番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)是烟草花叶病毒属(Tobamovirus)中新发现的一种RNA病毒。该病毒于2014年首次在以色列被鉴定,随后在全球范围内快速扩散,目前已在亚洲、欧洲、美洲和非洲的多个国家和地区广...番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)是烟草花叶病毒属(Tobamovirus)中新发现的一种RNA病毒。该病毒于2014年首次在以色列被鉴定,随后在全球范围内快速扩散,目前已在亚洲、欧洲、美洲和非洲的多个国家和地区广泛分布,对番茄、辣椒等重要茄科作物的安全生产构成了严重威胁。与烟草花叶病毒属的其他成员相比,ToBRFV在运动蛋白区域具有独特的分子特征,使其能够突破番茄中常见的Tm-2等抗病毒基因,表现出更强的侵染能力。本文系统梳理了近年来国内外关于ToBRFV的研究进展,从ToBRFV的发生与传播、结构特征、检测鉴定、抗病研究、综合防治等研究进展方面进行了归纳总结,以期为人们认识病毒、有效防治病毒病提供参考。展开更多
番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)可以侵染包括番茄在内的多种茄科作物,对番茄的产量和品质造成显著影响。本研究利用小RNA测序技术,从新疆喀什地区叶城县的番茄病样中检测到ToBRFV,将该分离物命名为ToBRFV-...番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)可以侵染包括番茄在内的多种茄科作物,对番茄的产量和品质造成显著影响。本研究利用小RNA测序技术,从新疆喀什地区叶城县的番茄病样中检测到ToBRFV,将该分离物命名为ToBRFV-XJ,该病毒与南方番茄病毒(southern tomato virus,STV)、番茄花叶病毒(tomato mosaic virus,ToMV)复合侵染番茄。通过设计的特异性引物成功扩增了ToBRFV-XJ的基因组序列。基因组全长6264 nt,包括4个开放阅读框(ORFs),分别编码4个蛋白。系统发育分析表明,ToBRFV-XJ与山东(登录号:MT018320.1)和辽宁(登录号:OR437354.1)分离物具有较近的亲缘关系。本研究首次监测到了ToBRFV在新疆设施番茄上发生危害,对控制ToBRFV在新疆的扩散具有重要意义。展开更多
【目的】对金定鸭与台湾褐色菜鸭进行选择信号分析,挖掘这2个蛋鸭品种在长期进化过程中受到强烈选择的重要经济性状相关候选基因,为揭示优异性状形成的遗传差异奠定基础。【方法】选取金定鸭和台湾褐色菜鸭各30只进行全基因组重测序,经...【目的】对金定鸭与台湾褐色菜鸭进行选择信号分析,挖掘这2个蛋鸭品种在长期进化过程中受到强烈选择的重要经济性状相关候选基因,为揭示优异性状形成的遗传差异奠定基础。【方法】选取金定鸭和台湾褐色菜鸭各30只进行全基因组重测序,经过滤获取高质量单核苷酸多态性位点(SNPs)后,对其进行主成分分析(PCA),确定其遗传分化情况;然后采用群体遗传分化指数(Fst)和群体核酸多样性比值(πratio)2种方法综合筛选金定鸭和台湾褐色菜鸭的受选择信号,分析其遗传差异。【结果】金定鸭和台湾褐色菜鸭重测序分别获得5.68和5.59 Gb高质量数据,分别检测到152238286和155009562个SNPs,其SNP位点分布相似。主成分分析结果显示,金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化;以100 kb为窗口、10 kb为步长分别计算Fst与πratio值,将Fst top 5%(Fst>0.482)与πratio top 5%&bottom 5%(0<πratio≤0.47&πratio≥3.00)作为信号重叠区域,共注释到208个候选基因。对这208个候选基因进行GO与KEGG富集分析,发现金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到更强烈的选择,筛选到IL15、CCL3、CD180、AKT1、PPARGC1A、PRKAA1、FASN、PIK3R1等功能基因。【结论】金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化,金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到强烈选择。展开更多
