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沙生蜡菊qRT-PCR内参基因筛选与验证
1
作者 刘欣欣 赖成霞 +1 位作者 谷玉风 葛风伟 《新疆师范大学学报(自然科学版)》 2026年第1期74-82,共9页
从沙生蜡菊转录组数据中选择5个管家基因(ACT1、ACT7、CYP、HIS、TUB)作为候选内参基因,使用qRT-PCR检测候选内参基因在沙生蜡菊不同组织和冻害胁迫下的表达水平,使用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对其稳定性进行评估,筛... 从沙生蜡菊转录组数据中选择5个管家基因(ACT1、ACT7、CYP、HIS、TUB)作为候选内参基因,使用qRT-PCR检测候选内参基因在沙生蜡菊不同组织和冻害胁迫下的表达水平,使用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对其稳定性进行评估,筛选合适内参基因。以沙生蜡菊HaWRKY基因作为靶标基因,验证内参基因稳定性。结果表明,HaCYP和HaHIS在沙生蜡菊组织中稳定表达;HaHIS在冻害胁迫后稳定表达;综上所述,HaHIS可作为沙生蜡菊内参基因。本研究获得沙生蜡菊合适内参基因,为沙生蜡菊基因表达分析提供了可靠的技术支持,同时为深入研究其响应冻害分子机制和次生代谢调控奠定了基础。 展开更多
关键词 沙生蜡菊 内参基因 QRT-PCR 基因表达分析
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花椰菜实时荧光定量PCR内参基因的筛选与评价 被引量：1
2
作者 林珲 裘波音 +2 位作者 张前荣 李大忠 温庆放 《分子植物育种》 北大核心 2025年第1期105-112,共8页
为筛选适合花椰菜稳定表达的内参基因,利用实时荧光定量PCR技术,分析检测9个候选内参基因ACT1、ACT2、ACT7、TUB、EF-1α、EF-1β、GAPDH、UBQ和HIS在花椰菜不同组织、不同品种和花球不同发育时期处理下mRNA的表达稳定性。利用3个数据... 为筛选适合花椰菜稳定表达的内参基因,利用实时荧光定量PCR技术,分析检测9个候选内参基因ACT1、ACT2、ACT7、TUB、EF-1α、EF-1β、GAPDH、UBQ和HIS在花椰菜不同组织、不同品种和花球不同发育时期处理下mRNA的表达稳定性。利用3个数据分析软件(geNorm,NormFinder和BestKeeper)综合评价9个候选内参基因的表达稳定性。结果表明,在花椰菜不同组织、不同品种和花球不同发育时期处理下,候选内参基因的表达稳定性存在差异。ACT2和EF-1α在不同组织处理下表达最为稳定;ACT7和TUB在不同品种处理下表达稳定性最好;ACT7和GAPDH在花球不同发育时期处理下被筛选为最合适的内参基因组合。结果表明,在特定条件下,获得合适的内参基因为花椰菜新基因表达分析的准确性提供了保障,并为十字花科芸薹属植物关键基因的挖掘提供了有益的参考。 展开更多
关键词 花椰菜 内参基因 实时荧光定量PCR
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桔梗不同花色实时定量PCR内参基因的筛选及验证
3
作者 马璐琳 段青 +5 位作者 王祥宁 杜文文 贾文杰 李想 崔光芬 王继华 《分子植物育种》 北大核心 2025年第18期6234-6242,共9页
为了筛选适用于桔梗类黄酮/花青素苷合成途径基因表达情况RT-qPCR分析的内参基因,本研究根据已完成的桔梗蓝、紫、白3种花色花器官的转录组测序结果,选取了水通道蛋白基因(aquaporin,AQP)、微管蛋白基因(α-tubulin,α-TUB)、肌动蛋白基... 为了筛选适用于桔梗类黄酮/花青素苷合成途径基因表达情况RT-qPCR分析的内参基因,本研究根据已完成的桔梗蓝、紫、白3种花色花器官的转录组测序结果,选取了水通道蛋白基因(aquaporin,AQP)、微管蛋白基因(α-tubulin,α-TUB)、肌动蛋白基因(β-actin,β-ACT)、磷酸甘油醛脱氢酶基因(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、亲环蛋白基因(cyclophilin,CYP)、转录延伸因子基因(elongation factor 1-α,EF-1α)、组蛋白基因(histone,HIS)、60S核糖体蛋白基因(60S ribosomal protein L13-1,RPL13)和多聚泛素酶基因(polyubiquitin,UBQ)等9个常用看家基因作为候选内参基因,利用RT-qPCR对候选内参基因在桔梗不同组织器官中的表达情况进行检测分析,通过NormFinder、geNorm和BestKeeper 3个不同软件比较评价它们的表达稳定性。最终从9个候选内参基因中筛选出表达最稳定的RPL13,以RPL13作为内参基因,对桔梗类黄酮/花青素苷合成途径部分基因进行RT-qPCR分析,结果与转录组测序结果相吻合。因此RPL13是桔梗类黄酮/花青素苷合成途径基因表达分析的最适内参基因。本研究为桔梗花色素合成途径基因表达分析提供了合适的内参基因。 展开更多
