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皮氏不动杆菌LSQ 3对贝莱斯芽孢杆菌LSQ 19成膜能力的影响及其基因组特性分析
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作者 杨小宇 王志刚 +1 位作者 徐伟慧 旦真阿旺 《微生物学报》 北大核心 2026年第2期753-769,共17页
【目的】探究菌株皮氏不动杆菌(Acinetobacter pittii)LSQ 3对贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)LSQ 19成膜能力的影响,以及菌株LSQ 3的基因组特性。【方法】采用结晶紫染色法、细胞表面特性分析、苯酚硫酸法、XTT还原法和扫描电镜(s... 【目的】探究菌株皮氏不动杆菌(Acinetobacter pittii)LSQ 3对贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)LSQ 19成膜能力的影响,以及菌株LSQ 3的基因组特性。【方法】采用结晶紫染色法、细胞表面特性分析、苯酚硫酸法、XTT还原法和扫描电镜(scanning electron microscope,SEM)观察等方法分析LSQ 3无细胞上清液(cell-free supernatant,CFS)对LSQ 19成膜能力的影响;采用全基因组学测序明确菌株LSQ 3的分类学地位,并通过全基因组数据预测其次级代谢产物基因簇。【结果】菌株LSQ 3的CFS显著抑制LSQ 19的生物膜形成,10μL菌液/190μL CFS混合确定为最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)。与对照组相比,经菌株LSQ 3的CFS处理(MIC)后LSQ 19细胞的表面疏水性、黏附力、胞外聚合物(extracellular polymeric substances,EPS)产率和生物膜代谢活性均显著降低;自聚集能力与对照组相比显著升高。扫描电镜观察表明,在MIC条件下菌株LSQ 19在玻璃表面未形成生物膜。经全基因组学鉴定,菌株LSQ 3为Acinetobacter pittii,其基因组大小为3939365 bp,G+C含量为38.82%,含有3601个DNA编码序列。其基因组中存在多个与生物膜合成相关的基因及毒力因子。通过antiSMASH分析发,菌株LSQ 3的基因组中含有7种次级代谢物的生物合成基因簇。【结论】A.pittii LSQ 3的无细胞上清液可抑制B.velezensis LSQ 19生物膜的形成,本研究从生物膜的角度为合成菌群的构建提供了理论依据和参考。 展开更多
关键词 皮氏不动杆菌LSQ 3 贝莱斯芽孢杆菌LSQ 19 全基因组测序 无细胞上清液 生物膜形成
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联合抗生素对伪无菌模型大鼠的肠道菌群及其代谢的影响
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作者 贺莉 颜家朝 喻京生 《中国现代医学杂志》 2026年第3期32-43,共12页
目的比较联合抗生素经灌胃与自由饮水两种给药复制大鼠伪无菌模型的效果,为优化伪无菌模型复制方法提供参考。方法将SD大鼠随机分为正常组、抗生素灌胃组和抗生素饮水组,每组5只。抗生素灌胃组采用含200 mg/mL氨苄西林、200 mg/mL甲硝唑... 目的比较联合抗生素经灌胃与自由饮水两种给药复制大鼠伪无菌模型的效果,为优化伪无菌模型复制方法提供参考。方法将SD大鼠随机分为正常组、抗生素灌胃组和抗生素饮水组,每组5只。抗生素灌胃组采用含200 mg/mL氨苄西林、200 mg/mL甲硝唑、200 mg/mL新霉素和100 mg/mL万古霉素的混悬液,按1 mL/kg体积每日灌胃;抗生素饮水组在灭菌饮用水中加入0.5 g/L氨苄西林、0.5 g/L甲硝唑、0.5 g/L新霉素和0.25 g/L万古霉素,大鼠自由饮水,干预14 d。干预后第5、10、14天,无菌取大鼠粪便进行菌群培养;14 d后取大鼠粪便进行16S核糖体rDNA(16S rDNA)测序;分离肝脏、脾脏、肾脏、胸腺称重,取各组大鼠结肠组织进行苏木精-伊红(HE)染色及免疫组织化学染色。结果与正常组比较,在有氧和厌氧培养条件下,第5天起抗生素灌胃组和抗生素饮水组粪便菌落显著减少,伪无菌大鼠模型复制成功并稳定维持到第14天。与正常组比较,抗生素饮水组第2~6天体重均下降(P<0.05),第7~14天体重差异均无统计学意义(P>0.05);抗生素灌胃组第6天体重高于正常组(P<0.05)。正常组、抗生素灌胃组和抗生素饮水组大鼠肝脏、肾脏、脾脏和胸腺系数的比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。各组大鼠结肠免疫组织化学结果显示,与正常组比较,抗生素灌胃组与抗生素饮水组中紧密连接蛋白闭锁小带蛋白-1(ZO-1)、闭合蛋白(Occludin)在肠上皮和腺上皮细胞细胞质及细胞膜呈阳性表达,棕黄色染色较多。基于16S rDNA测序的α多样性分析显示:与正常组比较,抗生素灌胃组和抗生素饮水组的ACE、Sobs及Shannon指数均降低(P<0.05),Simpson指数均升高(P<0.05);抗生素饮水组的Simpson指数较抗生素灌胃组升高(P<0.05)。基于Bray-Curtis距离的β多样性分析显示:正常组样本与抗生素灌胃组、抗生素饮水组样本明显分离(ANOSIM相似性分析:r=0.816,P=0.001)。抗生素灌胃组和抗生素饮水组变形菌门丰度均高于正常组(均P<0.05),抗生素灌胃组与抗生素饮水组比较,差异无统计学意义(P>0.05);正常组厚壁菌门、拟杆菌门及放线菌门丰度高于抗生素灌胃组和抗生素饮水组(均P<0.05)。抗生素饮水组摩根菌属丰度高于抗生素灌胃组和正常组(均P<0.05);抗生素灌胃组埃希-志贺菌属丰度高于抗生素饮水组和正常组(P<0.05);正常组乳酸杆菌属、拟杆菌属及norank_f__Muribaculaceae属丰度高于抗生素灌胃组和抗生素饮水组(均P<0.05)。基于KEGG的菌群功能预测分析结果显示:在碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢、萜类化合物和聚酮类化合物代谢、辅助因子和维生素代谢等多个途径上,3组预测丰度的总体比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论联合抗生素经灌胃和自由饮水给药均可在14 d内有效复制SD大鼠伪无菌模型,但抗生素灌胃组与抗生素饮水组均出现条件致病菌异常繁殖现象,这提示抗生素干预可能通过筛选压力改变菌群结构,使原本处于低丰度的潜在致病菌获得生长优势。这为研究者根据实验目标菌群选择适宜的抗生素给药策略复制伪无菌模型提供了参考。 展开更多
