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姜荷花不同温度影响的转录组功能注释分析
1
作者 何雪娇 余智城 林金水 《分子植物育种》 北大核心 2025年第20期6696-6703,共8页
对不同温度影响下的姜荷花进行了转录组测序,Q20均达99.97%及以上,Q30均达96%以上,GC占比均达43%,reads的平均回帖率皆高于98%,unigene的N50为1554 nt,中间长度为590 nt,平均长度为1001.57 nt,总组装底座为73195068 nt,可见测序数据质... 对不同温度影响下的姜荷花进行了转录组测序,Q20均达99.97%及以上,Q30均达96%以上,GC占比均达43%,reads的平均回帖率皆高于98%,unigene的N50为1554 nt,中间长度为590 nt,平均长度为1001.57 nt,总组装底座为73195068 nt,可见测序数据质量较高。与各数据库比对注释的结果:27071条(NR:82.96%)、18755条(NT:57.47%)、22602条(Swiss-Prot:69.26%)、25633条(Pfam:78.55%)、27097条(eggNOG:83.04%)、16320条(GO:50.01%)、11220条(KEGG:34.38%)获得功能注释。在eggNOG注释中可分为23个功能组,共注释到的unigene有25537条,其中信号转导机制注释到的unigene最多为3572条,占比为13.99%。GO数据库中可注释到MF、CC、BP这3个功能信息,共注释到的unigene有38476条,包含35个功能组,其中结合、催化活性、细胞过程、代谢过程、细胞解剖实体占比较大。KEGG数据库中共注释的unigene为11589条,分为5大板块,包含功能组32个,其中信号转导、碳水化合物代谢、翻译、运输和分解代谢占比较大。本研究结果为姜荷花的温度响应机理及调控提供理论依据,并为姜荷花的抗性育种提供参考。 展开更多
关键词 姜荷花 温度 转录组 功能注释
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不同白粉病抗性的甜瓜转录组SNP/InDel位点的挖掘及其功能注释
2
作者 曹燕燕 刁倩楠 +2 位作者 姚东伟 陆世钧 张永平 《分子植物育种》 北大核心 2025年第14期4599-4611,共13页
为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转... 为分析不同白粉病抗性的甜瓜的SNP/InDel信息,本研究以甜瓜白粉病抗病亲本wm-6和易感亲本12D-1为试验材料,利用转录组测序技术对其SNP/InDel位点进行鉴定,并进一步利用GO、KOG和KEGG数据库对SNP/InDel位点所在基因进行功能注释分析。转录组数据共鉴定到32980个SNP和2431个InDel位点,在所有变异类型中,以C/T和A/G发生频率最高;分别有2956、4073和2997条SNP/InDel-unigenes序列的功能在GO、KOG和KEGG数据库得到注释,注释到“代谢途径”的SNP/InDel-unigenes最多,其次依次为“次级代谢产物的生物合成”、“核糖体”、“氨基酸的生物合成”和“碳代谢”;KEGG注释分析显示共246条SNP/InDel-unigenes注释到“植物激素信号转导”通路、“植物-病原菌互作”通路、“植物MAPK信号”通路以及“苯丙烷类生物合成”通路。本研究为发掘甜瓜白粉病抗病相关SNP/InDel位点及抗病相关基因提供了新的数据来源。 展开更多
关键词 甜瓜 白粉病 转录组 SNP/InDel 功能注释
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基于转录组测序的中华绒螯蟹生长发育相关SNP位点挖掘及功能注释
3
作者 李青 李丽娟 葛传龙 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第9期162-172,共11页
为深入探讨中华绒螯蟹的生长发育机制,基于三龄性成熟蟹和二龄性成熟蟹的肝胰腺样本,获得高质量的转录组数据。通过数据分析,对单核苷酸多态性(SNP)位点进行鉴定和分析,以筛选出与中华绒螯蟹生长发育相关的功能基因。结果显示,中华绒螯... 为深入探讨中华绒螯蟹的生长发育机制,基于三龄性成熟蟹和二龄性成熟蟹的肝胰腺样本,获得高质量的转录组数据。通过数据分析,对单核苷酸多态性(SNP)位点进行鉴定和分析,以筛选出与中华绒螯蟹生长发育相关的功能基因。结果显示,中华绒螯蟹的转录组中存在441 138个SNP位点,分布在22 640条SNP-Unigene上,其中发生转换的SNP数量显著多于颠换,二者的比值远>2,表明在进化过程中,转换突变可能对中华绒螯蟹的适应性和生长发育起到重要作用。SNP位点中以C-T、T-A、G-A、A-T等4种突变类型的数量较为丰富,进一步揭示该物种基因组的突变特征。功能注释结果表明,22 640条SNP-Unigene被注释,其中有8 671条被注释到代谢过程、细胞解剖实体和胞内区等29个GO注释,7 544条被注释到信号转导、免疫系统、内分泌系统等34条KEGG通路中,指示它们在生长发育及免疫反应中的潜在功能。通过转录组差异表达基因分析和KEGG通路注释,筛选出大量与中华绒螯蟹生长发育相关的候选基因。研究结果不仅可丰富中华绒螯蟹的分子标记类型,还可为其遗传育种、生长发育及免疫研究提供重要的数据参考。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 生长发育 转录组测序 单核苷酸多态性 功能注释