关键词 桔梗 内参基因 RT-QPCR 基因表达 类黄酮/花青素苷合成途径
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地菍(Melastoma dodecandrum)实时荧光定量PCR内参基因筛选
4
作者 郝杨 陈斌 +2 位作者 苏鹏峰 周育真 彭东辉 《分子植物育种》 北大核心 2025年第17期5740-5747,共8页
地菍(Melastoma dodecandrum)是野牡丹科(Melastomataceae)野牡丹属(Melastoma)多年生匍匐小灌木,观赏及药用价值极高。本研究基于地菍基因组与转录组数据,鉴定并初步筛选出6个常用内参基因(MedUBC1,MedUBC2,MedACT1,MedACT2,MedTUB,Med... 地菍(Melastoma dodecandrum)是野牡丹科(Melastomataceae)野牡丹属(Melastoma)多年生匍匐小灌木,观赏及药用价值极高。本研究基于地菍基因组与转录组数据,鉴定并初步筛选出6个常用内参基因(MedUBC1,MedUBC2,MedACT1,MedACT2,MedTUB,Med18S rRNA)。以地菍不同发育时期的茎和花为试验材料,使用实时荧光定量PCR技术检测候选内参基因的表达水平,并结合geNorm、NormFinder及BestKeeper 3个软件综合评价各候选内参基因的表达稳定性。结果表明:茎组织中最适内参基因为MedUBC1;花组织中最适内参基因为MedACT1。本研究为地菍茎匍匐性状的形成和花发育分子机制的研究提供基础。 展开更多
关键词 野牡丹属 地菍 荧光定量PCR 内参基因
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基于转录组分析挖掘罗氏沼虾新内参基因
5
作者 任晋东 陈红林 +2 位作者 牛宝龙 许晓军 楼宝 《浙江农业学报》 北大核心 2025年第7期1424-1429,共6页
内参基因挖掘、鉴定是基因表达定量分析的基础。为挖掘罗氏沼虾各组织稳定表达的内参基因,利用转录组相对表达量数据,通过变异系数分析和基因表达稳定性参数(M值)等分析、鉴定罗氏沼虾新的内参基因。结果表明:有1902个基因在罗氏沼虾腮... 内参基因挖掘、鉴定是基因表达定量分析的基础。为挖掘罗氏沼虾各组织稳定表达的内参基因,利用转录组相对表达量数据,通过变异系数分析和基因表达稳定性参数(M值)等分析、鉴定罗氏沼虾新的内参基因。结果表明:有1902个基因在罗氏沼虾腮腺、眼柄、心脏、肝胰腺、胃、大螯肌肉、腹部肌肉、精巢、促雄性腺、卵巢这10个组织内的相对表达量(FPKM值)达到5以上,基于各基因在不同组织间的平均变异系数,随机筛选获得10个平均变异系数均低于常用内参基因β-actin的候选基因。进一步的M值筛选发现,这10个候选基因在各组织的M值都低于β-actin,并以RNF10基因的M值最低。在10个候选基因中,选择M值最低的RNF10基因和M值仅次于β-actin的S/TPP2A基因进行定量聚合酶链反应(qPCR),结果表明,这二者在10个组织中的M值均低于β-actin基因,其中,RNF10在10个组织中展现出最优的表达稳定性。研究结果表明,利用转录组数据可以获得具有表达稳定性的内参基因,罗氏沼虾RNF10基因在不同组织内表达稳定,可用作罗氏沼虾基因表达定量分析的内参基因。 展开更多
关键词 罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii) 内参基因 表达稳定性参数
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芍药切花内参基因筛选及乙烯生物合成关键基因表达分析 被引量：1
6
作者 戴睿 段帅帅 +5 位作者 肖士奎 卫志鹏 吕淑芳 史国安 吴疆 范丙友 《北京林业大学学报》 北大核心 2025年第1期106-115,共10页
【目的】筛选芍药切花开放至衰老过程中和盛开期不同组织中稳定表达的最适内参基因,深入解析ACS和ACO基因在乙烯介导的芍药切花开放至衰老过程中的功能。【方法】(1)以芍药‘桃花飞雪’为材料,基于qRT-PCR技术分析13个候选内参基因在芍... 【目的】筛选芍药切花开放至衰老过程中和盛开期不同组织中稳定表达的最适内参基因,深入解析ACS和ACO基因在乙烯介导的芍药切花开放至衰老过程中的功能。【方法】(1)以芍药‘桃花飞雪’为材料,基于qRT-PCR技术分析13个候选内参基因在芍药切花开放至衰老不同时期及盛开期不同组织中表达水平的变化,应用geNorm、NormFinder、BestKeeper等软件和ΔCt法对其表达稳定性进行了评价;通过在线RefFinder网站分析获得候选内参基因表达稳定性的综合排名。(2)利用筛选出的双内参基因,对乙烯生物合成关键基因ACS和ACO在芍药切花开放至衰老不同时期及盛开期不同组织中的表达水平进行定量分析。