关键词 16s rDNA测序 伪无菌大鼠 肠道屏障 闭锁小带蛋白-1 闭合蛋白 抗生素联合使用
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增强3DBTFE在心肌炎中的诊断价值:基于路易斯湖标准的多序列对比研究
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作者 王丹 刘恺 +7 位作者 王佳丽 叶冲 陈丽惠 李爱媛 段洋 蒋强盛 徐凯 韩曙光 《中国医学计算机成像杂志》 北大核心 2026年第1期60-67,共8页
目的:探讨对比剂增强三维平衡稳态自由进动(3DBTFE)序列对心肌炎的诊断效能,并与2018版路易斯湖标准(LLC)推荐的T1 mapping、T2 mapping、心肌延迟强化(LGE)等序列对比。方法:前瞻性纳入2024年10月至2025年8月临床确诊的36例心肌炎患者... 目的:探讨对比剂增强三维平衡稳态自由进动(3DBTFE)序列对心肌炎的诊断效能,并与2018版路易斯湖标准(LLC)推荐的T1 mapping、T2 mapping、心肌延迟强化(LGE)等序列对比。方法:前瞻性纳入2024年10月至2025年8月临床确诊的36例心肌炎患者及36例健康志愿者匹配对照,所有患者均接受心脏磁共振成像(CMR)检查(含T2WI-STIR、T2mapping.T1 mapping、LGE及3D BTFE序列)。由2名高年资医师采用AHA17节段法测量心肌T1/T2/细胞外容积(ECV)值,定性评估各序列心肌水肿及强化情况。通过受试者工作特征(ROC)曲线比较各序列诊断效能[曲线下面积(AUC)、灵敏度、特异度],并分析同时存在水肿和强化患者的病变面积(最大及平均面积)及累及节段数差异。采用组内相关系数(ICC)评价两位医师评估结果的一致性。结果:相比于正常对照组,心肌炎组各CMR参数测量值均显著升高(P<0.001);对心肌炎病变的显示,3D BTFE的AUC值为0.915,T2WI-STIR、T1 mapping、T2mapping、ECV、LGE的AUC分别为0.835、0.869、0.855、0.795、0.849,3DBTFE诊断心肌炎的灵敏度(92%)、特异度(90.9%)均优于其他序列(均P<0.05)。对心肌炎病变区面积的显示上,3DBTFE序列最大面积[3.85(2.80,4.13)mm^(2)]、平均最大面积[3.30(2.40,3.60)mm^(2)]均高于LGE、T2WI-STIR序列,两两比较差异有统计学意义(均P<0.05)。3DBTFE在下壁、间隔、侧壁的检出率显著优于LGE和T2WI-STIR序列,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:增强3DBTFE序列在心肌炎的诊断有较高的灵敏度,能够准确评估心肌炎病变的位置和范围,为临床提供更精准有价值的诊断信息。 展开更多
关键词 心肌炎 心脏磁共振成像 三维平衡稳态自由进动序列
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母血游离DNA高通量测序无创检测在胎儿染色体非整倍体检测中的应用价值
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作者 刘洁 李铭阳 《中国当代医药》 2026年第3期63-66,共4页
目的探讨母血游离胎儿DNA(cffDNA)高通量测序无创检测在胎儿染色体非整倍体检测中的应用价值。方法选取2021年1月至2023年10月于呼伦贝尔市人民医院门诊就诊的1200例具有产前诊断指征的高危孕妇作为研究对象,患者拒绝产前诊断而选择通... 目的探讨母血游离胎儿DNA(cffDNA)高通量测序无创检测在胎儿染色体非整倍体检测中的应用价值。方法选取2021年1月至2023年10月于呼伦贝尔市人民医院门诊就诊的1200例具有产前诊断指征的高危孕妇作为研究对象,患者拒绝产前诊断而选择通过母血游离DNA高通量测序无创检测进行胎儿染色体非整倍体检测,分析染色体核型及高通量测序分析结果,比较不同诊断指征样本阳性检出率。结果1例孕妇存在外周血cffDNA含量过低现象无法检测,其他1199例孕妇均成功检测。染色体非整倍体异常病例共计检出23例,其中,XXY孕妇1例、X三体1例、X单体1例、13三体1例、18三体3例、21三体16例,以21三体检出率最高。针对阳性病例实施胎儿染色体核型分析,结果显示X三体为假阳性者共计1例,经核型分析诊断结果显示为正常女性,其他病例染色体核型符合无创检测结果,总阳性检出率达95.65%。产后随访结果表明新生儿无13三体、18三体及21三体等常见染色体非整倍体异常征象。母血清学筛查异常阳性检出率最高,其次为胎儿超声及高龄,但三种检测方式阳性检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论母血游离DNA高通量测序无创检测在13三体、18三体及21三体中的检测价值较高,临床可综合胎儿超声检查结果及高龄筛查等手段以提高诊断准确率。 展开更多
关键词 胎儿染色体非整倍体检测 母血游离DNA 高通量测序无创检测 检测价值
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In vivo consequences of varying degrees of OTOA alteration elucidated using knock-in mouse models and pseudogene contamination-free long-read sequencing
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作者 Ju Ang Kim Bong Jik Kim +7 位作者 Chung Lee Go Hun Seo Hane Lee Jin Hee Han Ava Niazi Joosang Park Byung Yoon Choi Sungjin Park 《Genes & Diseases》 2025年第3期88-92,共5页
