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基于Oncomine和TCGA数据库分析肌球蛋白10在头颈部鳞癌中的表达、意义及分子机制 被引量:1
1
作者 张妮 江耀飞 +2 位作者 毛明玉 欧海斌 刘羽 《武汉大学学报(医学版)》 CAS 2024年第5期538-544,551,共8页
目的:通过生物信息学方法分析肌球蛋白10(MYO10)基因在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达、意义及分子机制。方法:下载TCGA数据库中HNSCC样本的基因表达数据集,寻找差异基因并用基因集富集分析(GSEA)软件分析MYO10可能作用的信号通路。收... 目的:通过生物信息学方法分析肌球蛋白10(MYO10)基因在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达、意义及分子机制。方法:下载TCGA数据库中HNSCC样本的基因表达数据集,寻找差异基因并用基因集富集分析(GSEA)软件分析MYO10可能作用的信号通路。收集Oncomine数据库中MYO10表达在HNSCC中的研究,进行荟萃分析,并利用该数据库及Kaplan-Meier在线分析对MYO10在HNSCC中表达及预后进行验证。使用CPTAC、HPA在线数据库分析MYO10蛋白表达水平,使用ESTIMATE数据库、EPIC数据库探究MYO10表达和肿瘤免疫浸润的关系。使用Maftools R包、ComplexHeatmap R包探究了MYO10表达与肿瘤基因组异质性和突变景观的关系。结果:对TCGA数据库中519例HNSCC癌组织样本及44例癌旁样本进行分析,MYO10在HNSCC中显著高表达(P<0.0001)。对Oncomine数据库中的9项有关MYO10表达的HNSCC研究进行分析,MYO10在HNSCC中表达有差异(P<0.05)。生存分析发现,高表达MYO10的患者总生存期较低表达组显著降低(P<0.05)。免疫浸润相关分析显示,MYO10与多种免疫细胞浸润显著相关。GSEA分析显示,高表达的MYO10可能通过激活黏着斑激酶(FAK)、调节细胞骨架蛋白及Wnt信号通路、抑制氧化磷酸化、核糖体等信号通路发挥作用。结论:MYO10在HNSCC中高表达,其高表达可通过抑制免疫浸润、激活或抑制某些信号通路影响HNSCC患者预后,该基因有望成为治疗HNSCC的一个新靶点。 展开更多
关键词 头颈部鳞状细胞癌 肌球蛋白X oncomine TCGA
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基于ONCOMINE数据库分析I型5α还原酶在前列腺癌中的表达及意义 被引量:7
2
作者 许斌 刘宁 +8 位作者 陈恕求 姜华 张力杰 张晓文 杨瑜 沙国柱 柳靖 朱伟东 陈明 《中华男科学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期771-776,共6页
目的:阐述I型5α还原酶(SRD5A1)在前列腺癌中的表达及意义。方法:检索ONCOMINE数据库中关于SRD5A1的信息,并对目前数据库中资料进行2次分析,对其在前列腺癌中的作用进行meta分析。结果:ONCOMINE数据库中共收集了992项不同类型SRD5A1的... 目的:阐述I型5α还原酶(SRD5A1)在前列腺癌中的表达及意义。方法:检索ONCOMINE数据库中关于SRD5A1的信息,并对目前数据库中资料进行2次分析,对其在前列腺癌中的作用进行meta分析。结果:ONCOMINE数据库中共收集了992项不同类型SRD5A1的研究结果,关于SRD5A1表达有统计学差异的结果有239项,其中SRD5A1表达增高的有157项,表达降低的有82项。前列腺癌中高表达的有11项、低表达的有3项。共有18项研究涉及SRD5A1在前列腺癌组织和正常组织中的表达,包括1 068例样本。SRD5A1在前列腺癌中的表达量高于正常组织(P<0.05)。而在其中3项研究中,SRD5A1不仅在前列腺癌中高表达,并且随着前列腺癌的转移,SRD5A1的表达量逐渐增高(P<0.05)。不仅如此,在2项有预后数据的研究中,高表达SRD5A1的患者术后生化复发率和总体死亡率较高,低表达SRD5A1的患者术后预后较好(P<0.05)。结论:SRD5A1在前列腺癌组织,尤其是在转移性前列腺癌和去势抵抗性前列腺癌高表达,且与前列腺癌预后有关,其有可能成为前列腺癌肿瘤药物的重要靶点。 展开更多
关键词 前列腺癌 I型5α还原酶 oncomine 数据库
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基于Oncomine数据库分析ARID5B基因在卵巢癌中的表达意义及血根碱的干预研究 被引量:5
3
作者 杨艳 殷雪琴 +2 位作者 倪娜 张琴 杨丽华 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期539-543,共5页