【结果】(1)在芍药切花开放至衰老的不同时期,geNorm分析表明GAPDH和RAN3表达稳定性最好;NormFinder分析显示RAN3表达最稳定;BestKeeper分析表明18S rRNA表达稳定性最好;RefFinder综合分析表明RAN3和GAPDH为最适内参基因。(2)在盛开期芍药切花花器官不同组织中,geNorm分析表明ARF和PP2A表达稳定性最好;NormFinder分析显示UBQ表达最稳定;BestKeeper分析表明GAPDH表达稳定性最好;RefFinder综合分析表明UBQ和ARF为最适内参基因。(3)在芍药切花开放至衰老过程中,ACS基因表达量显著低于ACO基因表达量,是调控乙烯合成的开关;ACO主要在切花开放前期(瓶插0~12 h)发挥作用;ACS表达量在绽口期和衰败期(瓶插6 h和144 h)均发挥重要作用,并在盛开期对乙烯合成起到限制作用;(4)在芍药切花盛开期不同组织中,ACS基因表达量显著低于ACO,ACS和ACO基因的表达存在组织差异性,且均在茎和花萼中表达较高。【结论】本研究筛选出芍药切花开放至衰老不同时期(RAN3和GAPDH)以及盛开期不同组织中(UBQ和ARF)qPCR定量表达分析的双内参基因组合;乙烯生物合成关键基因ACO主要在芍药切花开放过程发挥作用,ACS基因在芍药切花开放和衰老过程均发挥重要的作用。研究结果将为切花寿命的改良提供参考。 展开更多
关键词 芍药 内参基因 表达稳定性 开花 衰老 乙烯生物合成
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毛叶芋兰不同组织qRT-PCR内参基因选择与验证 被引量：1
7
作者 池珈仪 刘舒璇 +2 位作者 向思诗 詹若挺 何瑞 《热带作物学报》 北大核心 2025年第1期35-43,共9页
毛叶芋兰(Nervilia plicata)是一种珍稀南药,目前对其有效成分及其分子调控机理鲜有报道。实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)在植物基因表达分析中得到了广泛应用,但在毛叶芋兰中缺少研究,限制了相关工作的开展。在... 毛叶芋兰(Nervilia plicata)是一种珍稀南药,目前对其有效成分及其分子调控机理鲜有报道。实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)在植物基因表达分析中得到了广泛应用,但在毛叶芋兰中缺少研究,限制了相关工作的开展。在前期工作基础上,本研究从毛叶芋兰转录组数据库中筛选出Actin、GAPDH、TUA、UBC、UBQ、EF-1α、EF-1β、CYP、RPL共9个常见管家基因,以毛叶芋兰叶片、叶柄和球茎3个组织部位为材料,开展qRT-PCR内参基因的筛选工作。经过9个基因在不同组织的表达水平、稳定性和综合分析,筛选出最适合的内参基因,并选择毛叶芋兰花青素合成途径关键基因NpDFR、Np3GT进行验证。结果发现:EF-1α和CYP的表达稳定性相近,整体稳定性最好。2个内参基因单独或共同使用时,NpDFR、Np3GT在不同组织的表达情况与转录组测序结果基本一致,表明其均可用作qRT-PCR的内参基因。本研究结果为进一步开展毛叶芋兰药效相关基因的分子作用机理研究提供依据。 展开更多
关键词 毛叶芋兰 内参基因 实时荧光定量PCR 表达稳定性
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土家族药血筒实时荧光定量PCR内参基因的筛选和验证 被引量：1
8
作者 肖倩 谭琛偲 +4 位作者 曾江 徐媛菽 符天昊 宁露云 王炜 《中国中药杂志》 北大核心 2025年第3期682-692,共11页
土家族药血筒(植物学名:异形南五味子)以木质藤本茎入药,具有抗类风湿性关节炎、保肝、抗肿瘤、抗氧化的药用价值,是湖南、广东等地的常用药材。筛选合适稳定的内参基因是开展异形南五味子分子水平研究的基础。该研究选取GAPDH、TUA、Ac... 土家族药血筒(植物学名:异形南五味子)以木质藤本茎入药,具有抗类风湿性关节炎、保肝、抗肿瘤、抗氧化的药用价值,是湖南、广东等地的常用药材。筛选合适稳定的内参基因是开展异形南五味子分子水平研究的基础。该研究选取GAPDH、TUA、Actin、UBQ、EF-1α、18S-rRNA、CYP、UBC、TUB、H2A、RPL共11个基因作为候选内参基因,通过实时荧光定量PCR检测11个候选内参基因在异形南五味子6个不同组织部位(藤茎-形成层以内、藤茎-形成层以外、果实、花、根和叶)与不同干预条件下[干旱胁迫、盐胁迫、茉莉酸甲酯(MeJA)处理]的基因表达水平,利用geNorm、NormFinder、ΔCT算法以及RefFinder软件对11个候选内参基因表达稳定性进行综合分析评价。综合以上分析结果表明,UBC与RPL基因在6个不同组织部位中较为稳定,UBC与GAPDH基因在不同干预条件下较为稳定。为了验证异形南五味子内参基因的可靠性,该研究进一步检测了异形南五味子主要成分——血筒素合成通路上的14个相关基因(KhFPS、KhIDI、KhCAS、KhSQE、KhSQS、KhSQS-2、KhHMGS、KhHMGR、KhMVD、KhMVK、KhDXR、KhDXS、KhPMVK、KhGGPS)在不同组织与不同干预条件中的表达水平。结果显示,分别以UBC与RPL或UBC与GAPDH作为内参基因,14个基因在异形南五味子不同组织部位或不同干预条件下表达趋势基本一致。综上,该研究筛选的UBC基因可作为异形南五味子不同组织部位与不同干预条件下的内参基因,为后续开展异形南五味子主要成分生物合成途径的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 异形南五味子 实时荧光定量PCR 内参基因 UBC