Otoancorin(OTOA)is a glycosylphosphatidylinositol(GPI)-anchored protein mediating the attachment of the tectorial membrane(TM)to the spiral limbus(SL)in the inner ear.Homozygous or compound heterozygous mutations in O... Otoancorin(OTOA)is a glycosylphosphatidylinositol(GPI)-anchored protein mediating the attachment of the tectorial membrane(TM)to the spiral limbus(SL)in the inner ear.Homozygous or compound heterozygous mutations in OTOA cause autosomal recessive deafness(DFNB22).We performed short-read exome sequencing(SRS)in a 10-monthold boy with sensorineural hearing loss,identifying a potential p.Glu787*variant in OTOA.Interestingly,this variant is common among normal-hearing individuals,leading us to question its pathogenic potential. 展开更多
关键词 vivo consequences glycosylphosphatidylinositol anchored protein autosomal recessive deafness dfnb we tectorial membrane tectorial membrane tm pseudogene contamination free long read sequencing knock mouse models sensorineural hearing lossidentifying
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Free gait generation method for omnidirectional locomotion on abrupt terrain with multi-legged biomimetic robot 被引量:1
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作者 陈甫 赵杰 +1 位作者 臧希喆 闫继宏 《Journal of Harbin Institute of Technology(New Series)》 EI CAS 2011年第2期101-106,共6页
In order to achieve omnidirectional locomotion on rough terrain with multi-legged biomimetic robot,a free gait generation approach is proposed based on local rules.The phase coordinates of each operation leg was estab... In order to achieve omnidirectional locomotion on rough terrain with multi-legged biomimetic robot,a free gait generation approach is proposed based on local rules.The phase coordinates of each operation leg was established according to the motion task and a universal depiction of leg-end locomotion was implemented;the mathematical relation of gait pattern and walking velocity of multi-legged robot was put forward;combined polynomial curve was adopted to generate the leg-end trajectory,which was capable of accomplishing walking missions and accommodating to landform conditions;a distributed network of local rules for gait control was constructed based on a set of local rules operating between adjacent legs.In the simulation experiments,adaptive regulation of inter-leg phase sequence,omnidirectional locomotion and ground accommodation were realized.Moreover,statically stable free gait was obtained simultaneously,which provided multi-legged robot with the capability of walking on irregular terrain reliably and expeditiously. 展开更多
关键词 multi-legged robot rough terrain walking free gait local rules inter-leg phase sequence
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Free fatty acids, glucose, and insulin in type 2 diabetes mellitus 被引量:1