为了解产热对动物免疫能力的影响,通过肩胛间褐色脂肪组织(interscapular brown adipose tissue,IBAT)切除术和低温处理,将雌性黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)随机分为常温假切组(warm BAT sham‑removed group,WS,n=5)、低温假切组(co...为了解产热对动物免疫能力的影响,通过肩胛间褐色脂肪组织(interscapular brown adipose tissue,IBAT)切除术和低温处理,将雌性黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)随机分为常温假切组(warm BAT sham‑removed group,WS,n=5)、低温假切组(cold BAT sham‑removed group,CS,n=7)和低温切除组(cold BAT removed group,CR,n=8),比较了产热和免疫器官大小及血液指标和免疫功能的差异。结果发现,切除IBAT或逐渐降温均不影响雌性黑线仓鼠的体质量和身体成分,但低温导致总脂肪质量下降。切除IBAT不影响肝脏、脾脏和胸腺等器官的鲜质量,提示器官水平产热和免疫之间无权衡关系,但逐渐降温增加了小肠鲜质量及长度、结肠鲜质量、总消化道长,暗示为满足低温下的高能量需求,其加工食物的能力和消化能力均有所增强。切除IBAT或逐渐降温不影响植物血球凝集素反应峰值,以及白细胞、淋巴细胞、中间粒细胞和中性粒细胞的数量。低温或切除IBAT不影响雌性黑线仓鼠的免疫功能。展开更多
番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)近年来在全球番茄产区快速发生蔓延,造成严重的经济损失。云南建水番茄上出现疑似ToBRFV感染的症状,并对周边番茄产区产生危害。本研究对云南建水田间疑似ToBRFV感染的番茄...番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)近年来在全球番茄产区快速发生蔓延,造成严重的经济损失。云南建水番茄上出现疑似ToBRFV感染的症状,并对周边番茄产区产生危害。本研究对云南建水田间疑似ToBRFV感染的番茄果实样品进行电子显微镜观察及RT-PCR检测鉴定,并进一步对分离株进行全基因组测序分析,构建系统进化树分析其与其它ToBRFV分离株的进化关系。结果表明,从感病的番茄果实上发现杆状病毒粒体,大小约18 nm×300 nm,具有烟草花叶病毒属病毒的典型形态特征;用ToBRFV特异性检测引物进行RT-PCR扩增得到591 bp目的片段,经NCBI blast比对,与ToBRFV具有最高一致率(达99%以上),将该分离株命名为ToBRFV-2022-JS(GenBank登录号:OR593752)。测序发现ToBRFV-2022-JS基因组全长6386 nt,具有4个ORFs,分别编码126 kDa和183 kDa复制酶,30 kDa运动蛋白MP和17.5 kDa外壳蛋白CP。进化树分析显示该分离株与ToBRFV银川分离株(GenBank登录号:OR500698.1)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致率为99.73%。上述结果表明云南建水番茄果实受到ToBRFV感染。该结果为ToBRFV在云南番茄产区的监测与防控提供了依据。展开更多