目的:通过挖掘Oncomine数据库中的相关数据,分析ARID5B基因在卵巢癌中的表达及临床意义,并探讨血根碱对卵巢癌细胞中ARID5B基因的干预作用。方法:收集Oncomine数据库中关于ARID5B研究的信息,对其在卵巢癌的水平变化进行荟萃分析,采用Kap... 目的:通过挖掘Oncomine数据库中的相关数据,分析ARID5B基因在卵巢癌中的表达及临床意义,并探讨血根碱对卵巢癌细胞中ARID5B基因的干预作用。方法:收集Oncomine数据库中关于ARID5B研究的信息,对其在卵巢癌的水平变化进行荟萃分析,采用Kaplan-Meier法分析ARID5B水平与卵巢癌患者生存时间之间的关系,探讨其临床意义。卵巢癌SKOV3细胞,分为对照组和血根碱组,48小时后提取总RNA,用全基因芯片检测基因表达谱,筛选差异基因,探讨血根碱对卵巢癌SKOV3细胞ARID5B基因表达的影响。结果:分析Oncomine数据库中收集的卵巢癌和正常卵巢组织ARID5B基因水平的13项研究数据,发现卵巢癌组织中ARID5B基因的表达显著低于正常卵巢组织(P<0.05)。通过生存分析发现低表达ARID5B基因的卵巢癌患者无病生存期(PFS)、总生存期(OS)明显长于高表达者,高表达患者的预后更差(P<0.05)。血根碱显著上调卵巢癌SKOV3细胞ARID5B基因表达丰度,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:ARID5B基因在卵巢癌组织中呈现低表达,其表达丰度与卵巢癌患者预后呈负相关,该基因可能是血根碱干预卵巢癌细胞的一个靶点。 展开更多
关键词 卵巢癌 ARID5B oncomine数据库 血根碱
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基于Oncomine和GEO数据库分析S100P在胰腺癌中的表达及临床意义 被引量:4
4
作者 李丹 余涛 +1 位作者 曾智 吴杰 《安徽医药》 CAS 2017年第12期2180-2184,共5页
目的阐明S100P蛋白在胰腺癌中的表达及临床意义。方法检索Oncomine和GEO数据库中有关S100P的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对S100P在胰腺癌中的作用进行分析。结果 Oncomine数据库中共收集了438项不同类型S100P的研究结... 目的阐明S100P蛋白在胰腺癌中的表达及临床意义。方法检索Oncomine和GEO数据库中有关S100P的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对S100P在胰腺癌中的作用进行分析。结果 Oncomine数据库中共收集了438项不同类型S100P的研究结果,关于S100P表达差异有统计学意义的结果有63项,其中S100P表达增高的有38项,表达降低的有25项。胰腺癌中高表达的研究有5项、低表达的有0项。共有11项研究涉及S100P在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括387例样本。在数据库中综合比较11项研究成果,发现与对照组相比,S100P在胰腺癌中的表达量高于正常组织(P<0.05)。通过分析GEO数据库中的数据集GSE28735,自身对照发现S100P在胰腺癌组织中的转录水平显著高于其癌旁组织(P<0.05)。不仅如此,通过挖掘GEO数据库,分析数据集GSE28735和GSE57495,发现高表达S100P的患者总体病死率较高,低表达S100P的患者预后较好(P<0.05)。结论通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示S100P mRNA在胰腺癌组织中呈现高表达,并与胰腺癌预后相关,其有望成为抗胰腺癌药物的重要治疗靶点。 展开更多
关键词 S100P蛋白 胰腺癌 oncomine数据库 GEO数据库
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基于Oncomine和TCGA数据库探究TOP2A在卵巢癌中的表达及意义 被引量:5
5
作者 张凯 刘玉林 +2 位作者 胡佳丽 郭飞 薛凤霞 《国际妇产科学杂志》 CAS 2020年第3期345-349,I0002,共6页