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作者 Rob NM Weijers 《World Journal of Diabetes》 SCIE 2022年第3期275-277,共3页
Xu et al used the HOMA2 model to estimate theβ-cell function and insulin resistance levels in an individual from simultaneously measured fasting plasma glucose and fasting plasma insulin levels.This method is based o... Xu et al used the HOMA2 model to estimate theβ-cell function and insulin resistance levels in an individual from simultaneously measured fasting plasma glucose and fasting plasma insulin levels.This method is based on the assumption that the glucose-insulin axis is central for the metabolic activities,which led to type 2 diabetes.However,significant downregulation of both the NKX2-1 gene and the TPD52L3 gene force an increase in the release of free fatty acids(FFAs)into the blood circulation,which leads to a marked reduction in membrane flexibility.These data favor a FFA-glucose-insulin axis.The authors are invited to extend their study with the introduction of the saturation index(number of carbon-carbon double bonds per 100 fatty-acyl chains),as observed in erythrocytes. 展开更多
关键词 free fatty acids Membrane flexibility NKX2-1 gene RNA sequencing Type 2 diabetes TPD52L-3 gene Unsaturation index
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基于k-mer特征集合的非比对算法研究进展
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作者 杨振华 《河北北方学院学报(自然科学版)》 2025年第1期30-36,共7页
随着高通量测序技术的发展,产生了大量全基因组序列数据。为提升非比对算法在构建全基因组序列进化关系方面的灵敏度和准确性,选择合适的k-mer模体数目十分重要。综述了4类基于k-mer特征集的非比对计算方法:k-mer频率、k-mer间隔分布、k... 随着高通量测序技术的发展,产生了大量全基因组序列数据。为提升非比对算法在构建全基因组序列进化关系方面的灵敏度和准确性,选择合适的k-mer模体数目十分重要。综述了4类基于k-mer特征集的非比对计算方法:k-mer频率、k-mer间隔分布、k-mer与机器学习结合以及k-mer频谱。这些非比对算法在选择k-mer模体数目时具有一定的随意性,从而降低了其作为物种分类标准的可靠性。基于k-mer频谱特征的方法,能够筛选出与基因组进化密切相关的k-mer客观特征集合,这为更加客观表征物种进化关系提供了有效方法。 展开更多
关键词 非比对算法 全基因组序列 k-mer特征集合 进化关系
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全自由呼吸心脏磁共振检查之左、右心功能成像及分析 被引量:1
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作者 刘乐乐 尹刚 +7 位作者 蒋梦迪 韩紫娟 安靖 王开福 王伟 葛英辉 刘婷 陆敏杰 《放射学实践》 北大核心 2025年第11期1383-1389,共7页
目的:探讨全自由呼吸下(FB)压缩感知(CS)实时采集与回顾性运动校正(MoCo)技术结合的电影序列在左、右心室功能成像及分析中的可行性,并与常规心脏磁共振(CMR)回顾性心电门控K空间分段(Seg)填充采集的屏气(BH)电影序列进行对比。方法:前... 目的:探讨全自由呼吸下(FB)压缩感知(CS)实时采集与回顾性运动校正(MoCo)技术结合的电影序列在左、右心室功能成像及分析中的可行性,并与常规心脏磁共振(CMR)回顾性心电门控K空间分段(Seg)填充采集的屏气(BH)电影序列进行对比。方法:前瞻性纳入47例心脏病患者,采用3.0T MR扫描仪,分别获得FB和BH电影图像。使用Likert 5分量表评估两种电影序列的图像质量(IQ)及测量左、右心室功能参数包括舒张末期容积(EDV)、收缩末期容积(ESV)、每搏输出量(SV)、射血分数(EF)、心排血量(CO)及心肌质量(Mass)。结果:FB和BH序列的图像质量评分分别为3.83±0.73和3.98±0.82(Z=-1.313,P=0.189)。FB和BH序列的平均扫描时间分别为(150.43±28.27)s和(397.92±42.64)s(Z=-5.978,P<0.001)。两种技术在评估双心室容积各种参数时差异无统计学意义(均P>0.05),Bland-Atlman分析显示了良好的一致性。结论:自由呼吸运动校正的心脏电影MRI结合压缩感知技术与常规屏气电影序列相比,图像质量相近,左右心室收缩功能评价一致性好,且显著缩短了扫描时间,明显提高了临床扫描效率。 展开更多
关键词 心脏磁共振成像 电影序列 压缩感知 自由呼吸 运动校正
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血浆游离DNA检测对非小细胞肺癌靶向治疗相关基因筛选及患者预后预测的研究 被引量:1