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酿酒功能菌的基因组测序及基因功能注释 被引量：2
4
作者 麻静静 李惠源 +2 位作者 高文静 韩英 贾丽艳 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第5期214-222,共9页
为挖掘库德毕赤酵母FJZ在清香型白酒酿造过程中的代谢机制,基于Illumina Novaseq和PacBio测序平台对菌株FJZ进行基因组测序,将测序数据在碳水化合物活性酶(CAZy)数据库进行比对,并通过GO、KOG和KEGG数据库进行基因功能注释。CAZy分析表... 为挖掘库德毕赤酵母FJZ在清香型白酒酿造过程中的代谢机制,基于Illumina Novaseq和PacBio测序平台对菌株FJZ进行基因组测序,将测序数据在碳水化合物活性酶(CAZy)数据库进行比对,并通过GO、KOG和KEGG数据库进行基因功能注释。CAZy分析表明:菌株FJZ具有催化酚类化合物转化合成芳香化合物的香草醇氧化酶(VAO)活性,具有羧酸酯酶催化合成和分解乙酸乙酯、乳酸乙酯的能力,具有甘露糖转移酶催化甘露糖转移到底物生成多萜寡糖的前体的能力等。在GO数据库共注释分子功能类别的基因6320个,具有转移烷基或芳基、糖基、酰基等与酯合成相关的转移酶活性。在KEGG的7类功能数据库中共注释基因7815个,其中代谢相关的基因有1406个,萜类和聚酮类物质代谢相关的基因30个。在KOG共注释到基因3704个,辅酶运输和代谢相关的基因83个等。本研究为清香型白酒酿造过程中酶系的研究,以及白酒风味物质形成机理和酒醅功能菌结构探索提供参考依据。 展开更多
关键词 库德毕赤酵母 CAZy分析 功能注释 酶活性
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生防菌株森吉木霉M75基因功能注释
5
作者 张铭 谢宪 +4 位作者 程元 王瑞珍 刘东焕 张星耀 梁军 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2024年第5期160-168,共9页
[目的]本研究旨在解析对松枯梢病原菌Sphaeropsis sapinea具有强拮抗活性的生防菌株森吉木霉Trichoderma songyi M75的基因组基本信息。[方法]采用Illumina NovaSeq PE 150为依托的第二代测序技术对森吉木霉M75菌株进行基因组测序。[结... [目的]本研究旨在解析对松枯梢病原菌Sphaeropsis sapinea具有强拮抗活性的生防菌株森吉木霉Trichoderma songyi M75的基因组基本信息。[方法]采用Illumina NovaSeq PE 150为依托的第二代测序技术对森吉木霉M75菌株进行基因组测序。[结果]M75菌株全基因组总长34483860 bp,GC含量49.50%,与木霉属真菌特征相吻合。在GO数据库中,森吉木霉M75共注释了28494个基因;在KEGG数据库中有8192个基因富集在KEGG中的383条不同的在三级代谢通路中,主要集中表现在代谢途径通路(848个)、次生代谢产物的生物合成通路(330个)、抗生素的生物合成(243个)、微生物代谢通路(240个)、氨基酸的生物合成(118个)、碳代谢通路(112个)等相关的代谢与次生代谢产物合成通路中;共有2184个基因在KOG数据库中获得蛋白功能注释;在碳水化合物活性酶CAZy数据库中,共注释了259个糖苷水解酶GHs基因,105个糖基转移酶GTs基因,7个多糖裂解酶PLs基因,21个糖类脂解酶CEs基因,54个糖类结合组件CBMs基因。森吉木霉M75全基因组中共包含41个基因簇,451个基因,多数与次级代谢产物的合成相关。[结论]本研究首次获得了生防真菌森吉木霉的基因组序列信息,为木霉的遗传信息、抑菌机制及抑菌物质的代谢通路等研究提供了数据支持和重要参考。 展开更多
关键词 森吉木霉 基因组 基因功能注释 次级代谢
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基于高通量测序的青花菜早期发育小孢子转录组分析与基因功能注释 被引量：13
6
作者 张振超 姚悦梅 +3 位作者 毛忠良 孙国胜 秦文斌 戴忠良 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期848-855,共8页