目的:探究拓扑异构酶ⅡA(TOP2A)在卵巢癌中的表达,预测分析TOP2A在卵巢癌发生、发展中的可能机制及临床意义。方法:利用Oncomine数据库中关于卵巢癌组织中TOP2A基因的相关信息和cBioPortal在线平台分析癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome... 目的:探究拓扑异构酶ⅡA(TOP2A)在卵巢癌中的表达,预测分析TOP2A在卵巢癌发生、发展中的可能机制及临床意义。方法:利用Oncomine数据库中关于卵巢癌组织中TOP2A基因的相关信息和cBioPortal在线平台分析癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中突变情况,并利用Kaplan-Meier Plotter进行生存分析。结果:纳入TOP2A相关性研究结果共462项,其中TOP2A表达具有差异的有132项,包括高表达125项,低表达7项;与对照组(正常卵巢组织)相比,卵巢癌组织中TOP2A的表达量要更高(P<0.05)。311例上皮性卵巢癌样本中有12例发生TOP2A基因变异,突变率为4%,主要包括扩增3例,深度缺失3例,截短突变3例。与TOP2A基因主要相关的蛋白有DLGAP5、CDC20、UBE2C等10个。Kaplan-Meier生存分析显示TOP2A高表达的卵巢癌患者的总体生存时间和无瘤进展时间明显短于TOP2A低表达者,预后更差(P<0.05)。结论:TOP2A在卵巢癌组织中高表达,且与卵巢癌患者的预后相关,为TOP2A作为肿瘤治疗的新靶点提供依据,也为卵巢癌的治疗提供新的方向。 展开更多
关键词 卵巢肿瘤 oncomine 肿瘤基因图谱数据库 拓扑异构酶ⅡA 生存分析
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基于Oncomine芯片数据库荟萃分析碳酸酐酶IX在肾细胞癌中的表达及意义 被引量:6
6
作者 王进峰 卢晓明 +2 位作者 王礼平 尹九湖 刘亚东 《现代泌尿生殖肿瘤杂志》 2015年第4期231-235,共5页
目的阐述碳酸酐酶IX(carbonic anhydrase IX,CAIX)在肾细胞癌中的表达及意义。方法挖掘Oncomine数据库中关于CAIX的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,对其在肾癌中的作用进行荟萃分析。结果 Oncomine数据库中共收集了440个不同类... 目的阐述碳酸酐酶IX(carbonic anhydrase IX,CAIX)在肾细胞癌中的表达及意义。方法挖掘Oncomine数据库中关于CAIX的信息,并对目前数据库中资料进行二次分析,对其在肾癌中的作用进行荟萃分析。结果 Oncomine数据库中共收集了440个不同类型的研究结果,其中关于CAIX表达有统计学差异的研究结果有31个,CAIX表达增高的研究有22个、表达降低的研究有9个。在泌尿系统肿瘤中,膀胱肿瘤中高表达的研究有3个、低表达的有0个,肾癌中高表达的研究有5个、低表达的有0个,前列腺癌中表达没有差异。共有8个研究涉及CAIX在肾透明细胞癌组织和正常组织中的表达,共包括969个样本,与对照组相比,CAIX在肾透明细胞癌中高表达(P=5.79×10-9)。不仅如此,在TCGA RCC的研究中,CAIX的DNA copy number和mRNA表达量与肾透明细胞癌总体生存率存在相关性,即低表达CAIX的患者总体生存率较差,高表达CAIX的患者预后较好(P分别为0.000 7和0.019)。结论我们通过对Oncomine基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘,提出CAIX在肾细胞癌组织中高表达,且与肾癌预后有关,将为肿瘤药物的开发提供重要理论依据。 展开更多
关键词 肾细胞癌 碳酸酐酶IX oncomine
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Oncomine数据库在肿瘤研究中的应用 被引量:3
7
作者 王海军 陈秋月 宋娜 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1051-1057,共7页
Oncomine是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和综合数据挖掘平台之一,该数据库整合了GEO、TCGA和已发表文献来源的RNA和DNA-seq数据。数据库目前含有715个基因表达数据集(datasheet)、86 733个人体肿瘤组织和正常组织样本的信息,且有... Oncomine是目前世界上最大的癌基因芯片数据库和综合数据挖掘平台之一,该数据库整合了GEO、TCGA和已发表文献来源的RNA和DNA-seq数据。数据库目前含有715个基因表达数据集(datasheet)、86 733个人体肿瘤组织和正常组织样本的信息,且有新的数据不断更新。Oncomine数据库囊括的肿瘤类型有19种,包括:膀胱癌、脑/中枢神经系统肿瘤、乳腺癌、宫颈癌、结直肠癌、食管癌、胃癌、头/颈肿瘤、肾癌、白血病、肝癌、肺癌、淋巴瘤、黑色素瘤、骨髓瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤。本文就如何利用Oncomine数据库,进行肿瘤组织中癌基因表达差异性分析以及基因共表达分析、癌基因在肿瘤组织中的表达及拷贝数分析、多组研究数据集的荟萃分析(metaanalysis)、以及癌基因表达与患者生存率关系等进行分析。通过该数据库可以对肿瘤癌基因进行研究前的筛查,有利于发现新的肿瘤生物标记物或治疗靶点,为临床科学研究奠定一定的理论基础。 展开更多