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作者 邓绮玲 宋迪 +3 位作者 奚可欣 谢晓婷 吴小延 赵卫 《中国癌症杂志》 北大核心 2025年第4期355-364,共10页
背景与目的:肿瘤患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)高通量检测广泛用于肿瘤靶向治疗相关基因的筛选。本研究探讨cfDNA中Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗相关基因变异类型及数量与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患癌预后的关系... 背景与目的:肿瘤患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)高通量检测广泛用于肿瘤靶向治疗相关基因的筛选。本研究探讨cfDNA中Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗相关基因变异类型及数量与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患癌预后的关系。方法:收集2021年—2023年在中山大学肿瘤防治中心进行血浆cfDNA高通量测序项目的NSCLC患者的测序结果及临床资料,并对入组患者从2021年6月1日采集血浆当天开始截至2024年5月27日进行生存随访,并使用GraphPad Prism 8.0及SPSS Statistics 25.0对患者生存期与临床资料及测序结果中Ⅰ类与Ⅱ类靶向治疗相关基因类型及数目进行单因素及多因素统计学分析(伦理批号:B2024-359-01)。结果:313例NSCLC患者中确诊时分期Ⅰ期25例(7.98%)、Ⅱ期20例(6.39%)、Ⅲ期38例(12.14%)和Ⅳ期230例(73.48%);组内NSCLC分型包含腺癌(90.10%),鳞癌(5.11%),大细胞癌(2.87%)及其他分型(1.92%);入组的NSCLC患者血浆cfDNA中Ⅰ类与Ⅱ类靶向治疗相关基因数及占比分别为:0个(25.24%)、1个(17.57%)、2个(19.17%)、3个(14.38%)、4个(8.31%)、5个及以上(15.34%)。患者血浆cfDNA高通量测序检测结果中,突变频率最高的3个基因分别为EGFR、TP53、ERBB2基因,其中EGFR基因突变频率为36.04%,TP53基因突变频率为30.63%,ERBB2基因突变频率为4.95%。患者生存期不仅与热点靶向基因表达情况相关,与血浆cfDNA高通量测序中Ⅰ类和Ⅱ类靶向相关位点基因变异个数也呈正相关。经过治疗后无靶向治疗相关基因的位点变异比有靶向治疗相关基因的位点变异的患者的生存期长,死亡风险可降低63.2%。而单纯一个基因位点变异比多个驱动基因位点变异的患者的生存期长,死亡风险更低,所测得的Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗药物在3个基因数以内,基因数目越少,患者的生存期越长。结论:血浆cfDNA高通量测序中Ⅰ类和Ⅱ类靶向相关位点基因变异个数对经过治疗后的NSCLC患者的生存期有影响。血浆cfDNA高通量测序检测可作为患者预后的评估指标。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 血浆游离DNA 高通量测序 基因突变位点 靶向治疗药物筛选 生存分析
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宏基因二代测序技术检测细胞游离DNA对临床感染性疾病的诊断价值
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作者 杨舒婷 马晶 +1 位作者 杨敏 黄国虹 《中华医院感染学杂志》 北大核心 2025年第24期3709-3714,共6页
目的探讨宏基因二代测序技术(mNGS)通过检测外周血细胞游离DNA(cfDNA)对于感染性疾病诊断的价值。方法收集2022年7月-2024年7月就诊于新疆维吾尔自治区人民医院且完善外周血mNGS检测的患者外周血mNGS、外周血培养数据以及传统病原学检... 目的探讨宏基因二代测序技术(mNGS)通过检测外周血细胞游离DNA(cfDNA)对于感染性疾病诊断的价值。方法收集2022年7月-2024年7月就诊于新疆维吾尔自治区人民医院且完善外周血mNGS检测的患者外周血mNGS、外周血培养数据以及传统病原学检测方法(真菌β-D-葡聚糖检测、GM试验、X-pert、虎红平板)的检测结果。根据临床最终诊断分为感染组与非感染组,系统对比mNGS以及传统检测方法对感染性疾病的诊断效率及结果一致性等。结果本研究最终纳入患者230例,感染组131例,非感染组99例。mNGS方法曲线下面积(AUC)高于血培养及传统病原学方法(0.666 vs.0.580 vs.0.619)。利用mNGS检测外周血cfDNA与血培养比较,病原体额外检出率为62.60%,与传统病原体检测方法比较,病原体额外检出率为45.80%。mNGS检测外周血cfDNA与血培养检测结果一致性不佳(Kappa=0.266,P<0.001)。通过mNGS检测外周血cfDNA的方法检出贝纳特柯克斯体、鹦鹉热衣原体、结核分枝杆菌复合群。结论利用mNGS检测外周血cfDNA在感染性疾病的诊断效率、检测覆盖面明显优于血培养及传统病原学检测方法,在感染性疾病的诊断方面体现出显著优势,可作为临床识别特殊病原体及隐匿性感染的有效检测手段。 展开更多
关键词 宏基因二代测序技术 细胞游离DNA 感染性疾病 诊断效率
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自由能计算指导的cyst(e)inase的理性设计
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作者 唐梦佳 夏志勇 +4 位作者 张倩 樊帅 张志斐 李小娜 杨兆勇 《生物学杂志》 北大核心 2025年第6期1-6,61,共7页