为探明青花菜小孢子胚胎发育的分子生物学机制,本研究利用Illumina Hi Seq TM 2000平台对在32.5℃环境下分别培养17 h和24 h以及25℃环境下分别培养0、1和6 d的小孢子进行转录组分析及基因功能注释。结果表明,共获得174 324条Unigenes,... 为探明青花菜小孢子胚胎发育的分子生物学机制,本研究利用Illumina Hi Seq TM 2000平台对在32.5℃环境下分别培养17 h和24 h以及25℃环境下分别培养0、1和6 d的小孢子进行转录组分析及基因功能注释。结果表明,共获得174 324条Unigenes,其中有144 194条注释到GO、COG、KEGG、NR、Swissprot和Pfam数据库。GO注释显示,小孢子差异表达基因在细胞部分、细胞和细胞器、结合和催化活性、代谢过程、细胞过程和单一生物过程功能亚类中所占比较最高;功能分类中一般功能预测(R)、复制、重组与修复(L)、转录(K)、信号转导机制(T)和翻译后修饰、蛋白质周转、分子伴侣(O)在COG同源分类所占比例最高;KEGG注释结果表明,热击后小孢子差异基因最显著富集通路为内质网蛋白加工代谢途径、植物病原互作及植物激素信号转导剪接体途径。本试验结果为进一步深入研究青花菜小孢子胚胎发生的生理生化和分子机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 小孢子胚胎发育 差异表达基因 转录组 基因功能注释
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后基因组时代的基因组功能注释 被引量：33
7
作者 解涛 梁卫平 丁达夫 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第2期166-170,共5页
基因组功能注释是后基因组时代功能基因组学研究的热点领域 .从基因组功能注释的研究内容与研究手段出发 ,重点综述了生物信息学在该领域方法学上的研究进展 ,并展望了今后的发展前景 .
关键词 基因组功能注释 后基因组时代 人类基因组计划
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芒果果实转录组数据组装及基因功能注释 被引量：8
8
作者 武红霞 许文天 +4 位作者 罗纯 姚全胜 王松标 马小卫 詹儒林 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2016年第11期2191-2198,共8页
以红芒6号为试材,对生长发育各时期果皮与果肉样品提取RNA后等量混合进行转录组测序,共获得了68 419 722个reads,包含6 157 744 980个核苷酸序列信息,平均读长90 bp,序列信息全部登陆NCBI数据库(SRP035450)。对reads进行拼接,共获得124 ... 以红芒6号为试材,对生长发育各时期果皮与果肉样品提取RNA后等量混合进行转录组测序,共获得了68 419 722个reads,包含6 157 744 980个核苷酸序列信息,平均读长90 bp,序列信息全部登陆NCBI数据库(SRP035450)。对reads进行拼接,共获得124 002个Contig片段,进一步组装获得54 207个Unigene片段,平均长度为838 bp,阈值小于10-5的序列中共有42 515(78.43%)个unigenes被注释到公共蛋白数据库。其中,35 198个被注释到生物学过程、分子功能和细胞组分GO类别的44个功能组,14 619个Unigene匹配到25类COG功能组,23 741个Unigene被富集到128个KEGG代谢通路,包括代谢途径、次生代谢的生物合成、植物-病原物互作、植物激素信号转导、苯丙氨酸生物合成、淀粉和蔗糖代谢、类黄酮类化合物合成等。本研究将为进一步的芒果功能基因克隆、基因表达分析、分子标记开发等研究奠定基础。 展开更多
关键词 芒果 转录组 功能注释
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朱顶红转录组De novo数据及功能注释分析 被引量：6
9
作者 黄宝华 蔡家珍 +2 位作者 张梓浩 林玉玲 赖钟雄 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第2期432-440,共9页
本研究利用Illumina高通量测序技术对PP333处理的朱顶红进行了RNA-seq测序,共获得26.91 Gb的数据,对其进行过滤去冗余后得到Unigene 106 684个,总长度为92 002 803 bp,平均长度为862 bp,N50为1 494 bp,GC含量为42.47%,Q20均达98%以上,... 本研究利用Illumina高通量测序技术对PP333处理的朱顶红进行了RNA-seq测序,共获得26.91 Gb的数据,对其进行过滤去冗余后得到Unigene 106 684个,总长度为92 002 803 bp,平均长度为862 bp,N50为1 494 bp,GC含量为42.47%,Q20均达98%以上,表明测序质量较好。根据七大功能数据库比对结果,分别有53 853 (NR:50.48%)、29 732 (NT:27.87%)、35 889 (SwissProt:33.64%)、42 221 (KOG:39.58%)、40 258(KEGG:37.74%)、12 186 (GO:11.42%)以及42 559 (InterPro:39.89%)个Unigene获得功能注释。根据Nr注释结果,可匹配到物种为油棕、海枣、小果野芭蕉、莲等。在KOG注释中通用功能和预测占比最高。按GO功能分类,可分为生物过程、细胞组成、分子功能三类,52个分支,大量Unigene与代谢过程、细胞过程及单生物过程相关。按照KEGG功能分类,分为6类,21个功能组,大量Unigene与代谢相关,占比60.39%。本研究结果为朱顶红的矮化机理研究及其基因挖掘提供依据。 展开更多