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布莱克韦尔虫草实时荧光定量逆转录PCR内参基因的筛选 被引量：1
9
作者 李佳妮 张姝 张永杰 《微生物学通报》 北大核心 2025年第1期219-229,共11页
【背景】实时荧光定量逆转录PCR(real-time quantitative reverse transcription PCR,RT-qPCR)常用于分析基因表达,但选择合适的内参基因,对分析结果的稳定性非常重要。布莱克韦尔虫草是一种具有开发价值的虫草,研究其功能基因表达具有... 【背景】实时荧光定量逆转录PCR(real-time quantitative reverse transcription PCR,RT-qPCR)常用于分析基因表达,但选择合适的内参基因,对分析结果的稳定性非常重要。布莱克韦尔虫草是一种具有开发价值的虫草,研究其功能基因表达具有重要意义。【目的】筛选获得布莱克韦尔虫草不同生长阶段(液体发酵菌丝体、小麦粒培养基菌丝体及子实体)最稳定的内参基因。【方法】选取8个候选内参基因(18S rRNA、gapdh、β-tubulin、cyclophilin A、γ-actin、rpl10、tef1α和ubiquitin),采用RT-qPCR技术进行扩增,结合geNorm、NormFinder、BestKeeper、ΔC_(t)等算法,评估这些基因在布莱克韦尔虫草不同生长发育阶段的表达稳定性。【结果】相比其他基因,γ-actin和18S rRNA在不同生长发育阶段的表达稳定性最好,可作为布莱克韦尔虫草基因表达分析的内参基因。【结论】本研究筛选出了布莱克韦尔虫草RT-qPCR的内参基因,为深入研究生长发育过程中的基因表达规律奠定了基础。 展开更多
关键词 布莱克韦尔虫草 内参基因 RT-QPCR
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沙芥qRT-PCR内参基因的筛选与验证 被引量：1
10
作者 武兆昕 商凯凡 王萍 《植物生理学报》 北大核心 2025年第3期359-370,共12页
从沙芥全长转录组数据中选择10个内参基因(TIP41、UBQ10、UBC9、UP1、SAND、GAPDH、ACT、EF1α、PP2A、TUB)作为候选内参基因,使用qRT-PCR法检测候选内参基因在沙芥非生物和植物生长调节物质处理下的表达水平,并使用GeNorm、Normfinder... 从沙芥全长转录组数据中选择10个内参基因(TIP41、UBQ10、UBC9、UP1、SAND、GAPDH、ACT、EF1α、PP2A、TUB)作为候选内参基因,使用qRT-PCR法检测候选内参基因在沙芥非生物和植物生长调节物质处理下的表达水平,并使用GeNorm、Normfinder、BestKeeper和RefFinder分析其稳定性。结果表明:EF1α为沙芥所有处理样本混合组(Total组)最稳定内参基因;TIP41为干旱叶/根、NaCl处理叶根组合(LR组)/根、脱水LR组/叶片、ABA处理LR组/叶片、MeJA处理LR组/根中最稳定的内参基因;UBQ10为4℃处理LR组/叶片、42℃处理LR组、干旱LR组及SA处理LR组最稳定内参基因;ACT为4℃处理根、脱水处理根中最稳定内参基因;GADPH为42℃处理叶片中最稳定内参基因;PP2A为NaCl处理叶片、ABA处理根、SA处理根中最稳定的内参基因;UBC9为MeJA处理叶片中最稳定的内参基因。此外,选择3个胁迫相关基因(PcDREB2、PcCLCg和PcHSP17.8)验证了内参基因的准确性。本研究结果可用于沙芥非生物胁迫和植物生长调节物质处理下qPCR分析,为今后沙芥耐逆基因的表达分析提供了参考基因和理论依据。 展开更多
关键词 内参基因 沙芥 非生物胁迫 植物生长调节物质 QRT-PCR
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青花菜自交不亲和相关内参基因筛选与应用 被引量：1
11
作者 李维欢 吴小媚 +3 位作者 武志健 陈芳珍 王军伟 黄科 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第2期34-43,共10页