关键词 oncomine数据库 癌基因 基因表达与分析
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基于Oncomine和GEPIA数据库分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达及其临床意义 被引量:1
8
作者 张宗耀 郭正昌 +3 位作者 赵泽玉 周翔 周波 常家聪 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2021年第15期2652-2656,共5页
目的:通过数据库挖掘分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达水平及其临床意义。方法:通过Oncomine数据库和GEPIA网站分析NFE2L3基因在胃癌组织中的差异性表达及其与生存预后关系;胃癌与正常组织的表达采用t检验分析,采用单因素方差分析胃癌... 目的:通过数据库挖掘分析NFE2L3基因在胃癌组织中的表达水平及其临床意义。方法:通过Oncomine数据库和GEPIA网站分析NFE2L3基因在胃癌组织中的差异性表达及其与生存预后关系;胃癌与正常组织的表达采用t检验分析,采用单因素方差分析胃癌不同临床分期的表达差异,使用Pearson指数分析胃癌相关研究,使用Kaplan-Meier数据分析胃癌患者生存及预后情况,并通过String数据库分析NFE2L3基因上下游的蛋白相互作用及调控关系。结果:胃癌组织中NFE2L3 mRNA表达水平显著高于胃正常组织;GEPIA分析发现高表达的NFE2L3基因与错配修复基因MSH2、MSH6、PSM2有关(P<0.05),与错配修复基因PMLH1无明显意义(P>0.05),NFE2L3与胃癌临床分期无相关性,但是高表达的NFE2L3基因与低生存率及不良预后有关(P<0.05)。蛋白质分析网络显示NFE2L3可能与HCFC1、OSBPL3、OSBPL6、HNRNPA3、NFE2L2、MAFG、MAFF、MAFK、BACH1、NPRL3等蛋白相互作用。结论:通过多个数据库研究发现NFE2L3在胃癌组织中呈高表达、表达水平与胃癌患者生存与预后有关;NFE2L3可作为与胃癌预后相关的生物标志物及治疗靶点,参与肿瘤发生发展。 展开更多
关键词 胃癌 NFE2L3 数据挖掘 oncomine GEPIA
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基于Oncomine和GEO数据库分析RCAN1基因在乳腺癌中的表达及临床意义 被引量:1
9
作者 李丹 余涛 +3 位作者 曾智 张帆 兰昱 袁昌劲 《现代肿瘤医学》 CAS 2018年第13期2024-2028,共5页
目的:探讨钙调磷酸酶调节因子1(regulator of calcineurin 1,RCAN1)基因在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine和GEO数据库中有关RCAN1的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对RCAN1在乳腺癌中的作用进行荟萃分析。... 目的:探讨钙调磷酸酶调节因子1(regulator of calcineurin 1,RCAN1)基因在乳腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine和GEO数据库中有关RCAN1的信息,并对所获取的数据资料挖掘并进行二次分析,对RCAN1在乳腺癌中的作用进行荟萃分析。结果:Oncomine数据库中共收集了454项不同类型RCAN1的研究结果,关于在肿瘤与对照组织中RCAN1表达有统计学差异的结果有64项,其中RCAN1表达增高的有20项,表达降低的有44项。涉及到乳腺癌的研究数据集共有13项。乳腺癌中高表达的研究有0项、低表达的有13项。共有6项研究,9个乳腺癌分型数据集涉及RCAN1在乳腺癌组织和正常组织中的表达,包括2 508例样本。在数据库中综合比较9项研究成果,发现与正常组织相比,RCAN1在乳腺癌中的表达量低于正常组织(P<0.05)。不仅如此,通过挖掘GEO数据库,发现低表达RCAN1的患者总体死亡率较高,高表达RCAN1的患者预后较好(P<0.05)。结论:通过深入挖掘Oncomine和GEO基因芯片数据库中肿瘤相关的基因信息,提示RCAN1的mRNA水平在乳腺癌组织中呈现低表达,并与乳腺癌预后相关,有望成为抗乳腺癌靶向治疗药物的重要靶点。 展开更多
关键词 RCAN1基因 乳腺癌 oncomine数据库 GEO数据库
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基于Oncomine数据库探讨TMC5基因在胰腺癌中的表达及预后分析 被引量:2