关键词 朱顶红(Hippeastrum vittatum) 转录组 De novo 功能注释
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青钱柳叶片转录组数据组装及基因功能注释 被引量：5
10
作者 蒋向辉 苑静 王翔 《华中师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2018年第6期822-831,共10页
青钱柳是一种民间常用中药,青钱柳叶中有多种生物活性的次生代谢物,如有机酸、黄酮类、皂苷类、铱类、精油、无机元素等,但对于青钱柳次生代谢产物合成的分子机制仍未见有报道.使用Illumina公司Hiseq 4000平台对青钱柳叶进行转录组测序,... 青钱柳是一种民间常用中药,青钱柳叶中有多种生物活性的次生代谢物,如有机酸、黄酮类、皂苷类、铱类、精油、无机元素等,但对于青钱柳次生代谢产物合成的分子机制仍未见有报道.使用Illumina公司Hiseq 4000平台对青钱柳叶进行转录组测序,对reads进行拼接,得到50126个unigenes平均长度为1 247bp,有19 875 (39.65%)unigenes由NCBI非冗余数据库进行注释的,23 716 (47.31%)unigenes被注释到GO数据库,14 950个(29.82%)unigenes匹配到COG功能组.进一步的分析结果显示,6 012 (11.20%)个unigenes被富集到254个KEGG代谢通路,其中1 212个unigenes参与了次生代谢产物的生物合成,并且发现126个unigenes参与异戊二烯代谢,包括萜烯类、香茅醛、呋喃酮、苷的代谢途径.此外,总共检测到21 089个简单序列重复(SSRs).通过对老叶与嫩叶的转录组比较分析结果显示,在青钱柳不同生长发育时期的叶片中,基因表达上调占主异作用的过程主要涉及萜类和多肽的代谢、辅酶和维生素的代谢和氨基酸代谢,而基因表达下调占主异作用的过程主要涉及信号传输、类脂物代谢与能量代谢.该转录组数据可为青钱柳重要生物活性成分的生物合成和调控提供参考. 展开更多
关键词 青钱柳 转录组 功能注释
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不同花色印度野牡丹转录组功能注释和分析 被引量：3
11
作者 林艺华 吴小斌 +2 位作者 郑涛 林宗铿 陈振东 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第6期2133-2138,共6页
印度野牡丹(Melastoma malabathricum)属于野牡丹科野牡丹属,是双子叶有花植物,具有优良的观赏价值和药用价值,在未来的城乡绿化中具有较大的应用潜力和景观贡献力。本研究以粉色和白色的印度野牡丹为材料,采用RNA-seq转录组测序获得54 ... 印度野牡丹(Melastoma malabathricum)属于野牡丹科野牡丹属,是双子叶有花植物,具有优良的观赏价值和药用价值,在未来的城乡绿化中具有较大的应用潜力和景观贡献力。本研究以粉色和白色的印度野牡丹为材料,采用RNA-seq转录组测序获得54 725条Unigene,并分别通过Nr、SwissProt、KOG和KEGG 4个数据库分别进行同源比对和功能注释,其中有11 319条Unigenes在4个数据库中都注释到了相应的功能基因。GO注释到123 355个Unigenes分为3个本体49个功能组,KEGG注释到7 880条Unigenes涉及129种代谢途径,其中部分Unigene涉及花色素合成途径、类黄酮合成途径、类胡萝卜素等合成途径。这些研究结果为后续深入开展印度野牡丹花青素等物质代谢合成途径及相关基因研究奠定基础。 展开更多
关键词 印度野牡丹 花色 转录组 功能注释
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扇贝“渤海红”与墨西哥湾扇贝转录组SSR信息分析及unigene功能注释 被引量：8
12
作者 谭杰 姚高友 +2 位作者 刘志刚 刘付少梅 陶雅晋 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期5242-5250,共9页