为研究青花菜自交不亲和反应过程中最适内参基因与自交不亲和相关基因的表达,以青花菜自交不亲和系BOP04-28-16开花期分别取不同器官、花的不同组织部位、不同发育时期的花蕾和不同授粉时期柱头4个组合为试验材料,利用实时荧光定量PCR... 为研究青花菜自交不亲和反应过程中最适内参基因与自交不亲和相关基因的表达,以青花菜自交不亲和系BOP04-28-16开花期分别取不同器官、花的不同组织部位、不同发育时期的花蕾和不同授粉时期柱头4个组合为试验材料,利用实时荧光定量PCR技术及3个RT-qPCR分析软件GeNorm、NormFinder和BestKeeper检测了17个候选内参基因分别在4个组合中的表达水平。结果表明,在不同组织部位中的稳定内参基因为UBC7、Actin-1、UBC9;在花的不同部位中稳定的内参基因为DNAJ、Tubα-3;在不同发育时期花蕾中稳定的内参基因为Actin-7、UBC7、Actin-3;在4个不同授粉时期柱头中稳定的内参基因为Actin-7、His。综合分析认为,UBC7和Actin-7为青花菜SI中最适合的内参基因组合,并以其分别分析青花菜柱头S位点受体激酶基因(SRK)在花的不同组织部位和不同授粉时期柱头的表达水平进行验证筛选的可靠性,结果显示SRK基因在柱头中特异表达,并且与柱头的发育成熟性成正相关。研究结果为开展青花菜自交不亲和相关基因的表达特征分析提供了稳定的内参基因,为后续开展关键基因的挖掘、利用以及自交不亲和分子调控网络解析奠定了基础。 展开更多
关键词 青花菜 自交不亲和 内参基因 SRK
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广西莪术内参基因筛选及萜类合成途径相关基因的表达分析
12
作者 周芸伊 洪金梅 +6 位作者 姚李祥 熊峥 谢月英 卢海 黄雪彦 余丽莹 潘春柳 《中国中药杂志》 北大核心 2025年第21期6039-6050,共12页
为了研究广西莪术不同生长发育时期组织部位的最适内参基因及萜类合成途径的关键酶基因表达模式。该研究选取了ACTIN1、ACTIN2、ACTIN3、EF1、EF2、EF3、EF4、GAPDH1、GAPDH2、β-TUB、UBC、CYP1、CYP2这13个候选内参基因,以不同发育时... 为了研究广西莪术不同生长发育时期组织部位的最适内参基因及萜类合成途径的关键酶基因表达模式。该研究选取了ACTIN1、ACTIN2、ACTIN3、EF1、EF2、EF3、EF4、GAPDH1、GAPDH2、β-TUB、UBC、CYP1、CYP2这13个候选内参基因,以不同发育时期的块根、根茎、叶及叶柄为实验材料,利用ΔCT、GeNorm、NormFinder、BestKeeper、RefFinder综合评估候选内参基因稳定性,并通过检测CkHMGR1表达情况验证内参基因可靠性。EF2基因可作为广西莪术不同生长发育时期组织部位最适的内参基因。基于广西莪术“转录组+代谢组”筛选出17个萜类合成途径的关键酶基因(CkHMGR1、CkHMGR2、CkDXS1、CkDXS2、CkDXR1、CkCMK1、CkHDS1、CkHDS2、CkHDS3、CkHDS4、CkHDR1、CkHDR2、CkHDR3、CkTPS1、CkTPS2、CkTPS3和CkTPS4),以EF2基因为内参基因对17个关键酶基因在广西莪术不同生长发育时期组织部位的表达模式进行分析,结果显示17个关键酶基因在不同组织生长发育时期表达模式存在明显的差异,大部分基因在块根和根茎生长发育中后期高表达,其中CkTPS1和CkTPS4均在块根和根茎中发育后期高表达。该研究为后续广西莪术萜类合成关键酶基因功能验证及其生物合成途径阐明奠定基础。 展开更多
关键词 广西莪术 内参基因 萜类合成途径 基因 表达分析
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白星花金龟保幼激素与蜕皮激素处理条件下内参基因筛选
13
作者 范新源 佟一杰 +6 位作者 徐小博 赵政宇 陈新 高梦洁 付恩泽 周歧海 白明 《四川动物》 北大核心 2025年第2期203-212,共10页
白星花金龟Protaetia brevitarsis幼虫是重要的农林害虫和经济昆虫。采用保幼激素(JH)和蜕皮激素(20E)处理白星花金龟幼虫,并通过GeNorm、NormFinder、ΔCt法和BestKeeper等方法评估了8个候选内参基因(Rps3、EF-1α、27A、AK、Act、GAPD... 白星花金龟Protaetia brevitarsis幼虫是重要的农林害虫和经济昆虫。采用保幼激素(JH)和蜕皮激素(20E)处理白星花金龟幼虫,并通过GeNorm、NormFinder、ΔCt法和BestKeeper等方法评估了8个候选内参基因(Rps3、EF-1α、27A、AK、Act、GAPDH、Rps18、Tub)的表达稳定性。根据RefFinder的综合排名,Rps3、Rps18和EF-1α分别在JH、发育阶段和20E处理下表现出较高的稳定性,适合作为白星花金龟的内参基因;JH和20E水平的变化会影响内参基因的表达稳定性。研究结果为白星花金龟基因表达研究提供了可靠的内参基因参考,为农业生产及废物资源化利用提供了理论依据;另一方面,筛选的内参基因可支持JH类似物相关实验的数据标准化,为成虫防控提供帮助。 展开更多
关键词 白星花金龟 内参基因 QRT-PCR 保幼激素 蜕皮激素
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高温及抗生素处理下四纹豆象四龄幼虫内参基因的筛选