10
作者 李萍 《生物技术》 CAS 2021年第1期65-70,9,共7页
[目的]揭示TMC5基因在胰腺癌中的表达及预后相关性。[方法]收集Oncomine和CCLE数据库中TMC5相关资料,对其表达情况进行二次分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析预后。[结果]Oncomine数据库有关TMC5在不同类型肿瘤中的研究共362项(... [目的]揭示TMC5基因在胰腺癌中的表达及预后相关性。[方法]收集Oncomine和CCLE数据库中TMC5相关资料,对其表达情况进行二次分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析预后。[结果]Oncomine数据库有关TMC5在不同类型肿瘤中的研究共362项(高表达16项、低表达8项)。胰腺癌相关研究7项,共计187例样本。TMC5在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织(P <0.05)。分析CCLE数据库发现,与多种癌细胞系相比,胰腺癌细胞系中TMC5高表达,其mRNA表达水平排名第一。Kaplan-Meier Plotter数据库阐明胰腺癌患者的总生存与TMC5表达水平无关(HR=1.56,95%CI:0.93~2.61,P=0.09),但低表达组患者的无复发生存(RFS)明显优于高表达组(HR=5.37,95%CI:1.26~22.99,P=0.011)。[结论]通过Oncomine和CCLE数据库我们发现胰腺癌中TMC5表达水平升高,高表达患者RFS缩短,因此,检测TMC5表达及靶向该基因的药物有望成为胰腺癌诊疗的重要手段之一。 展开更多
关键词 胰腺癌 TMC5 oncomine数据库 CCLE数据库 Kaplan-Meier Plotter数据库
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基于Oncomine荟萃分析HJURP基因在头颈部癌中的表达和预后研究 被引量:1
11
作者 赵莉琳 陈雁南 +1 位作者 胡渝 周丽丽 《重庆医科大学学报》 CSCD 北大核心 2017年第9期1095-1098,共4页
目的:阐述HJURP基因(holliday junction recognition protein)在头颈部癌及正常组织中的表达及对预后影响。方法:挖掘Oncomine数据库中头颈部癌HJURP基因相关数据,并结合ArrayExpress中芯片数据集进行生存分析。结果:Oncomine数据库中,... 目的:阐述HJURP基因(holliday junction recognition protein)在头颈部癌及正常组织中的表达及对预后影响。方法:挖掘Oncomine数据库中头颈部癌HJURP基因相关数据,并结合ArrayExpress中芯片数据集进行生存分析。结果:Oncomine数据库中,针对不同癌症,HJURP基因癌组织/正常组织表达量分析共有383个结果,其中在癌组织中显著高表达的有125个结果,低表达的仅18个结果。有13个数据集共27个分析涉及HJURP在头颈部癌组织/正常组织中的表达,其中8个分析结果显示HJURP在头颈部癌组织中显著高表达,仅一个分析结果显示其在癌组织中低表达。通过对ArrayExpress中E-TABM-302芯片数据集生存分析表明,HJURP的表达量与预后存在明显负相关性,即HJURP表达量越高,总体生存越差。结论:通过整合Oncomine芯片数据和生存相关芯片数据,首次提出HJURP在头颈部癌中高表达且对预后有不良影响,为肿瘤药物的开发提供了潜在靶点。 展开更多
关键词 头颈部癌 oncomine HJURP 生存分析
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基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义 被引量:1
12
作者 李萍 《生物技术》 CAS 2022年第6期715-720,736,共7页
[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotte... [目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。 展开更多
关键词 胰腺癌 COL1A1 oncomine数据库 NCBI/GEO Profiles数据库 Kaplan-Meier Plotter数据库
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基于Oncomine数据库及生物信息学方法挖掘FAM20C在宫颈癌中的表达及作用机制
13
作者 王卉 李广 刘国炳 《肿瘤药学》 CAS 2021年第5期570-576,共7页