胱硫醚γ-裂解酶(CGL)的突变体cyst(e)inase能够有效降解胱氨酸(CSSC)和半胱氨酸(L-Cys),并通过破坏肿瘤细胞的氧化还原稳态展现出抗肿瘤活性,但目前仍未达到临床应用的要求。为了提高cyst(e)inase在降解CSSC和L-Cys方面的活性及其热力... 胱硫醚γ-裂解酶(CGL)的突变体cyst(e)inase能够有效降解胱氨酸(CSSC)和半胱氨酸(L-Cys),并通过破坏肿瘤细胞的氧化还原稳态展现出抗肿瘤活性,但目前仍未达到临床应用的要求。为了提高cyst(e)inase在降解CSSC和L-Cys方面的活性及其热力学稳定性,研究通过分析蛋白序列的保守性,聚焦保守性较高的氨基酸位点,结合虚拟位点饱和突变计算自由能,筛选出潜在的有益突变体。研究结果表明,针对119个位点进行虚拟饱和突变后,通过自由能计算筛选出32个潜在的有益突变体。实验验证表明,其中,8个突变体在对CSSC和L-Cys的活性上有所提高。其中,最优突变体S206I,与cyst(e)inase相比,对CSSC和L-Cys活性分别提高了40%和60%,k_(cat)/K_(m)分别提高了23%和230%,T_(m)值提高了1.89℃。研究通过简便高效的设计策略,获得了具有活性和稳定性都提高的突变体,为后续酶制剂药物的改造提供了重要的示范。 展开更多
关键词 胱硫醚γ-裂解酶 理性设计 自由能计算 序列保守性 酶动力学
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基于级联映射ZC序列的大容量GFRA前导设计方法
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作者 甄立 马明珂 +3 位作者 裴晨晨 董萍 王文静 秦浩 《电讯技术》 北大核心 2025年第5期800-808,共9页
在面向卫星物联网的免授权随机接入(Grant-free Random Access,GFRA)系统中,受大规模连接和设备随机激活的影响,前导碰撞成为用户接入性能提升的主要制约因素。鉴于此,借助正交与非正交序列在前导检测和冲突抑制方面的各自优势,提出一... 在面向卫星物联网的免授权随机接入(Grant-free Random Access,GFRA)系统中,受大规模连接和设备随机激活的影响,前导碰撞成为用户接入性能提升的主要制约因素。鉴于此,借助正交与非正交序列在前导检测和冲突抑制方面的各自优势,提出一种基于混合ZC(Zadoff-Chu)序列的大容量前导设计和检测方法。该方法利用正交ZC序列与其循环移位映射的不同根ZC序列级联来构建前导序列,并采用一种基于假设检验的两阶段干扰消除活跃用户检测算法,以确保大规模接入场景下的高精度用户识别。此外,对所提前导结构进行扩展,将相位旋转因子与多段非正交序列相结合,在不增加峰均比的前提下进一步扩大前导集容量。所提方法较现有复合和正交前导方法具有显著改善的多用户识别性能,在相同活跃用户下,成功检测概率最大提升约30.3%。 展开更多
关键词 卫星物联网 免授权随机接入(GFRA) 活跃用户检测 级联映射前导 ZC序列
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开绕组永磁同步电机的无模型电流预测控制策略 被引量:1
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作者 路冰 邓福军 《自动化与仪表》 2025年第1期43-48,53,共7页
针对共母线型开绕组永磁同步电机的零序电流和模型电流预测控制中电机参数易受影响的问题,提出了一种无模型电流预测策略。首先,将电流预测控制与无模型控制结合,引入线性状态观测器对系统扰动进行估计;其次,使用价值函数以及电压矢量... 针对共母线型开绕组永磁同步电机的零序电流和模型电流预测控制中电机参数易受影响的问题,提出了一种无模型电流预测策略。首先,将电流预测控制与无模型控制结合,引入线性状态观测器对系统扰动进行估计;其次,使用价值函数以及电压矢量扇形策略选择最佳基本电压矢量和作用时间,且通过非零矢量产生的零序电压和参考值的差量得到补偿的零序电压,并选择计算其注入的混合零矢量以及作用时间;最后,用滑模控制改进状态误差反馈的自抗扰控制来代替速度环的PI控制。仿真结果表明,该改进方法使零序电流的波动范围缩小在0.2 A之间,提高了系统的响应速度,验证了此方法的有效性和可行性。 展开更多
关键词 开绕组永磁同步电机 共直流母线 零序电流 滑模自抗扰控制 无模型预测控制
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中山体育馆自由曲面双层网架施工过程模拟与监测
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作者 高晓明 么学春 +1 位作者 郭世超 宗亮 《四川建筑科学研究》 2025年第1期103-110,共8页
中山体育馆上部结构复杂,施工难度较大。对中山体育馆上部自由曲面双层网架的施工过程进行了数值模拟,实现了对施工过程的精准预测,并对实际工程提供了指导。通过ABAQUS建立了网架有限元模型,对网架不同拼装方案、支座焊接顺序和卸载顺... 中山体育馆上部结构复杂,施工难度较大。对中山体育馆上部自由曲面双层网架的施工过程进行了数值模拟,实现了对施工过程的精准预测,并对实际工程提供了指导。通过ABAQUS建立了网架有限元模型,对网架不同拼装方案、支座焊接顺序和卸载顺序进行了有限元计算分析以及预变形分析,对施工过程中竖向变形预测值较大节点进行了施工监测。结果表明:施工过程中结构的内力、变形均处于安全水平,可以根据现场条件选择较优的施工方案和施工顺序,通过2次正装迭代即可满足结构设计位形;竖向变形实测值与预测值吻合较好,施工过程模拟较为准确。 展开更多
关键词 自由曲面双层网架 施工模拟 施工方案 施工顺序
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Inverse Problem of the Invariant D2(C_(2)^(r)) of Elementary Abelian 2-Groups
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作者 ZHAO Kaiwen LUO Caidian 《数学理论与应用》 2025年第4期50-59,共10页