14
作者 耿加美 何云川 +3 位作者 陈秋霖 高扬 周瀛 祝增荣 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 北大核心 2025年第3期402-413,共12页
为筛选高温及抗生素处理下四纹豆象(Callosobruchus maculatus)四龄幼虫的稳定内参基因,本研究基于转录组数据选取α-tubulin_1、α-tubulin_2、RpL39_1和RpL39_2作为候选内参基因,通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent ... 为筛选高温及抗生素处理下四纹豆象(Callosobruchus maculatus)四龄幼虫的稳定内参基因,本研究基于转录组数据选取α-tubulin_1、α-tubulin_2、RpL39_1和RpL39_2作为候选内参基因,通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测候选内参基因在高温处理(对照组30℃,处理组37℃)四龄幼虫整虫组织及30、37℃抗生素处理(对照组10%乙酸,处理组0.01%环丙沙星+0.01%盐酸四环素)四龄幼虫中肠中的表达水平。结合ΔCT法、NormFinder、GeNorm等软件评估基因稳定性,并以HSP70为靶基因验证内参基因的稳定性。结果表明,综合所有处理组分析,RpL39_1稳定性最优,与RpL39_2组合亦可满足校正需求;采用RpL39_1或RpL39_2时,高温处理组与对照组间HSP70基因表达差异显著(P<0.05)。综上所述,推荐使用RpL39_1作为四纹豆象四龄幼虫在高温及抗生素处理实验中的单一内参基因。本研究为解析肠道共生菌调控宿主耐热性基因表达提供了方法学基础。 展开更多
关键词 四纹豆象 四龄幼虫 高温 抗生素 内参基因
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不同浓度褪黑素缓解狗牙根铅胁迫实时荧光定量PCR内参基因的筛选
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作者 谢程程 马均 +1 位作者 李璟 李西 《草业科学》 北大核心 2025年第1期119-128,共10页
实时荧光定量PCR技术常用于基因表达分析,但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅(Pb)胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根(Cynodon dactylon)根尖组织稳定表达的内参基因,本研究在前期生理试验... 实时荧光定量PCR技术常用于基因表达分析,但其结果的准确性有赖于筛选出稳定表达的内参基因从而对数据进行均一化。为筛选出铅(Pb)胁迫下不同浓度褪黑素处理狗牙根(Cynodon dactylon)根尖组织稳定表达的内参基因,本研究在前期生理试验基础上,对选用的8个候选内参基因(PP2A、TIP41、CACS、ACT、EF-1α、TUB、UPL7、GAPDH)在6个样本中的表达量进行qRT-PCR分析。结果发现,8个内参基因在不同样本中表达水平存在较大差异,且单个内参基因反应循环数(Ct值)在不同样本中变化范围有显著差异。利用ΔCt算法、NormFinder、BestKeeper和geNorm程序对内参基因稳定性进行排序,并结合线上工具RefFinder计算得出各内参基因稳定性的综合排名。结果表明,CACS+PP2A为不同浓度褪黑素处理Pb胁迫下狗牙根根尖组织最适内参基因组合。该内参基因组合将为解析褪黑素影响狗牙根Pb耐受性和吸收转运的分子机制奠定基础,进一步推动褪黑素在植物修复Pb污染土壤中的实际应用。 展开更多
关键词 褪黑素 铅胁迫 实时荧光定量PCR 内参基因 稳定性分析 狗牙根
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楸树不同非生物胁迫及发育阶段中稳定内参基因的筛选
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作者 王茂鹏 刘莹 +6 位作者 胡继文 卢楠 张苗苗 王楠 王军辉 高彩球 麻文俊 《林业科学研究》 北大核心 2025年第6期107-118,共12页