目的通过深度挖掘Oncomine数据库中的基因信息,分析FAM20基因家族在宫颈癌中的表达及其作用机制。方法通过Oncomine数据库查找有关于FAM20基因家族的研究信息,并对其在宫颈癌中的表达进行初步分析,根据分析结果,在Oncomine数据库中摘录... 目的通过深度挖掘Oncomine数据库中的基因信息,分析FAM20基因家族在宫颈癌中的表达及其作用机制。方法通过Oncomine数据库查找有关于FAM20基因家族的研究信息,并对其在宫颈癌中的表达进行初步分析,根据分析结果,在Oncomine数据库中摘录所选取的FAM20家族成员在宫颈癌中的生存信息,使用GraphPad Prism软件进行生存分析,根据结果探讨其临床意义,发现FAM20基因家族中仅FAM20C基因对宫颈癌患者的生存率有意义,再使用TCGA数据库对FAM20C基因在宫颈癌中的表达及生存信息进行验证。用cBioPortal分析FAM20C基因相关蛋白功能及途径富集,通过String构建FAM20C基因的相关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果在Oncomine数据库中共收集33项FAM20家族成员在肿瘤组织及正常组织中表达差异的研究。对不同成员进一步分析发现,FAM20B、FAM20C在宫颈癌中的表达存在差异(P<0.05)。对FAM20B及FAM20C基因在Oncomine数据库中的表达情况及生存数据做进一步分析,发现FAM20C高表达时患者生存率降低(P<0.05),与TCGA数据库所验证的结果大体相同。通过Genecards数据库收集到FAM20C相关蛋白DMP1、AMELX、AMBN、MEPE、ENAM、FGF23、AMTN、SPP1、AHSG,主要富集于牙齿及骨组织的发育调控、柱状上皮细胞的分化调控以及细胞黏附过程。结论 FAM20C基因可通过影响肿瘤细胞的迁移和侵袭,对宫颈癌患者的生存产生影响。同时,靶向FAM20C基因可能是宫颈癌潜在的诊断和治疗方法。 展开更多
关键词 宫颈癌 FAM20基因家族 oncomine数据库 计算生物学
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基于Oncomine数据库分析PD-L1基因在头颈部癌中的表达及预后
14
作者 朱娅 丁洁 +2 位作者 王莉 王娟 汪洋 《肿瘤预防与治疗》 2020年第4期300-306,共7页
目的:研究程序性死亡因子配体1(programmed death factor 1,PD-L1/CD274)在头颈部癌中的表达情况,并分析其与临床病理特征及预后的相关性。方法:挖掘Oncomine数据库中关于PD-L1基因在头颈部癌中的相关数据,进行PD-L1表达量与头颈部癌临... 目的:研究程序性死亡因子配体1(programmed death factor 1,PD-L1/CD274)在头颈部癌中的表达情况,并分析其与临床病理特征及预后的相关性。方法:挖掘Oncomine数据库中关于PD-L1基因在头颈部癌中的相关数据,进行PD-L1表达量与头颈部癌临床生物学特性的相关分析,并利用数据库中生存数据进行生存分析。结果:Oncom-ine数据库中有关PD-L1基因癌组织/正常组织表达量的分析共176项,其中高表达的癌种共4项,低表达2项;在头颈部癌组织中,显著高表达1项。Meta分析显示,PD-L1在头颈部癌中呈现高表达,显著高于正常组织。在人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)阳性的HNC患者中PD-L1的表达显著高于HPV阴性HNC患者(0.38 vs 0.16,P=0.018),有远处转移的患者显著高于无转移者(1.36 vs 0.55,P=0.004)。生存分析显示PD-L1表达量与生存期无显著相关。结论:PD-L1在头颈部癌中表达水平高,与人乳头瘤病毒状态及肿瘤转移相关,与生存期不相关。 展开更多
关键词 头颈部癌 oncomine数据库 PD-L1 HPV
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以TTK在胶质母细胞瘤中表达为例浅谈Oncomine数据库在教学中的应用
15
作者 赵中华 李绵利 +1 位作者 陈绍水 贾瑞 《中国高等医学教育》 2019年第10期84-85,共2页
Oncomine数据库是目前全球最大的癌症基因芯片数据库和整合数据挖掘平台。在医学教学中,可应用此数据库进行基因差异表达分析,探索基因表达同临床病理因素的关系。文章以TTK在胶质母细胞瘤中的表达和临床意义为例,应用Oncomine数据库和R... Oncomine数据库是目前全球最大的癌症基因芯片数据库和整合数据挖掘平台。在医学教学中,可应用此数据库进行基因差异表达分析,探索基因表达同临床病理因素的关系。文章以TTK在胶质母细胞瘤中的表达和临床意义为例,应用Oncomine数据库和R2数据库进行数据挖掘,比较TTK mRNA表达量在胶质母细胞瘤和配对正常脑组织中的表达差异,探索TTK表达高低在胶质母细胞瘤患者中的预后意义,为教学中应用Oncomine数据库挖掘肿瘤基因数据提供良好的范例。 展开更多