Let G be a finite abelian group and k be a positive integer.The Davenport constant is a central invariant in zero-sum thoery.The invariant Dk(G)generalizes the Davenport constant D(G)and is defined as the maximum leng... Let G be a finite abelian group and k be a positive integer.The Davenport constant is a central invariant in zero-sum thoery.The invariant Dk(G)generalizes the Davenport constant D(G)and is defined as the maximum length l such that there exists a sequenceB of length l overGcontaining k disjoint non-empty zero-sum subsequences.This paper studies the inverse problem associated with this invariant for the elementary abelian 2-groups C_(2)^(r).For r∈[2,4],we characterize the structures of zero-sum sequences of length D2(C_(2)^(r))and D2(C_(2)^(r))-1 in C_(2)^(r) that can be decomposed into at most two minimal zero-sum subsequences.For r∈[2,5],we characterize the structures of sequences of length D2(C_(2)^(r))-1. 展开更多
关键词 Elementary abelian 2-group Davenport constant Inverse problem zero-sum sequence
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基于临床因素-MRI平衡式稳态自由进动序列影像组学诊断直肠癌T2与T3分期效能的研究 被引量:1
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作者 章俊 张海青 +3 位作者 张敏 夏鹏 陶利 李君君 《中国实验诊断学》 2025年第3期249-256,共8页
目的探讨基于临床因素结合MRI平衡式稳态自由进动序列(balanced steady-state free precession,b SSFP)影像组学诊断直肠癌T2与T3分期效能的研究。方法回顾性分析经病理证实的236例直肠癌患者,术前均行MRI检查,其中T2期102例,T3期134例... 目的探讨基于临床因素结合MRI平衡式稳态自由进动序列(balanced steady-state free precession,b SSFP)影像组学诊断直肠癌T2与T3分期效能的研究。方法回顾性分析经病理证实的236例直肠癌患者,术前均行MRI检查,其中T2期102例,T3期134例。首先,将入组病例按8∶2的比例随机分为训练组(n=189)和验证组(n=47),采用多种统计学方法和建模技术,包括t检验/Wilcoxons秩和检验、最小绝对收缩和选择算子算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)、Spearman相关性分析和Logistic回归等,分析常规T2WI序列、b SSFP序列和临床因素的影像组学特征,分别构建单一序列影像组学模型和临床因素-b SSFP序列联合模型,绘制受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)和计算曲线下面积(area under the curve,AUC)、特异度和灵敏度,比较并验证多种影像组学模型在直肠癌T2与T3分期中的诊断效能。结果影像组学模型具有较强的鉴别能力,其中常规T2WI序列影像组学模型训练组(AUC:0.793,95%CI:0.786~0.838),特异度为0.779,灵敏度为0.635;验证组(AUC:0.661,95%CI:0.551~0.817),特异度为0.781,灵敏度为0.648;b SSFP序列训练组(AUC:0.925,95%CI:0.923~0.927),特异度为0.918,灵敏度为0.861;验证组(AUC:0.830,95%CI:0.815~0.833),特异度为0.900,灵敏度为0.750;临床因素结合b SSFP序列影像学组学联合模型训练组(AUC:0.938;95%CI:0.926~0.950),特异度为0.971,灵敏度为0.878;验证组(AUC:0.867;95%CI:0.806~0.984),特异度为0.935,灵敏度为0.815,校准度良好且差异有统计学意义(P<0.05)。结论基于临床因素结合磁共振b SSFP序列影像组学联合模型能高效能诊断直肠癌T2与T3分期。 展开更多
关键词 磁共振成像 影像组学 平衡式稳态自由进动序列 直肠癌 T2期 T3期
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Redesign of a short-chain dehydrogenase/reductase for asymmetric synthesis of ethyl (R)-2-hydroxy-4-phenylbutanoate based on per-residue free energy decomposition and sequence conservatism analysis 被引量:1
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作者 Bingmei Su Lian Xu +5 位作者 Xinqi Xu Lichao Wang Aipeng Li Juan Lin Lidan Ye Hongwei Yu 《Green Synthesis and Catalysis》 2020年第2期150-159,共10页