[目的]筛选楸树在非生物胁迫和不同发育阶段的稳定内参基因,提高实时荧光定量PCR基因表达检测结果的准确性。[方法]基于课题组前期基因芯片技术检测的基因表达数据,筛选了10个候选内参基因(TUA、ACTIN、GAPDH、UBI、RPL、RPS16、SUV、UB... [目的]筛选楸树在非生物胁迫和不同发育阶段的稳定内参基因,提高实时荧光定量PCR基因表达检测结果的准确性。[方法]基于课题组前期基因芯片技术检测的基因表达数据,筛选了10个候选内参基因(TUA、ACTIN、GAPDH、UBI、RPL、RPS16、SUV、UBC、CRC和ABC)。通过qRT-PCR检测了这些基因在楸树幼苗不同萌发阶段的叶和根,以及ABA、NaCl、PEG、冷胁迫处理后叶片、根的表达量,运用genorm、Normfinder、Bestkeeper和ΔCT 4种方法评价表达稳定性。[结果]熔解曲线分析表明,10对引物均呈现单一特异性峰。QRT-PCR检测显示,候选内参基因在不同组织和处理中的平均值CT变幅为20.19~30.51,其中UBI的CT值最低(表达量最高),ABC的CT值最高(表达量最低)。胁迫处理分析表明,叶片中,CRC、UBC和GAPDH在3种以上评价方法中排名前4位,为叶片最适内参基因;根中,GAPDH和UBC在4种方法排序均排前4位,为根最适内参基因。发育阶段分析显示,不同发育阶段叶片和根中,RPS16和GAPDH稳定性在4种方法均排前4位,是楸树幼苗发育研究的最适内参基因。[结论]本研究首次系统地为多基因型混合的楸树幼苗在非生物胁迫及不同发育阶段的qRT-PCR分析提供了全面可靠的内参基因,同时为紫葳科乃至其他阔叶树种的基因表达研究提供参考。 展开更多
关键词 内参基因 楸树 非生物胁迫 发育阶段 实时荧光定量PCR
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不同激素处理下青花菜lncRNA内参基因的筛选
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作者 冯鹏宇 裴徐梨 +6 位作者 焦鹏 唐征 荆赞革 徐胜光 宋立晓 杞汝春 徐谦 《江苏农业科学》 北大核心 2025年第10期36-42,共7页
为了筛选青花菜不同激素处理条件下稳定表达的内参基因,为青花菜lncRNAs相关分子研究提供参考,通过qRT-PCR技术检测不同激素处理的青花菜中16个候选内参基因的表达量,利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析内参基因的稳定性和最... 为了筛选青花菜不同激素处理条件下稳定表达的内参基因,为青花菜lncRNAs相关分子研究提供参考,通过qRT-PCR技术检测不同激素处理的青花菜中16个候选内参基因的表达量,利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析内参基因的稳定性和最适内参基因的数目,再通过RefFinder网站综合评估内参基因,最终确定理想的内参基因。结果表明,XLOC_007087、XLOC_015579和XLOC_008536基因的CT值变化范围最小。GeNorm算法认为XLOC_008536在6-BA、ABA、IAA、NAA处理中表达稳定性较好;XLOC_037050在MEJA、SA处理中表现的稳定性较好。NormFinder计算出NAA、ABA处理下XLOC_037050最稳定;6-BA处理下,基因XLOC_021473最稳定;MEJA处理下,最稳定的基因为XLOC_010342;SA处理下,XLOC_034687最稳定;IAA处理下,XLOC_029328最稳定。BestKeeper显示,在6-BA、MEJA处理下,表达最稳定的基因是XLOC_007087;NAA处理下,表达最稳定的基因为XLOC_015579;ABA处理下,表达最稳定的基因为XLOC_012179;SA处理下,表达最稳定的基因为XLOC_010342;IAA处理下,表达最稳定的基因为XLOC_007980。3个软件的分析结果不尽相同,RefFinder综合分析结果显示,在NAA和ABA处理下适宜的内参基因为XLOC_037050;MEJA处理下适宜的内参基因为XLOC_010342;6-BA处理下适宜的内参基因为XLOC_021473;SA处理下适宜的内参基因为XLOC_034687;IAA处理下适宜的内参基因为XLOC_007980。4个软件综合分析认为,在不同激素胁迫中适宜的内参基因组合为XLOC_008536和XLOC_007087。 展开更多
关键词 青花菜 内参基因 长链非编码RNA QRT-PCR 激素处理
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蒙古沙冬青内参基因筛选与验证
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作者 田甜 李慧 +4 位作者 隋明明 张富满 耿乐 叶冬梅 白玉娥 《中南林业科技大学学报》 北大核心 2025年第5期154-165,共12页