关键词 oncomine数据库 医学教学 TTK 胶质母细胞瘤
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基于Oncomine数据库荟萃分析SNAI1在结直肠癌中的表达和意义
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作者 闫兆鹏 苏琪 《海峡预防医学杂志》 CAS 2019年第5期105-108,共4页
目的研究SNAI1在结直肠癌(CRC)中的表达及意义。方法收集Oncomine数据库中关于SNAI1的信息,并对资料进行二次分析,对在CRC中的作用进行荟萃分析。利用Oncolnc数据库进行生存分析。结果 Oncomine数据库中共收集了372项不同类型的研究结果... 目的研究SNAI1在结直肠癌(CRC)中的表达及意义。方法收集Oncomine数据库中关于SNAI1的信息,并对资料进行二次分析,对在CRC中的作用进行荟萃分析。利用Oncolnc数据库进行生存分析。结果 Oncomine数据库中共收集了372项不同类型的研究结果,其中锌指蛋白SNAI1基因表达有统计学意义的研究结果有6项,SNAI1表达增高的研究有5项、表达降低的研究有1项。共5项研究涉及SNAI1在CRC癌组织和正常组织中的表达,与对照组相比,SNAI1在CRC癌细胞中高表达;SNAI1表达量与CRC总体生存率有相关性,高表达SNAI1的患者总体生存率较低,而低表达SNAI1的患者预后较好。结论通过Oncomine基因芯片数据库中肿瘤相关基因信息的深入挖掘,认为SNAI1在CRC组织中高表达,且与CRC预后有关,可能为肿瘤药物的开发提供重要的理论依据。 展开更多
关键词 结直肠癌 SNAI1基因 oncomine数据库 Oncolnc数据库
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基于Oncomine数据库探讨METTL3在胃癌中的意义
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作者 满昌峰 胡滨滨 +2 位作者 谷旭宇 戴哲 范钰 《齐齐哈尔医学院学报》 2023年第18期1715-1718,共4页
目的 探讨METTL3在胃癌中的表达及意义。方法 收集Oncomine数据库中关于METTL3的数据信息,对其在胃癌中的作用进行统计分析。利用Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析。结果 经过筛选,涉及mRNA METTL3在正常胃组织和胃癌组织表达... 目的 探讨METTL3在胃癌中的表达及意义。方法 收集Oncomine数据库中关于METTL3的数据信息,对其在胃癌中的作用进行统计分析。利用Kaplan-Meier Plotter进行患者生存周期分析。结果 经过筛选,涉及mRNA METTL3在正常胃组织和胃癌组织表达差异的研究共4项(其中按照病理分为9项,共包含346例组织样本),与对照组相比,METTL3在346例胃癌组织中高表达(P<0.05)。METTL3表达量与胃癌总体生存呈负相关,METTL3表达水平越高则患者总体生存率越低(P<0.05)。根据胃癌Lauren分型探讨,发现肠型胃癌以及混合型胃癌中METTL3的表达情况与生存时间之间关系不大(P>0.05)。弥漫型胃癌中,METTL3的表达水平与预后具有相关性,且METTL3表达水平高的患者生存更获益(P<0.05)。针对HER2阳性的胃癌,METTL3的表达水平与胃癌患者预后呈负相关(P<0.05)。结论 mRNA METTL3在胃癌组织中高表达,且与胃癌预后有关,可能为肿瘤药物的开发提供重要理论依据,但需要更多的研究进行探讨。 展开更多
关键词 METTL3 胃癌 oncomine 基因表达谱
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基于Oncomine数据库分析RAB31在胃癌中的表达和意义
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作者 李晟 余超 +1 位作者 程元光 文刚 《消化肿瘤杂志(电子版)》 2019年第4期346-351,共6页
