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棉花纤维伸长发育期的基因表达分析 被引量：9
1
作者 朱一超 张天真 +1 位作者 贺亚军 郭旺珍 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1649-1655,共7页
利用cDNA芯片技术分析陆地棉显性单基因突变的李氏超短纤维突变体(Li1li1)和其野生型(li1li1)纤维发育4 DPA(day post anthesis)的基因差异表达情况。RT-PCR验证4DPA芯片结果,得到15个差异表达的EST(expressed sequencetag),其中9个下... 利用cDNA芯片技术分析陆地棉显性单基因突变的李氏超短纤维突变体(Li1li1)和其野生型(li1li1)纤维发育4 DPA(day post anthesis)的基因差异表达情况。RT-PCR验证4DPA芯片结果,得到15个差异表达的EST(expressed sequencetag),其中9个下调表达,即野生型(li1li1)中的表达量低于李氏超短纤维突变体(Li1li1)中的表达量;6个上调表达,即野生型(li1li1)中的表达量高于李氏超短纤维突变体(Li1li1)中的表达量。推测这些基因在棉花纤维伸长发育时期起了比较重要的作用。 展开更多
关键词 棉花纤维 伸长发育 CDNA芯片 基因表达
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免疫调节肽对卵巢癌skov3细胞凋亡及相关基因表达的影响 被引量：6
2
作者 郑欣 何晓光 +5 位作者 张文晓 杨浩然 魏彩 顾芳 任明强 秦宜德 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2012年第7期758-762,共5页
目的研究免疫调节肽(PGPIPN)对人卵巢癌细胞株skov3凋亡及相关基因表达的影响。方法体外培养卵巢癌skov3细胞,分别使用10-6、10-5、10-4、10-3、10-2g/L的PGPIPN孵育skov3细胞48 h,观察量效关系;通过cDNA芯片技术筛选凋亡相关基因;实时... 目的研究免疫调节肽(PGPIPN)对人卵巢癌细胞株skov3凋亡及相关基因表达的影响。方法体外培养卵巢癌skov3细胞,分别使用10-6、10-5、10-4、10-3、10-2g/L的PGPIPN孵育skov3细胞48 h,观察量效关系;通过cDNA芯片技术筛选凋亡相关基因;实时荧光定量PCR法检测Bax、Bcl-xl、Caspase-3 mRNA水平的表达量;Western blot法检测Bax、Bcl-xl、Caspase-3蛋白表达量。结果与对照组相比,Bax和Caspase-3的表达随着PGPIPN浓度升高而升高(P<0.05);Bcl-xl的表达随着PGPIPN浓度升高而降低(P<0.05)。结论 PGPIPN通过促进细胞中Bax及抑制Bcl-xl的表达来调控skov3细胞的凋亡,该过程可能和Caspase的活化相关。 展开更多
关键词 免疫调节肽 CDNA芯片 BAX BCL-XL Caspase-3
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钙磷脂结合蛋白Ⅱ在人肝细胞癌中的表达 被引量：1
3
作者 朱晓静 张建平 +6 位作者 刘悦芳 徐凛峰 张慧林 李玉华 陈汐敏 冯振卿 管晓虹 《南京医科大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第8期663-666,731,F0006,共6页
目的:应用抑制差减杂交技术(supressionsubtractivehybridization,SSH)结合cDNA芯片筛选人肝细胞癌中差异表达基因。进一步探讨所筛选出的钙磷脂结合蛋白(annexinⅡ)在肝细胞中的表达及作用。方法:以肝癌组织和非肿瘤肝组织进行SSH,构... 目的:应用抑制差减杂交技术(supressionsubtractivehybridization,SSH)结合cDNA芯片筛选人肝细胞癌中差异表达基因。进一步探讨所筛选出的钙磷脂结合蛋白(annexinⅡ)在肝细胞中的表达及作用。方法:以肝癌组织和非肿瘤肝组织进行SSH,构建正、反向差减杂交文库,差减片断的PCR产物制备cDNA芯片,筛选出肝癌组织中差异表达基因。进一步应用荧光实时定量技术验证芯片结果,免疫组化方法分析annexinⅡ在肝细胞癌和正常肝组织中的表达。结果:成功构建了肝细胞癌差减杂交文库。芯片结果显示annexinⅡ在肝细胞癌中高表达并经荧光实时定量技术证实。免疫组化结果表明annexinⅡ在肝细胞癌和癌旁肝硬化组织中高表达,在正常肝组织中不表达(P<0.05)。在低分化肝细胞癌中annexinⅡ的表达有增高趋势。结论:SSH方法构建的肝细胞癌差减杂交文库富含肝细胞癌差异表达基因。肝细胞癌中高表达基因annexinII可能与肝细胞的恶性转化,肝癌细胞的转移和侵袭能力有关。 展开更多