As an important building block for the synthesis of angiotensin-converting enzyme inhibitors,ethyl(R)-2-hy-droxyl-4-phenylbutanoate[(R)-HPBE]has attracted increasing attention.The key to industrial biosynthesis of(R)-... As an important building block for the synthesis of angiotensin-converting enzyme inhibitors,ethyl(R)-2-hy-droxyl-4-phenylbutanoate[(R)-HPBE]has attracted increasing attention.The key to industrial biosynthesis of(R)-HPBE is a biocatalyst that efficiently reduces ethyl 2-oxo-4-phenylbutanoate(OPBE)with high R-enantiose-lectivity.This paper proposed a strategy for identifying key residues involved in enantioselectivity control based on per-residue free energy decomposition and sequence conservatism analysis.Using this strategy,4 noncon-servative sites with high energy contribution to binding of OPBE were chosen as engineering targets,generating variant Mu27 with 99%conversion and 98%(R)ee value at substrate loading of up to 500 mmol/L.MD simu-lations suggested the higher stability and formation probability of Mu27-OPBEproR prereaction state as key rea-sons for the excellent R-enantioselectivity of Mu27 towards OPBE.The success in this study provides a viable approach for rational design of alcohol dehydrogenases with high enantioselectivity towards unnatural substrates. 展开更多
关键词 Ethyl(R)-2-hydroxy-4-phenylbutanoate Rational design Enantioselectivity Short-chain dehydrogenase/reductase Per-residue free energy decomposition sequence conservatism analysis
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基于共线性长测序数据的单染色体组装方法
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作者 李梦然 甘祥超 《南京农业大学学报》 北大核心 2025年第4期969-976,共8页
[目的]本文提出一种基于长测序数据的单染色体组装方法,旨在更加准确高效组装出完整的基因组。[方法]利用GALA中的染色体分离算法,将初步组装中的contigs按染色体进行聚类,然后提取测序数据中的reads进行单染色体组装。受到测序数据质... [目的]本文提出一种基于长测序数据的单染色体组装方法,旨在更加准确高效组装出完整的基因组。[方法]利用GALA中的染色体分离算法,将初步组装中的contigs按染色体进行聚类,然后提取测序数据中的reads进行单染色体组装。受到测序数据质量和预组装结果的影响,有时contigs的聚类结果不够完美,导致后续单染色体组装难度增加。为了克服这一问题,提出了一种基于共线性分析辅助聚类的方法。该方法利用同物种或亲缘关系较近物种的参考基因组与GALA聚类生成的scaffolding groups进行共线性分析,根据比对结果将属于同一条染色体的scaffolding groups进行合并,使scaffolding groups中的序列长度与整条染色体相当,再根据合并后的结果提取reads进行单染色体组装。[结果]这套方法被应用在水稻(Oryza sativa)和桃金娘(Rhodomyrtus tomentosa)基因组组装,利用ONT的水稻测序数据组装出了长度379.89 Mb,N50为30.54 Mb,包含12条完整端粒到端粒的染色体。基于HiFi测序数据组装出总长度485.54 Mb,包含11条染色体,N50为46.71 Mb,不存在任何gap的桃金娘基因组。[结论]本文提出的组装方法不仅组装出准确完整的基因组,而且对不同种类的测序数据具有很强的适用性,为后续开展基因组学相关研究提供了可靠数据资源。 展开更多
关键词 基因组组装 长测序数据 单染色体组装 无间隙 共线性分析
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求解一类非线性矩阵方程正定解的无逆迭代算法
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作者 熊昊 王云 黄玉莲 《广西民族大学学报(自然科学版)》 2025年第4期77-83,共7页
该文讨论非线性矩阵方程X+A^(*)X^(-t)A=I的Hermite正定解的迭代方法。首先利用系数矩阵给出矩阵方程Hermite正定解的存在区间并提出一种新的无逆迭代格式,构建出新算法的研究思路,并利用偏序和迭代序列的单调有界性证明了所给迭代算法... 该文讨论非线性矩阵方程X+A^(*)X^(-t)A=I的Hermite正定解的迭代方法。首先利用系数矩阵给出矩阵方程Hermite正定解的存在区间并提出一种新的无逆迭代格式,构建出新算法的研究思路,并利用偏序和迭代序列的单调有界性证明了所给迭代算法的收敛性。同时证明了当系数矩阵A是正规矩阵时,产生的迭代序列{X_(k)}{Y_(k)}可交换。最后运用3个数值算例验证所给方法优于现有无逆迭代算法。 展开更多
关键词 非线性矩阵方程 HERMITE正定解 无逆迭代 迭代序列 收敛性
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