目的探讨RAB31基因在胃癌中的表达及及其临床意义。方法通过Oncomine数据库检索并分析RAB31基因在胃癌的各项研究中的表达情况。利用Kaplan-Meier Plotter对患者进行生存周期分析。结果Oncomine数据库中共收集了455个不同肿瘤类型的研... 目的探讨RAB31基因在胃癌中的表达及及其临床意义。方法通过Oncomine数据库检索并分析RAB31基因在胃癌的各项研究中的表达情况。利用Kaplan-Meier Plotter对患者进行生存周期分析。结果Oncomine数据库中共收集了455个不同肿瘤类型的研究结果,关于RAB31表达有统计学差异的结果共有78项,其中RAB31表达增高的研究有56项,表达降低的研究有22项。共有6项研究涉及RAB31在胃癌组织和在正常组织的表达,共包括458个样本,与对照组相比,RAB31在胃癌组织中高表达且差异具有统计学意义。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析RAB31表达对胃癌患者生存时间的影响发现,和低表达组相比,RAB3高表达组的胃癌患者的总生存时间显著降低且差异具有统计学意义。结论RAB31基因在胃癌组织中高表达,且表达水平与患者预后相关。 展开更多
关键词 RAB31 胃癌 oncomine数据库
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基于Oncomine数据库的数据挖掘在头颈鳞状细胞癌研究中的应用实例 被引量:2
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作者 房娟 宋晶晶 +3 位作者 马达 王艳琼 周芳静 王智 《国际口腔医学杂志》 CAS 2014年第6期647-651,共5页
目的利用Oncomine数据库结合自身样本验证,获取靶分子钙调蛋白在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达信息。方法利用Oncomine数据库挖掘钙调蛋白在HNSCC中转录水平的变化,采用反转录聚合酶链反应、免疫印迹技术在本地区小样本队列中验证其转... 目的利用Oncomine数据库结合自身样本验证,获取靶分子钙调蛋白在头颈鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达信息。方法利用Oncomine数据库挖掘钙调蛋白在HNSCC中转录水平的变化,采用反转录聚合酶链反应、免疫印迹技术在本地区小样本队列中验证其转录及蛋白表达水平。结果钙调蛋白在Oncomine数据库大多数HNSCC队列中呈现转录水平的高表达,少部分呈现低表达;本地区样本结果显示,钙调蛋白在转录及蛋白表达水平均呈现高表达。结论 Oncomine数据库大样本量数据的挖掘并结合本地区样本的验证,能迅速准确地获取钙调蛋白在HNSCC中表达的相关信息,为后续的深入研究奠定基础。 展开更多
关键词 oncomine数据库 钙调蛋白 头颈鳞状细胞癌
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基于Oncomine和TCGA数据库分析GABRE在结肠癌组织中的表达及生物学意义 被引量:2
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作者 杨佳妮 白怡冰 +3 位作者 崔瑛 连洁 吴峰 张艳桥 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期1399-1405,共7页
目的:通过挖掘Oncomine和TCGA等数据库信息分析GABRE基因在结肠癌中的表达及其生物学意义。方法:利用Oncomine、TCGA数据库分析GABRE基因在结肠癌组织中的表达及其与患者预后的关系;运用TargetScan、starBase、mirDIP和miRWalk寻找靶向G... 目的:通过挖掘Oncomine和TCGA等数据库信息分析GABRE基因在结肠癌中的表达及其生物学意义。方法:利用Oncomine、TCGA数据库分析GABRE基因在结肠癌组织中的表达及其与患者预后的关系;运用TargetScan、starBase、mirDIP和miRWalk寻找靶向GABRE基因的上游miRNA,并分析其在结肠癌中的表达及其与预后的关系。进一步利用LinkedOmics数据库寻找GABRE共表达基因,并进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果:数据库数据分析显示,GABRE在结肠癌组织中高表达且预示着患者预后较差(均P<0.05)。韦恩图显示,hsa-miR-370-3p靶向GABRE,并在正常组织中的表达显著升高(P<0.01)。GABRE基因与OGT、FAM156A基因等表达呈正相关(P<0.05),与ATP5A1、MPDU1基因等表达呈负相关(P<0.05)。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示,GABRE基因可能参与蛋白脱烷基化和周期蛋白依赖性蛋白激酶活性调节等生物学过程,并在牛磺酸代谢和NF-κB信号通路等方面富集。结论:GABRE基因在结肠癌患者中高表达且预示着患者预后较差,提示该基因是结肠癌的诊断和治疗的潜在新靶点。 展开更多
关键词 GABRE基因 结肠癌 oncomine数据库 TCGA数据库 预后 生物标志物
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