关键词 肝细胞癌 抑制差减杂交技术 CDNA芯片 钙磷脂结合蛋白 免疫组化
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HSPA12A mRNA在难治性癫痫患者脑组织中高表达 被引量：1
4
作者 孙纪军 朱曦 +9 位作者 王学峰 席志芹 李劲梅 刘凤英 吴原 栾国明 王玉平 李云林 张建国 杨辉 《中风与神经疾病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期23-25,共3页
目的利用cDNA芯片和荧光定量PCR(Fluorescence Quantitive Polymerase Chain Reaction,FQ- PCR)技术检测难治性癫痫患者脑组织中HSPA12A(heat shock 70kDa protein 12A,HSPA12A)mRNA的表达,并探讨其在难治性癫痫发病机制中的作用。方法... 目的利用cDNA芯片和荧光定量PCR(Fluorescence Quantitive Polymerase Chain Reaction,FQ- PCR)技术检测难治性癫痫患者脑组织中HSPA12A(heat shock 70kDa protein 12A,HSPA12A)mRNA的表达,并探讨其在难治性癫痫发病机制中的作用。方法收集36例难治性癫痫患者术后脑组织和8例正常对照组,用含有4096条人类靶基因的cDNA芯片进行扫描,筛选出候选基因后,用FQ-PCR,以3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)为内参对芯片扫描结果进行验证。结果发现候选基因HSPA12A mRNA在难治性癫痫患者脑组织中表达上调,FQ- PCR与cDNA芯片结果一致。结论虽然HSPA12A具体生物功能尚不明确,但我们认为HSPA12A可能作为重要的调节因子参与了神经元凋亡等分子事件。HSPA12A mRNA表达上调可能在难治性癫痫发病机制中起一定作用。 展开更多
关键词 难治性癫痫 HSPA12A CDNA芯片 荧光定量PCR 神经元凋亡
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结合SSH和cDNA芯片技术在植物研究中的应用 被引量：1
5
作者 周忠静 陈珍补 洛雪 《生物信息学》 2005年第4期181-184,共4页
抑制性差减杂交(Suppression Subtractive Hybridization,SSH)技术是分离差异表达基因的一种新方法。cDNA芯片也是近年来发展起来的一种新技术,它是指将大量的特定的寡核苷酸片段或基因片段作为探针,有规律地排列固定于硅片、玻片、塑... 抑制性差减杂交(Suppression Subtractive Hybridization,SSH)技术是分离差异表达基因的一种新方法。cDNA芯片也是近年来发展起来的一种新技术,它是指将大量的特定的寡核苷酸片段或基因片段作为探针,有规律地排列固定于硅片、玻片、塑料片等固相支持物上制成的芯片。本文主要介绍抑制差减杂交和cDNA芯片技术原理及其在植物研究中的应用。 展开更多
关键词 抑制差减杂炙 CDNA芯片 植物 应用
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基于MPI的基因芯片数据处理模型
6
作者 白雅兰 袁道华 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2009年第10期2419-2422,2427,共5页
介绍了高性能计算和基因芯片的基本概念,分析了基因芯片数据处理海量信息以及处理流程上适于采用并行算法的特点,根据当前生物信息软件普遍单机运行、处理时间长、效率低下的现状,提出了一种基于MPI并行计算方法的基因芯片数据处理模型... 介绍了高性能计算和基因芯片的基本概念,分析了基因芯片数据处理海量信息以及处理流程上适于采用并行算法的特点,根据当前生物信息软件普遍单机运行、处理时间长、效率低下的现状,提出了一种基于MPI并行计算方法的基因芯片数据处理模型。详细论述了该模型的运行环境、设计思想、系统结构、和功能模块,数学验证了其可行性,并对编码时使用的数据结构进行了简单介绍。最后,展示了系统运行的部分结果,与普通单机运行进行了运行性能的比较,并总结了并行运算下基因芯片数据处理的优点和问题。 展开更多
关键词 高性能计算(HPC) MPICH 基因芯片 CDNA微阵列 数据标准化 聚类分析
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