;4)支持将文蛱蝶属、襟蛱蝶属和珐蛱蝶属从豹蛱蝶亚科中分离出来。 展开更多
关键词 豹蛱蝶亚科 cyt b基因 CO I基因 系统树 系统发生关系
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山稻蝗及相关物种Cytb基因序列及其遗传关系 被引量：38
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作者 任竹梅 马恩波 郭亚平 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第6期507-513,共7页
中国 7个不同地理区域的山稻蝗Oxyaagavisa共 16个个体的线粒体DNA细胞色素b基因中间部分序列被测定、分析和比较 ,同时与小稻蝗O intricata、日本稻蝗O japonica和中华稻蝗O chinensis相应序列进行比较 ,用瘤锥蝗科的曲尾似橄蝗Pseudom... 中国 7个不同地理区域的山稻蝗Oxyaagavisa共 16个个体的线粒体DNA细胞色素b基因中间部分序列被测定、分析和比较 ,同时与小稻蝗O intricata、日本稻蝗O japonica和中华稻蝗O chinensis相应序列进行比较 ,用瘤锥蝗科的曲尾似橄蝗Pseudomorphacrishollisi和蚱科的日本蚱Tetrixjaponica作外群 ,构建了山稻蝗不同单倍型及其相关物种的NJ分子系统树。在获得的山稻蝗 4 32bp的序列中 ,A +T约占 71 0 % ,其中 9个核苷酸位点存在变异 (约占所测核苷酸的 2 0 8% ) ,但仅有 1个位点引起了氨基酸的变异 ,就每个氨基酸密码子来看 ,第三位点的A +T含量较高 ,达 88 3%。分子系统树显示 ,山稻蝗 6个单倍型聚为一个簇 ,彼此之间有一定的分歧 ,其分枝与地理分布没有直接的关系 ;该种与日本稻蝗关系较近 ,与中华稻蝗和小稻蝗相对较远。 展开更多
关键词 山稻蝗 相关物种 cyt B基因序列 遗传关系
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4种鳕鱼线粒体16SrRNA、COI和Cytb基因片段序列的比较研究 被引量：51
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作者 毕潇潇 高天翔 +1 位作者 肖永双 李永振 《南方水产》 2009年第3期46-52,共7页
对狭鳕(Theragra chalcogramma)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、蓝鳕(Micromesistius poutassou)和远东宽突鳕(Eleginus gracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16S rRNA、Cytochrome oxidase subunit I(COI)和细胞色素b(Cytb)基因片段序列... 对狭鳕(Theragra chalcogramma)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、蓝鳕(Micromesistius poutassou)和远东宽突鳕(Eleginus gracilis)4种不同属鳕鱼的线粒体16S rRNA、Cytochrome oxidase subunit I(COI)和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行了测定,分析比较了不同鳕鱼种间的序列差异。通过PCR扩增和序列测定,得到4种鳕鱼线粒体3个基因片段的总长度分别为539bp(16S rRNA)、601bp(COI)和385bp(Cytb),其基因片段的A+T含量都较高。4种鳕鱼种内个体间序列变异较小,3个基因片段的核苷酸替代速率依次为Cytb>COI>16S rRNA。Cytb基因片段序列的分析结果显示太平洋鳕和狭鳕间分歧时间约为219万年,发生于中新世(Mio-cene);宽突鳕与蓝鳕间分歧时间约为653万年,发生在上新世(Pliocene)。根据遗传距离构建的NJ系统树表明,狭鳕与太平洋鳕的亲缘关系较近,与蓝鳕的亲缘关系较远。 展开更多
关键词 鳕鱼 16S rRNA基因 COI基因 cyt b基因 序列分析
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中国3个不同地域藏族群体线粒体ATP6、ATP8和Cyt b基因的比较：探查自然选择在基因组的印记 被引量：9