本研究对疑似番茄病毒病样本进行RT-PCR检测,并对扩增产物进行测序及系统进化分析,确认样本感染了番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)。染病番茄的种子中可检测到ToBRFV,而带毒种子长成的幼苗却检测不到ToBRFV...本研究对疑似番茄病毒病样本进行RT-PCR检测,并对扩增产物进行测序及系统进化分析,确认样本感染了番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)。染病番茄的种子中可检测到ToBRFV,而带毒种子长成的幼苗却检测不到ToBRFV,表明该病毒主要存在于种皮。利用10%的磷酸三钠对带毒种子进行消毒处理可以使病毒灭活。利用摩擦法对22份醋栗番茄进行苗期接种鉴定,获得了2份耐/抗ToBRFV的材料,可为抗性品种选育提供资源。展开更多
2024年3月在内蒙古自治区赤峰市发现了大量疑似感染番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)的叶片和果实,本研究利用ToBRFV的特异性引物ToBRFV-MP-F/R进行RT-PCR扩增,获得了798 bp的目的条带。根据测序结果进一步设...2024年3月在内蒙古自治区赤峰市发现了大量疑似感染番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)的叶片和果实,本研究利用ToBRFV的特异性引物ToBRFV-MP-F/R进行RT-PCR扩增,获得了798 bp的目的条带。根据测序结果进一步设计了4对特异性引物并克隆得到了ToBRFV的全长基因组序列。通过NCBI blast比对发现获得的ToBRFV全长序列与番茄褐色皱果病毒山东分离物(ToBRFV-SD)的基因组核苷酸序列一致率最高(99.86%)。经系统进化分析发现内蒙古ToBRFV(ToBRFV-NMG)与山东分离物(ToBRFV-SD)聚在同一分支上,亲缘关系较近,且与烟草花叶病毒属的其他病毒也具有较近的亲缘关系。致病性分析表明感染病毒的番茄叶片汁液能侵染本氏烟、辣椒和番茄,产生与番茄田间发病一致的皱缩、花叶和坏死等症状,且经检测与ToBRFV-NMG的基因序列一致。以上研究结果表明内蒙古番茄叶片和果实受到了ToBRFV侵染,这是关于内蒙古地区番茄被ToBRFV侵染的首次报道,为当地病毒病的监测和防控提供了依据。展开更多
【目的】预测番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)在中国的潜在地理分布,为其分布、扩散、监测、检疫与防控提供重要数据参考。【方法】基于ToBRFV在全球的分布位点与环境变量数据,经Pearson相关性分析筛选后,...【目的】预测番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)在中国的潜在地理分布,为其分布、扩散、监测、检疫与防控提供重要数据参考。【方法】基于ToBRFV在全球的分布位点与环境变量数据,经Pearson相关性分析筛选后,运用优化的MaxEnt物种分布模型预测当前环境条件下ToBRFV在中国的潜在地理分布,并结合刀切检验法(Jackknife)分析影响ToBRFV发生与分布的关键环境变量。【结果】ToBRFV在中国七大地理区域均有分布,高适生区主要分布于西南、西北东部和华北南部地区;中适生区主要分布于华东、华中和华南地区。月平均昼夜温差(Bio2)、温度季节性变化标准差(Bio4)、最湿季平均气温(Bio8)和最干季平均气温(Bio9)是影响ToBRFV发生与分布的关键环境变量,累计贡献率和置换重要性分别高达84.8%和89.1%。【结论】ToBRFV在中国的潜在地理分布区域较广,中高适生区主要集中在中国南部、中部和东部地区,应加强早期预测预警,防止ToBRFV进一步传播与扩散。展开更多
近几年,番茄褐色皱纹果病毒全球大暴发,已成为番茄生产上的重大威胁之一。番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)是烟草花叶病毒属(Tobamovirus)的新成员。ToBRFV的高度稳定性和多重传播途径使其防控异常困难,可...近几年,番茄褐色皱纹果病毒全球大暴发,已成为番茄生产上的重大威胁之一。番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)是烟草花叶病毒属(Tobamovirus)的新成员。ToBRFV的高度稳定性和多重传播途径使其防控异常困难,可导致番茄产量损失高达70%。随着全球番茄产业的规模化发展,种子和幼苗的国际流通加速了ToBRFV的跨境传播,目前全球已有包括中国在内的37个国家报道该病毒为害。综述了ToBRFV的分布现状、基因组特征、诊断技术、致病机制及综合防控策略的最新研究进展,旨在为番茄产业健康可持续发展及抗病育种提供理论参考。展开更多