墨西哥湾扇贝是中国南方海域养殖的重要经济贝类,由于连续累代养殖,种质退化严重,扇贝“渤海红”为山东省近几年培育的国家级新品种,性状优势明显。课题组从北方引进扇贝“渤海红”拟与南方墨西哥湾扇贝进行育成杂交,创新墨西哥湾扇贝... 墨西哥湾扇贝是中国南方海域养殖的重要经济贝类,由于连续累代养殖,种质退化严重,扇贝“渤海红”为山东省近几年培育的国家级新品种,性状优势明显。课题组从北方引进扇贝“渤海红”拟与南方墨西哥湾扇贝进行育成杂交,创新墨西哥湾扇贝种质资源。本研究利用MISA软件对两种扇贝转录组测序获得的unigene序列进行检索,开发SSR标记,同时对SSR位点的生物学信息进行分析,对含SSR的unigene进行功能和KEGG代谢通路注释,并利用primer5软件设计SSR引物。结果显示:扇贝“渤海红”转录组中平均8.27kb出现1个SSR,出现频率为0.11,检索到的11512个SSR分布于9681条unigene上,涉及到137种重复基元,二核苷酸SSR数最多(5469),占比为46.66%,其次是单核苷酸(4039),占比为34.46%。墨西哥湾扇贝转录组中,共发现12241个SSR位点,分布于10362条unigene序列上,平均8.78kb出现1个SSR,出现频率为0.10,共包含140种重复基元,SSR重复类型以二核苷酸为主,占SSR总数的45.61%。两种扇贝转录组SSR的重复次数主要集中在5~10次。A/T、AT和ATC/ATG分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元。两种扇贝转录组中共筛选出33个含SSR的生长相关unigene,且被注释到KEGG代谢通路的含特异SSR的unigene全部富集在新陈代谢和遗传信息处理两大一级通路中。两种扇贝SSR标记的开发,为杂交双亲遗传差异分析、杂交子代鉴定和杂种优势预测等奠定了分子辅助育种基础。 展开更多
关键词 转录组 SSR 墨西哥湾扇贝 扇贝“渤海红” 功能注释
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砂梨果皮转录组SNP位点发掘及其功能注释分析 被引量：15
13
作者 周贺 李浩男 +1 位作者 蔡斌华 乔玉山 《青岛农业大学学报（自然科学版）》 2014年第2期105-111,共7页
从褐色砂梨品种‘黄花’(Pyrus pyrifolia Nakai‘Huanghua’)色泽形成期的果皮转录组数据开发SNP分子标记。检测了75764条unigene(总长度55676271bp)序列信息后,在25589条unigene(33.77%)中共发现SNP位点162048个,SNP发生频率为1/344bp... 从褐色砂梨品种‘黄花’(Pyrus pyrifolia Nakai‘Huanghua’)色泽形成期的果皮转录组数据开发SNP分子标记。检测了75764条unigene(总长度55676271bp)序列信息后,在25589条unigene(33.77%)中共发现SNP位点162048个,SNP发生频率为1/344bp,其中转换(transition)102342个,颠换(transversion)59706个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达31.66%和31.50%。为进一步对得到的SNP所在基因功能进行分析,将包含SNP位点的25589条unigene序列注释到GenBank Nr蛋白数据库、Nt核苷酸数据库和Swiss-prot数据库中,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGG pathway),结合已有研究,筛选到1178个可能与果皮色泽形成相关的SNP标记。 展开更多
关键词 '黄花’梨 转录组 单核苷酸多态性 功能注释 色泽形成
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家蚕黑胸败血芽孢杆菌基因组测序及结构分析和功能注释 被引量：2
14
作者 程廷才 林平 +3 位作者 金盛凯 付博华 龙仁文 夏庆友 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1036-1043,共8页
黑胸败血芽孢杆菌(Bacillus bombyseptieus)是家蚕细菌性败血病的常见病原之一。在获得黑胸败血芽孢杆菌基因组完成图的基础上,对该菌株的基因组测序、基因组序列结构特征以及基因功能注释等信息进行分析。该菌株的基因组测序数据量达到... 黑胸败血芽孢杆菌(Bacillus bombyseptieus)是家蚕细菌性败血病的常见病原之一。在获得黑胸败血芽孢杆菌基因组完成图的基础上,对该菌株的基因组测序、基因组序列结构特征以及基因功能注释等信息进行分析。该菌株的基因组测序数据量达到2.1 Gb,基因组覆盖度超过360倍,基因组组装大小为5.87 Mb,包含2个复制子——1个核基因组(5 295.783 kb)和1个质粒基因组(577.809 kb);基因组重复序列比率为1.179 2%,包含136个非编码RNA和5 298个编码基因。测序得到的基因组数据通过KEGG和COG数据库进行功能注释,主要与物质转运、氨基酸代谢、碳水化合物代谢等相关。基因组共线性分析表明黑胸败血芽孢杆菌与芽孢杆菌属细菌的亲缘关系较近。该研究结果将为鉴定黑胸败血芽孢杆菌的毒力因子以及研究其致病机制和与宿主的相互作用提供重要数据支撑。 展开更多
关键词 家蚕细菌病 黑胸败血芽孢杆菌 基因组 测序 序列结构 功能注释 共线性