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作者 顾明亮 汪业军 +2 位作者 史磊 张永彪 褚嘉祐 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期147-152,共6页
线粒体基因组(Mitochondrial DNA,mtDNA)具有区别于核基因组的诸多特性(例如缺乏重组等),在人类进化历史的研究领域具有巨大的应用价值。文章通过对3个不同地域藏族群体线粒体基因组的ATP6、ATP8和Cytb基因约2kb区域的测序研究发现:随... 线粒体基因组(Mitochondrial DNA,mtDNA)具有区别于核基因组的诸多特性(例如缺乏重组等),在人类进化历史的研究领域具有巨大的应用价值。文章通过对3个不同地域藏族群体线粒体基因组的ATP6、ATP8和Cytb基因约2kb区域的测序研究发现:随着海拔的增加,3个基因的全序列、ATP6和ATP8基因逐渐偏离中性模式,但未呈现显著性差异;随着海拔的降低,Cytb基因受到纯化选择的作用逐渐增大;ATP6基因可能存在适应性选择,并且随着海拔的增高呈现出适应性选择增强的趋势;选择的主要因素应该是该群体所处的特殊的地理环境,即不同的地理环境具有直接的选择作用。 展开更多
关键词 藏族群体 线粒体基因 ATP6 ATP8 cyt b 自然选择
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中国3个牛种cyt b基因多态性及其系统发育研究 被引量：13
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作者 蔡欣 陈宏 +2 位作者 雷初朝 胡沈荣 苏利红 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2007年第2期43-46,52,共5页
基于mtDNA cyt b基因全长序列,对中国黄牛、牦牛和水牛的遗传多态性和系统发育关系进行了分析。结果表明,中国黄牛、牦牛和水牛cyt b基因序列中碱基A和T的含量均比较高,A+T的平均含量分别为56.6%,58.2%和56.0%。黄牛在cyt b基因全长序... 基于mtDNA cyt b基因全长序列,对中国黄牛、牦牛和水牛的遗传多态性和系统发育关系进行了分析。结果表明,中国黄牛、牦牛和水牛cyt b基因序列中碱基A和T的含量均比较高,A+T的平均含量分别为56.6%,58.2%和56.0%。黄牛在cyt b基因全长序列具有较丰富的核苷酸多样性(Pi=0.016 84),水牛的核苷酸多样性相对贫乏(Pi=0.003 51),牦牛的核苷酸多样性介于二者之间(Pi=0.012 28)。中国黄牛与牦牛和欧洲野牛之间的亲缘关系相对较近,而与水牛间的亲缘关系则相对较远,黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源;中国牦牛和斑腾牛以及羯牛的亲缘关系相对较近;中国水牛和沼泽型水牛具有较近的亲缘关系,也可能有2个或者2个以上的母系起源。 展开更多
关键词 中国黄牛 中国牦牛 中国水牛 cyt b基因 遗传多态性
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基于线粒体Cyt b基因的线蛱蝶亚科的系统发育 被引量：11
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作者 吴冬霞 郝家胜 +4 位作者 朱国萍 陈娜 苏成勇 潘鸿春 张小平 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期1-8,共8页
基于线粒体Cytb基因部分序列,以波蛱蝶为外群,采用邻接法、最大简约法和贝叶斯法分别构建了中国线蛱蝶亚科10属25种蝶类的系统发育树,探讨了各主要类群间的系统发育关系。其结果表明,所有线蛱蝶亚科聚为两大枝:第一枝包括环蛱蝶属、菲... 基于线粒体Cytb基因部分序列,以波蛱蝶为外群,采用邻接法、最大简约法和贝叶斯法分别构建了中国线蛱蝶亚科10属25种蝶类的系统发育树,探讨了各主要类群间的系统发育关系。其结果表明,所有线蛱蝶亚科聚为两大枝:第一枝包括环蛱蝶属、菲蛱蝶属、蟠蛱蝶属和缕蛱蝶属,其中缕蛱蝶属与环蛱蝶族亲缘关系较近;第二枝包括丽蛱蝶属、穆蛱蝶属、线蛱蝶属、带蛱蝶属、律蛱蝶属和翠蛱蝶属,其中线蛱蝶属为非单系群,翠蛱蝶属和律蛱蝶属则为单系发生,并构成姐妹群。 展开更多
关键词 线蛱蝶亚科 cyt b 系统发育
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