文摘番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)是烟草花叶病毒属(Tobamovirus)中新发现的一种RNA病毒。该病毒于2014年首次在以色列被鉴定,随后在全球范围内快速扩散,目前已在亚洲、欧洲、美洲和非洲的多个国家和地区广泛分布,对番茄、辣椒等重要茄科作物的安全生产构成了严重威胁。与烟草花叶病毒属的其他成员相比,ToBRFV在运动蛋白区域具有独特的分子特征,使其能够突破番茄中常见的Tm-2等抗病毒基因,表现出更强的侵染能力。本文系统梳理了近年来国内外关于ToBRFV的研究进展,从ToBRFV的发生与传播、结构特征、检测鉴定、抗病研究、综合防治等研究进展方面进行了归纳总结,以期为人们认识病毒、有效防治病毒病提供参考。
文摘番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)可以侵染包括番茄在内的多种茄科作物,对番茄的产量和品质造成显著影响。本研究利用小RNA测序技术,从新疆喀什地区叶城县的番茄病样中检测到ToBRFV,将该分离物命名为ToBRFV-XJ,该病毒与南方番茄病毒(southern tomato virus,STV)、番茄花叶病毒(tomato mosaic virus,ToMV)复合侵染番茄。通过设计的特异性引物成功扩增了ToBRFV-XJ的基因组序列。基因组全长6264 nt,包括4个开放阅读框(ORFs),分别编码4个蛋白。系统发育分析表明,ToBRFV-XJ与山东(登录号:MT018320.1)和辽宁(登录号:OR437354.1)分离物具有较近的亲缘关系。本研究首次监测到了ToBRFV在新疆设施番茄上发生危害,对控制ToBRFV在新疆的扩散具有重要意义。
文摘【目的】对金定鸭与台湾褐色菜鸭进行选择信号分析,挖掘这2个蛋鸭品种在长期进化过程中受到强烈选择的重要经济性状相关候选基因,为揭示优异性状形成的遗传差异奠定基础。【方法】选取金定鸭和台湾褐色菜鸭各30只进行全基因组重测序,经过滤获取高质量单核苷酸多态性位点(SNPs)后,对其进行主成分分析(PCA),确定其遗传分化情况;然后采用群体遗传分化指数(Fst)和群体核酸多样性比值(πratio)2种方法综合筛选金定鸭和台湾褐色菜鸭的受选择信号,分析其遗传差异。【结果】金定鸭和台湾褐色菜鸭重测序分别获得5.68和5.59 Gb高质量数据,分别检测到152238286和155009562个SNPs,其SNP位点分布相似。主成分分析结果显示,金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化;以100 kb为窗口、10 kb为步长分别计算Fst与πratio值,将Fst top 5%(Fst>0.482)与πratio top 5%&bottom 5%(0<πratio≤0.47&πratio≥3.00)作为信号重叠区域,共注释到208个候选基因。对这208个候选基因进行GO与KEGG富集分析,发现金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到更强烈的选择,筛选到IL15、CCL3、CD180、AKT1、PPARGC1A、PRKAA1、FASN、PIK3R1等功能基因。【结论】金定鸭和台湾褐色菜鸭显著分化,金定鸭在免疫、脂质代谢、肌肉生长发育等方面受到强烈选择。