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向日葵锈菌转录组SNP位点挖掘及所在基因功能注释 被引量：6
15
作者 王妍 景岚 李鑫淳 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期92-98,共7页
为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr、Nt注释、GO分类、COG分类、K... 为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr、Nt注释、GO分类、COG分类、KEGG代谢通路注释与PHI比对。结果发现,共有29 966个SNP位点分别分布在8 321条Unigene上,SNP发生的频率为1/2 764 bp,其中转换19 599个,颠换10 367个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达32.80%和32.60%。注释结果表明,分别有79.46%,43.00%的序列被注释到Nr、Nt数据库中,基因中涉及最多的为遗传信息过程通路,以翻译为主;最后将这些含SNP Unigene与病原菌寄主互作数据库PHI比对,共筛选到961条可能与向日葵锈菌致病性相关的含SNP的序列,因而认为,锈菌的致病性是由真菌细胞壁修饰蛋白和潜在的致病效应蛋白所致。结果可为以后进一步开发SNP遗传多态性、遗传图谱的构建提供理论依据,为研究向日葵锈菌毒力与功能奠定基础,并对向日葵的抗病育种研究具有重大意义。 展开更多
关键词 向日葵锈菌 转录组 单核苷酸多态性 功能注释
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树鼩脂肪转录组SNP位点发掘及其功能注释 被引量：2
16
作者 罕园园 孙晓梅 +6 位作者 匡德宣 陆彩霞 仝品芬 王文广 李娜 余波 代解杰 《实验动物科学》 2016年第3期13-19,共7页
从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记。检测了6只动物共计274 278 568条unigene(总长度43 138 417 bp)序列信息后,在262 980条unigene(5.75%)中发现SNP位点263 071个,SNP发生频率为1/164 bp,其中转换(transition)177 562... 从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记。检测了6只动物共计274 278 568条unigene(总长度43 138 417 bp)序列信息后,在262 980条unigene(5.75%)中发现SNP位点263 071个,SNP发生频率为1/164 bp,其中转换(transition)177 562个,颠换(transversion)85 509个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85%和33.66%。将包含SNP位点的262 980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1 187个有GO注释、77个有COG注释和1 080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记。 展开更多
关键词 树鼩 转录组 单核苷酸多态性 功能注释
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基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释 被引量：2
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作者 刘小红 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期27-32,共6页
以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经mRNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长... 以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经mRNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5914711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236130个全长非嵌合读段(reads)和97626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61057个全长一致性读段(unigenes),其中有54099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60%;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144~6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族。 展开更多