【目的】筛选出蒙古沙冬青Ammopiptanthus mongolicus不同组织以及不同胁迫下用于实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析的内参基因。【方法】选用UBQ10、POP1、UBP1B、ILR3、GAPDHa、GAPDHb、Tub4、Tub5、Tub6、ACT7、ACT11、eIF1这12个基因作... 【目的】筛选出蒙古沙冬青Ammopiptanthus mongolicus不同组织以及不同胁迫下用于实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析的内参基因。【方法】选用UBQ10、POP1、UBP1B、ILR3、GAPDHa、GAPDHb、Tub4、Tub5、Tub6、ACT7、ACT11、eIF1这12个基因作为候选内参基因,对蒙古沙冬青不同组织(根、茎、叶)及非生物处理(干旱、盐胁迫)下的样品进行qRT-PCR定量,采用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件以及RefFinder在线工具对12种内参基因进行表达稳定性分析、PCR扩增效率计算及对筛选出的最佳内参基因进行验证。【结果】利用geNorm软件得出,在不同组织中ACT7和ACT11稳定性最高,干旱胁迫中UBQ10和UBP1B稳定性最高,盐胁迫中UBQ10和POP1稳定性最高,而在所有样品中UBQ10和POP1稳定性最高。NormFinder分析结果表明,Tub4在不同组织和干旱胁迫下的叶片中表达最为稳定,在盐胁迫处理中UBQ10和POP1均稳定表达,所有样品中eIF1最稳定。利用BestKeeper软件分析得出,在蒙古沙冬青不同组织、干旱胁迫的叶片以及盐胁迫的叶片中最稳定的内参基因分别为ILR3、POP1和Tub4;在所有样本中,ILR3是最稳定的基因。通过RefFinder综合分析,在所有样品中eIF1表达稳定性最好,其次是UBQ10。进一步定量验证结果表明,以两个筛选的最佳内参基因为参照时,目的基因在不同组织及不同胁迫处理中的表达趋势与前人研究一致。【结论】在蒙古沙冬青中,ACT7为不同组织中的最佳内参基因;UBQ10为干旱胁迫下的最佳内参基因;POP1为盐胁迫下的最佳内参基因;eIF1和UBQ10为所有样品中的最适内参基因。 展开更多
关键词 蒙古沙冬青 内参基因 实时荧光定量PCR 组织 非生物胁迫
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三种非生物胁迫下谷子qRT-PCR内参基因的筛选
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作者 雷翠云 马宁洁 +5 位作者 张晓霞 李瑞淼 冯萌萌 单萌 杨致荣 高建华 《植物生理学报》 北大核心 2025年第4期471-480,共10页
为了便于研究谷子(Setaria italica)这种新兴的C4禾谷类模式植物的基因表达模式,急需筛选鉴定谷子非生物胁迫下的内参基因。根据已有转录组数据和文献,筛选出8个基因作为候选内参基因。对名优谷子‘晋谷21号’的超早熟突变体xiaomi分别... 为了便于研究谷子(Setaria italica)这种新兴的C4禾谷类模式植物的基因表达模式,急需筛选鉴定谷子非生物胁迫下的内参基因。根据已有转录组数据和文献,筛选出8个基因作为候选内参基因。对名优谷子‘晋谷21号’的超早熟突变体xiaomi分别进行低氮、干旱和高盐胁迫处理,并在7个时间点(1、3、6、12、24、48、72 h)取样,分析8个候选基因在不同部位(叶、茎、根)的表达水平。通过在线工具RefFinder分析了所有样品中候选基因的表达稳定性。结果表明,Si4g07620基因(编码转录延伸因子)在所有样本中表现出较优的稳定性和可靠性,被确定为最佳内参基因;而鲜有作为内参基因的磷蛋白基因(Si5g32520)表现也相对稳定,仅次于Si4g07620。研究结果有助于深入探究谷子耐逆性的分子机理。 展开更多
关键词 谷子 基因表达分析 QRT-PCR 内参基因 非生物胁迫
原文传递
不同光质处理下糙皮侧耳qRT-PCR内参基因的优化
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作者 胡梦丹 祝梦柯 +3 位作者 张鹏 高玉千 邱立友 李亚楠 《中国瓜菜》 北大核心 2025年第6期35-43,共9页
为了筛选出适合分析糙皮侧耳在不同光质处理下基因特异性表达的内参基因,以糙皮侧耳菌丝为材料,在不同光质处理的菌丝转录组数据中筛选12个基因作为糙皮侧耳实时荧光定量PCR的候选内参基因,对其表达丰度和表达稳定性进行评价。设计的12... 为了筛选出适合分析糙皮侧耳在不同光质处理下基因特异性表达的内参基因,以糙皮侧耳菌丝为材料,在不同光质处理的菌丝转录组数据中筛选12个基因作为糙皮侧耳实时荧光定量PCR的候选内参基因,对其表达丰度和表达稳定性进行评价。设计的12个候选内参基因荧光定量引物具有良好的特异性,熔解曲线呈单一峰,各基因CT值在18~26之间。geNorm、NormFinder和BestKeeper表达稳定性分析显示,真核翻译起始因子编码基因(eIF1)、泛素结合酶编码基因(UBC)、40S核糖体蛋白编码基因(40SRP)和肌动蛋白编码基因(Actin1)在3种分析中的表达稳定性均位于前列。这4个基因在不同光质处理下的表达丰度从高到低依次为UBC、eIF1、Actin1和40SRP。eIF1和UBC可以作为靶标基因高丰度表达水平下的最佳内参基因组合;40SRP和Actin1可作为靶标基因中、低丰度表达水平下的最佳内参基因组合。 展开更多
关键词 糙皮侧耳 内参基因 光处理 QRT-PCR
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