文摘为了解产热对动物免疫能力的影响,通过肩胛间褐色脂肪组织(interscapular brown adipose tissue,IBAT)切除术和低温处理,将雌性黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)随机分为常温假切组(warm BAT sham‑removed group,WS,n=5)、低温假切组(cold BAT sham‑removed group,CS,n=7)和低温切除组(cold BAT removed group,CR,n=8),比较了产热和免疫器官大小及血液指标和免疫功能的差异。结果发现,切除IBAT或逐渐降温均不影响雌性黑线仓鼠的体质量和身体成分,但低温导致总脂肪质量下降。切除IBAT不影响肝脏、脾脏和胸腺等器官的鲜质量,提示器官水平产热和免疫之间无权衡关系,但逐渐降温增加了小肠鲜质量及长度、结肠鲜质量、总消化道长,暗示为满足低温下的高能量需求,其加工食物的能力和消化能力均有所增强。切除IBAT或逐渐降温不影响植物血球凝集素反应峰值,以及白细胞、淋巴细胞、中间粒细胞和中性粒细胞的数量。低温或切除IBAT不影响雌性黑线仓鼠的免疫功能。
文摘本研究对疑似番茄病毒病样本进行RT-PCR检测,并对扩增产物进行测序及系统进化分析,确认样本感染了番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)。染病番茄的种子中可检测到ToBRFV,而带毒种子长成的幼苗却检测不到ToBRFV,表明该病毒主要存在于种皮。利用10%的磷酸三钠对带毒种子进行消毒处理可以使病毒灭活。利用摩擦法对22份醋栗番茄进行苗期接种鉴定,获得了2份耐/抗ToBRFV的材料,可为抗性品种选育提供资源。
文摘2024年3月在内蒙古自治区赤峰市发现了大量疑似感染番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)的叶片和果实,本研究利用ToBRFV的特异性引物ToBRFV-MP-F/R进行RT-PCR扩增,获得了798 bp的目的条带。根据测序结果进一步设计了4对特异性引物并克隆得到了ToBRFV的全长基因组序列。通过NCBI blast比对发现获得的ToBRFV全长序列与番茄褐色皱果病毒山东分离物(ToBRFV-SD)的基因组核苷酸序列一致率最高(99.86%)。经系统进化分析发现内蒙古ToBRFV(ToBRFV-NMG)与山东分离物(ToBRFV-SD)聚在同一分支上,亲缘关系较近,且与烟草花叶病毒属的其他病毒也具有较近的亲缘关系。致病性分析表明感染病毒的番茄叶片汁液能侵染本氏烟、辣椒和番茄,产生与番茄田间发病一致的皱缩、花叶和坏死等症状,且经检测与ToBRFV-NMG的基因序列一致。以上研究结果表明内蒙古番茄叶片和果实受到了ToBRFV侵染,这是关于内蒙古地区番茄被ToBRFV侵染的首次报道,为当地病毒病的监测和防控提供了依据。
文摘【目的】预测番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)在中国的潜在地理分布,为其分布、扩散、监测、检疫与防控提供重要数据参考。【方法】基于ToBRFV在全球的分布位点与环境变量数据,经Pearson相关性分析筛选后,运用优化的MaxEnt物种分布模型预测当前环境条件下ToBRFV在中国的潜在地理分布,并结合刀切检验法(Jackknife)分析影响ToBRFV发生与分布的关键环境变量。【结果】ToBRFV在中国七大地理区域均有分布,高适生区主要分布于西南、西北东部和华北南部地区;中适生区主要分布于华东、华中和华南地区。月平均昼夜温差(Bio2)、温度季节性变化标准差(Bio4)、最湿季平均气温(Bio8)和最干季平均气温(Bio9)是影响ToBRFV发生与分布的关键环境变量,累计贡献率和置换重要性分别高达84.8%和89.1%。【结论】ToBRFV在中国的潜在地理分布区域较广,中高适生区主要集中在中国南部、中部和东部地区,应加强早期预测预警,防止ToBRFV进一步传播与扩散。
文摘近几年,番茄褐色皱纹果病毒全球大暴发,已成为番茄生产上的重大威胁之一。番茄褐色皱纹果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)是烟草花叶病毒属(Tobamovirus)的新成员。ToBRFV的高度稳定性和多重传播途径使其防控异常困难,可导致番茄产量损失高达70%。随着全球番茄产业的规模化发展,种子和幼苗的国际流通加速了ToBRFV的跨境传播,目前全球已有包括中国在内的37个国家报道该病毒为害。综述了ToBRFV的分布现状、基因组特征、诊断技术、致病机制及综合防控策略的最新研究进展,旨在为番茄产业健康可持续发展及抗病育种提供理论参考。