关键词 水杉 单分子测序技术 全长转录组 基因 功能注释
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基因功能注释——后基因组时代面临的挑战 被引量：2
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作者 王行国 《世界科技研究与发展》 CSCD 2007年第1期9-12,共4页
在已经解序的、数以百计的生物基因组中,存在大量编码未知功能蛋白的基因序列。同时,众多已知功能的酶蛋白在解序的基因组中找不到对应的基因。确定未知功能基因的功能和寻找孤儿酶对应的基因是后基因组时代面临的极具挑战性的科学任务... 在已经解序的、数以百计的生物基因组中,存在大量编码未知功能蛋白的基因序列。同时,众多已知功能的酶蛋白在解序的基因组中找不到对应的基因。确定未知功能基因的功能和寻找孤儿酶对应的基因是后基因组时代面临的极具挑战性的科学任务。本文综合讨论了目前基因组中基因功能注释存在的问题及解决这些问题的策略与方法。 展开更多
关键词 基因功能注释 未知功能基因 孤儿酶
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基于高通量测序的慈竹笋转录组分析与基因功能注释 被引量：5
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作者 陈宇鹏 曹颖 +4 位作者 胡尚连 黄艳 卢学琴 徐刚 龙治坚 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1610-1623,共14页
慈竹是我国四川当地的优势丛生竹种之一,其纤维长度和质量较优异,是造纸、纺织等工业的良好原料。本文利用Illumina Hi SeqTM 2000平台,对10、50、100和150 cm高的慈竹笋进行转录组分析,共得到69.28 M条读长(Reads),经从头拼接、组装和... 慈竹是我国四川当地的优势丛生竹种之一,其纤维长度和质量较优异,是造纸、纺织等工业的良好原料。本文利用Illumina Hi SeqTM 2000平台,对10、50、100和150 cm高的慈竹笋进行转录组分析,共得到69.28 M条读长(Reads),经从头拼接、组装和聚类后得到111 137条非重复序列基因Unigene,其中共有63 094条注释到COG、GO、KEGG、Swiss-Prot和Nr数据库中。这些Unigene不仅具有一般的功能,如转录和信号转导等,还涉及到蔗糖转运与代谢、次级代谢产物及细胞壁的生物合成等方面。不同高度慈竹笋的纤维素合成酶基因存在差异表达,发现了可能调控慈竹生长发育以及纤维素和木质素生物合成的相关基因,为慈竹品种改良提供一定的理论基础。 展开更多
关键词 慈竹 转录组 高通量测序 功能注释
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基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释 被引量：6
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作者 齐超 谢岩 +5 位作者 吴晓平 姜力 刘剑锋 孙东晓 张勤 张沅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期872-877,共6页
前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体,采用Illumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)2种统计分析方法共同检测到35个显著SNPs位点。本研究旨在基于该GWAS结... 前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体,采用Illumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)2种统计分析方法共同检测到35个显著SNPs位点。本研究旨在基于该GWAS结果进一步对产奶性状基因进行鉴定及功能注释。基于牛基因组序列草图(Btau4.2),采用生物信息学和比较基因组学方法进行显著SNPs位置候选基因筛查和功能预测。分析发现,12个SNPs位点位于基因内部,23个位于基因侧翼,最终鉴定到28个位置候选基因,并确定了其物理位置、基因类型及潜在功能。基因功能可归纳为6种类型:调节机体营养成分代谢和平衡、细胞骨架或基质成分、调节细胞增殖和周期及凋亡、参与细胞信号转导和盐离子通道构成、具有激酶活性、参与mRNA转录调控或翻译调控。该研究为进一步鉴定中国荷斯坦牛产奶性状主效基因及功能验证打下了基础。 展开更多
关键词 中国荷斯坦牛 全基因组关联分析 产奶性状 功能注释
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